Changes in / [20:30]


Ignore:
Location:
/trunk/src
Files:
9 added
1 deleted
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • /trunk/src/imadoc2struct.m

    r20 r30  
    2121s.TimeUnit=[]; %default
    2222s.GeometryCalib=[];
    23 nom_type_ima=[];%default
    24 ext_ima=[];%default
     23% nom_type_ima=[];%default
     24% ext_ima=[];%default
    2525% abs_time=[];%initiation
    2626% GeometryCalib.CoordUnit='cm';%default
    27 mode=[]; %default
    28 NbSlice=1;%default
    29 npx=[];%default
    30 npy=[];%default
     27% mode=[]; %default
     28% NbSlice=1;%default
     29% npx=[];%default
     30% npy=[];%default
    3131% GeometryCalib.Pxcmx=1;
    3232% GeometryCalib.Pxcmy=1;
    3333% GeometryCalib=[];
    34 NbDtj=1;
     34% NbDtj=1;
    3535tsai=[];%default
    3636% if ~exist('testime','var')
    … …  
    6464    end
    6565    s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
    66     FirstImage=s.Heading.ImageName;
    67     if ~isempty(FirstImage)
    68         [Pathsub,RootFile,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type_ima]=name2display(FirstImage);
    69     end
     66%     FirstImage=s.Heading.ImageName;
     67%     if ~isempty(FirstImage)
     68%         [Pathsub,RootFile,field_count,str2,str_a,str_b,ext,nom_type_ima]=name2display(FirstImage);
     69%     end
    7070end
    7171
    … …  
    7878        xindex=findstr(ImageSize,'x');
    7979        if length(xindex)>=2
    80             npx=str2num(ImageSize(1:xindex(1)-1));
    81             npy=str2num(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
    82         end
    83     end
    84     uid_NbSlice=find(t,'/ImaDoc/Camera/NbSlice');
    85     if ~isempty(uid_NbSlice)
    86         NbSlice=str2num(get(t,children(t,uid_NbSlice),'value'));
    87         if isempty(NbSlice),NbSlice=1;end; %default
    88     end
     80%             npx=str2num(ImageSize(1:xindex(1)-1));
     81%             npy=str2num(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
     82        end
     83    end
     84%     uid_NbSlice=find(t,'/ImaDoc/Camera/NbSlice');
     85%     if ~isempty(uid_NbSlice)
     86%         NbSlice=str2num(get(t,children(t,uid_NbSlice),'value'));
     87% %         if isempty(NbSlice),NbSlice=1;end; %default
     88%     end
    8989    uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
    9090    if ~isempty(uid_TimeUnit)
    … …  
    9494    if ~isempty(uid_BurstTiming)
    9595        for k=1:length(uid_BurstTiming)
    96             Dtj=[];%default
    97             NbDtj=1;%default
     96%             Dtj=[];%default
     97%             NbDtj=1;%default
    9898            subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
    9999             % reading Dtk
    … …  
    121121            % reading Dtk
    122122            Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
    123             NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1)
     123            NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
    124124            if isempty(Dtk)
    125125                s.Time=[s.Time;Time_val];
    … …  
    141141if ~isempty(uid_GeometryCalib)
    142142    if length(uid_GeometryCalib)>1
    143         error=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
     143        errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
    144144        return
    145145    end
    … …  
    149149        uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
    150150        uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
    151         if ~isempty(uid_pixcmx) & ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
     151        if ~isempty(uid_pixcmx) && ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
    152152           pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
    153153            if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
    … …  
    180180        uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
    181181        uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
    182         if ~isempty(uid_focal) & ~isempty(uid_dpx_dpy) & ~isempty(uid_Cx_Cy)
     182        if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_Cx_Cy)
    183183            tsai.f=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
    184184            dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));

  • /trunk/src/nomtype2pair.m

    r20 r30  
    3030% Dtj: ~=0 if i index pairs are used
    3131
    32 function [nom_type_pair]=nomtype2pair(nom_type,Dti,Dtj);
     32function [nom_type_pair]=nomtype2pair(nom_type,Dti,Dtj)
    3333
    3434%determine nom_type_nc:
    35 nom_type_nc=[];%default
     35nom_type_pair=[];%default
    3636switch nom_type
    3737    case {'_i_j'}

  • /trunk/src/series.m

    r20 r30  
    5555%--------------------------------------------------------------------------
    5656function series_OpeningFcn(hObject, eventdata, handles,param)
    57 
     57global nb_builtin
    5858% Choose default command line output for series
    5959handles.output = hObject;
    … …  
    129129    set(handles.filter2,'Value',param.filter2);
    130130end
    131 %set(hObject,'UserData', SeriesData)
    132131set(hObject,'WindowButtonUpFcn',{@mouse_up_gui,handles})
    133132NomType_Callback(hObject, eventdata, handles)
    134 %mode_Callback(hObject, eventdata, handles)
    135133
    136134%loads the information stored in prefdir to initiate the browser and the list of functions
    137 menu_str=get(handles.ACTION,'String');%list of functions included in 'series.m'
    138 menu_str(end)=[];%remove from the list the last option 'more...'
    139 path_series=which('series');%path of the function 'series'
     135menu_str={'check_files';'aver_stat';'time_series';'merge_proj';'clean_civ_cmx'};
     136nb_builtin=numel(menu_str); %number of functions
     137 
     138%remove from the list the last option 'more...'
     139[path_series,name,ext]=fileparts(which('series'));
     140path_series=fullfile(path_series,'/series');%path of the function 'series'
     141
    140142for ilist=1:length(menu_str)
    141143    fct_path{ilist,1}=path_series;%paths of the fuctions buil-in in 'series.m'
    … …  
    151153             menu_str=[menu_str; {file}];
    152154         end
    153          menu_str=[menu_str;{'more...'}];
    154          set(handles.ACTION,'String',menu_str)
    155     end
    156 end
     155    end
     156end
     157
     158menu_str=[menu_str;{'more...'}];
     159set(handles.ACTION,'String',menu_str)
    157160set(handles.ACTION,'UserData',fct_path)% store the list of path in UserData of ACTION
    158161
    … …  
    286289function MenuBrowse_insert_Callback(hObject, eventdata, handles)
    287290
    288 %hseries=get(handles.browse_root,'parent');
    289 RootPathCell=get(handles.RootPath,'String');
    290 % SubDirCell=get(handles.SubDir,'String'); 
     291RootPathCell=get(handles.RootPath,'String');
    291292RootFileCell=get(handles.RootFile,'String');
    292293oldfile=''; %default
    … …  
    392393% refresh the GUI data after introduction of a new file series
    393394function update_file(hObject, eventdata, handles,fileinput,addtest)
    394 hseries=get(handles.RootPath,'parent'); 
     395%hseries=get(handles.RootPath,'parent'); 
     396if ~exist(fileinput,'file')
     397    msgbox_uvmat('ERROR',['input file ' fileinput  ' does not exist'])
     398    return
     399end
     400hseries=handles.figure1;
    395401% refresh input root name, indices, file extension and nomenclature
    396402[RootPath,RootFile,field_count,str2,str_a,str_b,FileExt,NomType,SubDir]=name2display(fileinput);
    397403%check for movie image files
     404if ~isempty(FileExt)
    398405if ~isempty(imformats(FileExt(2:end)))
    399406    imainfo=imfinfo(fileinput);     
    … …  
    402409        [RootPath,RootFile]=fileparts(fileinput);
    403410    end
     411end
    404412end
    405413NcType='none';%default
    … …  
    486494drawnow
    487495
    488 % hseries=get(handles.RootFile,'parent');
    489 % SeriesData=get(hseries,'UserData');%read information set by the browser
    490 % ext_ima_read=[];
    491 % field_count=1;%default
    492 % pxcmx=1;
    493 % pxcmy=1;
    494496TimeUnit=''; %default
    495 % CoordUnit='';%default
    496497time=[];%default
    497498GeometryCalib=[];%default
    498499nb_field=[];%default
    499500nb_field2=[];%default
    500 % Heading=[];
    501 % [PD,Device]=fileparts(RootPathCell{1});
    502501SeriesData.PathCampaign=get(handles.PathCampaign,'String');
    503502
    504503% read timing and total frame number from the current file (movie files) !! may be overrid by xml file
    505 %icell=length(RootPathCell);
    506504FileBase=fullfile(RootPath,RootFile);
    507505
    … …  
    884882%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    885883function mode_Callback(hObject, eventdata, handles)
    886 hseries=get(handles.mode,'parent');
     884%hseries=get(handles.mode,'parent');
     885hseries=handles.figure1;
    887886SeriesData=get(hseries,'UserData');
    888887mode_list=get(handles.mode,'String');
    … …  
    985984%----------------------------------------------------------------
    986985function find_netcpair_civ(hObject, eventdata, handles,Val)
    987 hseries=get(handles.list_pair_civ,'parent');
    988 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     986%hseries=get(handles.list_pair_civ,'parent');
     987SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    989988% NomTypeCell=get(handles.NomType,'String');
    990989NomTypeCell=SeriesData.NomType;
    … …  
    11671166SeriesData.displ_num(iview,:)=(displ_num(:,val))';
    11681167SeriesData.ref_time=ref_time;
    1169 set(hseries,'UserData',SeriesData)
     1168set(handles.figure1,'UserData',SeriesData)
    11701169list_pair_civ_Callback(hObject, eventdata, handles)
    11711170
    … …  
    11791178Val=get(handles.RootPath,'Value');
    11801179IndexCell=get(handles.NomType,'String');
    1181 hseries=get(handles.list_pair_civ,'parent');
    1182 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1180%hseries=get(handles.list_pair_civ,'parent');
     1181SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    11831182NomType=SeriesData.NomType{Val};
    11841183list_pair=get(handles.list_pair_civ,'String');%get the menu of image pairs
    … …  
    12411240set(handles.NomType,'String',IndexCell)
    12421241SeriesData.displ_num(Val,:)=displ_num;
    1243 set(hseries,'UserData',SeriesData)
     1242set(handles.figure1,'UserData',SeriesData)
    12441243% set(handles.NomType,'Value',Val)
    12451244
    … …  
    12901289%read root name and field type
    12911290set(handles.RUN,'BusyAction','queue');
    1292 hseries=get(handles.RUN,'parent');
    1293 set(0,'CurrentFigure',hseries)
     1291%hseries=get(handles.RUN,'parent');
     1292set(0,'CurrentFigure',handles.figure1)
    12941293if isequal(get(handles.GetObject,'Value'),1)
    12951294    Series.GetObject=1;
    … …  
    12981297    Series.GetObject=0;
    12991298end
    1300 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1299SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    13011300if isfield(SeriesData,'sethandles')
    13021301    if iscell(SeriesData.sethandles)
    … …  
    14811480    end
    14821481end
     1482% fct_path
     1483eval(['h_fun=@' action ';'])
     1484if ~isequal(fct_path,path_series)
     1485        rmpath(fct_path)% add the prescribed path if not the current one   
     1486end
     1487
    14831488Series.Action=action;%name of the processing programme
    14841489set(handles.RUN,'BackgroundColor',[0.831 0.816 0.784])
    14851490drawnow
    14861491if length(RootPath)>1
    1487     feval(action,num_i1_cell,num_i2_cell,num_j1_cell,num_j2_cell,Series);
    1488 else
    1489     feval(action,num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series);
     1492%    feval(action,num_i1_cell,num_i2_cell,num_j1_cell,num_j2_cell,Series);
     1493    h_fun(num_i1_cell,num_i2_cell,num_j1_cell,num_j2_cell,Series);
     1494else
     1495    h_fun(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series);
     1496%     feval(action,num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series);
    14901497end
    14911498set(handles.RUN,'BackgroundColor',[1 0 0])
    … …  
    15181525%----------------------------------------------
    15191526function last_i_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1520     hseries=get(handles.last_i,'parent');
     1527%     hseries=get(handles.last_i,'parent');
    15211528first_i=str2num(get(handles.first_i,'String'));
    15221529last_i=str2num(get(handles.last_i,'String'));
    … …  
    15241531set(handles.ref_i,'String', num2str(ref_i))
    15251532ref_i_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1526 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1533SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    15271534if ~isfield(SeriesData,'Time')
    15281535    SeriesData.Time{1}=[];
    … …  
    15361543%-------------------------------------------------------
    15371544function last_j_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1538     hseries=get(handles.last_i,'parent');
     1545   % hseries=get(handles.last_i,'parent');
    15391546first_j=str2num(get(handles.first_j,'String'));
    15401547last_j=str2num(get(handles.last_j,'String'));
    … …  
    15431550
    15441551ref_j_Callback(hObject, eventdata, handles)
    1545 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1552SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    15461553if ~isfield(SeriesData,'Time')
    15471554    SeriesData.Time{1}=[];
    … …  
    15571564mode_value=get(handles.mode,'Value');
    15581565mode=mode_list{mode_value};
    1559 hseries=get(handles.ref_i,'parent');
    1560 SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1566%hseries=get(handles.ref_i,'parent');
     1567SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    15611568%NomTypeCell=get(handles.NomType,'String');
    15621569NomTypeCell=SeriesData.NomType;
    … …  
    15781585mode_value=get(handles.mode,'Value');
    15791586mode=mode_list{mode_value};
    1580 hseries=get(handles.ref_i,'parent');
    1581 SeriesData=get(hseries,'UserData');
    1582 %NomTypeCell=get(handles.NomType,'String');
     1587%hseries=get(handles.ref_i,'parent');
     1588SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    15831589NomTypeCell=SeriesData.NomType;
    15841590if ~isempty(NomTypeCell)
    1585 Val=get(handles.NomType,'Value');
    1586 NomType=NomTypeCell{Val};
    1587 % NomType=get(handles.NomType,'String');
     1591    Val=get(handles.NomType,'Value');
     1592    NomType=NomTypeCell{Val};
    15881593    if isequal(NomType,'_i_j1-j2')|| isequal(NomType,'_i1-i2_j')|| isequal(NomType,'_i1-i2')
    15891594        if isequal(mode,'series(Dj)')
    15901595            find_netcpair_civ(hObject, eventdata, handles,Val);% update the menu of pairs depending on the available netcdf files
    1591 %             break
    15921596        end
    15931597    end
    … …  
    15971601% --- Executes on selection change in ACTION.
    15981602function ACTION_Callback(hObject, eventdata, handles)
     1603global nb_builtin
    15991604list_ACTION=get(handles.ACTION,'String');% list menu fields
    16001605index_ACTION=get(handles.ACTION,'Value');% selected string index
    … …  
    16021607path_series=which('series');%path to series.m
    16031608list_path=get(handles.ACTION,'UserData');%list of recorded paths to functions of the list ACTION
    1604 nb_builtin=0;
    1605 for ilist=1:length(list_path)
    1606     if isequal(list_path{ilist},path_series)
    1607         nb_builtin=nb_builtin+1;
    1608     else
    1609         break
    1610     end
    1611 end
    1612 if nb_builtin==0% the path of series has been changed, reinitialize
    1613     series_OpeningFcn(hObject, eventdata, handles)
    1614     return
    1615 end
    1616 
    1617 % add a new function to the menu
     1609
     1610% add a new function to the menu if the selected item is 'more...'
    16181611if isequal(ACTION,'more...')
    16191612    pathfct=fileparts(path_series);
    1620     browse_name=fullfile(path_series,'SERIES_FCT');%go to UVMAT/SERIES_FCT by default
    1621     if length(list_path)>nb_builtin
    1622         browse_name=list_path{end};% initialize browser with  the path of the last introduced function
    1623      end
     1613%     browse_name=fullfile(path_series,'series');%go to UVMAT/series by default
     1614%     if length(list_path)>nb_builtin
     1615%         browse_name=list_path{end};% initialize browser with  the path of the last introduced function
     1616%      end
    16241617    [FileName, PathName, filterindex] = uigetfile( ...
    16251618       {'*.m', ' (*.m)';
    16261619        '*.m',  '.m files '; ...
