source: trunk/src/proj_field.m @ 221

Last change on this file since 221 was 215, checked in by sommeria, 14 years ago

proj_field: correct the projection mode filter on a line
uvmat: correct bug for avi movies extraction
imadoc2struct: cleaning

File size: 100.8 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'NbDim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'NbDim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
83errormsg='';%default
84%% case of no projection (object is used only as graph display)
85if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
86    ProjData=[];
87    return
88end
89
90%% in the absence of object Style or projection mode, or object coordinaes, the input field is just tranfered without change
91if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
92    ProjData=FieldData;
93    return
94end
95if ~isfield(ObjectData,'Coord')
96    if strcmp(ObjectData.Style,'plane')
97        ObjectData.Coord=[0 0 0];%default
98    else
99        ProjData=FieldData;
100        return
101    end
102end
103       
104%% OBSOLETE
105if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
106    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
109    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
112    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
115    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
116end
117if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
118    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
119end
120if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
121    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
122end
123%%%%%%%%%%
124
125%% apply projection depending on the object style
126switch ObjectData.Style
127    case 'points'
128    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
129    case {'line','polyline'}
130     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
131    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
132        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
133            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
134        else
135            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
136        end
137    case 'plane'
138            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
139    case 'volume'
140        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
141end
142
143%-----------------------------------------------------------------
144%project on a set of points
145function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
146%-------------------------------------------------------------------
147
148siz=size(ObjectData.Coord);
149width=0;
150if isfield(ObjectData,'Range')
151    width=ObjectData.Range(1,2);
152end
153if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
154    width=max(ObjectData.RangeX);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
157    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
161end
162if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
163    if width==0
164        errormsg='projection range around points needed';
165        return
166    end
167elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
168    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
169        return
170end
171[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
172ProjData.NbDim=0;
173%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
174%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
175
176
177% idimvar=0;
178[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
179if ~isempty(errormsg)
180    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
181    return
182end
183%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
184% CellVarIndex=cells of variable index arrays
185% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
186% icoord=0;
187for icell=1:length(CellVarIndex)
188    if NbDim(icell)==1
189        continue
190    end
191    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
192    VarType=VarTypeCell{icell};
193    ivar_X=VarType.coord_x;
194    ivar_Y=VarType.coord_y;
195    ivar_Z=VarType.coord_z;
196%     ivar_U=VarType.vector_x;
197%     ivar_V=VarType.vector_y;
198%     ivar_W=VarType.vector_z;
199%     ivar_C=VarType.scalar ;
200    ivar_Anc=VarType.ancillary;
201%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
202    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
203    ivar_F=VarType.warnflag;
204    ivar_FF=VarType.errorflag;
205    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
206    if isempty(ivar_X)
207        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
208     
209    else
210        if length(ivar_X)>1 || length(ivar_Y)>1 || length(ivar_Z)>1
211                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
212                    return
213        end
214        if length(ivar_Y)~=1
215                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
216                return
217        end
218        test_grid=0;
219    end
220    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
221    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
222    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
223    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
224    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
225    for ivar=VarIndex       
226        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
227        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
228        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
229    end
230    if ~test_grid
231        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
232        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
233        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
234        if length(ivar_Z)==1
235            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
236            test3D=1;
237        end
238        if length(ivar_F)>1 || length(ivar_FF)>1
239                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
240                    return
241        end     
242        for ipoint=1:siz(1)
243           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
244           distX=coord_x-Xpoint(1);
245           distY=coord_y-Xpoint(2);         
246           dist=distX.*distX+distY.*distY;
247           indsel=find(dist<width*width);
248           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
249           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
250           if isequal(length(ivar_FF),1)
251               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
252               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
253               %ind_indsel=find(~FF);
254               indsel=indsel(~FF);
255           end
256           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
257            for ivar=VarIndex
258               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
259               if isempty(indsel)
260                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
261               else
262                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
263                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
264                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
265                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
266                    end
267               end
268            end
269        end
270    else
271        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
272        %case of structured coordinates
273        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
274            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
275            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
276            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
277            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
278            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
279            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
280            npxy=size(A);
281
282% %             nbcolor=1; %default
283%             for idim=1:length(ListDimName)
284%                 DimName=ListDimName{idim};
285%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
286%                    nbcolor=npxy(idim);
287%                    DimIndices(idim)=[];
288%                    npxy(idim)=[];
289%                 end
290%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
291%                     DimIndices(idim)=[];
292%                     npxy(idim)=[];
293%                 end
294%             end 
295            ind_1=find(npxy==1);
296            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
297%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
298            %NbDim=length(DimIndices)%number of space dimensions
299            NbDim=numel(VarType.coord);
300            Coord_z=[];
301            Coord_y=[];
302            Coord_x=[];   
303            for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
304                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
305                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
306                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
307                ivar=VarType.coord(idim);
308%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
309                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
310                    if numel(Coord{idim})==2
311                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
312                    else
313                        DCoord=diff(Coord{idim});
314                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
315                        DCoord_max=max(DCoord);
316                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
317                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
318                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
319                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
320                                    return
321                        end               
322                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
323                        test_coord(idim)=1;
324                    end
325%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
326%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
327%                     DCoord_min(idim)=1;%default
328%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
329%                     test_direct(idim)=1;
330%                 end
331            end
332            DX=DCoord_min(2);
333            DY=DCoord_min(1);
334            for ipoint=1:siz(1)
335                xwidth=width/(abs(DX));
336                ywidth=width/(abs(DY));
337                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
338                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
339                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
