Changeset 654 for trunk/src


Ignore:
Timestamp:
Jun 30, 2013, 11:16:45 PM (11 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bugs corrected

Location:
trunk/src
Files:
1 added
14 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/calc_field_interp.m

    r650 r654  
    1 %'calc_field_interp': defines fields (velocity, vort, div...) from civ data and calculate them
    2 % for projection with linear interpolation
     1%'calc_field_interp': calculate fields (velocity, vort, div...) using linear interpolation if requested
    32%---------------------------------------------------------------------
    43% [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp(Coord,Data,FieldName,XI,YI)
    … …  
    109%
    1110% INPUT:
    12 % Coord(nbpoints,2): matrix of x,y coordinates of theinput data points
     11% Coord(nbpoints,2): matrix of x,y coordinates of the input data points
    1312% Data: inputfield structure
    1413% FieldName: string representing the field to calculate, or cell array of fields (as displayed in uvmat/FieldName)
    15 % XI, YI: set of x and y coordiantes where the fields need to be linearly interpolated
    16 
     14% XI, YI: set of x and y coordinates where the fields need to be linearly interpolated,
     15%        if XI, YI are missing, there is no interpolation (case of colors in vector plots)
     16%
    1717function [VarVal,ListVarName,VarAttribute,errormsg]=calc_field_interp(Coord,Data,FieldName,XI,YI)
    1818
    … …  
    2525if ischar(FieldName),FieldName={FieldName};end
    2626check_skipped=zeros(size(FieldName));% default, =1 to mark the variables which can be calculated
     27check_interp=ones(size(FieldName));% default, =1 to mark the variables which can be interpolated (not ancillary)
    2728Operator=cell(size(FieldName));
    2829
    … …  
    3536        if isempty(ivar)
    3637            check_skipped(ilist)=1; %variable not found
    37         else
     38        elseif isempty(find(strcmp(FieldName{ilist},InputVarList), 1));
    3839            if isfield(Data.VarAttribute{ivar},'Role') &&...
    3940                (strcmp(Data.VarAttribute{ivar}.Role,'ancillary')||strcmp(Data.VarAttribute{ivar}.Role,'warnflag')||strcmp(Data.VarAttribute{ivar}.Role,'errorflag'))
    40                 check_skipped(ilist)=1; % ancillary variable, not interpolated     
    41             elseif isempty(find(strcmp(FieldName{ilist},InputVarList), 1));
    42                 InputVarList=[InputVarList FieldName{ilist}];% the variable is added to the list of input variables if it is not already in the list
     41                check_interp(ilist)=0; % ancillary variable, not interpolated     
    4342            end
     43            InputVarList=[InputVarList FieldName{ilist}];% the variable is added to the list of input variables if it is not already in the list
    4444        end
    4545    else
    … …  
    8888            case 'vec'
    8989                if exist('XI','var')
     90                    if check_interp
    9091                    VarVal{nbvar+1}=F.(UName{ilist})(XI,YI);
    9192                    VarVal{nbvar+2}=F.(VName{ilist})(XI,YI);
     93                    end
    9294                else
    9395                    VarVal{nbvar+1}=Data.(UName{ilist});
    … …  
    100102            case 'norm'
    101103                if exist('XI','var')
     104                    if check_interp
    102105                    U2=F.(UName{ilist})(XI,YI).*F.(UName{ilist})(XI,YI);
    103106                    V2=F.(VName{ilist})(XI,YI).*F.(VName{ilist})(XI,YI);
     107                    end
    104108                else
    105109                    U2=Data.(UName{ilist}).*Data.(UName{ilist});
    … …  
    111115            case {'curl','div','strain'}
    112116                if exist('XI','var')
     117                    if check_interp
    113118                    VarVal{nbvar+1}=F.(UName{ilist})(XI,YI);
     119                    end
    114120                else
    115121                    VarVal{nbvar+1}=Data.(UName{ilist});
    … …  
    120126                if ~isempty(FieldName{ilist})
    121127                    if exist('XI','var')
     128                        if check_interp
    122129                        VarVal{nbvar+1}=F.(FieldName{ilist})(XI,YI);
     130                        end
    123131                    else
    124132                        VarVal{nbvar+1}= Data.(FieldName{ilist});

  • trunk/src/check_files.m

    r648 r654  
    5454    'fill_GUI';...%  fill a GUI with a set of parameters from a Matlab structure
    5555    'filter_tps';...% find the thin plate spline coefficients for interpolation-smoothing
     56    'find_field_bounds': % find the boounds and typical meshs of coordinates
    5657    'find_field_cells';...% group the variables of a 'field object' into 'field cells' and specify their structure
    5758    'find_file_series';...% check the content of an input file and find the corresponding file series

