Ignore:
Timestamp:
Feb 6, 2017, 8:05:39 PM (7 years ago)
Author:
sommeria
Message:

ActionInput? button introduced in series, use of parameter file series.xml

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/series/civ_series.m

    r996 r997  
    224224   
    225225    %% check the first image pair
    226     try
     226%     try
    227227        if Param.ActionInput.CheckCiv1% Civ1 is performed
    228             first_ima=1;
    229             ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(1),[],j1_series_Civ1(1));
    230             if checkrun
    231                 if ~exist(ImageName_A,'file')
    232                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_A ' does not exist'],checkrun)
    233                 return
    234                 end
    235             else
    236 %                 for ifile=1:numel(i1_series_Civ1)
    237 %                     if
    238             end
    239             [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
    240             FileType_A=FileInfo_A.FileType;
    241             if strcmp(FileInfo_A.FileType,'netcdf')
    242                 FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
    243                 [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_A,{FieldName_A});
    244                 par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
    245             else
    246                 [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ1(1));
    247             end
    248             ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ1(1),[],j2_series_Civ1(1));
    249             if ~exist(ImageName_B,'file')
    250                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_B ' does not exist'],checkrun)
    251                 return
    252             end
    253             [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
    254             FileType_B=FileInfo_B.FileType;
    255             if strcmp(FileInfo_B.FileType,'netcdf')
    256                 FieldName_B=Param.InputFields.FieldName;
    257                 [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_B,{FieldName_B});
    258                 par_civ1.ImageB=DataIn.(FieldName_B);
    259             else
    260                 [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ1(1));
    261             end
     228%             ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(1),[],j1_series_Civ1(1));
     229%             [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     230%             FileType_A=FileInfo_A.FileType;
     231%             if strcmp(FileInfo_A.FileType,'netcdf')
     232%                 FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
     233%                 [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_A,{FieldName_A});
     234%                 par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
     235%             else
     236%                 [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ1(1));
     237%             end
     238%             ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ1(1),[],j2_series_Civ1(1));
     239%             if ~exist(ImageName_B,'file')
     240%                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_B ' does not exist'],checkrun)
     241%                 return
     242%             end
     243%             [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
     244%             FileType_B=FileInfo_B.FileType;
     245%             if strcmp(FileInfo_B.FileType,'netcdf')
     246%                 FieldName_B=Param.InputFields.FieldName;
     247%                 [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_B,{FieldName_B});
     248%                 par_civ1.ImageB=DataIn.(FieldName_B);
     249%             else
     250%                 [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ1(1));
     251%             end
    262252            NbField=numel(i1_series_Civ1);
    263253        elseif Param.ActionInput.CheckCiv2 % Civ2 is performed without Civ1
    264             ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ2(1),[],j1_series_Civ2(1));
    265             if ~exist(ImageName_A,'file')
    266                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_A ' does not exist'],checkrun)
    267                 return
    268             end
    269             [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
    270             FileType_A=FileInfo_A.FileType;
    271             [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileInfo_A.FileType,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ2(1));
    272             ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ2(1),[],j2_series_Civ2(1));
    273             if ~exist(ImageName_B,'file')
    274                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_B ' does not exist'],checkrun)
    275                 return
    276             end
    277             [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
    278             FileType_B=FileInfo_B.FileType;
    279             [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(1));
     254%             ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ2(1),[],j1_series_Civ2(1));
     255%             if ~exist(ImageName_A,'file')
     256%                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_A ' does not exist'],checkrun)
     257%                 return
     258%             end
     259%             [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     260%             FileType_A=FileInfo_A.FileType;
     261%             [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileInfo_A.FileType,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ2(1));
     262%             ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ2(1),[],j2_series_Civ2(1));
     263%             if ~exist(ImageName_B,'file')
     264%                 disp_uvmat('ERROR',['first input image ' ImageName_B ' does not exist'],checkrun)
     265%                 return
     266%             end
     267%             [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
     268%             FileType_B=FileInfo_B.FileType;
