Changeset 521 for trunk/src


Ignore:
Timestamp:
Aug 18, 2012, 11:17:48 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bugs corrected

Location:
trunk/src
Files:
9 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/calc_field_interp.m

    r517 r521  
    2323InputVarList={};
    2424if ischar(Operation),Operation={Operation};end
     25check_skipped=zeros(size(Operation));
     26Operator=cell(size(Operation));
    2527for ilist=1:numel(Operation)
    2628    r=regexp(Operation{ilist},'(?<Operator>(^vec|^norm))\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
    2729    if isempty(r) % the operation is the variable
    28         if isempty(find(strcmp(Operation{ilist},InputVarList)));
    29             InputVarList=[InputVarList Operation{ilist}];
     30        if ~isfield(Data,Operation{ilist})
     31            check_skipped(ilist)=1;
     32        else
     33            if isempty(find(strcmp(Operation{ilist},InputVarList)));
     34                InputVarList=[InputVarList Operation{ilist}];% the variable is added to the list if it is not already in the list
     35            end
     36            Operator{ilist}='';
    3037        end
    31         Operator{ilist}='';
    3238    else
    33         UName{ilist}=r.UName;
    34         VName{ilist}=r.VName;
    35         if isempty(find(strcmp(r.UName,InputVarList)));
    36             InputVarList=[InputVarList UName{ilist}];
     39        if ~isfield(Data,r.UName)||~isfield(Data,r.VName)
     40            check_skipped(ilist)=1;
     41        else
     42            UName{ilist}=r.UName;
     43            VName{ilist}=r.VName;
     44            if isempty(find(strcmp(r.UName,InputVarList)));
     45                InputVarList=[InputVarList UName{ilist}]; %the variable is added to the list if it is not already in the list
     46            end
     47            if isempty(find(strcmp(r.VName,InputVarList)));
     48                InputVarList=[InputVarList VName{ilist}]; %the variable is added to the list if it is not already in the list
     49            end
     50            Operator{ilist}=r.Operator;
    3751        end
    38         if isempty(find(strcmp(r.VName,InputVarList)));
    39             InputVarList=[InputVarList VName{ilist}];
    40         end
    41         Operator{ilist}=r.Operator;
    4252    end
    4353end
    … …  
    4959end
    5060for ilist=1:numel(Operation)
     61    if ~check_skipped(ilist)
    5162    nbvar=numel(ListVarName);
    5263    switch Operator{ilist}
    … …  
    6374            VarAttribute{nbvar+1}.Role='vector_x';
    6475            VarAttribute{nbvar+2}.Role='vector_y';
    65             %         case 'U'
    66             %             VarVal{nbvar+1}=F_u(XI,YI);
    67             %             ListVarName{nbvar+1}='U';
    68             %             VarAttribute{nbvar+1}.Role='scalar';
    69             %         case 'V'
    70             %             VarVal{nbvar+1}=F_v(XI,YI);
    71             %             ListVarName{nbvar+1}='V';
    72             %             VarAttribute{nbvar+1}.Role='scalar';
    7376        case 'norm'
    7477            if exist('XI','var')
    … …  
    9396            end
    9497    end
     98    end
    9599end
    96100% put an error flag to indicate NaN data

  • trunk/src/calc_field_tps.m

    r515 r521  
    4848    switch OperationType
    4949        case 'vec'
     50            check_grid=1;
    5051            DataOut.U=zeros(nb_sites,1);
    5152            DataOut.V=zeros(nb_sites,1);