    16271620        '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
    1628         'Pick a file',browse_name);
     1621        'Pick a file',list_path{end});
    16291622    if length(FileName)<2
    16301623        return
    1631     end
    1632     ext_fct=FileName(end-1:end);
     1624    end 
     1625    [pp,ACTION,ext_fct]=fileparts(FileName);%(end-1:end);
    16331626    if ~isequal(ext_fct,'.m')
    16341627        msgbox_uvmat('ERROR','a Matlab function .m must be introduced');
    16351628        return
    16361629    end
    1637     ACTION=FileName(1:end-2);% ACTION choice updated by the selected item
    16381630   
    16391631   % insert the choice in the action menu
    … …  
    16411633   index_ACTION=get(handles.ACTION,'Value');% currently selected index in the list
    16421634   list_path{index_ACTION}=PathName;
    1643    if length(menu_str)>nb_builtin+5;
     1635   if length(menu_str)>nb_builtin+5; %nb_builtin=nbre of functions always remaining in the initial menu
    16441636       nbremove=length(menu_str)-nb_builtin-5;
    16451637       menu_str(nb_builtin+1:end-5)=[];
    … …  
    16751667%check the current path to the selected function
    16761668PathName=list_path{index_ACTION};%current recorded path
    1677 if ~isequal(path_series,PathName)
    1678     CurrentPath=fileparts(which(ACTION));
    1679     if ~isequal(CurrentPath,PathName)&&~isequal(CurrentPath,fullfile(PathName,'private'))
    1680         addpath(PathName)
    1681         errormsg=check_functions;
    1682         msgbox_uvmat('CONFIRMATION',[['path ' PathName ' added to the current Matlab pathes'];errormsg])
    1683     end
    1684 end
     1669% if ~isequal(path_series,PathName)
     1670%     CurrentPath=fileparts(which(ACTION));
     1671%     if ~isequal(CurrentPath,PathName)
     1672%         addpath(PathName)
     1673%         errormsg=check_functions;
     1674%         msgbox_uvmat('CONFIRMATION',[['path ' PathName ' added to the current Matlab pathes'];errormsg])
     1675%     end
     1676% end
    16851677set(handles.path,'String',PathName); %show the path to the senlected function
    16861678
    … …  
    17191711%set the displayed GUI item needed for input parameters
    17201712%list_input=feval(ACTION);% input list asked by the selected function
    1721 varargout=feval(ACTION);% input list asked by the selected function
     1713if ~isequal(path_series,PathName)
     1714    addpath(PathName)
     1715end
     1716eval(['h_function=@' ACTION ';']);
     1717if ~isequal(path_series,PathName)
     1718    rmpath(PathName)
     1719end
     1720
     1721varargout=h_function();
     1722%varargout=feval(ACTION);% input list asked by the selected function
    17221723Param_list={};
    17231724% RootPath=get(handles.RootPath,'String');
    … …  
    18511852         delete(hget_field)%delete opened versions of get_field
    18521853     end
    1853      hseries=get(handles.FieldMenu,'parent');
    1854      SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1854     %hseries=get(handles.FieldMenu,'parent');
     1855     SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    18551856     filename=SeriesData.CurrentInputFile;
    18561857     if exist(filename,'file')
    … …  
    18791880         delete(hget_field)
    18801881     end
    1881      hseries=get(handles.FieldMenu,'parent');
    1882      SeriesData=get(hseries,'UserData');
     1882     %hseries=get(handles.FieldMenu,'parent');
     1883     SeriesData=get(handles.figure1,'UserData');
    18831884     filename=SeriesData.CurrentInputFile_1;
    18841885     if exist(filename,'file')
    … …  
    18971898
    18981899
    1899 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    1900  %detect the chosen series of files and check their date of modification:
    1901 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    1902 %INPUT:
    1903 %num_i1: series of first indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    1904 %num_i2: series of second indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    1905 %num_j1: series of first indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ )
    1906 %num_j2: series of second indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ)
    1907 %OTHER INPUTS given by the structure Series
    1908 function GUI_input=check_files(num_i1_cell,num_i2_cell,num_j1_cell,num_j2_cell,Series) %(filecell,filecell_1,num_i,num_j,vel_type,field,param);
    1909 
    1910 %requests for the visibility of input windows in the GUI series  (activated directly by the selection in the menu ACTION)
    1911 if ~exist('num_i1_cell','var')
    1912     GUI_input={'RootPath';'many';...%nbre of possible input series (options 'on'/'two'/'many', default:'one')
    1913         'SubDir';'on';... % subdirectory of derived files (PIV fields), ('on' by default)
    1914         'RootFile';'on';... %root input file name ('on' by default)
    1915         'FileExt';'on';... %input file extension ('on' by default)
    1916         'NomType';'on';...%type of file indexing ('on' by default)
    1917         'NbSlice';'on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    1918         %'VelTypeMenu';'on';...% menu for selecting the velocity type (civ1,..) 'off' by default)
    1919         %'FieldMenu';'on';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    1920         %'CoordType';'on'...%can use a transform function 'off' by default
    1921         %'GetObject';'on'...%can use projection object ,'off' by default
    1922         %'GetMask';'on'...%can use mask option   ,'off' by default
    1923         %'PARAMETER'; options: name of the user defined parameter',repeat a line for each parameter
    1924                ''};
    1925     return %exit the function
    1926 end
    1927 
    1928 %standard parameters for waitbar and STOP action (do not modify)
    1929 hseries=guidata(Series.hseries);%handles of the GUI series
    1930 WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position');
    1931 
    1932 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    1933 
    1934 % number of slices
    1935 NbSlice=str2num(get(hseries.NbSlice,'String'));
    1936 if isempty(NbSlice)
    1937     NbSlice=1;
    1938 end
    1939 NbSlice_name=num2str(NbSlice);
    1940 if isequal(NbSlice,[]),NbSlice=1; end; %default
    1941 
    1942 % number of views
    1943 count=0;
    1944 testcell=iscell(Series.RootFile);
    1945 if ~testcell
    1946     Series.RootPath={Series.RootPath};
    1947     Series.RootFile={Series.RootFile};
    1948     Series.SubDir={Series.SubDir};
    1949     Series.FileExt={Series.FileExt};
    1950     Series.NomType={Series.NomType};
    1951 end   
    1952 nbview=length(Series.RootFile);
    1953 for iview=1:nbview
    1954     filebase=fullfile(Series.RootPath{iview},Series.RootFile{iview});%root file name
    1955     if testcell
    1956         num_i1=num_i1_cell{iview}; num_i2=num_i2_cell{iview}; num_j1=num_j1_cell{iview}; num_j2=num_j2_cell{iview};
    1957     else
    1958         num_i1=num_i1_cell; num_i2=num_i2_cell; num_j1=num_j1_cell; num_j2=num_j2_cell;
    1959     end
    1960     siz=size(num_i1);
    1961     nbfield2=siz(1); %nb of consecutive fields at each level(burst
    1962     nbfield=siz(1)*siz(2);
    1963     nbfield=floor(nbfield/(nbfield2*NbSlice));%total number of i indexes (adjusted to an integer number of slices)
    1964     if isequal(lower(Series.FileExt{iview}),'.avi')
    1965         info=aviinfo([filebase Series.FileExt{iview}]);
    1966         message{1}=info.Filename;
    1967         message{2}=info.FileModDate;
    1968         message{3}=[num2str(info.FramesPerSecond) ' frames/s '];
    1969         message{4}=info.ImageType;
    1970         message{5}=['  compression' info.VideoCompression];
    1971         message{6}=[ 'quality ' num2str(info.Quality)];   
    1972         Tabchar=message;
    1973     else
    1974         datnum=[];
    1975         Tabchar={};
    1976         %LOOP ON SLICES
    1977         for i_slice=1:NbSlice
    1978             for ifield=1:nbfield
    1979                 indselect(:,ifield)=((ifield-1)*NbSlice+(i_slice-1))*nbfield2+[1:nbfield2]';%selected indices on the list of files of a slice
    1980             end
    1981             for index=1:nbfield*nbfield2
    1982                 stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
    1983                 if isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
    1984                     update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,index/(nbfield*nbfield2))
    1985                     ifile=indselect(index);               
    1986                     file=...
    1987                        name_generator(filebase,num_i1(ifile),num_j1(ifile),Series.FileExt{iview},Series.NomType{iview},1,num_i2(ifile),num_j2(ifile),Series.SubDir{iview});               
    1988                     [Path,Name,ext]=fileparts(file);
    1989                     detect=exist(file,'file'); % check the existence of the file
    1990                     if detect==0
    1991                         count=count+1;
    1992                         lastfield='not found';
    1993                     else
    1994                         datfile=dir(file);
    1995                         datnum(ifile)=datenum(datfile.date);
    1996                         filefound(ifile)={datfile.name};
    1997                         lastfield='';
    1998                         if isequal(Series.FileExt{iview},'.nc') || isequal(Series.FileExt{iview},'.cdf')
    1999                             % check the content  netcdf file
    2000                             Data=nc2struct(file,'ListGlobalAttribute','patch2','fix2','civ2','patch','fix','absolut_time_T0','hart');
    2001                             if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
    2002                                 lastfield='patch2';
    2003                             elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
    2004                                 lastfield='fix2';
    2005                             elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
    2006                                 lastfield='civ2';
    2007                             elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
    2008                                 lastfield='patch1';
    2009                             elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
    2010                                 lastfield='fix1';
    2011                             elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0) && ~isempty(Data.hart)
    2012                                 lastfield='civ1';
    2013                             end                         
    2014                         end
    2015                     end
    2016                     Tabchar(1,i_slice)={['slice #' num2str(i_slice)]};
    2017                     Tabchar(index+1,i_slice)={[file '   ' lastfield]};
    2018                 end
    2019             end
    2020         end
    2021         if isempty(datnum)
    2022             if NbSlice>1
    2023                 message=['no set of ' num2str(NbSlice) ' (NbSlices) files found'];
    2024             else
    2025                  message='no file found';
    2026             end
    2027         else
    2028             datnum=datnum(find(datnum));%keep the non zero values corresponding to existing files
    2029             [first,ind]=min(datnum);
    2030             [last,indlast]=max(datnum);
    2031             message={['oldest modification:  ' cell2mat(filefound(ind)) ' : ' datestr(first)];...
    2032                 ['latest modification:  ' cell2mat(filefound(indlast)) ' : ' datestr(last)]};
    2033         end
    2034         if ~isempty(Tabchar)
    2035           Tabchar=reshape(Tabchar,NbSlice*(nbfield*nbfield2+1),1);
    2036         end
    2037     end
    2038     hfig=figure(iview);
    2039     clf
    2040     if iview>1
    2041         pos=get(iview-1,'Position');
    2042         pos(1)=pos(1)+(iview-1)*pos(1)/nbview;
    2043         set(hfig,'Position',pos)
    2044     end
    2045     set(hfig,'name',['view= ' num2str(iview)])
    2046    
    2047     h=uicontrol('Style','listbox', 'Position', [20 20 500 300], 'String', Tabchar, 'Callback', @ncbrowser_uvmat);
    2048     hh=uicontrol('Style','listbox', 'Position', [20 340 500 40], 'String', message);
    2049 end
    2050 %----------------------------------------------------
    2051 %  determine the list of index pairs of processing file
    2052 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    2053 function [num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,num_i_out,num_j_out]=find_file_indices(num_i,num_j,ind_shift,NomType,mode)
    2054 num_i1=num_i;% set of first image numbers by default
    2055 num_i2=num_i;
    2056 num_j1=num_j;
    2057 num_j2=num_j;
    2058 num_i_out=num_i;
    2059 num_j_out=num_j;
    2060 if isequal (NomType,'_i1-i2_j') |isequal (NomType,'_i1-i2')
    2061     num_i1_line=num_i+ind_shift(3);% set of first image numbers
    2062     num_i2_line=num_i+ind_shift(4);
    2063     % adjust the first and last field number
    2064         indsel=find(num_i1_line >= 1);
    2065     num_i_out=num_i(indsel);
    2066     num_i1_line=num_i1_line(indsel);
    2067     num_i2_line=num_i2_line(indsel);
    2068     num_j1=meshgrid(num_j,ones(size(num_i1_line)));
    2069     num_j2=meshgrid(num_j,ones(size(num_i1_line)));
    2070     [xx,num_i1]=meshgrid(num_j,num_i1_line);
    2071     [xx,num_i2]=meshgrid(num_j,num_i2_line);
    2072 elseif isequal (NomType,'_i_j1-j2') || isequal (NomType,'#_ab')
    2073     if isequal(mode,'bursts') %case of bursts (png_old or png_2D)
    2074         num_j1=ind_shift(1)*ones(size(num_i));
    2075         num_j2=ind_shift(2)*ones(size(num_i));
    2076     else
    2077         num_j1_col=num_j+ind_shift(1);% set of first image numbers
    2078         num_j2_col=num_j+ind_shift(2);
    2079         % adjust the first field number
    2080         indsel=find((num_j1_col >= 1));   
    2081         num_j_out=num_j(indsel);
    2082         num_j1_col=num_j1_col(indsel);
    2083         num_j2_col=num_j2_col(indsel);
    2084         [num_i1,num_j1]=meshgrid(num_i,num_j1_col);
    2085         [num_i2,num_j2]=meshgrid(num_i,num_j2_col);
    2086     end   
    2087 end
    2088 
    2089 
    2090 %----------------------------------------------------------------------
    2091 % --- make average on a series of files
    2092 %----------------------------------------------------------------------
    2093 %INPUT:
    2094 %num_i1: series of first indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    2095 %num_i2: series of second indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    2096 %num_j1: series of first indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ )
    2097 %num_j2: series of second indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ)
    2098 %OTHER INPUTS given by the structure Series
    2099 %  Series.Time:
    2100 %  Series.GeometryCalib:
    2101 function GUI_input=aver_stat(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series)
    2102 %requests for the visibility of input windows in the GUI series  (activated directly by the selection in the menu ACTION)
    2103 if ~exist('num_i1','var')
    2104     GUI_input={'RootPath';'two';...%nbre of possible input series (options 'on'/'two'/'many', default:'one')
    2105         'SubDir';'on';... % subdirectory of derived files (PIV fields), ('on' by default)
    2106         'RootFile';'on';... %root input file name ('on' by default)
    2107         'FileExt';'on';... %input file extension ('on' by default)
    2108         'NomType';'on';...%type of file indexing ('on' by default)
    2109         'NbSlice';'on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    2110         'VelTypeMenu';'two';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
    2111         'FieldMenu';'two';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    2112         'CoordType'; 'on';...%can use a transform function
    2113         'GetObject';'on';...%can use projection object(option 'off'/'one'/'two',
    2114         %'GetMask';'on'...%can use mask option   
    2115         %'PARAMETER'; %options: name of the user defined parameter',repeat a line for each parameter
    2116                ''};
    2117         return
    2118 end
    2119 
    2120 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    2121 hseries=guidata(Series.hseries);%handles of the GUI series
    2122 WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position');
    2123 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    2124 
    2125 %root input file and type
    2126 if ~iscell(Series.RootPath)% case of a single input field series
    2127     num_i1={num_i1};num_j1={num_j1};num_i2={num_i2};num_j2={num_j2};
    2128     RootPath={Series.RootPath};
    2129     RootFile={Series.RootFile};
    2130     SubDir={Series.SubDir};
    2131     FileExt={Series.FileExt};
    2132     NomType={Series.NomType};
    2133 else
    2134     RootPath=Series.RootPath;
    2135     RootFile=Series.RootFile;
    2136     SubDir=Series.SubDir;
    2137     NomType=Series.NomType;
    2138     FileExt=Series.FileExt;
    2139 end   
    2140 ext=FileExt{1};
    2141 form=imformats(ext([2:end]));%test valid Matlab image formats
    2142 testima=0;
    2143 if ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')||isequal(lower(ext),'.vol')
    2144     testima(1)=1;
    2145 end
    2146 if length(FileExt)>=2
    2147     ext_1=FileExt{2};
    2148     form=imformats(ext_1([2:end]));%test valid Matlab image formats
    2149     if ~isempty(form)||isequal(lower(ext_1),'.avi')||isequal(lower(ext_1),'.vol')
    2150         testima(2)=1;
    2151     end
    2152     if testima(2)~=testima(1)
    2153         msgbox_uvmat('ERROR','images and netcdf files cannot be compared')
    2154         return
    2155     end
    2156 end
    2157 
    2158 %Number of input series: this function  accepts two input file series at most (then it operates on the difference of fields)
    2159 nbview=length(RootPath);
    2160 if nbview>2 
    2161     RootPath=RootPath(1:2);
    2162     set(hseries.RootPath,'String',RootPath)
    2163     SubDir=SubDir(1:2);
    2164     set(hseries.SubDir,'String',SubDir)
    2165     RootFile=RootFile(1:2);
    2166     set(hseries.RootFile,'String',RootFile)
    2167     NomType=NomType(1:2);
    2168     FileExt=FileExt(1:2);
    2169     set(hseries.FileExt,'String',FileExt)
    2170     nbview=2;
    2171 end
    2172 hhh=which('mmreader');
    2173 for iview=1:nbview
    2174     test_movie(iview)=0;
    2175     if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()
    2176         if isequal(lower(FileExt{iview}),'.avi')
    2177             MovieObject{iview}=mmreader(fullfile(RootPath{iview},[RootFile{iview} FileExt{iview}]));
    2178             test_movie(iview)=1;
    2179         end
    2180     end
    2181 end
    2182 
    2183 % number of slices
    2184 NbSlice=str2num(get(hseries.NbSlice,'String'));
    2185 if isempty(NbSlice)
    2186     NbSlice=1;
    2187 end
    2188 NbSlice_name=num2str(NbSlice);
    2189 
    2190 % Field and velocity type (the same for the two views)
    2191 Field_str=get(hseries.FieldMenu,'String');
    2192 FieldName=[]; %default
    2193 testfield=get(hseries.FieldMenu,'Visible');
    2194 if isequal(testfield,'on')
    2195     val=get(hseries.FieldMenu,'Value');
    2196     FieldName=Field_str(val);%the same set of fields for all views
    2197     if isequal(FieldName,{'get_field...'})
    2198         hget_field=findobj(allchild(0),'name','get_field');%find the get_field... GUI
    2199         if length(hget_field)>1
    2200             delete(hget_field(2:end))
    2201         elseif isempty(hget_field)
    2202            filename=...