340                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
341                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
342                j_min=max(1,j_min);
343                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
344                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
345                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
346                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
347                i_int=(i_min:i_plus);
348                j_int=(j_min:j_plus);
349                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
350                if isempty(i_int) || isempty(j_int)
351                   for ivar=VarIndex   
352                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
353                   end
354                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
355                else
356                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
357                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
358                    for ivar=VarIndex   
359                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
360                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
361                    end
362                end
363            end
364        end
365   end
366end
367
368%-----------------------------------------------------------------
369%project in a patch
370function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
371%-------------------------------------------------------------------
372[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
373
374objectfield=fieldnames(ObjectData);
375widthx=0;
376widthy=0;
377if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
378    widthx=max(ObjectData.RangeX);
379end
380if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
381    widthy=max(ObjectData.RangeY);
382end
383
384%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
385ProjData.NbDim=1;
386ProjData.ListVarName={};
387ProjData.VarDimName={};
388ProjData.VarAttribute={};
389
390Mesh=zeros(1,numel(FieldData.ListVarName));
391if isfield (FieldData,'VarAttribute')
392    %ProjData.VarAttribute=FieldData.VarAttribute;%list of variable attribute names
393    for iattr=1:length(FieldData.VarAttribute)%initialization of variable attribute values
394%         ProjData.VarAttribute{iattr}={};
395        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Unit')
396            unit{iattr}=FieldData.VarAttribute{iattr}.Unit;
397        end
398        if isfield(FieldData.VarAttribute{iattr},'Mesh')
399            Mesh(iattr)=FieldData.VarAttribute{iattr}.Mesh;
400        end
401    end
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;% test for image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462       if length(AX)==2
463           AX=linspace(AX(1),AX(end),DimValue(2));
464       end
465       if length(AY)==2
466           AY=linspace(AY(1),AY(end),DimValue(1));
467       end
468%         for idim=1:length(DimValue)       
469%             Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
470%             DCoord_min(idim)=1;%default
471%             Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
472%             test_direct(idim)=1;
473%         end
474%         AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
475%         AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
476        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
477        if length(DimValue)==3
478            testcolor=1;
479            npxy(3)=3;
480        else
481            testcolor=0;
482            npxy(3)=1;
483        end
484        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
485        npxy(1)=length(AY);
486        npxy(2)=length(AX);
487        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
488        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
489        for ivar=1:length(VarIndex)
490            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
491            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
492        end
493    end
494%select the indices in the range of action
495    testin=[];%default
496    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
497%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
498%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
499%                 return
500%            end
501       if testX
502            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
503            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
504            testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       elseif test_Amat
506           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
507           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
508           testin=distX<widthx & distY<widthy;
509       end
510    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
511        if testX
512            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
513        elseif test_Amat
514           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
515       else%calculate the scalar
516           testin=[]; %A REVOIR
517       end
518    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
519       X2Max=widthx*widthx;
520       Y2Max=(widthy)*(widthy);
521       if testX
522            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
523            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
524            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
526           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
527           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
528           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
529       end
530    end
531    %selected indices
532    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
533            testin=~testin;
534    end
535    if testfalse
536        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
537    end
538    indsel=find(testin);
539    for ivar=VarIndex
540        if testproj(ivar)
541            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
542            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
543            eval(['ProjData.' VarName 'Min=min(min(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
544            eval(['ProjData.' VarName 'Max=max(max(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
545            if isequal(Mesh(ivar),0)
546                eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % default histogram with 100 bins
547            else
548                eval(['ProjData.' VarName '=(ProjData.' VarName 'Min+Mesh(ivar)/2:Mesh(ivar):ProjData.' VarName 'Max);']); % list of bin values
549                eval(['ProjData.' VarName 'Histo=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),ProjData.' VarName ');']); % histogram at predefined bin positions
550            end
551            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']} {[VarName 'Min']} {[VarName 'Max']}];
552            if test_Amat && testcolor
553                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
554            else
555               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'} {'nbpoint'} {'nbpoint'}];
556            end
557            ProjData.VarAttribute=[ProjData.VarAttribute FieldData.VarAttribute{ivar} {[]} {[]} {[]} {[]}];
558        end
559    end
560%     if test_Amat & testcolor
561%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
562%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
563%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
564%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
565%        ProjData.VarDimName
566%     end
567end
568
569
570%-----------------------------------------------------------------
571%project on a line
572% AJOUTER flux,circul,error
573function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
574%-----------------------------------------------------------------
575[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
576if ~isempty(errormsg)
577    return
578end
579ProjData.NbDim=1;
580%initialisation of the input parameters and defaultoutput
581ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
582if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
583ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
584if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
585width=0;%default width of the projection band
586if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
587    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
588end
589if isfield(ObjectData,'RangeY')
590    width=max(ObjectData.RangeY);
591end
592
593% default output
594errormsg=[];%default
595Xline=[];
596flux=0;
597circul=0;
598liny=ObjectData.Coord(:,2);
599siz_line=size(ObjectData.Coord);
600if siz_line(1)<2
601    return% line needs at least 2 points to be defined
602end
603testfalse=0;
604ListIndex={};
605
606%angles of the polyline and boundaries of action
607dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
608dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
609theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
610theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
611% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
612if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
613    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
614    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
615    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
616    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
617    for ip=2:siz_line(1)
618        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
619        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
620        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
621        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
622    end
623end
624
625%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
626[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
627if ~isempty(errormsg)
628    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
629    return
630end
631
632% loop on variable cells with the same space dimension
633ProjData.ListVarName={};
634ProjData.VarDimName={};
635for icell=1:length(CellVarIndex)
636    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
637    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
638    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
639        continue
640    end
641    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
642    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
643    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
644    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
645                                             %=0 for vector components, treated separately
646    testproj(VarType.scalar)=1;
647    testproj(VarType.image)=1;
648    testproj(VarType.color)=1;