  • trunk/src/get_field.m

    r517 r521  
    868868% set(handles.RUN,'BackgroundColor',[1 0 0])
    869869huvmat=findobj(allchild(0),'tag','uvmat');
     870hhuvmat=guidata(huvmat);
     871FieldsMenu=get(hhuvmat.Fields,'String');
     872Fields=FieldsMenu{get(hhuvmat.Fields,'Value')};
     873check_first=strcmp(Fields,'get_field...'); % =1 if the first field sereis is selected, =0 else
    870874if ~isempty(huvmat)
    871          set(huvmat,'Visible','on')%make uvmat visible (bugs can hide it in some cases)
    872          hhuvmat=guidata(huvmat);
    873875         get_field_GUI=read_GUI(handles.get_field);
    874876         if isfield(get_field_GUI,'PanelVectors')
    … …  
    881883             menu_str=[{['vec(' UName ',' VName ')']};{UName};{VName};{['norm(' UName ',' VName ')']};{'get_field...'}];
    882884             menu_color=[{''};{UName};{VName};{['norm(' UName ',' VName ')']}];
    883              FieldsMenu=get(hhuvmat.Fields,'String');
    884              Fields=FieldsMenu{get(hhuvmat.Fields,'Value')};
    885              if strcmp(Fields,'get_field...')
     885             if check_first
    886886                  set(hhuvmat.Fields,'Value',1)
    887887                 set(hhuvmat.Fields,'String',menu_str)
    … …  
    897897             end
    898898               set(hhuvmat.ColorScalar,'String',menu_color)
     899         elseif isfield(get_field_GUI,'PanelScalar')
     900             set(hhuvmat.Coord_x,'value',1)
     901             set(hhuvmat.Coord_y,'value',1)
     902             set(hhuvmat.Coord_x,'String',{get_field_GUI.PanelScalar.coord_x_scalar})
     903             set(hhuvmat.Coord_y,'String',{get_field_GUI.PanelScalar.coord_y_scalar})
     904             AName=get_field_GUI.PanelScalar.scalar;
     905             if check_first
     906                menu=get(hhuvmat.Fields,'String');
     907             else
     908                menu=get(hhuvmat.Fields_1,'String');
     909             end
     910             ind_select=find(strcmp(AName,menu));
     911             if isempty(ind_select)
     912                 menu=[menu(1:end-1);{AName};{'get_field...'}];
     913                 ind_select=numel(menu)-1;
     914             end   
     915             if check_first
     916                set(hhuvmat.Fields,'Value',ind_select);
     917                set(hhuvmat.Fields,'String',menu);
     918             else
     919                set(hhuvmat.Fields_1,'Value',ind_select);
     920                set(hhuvmat.Fields_1,'String',menu);
     921             end
     922         end
     923         if ~strcmp(get(gcbf,'tag'),'uvmat')%if uvmat is not already active
     924         uvmat('run0_Callback',hObject,eventdata,hhuvmat); %refresh uvmat
    899925         end
    900926end
    … …  
    12021228else
    12031229    set(handles.Panel1Dplot,'Visible','on')
     1230    set(handles.PanelScalar,'Visible','off')
     1231    set(handles.CheckScalar,'Value',0)
     1232    set(handles.PanelVectors,'Visible','off')
     1233    set(handles.CheckVector,'Value',0)
    12041234end
    12051235
    … …  
    12121242    set(handles.PanelScalar,'Visible','off')
    12131243else
     1244    set(handles.Panel1Dplot,'Visible','off')
     1245    set(handles.CheckPlot1D,'Value',0)
    12141246    set(handles.PanelScalar,'Visible','on')
     1247    set(handles.PanelVectors,'Visible','off')
     1248    set(handles.CheckVector,'Value',0)
    12151249end
    12161250
    … …  
    12231257    set(handles.PanelVectors,'Visible','off')
    12241258else
     1259    set(handles.Panel1Dplot,'Visible','off')
     1260    set(handles.CheckPlot1D,'Value',0)
     1261    set(handles.PanelScalar,'Visible','off')
     1262    set(handles.CheckScalar,'Value',0)
    12251263    set(handles.PanelVectors,'Visible','on')
    12261264end

  • trunk/src/mouse_down.m

    r512 r521  
    129129                end
    130130                break
     131               
    131132            %if the mouse is over a uicontrol, duplicate the display  in an editable  zoom window
    132133            case 'uicontrol'
    … …  
    169170    set(hObject,'Units','pixels')
    170171    if strcmp(get(hchild,'enable'),'on')
    171     set(hchild,'String',output_str)
     172    set(hchild,'String',output_str)% fill the parent uicontrol with the sttring edited in the msgbox
    172173    end
    173174end