    2203                  name_generator(fullfile(RootPath{1},RootFile{1}),num_i1{1}(1),num_j1{1}(1),FileExt{1},NomType{1},1,num_i2{1}(1),num_j2{1}(1),SubDir{1});
    2204            get_field(filename);
    2205            return
    2206         end
    2207         %hhget_field=guidata(hget_field);%handles of GUI elements in get_field
    2208         SubField=read_get_field(hget_field); %read the names of the variables to plot in the get_field GUI
    2209     end
    2210 end
    2211 %detect whether the two files are 'images' or 'netcdf'
    2212 testima=0;
    2213 testvol=0;
    2214 testcivx=0;
    2215 testnc=0;
    2216 FileExt=get(hseries.FileExt,'String');
    2217 % test_movie=0;
    2218 for iview=1:nbview
    2219      ext=FileExt{iview};
    2220      form=imformats(ext([2:end]));
    2221      if isequal(lower(ext),'.vol')
    2222          testvol=testvol+1;
    2223      elseif ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    2224          testima=testima+1;
    2225      elseif isequal(ext,'.nc')
    2226          testnc=testnc+1;
    2227      end
    2228 end
    2229 if testvol
    2230     msgbox_uvmat('ERROR','volume images not implemented yet')
    2231     return
    2232 end
    2233 if testnc~=nbview && testima~=nbview && testvol~=nbview
    2234     msgbox_uvmat('ERROR','compare two image series or two netcdf files with the same fields as input')
    2235     return
    2236 end
    2237 if ~isequal(FieldName,{'get_field...'})
    2238     testcivx=testnc;
    2239 end
    2240 
    2241 if testcivx
    2242     VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    2243     VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    2244     VelType{1}=VelType_str{VelType_val};
    2245     if nbview==2
    2246         VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu_1,'String');
    2247         VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu_1,'Value');
    2248         VelType{2}=VelType_str{VelType_val};
    2249     end
    2250 end
    2251 
    2252 %Calibration data and timing: read the ImaDoc files
    2253 mode=''; %default
    2254 timecell={};
    2255 itime=0;
    2256 NbSlice_calib={};
    2257 for iview=1:nbview%Loop on views
    2258     XmlData{iview}=[];%default
    2259     filebase{iview}=fullfile(RootPath{iview},RootFile{iview});
    2260     if exist([filebase{iview} '.xml'],'file')
    2261         [XmlData{iview},error]=imadoc2struct([filebase{iview} '.xml']);
    2262         if isfield(XmlData{iview},'Time')
    2263             itime=itime+1;
    2264             timecell{itime}=XmlData{iview}.Time;
    2265         end
    2266         if isfield(XmlData{iview},'GeometryCalib') && isfield(XmlData{iview}.GeometryCalib,'SliceCoord')
    2267             NbSlice_calib{iview}=size(XmlData{iview}.GeometryCalib.SliceCoord,1);%nbre of slices for Zindex in phys transform
    2268             if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
    2269                 msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
    2270             end
    2271         end
    2272     elseif exist([filebase{iview} '.civ'],'file')
    2273         [error,time,TimeUnit,mode,npx,npy,pxcmx,pxcmy]=read_imatext([filebase{iview} '.civ']);
    2274         itime=itime+1;
    2275         timecell{itime}=time;
    2276         XmlData{iview}.Time=time;
    2277         GeometryCalib.R=[pxcmx 0 0; 0 pxcmy 0;0 0 0];
    2278         GeometryCalib.Tx=0;
    2279         GeometryCalib.Ty=0;
    2280         GeometryCalib.Tz=1;
    2281         GeometryCalib.dpx=1;
    2282         GeometryCalib.dpy=1;
    2283         GeometryCalib.sx=1;
    2284         GeometryCalib.Cx=0;
    2285         GeometryCalib.Cy=0;
    2286         GeometryCalib.f=1;
    2287         GeometryCalib.kappa1=0;
    2288         GeometryCalib.CoordUnit='cm';
    2289         XmlData{iview}.GeometryCalib=GeometryCalib;
    2290         if error==1
    2291             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of fields in the .civ file');
    2292         end
    2293     end
    2294 end
    2295 
    2296 %check coincidence in time
    2297 multitime=0;
    2298 if length(timecell)==0
    2299     time=[];
    2300 elseif length(timecell)==1
    2301     time=timecell{1};
    2302 elseif length(timecell)>1
    2303     multitime=1;
    2304     for icell=1:length(timecell)
    2305         if ~isequal(size(timecell{icell}),size(timecell{1}))
    2306             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent time array dimensions in ImaDoc fields, the time for the first series is used')
    2307             time=timecell{1};
    2308             multitime=0;
    2309             break
    2310         end
    2311     end
    2312 end
    2313 if multitime
    2314     for icell=1:length(timecell)
    2315         time(icell,:,:)=timecell{icell};
    2316     end
    2317     diff_time=max(max(diff(time)));
    2318     if diff_time>0
    2319         msgbox_uvmat('WARNING',['times of series differ by more than ' num2str(diff_time)])
    2320     end   
    2321 end
    2322 if size(time,2) < num_i2{1}(end) || size(time,3) < num_j2{1}(end)% ime array absent or too short in ImaDoc xml file'
    2323     time=[];
    2324 end
    2325 
    2326 % Root name of output files (TO GENERALISE FOR TWO INPUT SERIES)
    2327 filebasesub=fullfile(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1});
    2328 if isempty(SubDir{1}) % create a subdirectory '/mean'
    2329     subdir_result='mean';
    2330 %     filebasemean=fullfile(RootPath{1},subdir_result);
    2331     if ~exist(fullfile(RootPath{1},subdir_result),'dir')
    2332         dircur=pwd; %record current working directory
    2333         cd(RootPath{1})% goes to the iamge directory
    2334         [m1,m2,m3]=mkdir(subdir_result);
    2335         if ~isequal(m2,'')
    2336              msgbox_uvmat('CONFIRMATION',m2);%error message for directory creation
    2337         end
    2338         cd(dircur) %back to the initial working directory
    2339     end
    2340     filebase_out=filebase{1};
    2341 else
    2342    subdir_result=SubDir{1};
    2343    filebase_out=[filebase{1} '_mean'];% output root name obtained by adding the suffix _mean to the input
    2344 end
    2345 %output nomtype (to generalise)
    2346 NomTypeOut=nomtype2pair(NomType{1},num_i2{end}(end)-num_i1{1}(1),num_j2{end}(end)-num_j1{1}(1));
    2347    
    2348 if NbSlice==1 
    2349     filebase_out=[filebasesub '_mean'];
    2350 else
    2351     filebase_out=[filebasesub '_' NbSlice_name 'mean'];
    2352     answeryes=questdlg({['will make average in ' num2str(NbSlice) ' slices'];['results stored as files ' filebase_out ' ...']});
    2353     if ~isequal(answeryes,'Yes')
    2354         return
    2355     end
    2356 end
    2357 
    2358 % coordinate transform or other user defined transform
    2359 Coord_menu=get(hseries.CoordType,'String');
    2360 menu_val=get(hseries.CoordType,'Value');
    2361 usrfct=Coord_menu{menu_val};
    2362 testfct=~isequal(usrfct,'');
    2363 
    2364 %slice loop
    2365 siz=size(num_i1{1});
    2366 lengthtot=siz(1)*siz(2);
    2367 nbfield=floor(lengthtot/(siz(1)*NbSlice));%total number of i indexes (adjusted to an integer number of slices)
    2368 nbfield_slice=nbfield*siz(1);% number of fields per slice
    2369 
    2370 for i_slice=1:NbSlice
    2371    S=0; %initiate the image sum S
    2372    nbfiles=0;
    2373    nbmissing=0;
    2374     %averaging loop
    2375    for ifile=i_slice:NbSlice:lengthtot
    2376         stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
    2377         if isequal(stopstate,'queue') % enable STOP command
    2378              update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,ifile/lengthtot)
    2379              for iview=1:nbview
    2380                 [filename]=...
    2381                            name_generator(filebase{iview},num_i1{iview}(ifile),num_j1{iview}(ifile),FileExt{iview},NomType{iview},1,num_i2{iview}(ifile),num_j2{iview}(ifile),SubDir{iview});
    2382                 if testima
    2383                     Data{iview}.ListVarName={'A'};
    2384                     Data{iview}.AName='image';
    2385                     if test_movie(iview)
    2386                         Data{iview}.A=read(MovieObject{iview},num_i1{iview}(ifile));
    2387                     else
    2388                         Data{iview}.A=read_image(filename,NomType{iview},num_i1{iview}(ifile));% read the image, num2 is the counter for avi files
    2389                     end
    2390                     Atype{iview}=class(Data{iview}.A);
    2391                     Data{iview}.A=double(Data{iview}.A);
    2392                 elseif testcivx
    2393                     [Data{iview},VelTypeOut]=read_civxdata(filename,FieldName,VelType);
    2394                 else
    2395                     [Data{iview},var_detect]=nc2struct(filename,SubField.ListVarName); %read the corresponding input data               
    2396                     Data{iview}.VarAttribute=SubField.VarAttribute;
    2397                 end
    2398                 if isfield(Data{iview},'Txt')
    2399                     msgbox_uvmat('ERROR',['error of input reading: ' Data{iview}.Txt])
    2400                     return
    2401                 end
    2402              end   
    2403              % coordinate transform (or other user defined transform)
    2404              if ~isequal(Series.CoordType,'')
    2405                  % z index
    2406                 if ~isempty(NbSlice_calib)
    2407                     Data{iview}.ZIndex=mod(num_i1{iview}(ifile)-1,NbSlice_calib{1})+1;%Zindex for phys transform
    2408                 end
    2409                 if nbview==2
    2410                     [Data{1},Data{2}]=feval(Series.CoordType,Data{1},XmlData{1},Data{2},XmlData{2});
    2411                     if isempty(Data{2})
    2412                         Data(2)=[];
    2413                     end
    2414                 else
    2415                     Data{1}=feval(Series.CoordType,Data{1},XmlData);
    2416                 end
    2417              end     
    2418             if testcivx
    2419                     Data{iview}=calc_field(FieldName,Data{iview});%calculate field (vort..)
    2420             end
    2421             if length(Data)==2
    2422                 [Field,errormsg]=sub_field(Data{1},Data{2}); %substract the two fields
    2423                 if ~isempty(errormsg)
    2424                     msgbox_uvmat('ERROR',['error in aver_stat/sub_field:' errormsg])
    2425                     return
    2426                 end
    2427             else
    2428                 Field=Data{1};
    2429             end
    2430             if isfield(Series,'ProjObject')
    2431                 [Field,errormsg]=proj_field(Field,Series.ProjObject);
    2432                  if ~isempty(errormsg)
    2433                     msgbox_uvmat('ERROR',['error in aver_stat/proj_field:' errormsg])
    2434                     return
    2435                 end
    2436              end                                                       
    2437                 nbfiles=nbfiles+1;
    2438                 if nbfiles==1 %first field
    2439                     time_1=[];
    2440                     if isfield(Field,'Time')
    2441                         time_1=Field.Time(1);
    2442                     end
    2443                     DataMean=Field;%default
    2444                 else
    2445                     for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    2446                         VarName=Field.ListVarName{ivar};
    2447                         eval(['sizmean=size(DataMean.' VarName ');']);
    2448                         eval(['siz=size(Field.' VarName ');']);
    2449                         if ~isequal(siz,sizmean)
    2450                             warndlg_uvmat(['unequal size of input field ' VarName ', need to interpolate on a grid'],'WARNING')
    2451                             nbmissing=nbmissing+1;
    2452                             break
    2453                         else
    2454                             eval(['DataMean.' VarName '=DataMean.' VarName '+ Field.' VarName ';']); % update the sum
    2455                         end
    2456                     end
    2457                 end
    2458 %             else
    2459 %                 nbmissing=nbmissing+1;
     1900% %group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
     1901% %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% Function independante maintenant
     1902% %-----------------------------------------------------------------
     1903% [CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell]=find_field_indices(Data{1});
     1904% %LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
     1905% % CellVarIndex=cells of variable index arrays
     1906% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
     1907% icoord=0;
     1908% for icell=1:length(CellVarIndex)
     1909%     if NbDim(icell)==1
     1910%         continue
     1911%     end
     1912%     VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
     1913%     VarType=VarTypeCell{icell};
     1914%     ivar_X=VarType.coord_x;
     1915%     ivar_Y=VarType.coord_y;
     1916%     ivar_FF=VarType.errorflag;
     1917%     if isempty(ivar_X)
     1918%         test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
     1919%     else
     1920%         if length(ivar_Y)~=1
     1921%                 warndlg_uvmat('y coordinate missing in proj_field.m','ERROR')
     1922%                 return
     1923%         end
     1924%         test_grid=0;
     1925%     end
     1926% %    DimIndices=Data{1}.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
     1927%     %case of input fields with unstructured coordinates
     1928%     if ~test_grid
     1929%         for ivar=VarIndex
     1930%             VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
     1931%             for iview=1:nbview
     1932%                 eval(['MergeData.' VarName '=[MergeData.' VarName '; Data{iview}.' VarName ';'])
    24601933%             end
    2461         end
    2462     end %end averaging loop
    2463     for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    2464         VarName=Field.ListVarName{ivar};
    2465         eval(['DataMean.' VarName '=DataMean.' VarName '/nbfiles;']); % normalize the mean
    2466     end
    2467     if nbmissing~=0
    2468         msgbox_uvmat('WARNING',[num2str(nbmissing) ' input files are missing or skipted'])
    2469     end
    2470     if isempty(time) % time read from files  prevails
    2471         time_end=[];
    2472         if isfield(Field,'Time')
    2473             time_end=Field.Time(1);%last time read
    2474             if ~isempty(time_1)
    2475                 DataMean.Time=time_1;
    2476                 DataMean.Time_end=time_end;
    2477             end
    2478         end
    2479     else  % time from ImaDoc prevails
    2480         DataMean.Time=time(1,num_i1{1}(1),num_j1{1}(1));
    2481         DataMean.Time_end=time(end,num_i1{end}(end),num_j1{end}(end));
    2482     end
    2483    
    2484     %writing the result file
    2485    if testima   
    2486        if NbSlice==1
    2487         [filemean]=name_generator(filebase_out,num_i1{1}(1),num_j1{1}(1),'.png',NomTypeOut,1,num_i2{end}(end),num_j2{end}(end));
    2488        else % label the file number by the slice # for simplicity
    2489           [filemean]=name_generator(filebase_out,i_slice,1,'.png','_i');
    2490        end
    2491         if exist(filemean,'file')
    2492             backupfile=filemean;
    2493             testexist=2;
    2494             while testexist==2
    2495                 backupfile=[backupfile(1:end-4) '~.png'];
    2496                 testexist=exist(backupfile,'file');
    2497             end
    2498             [success,message]=copyfile(filemean,backupfile);%make backup
    2499             if ~isequal(success,1)
    2500                 msgbox_uvmat('ERROR',['previous file result ' filemean ' already exists, problem in backup'])
    2501                 return
    2502             end
    2503         end
    2504         if isequal(Atype{1},'uint16')
    2505             imwrite(uint16(DataMean.A),filemean,'BitDepth',16);
    2506         else
    2507             imwrite(uint8(DataMean.A),filemean,'BitDepth',8);
    2508         end
    2509         display([filemean ' written']);
    2510     else %determine global attributes
    2511         DataMean.ListGlobalAttribute=[DataMean.ListGlobalAttribute {Series.Action}];
    2512         ActionKey='Action';
    2513         while isfield(DataMean,ActionKey)
    2514             ActionKey=[ActionKey '_1'];
    2515         end
    2516         eval(['DataMean.' ActionKey '=Series.Action;'])
    2517         DataMean.ListGlobalAttribute=[DataMean.ListGlobalAttribute {ActionKey}];
    2518         if isfield(DataMean,'Time')
    2519             DataMean.ListGlobalAttribute=[DataMean.ListGlobalAttribute {'Time','Time_end'}];
    2520         end 
    2521         if NbSlice==1
    2522           filemean=name_generator(filebase_out,num_i1{1}(1),num_j1{1}(1),'.nc',NomTypeOut,1,num_i2{end}(end),num_j2{end}(end));
    2523         else % label the file number by the slice # for simplicity
    2524           [filemean]=name_generator(filebase_out,i_slice,1,'.nc','_i');
    2525         end
    2526         if exist(filemean,'file')
    2527             backupfile=filemean;
    2528             testexist=2;
    2529             while testexist==2
    2530                 backupfile=[backupfile(1:end-3) '~.nc'];
    2531                 testexist=exist(backupfile,'file');
    2532             end
    2533             [success,message]=copyfile(filemean,backupfile);%make backup
    2534             if ~isequal(success,1)
    2535                 msgbox_uvmat('ERROR',['previous file result ' filemean ' already exists, problem in backup'])
    2536                 display(['previous file result ' filemean ' already exists, problem in backup'])
    2537                 return
    2538             end
    2539         end
    2540         errormsg=struct2nc(filemean,DataMean); %save result file
    2541         if isempty(errormsg)
    2542             display([filemean ' written']);
    2543         else
    2544             msgbox_uvmat('ERROR',['error in writting result file: ' errormsg])
    2545             display(errormsg)
    2546         end
    2547    end
    2548 end
    2549 hget_field=findobj(allchild(0),'name','get_field');%find the get_field... GUI
    2550 delete(hget_field)
    2551 'TEST'
    2552 uvmat(filemean)
    2553 
    2554 
    2555 % %----------------------------------------------------------------------
    2556 % % --makes a time averaged velocity field
    2557 % %----------------------------------------------------------------------
    2558 % function aver_vel(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series)
    2559 %                           %handles of the GUI series
    2560 %   
    2561 % hseries=guidata(Series.hseries);%handles of the GUI series
    2562 % WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position');
    2563 % Field_list=get(hseries.FieldMenu,'String');
    2564 % val=get(hseries.FieldMenu,'Value');
    2565 % FieldName=Field_list{val(1)};
    2566 % set(hseries.FieldMenu,'Value',val(1))% select only one input field
    2567 % if isequal(FieldName,'get_field...')