649    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
650    if testU
651         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
652    end
653    %identify vector components   
654    if testU
655        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
656        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
657        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
658        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
659    end 
660    %identify error flag
661    if testfalse
662        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
663        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
664    end   
665    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
666    if testX
667        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
668            if width==0
669                errormsg='range of the projection object is missing';
670                return     
671            else
672                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
673            end
674        end
675        if ~isequal(ProjMode,'projection')
676            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
677                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
678            else
679                errormsg='DX missing';
680                return
681            end
682        end
683        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
684        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
685        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
686        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
687    end   
688    %initiate projection
689    for ivar=1:length(VarIndex)
690        ProjLine{ivar}=[];
691    end
692    XLine=[];
693    linelengthtot=0;
694
695%         circul=0;
696%         flux=0;
697  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
698   %case of unstructured coordinates
699    if testX   
700        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
701            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
702            %select the vector indices in the range of action
703            if testfalse
704                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
705            else
706                flagsel=ones(size(coord_x));
707            end
708            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
709                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
710                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
711                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
712                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
713            end
714            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
715            X_sel=coord_x(indsel);
716            Y_sel=coord_y(indsel);
717            nbvar=0;
718            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
719                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
720                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
721            end   
722            if testU
723                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
724                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
725            end
726            if isequal(ProjMode,'projection')
727                sintheta=sin(theta(ip));
728                costheta=cos(theta(ip));
729                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
730                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
731                for ivar=1:numel(ProjVar)
732                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
733                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
734                     end
735                end
736            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
737                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
738                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
739                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
740                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
741                for ivar=1:numel(ProjVar)
742                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
743                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
744                     end
745                end
746            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
747                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
748                Xproj=linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint);
749                siz=size(X_sel);
750                xregij=cos(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
751                yregij=sin(theta(ip))*ones(siz(1),1)*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
752                xij=X_sel*ones(1,npoint);
753                yij=Y_sel*ones(1,npoint);
754                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
755                norm=Aij'*ones(siz(1),1);
756                for ivar=1:numel(ProjVar)
757                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
758                        ProjVar{ivar}=Aij'*ProjVar{ivar}./norm;
759                     end
760                end             
761            end
762            %prolongate the total record
763            for ivar=1:numel(ProjVar)
764                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
765                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
766                  end
767            end
768            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
769            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
770            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
771            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
772        end
773        ProjData.X=XLine';
774        cur_index=1;
775        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
776        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
777        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
778        for iselect=1:numel(VarIndex)
779            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
780            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
781            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
782            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
783            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
784            if strcmp(ProjMode,'projection')
785                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
786            else
787                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
788            end
789        end
790   
791    %case of structured coordinates
792    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
793        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
794            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
795        else
796            test_Amat=1;%image or 2D matrix
797            test_interp2=0;%default
798%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
799            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
800            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
801            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
802            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
803            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
804            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
805            npxy=size(A);
806            npx=npxy(2);
807            npy=npxy(1);
808            if numel(AX)==2
809                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
810            else
811                DX_vec=diff(AX);
812                DX=max(DX_vec);
813                DX_min=min(DX_vec);
814                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
815                    test_interp2=1;
816                    DX=DX_min;
817                end   
818            end
819            if numel(AY)==2
820                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
821            else
822                DY_vec=diff(AY);
823                DY=max(DY_vec);
824                DY_min=min(DY_vec);
825                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
826                   test_interp2=1;
827                    DY=DY_min;
828                end     
829            end             
830            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
831            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
832            if isfield(ObjectData,'DX')
833                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
834            else
835                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
836            end
837            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
838            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
839            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
840            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
841            if isfield(FieldData,'RangeX')
842                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
843            else
844                XMin=0;
845            end
846            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
847            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
848            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
849            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
850            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
851            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
852            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
853            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
854            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
855            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
856            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
857            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
858            ind_in=find(flagin);
859            ind_out=find(~flagin);
860            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
861            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
862            nbcolor=1; %color images
863            if numel(npxy)==2
864                nbcolor=1;
865            elseif length(npxy)==3
866                nbcolor=npxy(3);
867            else
868                errormsg='multicomponent field not projected';
869                display(errormsg)
870                return
871            end
872            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
873            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
874            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
