Changeset 956


Ignore:
Timestamp:
Jun 22, 2016, 8:10:14 PM (5 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various

Location:
trunk/src
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/series/ima2vol.m

    r953 r956  
    4646    ParamOut.ProjObject='on';%can use projection object(option 'off'/'on',
    4747    ParamOut.Mask='on';%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
    48     ParamOut.OutputDirExt='.vertical_cut';%set the output dir extension
     48    ParamOut.OutputDirExt='.vol';%set the output dir extension
    4949    ParamOut.OutputFileMode='NbInput';% '=NbInput': 1 output file per input file index, '=NbInput_i': 1 file per input file index i, '=NbSlice': 1 file per slice
    5050      %check the input files
     
    133133        end
    134134        if jfile==1
    135             vol=zeros(nbfield_j,size(Data.A,1),size(Data.A,2));
    136             Z=1:nbfield_j;%default Z values
     135            VolData.A=zeros(nbfield_j,size(Data.A,1),size(Data.A,2));
     136            VolData.Coord_z=1:nbfield_j;%default Z values
    137137        end
    138         vol(jfile,:,:)=double(Data.A);%concacene along y
    139         Z(jfile)=Data.PlaneCoord(3);
     138        VolData.A(jfile,:,:)=Data.A;%concacene along y
     139        VolData.Coord_z(jfile)=Data.PlaneCoord(3);
    140140    end
    141     if ifile==1
    142         npx=size(Data.A,2);
    143         npy=size(Data.A,1);
    144         npz=256;
    145         ind_x=round(npx/2)-10:round(npx/2)+10;%image index at the mid x position
    146         ind_y=round(npy/2)-10:round(npy/2)+10;;%image index at the mid y position
    147        
    148         %write xml calibration file, using the first file
    149             Rangx=Data.Coord_x;
    150             Rangy=Data.Coord_y;
    151             Rangz=[Z(end) Z(1)];
     141%         npx=size(Data.A,2);
     142%         npy=size(Data.A,1);
     143%         npz=256;
     144%         ind_x=round(npx/2)-10:round(npx/2)+10;%image index at the mid x position
     145%         ind_y=round(npy/2)-10:round(npy/2)+10;%image index at the mid y position
     146%         ind_y=ind_y-100;% shift to avoid the injector
     147%         %write xml calibration file, using the first file
     148%             Rangx=Data.Coord_x;
     149%             Rangy=Data.Coord_y;
     150%             Rangz=[Z(end) Z(1)];
     151%     
     152%         GeometryCal.CalibrationType='rescale';
     153%         GeometryCal.CoordUnit=Data.CoordUnit;
     154%         GeometryCal.focal=1;
     155%         %scaling along x, y and z
     156%         pxcmx=(npx-1)/(Rangx(2)-Rangx(1));
     157%         pxcmy=(npy-1)/(Rangy(1)-Rangy(2));
     158%         pxcmz=(npz-1)/(Rangz(2)-Rangz(1));
     159%         T_x=-pxcmx*Rangx(1)+0.5;
     160%         T_y=-pxcmy*Rangy(2)+0.5;
     161%         T_z=-pxcmz*Rangz(2)+0.5;
     162%         % xml file for x cut
     163%         GeometryCal.R=[pxcmx,0,0;0,pxcmz,0;0,0,1];
     164%         GeometryCal.Tx_Ty_Tz=[T_x T_z 1];
     165%         ImaDoc.GeometryCalib=GeometryCal;
     166%         t=struct2xml(ImaDoc);
     167%         t=set(t,1,'name','ImaDoc');
     168%         save(t,fullfile(RootPath{1},SubdirOut,'cut_x.xml'))
     169%                    % xml file for y cut
     170%         GeometryCal.R=[pxcmy,0,0;0,pxcmz,0;0,0,1];
     171%         GeometryCal.Tx_Ty_Tz=[T_y T_z 1];
     172%         ImaDoc.GeometryCalib=GeometryCal;
     173%         t=struct2xml(ImaDoc);
     174%         t=set(t,1,'name','ImaDoc');
     175%         save(t,fullfile(RootPath{1},SubdirOut,'cut_y.xml'))
     176%     end
    152177   
    153         GeometryCal.CalibrationType='rescale';
    154         GeometryCal.CoordUnit=Data.CoordUnit;
    155         GeometryCal.focal=1;
    156         %scaling along x, y and z
    157         pxcmx=(npx-1)/(Rangx(2)-Rangx(1));
    158         pxcmy=(npy-1)/(Rangy(1)-Rangy(2));
    159         pxcmz=(npz-1)/(Rangz(2)-Rangz(1));
    160         T_x=-pxcmx*Rangx(1)+0.5;
    161         T_y=-pxcmy*Rangy(2)+0.5;
    162         T_z=-pxcmz*Rangz(2)+0.5;
    163         % xml file for x cut
    164         GeometryCal.R=[pxcmx,0,0;0,pxcmz,0;0,0,1];
    165         GeometryCal.Tx_Ty_Tz=[T_x T_z 1];
    166         ImaDoc.GeometryCalib=GeometryCal;
    167         t=struct2xml(ImaDoc);
    168         t=set(t,1,'name','ImaDoc');
    169         save(t,fullfile(RootPath{1},SubdirOut,'cut_x.xml'))
    170                    % xml file for y cut
    171         GeometryCal.R=[pxcmy,0,0;0,pxcmz,0;0,0,1];
    172         GeometryCal.Tx_Ty_Tz=[T_y T_z 1];
    173         ImaDoc.GeometryCalib=GeometryCal;
    174         t=struct2xml(ImaDoc);
    175         t=set(t,1,'name','ImaDoc');
    176         save(t,fullfile(RootPath{1},SubdirOut,'cut_y.xml'))
    177     end
    178     cut_y=squeeze(mean(vol(:,:,ind_x),3));
    179     cut_y=interp1(Z,cut_y,linspace(Z(1),Z(end),npz));
    180     cut_x=squeeze(mean(vol(:,ind_y,:),2));
    181     cut_x=interp1(Z,cut_x,linspace(Z(1),Z(end),npz));
    182    
    183     filename_x=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubdirOut,'cut_x','.png','_1',i1_series{1}(jfile,ifile),[],j1);
    184     filename_y=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubdirOut,'cut_y','.png','_1',i1_series{1}(jfile,ifile),[],j1);
    185     %  filename_new=name_generator(basename_new,num_i,1,'.vol','_i');
    186     imwrite(uint8(vol),filename_x,'png','BitDepth',8)%
    187     display([filename_x 'written (8bits image)'])
    188     imwrite(uint8(vol),filename_y,'png','BitDepth',8)%
    189     display([filename_y 'written (8bits image)'])
     178    filename=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubdirOut,RootFile{1},'.nc','_1',i1_series{1}(jfile,ifile),[],j1);
     179    VolData.ListVarName={'Coord_z','Coord_y','Coord_x','A'};
     180    VolData.VarDimName={'Coord_z','Coord_y','Coord_x',{'Coord_z','Coord_y','Coord_x'}};
     181    VolData.Coord_x=Data.Coord_x;
     182    VolData.Coord_y=Data.Coord_y;
     183    struct2nc(filename,VolData)
     184    disp([filename ' written'])
    190185end
    191186
  • trunk/src/series/merge_proj.m