  • trunk/src/geometry_calib.m

    r630 r654  
    5050% Edit the above text to modify the response to help geometry_calib
    5151
    52 % Last Modified by GUIDE v2.5 29-Jul-2012 08:46:09
     52% Last Modified by GUIDE v2.5 29-Jun-2013 23:52:36
    5353
    5454% Begin initialization code - DO NOT edit
    … …  
    208208set(handles.geometry_calib,'UserData',UserData)
    209209uvmat('RootPath_Callback',hObject,eventdata,hhuvmat); %file input with xml reading  in uvmat, show the image in phys coordinates
    210 MenuPlot_Callback(hObject, eventdata, handles)
     210PLOT_Callback(hObject, eventdata, handles)
    211211set(handles.ListCoord,'Value',index)% indicate in the list the point with max deviation (possible mistake)
    212212ListCoord_Callback(hObject, eventdata, handles)
    … …  
    748748set(handles.ListCoord,'Value',1)% refresh the display of coordinates
    749749set(handles.ListCoord,'String',{'......'})
    750 MenuPlot_Callback(hObject, eventdata, handles)
     750PLOT_Callback(hObject, eventdata, handles)
     751
    751752
    752753%------------------------------------------------------------------------
    … …  
    800801%update the plot
    801802ListCoord_Callback(hObject, eventdata, handles)
    802 MenuPlot_Callback(hObject, eventdata, handles)
     803PLOT_Callback(hObject, eventdata, handles)
    803804
    804805%------------------------------------------------------------------------
    … …  
    917918plot_field(Data)
    918919
    919 %------------------------------------------------------------------------
    920 function MenuPlot_Callback(hObject, eventdata, handles)
    921 %------------------------------------------------------------------------
    922 huvmat=findobj(allchild(0),'Name','uvmat');%find the current uvmat interface handle
    923 %UvData=get(huvmat,'UserData');%Data associated to the current uvmat interface
    924 hhuvmat=guidata(huvmat); %handles of GUI elements in uvmat
    925 %hplot=findobj(huvmat,'Tag','axes3');%main plotting axis of uvmat
    926 h_menu_coord=findobj(huvmat,'Tag','TransformName');
    927 menu=get(h_menu_coord,'String');
    928 choice=get(h_menu_coord,'Value');
    929 if iscell(menu)
    930     option=menu{choice};
    931 else
    932     option='px'; %default
    933 end
    934 Coord_cell=get(handles.ListCoord,'String');
    935 ObjectData=read_geometry_calib(Coord_cell);
    936 %ObjectData=read_geometry_calib(handles);%read the interface input parameters defining the object
    937 if ~isempty(ObjectData.Coord)
    938     if isequal(option,'phys')
    939         ObjectData.Coord=ObjectData.Coord(:,1:3);
    940     elseif isequal(option,'px')||isequal(option,'')
    941         ObjectData.Coord=ObjectData.Coord(:,4:5);
    942     else
    943         msgbox_uvmat('ERROR','the choice in menu_coord of uvmat must be '''', px or phys ')
    944     end
    945 end
    946 
    947 set(0,'CurrentFigure',huvmat)
    948 set(huvmat,'CurrentAxes',hhuvmat.PlotAxes)
    949 hh=findobj('Tag','calib_points');
    950 if  ~isempty(ObjectData.Coord) && isempty(hh)
    951     hh=line(ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2),'Color','m','Tag','calib_points','LineStyle','.','Marker','+');
    952 elseif isempty(ObjectData.Coord)%empty list of points, suppress the plot
    953     delete(hh)
    954 else
    955     set(hh,'XData',ObjectData.Coord(:,1))
    956     set(hh,'YData',ObjectData.Coord(:,2))
    957 end
    958 pause(.1)
    959 figure(handles.geometry_calib)
    960920
    961921% --------------------------------------------------------------------
    … …  
    969929   web([helpfile '#geometry_calib'])
    970930end
     931
     932% --------------------------------------------------------------------
     933function MenuSetScale_Callback(hObject, eventdata, handles)
     934% hObject    handle to MenuSetScale (see GCBO)
     935% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
     936% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
     937 answer=msgbox_uvmat('INPUT_TXT','scale pixel/cm?','')
     938 %create test points
     939 huvmat=findobj(allchild(0),'Name','uvmat');%find the current uvmat interface handle
     940UvData=get(huvmat,'UserData');%Data associated to the current uvmat interface
     941Xima=0.8*[UvData.Field.XMin UvData.Field.XMax UvData.Field.XMax UvData.Field.XMin]';
     942Yima=0.8*[UvData.Field.YMin UvData.Field.YMax UvData.Field.YMax UvData.Field.YMin]';
     943x=Xima/str2num(answer);
     944y=Yima/str2num(answer);
     945for j=1:4
     946    for i=1:5
     947          Coord{j,1}=num2str(x);%
     948          Coord{j,2}=num2str(y);%
     949          Coord{j,3}='0';%
     950          Coord{j,4}=num2str(Xima);%
     951          Coord{j,5}=num2str(Yima);%
     952    end
     953end
     954
     955Tabchar=cell2tab(Coord,' | ');
     956Tabchar=[Tabchar ;{'......'}];
     957set(handles.ListCoord,'String',Tabchar)
    971958
    972959%------------------------------------------------------------------------
    … …  
    11401127set(handles.ListCoord,'Value',1)
    11411128set(handles.ListCoord,'String',Tabchar)
    1142 MenuPlot_Callback(hObject, eventdata, handles)
     1129PLOT_Callback(hObject, eventdata, handles)
    11431130
    11441131%-----------------------------------------------------------------------
    … …  
    12331220set(handles.ListCoord,'Value',1)
    12341221set(handles.ListCoord,'String',Tabchar)
    1235 MenuPlot_Callback(handles.geometry_calib, [], handles)
     1222PLOT_Callback(handles.geometry_calib, [], handles)
    12361223
    12371224% -----------------------------------------------------------------------
    … …  
    12801267        set(handles.ListCoord,'String',Coord_cell)         
    12811268        ListCoord_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1282         MenuPlot_Callback(hObject,eventdata,handles)
     1269        PLOT_Callback(hObject,eventdata,handles)
    12831270     end
    12841271end
    … …  
    13571344    CoordCell=reshape(CoordCell,[],5);
    13581345    Tabchar=cell2tab(CoordCell,' | ');%transform cells into table ready for display
    1359     MenuPlot_Callback(handles.geometry_calib, [], handles)
     1346    PLOT_Callback(handles.geometry_calib, [], handles)
    13601347end
    13611348set(handles.calib_type,'Value',val_cal)
    … …  
    14051392% Hint: delete(hObject) closes the figure
    14061393delete(hObject);
     1394
     1395%------------------------------------------------------------------------
     1396% --- Executes on button press in PLOT.
     1397%------------------------------------------------------------------------
     1398function PLOT_Callback(hObject, eventdata, handles)
     1399
     1400huvmat=findobj(allchild(0),'Name','uvmat');%find the current uvmat interface handle
     1401%UvData=get(huvmat,'UserData');%Data associated to the current uvmat interface
     1402hhuvmat=guidata(huvmat); %handles of GUI elements in uvmat
     1403%hplot=findobj(huvmat,'Tag','axes3');%main plotting axis of uvmat
     1404h_menu_coord=findobj(huvmat,'Tag','TransformName');
     1405menu=get(h_menu_coord,'String');
     1406choice=get(h_menu_coord,'Value');
     1407if iscell(menu)
     1408    option=menu{choice};
     1409else
     1410    option='px'; %default
     1411end
     1412Coord_cell=get(handles.ListCoord,'String');
     1413ObjectData=read_geometry_calib(Coord_cell);
     1414%ObjectData=read_geometry_calib(handles);%read the interface input parameters defining the object
     1415if ~isempty(ObjectData.Coord)
     1416    if isequal(option,'phys')
     1417        ObjectData.Coord=ObjectData.Coord(:,1:3);
     1418    elseif isequal(option,'px')||isequal(option,'')
     1419        ObjectData.Coord=ObjectData.Coord(:,4:5);
     1420    else
     1421        msgbox_uvmat('ERROR','the choice in menu_coord of uvmat must be '''', px or phys ')
     1422    end
     1423end
     1424
     1425set(0,'CurrentFigure',huvmat)
     1426set(huvmat,'CurrentAxes',hhuvmat.PlotAxes)
     1427hh=findobj('Tag','calib_points');
     1428if  ~isempty(ObjectData.Coord) && isempty(hh)
     1429    hh=line(ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2),'Color','m','Tag','calib_points','LineStyle','.','Marker','+');
     1430elseif isempty(ObjectData.Coord)%empty list of points, suppress the plot
     1431    delete(hh)
     1432else
     1433    set(hh,'XData',ObjectData.Coord(:,1))
     1434    set(hh,'YData',ObjectData.Coord(:,2))
     1435end
     1436pause(.1)
     1437figure(handles.geometry_calib)
     1438
     1439
     1440 