    2568 %     hget_field=findobj(allchild(0),'Name','get_field');%find the get_field... GUI
    2569 % end
    2570 % %root input file and type
    2571 % RootPath=get(hseries.RootPath,'String');
    2572 % SubDir=get(hseries.SubDir,'String');
    2573 % RootFile=get(hseries.RootFile,'String');
    2574 % %NomType=get(hseries.NomType,'String');
    2575 % NomType=Series.NomType;
    2576 % FileExt=get(hseries.FileExt,'String');
    2577 % ext=FileExt{1};     
    2578 % VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    2579 % VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    2580 % VelType{1}=VelType_str{VelType_val};
    2581 %
    2582 % time=0; %default
    2583 % % number of slices
    2584 % NbSlice=str2num(get(hseries.NbSlice,'String'));
    2585 % if isempty(NbSlice)
    2586 %     NbSlice=1;
    2587 % end
    2588 % NbSlice_name=num2str(NbSlice);
    2589 % filebase=fullfile(RootPath{1},RootFile{1});
    2590 % Calib=[];
    2591 % if exist([filebase '.xml'],'file')
    2592 %     %[error,Heading,nom_type_read,ext_ima_read,time_imadoc,TimeUnit,mode,NbSlice,npx,npy,Calib]=read_imadoc([filebase '.xml']);
    2593 %     [XmlData,warntext]=imadoc2struct([filebase '.xml']);
    2594 % end
    2595 % if NbSlice==1
    2596 %    filebase_mean=[filebase '_mean']; %root name for the result
    2597 % else
    2598 %    filebase_mean=[filebase '_' NbSlice_name 'mean']; %root name for the results
    2599 %    answeryes=questdlg({['will make average in ' num2str(NbSlice) ' slices'];['results stored as files ' filebase_mean ' ...']});
    2600 %     if ~isequal(answeryes,'Yes')
    2601 %     return
     1934%         end
     1935%     %case of fields defined on a structured  grid
     1936%     else 
     1937% %        DimValue=MergeData.DimValue(DimIndices);%set of dimension values
     1938%         testFF=0;
     1939%         for iview=2:nbview
     1940% %             if ~isequal(DimValue,Data{iview}.DimValue(DimIndices))
     1941% %                 MergeData.Txt='ERROR: attempt at merging structured fields with different sizes';
     1942% %                 return
     1943% %             end
     1944%             for ivar=VarIndex
     1945%                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
     1946%                 if isfield(MergeData,'VarAttribute')
     1947%                     if length(MergeData.VarAttribute)>=ivar && isfield(MergeData.VarAttribute{ivar},'Role') && isequal(MergeData.VarAttribute{ivar}.Role,'errorflag')
     1948%                         testFF=1;
     1949%                     end
     1950%                 end
     1951%                 eval(['MergeData.' VarName '=MergeData.' VarName '+ Data{iview}.' VarName ';'])
     1952%             end
     1953%         end
     1954%         if testFF
     1955%             nbaver=nbview-MergeData.FF;
     1956%             indgood=find(nbaver>0);
     1957%             for ivar=VarIndex
     1958%                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
     1959%                 eval(['MergeData.' VarName '(indgood)=double(MergeData.' VarName '(indgood))./nbaver(indgood);'])
     1960%             end
     1961%         else
     1962%             for ivar=VarIndex
     1963%                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
     1964%                 eval(['MergeData.' VarName '=double(MergeData.' VarName ')./nbview;'])
     1965%             end   
     1966%         end
    26021967%     end
    26031968% end
    2604 % siz=size(num_i1);
    2605 % nbfield2=siz(1); %nb of consecutive fields at each level(burst)
    2606 % lengthtot=siz(1)*siz(2);
    2607 % nbfield=floor(lengthtot/(nbfield2*NbSlice));%total number of i indexes (adjusted to an integer number of slices)
    2608 % nbfield_slice=nbfield*nbfield2;% number of fields per slice
    2609 % %projection object
    2610 % GridX=[];
    2611 % GridY=[];
    2612 % if isfield(Series,'sethandles')
    2613 %         Series.ProjObject=read_set_object(Series.sethandles);
    2614 %         if isfield(Series.ProjObject,'Style')
    2615 %             answeryes=questdlg({['statistics on field series projected on ' Series.ProjObject.Style]});
    2616 %             if ~isequal(answeryes,'Yes')
    2617 %                 return
    2618 %             end
    2619 %         end
    2620 % end
    2621 %
    2622 % %LOOP ON SLICES
    2623 % for i_slice=1:NbSlice
    2624 %     %select the series of image indices at the level islice
    2625 %     for ifield=1:nbfield
    2626 %         indselect(:,ifield)=((ifield-1)*NbSlice+(i_slice-1))*nbfield2+[1:nbfield2]';%selected indices on the list of files of a slice
    2627 %     end 
    2628 %     %name of result file
    2629 %     [filemean,idetect]=...
    2630 %                name_generator(filebase_mean,num_i1(i_slice),num_j1(1),Series.FileExt{1},'_i1-i2_j1-j2',1,num_i2(i_slice+nbfield_slice*NbSlice-1),num_j2(end),Series.SubDir{1});
    2631 %
    2632 %     % field=get(handles.civ1,'UserData');%read current selected field type (civ1,civ2...)
    2633 %     itime=0;
    2634 %      dt=[];
    2635 %      %LOOP ON FIELDS IN  A SLICE
    2636 %      test_interpolate=0;%default
    2637 %     for index=1:nbfield*nbfield2
    2638 %             ifile=indselect(index);
    2639 %         stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
    2640 %         if isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
    2641 %             update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,ifile/(nbfield*nbfield2))
    2642 %             %name of the current file
    2643 %             [filename,idetect]=name_generator(filebase,num_i1(ifile),num_j1(ifile),Series.FileExt{1},Series.NomType{1},1,num_i2(ifile),num_j2(ifile),Series.SubDir{1});
    2644 %             %read input file
    2645 %             itime=itime+1;
    2646 %             if isequal(FieldName,'get_field...')
    2647 %                 hhget_field=guidata(hget_field);%handles of GUI elements in get_field
    2648 %                 hObject=0;
    2649 %                 eventdata=0;
    2650 %                 SubField=get_field('read_var_names',hObject,eventdata,hhget_field); %read the names of the variables to plot in the get_field GUI
    2651 %                 [Data,var_detect]=nc2struct(filename,SubField.ListVarName); %read input data   
    2652 %                 time(itime)=itime;
    2653 %                 dt=1;
    2654 %                 Calib_read=[];
    2655 %             else
    2656 %                 [nb_coord,nb_dim,Civ,CivStage,timeread,Data,VelTypeOut,Calib_read]=read_ncfield(filename,VelType{1});%reading the first file
    2657 %                  time(itime)=timeread;
    2658 %                 if isequal(Civ,1)
    2659 %                     Data.CoordType='px';%test for pixel coordinates
    2660 %                     if isequal(itime,1)
    2661 %                         dt=Data.dt;
    2662 %                     elseif ~isequal(Data.dt,dt)
    2663 %                         warndlg_uvmat('series with non constant dt, need phys coordinates','ERROR')
    2664 %                         return
    2665 %                     end
    2666 %                 end
    2667 %             end
    2668 %             %increment the detected fields, skip the others
    2669 %             if idetect==0
    2670 %                 warndlg_uvmat(['input file ' filename ' not found'],'ERROR')
    2671 %                 %A FAIRE STOCKER LE RESULT ACTUEL S'IL EXISTE
    2672 %             end
    2673 % %             itime=itime+1;
    2674 % %             time(itime)=timeread;
    2675 %       
    2676 %             %coordinate transform
    2677 %             if isempty(Calib)
    2678 %                 Calib=Calib_read;%use Calib from xml file in priority, then Calib from the current file
    2679 %             end
    2680 %             if ~isequal(Series.CoordType,'')
    2681 %                 Data=feval(Series.CoordType,Data,Calib);
    2682 %             end
    2683 %             %projection on object if defined
    2684 %             if isfield(Series,'ProjObject');
    2685 %                 Data=proj_field(Data,Series.ProjObject);
    2686 %                 if isequal(itime,1)%use the positions on the first field for the whole series, ou utiliser grille
    2687 %                     if isfield(Data,'Txt')%display error message
    2688 %                         warndlg(Data.Txt,'ERROR')
    2689 %                         return
    2690 %                     end
    2691 %                 end
    2692 %             else%remove false vectors and interpolate on the positions of the first field
    2693 %                 Data=document_field(Data);
    2694 %                 Data.Style='plane';
    2695 %             end
    2696 %     %%%%%%%%% initiate the average at the first iteration: check list and structure of variables
    2697 %             if ifile==i_slice%first field in the slice
    2698 %                 testfalse=0;
    2699 %                 ListIndex={};
    2700 %                 testnewcell=1;
    2701 %                 %group the variables (fields of 'Data') in cells of variables with the same dimensions
    2702 %                 [DimVarIndex,CellVarIndex]=find_field_indices(Data);
    2703 %                 VarIndex=CellVarIndex{1}; % ONLY THE FIRST VAR GROUP IS AVERAGED
    2704 %                 DimIndex=Data.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)         
    2705 %                 MeanData=Data;%transfer heading
    2706 %                 MeanData.Time=[time(1) time(end)];
    2707 %                 MeanData.Action=Series.Action;%name of the processing programme
    2708 %                 MeanData.ListDimName=Data.ListDimName(DimIndex);%name of dimension
    2709 %                 MeanData.DimValue=Data.DimValue(DimIndex);%values of dimension (nbre of vectors)
    2710 %                 MeanData.ListVarName=Data.ListVarName;
    2711 %                 MeanData.VarDimIndex=Data.VarDimIndex;
    2712 %                 MeanData.ListVarAttribute={'Role'};%list of variable attribute names A FAIRE: transferer les autres attributs
    2713 %                 testsum=ones(size(VarIndex));
    2714 %                 indexfalse=0;
    2715 %                 CoordName={};
    2716 %                 indexremove=[];
    2717 %                 if isfield(Data,'Role') % look for coordinate and flag variables   
    2718 %                     for ivar=1:length(VarIndex)
    2719 %                         VarName=Data.ListVarName{VarIndex(ivar)};
    2720 %                         var_role=Data.Role{VarIndex(ivar)};%'role' of the variable
    2721 %                         MeanData.Role{ivar}=var_role;
    2722 %                         if isequal(var_role,'falseflag')
    2723 %                             indexfalse=ivar; %test for false flag
    2724 %                             indexremove=ivar;
    2725 %                             FFName=VarName;
    2726 %                             testsum(ivar)=0;
    2727 %                             eval(['MeanData=rmfield(MeanData,''' VarName ''');']);%remove variable                     
    2728 %                         end
    2729 %                         if isequal(var_role,'warnflag')                       
    2730 %                             testsum(ivar)=0; %do not sum warn flag
    2731 %                             eval(['MeanData=rmfield(MeanData,''' VarName ''');']);%remove variable
    2732 %                             indexremove=[indexremove ivar];
    2733 %                         end                 
    2734 %                         if isequal(var_role,'coord_x')| isequal(var_role,'coord_y')|isequal(var_role,'coord_z')
    2735 %                             eval(['MeanData.' VarName '=Data.' VarName ';']);
    2736 %                             testsum(ivar)=0;
    2737 %                             eval(['CoordName=[CoordName ''' VarName '''];']);
    2738 %                         end
    2739 %                         if testsum(ivar)~=0
    2740 %                            eval(['MeanData.' VarName '=zeros(size(Data.' VarName '));']);%initialise sum
    2741 %                         end
    2742 %                     end
    2743 %                 end
    2744 %                 findsum=find(testsum);
    2745 %                 VarIndexSum=VarIndex(findsum);%indices of variables to sum (not coordinates nor flags)
    2746 %                 if length(CoordName)==0
    2747 %                     if isempty(DimVarIndex)|isequal(DimVarIndex,0)% no coordinate variable for structured coordinates, prepare histograms
    2748 %                          for ilist=1:length(VarIndexSum)
    2749 %                             VarName=Data.ListVarName{VarIndexSum(ilist)};
    2750 %                             eval(['MeanData=rmfield(MeanData,''' VarName ''');']);%remove variable
    2751 %                             indexremove=[indexremove ilist];
    2752 %                             eval(['[MeanData.' VarName 'hist,MeanData.' VarName 'val]=hist(Data.' VarName ',100);']);%make histo
    2753 %                             eval(['sizhist=size(MeanData.' VarName 'hist);'])
    2754 %                             if sizhist(1)==1
    2755 %                                 eval(['MeanData.' VarName 'hist=MeanData.' VarName 'hist'';'])
    2756 %                             end
    2757 %                             eval(['maxval=max(MeanData.' VarName 'val);']);
    2758 %                             eval(['minval=min(MeanData.' VarName 'val);']);
    2759 %                             dC(ilist)=(maxval-minval)/100;%size of the histogram bin   
    2760 %                          end
    2761 %                     else
    2762 % %                         icoord=0;
    2763 % %                         for ilist=1:length(DimVarIndex) 
    2764 % %                             VarDim=Data.ListVarName{DimVarIndex(ilist)};
    2765 % %                             icoord=icoord+1;
    2766 % %                             % eval(['Coord{' num2str(icord) '}=[' CoordName ''' VarName ''']']);
    2767 % %                              %eval(['Data.' CoordName{icoord} '=Data.' CoordName{icoord} '(indsel);']);
    2768 % %                         end
    2769 %                     end
    2770 %                 end
    2771 %                 if ~isempty(indexremove)
    2772 %                     MeanData.ListVarName(VarIndex(indexremove))=[];
    2773 %                     MeanData.VarDimIndex(VarIndex(indexremove))=[];
    2774 %                     if isfield(MeanData,'Role')%generaliser aus autres attributs
    2775 %                         MeanData.Role(VarIndex(indexremove))=[];
    2776 %                     end
    2777 %                 end
    2778 %                % END OF INITIALISATION
    2779 %
    2780 %             end
    2781 %       
    2782 %          % A FAIRE: regular grid if coord_x undefined
    2783 %             if indexfalse~=0 %suppress false data
    2784 %                  eval(['testexist=isfield(Data,''' FFName ''');'])
    2785 %                 if testexist
    2786 %                     eval(['indsel=find(Data.' FFName '==0);']);
    2787 %                     for icoord=1:length(CoordName)
    2788 %                         eval(['Data.' CoordName{icoord} '=Data.' CoordName{icoord} '(indsel);']);
    2789 %                     end
    2790 %                 end
    2791 %             end
    2792 %             for ilist=1:length(VarIndexSum)
    2793 %                 VarName=Data.ListVarName{VarIndexSum(ilist)};
    2794 %                 if indexfalse~=0 & testexist
    2795 %                     eval(['Data.' VarName '=Data.' VarName '(indsel);']);
    2796 %                 end
    2797 %                 if length(CoordName)==0%no variable use dfor unstructured coordinates
    2798 %                     if isempty(DimVarIndex)|isequal(DimVarIndex,0)% no coordinate variable for structured coordinates
    2799 % %                         %update histogram with the current field #ifile
    2800 %                         str_left=['[MeanData.' VarName 'val,MeanData.' VarName 'hist]='];
    2801 %                         str_right=['hist_update(MeanData.' VarName 'val,MeanData.' VarName 'hist,Data.' VarName ',dC(ilist));'];
    2802 %                         eval([str_left str_right]);%update global histo
    2803 %                     else
    2804 %                        %INTERPOLER
    2805 %                             
    2806 %                         eval(['MeanData.' VarName '=MeanData.' VarName '+Data.' VarName ';']);%increment sum%CAS x,y change
    2807 %                     end
    2808 %                 else   
    2809 %                     if length(CoordName)==2
    2810 %                         eval(['test_interp= ~isequal(Data.' CoordName{1} ',MeanData.' CoordName{1} ...