  • trunk/src/proj_field.m

    r517 r521  
    909909
    910910%% mesh sizes DX and DY
    911 DX=FieldData.Mesh;
    912 DY=FieldData.Mesh; %default
    913911if isfield(ObjectData,'DX') && ~isempty(ObjectData.DX)
    914912     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
     913else
     914    DX=FieldData.Mesh;
    915915end
    916916if isfield(ObjectData,'DY') && ~isempty(ObjectData.DY)
    917917     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
     918else
     919    DY=FieldData.Mesh;
    918920end
    919921if  ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
    … …  
    928930testYMin=0;
    929931testYMax=0;
    930 XMin=FieldData.XMin;%default
    931 XMax=FieldData.XMax;%default
    932 YMin=FieldData.YMin;%default
    933 YMax=FieldData.YMax;%default
     932
    934933if isfield(ObjectData,'RangeX')
    935934        XMin=min(ObjectData.RangeX);
    … …  
    937936        testXMin=XMax>XMin;
    938937        testXMax=1;
     938else
     939    XMin=FieldData.XMin;%default
     940XMax=FieldData.XMax;%default
    939941end
    940942if isfield(ObjectData,'RangeY')
    … …  
    943945        testYMin=YMax>YMin;
    944946        testYMax=1;
     947else
     948    YMin=FieldData.YMin;%default
     949YMax=FieldData.YMax;%default
    945950end
    946951width=0;%default width of the projection band
    … …  
    11591164                        coord_Y=coord_Y(indsel);
    11601165                    end
    1161                     testFF=0;
    1162                     nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
     1166%                     testFF=0;
     1167%                     nbvar=numel(ProjData.ListVarName);
    11631168                    if isfield(VarType,'vector_x')&&isfield(VarType,'vector_y')&&~isempty(VarType.vector_x)
    11641169                        VarName_x=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
    … …  
    11681173                            FieldData.(VarName_y)=FieldData.(VarName_y)(indsel);
    11691174                        end
    1170                         FieldVar=cat(2,FieldData.(VarName_x),FieldData.(VarName_y));
     1175                        %FieldVar=cat(2,FieldData.(VarName_x),FieldData.(VarName_y));
    11711176                        if ~isfield(VarType,'CheckSub') || ~VarType.CheckSub
    11721177                            vector_x_proj=numel(ProjData.ListVarName)+1;
    … …  
    11791184                            FieldData.(VarName_scalar)=FieldData.(VarName_scalar)(indsel);
    11801185                        end
    1181                         FieldVar=FieldData.(VarName_scalar);
     1186                       % FieldVar=FieldData.(VarName_scalar);
     1187                    end
     1188                    if ~isempty(VarType.ancillary)% do not project ancillary data with interp
     1189                        FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{VarType.ancillary});
     1190                    end
     1191                    if ~isempty(VarType.warnflag)% do not project ancillary data with interp
     1192                        FieldData=rmfield(FieldData,FieldData.ListVarName{VarType.warnflag});
    11821193                    end
    11831194                    [VarVal,ListFieldProj,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp([coord_X coord_Y],FieldData,VarType.Operation,XI,YI);