     269%             [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(1));
    280270            NbField=numel(i1_series_Civ2);
    281271        else
    282272            NbField=numel(i1_series_Civ1);% no image used (only fix or patch) TO CHECK
    283273        end
    284     catch ME
    285         if ~isempty(ME.message)
    286             disp_uvmat('ERROR', ['error reading input image: ' ME.message],checkrun)
    287             return
    288         end
    289     end
     274%     catch ME
     275%         if ~isempty(ME.message)
     276%             disp_uvmat('ERROR', ['error reading input image: ' ME.message],checkrun)
     277%             return
     278%         end
     279%     end
    290280   
    291281   
    … …  
    326316        end
    327317    end
    328     if isempty(Time) && ~isempty(find(strcmp(FileType_A,{'mmreader','video','cine_phantom'})))% case of video input
    329         Time=zeros(FileInfo_A.NumberOfFrames+1,2);
    330         Time(:,2)=(0:1/FileInfo_A.FrameRate:(FileInfo_A.NumberOfFrames)/FileInfo_A.FrameRate)';
    331         TimeSource='video';
    332         ColorType='truecolor';
    333     end
    334     if isempty(Time)% Time = index i +0.001 index j by default
    335         %MinIndex_i=min(i1_series_Civ1);
    336         MaxIndex_i=max(i2_series_Civ1);
    337         %MinIndex_j=min(j1_series_Civ1);
    338         MaxIndex_j=max(j2_series_Civ1);
    339         Time=(1:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j);
    340         Time=Time+0.001*ones(MaxIndex_i,1)*(1:MaxIndex_j);
    341         Time=[zeros(1,MaxIndex_j);Time];% insert a first line of zeros
    342         Time=[zeros(MaxIndex_i+1,1) Time];% insert a first column of zeros
    343     end
    344    
    345     if length(FileInfo_A) >1 %case of image with multiple frames
    346         nbfield=length(FileInfo_A);
    347         nbfield_j=1;
    348     end
     318   
     319
    349320end
    350321
    351322%%%%% MAIN LOOP %%%%%%
    352323maskname='';% initiate the mask name
    353 tic;
     324FileType_A='';
     325FileType_B='';
    354326CheckOverwrite=1;%default
    355327if isfield(Param,'CheckOverwrite')
    … …  
    357329end
    358330for ifield=1:NbField
     331    tic
    359332    if ~isempty(RUNHandle)% update the waitbar in interactive mode with GUI series  (checkrun=1)
    360333        update_waitbar(WaitbarHandle,ifield/NbField)
    … …  
    382355            end
    383356        end
    384         ncfile_out=ncfile;% by default 
     357        ncfile_out=ncfile;% by default
    385358        if isfield (Param.ActionInput,'Civ2')
    386359            i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
    … …  
    412385    if isfield (Param.ActionInput,'Civ1')
    413386        if CheckInputFile
    414         disp('civ1 started')
     387            disp('civ1 started')
    415388        end
    416389        par_civ1=Param.ActionInput.Civ1;
    … …  
    418391            try
    419392                ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(ifield),[],j1_series_Civ1(ifield));
    420                 if strcmp(FileInfo_A.FileType,'netcdf')% case of input images in format netcdf
     393                if strcmp(FileExt_A,'.nc')% case of input images in format netcdf
    421394                    FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
    422395                    [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_A,{FieldName_A});
    423396                    par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
    424397                else % usual image formats for image A
     398                    if isempty(FileType_A)
     399                        [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     400                        FileType_A=FileInfo_A.FileType;
     401                        if isempty(Time) && ~isempty(find(strcmp(FileType_A,{'mmreader','video','cine_phantom'})))% case of video input
     402                            Time=zeros(FileInfo_A.NumberOfFrames+1,2);
     403                            Time(:,2)=(0:1/FileInfo_A.FrameRate:(FileInfo_A.NumberOfFrames)/FileInfo_A.FrameRate)';
     404                            TimeSource='video';
     405                            ColorType='truecolor';
     406                        end
     407                        if ~isempty(FileType_A) && isempty(Time)% Time = index i +0.001 index j by default
     408                            MaxIndex_i=max(i2_series_Civ1);
     409                            MaxIndex_j=max(j2_series_Civ1);
     410                            Time=(1:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j);
     411                            Time=Time+0.001*ones(MaxIndex_i,1)*(1:MaxIndex_j);
     412                            Time=[zeros(1,MaxIndex_j);Time];% insert a first line of zeros
     413                            Time=[zeros(MaxIndex_i+1,1) Time];% insert a first column of zeros
     414                        end
     415                    end
     416                    if ~exist(ImageName_A,'file')
     417                        disp([ImageName_A ' missing'])
     418                        continue
     419                    end
    425420                    [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileType_A,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ1(ifield));
    426421                end
    427422                ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ1(ifield),[],j2_series_Civ1(ifield));
    428                 if strcmp(FileInfo_B.FileType,'netcdf') % case of input images in format netcdf
     423                if strcmp(FileExt_B,'.nc') % case of input images in format netcdf
    429424                    FieldName_B=Param.InputFields.FieldName;
    430425                    [DataIn,tild,tild,errormsg]=nc2struct(ImageName_B,{FieldName_B});
    431426                    par_civ1.ImageB=DataIn.(FieldName_B);
    432427                else % usual image formats for image B
     428                    if isempty(FileType_B)
     429                        [FileInfo_B,VideoObject_B]=get_file_info(ImageName_B);
     430                        FileType_B=FileInfo_B.FileType;