  • trunk/src/get_field.m

    r648 r654  
    140140set(handles.ordinate,'Value',1)% fill the menu of y vector components
    141141set(handles.ordinate,'String',Field.ListVarName)% fill the menu of y vector components
     142if isfield(Field,'Conventions')&& strcmp(Field.Conventions,'uvmat/civdata')
     143        set(handles.FieldOption,'String',{'1D plot';'scalar';'vectors';'civdata...'})
     144else
     145     set(handles.FieldOption,'String',{'1D plot';'scalar';'vectors'})
     146end
    142147if Field.MaxDim>=2 % case of 2D (or 3D) fields
    143148    if isfield(CellInfo{imax},'VarIndex_vector_x') &&  isfield(CellInfo{imax},'VarIndex_vector_y')
    … …  
    149154        set(handles.FieldOption,'Value',2)
    150155    end
     156
    151157else % case of 1D fields
    152158    set(handles.FieldOption,'Value',1)
    … …  
    338344switch FieldOption
    339345    case '1D plot'
     346        set(handles.Coordinates,'Visible','on')
    340347        set(handles.PanelOrdinate,'Visible','on')
    341348        pos=get(handles.PanelOrdinate,'Position');
    … …  
    352359        ordinate_Callback(hObject, eventdata, handles)
    353360    case 'scalar'
     361        set(handles.Coordinates,'Visible','on')
    354362        set(handles.PanelOrdinate,'Visible','off')
    355363        set(handles.PanelScalar,'Visible','on')
    … …  
    364372        scalar_Callback(hObject, eventdata, handles)
    365373    case 'vectors'
     374        set(handles.Coordinates,'Visible','on')
    366375        set(handles.PanelOrdinate,'Visible','off')
    367376        set(handles.PanelScalar,'Visible','off')
    … …  
    375384        set(handles.Y_title,'Visible','on')     
    376385        vector_Callback(handles)
     386    case 'civdata...'
     387        set(handles.PanelOrdinate,'Visible','off')
     388        set(handles.PanelScalar,'Visible','off')
     389        set(handles.PanelVectors,'Visible','off')
     390        set(handles.Coordinates,'Visible','off')
    377391end
    378392

  • trunk/src/msgbox_uvmat.m

    r599 r654  
    11%'msgbox_uvmat': associated with GUI msgbox_uvmat.fig to display message boxes, for error, warning or input calls
    2 % msgbox_uvmat(title,display)
     2%
     3% answer=msgbox_uvmat(title,display,default_answer,Position)
    34%
    45% OUTPUT:

  • trunk/src/proj_field.m

    r653 r654  
    893893    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
    894894end
    895 testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
     895testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0])||~isequal(ObjectData.Coord(1:2),[0 0 ]) ;% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
    896896
    897897%% mesh sizes DX and DY
    … …  
    984984%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
    985985[CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(FieldData);
     986
    986987if ~isempty(errormsg)
    987988    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
    988989    return
    989990end
    990 
    991 %% projection modes
    992 check_grid=0;
     991check_grid=zeros(size(CellInfo));% =1 if a grid is needed , =0 otherwise, for each field cell
     992
    993993ProjMode=cell(size(CellInfo));
    994 for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
    995     ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;
    996     if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
    997         switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
    998             case 'interp_lin'
    999                 ProjMode{icell}='interp_lin';
    1000             case 'interp_tps'
    1001                 ProjMode{icell}='interp_tps';
    1002         end
    1003     end
    1004     if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
    1005         check_grid=1;
    1006     end
    1007 end
    1008 
    1009 %% define the new coordinates in case of interpolation on a grid
    1010 if check_grid
    1011     AYName='coord_y';
    1012     AXName='coord_x';
    1013     ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
    1014     ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};
    1015     ProjData.VarAttribute={[],[]};
     994for icell=1:numel(CellInfo)
     995    ProjMode{icell}=ObjectData.ProjMode;% projection mode of the plane object
     996end
     997    icell_grid=[];% field cell index which defines the grid
     998if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
     999    %% define the new coordinates in case of interpolation on a imposed grid
    10161000    if ~testYMin
    10171001        errormsg='min Y value not defined for the projection grid';return
    … …  
    10261010        errormsg='max X value not defined for the projection grid';return
    10271011    end
    1028     ProjData.coord_y=[YMin YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
    1029     ProjData.coord_x=[XMin XMax];
    1030     coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
    1031     coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
    1032     [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
    1033     XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
    1034     YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
    1035 end
    1036 
     1012else
     1013    %% case of a grid requested by the input field
     1014
     1015    for icell=1:numel(CellInfo)% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
     1016        if isfield(CellInfo{icell},'ProjModeRequest')
     1017            switch CellInfo{icell}.ProjModeRequest
     1018                case 'interp_lin'
     1019                    ProjMode{icell}='interp_lin';
     1020                case 'interp_tps'
     1021                    ProjMode{icell}='interp_tps';
     1022            end
     1023        end
     1024        if strcmp(ProjMode{icell},'interp_lin')||strcmp(ProjMode{icell},'interp_tps')
     1025            check_grid(icell)=1;
     1026        end
     1027        if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')&&NbDimArray(icell)>=2
     1028            if ~testangle && isempty(icell_grid)% if the input gridded data is not modified, choose the first one in case of multiple gridded field cells
     1029                icell_grid=icell;
     1030                ProjMode{icell}='projection';
     1031            end
     1032            check_grid(icell)=1;
     1033        end
     1034    end
     1035    if ~isempty(find(check_grid))% if a grid is requested by the input field
     1036        if isempty(icell_grid)%  if the grid is not given by cell #icell_grid
     1037            if ~isfield(FieldData,'XMax')
     1038                FieldData=find_field_bounds(FieldData);
     1039%             CellIndex=find(check_grid);
     1040%             for igrid=1:numel(CellIndex)
     1041%                 icell=CellIndex(igrid);% TODO: recalculate coordinates here to get the bounds in the rotated coordinates
     1042%                 NbDim=NbDimArray(icell);
     1043%                 for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
     1044%                     ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
     1045%                     Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
     1046%                     if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
     1047%                         
     1048%                         
     1049%                         
     1050%                     else
     1051%                                                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
     1052%                             DCoord_min(idim)=1;%default
     1053%                             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
     1054%                             test_direct(idim)=1;
     1055%                     end
     1056%                 % default bounds, case of gridded data
     1057%                 if strcmp(CellInfo{icell}.CoordType,'grid')
     1058%                     % find default mesh
     1059%                     for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
     1060%                         test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
     1061%                         ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
     1062%                         DimValue=size(FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar}));
     1063%                         if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
     1064%                             Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
     1065%                             if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
     1066%                                 DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
     1067%                                 Coord{idim}=linspace(Coord{idim}(1),Coord{idim}(2),DimValue(idim));
     1068%                             else
     1069%                                 DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
     1070%                                 DCoord_min(idim)=min(DCoord);
     1071%                                 DCoord_max=max(DCoord);
     1072%                                 if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
     1073%                                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
     1074%                                     return
     1075%                                 end
     1076%                                 test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
     1077%                             end
     1078%                             test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
     1079%                         else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
     1080% %                             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
     1081% %                             DCoord_min(idim)=1;%default
     1082% %                             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
     1083% %                             test_direct(idim)=1;
     1084%                         end
     1085%                     end
     1086%                     if isempty(DY)
     1087%                         DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
     1088%                     end
     1089%                     npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
     1090%                     if isempty(DX)
     1091%                         DX=abs(DCoord_min(NbDim));
     1092%                     end
     1093%                     npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
     1094%                     for idim=1:NbDim
     1095%                         if test_interp(idim)
     1096%                             DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
     1097%                         end
     1098%                     end
     1099%                     Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
     1100%                     test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
     1101%                     Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
     1102%                     test_direct_x=test_direct(NbDim);
     1103%                     DAX=DCoord_min(NbDim);
     1104%                     DAY=DCoord_min(NbDim-1);
     1105%                     minAX=min(Coord_x);
     1106%                     maxAX=max(Coord_x);
     1107%                     minAY=min(Coord_y);
     1108%                     maxAY=max(Coord_y);
     1109%                     xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);% image corners in the new coordiantes
     1110%                     ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
     1111%                     xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
     1112%                     ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
     1113%                     if ~testXMax
     1114%                         XMax(igrid)=max(xcor_new);
     1115%                     end
     1116%                     if ~testXMin
     1117%                         XMin(igrid)=min(xcor_new);
     1118%                     end
     1119%                     if ~testYMax
     1120%                         YMax(igrid)=max(ycor_new);
     1121%                     end
     1122%                     if ~testYMin
     1123%                         YMin(igrid)=min(ycor_new);
     1124%                     end
     1125%                     DX(igrid)=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
     1126%                     DY(igrid)=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
     1127%                     if NbDim==3
     1128%                         DZ(igrid)=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
     1129%                         if ~test_direct(1)
     1130%                             DZ=-DZ;
     1131%                         end
     1132%                         Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
     1133%                         test_direct_z=test_direct(1);
     1134%                     end
     1135%                 else
     1136%                     
     1137%                 end
     1138%                 YMax=max(YMax);
     1139%                 YMin=min(YMin);
     1140%                 XMax=max(XMax);
     1141%                 XMin=min(XMin);
     1142            end
     1143        end
     1144    end
     1145end
     1146if ~isempty(find(check_grid))||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
     1147    if isempty(icell_grid)||~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')%no existing gridded data used
     1148        AYName='coord_y';
     1149        AXName='coord_x';
     1150        if ~strcmp(ObjectData.ProjMode,'projection')
     1151            ProjData.coord_y=[ObjectData.RangeY(1) ObjectData.RangeY(2)];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
     1152        ProjData.coord_x=[ObjectData.RangeX(1) ObjectData.RangeX(2)];
     1153        coord_x_proj=ObjectData.RangeX(1):ObjectData.DX:ObjectData.RangeX(2);
     1154        coord_y_proj=ObjectData.RangeY(1):ObjectData.DY:ObjectData.RangeY(2);
     1155        else
     1156        ProjData.coord_y=[FieldData.YMin FieldData.YMax];%note that if projection is done on a grid, the Min and Max along each direction must have been defined
     1157        ProjData.coord_x=[FieldData.XMin FieldData.XMax];
     1158        coord_x_proj=FieldData.XMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.XMax;
     1159        coord_y_proj=FieldData.YMin:FieldData.CoordMesh:FieldData.YMax;
     1160        end
     1161        [X,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
     1162        XI=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-YI*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original system
     1163        YI=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+YI*cos(PlaneAngle(3));
     1164    else% we use the existing grid from field cell #icell_grid
     1165        NbDim=NbDimArray(icell_grid);
     1166        AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