  • trunk/src/read_field.m

    r520 r521  
    3939% end
    4040A=[];
     41if ischar(ParamIn.FieldName)
     42    ParamIn.FieldName={ParamIn.FieldName};
     43end
     44            if isfield(ParamIn,'ColorVar')
     45                InputField=[ParamIn.FieldName {ParamIn.ColorVar}];
     46                check_colorvar=1;
     47            else
     48                InputField= ParamIn.FieldName;
     49                check_colorvar=0;
     50            end
    4151%% distingush different input file types
    4252try
    4353    switch FileType
    4454        case 'civdata'
    45 %             ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    46 %                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    47                         if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    48                         InputField=[{ParamIn.FieldName} {ParamIn.ColorVar}];
    49                         else
    50                            InputField= {ParamIn.FieldName};
    51                         end
    52                         [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    53                         if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civdata:' errormsg];return,end
    54                         ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    55          case 'civx'
     55            [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     56            if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civdata:' errormsg];return,end
     57            ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     58        case 'civx'
    5659            ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    57                        % ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    58                        if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    59                         InputField=[{ParamIn.FieldName} {ParamIn.ColorVar}];
    60                         else
    61                            InputField= {ParamIn.FieldName};
    62                         end
    63                         [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    64                         if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
    65                         ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     60            [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     61            if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
     62            ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    6663        case 'netcdf'
    67             r=regexp(ParamIn.FieldName,'(^vec|^norm)\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
    68             if isempty(r)
    69                 ListVar={ParamIn.FieldName};
    70                 input='scalar';
    71             else
    72                 ListVar={r.UName,r.VName};
    73                 input='vectors';
    74             end
    75             if ~isempty(ParamIn.ColorVar)
    76                 r=regexp(ParamIn.ColorVar,'(^vec|^norm)\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
     64            ListVar={};
     65            for ilist=1:numel(InputField)
     66                r=regexp(InputField{ilist},'(?<Operator>(^vec|^norm))\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
    7767                if isempty(r)
    78                     ListVar=[ListVar {ParamIn.ColorVar}];
     68                    ListVar=[ListVar InputField(ilist)];
     69                    Role{numel(ListVar)}='scalar';
     70%                     FieldRequest{numel(ListVar)}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
    7971                else
    8072                    ListVar=[ListVar {r.UName,r.VName}];
     73                    Role{numel(ListVar)}='vector_y';
     74                    Role{numel(ListVar)-1}='vector_x';
     75%                     switch r.Operator
     76%                         case 'norm'
     77%                             FieldRequest{numel(ListVar)-1}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
     78%                             FieldRequest{numel(ListVar)}='interp_lin';
     79%                         otherwise
     80%                            FieldRequest{numel(ListVar)-1}='';
     81%                     end
    8182                end
    8283            end
    83                 [Field,var_detect,ichoice]=nc2struct(FileName,[ParamIn.CoordName ListVar]);
    84                 if strcmp(input,'vectors')
    85                     Field.VarAttribute{3}.Role='vector_x';
    86                     Field.VarAttribute{4}.Role='vector_y';
    87                 else
    88                     Field.VarAttribute{3}.Role='scalar';
    89                 end
    90 %             GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
    91 %             if isfield(ParamIn,'GUIName')
    92 %                 GUIName=ParamIn.GUIName;
    93 %             end
    94 %             CivStage=0;
    95 % %             if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
    96 %                 FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
    97 %                 ParamOut.ColorVar='';%default
    98 %                 if ischar(ParamIn.FieldName)
    99 %                     FieldName=ParamIn.FieldName;
    100 %                 else
    101 %                     FieldName=ParamIn.FieldName{1};
    102 %                 end
    103 %                 field_index=strcmp(FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
    104 %                 if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
    105 %                     Data=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
    106 %                     % case of new civdata conventions
    107 %                     if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
    108 %                         
    109 %                         %case of old civx conventions
    110 %                     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
    111 %                         ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
    112 %                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
    113 %                         InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
    114 %                         [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    115 %                         if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