875            for ivar=VarIndex
876                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
877                if test_interp2% interpolate on new grid
878                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
879                end
880                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
881                if nbcolor==1
882                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
883                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
884                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
885                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
886                elseif nbcolor==3
887                    vec_B(ind_in,1:3)=vec_A(ICOMB,:);
888                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
889                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
890                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
891                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
892                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
893                end 
894                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
895                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
896                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
897            end
898            if testU
899                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
900                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
901                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
902                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
903            end
904            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
905            if nbcolor==3
906                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
907            end
908        end     
909    end
910end
911
912% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
913% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
914% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
915% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
916% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
917% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
918% %     else
919% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
920% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
921% %     end
922%
923% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
924
925
926%-----------------------------------------------------------------
927%project on a plane
928% AJOUTER flux,circul,error
929 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
930%-----------------------------------------------------------------
931
932%% initialisation of the input parameters of the projection plane
933ProjMode='projection';%direct projection by default
934if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
935
936%axis origin
937if isempty(ObjectData.Coord)
938    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
939    ObjectData.Coord(1,2)=0;
940    ObjectData.Coord(1,3)=0;
941end
942
943%rotation angles
944PlaneAngle=[0 0 0];
945norm_plane=[0 0 1];
946cos_om=1;
947sin_om=0;
948if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
949    PlaneAngle=(pi/180)*ObjectData.Angle;
950    om=norm(PlaneAngle);%norm of rotation angle in radians
951    OmAxis=PlaneAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
952    cos_om=cos(om);
953    sin_om=sin(om);
954    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
955    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
956    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
957    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
958    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
959end
960testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);
961% Phi=0;%default
962% Theta=0;
963% Psi=0;
964% if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
965%     Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
966% end
967% if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
968%     Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
969% end
970% if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
971%     Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
972% end
973
974%components of the unity vector normal to the projection plane
975% NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
976% NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
977% NormVec_Z=cos(Theta);
978
979%mesh sizes DX and DY
980DX=0;
981DY=0; %default
982if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
983     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
984end
985if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
986     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
987end
988if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
989        errormsg='DX or DY missing';
990        display(errormsg)
991        return
992end
993
994%extrema along each axis
995testXMin=0;
996testXMax=0;
997testYMin=0;
998testYMax=0;
999if isfield(ObjectData,'RangeX')
1000        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1001        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1002        testXMin=XMax>XMin;
1003        testXMax=1;
1004end
1005if isfield(ObjectData,'RangeY')
1006        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1007        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1008        testYMin=YMax>YMin;
1009        testYMax=1;
1010end
1011width=0;%default width of the projection band
1012if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1013        width=max(ObjectData.RangeZ);
1014end
1015
1016% initiate Matlab  structure for physical field
1017[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1018ProjData.NbDim=2;
1019ProjData.ListVarName={};
1020ProjData.VarDimName={};
1021if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1022    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1023elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1024    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1025end
1026
1027error=0;%default
1028flux=0;
1029testfalse=0;
1030ListIndex={};
1031
1032%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1033%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1034%-----------------------------------------------------------------
1035idimvar=0;
1036
1037[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1038if ~isempty(errormsg)
1039    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1040    return
1041end
1042
1043% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1044% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1045ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1046icoord=0;
1047nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1048nbvar=0;
1049for icell=1:length(CellVarIndex)
1050    NbDim=NbDimVec(icell);
1051    if NbDim<2
1052        continue
1053    end
1054    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1055    VarType=VarTypeCell{icell};
1056    ivar_X=VarType.coord_x;
1057    ivar_Y=VarType.coord_y;
1058    ivar_Z=VarType.coord_z;
1059    ivar_U=VarType.vector_x;
1060    ivar_V=VarType.vector_y;
1061    ivar_W=VarType.vector_z;
1062    ivar_C=VarType.scalar ;
1063    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1064    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1065    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1066    ivar_F=VarType.warnflag;
1067    ivar_FF=VarType.errorflag;
1068    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1069    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1070    if ischar(DimCell)
1071        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1072    end
1073
1074%% case of input fields with unstructured coordinates
1075    if testX
1076        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1077        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1078        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1079        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1080        if length(ivar_Z)==1
1081            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1082            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1083        end
1084
1085        % translate  initial coordinates
1086        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1087        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1088        if ~isempty(ivar_Z)
1089            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1090        end
1091       
1092        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1093        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1094            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1095            fieldZ=norm_plane(1)*coord_x + norm_plane(2)*coord_y+ norm_plane(3)*coord_z;% distance to the plane           
1096            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1097            size(indcut)
1098            for ivar=VarIndex
1099                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1100                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1101                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1102            end
1103            coord_x=coord_x(indcut);
1104            coord_y=coord_y(indcut);
1105            coord_z=coord_z(indcut);
1106        end
1107
1108       %rotate coordinates if needed
1109        if testangle
1110%             coord_X=coord_x;
1111%             coord_Y=coord_y;
1112%             if ~isequal(Theta,0)
1113%                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1114%             end
1115%         else
1116            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1117            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1118%         end
1119%         if ~isempty(ivar_Z)
1120            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1121%         end
1122%         if testangle
1123                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1124                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1125        else
1126            coord_X=coord_x;
1127            coord_Y=coord_y;
1128        end
1129       
1130        %restriction to the range of x and y if imposed
1131        testin=ones(size(coord_X)); %default
1132        testbound=0;
1133        if testXMin
1134            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1135            testbound=1;
1136        end
1137        if testXMax
1138            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1139            testbound=1;
1140        end
1141        if testYMin
1142            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1143            testbound=1;
1144        end
1145        if testYMin
1146            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1147            testbound=1;
1148        end