    2811 %                             ')|~isequal(Data.' CoordName{2} ',MeanData.' CoordName{2} ');'])
    2812 %                         if test_interp
    2813 %                             eval(['Data.' VarName '=griddata_uvmat(Data.' CoordName{1} ',Data.' CoordName{2}...
    2814 %                                 ',Data.' VarName ',MeanData.' CoordName{1} ',MeanData.' CoordName{2} ');']);
    2815 %                             test_interpolate=1;
    2816 %                         end
    2817 %                     end
    2818 %                     eval(['MeanData.' VarName '=MeanData.' VarName '+Data.' VarName ';']);%increment sum
    2819 %                 end
    2820 %             end
    2821 %         end
    2822 %     end
    2823 %     if length(CoordName)~=0 | ~isequal(DimVarIndex,0)% no coordinate variable for structured coordinates
    2824 %         for ilist=1:length(VarIndexSum) 
    2825 %             VarName=Data.ListVarName{VarIndexSum(ilist)};
    2826 %             eval(['MeanData.' VarName '=MeanData.' VarName '/itime;']);%normalize sum by the number of fields
    2827 %         end
    2828 %     else
    2829 %         MeanData.NbDim=1;
    2830 %         MeanData.ListDimName={};
    2831 %         MeanData.DimValue=[];
    2832 %         for ilist=1:length(VarIndexSum) 
    2833 %             VarName=Data.ListVarName{VarIndexSum(ilist)};
    2834 %             MeanData.ListVarName=[MeanData.ListVarName {[VarName 'val']} {[VarName 'hist']}];
    2835 %             MeanData.VarDimIndex=[MeanData.VarDimIndex {[ilist]} {[ilist]}];
    2836 %             MeanData.ListDimName=[MeanData.ListDimName {[VarName 'val']}];
    2837 %             eval(['MeanData.DimValue=[MeanData.DimValue length(MeanData.' VarName 'val)];']);
    2838 %         end   
    2839 %     end
    2840 %     figure
    2841 %     haxes=axes;
    2842 %     plot_field(MeanData,haxes)%plot the resulting average
    2843 %     % change variable names for consitency with civ1 data (need to generalize these programs)
    2844 %     if length(MeanData.ListVarName) >= 4 & isequal(MeanData.ListVarName(1:4), {'X'  'Y'  'U'  'V'})
    2845 %        MeanData.ListGlobalAttribute={'nb_coord','nb_dim','dt','absolut_time_T0','pixcmx','pixcmy','hart','civ','fix'};
    2846 %        MeanData.nb_coord=2;
    2847 %        MeanData.nb_dim=2;
    2848 %        MeanData.dt=1;
    2849 %        MeanData.absolut_time_T0=0;
    2850 %        MeanData.pixcmx=1; %pix per cm (1 by default)
    2851 %        MeanData.pixcmy=1; %pix per cm (1 by default)
    2852 %        MeanData.hart=0;
    2853 %        if isequal(Data.CoordType,'px')
    2854 %          MeanData.civ=1;
    2855 %       else
    2856 %          MeanData.civ=0;
    2857 %        end
    2858 %       MeanData.fix=0;
    2859 %         MeanData.ListVarName(1:4)={'vec_X'  'vec_Y'  'vec_U'  'vec_V'};
    2860 %         MeanData.vec_X=MeanData.X;
    2861 %         MeanData.vec_Y=MeanData.Y;
    2862 %         MeanData.vec_U=MeanData.U;
    2863 %         MeanData.vec_V=MeanData.V;
    2864 %     end
    2865 %     error=struct2nc(filemean,MeanData); %save result file
    2866 %     if isequal(error,0)
    2867 %         if test_interpolate
    2868 %             'fields interpolated to the positions of the first one'
    2869 %         end
    2870 %         [filemean ' written']
    2871 %     else
    2872 %         warndlg_uvmat(error,'ERROR')
    2873 %     end
    2874 % end
    2875 
    2876 %----------------------------------------------------------------------
    2877 % --project fields on a projection object (e. g. a regular grid), possibly
    2878 % merge several fields
    2879 %----------------------------------------------------------------------
    2880 %INPUT:
    2881 %num_i1: series of first indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    2882 %num_i2: series of second indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    2883 %num_j1: series of first indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ )
    2884 %num_j2: series of second indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ)
    2885 %OTHER INPUTS given by the structure Series
    2886 function GUI_input=merge_proj(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series);
    2887 
    2888 %requests for the visibility of input windows in the GUI series  (activated directly by the selection in the menu ACTION)
    2889 if ~exist('num_i1','var')
    2890     GUI_input={'RootPath';'two';...%nbre of possible input series (options 'on'/'two'/'many', default:'one')
    2891         'SubDir';'on';... % subdirectory of derived files (PIV fields), ('on' by default)
    2892         'RootFile';'on';... %root input file name ('on' by default)
    2893         'FileExt';'on';... %input file extension ('on' by default)
    2894         'NomType';'on';...%type of file indexing ('on' by default)
    2895         'NbSlice';'on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    2896         'VelTypeMenu';'one';...% menu for selecting the velocity type (civ1,..) options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    2897         'FieldMenu';'one';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    2898         'CoordType';'on';...%can use a transform function 'off' by default
    2899         'GetObject';'on';...%can use projection object ,'off' by default
    2900         %'GetMask';'on'...%can use mask option   ,'off' by default
    2901         %'PARAMETER'; options: name of the user defined parameter',repeat a line for each parameter
    2902                ''};
    2903     return %exit the function
    2904 end
    2905 
    2906 %-------------------------------------------------
    2907 hseries=guidata(Series.hseries);%handles of the GUI series
    2908 WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position'); %positiopn of waitbar frame
    2909 %-------------------------------------------------
    2910 
    2911 %numbers of view fields (nbre of inputs in RootPath)
    2912 testcell=iscell(Series.RootFile);
    2913 if ~testcell
    2914     Series.RootPath={Series.RootPath};
    2915     Series.RootFile={Series.RootFile};
    2916     Series.SubDir={Series.SubDir};
    2917     Series.FileExt={Series.FileExt};
    2918     Series.NomType={Series.NomType};
    2919     num_i1={num_i1};
    2920     num_i2={num_i2};
    2921     num_j1={num_j1};
    2922     num_j2={num_j2};
    2923 end
    2924 nbview=length(Series.RootFile);%number of views (file series to merge)
    2925 nbfield=size(num_i1{1},1)*size(num_i1{1},2);%number of fields in the time series
    2926 transform=Series.CoordType; %  field transform function
    2927 hhh=which('mmreader');
    2928 for iview=1:nbview
    2929     test_movie(iview)=0;
    2930     if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()
    2931         if isequal(lower(FileExt{iview}),'.avi')
    2932             MovieObject{iview}=mmreader(fullfile(RootPath{iview},[RootFile{iview} FileExt{iview}]));
    2933             test_movie(iview)=1;
    2934         end
    2935     end
    2936 end
    2937 
    2938 %Calibration data and timing: read the ImaDoc files
    2939 mode=''; %default
    2940 timecell={};
    2941 itime=0;
    2942 NbSlice_calib={}; %test for z index
    2943 for iview=1:nbview%Loop on views
    2944     XmlData{iview}=[];%default
    2945     filebase{iview}=fullfile(Series.RootPath{iview},Series.RootFile{iview});
    2946     if exist([filebase{iview} '.xml'],'file')
    2947         [XmlData{iview},error]=imadoc2struct([filebase{iview} '.xml']);
    2948         if isfield(XmlData{iview},'Time')
    2949             itime=itime+1;
    2950             timecell{itime}=XmlData{iview}.Time;
    2951         end
    2952         if isfield(XmlData{iview},'GeometryCalib') && isfield(XmlData{iview}.GeometryCalib,'SliceCoord')
    2953             NbSlice_calib{iview}=size(XmlData{iview}.GeometryCalib.SliceCoord,1);
    2954             if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
    2955                 msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
    2956             end
    2957         end   
    2958     elseif exist([filebase{iview} '.civ'],'file')
    2959         [error,time,TimeUnit,mode,npx,npy,pxcmx,pxcmy]=read_imatext([filebase{iview} '.civ']);
    2960         itime=itime+1;
    2961         timecell{itime}=time;
    2962         XmlData{iview}.Time=time;
    2963         GeometryCalib.R=[pxcmx 0 0; 0 pxcmy 0;0 0 0];
    2964         GeometryCalib.Tx=0;
    2965         GeometryCalib.Ty=0;
    2966         GeometryCalib.Tz=1;
    2967         GeometryCalib.dpx=1;
    2968         GeometryCalib.dpy=1;
    2969         GeometryCalib.sx=1;
    2970         GeometryCalib.Cx=0;
    2971         GeometryCalib.Cy=0;
    2972         GeometryCalib.f=1;
    2973         GeometryCalib.kappa1=0;
    2974         GeometryCalib.CoordUnit='cm';
    2975         XmlData{iview}.GeometryCalib=GeometryCalib;
    2976         if error==1
    2977             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of fields in the .civ file');
    2978         end
    2979     end
    2980 end
    2981 
    2982 %check coincidence in time
    2983 multitime=0;
    2984 if length(timecell)==0
    2985     time=[];
    2986 elseif length(timecell)==1
    2987     time=timecell{1};
    2988 elseif length(timecell)>1
    2989     multitime=1;
    2990     for icell=1:length(timecell)
    2991         if ~isequal(size(timecell{icell}),size(timecell{1}))
    2992             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent time array dimensions in ImaDoc fields, the time for the first series is used')
    2993             time=timecell{1};
    2994             multitime=0;
    2995             break
    2996         end
    2997     end
    2998 end
    2999 if multitime
    3000     for icell=1:length(timecell)
    3001         time(icell,:,:)=timecell{icell};
    3002     end
    3003     diff_time=max(max(diff(time)));
    3004     if diff_time>0
    3005         msgbox_uvmat('WARNING',['times of series differ by more than ' num2str(diff_time)])
    3006     end   
    3007 end
    3008 if size(time,2) < num_i2{1}(end) || size(time,3) < num_j2{1}(end)% ime array absent or too short in ImaDoc xml file'
    3009     time=[];
    3010 end
    3011 
    3012 % Field and velocity type (the same for all views)
    3013 Field_str=get(hseries.FieldMenu,'String');
    3014 val=get(hseries.FieldMenu,'Value');
    3015 FieldName=Field_str(val);%the same set of fields for all views
    3016 VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    3017 VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    3018 VelType=VelType_str{VelType_val}; %the same for all views
    3019 if isequal(FieldName,'get_field...')
    3020     hget_field=findobj(allchild(0),'Name','get_field');%find the get_field... GUI
    3021    % hhget_field=guidata(hget_field);%handles of GUI elements in get_field
    3022     SubField=get_field('read_get_field',hObject,eventdata,hget_field); %read the names of the variables to plot in the get_field GUI
    3023 %     if isequal(get(hhget_field.menu_coord,'Visible'),'on')
    3024 %         list_transform=get(hhget_field.menu_coord,'String');
    3025 %         val_list=get(hhget_field.menu_coord,'Value');
    3026 %         transform=list_transform{val_list};
    3027 %     end
    3028 end
    3029 %detect whether all the files are 'images' or 'netcdf'
    3030 testima=0;
    3031 testvol=0;
    3032 testcivx=0;
    3033 testnc=0;
    3034 FileExt=get(hseries.FileExt,'String');
    3035 for iview=1:nbview
    3036      ext=FileExt{iview};
    3037      form=imformats(ext([2:end]));
    3038      if isequal(lower(ext),'.vol')
    3039          testvol=testvol+1;
    3040      elseif ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    3041          testima=testima+1;
    3042      elseif isequal(ext,'.nc')
    3043          testnc=testnc+1;
    3044      end
    3045 end
    3046 if testvol
    3047     msgbox_uvmat('ERROR','volume images not implemented yet')
    3048     return
    3049 end
    3050 if testnc~=nbview && testima~=nbview && testvol~=nbview
    3051     msgbox_uvmat('ERROR','need a set of images or a set of netcdf files with the same fields as input')
    3052     return
    3053 end
    3054 if ~isequal(FieldName,'get_field...')