    116 %                         CivStage=Field.CivStage;
    117 %                         ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    118 %                         % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
    119 %                     else
    120 %                         ParamOut.FieldName='get_field...';
    121 %                         hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    122 %                         if ~isempty(hget_field)
    123 %                             delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
    124 %                         end
    125 %                     end
    126 %                 else             
    127 %                     InputField=ParamOut.FieldName;
    128 %                     if ischar(InputField)
    129 %                         InputField={InputField};
    130 %                     end
    131 %                     if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    132 %                         ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
    133 %                         InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
    134 %                     end
    135 %                     [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
    136 %                     if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
    137 %                     CivStage=Field.CivStage;
    138 %                     ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
    139 %                 end
    140 %                 ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
    141 %             end
    142 %             if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
    143 %                 hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
    144 %                 if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
    145 %                     hget_field= get_field(FileName);%open the get_field GUI
    146 %                     set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
    147 %                 end
    148 %                 hhget_field=guidata(hget_field);
    149 %                 %% update  the get_field GUI
    150 %                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
    151 %                 set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
    152 %                 if exist('num','var')&&~isnan(num)
    153 %                     set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
    154 %                 end
    155 % %                 funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
    156 % %                 funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
    157 % %                 funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
    158 % %                 Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
    159 %                 [Field,errormsg]=read_get_field(hget_field);
    160 %                 Tabchar={''};%default
    161 %                 Tabcell=[];
    162 %                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
    163 %                 if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
    164 %                     for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
    165 %                         Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
    166 %                         if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
    167 %                             val=Field.(Field.ListGlobalAttribute{iline});
    168 %                             if ischar(val);
    169 %                                 Tabcell{iline,2}=val;
    170 %                             else
    171 %                                 Tabcell{iline,2}=num2str(val);
    172 %                             end
    173 %                         end
    174 %                     end
    175 %                     if ~isempty(Tabcell)
    176 %                         Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
    177 %                         Tabchar=[{''};Tabchar];
    178 %                     end
    179 %                 end
    180 %                 ParamOut.CivStage=0;
    181 %                 ParamOut.VelType=[];
    182 %                 if isfield(Field,'TimeIndex')
    183 %                     ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
    184 %                 end
    185 %                 if isfield(Field,'TimeValue')
    186 %                     ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
    187 %                 end
    188 %                 ParamOut.FieldList={'get_field...'};
    189 
     84            if check_colorvar
     85                Role{numel(ListVar)}='ancillary';% scalar used for color vector (not projected)
     86            end
     87            [Field,var_detect,ichoice]=nc2struct(FileName,[ParamIn.CoordName ListVar]);
     88            for ivar=1:numel(ListVar)
     89                Field.VarAttribute{ivar+2}.Role=Role{ivar};
     90%                 Field.VarAttribute{ivar+2}.FieldRequest=FieldRequest{ivar};
     91            end
     92            %             GUIName='get_field'; %default name of the GUI get_field
     93            %             if isfield(ParamIn,'GUIName')
     94            %                 GUIName=ParamIn.GUIName;
     95            %             end
     96            %             CivStage=0;
     97            % %             if ~strcmp(ParamIn.FieldName,'get_field...')% if get_field is not requested, look for Civx data
     98            %                 FieldList=calc_field;%list of possible fields for Civx data
     99            %                 ParamOut.ColorVar='';%default
     100            %                 if ischar(ParamIn.FieldName)
     101            %                     FieldName=ParamIn.FieldName;
     102            %                 else
     103            %                     FieldName=ParamIn.FieldName{1};
     104            %                 end
     105            %                 field_index=strcmp(FieldName,FieldList);%look for ParamIn.FieldName in the list of possible fields for Civx data
     106            %                 if isempty(find(field_index,1))% ParamIn.FieldName is not in the list, check whether Civx data exist
     107            %                     Data=nc2struct(FileName,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','civ','CivStage');
     108            %                     % case of new civdata conventions