     1167        AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell_grid}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
     1168        ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName); % new (projected ) y coordinates
     1169        ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName); % new (projected ) y coordinates
     1170    end
     1171            ProjData.ListVarName={AYName,AXName};
     1172        ProjData.VarDimName={AYName,AXName};
     1173        ProjData.VarAttribute={[],[]};
     1174end
     1175   
    10371176%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    1038 % LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
     1177% LOOP ON FIELD CELLS, PROJECT VARIABLES
    10391178% CellVarIndex=cells of variable index arrays
    10401179%ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
    … …  
    10501189    end
    10511190    VarIndex=CellInfo{icell}.VarIndex;%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
    1052 %     ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
    1053 %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
    1054 %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
    1055 %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
    1056 %     elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
    1057 %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
    1058 %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
    1059 %     end
    1060 %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
    1061 %         ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
    1062 %     end
     1191    %     ivar_U=[];ivar_V=[];ivar_W=[];
     1192    %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x_tps')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y_tps')
     1193    %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x_tps;
     1194    %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y_tps;
     1195    %     elseif isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_x')&&isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_y')
     1196    %         ivar_U=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_x;
     1197    %         ivar_V=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_y;
     1198    %     end
     1199    %     if isfield(CellInfo{icell},'VarIndex_vector_z')
     1200    %         ivar_W=CellInfo{icell}.VarIndex_vector_z;
     1201    %     end
    10631202    %dimensions
    10641203    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
    … …  
    12521391            Coord_x=[];
    12531392           
    1254             % find default mesh
    1255             for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
    1256                 test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
    1257                 ivar=CellInfo{icell}.CoordIndex(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
    1258                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
    1259                     Coord{idim}=FieldData.(FieldData.ListVarName{ivar});% coord values for the input field
    1260                     if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
    1261                         DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
    1262                         Coord{idim}=linspace(Coord{idim}(1),Coord{idim}(2),DimValue(idim));
    1263                     else
    1264                         DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
    1265                         DCoord_min(idim)=min(DCoord);
    1266                         DCoord_max=max(DCoord);
    1267                         if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
    1268                             msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
    1269                             return
    1270                         end
    1271                         test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
    1272                     end
    1273                     test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
    1274                 else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
    1275                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
    1276                     DCoord_min(idim)=1;%default
    1277                     Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
    1278                     test_direct(idim)=1;
    1279                 end
    1280             end
    1281             if isempty(DY)
    1282                 DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
    1283             end
    1284             npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
    1285             if isempty(DX)
    1286                 DX=abs(DCoord_min(NbDim));
    1287             end
    1288             npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
    1289             for idim=1:NbDim
    1290                 if test_interp(idim)
    1291                     DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
    1292                 end
    1293             end
    1294             Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
    1295             test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
    1296             Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
    1297             test_direct_x=test_direct(NbDim);
    1298             DAX=DCoord_min(NbDim);
    1299             DAY=DCoord_min(NbDim-1);
    13001393           
    1301             % default bounds
    1302             minAX=min(Coord_x);
    1303             maxAX=max(Coord_x);
    1304             minAY=min(Coord_y);
    1305             maxAY=max(Coord_y);
    1306             xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);% image corners in the new coordiantes
    1307             ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
    1308             xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
    1309             ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
    1310             if ~testXMax
    1311                 XMax=max(xcor_new);
    1312             end
    1313             if ~testXMin
    1314                 XMin=min(xcor_new);
    1315             end
    1316             if ~testYMax
    1317                 YMax=max(ycor_new);
    1318             end
    1319             if ~testYMin
    1320                 YMin=min(ycor_new);
    1321             end
    1322             DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
    1323             DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
    1324             if DX==0
    1325                 DX=DXinit;
    1326             end
    1327             if DY==0
    1328                 DY=DYinit;
    1329             end
    1330             if NbDim==3
    1331                 DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
    1332                 if ~test_direct(1)
    1333                     DZ=-DZ;
    1334                 end
    1335                 Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
    1336                 test_direct_z=test_direct(1);
    1337             end
     1394           
     1395            %             % default bounds
     1396            %             minAX=min(Coord_x);
     1397            %             maxAX=max(Coord_x);
     1398            %             minAY=min(Coord_y);
     1399            %             maxAY=max(Coord_y);
     1400            %             xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);% image corners in the new coordiantes
     1401            %             ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
     1402            %             xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
     1403            %             ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
     1404            %             if ~testXMax
     1405            %                 XMax=max(xcor_new);
     1406            %             end
     1407            %             if ~testXMin
     1408            %                 XMin=min(xcor_new);
     1409            %             end
     1410            %             if ~testYMax
     1411            %                 YMax=max(ycor_new);
     1412            %             end
     1413            %             if ~testYMin
     1414            %                 YMin=min(ycor_new);
     1415            %             end
     1416            %             DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
     1417            %             DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
     1418            %             if DX==0
     1419            %                 DX=DXinit;
     1420            %             end
     1421            %             if DY==0
     1422            %                 DY=DYinit;
     1423            %             end
     1424            %             if NbDim==3
     1425            %                 DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
     1426            %                 if ~test_direct(1)
     1427            %                     DZ=-DZ;
     1428            %                 end
     1429            %                 Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
     1430            %                 test_direct_z=test_direct(1);
     1431            %             end
    13381432            %define new coordiantes if not already done by the definition of a projection grid
    13391433            if ~check_grid
    1340                 AYName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
    1341                 AXName=FieldData.ListVarName{CellInfo{icell}.CoordIndex(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
    1342                 ListVarName=[ListVarName {AYName} {AXName}];% update the list of projected variables
    1343                 VarDimName=[VarDimName {AYName} {AXName}];% update the corresponding list of dimensions
    1344                 VarAttribute=[VarAttribute {[]} {[]}];% update the list of attributes
    1345                 ProjData.(AYName)=[YMin YMax]; % new (projected ) y coordinates
    1346                 ProjData.(AXName)=[XMin XMax]; % new (projected ) y coordinates
     1434               
     1435               
    13471436            end
    13481437           
    … …  
    13701459                        VarAttribute=[VarAttribute FieldData.VarAttribute(VarIndex)];
    13711460                    end
     1461                   
    13721462                    ProjData.(AYName)=FieldData.(AYName);
    13731463                    ProjData.(AXName)=FieldData.(AXName);
    … …  
    15401630                    eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
    15411631                end
    1542 %                 if ~isequal(Psi,0)
    1543 %                     eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
    1544 %                     eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
    1545 %                 end
     1632                %                 if ~isequal(Psi,0)
     1633                %                     eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
     1634                %                     eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
     1635                %                 end
    15461636            end
    15471637        end
    … …  
    15521642% SubData.VarDimName={};
    15531643% SubData.VarAttribute={};
    1554 % check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName)); 
     1644% check_remove=zeros(size(ProjData.ListVarName));
    15551645% for iproj=1:numel(ProjData.VarAttribute)
    15561646%     if isfield(ProjData.VarAttribute{iproj},'CheckSub')&&isequal(ProjData.VarAttribute{iproj}.CheckSub,1)
    … …  
    15601650%         SubData.VarAttribute=[SubData.VarAttribute ProjData.VarAttribute{iproj}];
    15611651%         SubData.(VarName)=ProjData.(VarName);
    1562 %         check_remove(iproj)=1;       
     1652%         check_remove(iproj)=1;
    15631653%     end
    15641654% end
    … …  
    15691659%     ProjData.VarAttribute(ind_remove)=[];
    15701660%     ProjData=sub_field(ProjData,[],SubData);
    1571 % end   
     1661% end
    15721662
    15731663%-----------------------------------------------------------------
    1574 %projection in a volume
    1575  function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
     1664%projection in a volume
     1665function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
     1666
    15761667%-----------------------------------------------------------------
    15771668ProjData=FieldData;%default output
    … …  
    15841675end
    15851676
    1586 %% rotation angles 
    1587 VolumeAngle=[0 0 0]; 
     1677%% rotation angles
     1678VolumeAngle=[0 0 0];
    15881679norm_plane=[0 0 1];
    15891680if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])

