Signal_Checkpoint - Module Fortran 90 de gestion des signaux à usage du calcul

Signal_Checkpoint est un module en Fortran 90 permettant une gestion basique des signaux POSIX (UNIX). L'utilisation est très orienté calcul. L'idée est que le scheduleur de job envoi avant la fin du walltime un signal au job (checkpoint), le job finit alors proprement. S'il a été lancé avec l'option idempotent (par exemple sous OAR oarsub -t idempotent), le scheduleur le relance alors automatiquement...

Module

Le module Signal_Checkpoint​ gère pour le moment les signaux SIGHUP SIGINT SIGQUIT SIGUSR1 SIGUSR2 et SIGTERM (voir kill -l pour une liste des signaux de votre système). A noter qu'OAR utilise par défaut le signal SIGUSR2 lors du checkpointing. Il a été testé et validé avec les compilateurs GNU/gfortran et Intel/ifort. Il fait un appel POSIX à la commande signal qui n'est pas normalisé en Fortran, en ce sens, ce n'est pas du pur Fortran...

Cependant, coté utilisateur, l'API est très simple et indépendante du compilateur.

Le programme peux s'abonner à plusieurs signaux bien qu'il n'y ai qu'un seul compteur (celui-ci est donc multiplexé). Cela permet d'avoir un programme s'arrêtant proprement via deux signaux : SIGUSR1 et SIGUSR2 par exemple. Le premier signal (SIGUSR1) arrête le programme via une volonté de l'utilisateur, alors que le second (SIGUSR2) est lancé via le scheduleur...

Le projet est très jeune. Il n'y a pas de bibliothèque de compilé pour le moment. Pour l'intégrer dans votre projet, le plus simple pour le moment est de l'intégrer dans vos sources

wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint/signal_checkpoint.F90

Test

Un programme de test et d'exemple test_sgck1​ est fournit. Pour le récupérer et le tester

mkdir test_sgck1
cd test_sgck1
wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint/test_sgck1.f90
wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint/signal_checkpoint.F90

• compilation avec GNU/gfortran

  rm test_sgck1 signal_checkpoint.mod signal_checkpoint.o
  gfortran -c signal_checkpoint.F90
  gfortran -o test_sgck1 test_sgck1.f90 signal_checkpoint.o
  

• compilation avec Intel/ifort

  rm test_sgck1 signal_checkpoint.mod signal_checkpoint.o
  ifort -c signal_checkpoint.F90
  ifort -o test_sgck1 test_sgck1.f90 signal_checkpoint.o
  

Pour tester le programme, il faut deux terminaux

• Terminal 1 - celui ou la commande tourne réellement

  ./test_sgck1
  

• Terminal 2 - jour le rôle du scheduleur

  ps fux | grep ./test_sgck1 | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -USR2
  

Le script bash suivant lance automatiquement le programme et lui envoi ensuite le signal USR2 pour l'arrêter. Il est programmé à la manière d'un job pour un scheduleur, c'est à dire il s'envoie le signal à lui même et utilise un trap en interne.

wget http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint/test_sgck1.sh

Repository

L'ensemble du code est sous licence libre. les modules sources Fortran90 sont sous LGPL version 2 ou plus récente (sans restriction d'édition de lien avec la GPL v3 par exemple), les programmes de tests en Fortran90 sont dans le domaine public.

Tous les sources sont disponibles sur la forge du LEGI : ​http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint

Les sources sont gérés via subversion (​http://subversion.tigris.org/). Il est très facile de rester synchronisé par rapport à ces sources.

• la récupération initiale

  svn checkout http://servforge.legi.grenoble-inp.fr/svn/soft-trokata/trunk/signal-checkpoint signal-checkpoint
  

• les mises à jour par la suite

  svn update
  

Il est possible d'avoir un accès en écriture à la forge sur demande motivée à ​Gabriel Moreau. Pour des questions de temps d'administration et de sécurité, la forge n'est pas accessible en écriture sans autorisation.