    3055     testcivx=testnc;
    3056 end
    3057 %name of output files and directory:
    3058 % res_subdir=fullfile(Series.RootPath{1},[Series.SubDir{1} '_STAT']);
    3059 ProjectDir=fileparts(fileparts(Series.RootPath{1}));% preoject directory (GERK)
    3060 prompt={['result directory (in' ProjectDir ')']};
    3061 RootPath=get(hseries.RootPath,'String');
    3062 SubDir=get(hseries.SubDir,'String');
    3063 if isequal(length(RootPath),1)
    3064     fulldir=RootPath{1};
    3065     subdir='GRID';
    3066     res_subdir=fullfile(fulldir,subdir);
    3067 else
    3068     def={fullfile(ProjectDir,'0_RESULTS')};
    3069     dlgTitle='result directory';
    3070     lineNo=1;
    3071     answer=msgbox_uvmat('INPUT_TXT',dlgTitle,def);
    3072     fulldir=answer{1};
    3073     subdir=[];
    3074     dirlist=sort(Series.RootFile);
    3075     for iview=1:nbview
    3076         if ~isempty(subdir)
    3077             subdir=[subdir '-'];
    3078         end
    3079         subdir=[subdir dirlist{iview}];
    3080     end 
    3081     res_subdir=fullfile(fulldir,subdir);
    3082 end
    3083 ext=FileExt{1};
    3084 if ~exist(fulldir,'dir')
    3085     msgbox_uvmat('ERROR',['directory ' fulldir ' needs to be created'])
    3086     return
    3087 end
    3088 if ~exist(res_subdir,'dir')
    3089     dircur=pwd;
    3090     cd(fulldir)
    3091     error=mkdir(subdir);
    3092     cd(dircur)
    3093 end
    3094 filebasesub=fullfile(res_subdir,Series.RootFile{1});
    3095 filebase_merge=fullfile(res_subdir,'merged');%root name for the merged files
    3096 
    3097 %projection object
    3098 if isfield(Series,'sethandles')
    3099     if ishandle(Series.sethandles.set_object)
    3100         Series.ProjObject=read_set_object(Series.sethandles);
    3101         if ~isfield(Series.ProjObject,'Style')
    3102             msgbox_uvmat('ERROR','Undefined projection object style')
    3103             return
    3104         end
    3105         if ~isequal(Series.ProjObject.Style,'plane')
    3106             msgbox_uvmat('ERROR','The projection object must be a plane')
    3107             return
    3108         end
    3109     end
    3110 end
    3111 
    3112     %MAIN LOOP
    3113 for ifile=1:nbfield               
    3114     stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
    3115     if isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command from the 'series' interface
    3116          update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,ifile/nbfield)
    3117          Amerge=0;
    3118          
    3119          %----------LOOP ON VIEWS----------------------
    3120         nbtime=0;
    3121         for iview=1:nbview
    3122             %name of the current file
    3123             filename=name_generator(filebase{iview},num_i1{iview}(ifile),num_j1{iview}(ifile),Series.FileExt{iview},Series.NomType{iview},1,num_i2{iview}(ifile),num_j2{iview}(ifile),SubDir{iview});
    3124             if ~exist(filename,'file')
    3125                 msgbox_uvmat('ERROR',['missing input file' filename])
    3126                 break
    3127             end
    3128 
    3129             %reading the current file
    3130             if testima
    3131                 if test_movie(iview)
    3132                     Field{iview}.A=read(MovieObject{iview},num_i1{iview}(ifile));
    3133                 else
    3134                     Field{iview}.A=read_image(filename,Series.NomType{iview},num_i1{iview}(ifile));
    3135                 end % TODO: introduce ListVarName
    3136                 npxy=size(Field{iview}.A);
    3137                 Field{iview}.AX=[0.5 npxy(2)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
    3138                 Field{iview}.AY=[npxy(1)-0.5 0.5];
    3139                 Field{iview}.CoordType='px';
    3140                 Field{iview}.AName='image';
    3141             else
    3142                 if testcivx
    3143                     [Field{iview},VelTypeOut]=read_civxdata(filename,FieldName,VelType);
    3144                 else
    3145                     [Field{iview},var_detect]=nc2struct(filename,SubField.ListVarName); %read the corresponding input data               
    3146                     Field{iview}.VarAttribute=SubField.VarAttribute;
    3147                 end
    3148                 if isfield(Field{iview},'Time')
    3149                     timeread(iview)=Field{iview}.Time;
    3150                     nbtime=nbtime+1;
    3151                 end
    3152             end
    3153             % coord transform
    3154             % z index
    3155             if ~isempty(NbSlice_calib)
    3156                 Field{iview}.ZIndex=mod(num_i1{iview}(ifile)-1,NbSlice_calib{1})+1;
    3157             end
    3158             if ~isequal(transform,'')
    3159                 Field{iview}=feval(Series.CoordType,Field{iview},XmlData{iview});%transform to phys if requested
    3160             end
    3161             if testcivx
    3162                     Field{iview}=calc_field(FieldName,Field{iview});
    3163             end
    3164 
    3165             %projection on object (gridded plane)
    3166             if isfield(Series,'ProjObject')
    3167                 Field{iview}=proj_field(Field{iview},Series.ProjObject);
    3168             end
    3169         end   
    3170        
    3171          %----------END LOOP ON VIEWS----------------------
    3172          
    3173         %merge the nbview fields
    3174         MergeData=merge_field(Field);
    3175         if isfield(MergeData,'Txt')
    3176             msgbox_uvmat('ERROR',MergeData.Txt)
    3177             return
    3178         end
    3179        
    3180         % generating the name of the merged field
    3181         mergename=name_generator(filebase_merge,num_i1{iview}(ifile),num_j1{iview}(ifile),Series.FileExt{iview},Series.NomType{iview},1,num_i2{iview}(ifile),num_j2{iview}(ifile));
    3182        
    3183         % time:
    3184         time_i=0;%default
    3185         if isempty(time)% time from ImaDoc prevails
    3186             time_i=sum(timeread)/nbtime;
    3187         else
    3188             time_i=(time(iview,num_i1{iview}(ifile),num_j1{iview}(ifile))+time(iview,num_i2{iview}(ifile),num_j2{iview}(ifile)))/2;
    3189         end
    3190        
    3191         % recording the merged field
    3192         if testima    %in case of input images an image is produced   
    3193             if isa(MergeData.A,'uint8')
    3194                 bitdepth=8;
    3195             elseif isa(MergeData.A,'uint16')
    3196                 bitdepth=16;
    3197             end
    3198             imwrite(MergeData.A,mergename,'BitDepth',bitdepth);
    3199             %write xml calibration file
    3200             siz=size(MergeData.A);
    3201             npy=siz(1);
    3202             npx=siz(2);
    3203             if isfield(MergeData,'VarAttribute')&&isfield(MergeData.VarAttribute{1},'Coord_2')&&isfield(MergeData.VarAttribute{1},'Coord_1')
    3204                 Rangx=MergeData.VarAttribute{1}.Coord_2;
    3205                 Rangy=MergeData.VarAttribute{1}.Coord_1;
    3206             elseif isfield(MergeData,'AX')&& isfield(MergeData,'AY')
    3207                 Rangx=[MergeData.AX(1) MergeData.AX(end)];
    3208                 Rangy=[MergeData.AY(1) MergeData.AY(end)];
    3209             else
    3210                 Rangx=[0.5 npx-0.5];
    3211                 Rangy=[npy-0.5 0.5];%default
    3212             end
    3213             pxcmx=(npx-1)/(Rangx(2)-Rangx(1));
    3214             pxcmy=(npy-1)/(Rangy(1)-Rangy(2));
    3215             T_x=-pxcmx*Rangx(1)+0.5;
    3216             T_y=-pxcmy*Rangy(2)+0.5;
    3217             GeometryCal.focal=1;
    3218             GeometryCal.R=[pxcmx,0,0;0,pxcmy,0;0,0,1];
    3219             GeometryCal.Tx_Ty_Tz=[T_x T_y 1];
    3220             ImaDoc.GeometryCalib=GeometryCal;
    3221             t=struct2xml(ImaDoc);
    3222             t=set(t,1,'name','ImaDoc');
    3223             save(t,[filebase_merge '.xml'])     
    3224             display([filebase_merge '.xml saved'])
    3225         else
    3226             MergeData.ListGlobalAttribute={'Project','InputFile_1','InputFile_end','nb_coord','nb_dim','dt','Time','civ'};       
    3227             MergeData.nb_coord=2;
    3228             MergeData.nb_dim=2;
    3229             MergeData.dt=1;
    3230             MergeData.Time=time_i;
    3231             error=struct2nc(mergename,MergeData); %save result file
    3232             if isempty(error)
    3233                 display(['output file ' mergename ' written'])
    3234             else
    3235                 display(error)
    3236             end
    3237         end
    3238     end
    3239 end
    3240 
    3241 %--------------------------------------------------------------------------   
    3242 function MergeData=merge_field(Data)
    3243 % initiate Matlab  structure for physical field
    3244 if isempty(Data)||~iscell(Data)
    3245     MergeData=[];
    3246     return
    3247 end
    3248 MergeData=Data{1};%default
    3249 error=0;
    3250 nbview=length(Data);
    3251 if nbview==1
    3252     return
    3253 end
    3254 for iview=1:nbview
    3255     if ~isequal(MergeData.ListDimName,Data{iview}.ListDimName)
    3256         error=1;
    3257     end
    3258     if ~isequal(MergeData.ListVarName,Data{iview}.ListVarName)
    3259         error=1;
    3260     end
    3261 %      if ~isequal(MergeData.VarDimIndex,Data{iview}.VarDimIndex)
    3262 %         error=1;
    3263 %      end
    3264 end
    3265 if error
    3266     MergeData.Txt='ERROR: attempt at merging fields of incompatible type';
    3267     return
    3268 end
    3269 %group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
    3270 %-----------------------------------------------------------------
    3271 [CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell]=find_field_indices(Data{1});
    3272 %LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
    3273 % CellVarIndex=cells of variable index arrays
    3274 ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
    3275 icoord=0;
    3276 for icell=1:length(CellVarIndex)
    3277     if NbDim(icell)==1
    3278         continue
    3279     end
    3280     VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
    3281     VarType=VarTypeCell{icell};
    3282     ivar_X=VarType.coord_x;
    3283     ivar_Y=VarType.coord_y;
    3284     ivar_FF=VarType.errorflag;
    3285     if isempty(ivar_X)
    3286         test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
    3287     else
    3288         if length(ivar_Y)~=1
    3289                 warndlg_uvmat('y coordinate missing in proj_field.m','ERROR')
    3290                 return
    3291         end
    3292         test_grid=0;
    3293     end
    3294 %    DimIndices=Data{1}.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
    3295     %case of input fields with unstructured coordinates
    3296     if ~test_grid
    3297         for ivar=VarIndex
    3298             VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
    3299             for iview=1:nbview
    3300                 eval(['MergeData.' VarName '=[MergeData.' VarName '; Data{iview}.' VarName ';'])
    3301             end
    3302         end
    3303     %case of fields defined on a structured  grid
    3304     else 
    3305 %        DimValue=MergeData.DimValue(DimIndices);%set of dimension values
    3306         testFF=0;
    3307         for iview=2:nbview
    3308 %             if ~isequal(DimValue,Data{iview}.DimValue(DimIndices))
    3309 %                 MergeData.Txt='ERROR: attempt at merging structured fields with different sizes';
    3310 %                 return
    3311 %             end
    3312             for ivar=VarIndex
    3313                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
    3314                 if isfield(MergeData,'VarAttribute')
    3315                     if length(MergeData.VarAttribute)>=ivar && isfield(MergeData.VarAttribute{ivar},'Role') && isequal(MergeData.VarAttribute{ivar}.Role,'errorflag')
    3316                         testFF=1;
    3317                     end
    3318                 end
    3319                 eval(['MergeData.' VarName '=MergeData.' VarName '+ Data{iview}.' VarName ';'])
    3320             end
    3321         end
    3322         if testFF
    3323             nbaver=nbview-MergeData.FF;
    3324             indgood=find(nbaver>0);
    3325             for ivar=VarIndex
    3326                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
    3327                 eval(['MergeData.' VarName '(indgood)=double(MergeData.' VarName '(indgood))./nbaver(indgood);'])
    3328             end
    3329         else
    3330             for ivar=VarIndex
    3331                 VarName=MergeData.ListVarName{ivar};
    3332                 eval(['MergeData.' VarName '=double(MergeData.' VarName ')./nbview;'])
    3333             end   
    3334         end
    3335     end
    3336 end
    3337    
    3338    
    3339 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    3340  %detect the chosen series of files and check their date of modification:
    3341 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    3342 %INPUT:
    3343 %num_i1: series of first indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    3344 %num_i2: series of second indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    3345 %num_j1: series of first indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ )
    3346 %num_j2: series of second indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ)
    3347 %OTHER INPUTS given by the structure Series
    3348 function GUI_input=clean_civ_cmx(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series) %(filecell,filecell_1,num_i,num_j,vel_type,field,param);
    3349 
    3350 %requests for the visibility of input windows in the GUI series  (activated directly by the selection in the menu ACTION)
    3351 if ~exist('num_i1','var')
    3352     GUI_input={'RootPath';'many';...%nbre of possible input series (options 'on'/'two'/'many', default:'one')
    3353         'SubDir';'on';... % subdirectory of derived files (PIV fields), ('on' by default)
    3354         %'RootFile';'on';... %root input file name ('on' by default)
    3355         %'FileExt';'on';... %input file extension ('on' by default)
    3356         %'NomType';'on';...%type of file indexing ('on' by default)
    3357         %'NbSlice';'on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    3358         %'VelTypeMenu';'one';...% menu for selecting the velocity type (civ1,..) options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    3359         %'FieldMenu';'one';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    3360         %'CoordType';'on'...%can use a transform function 'off' by default
    3361         %'GetObject';'on'...%can use projection object ,'off' by default
    3362         %'GetMask';'on'...%can use mask option   ,'off' by default
    3363         %'PARAMETER'; options: name of the user defined parameter',repeat a line for each parameter
    3364                ''};
    3365     return %exit the function
    3366 end
    3367 %---------------------------------------------------------
    3368 hseries=guidata(Series.hseries);%handles of the GUI series
    3369 WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position');
    3370 
    3371 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    3372 message='this function will delete all files with extensions .log, .bat, .cmx,.cmx2,.errors in the input directory(ies)';
    3373 answer=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',message);
    3374 if ~isequal(answer,'Yes')
    3375     return
    3376 end
    3377 nbdelete=0;
    3378 testcell=iscell(Series.RootFile);
    3379 if ~testcell
    3380     Series.RootPath={Series.RootPath};
    3381     Series.RootFile={Series.RootFile};
    3382     Series.SubDir={Series.SubDir};
    3383     Series.FileExt={Series.FileExt};
    3384     Series.NomType={Series.NomType};
    3385 end
    3386 for iview=1:length(Series.RootFile)
    3387     hdir=dir(fullfile(Series.RootPath{iview},Series.SubDir{iview}));%list files
    3388     for ilist=1:length(hdir)
    3389         update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,ilist/length(hdir))
    3390         FileName=hdir(ilist).name;
    3391         [dd,ff,Ext]=fileparts(FileName);
    3392         if isequal(Ext,'.log')||isequal(Ext,'.bat')||isequal(Ext,'.cmx')||isequal(Ext,'.cmx2')|| isequal(Ext,'.errors')
    3393             delete(fullfile(Series.RootPath{iview},Series.SubDir{iview},FileName))
    3394             nbdelete=nbdelete+1;
    3395         end
    3396     end
    3397 end
    3398 msgbox_uvmat('CONFIRMATION',['END: ' num2str(nbdelete) ' files deleted by clean_civ_cmx'])
    3399 
    3400 
    3401 
    3402 
     1969%     
    34031970
    34041971%-----------------------------
    … …  
    36072174
    36082175
    3609 %----------------------------------------------------------------------
    3610 % --- make a time series analysis
    3611 %----------------------------------------------------------------------
    3612 %INPUT:
    3613 %num_i1: series of first indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    3614 %num_i2: series of second indices i (given from the series interface as first_i:incr_i:last_i, mode and list_pair_civ)
    3615 %num_j1: series of first indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ )
    3616 %num_j2: series of second indices j (given from the series interface as first_j:incr_j:last_j, mode and list_pair_civ)
    3617 %OTHER INPUTS given by the structure Series
    3618 function GUI_input=time_series(num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Series)
    3619 
    3620 %requests for the visibility of input windows in the GUI series  (activated directly by the selection in the menu ACTION)
    3621 if ~exist('num_i1','var')
    3622     GUI_input={'RootPath';'two';...%nbre of possible input series (options 'on'/'two'/'many', default:'one')
    3623         'SubDir';'on';... % subdirectory of derived files (PIV fields), ('on' by default)
    3624         'RootFile';'on';... %root input file name ('on' by default)
    3625         'FileExt';'on';... %input file extension ('on' by default)
    3626         'NomType';'on';...%type of file indexing ('on' by default)
    3627         'NbSlice';'on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    3628         'VelTypeMenu';'two';...% menu for selecting the velocity type (civ1,..) options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    3629         'FieldMenu';'two';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    3630         'CoordType';'on';...%can use a transform function 'off' by default
    3631         'GetObject';'on';...%can use projection object ,'off' by default
    3632         %'GetMask';'on'...%can use mask option   ,'off' by default
    3633         %'PARAMETER'; options: name of the user defined parameter',repeat a line for each parameter
    3634                ''};
    3635     return %exit the function
    3636 end
    3637 
    3638 %------------------------------------------------------
    3639 hseries=guidata(Series.hseries);%handles in the GUI series
    3640 WaitbarPos=get(hseries.waitbar_frame,'Position'); %position of the waitbar frame
    3641 
    3642 %projection object
    3643 test_object=get(hseries.GetObject,'Value');
    3644 if test_object%isfield(Series,'sethandles')
    3645     Series.ProjObject=read_set_object(Series.sethandles);
    3646     %answeryes=questdlg({['field series projected on ' Series.ProjObject.Style]});
    3647     answeryes=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['field series projected on ' Series.ProjObject.Style]);
    3648     if ~isequal(answeryes,'Yes')
    3649         return
    3650     end
    3651 else
    3652     msgbox_uvmat('ERROR','a projection object is needed');
    3653     return
    3654 end
    3655 
    3656 % root names
    3657 if iscell(Series.RootPath)
    3658     RootPath=Series.RootPath;
    3659     RootFile=Series.RootFile;
    3660     SubDir=Series.SubDir;
    3661     FileExt=Series.FileExt;
    3662     NomType=Series.NomType;
    3663 else
    3664     RootPath={Series.RootPath};
    3665     RootFile={Series.RootFile};
    3666     SubDir={Series.SubDir};
    3667     FileExt={Series.FileExt};
    3668     NomType={Series.NomType};
    3669     num_i1={num_i1};
    3670     num_i2={num_i2};
    3671     num_j1={num_j1};
    3672     num_j2={num_j2};
    3673 end
    3674 ext=FileExt{1};
    3675 form=imformats(ext([2:end]));%test valid Matlab image formats
    3676 testima=0;
    3677 if ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')
    3678     testima=1;
    3679 end
    3680 nbview=length(RootPath);%number of series (1 or 2)
    3681 nbfield=size(num_i1{1},1)*size(num_i1{1},2); %number of fields in the time series
    3682 
    3683 %Number of input series: this function  accepts only a single input file series
    3684 nbview=length(RootPath);
    3685 if nbview==2
    3686     %TODO: choose between difference and two series
    3687 elseif nbview>2  % TODO: make multiple series
    3688 %     RootPath=RootPath(1:2);
    3689 %     set(hseries.RootPath,'String',RootPath)
    3690 %     SubDir=SubDir(1:2);