  • trunk/src/read_civdata.m

    r651 r654  
    7373        switch FieldNames{ilist}
    7474            case{'U','V','norm(U,V)'}
     75                if ~strcmp(FieldNames{1},'vec(U,V)')% if the scalar is not used as color of vectors
    7576                ProjModeRequest='interp_lin';
     77                end
    7678            case {'curl(U,V)','div(U,V)','strain(U,V)'}
    7779                ProjModeRequest='interp_tps';

  • trunk/src/read_field.m

    r648 r654  
    4949        end
    5050    end
     51    check_colorvar=zeros(size(InputField));
    5152    if isfield(ParamIn,'ColorVar')
    5253        InputField=[ParamIn.FieldName {ParamIn.ColorVar}];
    53         check_colorvar=1;
     54        check_colorvar(numel(InputField))=1;
    5455    end
    5556end
    … …  
    7071        for ilist=1:numel(InputField)
    7172            r=regexp(InputField{ilist},'(?<Operator>(^vec|^norm))\((?<UName>.+),(?<VName>.+)\)$','names');
    72             if isempty(r)
     73            if isempty(r)%  no operator used
    7374                ListVar=[ListVar InputField(ilist)];
     75                if check_colorvar(ilist)
     76                                    Role{numel(ListVar)}='ancillary';% not projected with interpolation
     77                ProjModeRequest{numel(ListVar)}='';
     78                else
    7479                Role{numel(ListVar)}='scalar';
    7580                ProjModeRequest{numel(ListVar)}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
    76             else
     81                end
     82            else  % an operator 'vec' or 'norm' is used
    7783                ListVar=[ListVar {r.UName,r.VName}];
    7884                Role{numel(ListVar)}='vector_y';
    7985                Role{numel(ListVar)-1}='vector_x';
    80                             switch r.Operator
    81                                 case 'norm'
     86                      if ~check_colorvar(ilist) && strcmp(r.Operator,'norm')
    8287                                    ProjModeRequest{numel(ListVar)-1}='interp_lin';%scalar field (requires interpolation for plot)
    8388                                    ProjModeRequest{numel(ListVar)}='interp_lin';
    84                                 otherwise
     89                      else
    8590                                   ProjModeRequest{numel(ListVar)-1}='';
    8691                                   ProjModeRequest{numel(ListVar)}='';
    8792                            end
    8893            end
    89         end
    90         if check_colorvar
    91             Role{numel(ListVar)}='ancillary';% scalar used for color vector (not projected)
    9294        end
    9395        if isfield(ParamIn,'TimeDimName')% case of reading of a single time index in a multidimensional array

  • trunk/src/series.m

    r651 r654  
    120120
    121121%% list of builtin functions in the mebu ActionName
    122 ActionList={'check_data_files';'aver_stat';'time_series';'merge_proj'};% WARNING: fits with nb_builtin_ACTION=4 in ActionName_callback
     122ActionList={'check_data_files';'aver_stat';'time_series';'civ_series';'merge_proj'};% WARNING: fits with nb_builtin_ACTION=4 in ActionName_callback
    123123NbBuiltinAction=numel(ActionList);
    124124[path_series,name,ext]=fileparts(which('series'));% path to the GUI series

  • trunk/src/set_col_vec.m

    r517 r654  
    5353        maxC=max(vec_C);
    5454    end
    55     colcode_out.MinC=minC;
    56     colcode_out.MaxC=maxC;
     55    colcode_out.MinVec=minC;
     56    colcode_out.MaxVec=maxC;
    5757    if strcmp(colcode.ColorCode,'rgb')|| strcmp(colcode.ColorCode,'bgr')% 3 color representation
    5858        if  isfield(colcode,'ColCode1')