1149        if testbound
1150            indcut=find(testin);
1151            for ivar=VarIndex
1152                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1153                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1154            end
1155            coord_X=coord_X(indcut);
1156            coord_Y=coord_Y(indcut);
1157            if length(ivar_Z)==1
1158                coord_Z=coord_Z(indcut);
1159            end
1160        end
1161        % different cases of projection
1162        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1163            %the list of dimension
1164            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1165            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1166             %length(coord_X)];
1167
1168            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1169                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1170                if ivar==ivar_X %x coordinate
1171                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1172                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1173                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1174                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1175                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1176                end
1177                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1178                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1179                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1180                    nbvar=nbvar+1;
1181                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1182                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1183                    end
1184                end
1185            end 
1186        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1187            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1188            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1189            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1190            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1191            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1192            nbcoord=2; 
1193            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1194            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1195            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1196            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1197            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1198            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1199            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1200            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1201            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1202            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1203            if ~isequal(ivar_FF,0)
1204                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1205                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1206                coord_X=coord_X(indsel);
1207                coord_Y=coord_Y(indsel);
1208            end
1209            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1210            testFF=0;
1211            for ivar=VarIndex
1212                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1213                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1214                    ivar_new=ivar_new+1;
1215                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1216                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1217                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1218                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1219                    end
1220                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1221                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1222                    end
1223                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1224                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1225                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1226                    indnan=find(FFlag);
1227                    if~isempty(indnan)
1228                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1229                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1230                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1231                        testFF=1;
1232                    end
1233                    if ivar==ivar_U
1234                        ivar_U=ivar_new;
1235                    end
1236                    if ivar==ivar_V
1237                        ivar_V=ivar_new;
1238                    end
1239                    if ivar==ivar_W
1240                        ivar_W=ivar_new;
1241                    end
1242                end
1243            end
1244            if testFF
1245                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1246                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1247               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1248                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1249            end
1250        end
1251       
1252%% case of input fields defined on a structured  grid
1253    else
1254        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1255        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1256        DimValue(DimValue==1)=[];%remove singleton dimensions       
1257        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1258        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1259        if NbDim>=3
1260            if NbDim>3
1261                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1262                return
1263            else
1264                VarType.coord
1265                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1266                    nbcolor=DimValue(3);
1267                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1268                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1269                end
1270            end
1271        end
1272        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1273        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1274        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1275        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1276        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1277        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1278        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1279
1280%         for idim=1:length(ListDimName)
1281%             DimName=ListDimName{idim};
1282%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1283%                nbcolor=DimValue(idim);
1284%                DimValue(idim)=[];
1285%             end
1286%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1287%                 DimValue(idim)=[];
1288%             end
1289%         end 
1290        Coord_z=[];
1291        Coord_y=[];
1292        Coord_x=[];   
1293
1294        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1295            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1296            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1297            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1298                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1299                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1300                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1301                else
1302                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1303                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1304                    DCoord_max=max(DCoord);
1305                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1306                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1307                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1308                                return
1309                    end               
1310                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1311                end
1312                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1313            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1314                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1315                DCoord_min(idim)=1;%default
1316                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1317                test_direct(idim)=1;
1318            end
1319        end
1320        if DY==0
1321            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1322        end
1323        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1324        if DX==0
1325            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1326        end
1327        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1328        for idim=1:NbDim
1329            if test_interp(idim)
1330                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1331            end
1332        end       
1333        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1334        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1335        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1336        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1337        DAX=DCoord_min(NbDim);
1338        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1339        minAX=min(Coord_x);
1340        maxAX=max(Coord_x);
1341        minAY=min(Coord_y);
1342        maxAY=max(Coord_y);
1343        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1344        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1345        xcor_new=xcorner*cos_om+ycorner*sin_om;%coord new frame
1346        ycor_new=-xcorner*sin_om+ycorner*cos_om;
1347        if ~testXMax
1348            XMax=max(xcor_new);
1349        end
1350        if ~testXMin
1351            XMin=min(xcor_new);
1352        end
1353        if ~testYMax
1354            YMax=max(ycor_new);
1355        end
1356        if ~testYMin
1357            YMin=min(ycor_new);
1358        end
1359        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1360        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1361        if DX==0
1362            DX=DXinit;
1363        end
1364        if DY==0
1365            DY=DYinit;
1366        end
1367        if NbDim==3
1368            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1369            if ~test_direct(1)
1370                DZ=-DZ;
1371            end
1372            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1373            test_direct_z=test_direct(1);
1374        end
1375        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1376        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1377        if test_direct_y