    3691 %     set(hseries.SubDir,'String',SubDir)
    3692 %     RootFile=RootFile(1:2);
    3693 %     set(hseries.RootFile,'String',RootFile)
    3694 %     NomType=NomType(1:2);
    3695 %     %set(hseries.NomType,'String',NomType)
    3696 %     FileExt=FileExt(1:2);
    3697 %     set(hseries.FileExt,'String',FileExt)
    3698 %     nbview=2;
    3699 end
    3700 hhh=which('mmreader');
    3701 for iview=1:nbview
    3702     test_movie(iview)=0;
    3703     if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()
    3704         if isequal(lower(FileExt{iview}),'.avi')
    3705             MovieObject{iview}=mmreader(fullfile(RootPath{iview},[RootFile{iview} FileExt{iview}]));
    3706             test_movie(iview)=1;
    3707         end
    3708     end
    3709 end
    3710 filebase{1}=fullfile(RootPath{1},RootFile{1});
    3711 
    3712 % number of slices
    3713 NbSlice=str2num(get(hseries.NbSlice,'String'));
    3714 if isempty(NbSlice)
    3715     NbSlice=1;
    3716 end
    3717 NbSlice_name=num2str(NbSlice);
    3718 
    3719 % Field and velocity type (the same for the two views)
    3720 if isfield(Series,'Field')
    3721     FieldName=Series.Field;%the same set of fields for all views
    3722 else
    3723     FieldName={''};
    3724 end
    3725 if isequal(FieldName,{'get_field...'})
    3726     hget_field=findobj(allchild(0),'name','get_field');%find the get_field... GUI
    3727     if numel(hget_field)>1
    3728         delete(hget_field(2:end)) % delete multiple occurerence of the GUI get_fioeld
    3729     elseif isempty(hget_field)
    3730        filename=name_generator(filebase{1},num_i1{1}(1),num_j1{1}(1),FileExt{1},NomType{1},1,num_i2{1}(1),num_j2{1}(1),SubDir{1});
    3731        idetect(iview)=exist(filename,'file');
    3732        hget_field=get_field(filename);
    3733        return
    3734     end
    3735     %hhget_field=guidata(hget_field);%handles of GUI elements in get_field
    3736     SubField=read_get_field(hget_field) %read the names of the variables to plot in the get_field GUI
    3737     if isempty(SubField)
    3738         delete(hget_field)
    3739        filename=name_generator(filebase{1},num_i1{1}(1),num_j1{1}(1),FileExt{1},NomType{1},1,num_i2{1}(1),num_j2{1}(1),SubDir{1});
    3740         hget_field=get_field(filename);
    3741         SubField=read_get_field(hget_field); %read the names of the variables to plot in the get_field GUI
    3742     end
    3743 %     if isequal(get(hhget_field.menu_coord,'Visible'),'on')
    3744 %         list_transform=get(hhget_field.menu_coord,'String');
    3745 %         val_list=get(hhget_field.menu_coord,'Value');
    3746 %         transform=list_transform{val_list};
    3747 %     end
    3748 end
    3749 
    3750 %detect whether the two files are 'images' or 'netcdf'
    3751 testima=0;
    3752 testvol=0;
    3753 testcivx=0;
    3754 testnc=0;
    3755 FileExt=get(hseries.FileExt,'String');
    3756 for iview=1:nbview
    3757      ext=FileExt{iview};
    3758      form=imformats(ext([2:end]));
    3759      if isequal(lower(ext),'.vol')
    3760          testvol=testvol+1;
    3761      elseif ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    3762          testima=testima+1;
    3763      elseif isequal(ext,'.nc')
    3764          testnc=testnc+1;
    3765      end
    3766 end
    3767 if testvol
    3768     msgbox_uvmat('ERROR','volume images not implemented yet')
    3769     return
    3770 end
    3771 if testnc~=nbview && testima~=nbview && testvol~=nbview
    3772     msgbox_uvmat('need a set of images or a set of netcdf files with the same fields as input','ERROR')
    3773     return
    3774 end
    3775 if ~isequal(FieldName,{'get_field...'})
    3776     testcivx=testnc;
    3777 end
    3778 
    3779 % Root name of output files (TO GENERALISE FOR TWO INPUT SERIES)
    3780 filebasesub=fullfile(RootPath{1},RootFile{1});
    3781 if NbSlice==1
    3782     filebase_out=[filebasesub '_time'];
    3783 else
    3784     filebase_out=[filebasesub '_' NbSlice_name 'mtim'];
    3785     increment=num_i1{1}(2)-num_i1{1}(1);
    3786     if ~isequal(increment,1) % if an increment is set
    3787         answeryes=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['will take time series in ' num2str(NbSlice) 'slices with increment = ' num2str(increment) '!']);
    3788     else   
    3789         answeryes=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',{['will take time series in ' num2str(NbSlice) ' slices'];['results stored as files ' filebase_out ' ...']});
    3790     end
    3791     if ~isequal(answeryes,'Yes')
    3792         return
    3793     end
    3794 end
    3795 VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    3796 VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    3797 VelType{1}=VelType_str{VelType_val};
    3798 if nbview==2
    3799     VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu_1,'String');
    3800     VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu_1,'Value');
    3801     VelType{2}=VelType_str{VelType_val};
    3802 end
    3803 
    3804 %Calibration data and timing: read the ImaDoc files
    3805 mode=''; %default
    3806 timecell={};
    3807 XmlData={};
    3808 itime=0;
    3809 NbSlice_calib={};
    3810 for iview=1:nbview%Loop on views
    3811     XmlData{iview}=[];%default
    3812     filebase{iview}=fullfile(RootPath{iview},RootFile{iview});
    3813     if exist([filebase{iview} '.xml'],'file')
    3814         [XmlData{iview},error]=imadoc2struct([filebase{iview} '.xml']);
    3815         if isfield(XmlData{iview},'Time')
    3816             itime=itime+1;
    3817             timecell{itime}=XmlData{iview}.Time;
    3818         end
    3819         if isfield(XmlData{iview},'GeometryCalib') && isfield(XmlData{iview}.GeometryCalib,'SliceCoord')
    3820             NbSlice_calib{iview}=size(XmlData{iview}.GeometryCalib.SliceCoord,1);%nbre of slices for Zindex in phys transform
    3821             if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
    3822                 msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the field series');
    3823             end
    3824         end
    3825     elseif exist([filebase{iview} '.civ'],'file')
    3826         [error,time,TimeUnit,mode,npx,npy,pxcmx,pxcmy]=read_imatext([filebase{iview} '.civ']);
    3827         itime=itime+1;
    3828         timecell{itime}=time;
    3829         XmlData{iview}.Time=time;
    3830         GeometryCalib.R=[pxcmx 0 0; 0 pxcmy 0;0 0 0];
    3831         GeometryCalib.Tx=0;
    3832         GeometryCalib.Ty=0;
    3833         GeometryCalib.Tz=1;
    3834         GeometryCalib.dpx=1;
    3835         GeometryCalib.dpy=1;
    3836         GeometryCalib.sx=1;
    3837         GeometryCalib.Cx=0;
    3838         GeometryCalib.Cy=0;
    3839         GeometryCalib.f=1;
    3840         GeometryCalib.kappa1=0;
    3841         GeometryCalib.CoordUnit='cm';
    3842         XmlData{iview}.GeometryCalib=GeometryCalib;
    3843         if error==1
    3844             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of fields in the .civ file');
    3845         end
    3846     end
    3847 end
    3848 
    3849 %check coincidence in time
    3850 multitime=0;
    3851 if length(timecell)==0
    3852     time=[];
    3853 elseif length(timecell)==1
    3854     time=timecell{1};
    3855 elseif length(timecell)>1
    3856     multitime=1;
    3857     for icell=1:length(timecell)
    3858         if ~isequal(size(timecell{icell}),size(timecell{1}))
    3859             warndlg_uvmat('inconsistent time array dimensions in ImaDoc fields, the time for the first series is used','WARNING')
    3860             time=timecell{1};
    3861             multitime=0;
    3862             break
    3863         end
    3864     end
    3865 end
    3866 if multitime
    3867     for icell=1:length(timecell)
    3868         time(icell,:,:)=timecell{icell};
    3869     end
    3870     diff_time=max(max(diff(time)));
    3871     if diff_time>0
    3872         warndlg_uvmat(['times of series differ by more than ' num2str(diff_time)],'WARNING')
    3873     end   
    3874 end
    3875 if size(time,2) < num_i2{1}(end) || size(time,3) < num_j2{1}(end)% ime array absent or too short in ImaDoc xml file'
    3876     time=[];
    3877 end
    3878 
    3879 % image or scalar processing programme set by user
    3880 Coord_menu=get(hseries.CoordType,'String');
    3881 menu_val=get(hseries.CoordType,'Value');
    3882 usrfct=Coord_menu{menu_val};
    3883 testfct=~isequal(usrfct,'');
    3884 
    3885 % to update:
    3886 VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu,'String');
    3887 VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu,'Value');
    3888 VelType{1}=VelType_str{VelType_val};
    3889 if nbview==2
    3890     VelType_str=get(hseries.VelTypeMenu_1,'String');
    3891     VelType_val=get(hseries.VelTypeMenu_1,'Value');
    3892     VelType{2}=VelType_str{VelType_val};
    3893 end
    3894 
    3895 %LOOP ON SLICES
    3896 for i_slice=1:NbSlice
    3897      dt=[];
    3898      nbmissing=0; %number of undetected files
    3899      nbfiles=0;
    3900     %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%LOOP ON FIELDS IN  A SLICE
    3901     for ifile=i_slice:NbSlice:nbfield 
    3902         stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
    3903         if isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
    3904              update_waitbar(hseries.waitbar,WaitbarPos,ifile/nbfield)
    3905              for iview=1:nbview
    3906                 filename=...
    3907                            name_generator(filebase{iview},num_i1{iview}(ifile),num_j1{iview}(ifile),FileExt{iview},NomType{iview},1,num_i2{iview}(ifile),num_j2{iview}(ifile),SubDir{iview});
    3908                 idetect(iview)=exist(filename,'file');
    3909                 Data{iview}=[]; %default     
    3910                 if testima                 
    3911                     Data{iview}.ListVarName={'A'};
    3912                     Data{iview}.AName='image';
    3913                     if test_movie(iview)
    3914                         A=read(MovieObject{iview},num_i1{iview}(ifile));
    3915                     else
    3916                         A=double(read_image(filename,NomType{iview},num_i1{iview}(ifile)));% read the image, num2 is the counter for avi files
    3917                     end
    3918                     Data{iview}.ListVarName={'coord_y','coord_x','A'}; %
    3919                     npy=size(A,1);
    3920                     npx=size(A,2);
    3921                     nbcolor=size(A,3);
    3922                     if nbcolor==3
    3923                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x','rgb'}};
    3924                     else
    3925                          Data{iview}.VarDimName={'coord_y','coord_x',{'coord_y','coord_x'}};
    3926                     end 
    3927                     Data{iview}.coord_y=[npy-0.5 0.5];
    3928                     Data{iview}.coord_x=[0.5 npx-0.5];
    3929                     Data{iview}.A=A;
    3930                     Data{iview}.CoordType='px';
    3931                 elseif testcivx
    3932                     [Data{iview},VelTypeOut]=read_civxdata(filename,FieldName,VelType);
    3933                 else
    3934                     [Data{iview},var_detect]=nc2struct(filename,SubField.ListVarName); %read the corresponding input data               
    3935                     Data{iview}.VarAttribute=SubField.VarAttribute;
    3936                 end
    3937                 if ~isempty(NbSlice_calib)  % z index
    3938                     Data{iview}.ZIndex=mod(num_i1{iview}(ifile)-1,NbSlice_calib{1})+1;
    3939                 end
    3940              end
    3941             % geometry transform or other user defined transform
    3942             if ~isequal(Series.CoordType,'')           
    3943                 if nbview==2
    3944                     [Data{1},Data{2}]=feval(Series.CoordType,Data{1},XmlData{1},Data{2},XmlData{2});
    3945                     if isempty(Data{2})
    3946                         Data(2)=[];
    3947                     end
    3948                 else
    3949                     Data{1}=feval(Series.CoordType,Data{1},XmlData{1});
    3950                 end
    3951             end
    3952             if testcivx
    3953                     Data{iview}=calc_field(FieldName,Data{iview});%calculate field (vort..)
    3954             end
    3955             if length(Data)==2
    3956                 [Field,errormsg]=sub_field(Data{1},Data{2}); %substract the two fields
    3957                 if ~isempty(errormsg)
    3958                     msgbox_uvmat('ERROR',['error in time_series/sub_field:' errormsg])
    3959                     return
    3960                 end
    3961             else
    3962                 Field=Data{1};
    3963             end
    3964             if isfield(Series,'ProjObject')
    3965                 Series.ProjObject
    3966                 [Field,errormsg]=proj_field(Field,Series.ProjObject);
    3967                 if ~isempty(errormsg)
    3968                     msgbox_uvmat('ERROR',['error in time_series/proj_field:' errormsg])
    3969                     return
    3970                 end
    3971             end
    3972             if min(idetect)>=1% the input file(s) have been detected         
    3973                 nbfiles=nbfiles+1;
    3974                 if nbfiles==1 %first field: initiate the time series
    3975                     RecordData=Field;%default
    3976                     RecordData.NbDim=Field.NbDim+1; %add the time dimension for plots         
    3977                     nbvar=length(Field.ListVarName);
    3978                     if nbvar==0
    3979                         msgbox_uvmat('ERROR','no input variable selected in get_field')
    3980                         return
    3981                     end
    3982                     testsum=2*ones(1,nbvar);%initiate flag for action on each variable
    3983                     indexfalse=0;
    3984                     CoordName={};
    3985                     indexremove=[];
    3986                     if isfield(Field,'VarAttribute') % look for coordinate and flag variables   
    3987                         for ivar=1:nbvar
    3988                             if length(Field.VarAttribute)>=ivar && isfield(Field.VarAttribute{ivar},'Role')
    3989                                 var_role=Field.VarAttribute{ivar}.Role;%'role' of the variable
    3990                                 if isequal(var_role,'errorflag')
    3991                                     msgbox_uvmat('ERROR','do not handle error flags in time series')
    3992                                     return                                               
    3993                                 end
    3994                                 if isequal(var_role,'warnflag')                       
    3995                                     testsum(ivar)=0;  % not recorded variable
    3996                                     eval(['RecordData=rmfield(RecordData,''' Field.ListVarName{ivar} ''');']);%remove variable
    3997                                 end                 
    3998                                 if isequal(var_role,'coord_x')| isequal(var_role,'coord_y')|...
    3999                                     isequal(var_role,'coord_z')|isequal(var_role,'coord')
    4000                                     testsum(ivar)=1; %constant coordinates, record without time evolution
    4001                                 end
    4002                                 % check whether the variable ivar is a dimension variable
    4003                                 %index=Field.VarDimIndex{ivar};%dimension indices of the variable #ivar
    4004                                 DimCell=Field.VarDimName{ivar};
    4005                                 if ischar(DimCell)
    4006                                     DimCell={DimCell};
    4007                                 end
    4008                                 if numel(DimCell)==1 && isequal(Field.ListVarName{ivar},DimCell{1})%detect dimension variables
    4009                                    testsum(ivar)=1;
    4010                                 end
    4011                             end
    4012                         end
    4013                     end
    4014                     for ivar=1:nbvar
    4015                         if testsum(ivar)==2                     
    4016                             eval(['RecordData.' Field.ListVarName{ivar} '=[];'])
    4017                         end
    4018                     end
    4019                     RecordData.ListVarName=[{'Time'} RecordData.ListVarName];
    4020                 end
    4021                 for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    4022                     VarName=Field.ListVarName{ivar};
    4023                     eval(['VarVal=Field.' VarName ';']);
    4024                     if testsum(ivar)==2% test for recorded variable
    4025                         eval(['VarVal=Field.' VarName ';']);
    4026                         if isequal(Series.ProjObject.ProjMode,'inside')% take the average in the domain for 'inside' mode
    4027                             if isempty(VarVal)
    4028                                 msgbox_uvmat('ERROR',['empty result at frame index ' num2str(num_i1{iview}(ifile))])
    4029                                 return                             
    4030                             end
    4031                             VarVal=mean(VarVal,1);
    4032                         end
    4033                         VarVal=shiftdim(VarVal,-1); %shift dimension
    4034                         eval(['RecordData.' VarName '=cat(1,RecordData.' VarName ',VarVal);']);%concanete the current field to the time series   
    4035                     elseif testsum(ivar)==1% variable representing fixed coordinates
    4036                         eval(['VarInit=RecordData.' VarName ';']);
    4037                         if ~isequal(VarVal,VarInit)
    4038                             msgbox_uvmat('ERROR',['time series requires constant coordinates ' VarName])
    4039                             return
    4040                         end
    4041                     end                 
    4042                 end
    4043                 % time:
    4044                 if isempty(time)% time read in ncfiles
    4045                    if isfield(Field,'Time')
    4046                        RecordData.Time(nbfiles,1)=Field.Time;
    4047                    else
    4048                        RecordData.Time(nbfiles,1)=nbfiles;%default
    4049                    end
    4050                 else % time from ImaDoc prevails
    4051                     RecordData.Time(nbfiles,1)=(time(1,num_i1{1}(ifile),num_j1{1}(ifile))+time(end,num_i2{end}(ifile),num_j2{end}(ifile)))/2;
    4052                 end
    4053             else
    4054                 nbmissing=nbmissing+1;
    4055             end
    4056         end
    4057     end
    4058     %remove time for global attributes if exists
    4059     for iattr=1:numel(RecordData.ListGlobalAttribute)
    4060         if strcmp(RecordData.ListGlobalAttribute{iattr},'Time')
    4061             RecordData.ListGlobalAttribute(iattr)=[];
    4062             break
    4063         end
    4064     end
    4065     for ivar=1:numel(RecordData.ListVarName)
    4066         VarName=RecordData.ListVarName{ivar};
    4067         eval(['RecordData.' VarName '=squeeze(RecordData.' VarName ');']) %remove singletons
    4068     end
    4069         % add time dimension and update VarDimIndex:
    4070    %if ~isequal(Series.ProjObject.ProjMode,'inside')% take the average in the domain for 'inside' mode
    4071         for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    4072 %              vardimindex=Field.VarDimIndex{ivar};% array of dimension indices for variable VarIndex(ivar)
    4073              DimCell=Field.VarDimName(ivar);
    4074              if testsum(ivar)==2%variable used as time series
    4075 %                  RecordData.VarDimIndex{ivar}=[1 vardimindex+1];
    4076                   RecordData.VarDimName{ivar}=[{'Time'} DimCell];
    4077              elseif testsum(ivar)==1
    4078 %                  RecordData.VarDimIndex{ivar}=[vardimindex+1];
    4079                  RecordData.VarDimName{ivar}=DimCell;
    4080              end
    4081         end
    4082    % end
    4083     indexremove=find(~testsum);
    4084     if ~isempty(indexremove)
    4085         RecordData.ListVarName(1+indexremove)=[];
    4086         RecordData.VarDimName(indexremove)=[];
    4087         if isfield(RecordData,'Role')&~isempty(RecordData.Role{1})%generaliser aus autres attributs
    4088             RecordData.Role(1+indexremove)=[];
    4089         end
    4090     end
    4091     %RecordData.VarDimIndex=[{[1]} RecordData.VarDimIndex]; %time dimension
    4092     %shift variable attributes
    4093     if isfield(RecordData,'VarAttribute')
    4094         RecordData.VarAttribute=[{[]} RecordData.VarAttribute];
    4095     end
    4096     RecordData.VarDimName=[{'Time'} RecordData.VarDimName];
    4097     RecordData.Action=Series.Action;%name of the processing programme
    4098     %name of result file
    4099     [filemean]=...