  • trunk/src/uvmat.m

    r651 r654  
    24182418%       abstime_1=[];
    24192419% end 
     2420set(handles.TimeValue,'String',num2str(abstime))
    24202421abstime_1=[];
    24212422TimeName_1=get(handles.TimeName_1,'String');
    … …  
    24802481
    24812482%% analyse input field
    2482 [CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(UvData.Field);% analyse  the input field structure
    2483 if ~isempty(errormsg)
    2484     errormsg=['uvmat /refresh_field / find_field_cells / ' errormsg];% display error
    2485     return
    2486 end
    2487 
    2488 NbDim=max(NbDimArray);% spatial dimension of the input field
    2489 imax=find(NbDimArray==NbDim);% indices of field cells to consider
    2490 if isfield(UvData.Field,'NbDim')
    2491     NbDim=double(UvData.Field.NbDim);% deal with plane fields containing z coordinates
    2492 end
    2493 
    2494 %% get bounds and mesh (needed  to propose default options for projection objects)
    2495 if NbDim>1
    2496     CoordMax=zeros(numel(imax),NbDim);
    2497     CoordMin=zeros(numel(imax),NbDim);
    2498     Mesh=zeros(1,numel(imax));
    2499     for ind=1:numel(imax)
    2500         if strcmp(CellInfo{imax(ind)}.CoordType,'tps')
    2501             CoordName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex};% X,Y coordinates in a single variable
    2502             CoordMax(ind,NbDim)=max(max(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,1,:),[],1),[],3);% max of x component (2D case)
    2503             CoordMax(ind,NbDim-1)=max(max(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,2,:),[],1),[],3);% max of y component (2D case)
    2504             CoordMin(ind,NbDim)=min(min(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,1,:),[],1),[],3);
    2505             CoordMin(ind,NbDim-1)=min(min(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,2,:),[],1),[],3);% min of y component (2D case)
    2506         else
    2507             XName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(end)};
    2508             YName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(end-1)};
    2509             CoordMax(ind,NbDim)=max(max(UvData.Field.(XName)));
    2510             CoordMin(ind,NbDim)=min(min(UvData.Field.(XName)));
    2511             CoordMax(ind,NbDim-1)=max(max(UvData.Field.(YName)));
    2512             CoordMin(ind,NbDim-1)=min(min(UvData.Field.(YName)));
    2513             %         test_x=1;%test for unstructured coordinates
    2514             if NbDim==3
    2515                 ZName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(1)};
    2516                 CoordMax(imax(ind),1)=max(max(UvData.Field.(ZName)));
    2517                 CoordMin(ind,1)=min(min(UvData.Field.(ZName)));
    2518             end
    2519         end
    2520         switch CellInfo{imax(ind)}.CoordType
    2521            
    2522             case {'scattered','tps'} %unstructured coordinates
    2523                 NbPoints=CellInfo{imax(ind)}.CoordSize;% total nbre of points
    2524                 Mesh(ind)=(prod(CoordMax(ind,:)-CoordMin(ind,:))/NbPoints)^(1/NbDim); %(volume or area per point)^(1/NbDim)
    2525             case 'grid'%structured coordinate
    2526                 NbPoints=CellInfo{imax(ind)}.CoordSize;% nbre of points in each direction
    2527                 Mesh(ind)=min((CoordMax(ind,:)-CoordMin(ind,:))./(NbPoints-1));               
    2528         end
    2529     end
    2530     UvData.Field.CoordMesh=min(Mesh);
    2531     UvData.Field.XMax=max(CoordMax(:,end));
    2532     UvData.Field.XMin=min(CoordMin(:,end));
    2533     UvData.Field.YMax=max(CoordMax(:,end-1));
    2534     UvData.Field.YMin=min(CoordMin(:,end-1));
    2535     if NbDim==3
    2536         UvData.Field.ZMax=max(CoordMax(ind,1));
    2537         UvData.Field.ZMin=max(CoordMin(ind,1));
    2538     end
    2539     % adjust the mesh to a value 1, 2 , 5 *10^n
    2540     ord=10^(floor(log10(UvData.Field.CoordMesh)));%order of magnitude
    2541     if UvData.Field.CoordMesh/ord>=5
    2542         UvData.Field.CoordMesh=5*ord;
    2543     elseif UvData.Field.CoordMesh/ord>=2
    2544         UvData.Field.CoordMesh=2*ord;
    2545     else
    2546         UvData.Field.CoordMesh=ord;
    2547     end
     2483% [CellInfo,NbDimArray,errormsg]=find_field_cells(UvData.Field);% analyse  the input field structure
     2484% if ~isempty(errormsg)
     2485%     errormsg=['uvmat /refresh_field / find_field_cells / ' errormsg];% display error
     2486%     return
     2487% end
     2488%
     2489% NbDim=max(NbDimArray);% spatial dimension of the input field
     2490% imax=find(NbDimArray==NbDim);% indices of field cells to consider
     2491% if isfield(UvData.Field,'NbDim')
     2492%     NbDim=double(UvData.Field.NbDim);% deal with plane fields containing z coordinates
     2493% end
     2494%
     2495% %% get bounds and mesh (needed  to propose default options for projection objects)
     2496% if NbDim>1
     2497%     CoordMax=zeros(numel(imax),NbDim);
     2498%     CoordMin=zeros(numel(imax),NbDim);
     2499%     Mesh=zeros(1,numel(imax));
     2500%     for ind=1:numel(imax)
     2501%         if strcmp(CellInfo{imax(ind)}.CoordType,'tps')
     2502%             CoordName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex};% X,Y coordinates in a single variable
     2503%             CoordMax(ind,NbDim)=max(max(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,1,:),[],1),[],3);% max of x component (2D case)
     2504%             CoordMax(ind,NbDim-1)=max(max(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,2,:),[],1),[],3);% max of y component (2D case)
     2505%             CoordMin(ind,NbDim)=min(min(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,1,:),[],1),[],3);
     2506%             CoordMin(ind,NbDim-1)=min(min(UvData.Field.(CoordName)(1:end-3,2,:),[],1),[],3);% min of y component (2D case)
     2507%         else
     2508%             XName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(end)};
     2509%             YName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(end-1)};
     2510%             CoordMax(ind,NbDim)=max(max(UvData.Field.(XName)));
     2511%             CoordMin(ind,NbDim)=min(min(UvData.Field.(XName)));
     2512%             CoordMax(ind,NbDim-1)=max(max(UvData.Field.(YName)));