    r955 r956  
    203203if min(cell2mat(CheckImage))==1 && (~Param.CheckObject || strcmp(Param.ProjObject.Type,'plane'))
    204204    FileExtOut='.png'; %image output (input and proj result = image)
    205     for iview=1:NbView
    206         BitDepth(iview)=FileInfo{iview}.BitDepth;
    207     end
    208     BitDepth=max(BitDepth);
    209205else
    210206    FileExtOut='.nc'; %netcdf output
     
    357353    %% recording the merged field
    358354    if strcmp(FileExtOut,'.png')    %output as image
    359         if BitDepth==8
    360             imwrite(uint8(MergeData.A),OutputFile,'BitDepth',8)
    361         else
    362             imwrite(uint16(MergeData.A),OutputFile,'BitDepth',16)
    363         end
    364355        if index==1
     356            if strcmp(class(MergeData.A),'uint8')
     357            BitDepth=8;
     358            else
     359              BitDepth=16; 
     360            end
    365361            %write xml calibration file, using the first file
    366362            siz=size(MergeData.A);
     
    391387            save(t,[fileparts(OutputFile) '.xml'])
    392388        end
    393        
     389        if BitDepth==8
     390            imwrite(uint8(MergeData.A),OutputFile,'BitDepth',8)
     391        else
     392            imwrite(uint16(MergeData.A),OutputFile,'BitDepth',16)
     393        end
    394394    else   %output as netcdf files
    395395        MergeData.ListGlobalAttribute={'Conventions','Project','InputFile_1','InputFile_end','NbCoord','NbDim'};
  • trunk/src/transform_field/ima_filter.m

    r924 r956  
    2929%=======================================================================
    3030
    31 function DataOut=ima_filter(DataIn,Param)
     31function DataOut=ima_filter(DataIn)
    3232
    33 %% request input parameters
    34 if isfield(DataIn,'Action') && isfield(DataIn.Action,'RUN') && isequal(DataIn.Action.RUN,0)
    35     prompt = {'npx';'npy'};
    36     dlg_title = 'get the filter size in x and y';
    37     num_lines= 2;
    38     def     = { '20';'20'};
    39     if isfield(Param,'TransformInput')&&isfield(Param.TransformInput,'FilterBoxSize_x')&&...
    40             isfield(Param.TransformInput,'FilterBoxSize_y')
    41         def={num2str(Param.TransformInput.FilterBoxSize_x);num2str(Param.TransformInput.FilterBoxSize_y)};
    42     end
    43     answer = inputdlg(prompt,dlg_title,num_lines,def);
    44     DataOut.TransformInput.FilterBoxSize_x=str2num(answer{1}); %size of the filtering window
    45     DataOut.TransformInput.FilterBoxSize_y=str2num(answer{2}); %size of the filtering window
    46     return
    47 end
    48 
     33Origin_x=469;
    4934DataOut=DataIn; %default
     35DataOut.A=
    5036
    5137%definition of the cos shape matrix filter
  • trunk/src/uvmat.m

    r955 r956  
    784784end
    785785%create avi open
    786 aviobj=avifile(MovieName,'Compression','None','fps',fps);
    787 
     786%aviobj=avifile(MovieName,'Compression','None','fps',fps);
     787
     788aviobj = VideoWriter(MovieName,'Uncompressed AVI');
     789open(aviobj)
    788790%% get info from uvmat and adjust it
    789791huvmat=findobj(allchild(0),'Tag','uvmat');
     
    806808            set(htitle,'String',regexprep(Title,'t=\d+.\d*',['t=' time_str]))
    807809            mov=getframe(figure_movie);
    808             aviobj=addframe(aviobj,mov);
    809     end
    810 end
    811 aviobj=close(aviobj);
     810           % aviobj=addframe(aviobj,mov);
     811            writeVideo(aviobj,mov);
     812    end
     813end
     814close(aviobj);
    812815msgbox_uvmat('CONFIRMATION',{['movie ' MovieName ' created '];['with ' num2str(FrameNumber) ' frames']})
    813816
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.