Changeset 560 for trunk/src


Ignore:
Timestamp:
Nov 21, 2012, 12:48:54 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

imadoc2struct corrected with the use of the more general function xml2struct. This allows to get all the content of the xml file in XmlData?

Location:
trunk/src
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/imadoc2struct.m

    r559 r560  
    1313% INPUT:
    1414% ImaDoc: full name of the xml input file with head key ImaDoc
    15 % option: ='GeometryCalib': read  the data of GeometryCalib, including source point coordinates
    16 
    17 function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
     15% varargin: optional list of strings to restrict the reading to a selection of subtrees, for instance 'GeometryCalib' (save time)
     16
     17function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,varargin)
    1818%% default input and output
    19 if ~exist('option','var')
    20     option='*';
    21 end
    2219errormsg=[];%default
    2320s.Heading=[];%default
    … …  
    2522s.TimeUnit=[]; %default
    2623s.GeometryCalib=[];
    27 tsai=[];%default
     24% tsai=[];%default
    2825
    2926%% opening the xml file
    3027[tild,tild,FileExt]=fileparts(ImaDoc);
     28%% case of .civ files (obsolete)
    3129if strcmp(FileExt,'.civ')
    3230    [errormsg,time,TimeUnit,mode,npx,npy,s.GeometryCalib]=read_imatext(ImaDoc);
    3331    return
    3432end
    35 try
    36     t=xmltree(ImaDoc);
    37 catch ME
    38     errormsg={['error reading ' ImaDoc ': ']; ME.message};
    39     display(errormsg);
     33
     34%% case of xml files
     35if nargin >1
     36    [s,Heading]=xml2struct(ImaDoc,varargin);% convert the xml file in a structure s, keeping only the subtree defined in input
     37else
     38    [s,Heading]=xml2struct(ImaDoc);% convert the whole xml file in a structure s
     39end
     40if ~strcmp(Heading,'ImaDoc')
     41    errormsg='the input xml file is not ImaDoc';
    4042    return
    4143end
    42 uid_root=find(t,'/ImaDoc');
    43 if isempty(uid_root), return; end;%not an ImaDoc .xml file
    44 
    45 %% Heading
    46 uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
    47 if ~isempty(uid_Heading),
    48     uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
    49     uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
    50     uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
    51     uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
    52     uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
    53     s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
    54     s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
    55     s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
    56     if ~isempty(uid_Record)
    57         s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
    58     end
    59     s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
    60 end
     44%% reading timing
     45Timing=s.Camera.BurstTiming;
     46if ~iscell(Timing)
     47    Timing={Timing};
     48end
     49s.Time=[];
     50for k=1:length(Timing)
     51    Frequency=1;
     52    if isfield(Timing{k},'Frequency')
     53        Frequency=Timing{k}.FrameFrequency;
     54    end
     55    Dtj=[];
     56    if isfield(Timing{k},'Dtj')
     57        Dtj=Timing{k}.Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's');
     58    end
     59    NbDtj=1;
     60    if isfield(Timing{k},'NbDtj')
     61        NbDtj=Timing{k}.NbDtj;
     62    end
     63    Dti=[];
     64    if isfield(Timing{k},'Dti')
     65        Dti=Timing{k}.Dti/Frequency;%Dti converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's');
     66    end
     67    NbDti=1;
     68    if isfield(Timing{k},'NbDti')
     69        NbDti=Timing{k}.NbDti;
     70    end
     71    Time_val=Timing{k}.Time;%time in TimeUnit
     72    if ~isempty(Dti)
     73        Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
     74        Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
     75    end
     76    if ~isempty(Dtj)
     77        Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dtj vector NbDtj times
     78        Dtj=[0 Dtj];
     79        Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
     80    end
     81    % reading Dtk
     82    Dtk=[];%default
     83    NbDtk=1;%default
     84    if isfield(Timing,'Dtk')
     85        Dtk=Timing{k}.Dtk;
     86    end
     87    if isfield(Timing,'NbDtk')
     88        NbDtk=Timing{k}.NbDtk;
     89    end
     90    if isempty(Dtk)
     91        s.Time=[s.Time;Time_val];
     92    else
     93        for kblock=1:NbDtk+1
     94            Time_val_k=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
     95            s.Time=[s.Time;Time_val_k];
     96        end
     97    end
     98end
     99           
     100
     101% try
     102%     t=xmltree(ImaDoc);
     103% catch ME
     104%     errormsg={['error reading ' ImaDoc ': ']; ME.message};
     105%     display(errormsg);
     106%     return
     107% end
     108% uid_root=find(t,'/ImaDoc');
     109% if isempty(uid_root), return; end;%not an ImaDoc .xml file
     110
     111% %% Heading
     112% uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
     113% if ~isempty(uid_Heading),
     114%     uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
     115%     uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
     116%     uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
     117%     uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
     118%     uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
     119%     s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
     120%     s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
     121%     s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
     122%     if ~isempty(uid_Record)
     123%         s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
     124%     end
     125%     s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
     126% end
    61127
    62128%% Camera  and timing
    63 if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
    64     uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
    65     if ~isempty(uid_Camera)
    66         uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
    67         if ~isempty(uid_ImageSize);
    68             ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
    69             xindex=findstr(ImageSize,'x');
    70             if length(xindex)>=2
    71                 s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
    72                 s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
    73             end
    74         end
    75         uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
    76         if ~isempty(uid_TimeUnit)
    77             s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
    78         end
    79         uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
    80         if ~isempty(uid_BurstTiming)
    81             for k=1:length(uid_BurstTiming)
    82                 subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
    83                 % reading Dtk
    84                 Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
    85                 Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
    86                 Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    87                 NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
    88                 Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
    89                 Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    90                 NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
    91                 Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
    92                 if ~isempty(Dti)
    93                     Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
    94                     Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
    95                 end
    96                 if ~isempty(Dtj)
    97                     Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dtj vector NbDtj times
    98                     Dtj=[0 Dtj];
    99                     Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
    100                 end
    101                 % reading Dtk
    102                 Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
    103                 NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