     109            %                     if isequal(Data.Conventions,'uvmat/civdata')
     110            %
     111            %                         %case of old civx conventions
     112            %                     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0)&& ~isequal(Data.civ,0)
     113            %                         ParamOut.FieldName='velocity';%Civx data found, set .FieldName='velocity' by default
     114            %                         ParamOut.ColorVar='ima_cor';
     115            %                         InputField=[{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}];
     116            %                         [Field,ParamOut.VelType]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     117            %                         if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
     118            %                         CivStage=Field.CivStage;
     119            %                         ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     120            %                         % not cvix file, fields will be chosen through the GUI get_field
     121            %                     else
     122            %                         ParamOut.FieldName='get_field...';
     123            %                         hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     124            %                         if ~isempty(hget_field)
     125            %                             delete(hget_field)%delete  get_field for reinitialisation
     126            %                         end
     127            %                     end
     128            %                 else
     129            %                     InputField=ParamOut.FieldName;
     130            %                     if ischar(InputField)
     131            %                         InputField={InputField};
     132            %                     end
     133            %                     if isfield(ParamIn,'ColorVar')
     134            %                         ParamOut.ColorVar=ParamIn.ColorVar;
     135            %                         InputField=[InputField {ParamOut.ColorVar}];
     136            %                     end
     137            %                     [Field,ParamOut.VelType,errormsg]=read_civxdata(FileName,InputField,ParamIn.VelType);
     138            %                     if ~isempty(errormsg),errormsg=['read_civxdata:' errormsg];return,end
     139            %                     CivStage=Field.CivStage;
     140            %                     ParamOut.CivStage=Field.CivStage;
     141            %                 end
     142            %                 ParamOut.FieldList=[{'image'};FieldList;{'get_field...'}];
     143            %             end
     144            %             if CivStage==0% read the field names on the interface get_field.
     145            %                 hget_field=findobj(allchild(0),'Name',GUIName);%find the get_field... GUI
     146            %                 if isempty(hget_field)% open the GUI get_field if it is not found
     147            %                     hget_field= get_field(FileName);%open the get_field GUI
     148            %                     set(hget_field,'Name',GUIName)%update the name of get_field (e.g. get_field_1)
     149            %                 end
     150            %                 hhget_field=guidata(hget_field);
     151            %                 %% update  the get_field GUI
     152            %                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
     153            %                 set(hhget_field.list_fig,'Value',1)
     154            %                 if exist('num','var')&&~isnan(num)
     155            %                     set(hhget_field.TimeIndexValue,'String',num2str(num))
     156            %                 end
     157            % %                 funct_list=get(hhget_field.ACTION,'UserData');
     158            % %                 funct_index=get(hhget_field.ACTION,'Value');
     159            % %                 funct=funct_list{funct_index};%select  the current action in get_field, e;g. PLOT
     160            % %                 Field=funct(hget_field); %%activate the current action selected in get_field, e;g.read the names of the variables to plot
     161            %                 [Field,errormsg]=read_get_field(hget_field);
     162            %                 Tabchar={''};%default
     163            %                 Tabcell=[];
     164            %                 set(hhget_field.inputfile,'String',FileName)
     165            %                 if isfield(Field,'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field.ListGlobalAttribute)
     166            %                     for iline=1:length(Field.ListGlobalAttribute)
     167            %                         Tabcell{iline,1}=Field.ListGlobalAttribute{iline};
     168            %                         if isfield(Field, Field.ListGlobalAttribute{iline})
     169            %                             val=Field.(Field.ListGlobalAttribute{iline});
     170            %                             if ischar(val);
     171            %                                 Tabcell{iline,2}=val;
     172            %                             else
     173            %                                 Tabcell{iline,2}=num2str(val);
     174            %                             end
     175            %                         end
     176            %                     end
     177            %                     if ~isempty(Tabcell)
     178            %                         Tabchar=cell2tab(Tabcell,'=');
     179            %                         Tabchar=[{''};Tabchar];
     180            %                     end
     181            %                 end
     182            %                 ParamOut.CivStage=0;
     183            %                 ParamOut.VelType=[];
     184            %                 if isfield(Field,'TimeIndex')
     185            %                     ParamOut.TimeIndex=Field.TimeIndex;
     186            %                 end
     187            %                 if isfield(Field,'TimeValue')
     188            %                     ParamOut.TimeValue=Field.TimeValue;
     189            %                 end
     190            %                 ParamOut.FieldList={'get_field...'};
     191           
    190192        case 'video'
    191193            if strcmp(class(ParamIn),'VideoReader')