1378            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1379        else
1380            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1381        end
1382        if test_direct_x
1383            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1384        else
1385            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1386        end
1387       
1388        % case with no rotation and interpolation
1389        if isequal(ProjMode,'projection') && ~testangle
1390            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1391                ProjData=FieldData;
1392            else
1393                indY=NbDim-1;
1394                if test_direct(indY)
1395                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1396                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1397                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
1398                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
1399                else
1400                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1401                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1402                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
1403                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
1404                end   
1405                if test_direct(NbDim)==1
1406                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1407                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
1408                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1409                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1410                else
1411                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1412                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1413                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
1414                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
1415                end
1416                if NbDim==3
1417                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
1418                    DimValue(1)=[];
1419                                        %structured coordinates
1420                    if test_direct(1)
1421                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
1422                    else
1423                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
1424                    end
1425                end
1426                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1427                min_indx=max(min_indx,1);
1428                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
1429                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
1430                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
1431                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1432                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1433                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1434                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1435                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1436                    end
1437                    if NbDim==3
1438                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
1439                    else
1440                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
1441                    end
1442                end 
1443                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1444                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1445            end
1446        else       % case with rotation and/or interpolation
1447            if NbDim==2 %2D case
1448                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1449                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(PlaneAngle(3))-Y*sin(PlaneAngle(3));%corresponding coordinates in the original image
1450                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(PlaneAngle(3))+Y*cos(PlaneAngle(3));
1451                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1452                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1453                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1454                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1455                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1456                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1457                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1458                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1459                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1460                    test_filter=1;
1461                else
1462                    test_filter=0;
1463                end
1464                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1465                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1466                for ivar=VarIndex
1467                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1468                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1469                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1470                    end
1471                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1472                    if test_filter 
1473                         Aclass=class(FieldData.A);
1474                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1475                         if ~isequal(Aclass,'double')
1476                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1477                         end
1478                    end
1479                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1480                    %ind_in=find(flagin);
1481                    ind_out=find(~flagin);
1482                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1483                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1484                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
1485                    for icolor=1:nbcolor
1486                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1487                    end
1488                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1489                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1490                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1491                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1492                    end     
1493                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1494                end
1495                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1496                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1497                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1498                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1499            else %3D case
1500                if ~testangle     
1501                    % unstructured z coordinate
1502                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1503                    iz_sup=find(test_sup);
1504                    iz=iz_sup(1);
1505                    if iz>=1 & iz<=npz
1506                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1507                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1508                        for ivar=VarIndex
1509                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1510                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1511                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1512                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1513                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1514                            if test_interp(2) || test_interp(3)
1515                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1516                            end
1517                        end
1518                    end
1519                else
1520                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1521                    %TODO: use interp3
1522                    return
1523                end
1524            end
1525        end
1526    end
1527
1528    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
1529    if testangle && length(ivar_U)==1
1530        if isempty(ivar_V)
1531            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1532            return
1533        end
1534        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1535        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1536        eval(['ProjData.' UName  '=cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ';'])
1537        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(PlaneAngle(3))*ProjData.' UName '+ cos(PlaneAngle(3))*ProjData.' VName ');'])
1538        if ~isempty(ivar_W)
1539            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1540            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1541            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1542        end
1543        if ~isequal(Psi,0)
1544            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1545            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1546        end
1547    end
1548end
1549
1550%-----------------------------------------------------------------
1551%projection in a volume
1552 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1553%-----------------------------------------------------------------
1554ProjData=FieldData;%default output
1555
1556%% initialisation of the input parameters of the projection plane
1557ProjMode='projection';%direct projection by default
1558if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1559
1560%% axis origin
1561if isempty(ObjectData.Coord)
1562    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
1563    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1564    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1565end
1566
1567%% rotation angles
1568VolumeAngle=[0 0 0];
1569norm_plane=[0 0 1];
1570if isfield(ObjectData,'Angle')&& isequal(size(ObjectData.Angle),[1 3])&& ~isequal(ObjectData.Angle,[0 0 0])
1571    PlaneAngle=ObjectData.Angle;
1572    VolumeAngle=ObjectData.Angle;
1573    om=norm(VolumeAngle);%norm of rotation angle in radians
1574    OmAxis=VolumeAngle/om; %unit vector marking the rotation axis
1575    cos_om=cos(pi*om/180);
1576    sin_om=sin(pi*om/180);
1577    coeff=OmAxis(3)*(1-cos_om);
1578    %components of the unity vector norm_plane normal to the projection plane
1579    norm_plane(1)=OmAxis(1)*coeff+OmAxis(2)*sin_om;
1580    norm_plane(2)=OmAxis(2)*coeff-OmAxis(1)*sin_om;
1581    norm_plane(3)=OmAxis(3)*coeff+cos_om;
1582end
1583testangle=~isequal(VolumeAngle,[0 0 0]);
1584