    104                 if isempty(Dtk)
    105                     s.Time=[s.Time;Time_val];
    106                 else
    107                     for kblock=1:NbDtk+1
    108                         Time_val_k=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
    109                         s.Time=[s.Time;Time_val_k];
    110                     end
    111                 end
    112             end
    113         end
    114     end
    115 end
     129% if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
     130%     uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
     131%     if ~isempty(uid_Camera)
     132%         uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
     133%         if ~isempty(uid_ImageSize);
     134%             ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
     135%             xindex=findstr(ImageSize,'x');
     136%             if length(xindex)>=2
     137%                 s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
     138%                 s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
     139%             end
     140%         end
     141%         uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
     142%         if ~isempty(uid_TimeUnit)
     143%             s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
     144%         end
     145%         uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
     146%         if ~isempty(uid_BurstTiming)
     147%             for k=1:length(uid_BurstTiming)
     148%                 subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
     149%                 % reading Dtk
     150%                 Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
     151%                 Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
     152%                 Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
     153%                 NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
     154%                 Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
     155%                 Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
     156%                 NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
     157%                 Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
     158%                 if ~isempty(Dti)
     159%                     Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
     160%                     Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
     161%                 end
     162%                 if ~isempty(Dtj)
     163%                     Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dtj vector NbDtj times
     164%                     Dtj=[0 Dtj];
     165%                     Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
     166%                 end
     167%                 % reading Dtk
     168%                 Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
     169%                 NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
     170%                 if isempty(Dtk)
     171%                     s.Time=[s.Time;Time_val];
     172%                 else
     173%                     for kblock=1:NbDtk+1
     174%                         Time_val_k=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
     175%                         s.Time=[s.Time;Time_val_k];
     176%                     end
     177%                 end
     178%             end
     179%         end
     180%     end
     181% end
    116182
    117183%% motor
    118 if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
    119     uid_subtree=find(t,'/ImaDoc/TranslationMotor');
    120     if length(uid_subtree)==1
    121         subt=branch(t,uid_subtree);%subtree under GeometryCalib
    122        [s.TranslationMotor,errormsg]=read_subtree(subt,{'Nbslice','ZStart','ZEnd'},[1 1 1],[1 1 1]);
    123     end
    124 end
     184% if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
     185%     uid_subtree=find(t,'/ImaDoc/TranslationMotor');
     186%     if length(uid_subtree)==1
     187%         subt=branch(t,uid_subtree);%subtree under GeometryCalib
     188%        [s.TranslationMotor,errormsg]=read_subtree(subt,{'Nbslice','ZStart','ZEnd'},[1 1 1],[1 1 1]);
     189%     end
     190% end
    125191%%  geometric calibration
    126 if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
    127     uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
    128     if ~isempty(uid_GeometryCalib)
    129         if length(uid_GeometryCalib)>1
    130             errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
    131             return
    132         end
    133         subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
    134         cont=get(subt,1,'contents');
    135         if ~isempty(cont)
    136             uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
    137             if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
    138                 tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
    139             end
    140             uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
    141             if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
    142                 tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
    143             end
    144             uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
    145             focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
    146             if isequal(length(uid_fx_fy),1)
    147                 tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
    148             else %old convention (Reg Wilson)
    149                 uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
    150                 uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
    151                 uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
    152                 if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
    153                     dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
    154                     sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
    155                     focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
    156                     tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
    157                     tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
    158                 end
    159             end
    160             uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
    161             if ~isempty(uid_Cx_Cy)
    162                 tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
    163             end
    164             uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
    165             if ~isempty(uid_kc)
    166                 tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
    167             else %old convention (Reg Wilson)
    168                 uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
    169                 if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
    170                     kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
    171                     tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
    172                 end
    173             end
    174             uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
    175             if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
    176                 tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
    177             end
    178             uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
    179             if ~isempty(uid_R)
    180                 RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
    181                 if length(RR)==3
    182                     tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
    183                 end
    184             end
    185            
    186             %look for laser plane definitions
    187             uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
    188             uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
    189             if isempty(uid_Pos)
    190                 uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
    191             end
    192             if ~isempty(uid_Angle)
    193                 tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
    194             end
    195             if ~isempty(uid_Pos)
    196                 for j=1:length(uid_Pos)