  • trunk/src/series.m

    r512 r521  
    587587set(handles.OutputSubDir,'String',SubDirOut)
    588588
    589 %% display the min and max indices for all the file series
    590 i_sum=sum(sum(i1_series,2),1);%sum of i1_series on the last index
    591 MaxIndex_i=max(find(i_sum>0))-1;% max ref index i
    592 MinIndex_i=min(find(i_sum>0))-1;% min ref index i
    593 i2_min=[];
    594 if ~isempty(i2_series)
    595     i2_min=i2_series(1,2,2);
    596 end
    597 j1_min=[];
    598 if ~isempty(j1_series)
    599     j1_min=j1_series(1,2,2);
    600 end
    601 j2_min=[];
    602 if ~isempty(j2_series)
    603     j2_min=j2_series(1,2,2);
    604 end
    605 if isequal(MinIndex_i,1) &&...
    606         exist (fullfile_uvmat(InputTable{iview,1},InputTable{iview,2},InputTable{iview,3},InputTable{iview,5},InputTable{iview,4},0,i2_min, j1_min,j2_min),'file')
    607     MinIndex_i=0;
    608 end
    609 j_sum=sum(sum(j1_series,1),1);
    610 MaxIndex_j=max(find(j_sum>0))-1;
    611 MinIndex_j=min(find(j_sum>0))-1;
     589%% display the min and max indices for the file series
     590pair_max=squeeze(max(i1_series,[],1)); %max on pair index
     591j_max=max(pair_max,[],1);
     592%i_sum=sum(sum(i1_series,2),1);%sum of i1_series on the last index
     593MaxIndex_i=max(find(j_max))-1;% max ref index i
     594MinIndex_i=min(find(j_max))-1;% min ref index i
     595i_max=max(pair_max,[],2);
     596MaxIndex_j=max(find(i_max))-1;% max ref index i
     597MinIndex_j=min(find(i_max))-1;% min ref index i
     598% i2_min=[];
     599% if ~isempty(i2_series)
     600%     i2_min=i2_series(1,2,2);
     601% end
     602% j1_min=[];
     603% if ~isempty(j1_series)
     604%     j1_min=j1_series(1,2,2);
     605% end
     606% j2_min=[];
     607% if ~isempty(j2_series)
     608%     j2_min=j2_series(1,2,2);
     609% end
     610% if isequal(MinIndex_i,1) &&...
     611%         exist (fullfile_uvmat(InputTable{iview,1},InputTable{iview,2},InputTable{iview,3},InputTable{iview,5},InputTable{iview,4},0,i2_min, j1_min,j2_min),'file')
     612%     MinIndex_i=0;
     613% end
     614% j_sum=sum(sum(j1_series,1),1);
     615% MaxIndex_j=max(find(j_sum>0))-1;
     616% MinIndex_j=min(find(j_sum>0))-1;
    612617MinIndex=get(handles.MinIndex,'Data');%retrieve the min indices in the table MinIndex
    613618MaxIndex=get(handles.MaxIndex,'Data');%retrieve the max indices in the table MaxIndex
    … …  
    777782set(handles.series,'UserData',SeriesData)
    778783
    779 %% enable j index visibility
     784%% enable j index visibilitycellfun(@isempty,regexp(PairString,'^j'))
    780785state='off';
    781786check_jindex=~cellfun(@isempty,SeriesData.j1_series); %look for non empty j indices
    … …  
    783788    enable_j(handles,'off') % no j index needed
    784789else
    785     enable_j(handles,'on')
     790    PairString=get(handles.PairString,'Data');
     791    if isempty(find(cellfun(@isempty,regexp(PairString,'^j'))))% if all pair string begins by j (burst)
     792        enable_j(handles,'off') % no j index needed
     793    else
     794        enable_j(handles,'on')
     795    end
    786796end
    787797
    … …  
    11541164function update_mode(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,time)
    11551165%------------------------------------------------------------------------   
    1156 check_burst=0;
    1157 if isempty(j2_series)% no pair menu to display
     1166% check_burst=0;
     1167if isempty(j2_series)% no j pair
    11581168    if isempty(i2_series)
    1159         set(handles.mode,'String',{''})
     1169        set(handles.mode,'Value',1)
     1170        set(handles.mode,'String',{''})% no pair menu to display
     1171    else   