    4100                name_generator(filebase_out,num_i1{1}(i_slice),num_j1{1}(i_slice),'.nc','_i1-i2_j1-j2',1,num_i2{end}(ifile),num_j2{end}(ifile),SubDir{1});
    4101     errormsg=struct2nc(filemean,RecordData); %save result file
    4102     if isempty(errormsg)
    4103         display([filemean ' written'])
    4104     else
    4105         msgbox_uvmat('ERROR',['error in Series/struct2nc' errormsg])
    4106     end
    4107 end
    4108 figure
    4109 haxes=axes;
    4110 
    4111 plot_field(RecordData,haxes)
    4112 hget_field=findobj(allchild(0),'name','get_field');
    4113 if ~isempty(hget_field)
    4114     delete(hget_field)
    4115 end
    4116 get_field(filemean,RecordData)
    4117    
    4118 %-----------------------------------------------------------------------
    4119 % --- Executes on selection change in CoordType.
    4120 function CoordType_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4121 menu_str=get(handles.CoordType,'String');
    4122 ind_coord=get(handles.CoordType,'Value');
    4123 coord_option=menu_str{ind_coord};
    4124 if isequal(coord_option,'more...');
    4125     fct_name='';
    4126     if exist('./TMP/current_usr_fct.mat','file')% if a file is found
    4127         h=load('./TMP/current_usr_fct.mat');
    4128         if isfield(h,'fct_name');
    4129             fct_name=h.fct_name;
    4130         end
    4131     end
    4132     prompt = {'Enter the name of the transform function'};
    4133     dlg_title = 'user defined transform';
    4134     num_lines= 1;
    4135     [FileName, PathName, filterindex] = uigetfile( ...
    4136        {'*.m', ' (*.m)';
    4137         '*.m',  '.m files '; ...
    4138         '*.*', 'All Files (*.*)'}, ...
    4139         'Pick a file', fct_name);
    4140     fct_name=fullfile(PathName,FileName);
    4141     addpath(PathName);%add the path to the selected fct
    4142     [errormsg,date_str]=check_functions;%check whether new functions can oversed the uvmat package A UTILISER
    4143     if ~exist(fct_name,'file')
    4144            warndlg(['image procesing fct ' fct_name ' not found'])
    4145     else
    4146         transform=FileName(1:end-2);%
    4147         update_menu(handles.CoordType,transform)%add the selected fct to the menu
    4148   %      set(handles.mouse_coord,'String',menu([1:end-1])')%update the mouse coord menu
    4149       %save ('./TMP/current_usr_fct.mat','fct_name');
    4150     end   
    4151 end
    4152 ind_coord=get(handles.CoordType,'Value');   
    4153 
    4154 %---------------------------------------------------------------------
    4155 % --- Executes on selection change in ProjObject.
    4156 function ProjObject_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4157 
    4158 list_object=get(handles.ProjObject,'String');
    4159 index=get(handles.ProjObject,'Value');
    4160 hseries=get(handles.ProjObject,'Parent');
    4161 SeriesData=get(hseries,'UserData');
    4162 Obj=SeriesData.ProjObject{index};
    4163 [SeriesData.hset_object,SeriesData.sethandles]=set_object(SeriesData.ProjObject{index});
    4164 set(hseries,'UserData',SeriesData);
    4165 
    4166 %-------------------------------------------------------------
    4167 %generates a series of file names with reference numbers between range1 and
    4168 %range2 with increment incr. The reference number num_ref is the image number at the middle of the
    4169 %image pair. The set of first numbers num1 of the image pairs is also
    4170 %given as output
    4171 %------------------------------------------------------
    4172 function [num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,nbmissing]=netseries_generator(filebase,subdir,mode,first_i,incr_i,last_i,first_j,incr_j,last_j)
    4173 [Path,Name]=fileparts(filebase);
    4174 filebasesub=fullfile(Path,subdir,Name);
    4175 filecell={};%default
    4176 num_i1=[];
    4177 num_i2=[];
    4178 num_j1=[];
    4179 num_j2=[];
    4180 ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    4181 nbcolumn=length(ind0_i);
    4182 ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    4183 nbline=length(ind0_j);
    4184 if isequal(mode,'#_ab')
    4185     dirpair=dir([filebasesub '*_*.nc']);
    4186 elseif isequal(mode,'bursts')|isequal(mode,'series(Dj)') 
    4187     dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    4188 elseif isequal(mode,'series(Di)')
    4189     dirpair=dir([filebasesub '_*-*_*.nc']);
    4190 else
    4191     errordlg('option *|* not yet implemented')
    4192     return
    4193 end
    4194 if isempty(dirpair)
    4195         errordlg('no pair detected in the selected range')
    4196         return
    4197 end
    4198     %ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    4199     %nbcolumn=length(ind0_i);
    4200     %dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    4201 if isequal(mode,'bursts')|isequal(mode,'#_ab')
    4202     icount=0;
    4203     for ifile=1:length(dirpair)
    4204         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    4205        
    4206 %         if isempty(str2num(str_1))
    4207 %             dirpair(ifile).name
    4208 %         end
    4209         num1_r=str2num(str_1);
    4210         if isequal(RootFile,Name) & ~isempty(num1_r)   
    4211             num_i1(ifile)=num1_r;
    4212             num_a(ifile)=stra2num(str_a);
    4213             num_b(ifile)=stra2num(str_b);
    4214 %             icount=icount+1;
    4215         end     
    4216     end
    4217     length(dirpair)
    4218 %     num_j=floor((num_a+num_b)/2); %list of reference indices of the detected files
    4219     test_range= (num_i1 >=first_i)&(num_i1<= last_i);% =1 when both numbers are in the range
    4220     ind_i=((num_i1-first_i)/incr_i)+1;%indices i in the list of prescribed file indices
    4221     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i));%selected indices of num_i1 in the file directory
    4222     ind_i=ind_i(select);%set of selected indices ind_i
    4223     [ind_i,indsort]=sort(ind_i);%sorted list of ind_i
    4224     select=select(indsort);
    4225     num_i1=num_i1(select);
    4226     num_a=num_a(select);
    4227     num_b=num_b(select);
    4228     dirpair=dirpair(select);
    4229     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_i,nbcolumn);
    4230     ind_i(ind_remove)=[];
    4231     num_a(ind_remove)=[];
    4232     num_b(ind_remove)=[];
    4233     num_j1=zeros(1,nbcolumn);%default
    4234     num_j2=num_j1;
    4235     num_j1(ind_i)=num_a;
    4236     num_j2(ind_i)=num_b;
    4237     num_i1=first_i:incr_i:last_i;
    4238     num_i2=num_i1;
    4239     nbmissing=nbcolumn-length(ind_i);
    4240 
    4241 elseif isequal(mode,'series(Di)')
    4242     %ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    4243     %nbcolumn=length(ind0_i);
    4244     %ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    4245     %nbline=length(ind0_j);
    4246     %dirpair=dir([filebasesub '_*-*_*.nc']);
    4247     for ifile=1:length(dirpair)
    4248         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    4249         num_i1_r(ifile)=str2num(str_1);
    4250         num_i2_r(ifile)=str2num(str_2);
    4251         num_j(ifile)=str2num(str_a);
    4252     end
    4253     num_i=floor((num_i1_r+num_i2_r)/2); %list of reference indices of the detected files
    4254     test_range= (num_i >=first_i)&(num_i<= last_i)&(num_j >=first_j)&(num_j<= last_j);% =1 when both numbers are in the range
    4255     ind_i=((num_i-first_i)/incr_i)+1;%indices i and j in the list of prescribed file indices
    4256     ind_j=((num_j-first_j)/incr_j)+1;
    4257     ind_ij=ind_j+nbline*(ind_i-1);%indices in the reshhaped series of prescribed file indices
    4258     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i)&(floor(ind_j)==ind_j));%selected indices in the file directory
    4259     ind_ij=ind_ij(select);%set of selected indices ind_ij
    4260     [ind_ij,indsort]=sort(ind_ij);%sorted list of ind_ij
    4261     select=select(indsort);
    4262     num_i1_r=num_i1_r(select);
    4263     num_i2_r=num_i2_r(select);
    4264 %     num_j=num_j(select);
    4265     dirpair=dirpair(select);
    4266     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_ij,nbcolumn*nbline) ;
    4267     ind_ij(ind_remove)=[];
    4268     num_i1_r(ind_remove)=[];
    4269     num_i2_r(ind_remove)=[];
    4270     num_i1=zeros(1,nbline*nbcolumn);%default
    4271     num_i2=num_i1;
    4272     num_i1(ind_ij)=num_i1_r;
    4273     num_j2(ind_ij)=num_i2_r;
    4274     num_i1=reshape(num_i1,nbline,nbcolumn);
    4275     num_i2=reshape(num_i2,nbline,nbcolumn);
    4276     num_j1=meshgrid(ind0_i,ind0_j);
    4277     num_j2=num_j1;
    4278     nbmissing=nbline*nbcolumn-length(ind_ij);
    4279 elseif isequal(mode,'series(Dj)')
    4280  %   ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    4281  %   nbcolumn=length(ind0_i);
    4282  %   ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    4283   %  nbline=length(ind0_j);
    4284   %  dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    4285     for ifile=1:length(dirpair)
    4286         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    4287         num_i(ifile)=str2num(str_1);
    4288         num_a(ifile)=str2num(str_a);
    4289         num_b(ifile)=str2num(str_b);
    4290     end
    4291     num_j=floor((num_a+num_b)/2); %list of reference indices of the detected files
    4292     test_range= (num_i >=first_i)&(num_i<= last_i)&(num_j >=first_j)&(num_j<= last_j);% =1 when both numbers are in the range
    4293     ind_i=((num_i-first_i)/incr_i)+1;%indices i and j in the list of prescribed file indices
    4294     ind_j=((num_j-first_j)/incr_j)+1;
    4295     ind_ij=ind_j+nbline*(ind_i-1);%indices in the reshhaped series of prescribed file indices
    4296     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i)&(floor(ind_j)==ind_j));%selected indices in the file directory
    4297     ind_ij=ind_ij(select);%set of selected indices ind_ij
    4298     [ind_ij,indsort]=sort(ind_ij);%sorted list of ind_ij
    4299     select=select(indsort);
    4300     num_i=num_i(select);
    4301     num_a=num_a(select);
    4302     num_b=num_b(select);
    4303     dirpair=dirpair(select);
    4304     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_ij,nbcolumn*nbline) ;
    4305     ind_ij(ind_remove)=[];
    4306     num_a(ind_remove)=[];
    4307     num_b(ind_remove)=[];
    4308     num_j1=zeros(1,nbline*nbcolumn);%default
    4309     num_j2=num_j1;
    4310     num_j1(ind_ij)=num_a;
    4311     num_j2(ind_ij)=num_b;
    4312     num_j1=reshape(num_j1,nbline,nbcolumn);
    4313     num_j2=reshape(num_j2,nbline,nbcolumn);
    4314     num_i1=meshgrid(ind0_i,ind0_j);
    4315     num_i2=num_i1;
    4316     nbmissing=nbline*nbcolumn-length(ind_ij);
    4317 %     for i=1:length(indsel);%A SUPPRIMER ULTERIEUREMENT
    4318 %         if indsel(i)==0
    4319 %             filecell{i}='';
    4320 %         else
    4321 %             Name=dirpair(indsel(i)).name;
    4322 %             filecell{i}=fullfile(Path,subdir,Name);
    4323 %         end
    4324 %     end
    4325 %else
    4326 %    errordlg('option *|* not yet implemented')
    4327 %    return
    4328 end
     2176
    43292177
    43302178%%%%%%%%%%%%%
    … …  
    43992247            last_j2 =last_j +ind_shift(2);
    44002248            siz=size(SeriesData.Time{1});
    4401             if first_i1>=1 && first_j1
    4402                 >=1 && siz(1)>=last_i2 && siz(2)>=last_j2
     2249            if first_i1>=1 && first_j1>=1 && siz(1)>=last_i2 && siz(2)>=last_j2
    44032250                time_first=(time(first_i1,first_j1)+time(first_i2,first_j2))/2;
    44042251                time_last=(time(last_i1,last_j1)+time(last_i2,last_j2))/2;

  • /trunk/src/update_imadoc.m

    r20 r30  
    1010testappend=0;
    1111if exist(outputfile,'file');%=1 if the output file already exists, 0 else 
     12    testappend=1;
    1213    t=xmltree(outputfile); %read the file
    1314    backupfile=outputfile;
    … …  
    2829        [t,uid_calib]=add(t,1,'element','GeometryCalib');
    2930    else %if GeometryCalib already exists, delete its content
    30 %         backupfile=outputfile;
    31 %         testexist=2;
    32 %         while testexist==2
    33 %            backupfile=[backupfile '~'];
    34 %            testexist=exist(backupfile,'file');
    35 %         end
    36 %         [success,message]=copyfile(outputfile,backupfile);%make backup
    3731        if isequal(success,1)
    3832            delete(outputfile)
    … …  
    4236        uid_child=children(t,uid_calib);
    4337        t=delete(t,uid_child);
    44         testappend=1;
    4538    end
    4639end
    … …  
    4942    t=set(t,1,'name','ImaDoc');
    5043    [t,uid_calib]=add(t,1,'element','GeometryCalib');
    51 %     t=struct2xml(GeometryCalib,t,uid_calib);
    5244end
    5345t=struct2xml(GeometryCalib,t,uid_calib);

  • /trunk/src/uvmat.m

    r20 r30  
    325325else
    326326   if ishandle(handles.UVMAT_title)
    327         set(handles.UVMAT_title,'String',[{'Copyright Joel Sommeria, 2008, Coriolis/ LEGI / CNRS-UJF-INPG';'GNU General Public License'; path_to_uvmat; 'version 2.2.beta';date_str};errormsg]);
     327       fid=fopen('revision.log')
     328       if fid
     329        a=textscan(fid,'%s%s%s',1,'HeaderLines',1,'Delimiter','|');
     330        set(handles.UVMAT_title,'String',[{'Copyright Joel Sommeria, 2008, Coriolis/ LEGI / CNRS-UJF-INPG';'GNU General Public License'; path_to_uvmat; ['at revision ' a{1}{1}]};a{3}{1};errormsg]);
     331        fclose(fid);
     332       else
     333           set(handles.UVMAT_title,'String',[{'Copyright Joel Sommeria, 2008, Coriolis/ LEGI / CNRS-UJF-INPG';'GNU General Public License'; path_to_uvmat; 'version 2.2.beta';date_str};errormsg]);
     334       end
    328335   end
    329336end
    … …  
    470477%----------------------------------------------------------------
    471478function display_file_name(hObject, eventdata, handles,fileinput)
     479if ~exist(fileinput,'file')
     480    msgbox_uvmat('ERROR',['input file ' fileinput  ' does not exist'])
     481    return
     482end
    472483[RootPath,RootFile,i1,i2,str_a,str_b,ext,NomType,SubDir]=name2display(fileinput);
    473 form=imformats(ext(2:end));%test valid Matlab image formats
    474 if ~isempty(form)
    475     ext_test='.image';
    476     imainfo=imfinfo(fileinput); 
    477     if length(imainfo) >1 %case of image with multiple frames
     484ext_test=''; %default
     485if ~isempty(ext)
     486    form=imformats(ext(2:end));%test valid Matlab image formats
     487    if ~isempty(form)
     488        ext_test='.image';
     489        imainfo=imfinfo(fileinput); 
     490        if length(imainfo) >1 %case of image with multiple frames
     491            i1='1'; % set the frame counter to 1 by default
     492            i2='';
     493            str_a='';
     494            str_b='';
     495            NomType='*'; %indicate a set of indexed frames within a single file
     496            [RootPath,RootFile]=fileparts(fileinput); %include the indices in the root file
     497        end
     498    elseif isequal(lower(ext),'.avi')
     499        ext_test='.image';
    478500        i1='1'; % set the frame counter to 1 by default
    479501        i2='';
    … …  
    482504        NomType='*'; %indicate a set of indexed frames within a single file
    483505        [RootPath,RootFile]=fileparts(fileinput); %include the indices in the root file
    484     end
    485 elseif isequal(lower(ext),'.avi')
    486     ext_test='.image';
    487     i1='1'; % set the frame counter to 1 by default
    488     i2='';
    489     str_a='';
    490     str_b='';
    491     NomType='*'; %indicate a set of indexed frames within a single file
    492     [RootPath,RootFile]=fileparts(fileinput); %include the indices in the root file
    493 else
    494     ext_test=lower(ext);
     506    else
     507        ext_test=lower(ext);
     508    end
    495509end
    496510switch ext_test
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.