     2513%             CoordMin(ind,NbDim-1)=min(min(UvData.Field.(YName)));
     2514%             %         test_x=1;%test for unstructured coordinates
     2515%             if NbDim==3
     2516%                 ZName=UvData.Field.ListVarName{CellInfo{imax(ind)}.CoordIndex(1)};
     2517%                 CoordMax(imax(ind),1)=max(max(UvData.Field.(ZName)));
     2518%                 CoordMin(ind,1)=min(min(UvData.Field.(ZName)));
     2519%             end
     2520%         end
     2521%         switch CellInfo{imax(ind)}.CoordType
     2522%             
     2523%             case {'scattered','tps'} %unstructured coordinates
     2524%                 NbPoints=CellInfo{imax(ind)}.CoordSize;% total nbre of points
     2525%                 Mesh(ind)=(prod(CoordMax(ind,:)-CoordMin(ind,:))/NbPoints)^(1/NbDim); %(volume or area per point)^(1/NbDim)
     2526%             case 'grid'%structured coordinate
     2527%                 NbPoints=CellInfo{imax(ind)}.CoordSize;% nbre of points in each direction
     2528%                 Mesh(ind)=min((CoordMax(ind,:)-CoordMin(ind,:))./(NbPoints-1));               
     2529%         end
     2530%     end
     2531%     UvData.Field.CoordMesh=min(Mesh);
     2532%     UvData.Field.XMax=max(CoordMax(:,end));
     2533%     UvData.Field.XMin=min(CoordMin(:,end));
     2534%     UvData.Field.YMax=max(CoordMax(:,end-1));
     2535%     UvData.Field.YMin=min(CoordMin(:,end-1));
     2536%     if NbDim==3
     2537%         UvData.Field.ZMax=max(CoordMax(ind,1));
     2538%         UvData.Field.ZMin=max(CoordMin(ind,1));
     2539%     end
     2540%     % adjust the mesh to a value 1, 2 , 5 *10^n
     2541%     ord=10^(floor(log10(UvData.Field.CoordMesh)));%order of magnitude
     2542%     if UvData.Field.CoordMesh/ord>=5
     2543%         UvData.Field.CoordMesh=5*ord;
     2544%     elseif UvData.Field.CoordMesh/ord>=2
     2545%         UvData.Field.CoordMesh=2*ord;
     2546%     else
     2547%         UvData.Field.CoordMesh=ord;
     2548%     end
     2549if UvData.Field.NbDim>1
     2550    UvData.Field=find_field_bounds(UvData.Field);
    25482551    % default projection plane
    25492552    if isempty(UvData.ProjObject{1})
    … …  
    25552558    end
    25562559    %% 3D case (menuvolume)
    2557     if NbDim==3% && UvData.NewSeries
     2560    if UvData.Field.NbDim==3% && UvData.NewSeries
    25582561        test_set_object=1;
    25592562        hset_object=findobj(allchild(0),'tag','set_object');% look for the set_object GUI
    … …  
    26072610
    26082611%% usual 1D (x,y) plots
    2609 if NbDim<=1
     2612if UvData.Field.NbDim<=1
    26102613    set(handles.Objects,'Visible','off')
    26112614    set(handles.ListObject_1_title,'Visible','off')
    … …  
    27272730                view_field(ObjectData)
    27282731            else
     2732              %  ObjectData.VarAttribute{5}.Role='scalar';TODO    CORRECT
    27292733                [PlotType,PlotParamOut]=plot_field(ObjectData,haxes(imap),PlotParam{imap},PosColorbar{imap});
    27302734                if imap==1
    … …  
    31553159        set(handles.FixVelType,'visible','off')
    31563160        set(handles.VelType,'Visible','off')
    3157         set(handles.VelType_1,'Visible','off')
     3161        %set(handles.VelType_1,'Visible','off')
    31583162       
    31593163        %read selection from get_field
    … …  
    31633167        FieldList={};
    31643168        VecColorList={};
    3165         XName=GetFieldData.Coordinates.Coord_x;
    31663169        switch GetFieldData.FieldOption
    31673170            case 'vectors'
    31683171                UName=GetFieldData.PanelVectors.vector_x;
    31693172                VName=GetFieldData.PanelVectors.vector_y;
    3170                 XName=GetFieldData.Coordinates.Coord_x;
    31713173                YName={GetFieldData.Coordinates.Coord_y};
    31723174                CName=GetFieldData.PanelVectors.vec_color;
    … …  
    31743176            case 'scalar'
    31753177                AName=GetFieldData.PanelScalar.scalar;
    3176                 XName=GetFieldData.Coordinates.Coord_x;
    31773178                YName={GetFieldData.Coordinates.Coord_y};
    31783179                FieldList={AName};
    31793180            case '1D plot'
    31803181                YName=GetFieldData.PanelOrdinate.ordinate;
    3181                 XName=GetFieldData.Coordinates.Coord_x;
    3182         end
     3182            case 'civdata...'%return to civdata from get_field
     3183               % [FieldList,VecColorList]=set_field_list('U','V','C');
     3184                set(handles.FieldName,'Value',2)
     3185                set(handles.FixVelType,'visible','on')
     3186                set(handles.VelType,'Visible','on')
     3187        end
     3188        if ~strcmp(GetFieldData.FieldOption,'civdata...')
     3189            XName=GetFieldData.Coordinates.Coord_x;
    31833190        TimeNameStr=GetFieldData.Time.SwitchVarIndexTime;
    31843191        if strcmp(TimeNameStr,'file index')
    … …  
    32033210        UvData.FileType{1}='netcdf';
    32043211        set(handles.uvmat,'UserData',UvData)
     3212        end
    32053213        run0_Callback(hObject, eventdata, handles)
    32063214       
    … …  
    40764084function num_MinVec_Callback(hObject, eventdata, handles)
    40774085%------------------------------------------------------------------------
    4078 max_vec_Callback(hObject, eventdata, handles)
     4086num_MaxVec_Callback(hObject, eventdata, handles)
    40794087
    40804088%------------------------------------------------------------------------
    … …  
    52025210function MenuPIV_Callback(hObject, eventdata, handles)
    52035211    Param=read_param(handles);
    5204     Param.ActionName='civ_series';
    5205 series(Param)
     5212%     Param.ActionName='civ_series';
     5213hseries=series(Param);
     5214hhseries=guidata(hseries);
     5215ActionMenu=get(hhseries.ActionName,'String');
     5216index_action=find(strcmp('civ_series',ActionMenu));
     5217set(hhseries.ActionName,'Value',index_action);
     5218series('ActionName_Callback',hObject,eventdata,hhseries); %file input with xml reading  in uvmat, show the image in phys coordinates
     5219
    52065220
    52075221%------------------------------------------------------------------------
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.