     1172        set(handles.mode,'Value',1)
     1173        set(handles.mode,'String',{'series(Di)'}) % pair menu with only option Di
     1174    end
     1175else %existence of j pairs
     1176    pair_max=squeeze(max(i1_series,[],1)); %max on pair index
     1177    j_max=max(pair_max,[],1);
     1178    MaxIndex_i=max(find(j_max))-1;% max ref index i
     1179    MinIndex_i=min(find(j_max))-1;% min ref index i
     1180    i_max=max(pair_max,[],2);
     1181    MaxIndex_j=max(find(i_max))-1;% max ref index i
     1182    MinIndex_j=min(find(i_max))-1;% min ref index i
     1183    if MaxIndex_j==MinIndex_j
     1184        set(handles.mode,'Value',1);
     1185        set(handles.mode,'String',{'bursts'})
     1186%         check_burst=1;
     1187    elseif MaxIndex_i==MinIndex_i
     1188        set(handles.mode,'Value',1);
     1189        set(handles.mode,'String',{'series(Dj)'})
    11601190    else
    1161         set(handles.mode,'Value',1)
    1162         set(handles.mode,'String',{'series(Di)'})
    1163     end
    1164 else
    1165     nbfield=size(j2_series,1);
    1166     nbfield2=size(j2_series,2);
    1167     set(handles.mode,'String',{'bursts';'series(Dj)'})
    1168     if nbfield2>10 || nbfield==1
    1169         set(handles.mode,'Value',2);%set mode to series(Dj) if more than 10 j values
    1170     else
    1171         set(handles.mode,'Value',1);
    1172         check_burst=1;
    1173     end
    1174 end
    1175 if check_burst
    1176     enable_i(handles,'On')
    1177     enable_j(handles,'Off') %do not display j index scanning in burst mode (j is fixed by the burst choice)
    1178 else
    1179     enable_i(handles,'On')
    1180     if isempty(j1_series)
    1181          enable_j(handles,'Off')
    1182     else
    1183         enable_j(handles,'On')
    1184     end
    1185 end
     1191        set(handles.mode,'String',{'bursts';'series(Dj)'})
     1192        if (MaxIndex_j-MinIndex_j)>10
     1193            set(handles.mode,'Value',2);%set mode to series(Dj) if more than 10 j values
     1194        else
     1195            set(handles.mode,'Value',1);
     1196%             check_burst=1;
     1197        end
     1198    end
     1199end
     1200% if check_burst
     1201%     enable_i(handles,'On')
     1202%     enable_j(handles,'Off') %do not display j index scanning in burst mode (j is fixed by the burst choice)
     1203% else
     1204%     enable_i(handles,'On')
     1205%     if isempty(j1_series)
     1206%          enable_j(handles,'Off')
     1207%     else
     1208%         enable_j(handles,'On')
     1209%     end
     1210% end
    11861211fill_ListPair(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,time)
    11871212ListPairs_Callback([],[],handles)

  • trunk/src/uvmat.m

    r520 r521  
    999999           set(handles.ColorScalar,'Value',1)
    10001000            set(handles.ColorScalar,'String',ColorList)
     1001            set(handles.Vectors,'Visible','on')
    10011002            set(handles.Coord_x,'Value',1);
    10021003           set(handles.Coord_x,'String',{'X'});
    … …  
    19921993
    19931994%% determine the main input file information for action
    1994 % UvData.FileType{1}=[];%default
    19951995if ~exist(FileName,'file')
    19961996    errormsg=['input file ' FileName ' does not exist'];
    … …  
    20912091[Field{1},ParamOut,errormsg] = read_field(FileName,UvData.FileType{1},ParamIn,frame_index);
    20922092if ~isempty(errormsg)
    2093     errormsg=['error in reading ' FileName ': ' errormsg];
     2093    errormsg=['uvmat/refresh_field/read_field: ' FileName ': ' errormsg];
    20942094    return
    20952095end 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.