    197                     tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
    198                 end
    199                 uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
    200                 uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
    201                 if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
    202                     DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
    203                     NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
    204                     if isequal(NbSlice,'volume')
    205                         tsai.NbSlice='volume';
    206                         NbSlice=NbDtj+1;
    207                     else
    208                         tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
    209                     end
    210                     tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
    211                 end
    212             end   
    213             tsai.SliceAngle=get_value(subt,'/GeometryCalib/SliceAngle',[0 0 0]);
    214             tsai.VolumeScan=get_value(subt,'/GeometryCalib/VolumeScan','n');
    215             tsai.InterfaceCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/InterfaceCoord',[0 0 0]);
    216             tsai.RefractionIndex=get_value(subt,'/GeometryCalib/RefractionIndex',1);
    217            
    218             if strcmp(option,'GeometryCalib')
    219                 tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
    220             end
    221             s.GeometryCalib=tsai;
    222         end
    223     end
    224 end
     192% if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
     193%     uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
     194%     if ~isempty(uid_GeometryCalib)
     195%         if length(uid_GeometryCalib)>1
     196%             errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
     197%             return
     198%         end
     199%         subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
     200%         cont=get(subt,1,'contents');
     201%         if ~isempty(cont)
     202%             uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
     203%             if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
     204%                 tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
     205%             end
     206%             uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
     207%             if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
     208%                 tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
     209%             end
     210%             uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
     211%             focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
     212%             if isequal(length(uid_fx_fy),1)
     213%                 tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
     214%             else %old convention (Reg Wilson)
     215%                 uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
     216%                 uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
     217%                 uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
     218%                 if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
     219%                     dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
     220%                     sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
     221%                     focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
     222%                     tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
     223%                     tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
     224%                 end
     225%             end
     226%             uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
     227%             if ~isempty(uid_Cx_Cy)
     228%                 tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
     229%             end
     230%             uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
     231%             if ~isempty(uid_kc)
     232%                 tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
     233%             else %old convention (Reg Wilson)
     234%                 uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
     235%                 if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
     236%                     kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
     237%                     tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
     238%                 end
     239%             end
     240%             uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
     241%             if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
     242%                 tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
     243%             end
     244%             uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
     245%             if ~isempty(uid_R)
     246%                 RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
     247%                 if length(RR)==3
     248%                     tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
     249%                 end
     250%             end
     251%            
     252%             %look for laser plane definitions
     253%             uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
     254%             uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
     255%             if isempty(uid_Pos)
     256%                 uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
     257%             end
     258%             if ~isempty(uid_Angle)
     259%                 tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
     260%             end
     261%             if ~isempty(uid_Pos)
     262%                 for j=1:length(uid_Pos)
     263%                     tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
     264%                 end
     265%                 uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
     266%                 uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
     267%                 if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
     268%                     DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
     269%                     NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
     270%                     if isequal(NbSlice,'volume')
     271%                         tsai.NbSlice='volume';
     272%                         NbSlice=NbDtj+1;
     273%                     else
     274%                         tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
     275%                     end
     276%                     tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
     277%                 end
     278%             end   
     279%             tsai.SliceAngle=get_value(subt,'/GeometryCalib/SliceAngle',[0 0 0]);
     280%             tsai.VolumeScan=get_value(subt,'/GeometryCalib/VolumeScan','n');
     281%             tsai.InterfaceCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/InterfaceCoord',[0 0 0]);
     282%             tsai.RefractionIndex=get_value(subt,'/GeometryCalib/RefractionIndex',1);
     283%            
     284%             if strcmp(option,'GeometryCalib')
     285%                 tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
     286%             end
     287%             s.GeometryCalib=tsai;
     288%         end
     289%     end
     290% end
    225291
    226292%--------------------------------------------------

  • trunk/src/xml2struct.m

    r477 r560  
    88% INPUT:
    99% filename: name of the xml file
     10% varargin: optional list of strings to restrict the reading to a selection of subtrees, for instance 'GeometryCalib' (save time)
    1011
    11 function [s,Heading]=xml2struct(filename)
     12function [s,Heading]=xml2struct(filename,varargin)
    1213t=xmltree(filename);
    1314Heading=get(t,1,'name');
    14 ss=convert(t);
    15 s=convert_string(ss);
     15if nargin>1
     16    for isub=1:nargin-1
     17        uid_sub=find(t,['/' Heading '/' varargin{isub}]);
     18        tsub=branch(t,uid_sub);
     19        ss=convert(tsub);
     20        s.(varargin{isub})=convert_string(ss);
     21    end
     22else
     23    ss=convert(t);
     24    s=convert_string(ss);
     25end
    1626
    1727
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.