     431                    end
     432                    if ~exist(ImageName_B,'file')
     433                        disp([ImageName_B ' missing'])
     434                        continue
     435                    end
    433436                    [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ1(ifield));
    434437                end
    … …  
    465468                Data.Civ1_Dt=1;% Time interval is 1, to yield displacement instead of velocity=displacement/Dt at reading
    466469            else
    467             Data.Civ1_Time=(Time(i2+1,j2+1)+Time(i1+1,j1+1))/2;% the Time is the Time at the middle of the image pair
    468             Data.Civ1_Dt=Time(i2+1,j2+1)-Time(i1+1,j1+1);
     470                Data.Civ1_Time=(Time(i2+1,j2+1)+Time(i1+1,j1+1))/2;% the Time is the Time at the middle of the image pair
     471                Data.Civ1_Dt=Time(i2+1,j2+1)-Time(i1+1,j1+1);
    469472            end
    470473            for ilist=1:length(list_param)
    … …  
    555558    %% Fix1
    556559    if isfield (Param.ActionInput,'Fix1')
    557          disp('fix1 started')
     560        disp('fix1 started')
    558561        if ~isfield (Param.ActionInput,'Civ1')% if we use existing Civ1, remove previous data beyond Civ1
    559562            Fix1_attr=find(strcmp('Fix1',Data.ListGlobalAttribute));
    … …  
    630633            par_civ2.ImageA=[];
    631634            par_civ2.ImageB=[];
    632 %             i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
    633 %             i2_civ2=i1_civ2;
    634 %             if ~isempty(i2_series_Civ2)
    635 %                 i2_civ2=i2_series_Civ2(ifield);
    636 %             end
    637 %             j1_civ2=1;
    638 %             if ~isempty(j1_series_Civ2)
    639 %                 j1_civ2=j1_series_Civ2(ifield);
    640 %             end
    641 %             j2_civ2=i1_civ2;
    642 %             if ~isempty(j2_series_Civ2)
    643 %                 j2_civ2=j2_series_Civ2(ifield);
    644 %             end
     635            %             i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
     636            %             i2_civ2=i1_civ2;
     637            %             if ~isempty(i2_series_Civ2)
     638            %                 i2_civ2=i2_series_Civ2(ifield);
     639            %             end
     640            %             j1_civ2=1;
     641            %             if ~isempty(j1_series_Civ2)
     642            %                 j1_civ2=j1_series_Civ2(ifield);
     643            %             end
     644            %             j2_civ2=i1_civ2;
     645            %             if ~isempty(j2_series_Civ2)
     646            %                 j2_civ2=j2_series_Civ2(ifield);
     647            %             end
    645648            ImageName_A_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_civ2,[],j1_civ2);
    646649           
    … …  
    656659                [par_civ2.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B_Civ2,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(ifield));
    657660            end
    658 %             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    659 %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1,i2,j1,j2);
    660 %             else % displacement
    661 %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2,[],j2);
    662 %             end
     661            %             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
     662            %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1,i2,j1,j2);
     663            %             else % displacement
     664            %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2,[],j2);
     665            %             end
    663666            par_civ2.ImageWidth=FileInfo_A.Width;
    664667            par_civ2.ImageHeight=FileInfo_A.Height;
    … …  
    784787            Data.Civ2_ImageA=ImageName_A;
    785788            Data.Civ2_ImageB=ImageName_B;
    786              if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     789            if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
    787790                Data.Civ2_Time=Time(i2_civ2+1,j2_civ2+1);% the Time is the Time of the secodn image
    788791                Data.Civ2_Dt=1;% Time interval is 1, to yield displacement instead of velocity=displacement/Dt at reading
    789              else
    790             Data.Civ2_Time=(Time(i2_civ2+1,j2_civ2+1)+Time(i1_civ2+1,j1_civ2+1))/2;
    791             Data.Civ2_Dt=Civ2_Dt;
    792              end
     792            else
     793                Data.Civ2_Time=(Time(i2_civ2+1,j2_civ2+1)+Time(i1_civ2+1,j1_civ2+1))/2;
     794                Data.Civ2_Dt=Civ2_Dt;
     795            end
    793796        end
    794797        for ilist=1:length(list_param)
    … …  
    822825                disp_uvmat('ERROR',errormsg,checkrun)
    823826                return
    824             end         
     827            end
    825828        elseif isfield(Param,'Civ2_X')% use Civ2 data as input in Param (test mode)
    826829            Data.ListGlobalAttribute={};
    … …  
    893896        Data.VarAttribute{nbvar+6}.Role='vector_x';
    894897        Data.VarAttribute{nbvar+7}.Role='vector_y';
    895         Data.Civ2_U_smooth=Data.Civ2_U; 
    896         Data.Civ2_V_smooth=Data.Civ2_V; 
     898        Data.Civ2_U_smooth=Data.Civ2_U;
     899        Data.Civ2_V_smooth=Data.Civ2_V;
    897900        if isfield(Data,'Civ2_FF')
    898901            ind_good=find(Data.Civ2_FF==0);
    … …  
    10341037    end
    10351038    check_undefined=(par_civ.Mask<200 & par_civ.Mask>=20 );
    1036 %     par_civ.ImageA(check_undefined)=0;% put image A to zero (i.e. the min image value) in the undefined  area
    1037 %     par_civ.ImageB(check_undefined)=0;% put image B to zero (i.e. the min image value) in the undefined  area
     1039    %     par_civ.ImageA(check_undefined)=0;% put image A to zero (i.e. the min image value) in the undefined  area
     1040    %     par_civ.ImageB(check_undefined)=0;% put image B to zero (i.e. the min image value) in the undefined  area
    10381041end
    10391042
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.