1585%% mesh sizes DX, DY, DZ
1586DX=0;
1587DY=0; %default
1588DZ=0;
1589if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1590     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1591end
1592if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1593     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1594end
1595if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1596     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1597end
1598if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0||DZ==0)
1599        errormsg='grid mesh DX , DY or DZ is missing';
1600        return
1601end
1602
1603%% extrema along each axis
1604testXMin=0;
1605testXMax=0;
1606testYMin=0;
1607testYMax=0;
1608if isfield(ObjectData,'RangeX')
1609        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1610        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1611        testXMin=XMax>XMin;
1612        testXMax=1;
1613end
1614if isfield(ObjectData,'RangeY')
1615        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1616        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1617        testYMin=YMax>YMin;
1618        testYMax=1;
1619end
1620width=0;%default width of the projection band
1621if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1622        ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1623        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1624        testZMin=ZMax>ZMin;
1625        testZMax=1;
1626end
1627
1628%% initiate Matlab  structure for physical field
1629[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1630ProjData.NbDim=3;
1631ProjData.ListVarName={};
1632ProjData.VarDimName={};
1633if ~isequal(DX,0)&& ~isequal(DY,0)
1634    ProjData.Mesh=sqrt(DX*DY);%define typical data mesh, useful for mouse selection in plots
1635elseif isfield(FieldData,'Mesh')
1636    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
1637end
1638
1639error=0;%default
1640flux=0;
1641testfalse=0;
1642ListIndex={};
1643
1644%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1645%% group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1646%-----------------------------------------------------------------
1647idimvar=0;
1648[CellVarIndex,NbDimVec,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1649if ~isempty(errormsg)
1650    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1651    return
1652end
1653
1654% LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1655% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1656ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1657icoord=0;
1658nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1659nbvar=0;
1660for icell=1:length(CellVarIndex)
1661    NbDim=NbDimVec(icell);
1662    if NbDim<3
1663        continue
1664    end
1665    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1666    VarType=VarTypeCell{icell};
1667    ivar_X=VarType.coord_x;
1668    ivar_Y=VarType.coord_y;
1669    ivar_Z=VarType.coord_z;
1670    ivar_U=VarType.vector_x;
1671    ivar_V=VarType.vector_y;
1672    ivar_W=VarType.vector_z;
1673    ivar_C=VarType.scalar ;
1674    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1675    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1676    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1677    ivar_F=VarType.warnflag;
1678    ivar_FF=VarType.errorflag;
1679    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1680    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1681    if ischar(DimCell)
1682        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1683    end
1684
1685%% case of input fields with unstructured coordinates
1686    if testX
1687        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1688        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1689        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1690        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1691        if length(ivar_Z)==1
1692            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1693            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1694        end
1695
1696        % translate  initial coordinates
1697        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1698        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1699        if ~isempty(ivar_Z)
1700            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1701        end
1702       
1703        % selection of the vectors in the projection range
1704%         if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1705%             %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1706%             fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1707%             indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1708%             for ivar=VarIndex
1709%                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1710%                 eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);']) 
1711%                     % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1712%             end
1713%             coord_x=coord_x(indcut);
1714%             coord_y=coord_y(indcut);
1715%             coord_z=coord_z(indcut);
1716%         end
1717
1718       %rotate coordinates if needed: TODO modify
1719       if testangle
1720           coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1721           coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1722           if ~isempty(ivar_Z)
1723               coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1724           end
1725           
1726           coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1727           coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1728           
1729       else
1730           coord_X=coord_x;
1731           coord_Y=coord_y;
1732           coord_Z=coord_z;
1733       end
1734        %restriction to the range of x and y if imposed
1735        testin=ones(size(coord_X)); %default
1736        testbound=0;
1737        if testXMin
1738            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1739            testbound=1;
1740        end
1741        if testXMax
1742            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1743            testbound=1;
1744        end
1745        if testYMin
1746            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1747            testbound=1;
1748        end
1749        if testYMin
1750            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1751            testbound=1;
1752        end
1753        if testbound
1754            indcut=find(testin);
1755            for ivar=VarIndex
1756                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1757                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1758            end
1759            coord_X=coord_X(indcut);
1760            coord_Y=coord_Y(indcut);
1761            if length(ivar_Z)==1
1762                coord_Z=coord_Z(indcut);
1763            end
1764        end
1765        % different cases of projection
1766        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')%%%%%%%   NOT USED %%%%%%%%%%
1767            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1768                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1769                if ivar==ivar_X %x coordinate
1770                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1771                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1772                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1773                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1774                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1775                end
1776                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1777                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1778                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1779                    nbvar=nbvar+1;
1780                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1781                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1782                    end
1783                end
1784            end 
1785        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1786            coord_x_proj=XMin:DX:XMax;
1787            coord_y_proj=YMin:DY:YMax;
1788            coord_z_proj=ZMin:DZ:ZMax;
1789            DimCell={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1790            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1791            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1792            nbcoord=2; 
1793            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1794            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1795            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1796            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1797            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1798            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1799            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1800            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1801            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1802            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1803            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1804            if ~isequal(ivar_FF,0)
1805                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1806                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1807                coord_X=coord_X(indsel);
1808                coord_Y=coord_Y(indsel);
1809            end
1810            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1811            testFF=0;
1812            [X,Y,Z]=meshgrid(coord_y_proj,coord_z_proj,coord_x_proj);%grid in the new coordinates
1813            for ivar=VarIndex
1814                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1815                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1816                    ivar_new=ivar_new+1;
1817                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1818                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1819                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1820                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1821                    end
1822                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1823                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1824                    end
1825                    eval(['InterpFct=TriScatteredInterp(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '))'])
1826                    eval(['ProjData.' VarName '=InterpFct(X,Y,Z);'])
1827%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1828%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1829%                     indnan=find(FFlag);
1830%                     if~isempty(indnan)
1831%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1832%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1833%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1834%                         testFF=1;
1835%                     end
1836                    if ivar==ivar_U
1837                        ivar_U=ivar_new;
1838                    end
1839                    if ivar==ivar_V
1840                        ivar_V=ivar_new;
1841                    end
1842                    if ivar==ivar_W
1843                        ivar_W=ivar_new;
1844                    end
1845                end
1846            end
1847            if testFF
1848                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1849                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1850               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1851                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1852            end
1853        end
1854       
1855%% case of input fields defined on a structured  grid
1856    else
1857        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1858        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1859        DimValue(find(DimValue==1))=[];%remove singleton dimensions       
1860        NbDim=numel(DimValue);%update number of space dimensions
1861        nbcolor=1; %default number of 'color' components: third matrix index without corresponding coordinate
1862        if NbDim>=3
1863            if NbDim>3
1864                errormsg='matrices with more than 3 dimensions not handled';
1865                return
1866            else
1867                VarType.coord
1868                if numel(find(VarType.coord))==2% the third matrix dimension does not correspond to a space coordinate
1869                    nbcolor=DimValue(3);
1870                    DimValue(3)=[]; %number of 'color' components updated
1871                    NbDim=2;% space dimension set to 2
1872                end
1873            end
1874        end
1875        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim-1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1876        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(NbDim)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)   
1877        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1878        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1879        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1880        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AYName} {AXName}]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1881        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AYName} {AXName}];
1882
1883%         for idim=1:length(ListDimName)
1884%             DimName=ListDimName{idim};
1885%             if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1886%                nbcolor=DimValue(idim);
1887%                DimValue(idim)=[];
1888%             end
1889%             if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1890%                 DimValue(idim)=[];
1891%             end
1892%         end 
1893        Coord_z=[];
1894        Coord_y=[];
1895        Coord_x=[];   
1896
1897        for idim=1:NbDim %loop on space dimensions
1898            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1899            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1900            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1901                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1902                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1903                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1904                else
1905                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1906                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1907                    DCoord_max=max(DCoord);
1908                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1909                    if abs(DCoord_max-DCoord_min(idim))>abs(DCoord_max/1000)
1910                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1911                                return
1912                    end               
1913                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1914                end
1915                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1916            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1917                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1918                DCoord_min(idim)=1;%default
1919                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1920                test_direct(idim)=1;
1921            end
1922        end
1923        if DY==0
1924            DY=abs(DCoord_min(NbDim-1));
1925        end
1926        npY=1+round(abs(Coord{NbDim-1}(end)-Coord{NbDim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1927        if DX==0
1928            DX=abs(DCoord_min(NbDim));
1929        end
1930        npX=1+round(abs(Coord{NbDim}(end)-Coord{NbDim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1931        for idim=1:NbDim
1932            if test_interp(idim)
1933                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1934            end
1935        end       
1936        Coord_y=linspace(Coord{NbDim-1}(1),Coord{NbDim-1}(end),npY);
1937        test_direct_y=test_direct(NbDim-1);
1938        Coord_x=linspace(Coord{NbDim}(1),Coord{NbDim}(end),npX);
1939        test_direct_x=test_direct(NbDim);
1940        DAX=DCoord_min(NbDim);
1941        DAY=DCoord_min(NbDim-1); 
1942        minAX=min(Coord_x);
1943        maxAX=max(Coord_x);
1944        minAY=min(Coord_y);
1945        maxAY=max(Coord_y);
1946        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1947        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1948        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1949        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1950        if ~testXMax
1951            XMax=max(xcor_new);
1952        end
1953        if ~testXMin
1954            XMin=min(xcor_new);
1955        end
1956        if ~testYMax
1957            YMax=max(ycor_new);
1958        end
1959        if ~testYMin
1960            YMin=min(ycor_new);
1961        end
1962        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(NbDim)-1);
1963        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(NbDim-1)-1);
1964        if DX==0
1965            DX=DXinit;
1966        end
1967        if DY==0
1968            DY=DYinit;
1969        end
1970        if NbDim==3
1971            DZ=(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/(DimValue(1)-1);
1972            if ~test_direct(1)
1973                DZ=-DZ;
1974            end
1975            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),DimValue(1));
1976            test_direct_z=test_direct(1);
1977        end
1978        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1979        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1980        if test_direct_y
1981            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1982        else
1983            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1984        end
1985        if test_direct_x
1986            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1987        else
1988            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1989        end
1990       
1991        % case with no rotation and interpolation
1992        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1993            if ~testXMin && ~testXMax && ~testYMin && ~testYMax && NbDim==2
1994                ProjData=FieldData;
1995            else
1996                indY=NbDim-1;
1997                if test_direct(indY)
1998                    min_indy=ceil((YMin-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
1999                    max_indy=floor((YMax-Coord{indY}(1))/DYinit)+1;
2000                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)+DYinit*(min_indy-1);
2001                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)+DYinit*(max_indy-1);
2002                else
2003                    min_indy=ceil((Coord{indY}(1)-YMax)/DYinit)+1;
2004                    max_indy=floor((Coord{indY}(1)-YMin)/DYinit)+1;
2005                    Ybound(2)=Coord{indY}(1)-DYinit*(max_indy-1);
2006                    Ybound(1)=Coord{indY}(1)-DYinit*(min_indy-1);
2007                end   
2008                if test_direct(NbDim)==1
2009                    min_indx=ceil((XMin-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2010                    max_indx=floor((XMax-Coord{NbDim}(1))/DXinit)+1;
2011                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2012                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2013                else
2014                    min_indx=ceil((Coord{NbDim}(1)-XMax)/DXinit)+1;
2015                    max_indx=floor((Coord{NbDim}(1)-XMin)/DXinit)+1;
2016                    Xbound(2)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(max_indx-1);
2017                    Xbound(1)=Coord{NbDim}(1)+DXinit*(min_indx-1);
2018                end
2019                if NbDim==3
2020                    DimCell(1)=[]; %suppress z variable
2021                    DimValue(1)=[];
2022                                        %structured coordinates
2023                    if test_direct(1)
2024                        iz=ceil((ObjectData.Coord(1,3)-Coord{1}(1))/DZ)+1;
2025                    else
2026                        iz=ceil((Coord{1}(1)-ObjectData.Coord(1,3))/DZ)+1;
2027                    end
2028                end
2029                min_indy=max(min_indy,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
2030                min_indx=max(min_indx,1);
2031                max_indy=min(max_indy,DimValue(1));
2032                max_indx=min(max_indx,DimValue(2));
2033                for ivar=VarIndex% loop on non coordinate variables
2034                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2035                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2036                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2037                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2038                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2039                    end
2040                    if NbDim==3
2041                        eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,min_indy:max_indy,min_indx:max_indx));']);
2042                    else
2043                        eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_indy:max_indy,min_indx:max_indx,:);']);
2044                    end
2045                end 
2046                eval(['ProjData.' AYName '=[Ybound(1) Ybound(2)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2047                eval(['ProjData.' AXName '=[Xbound(1) Xbound(2)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2048            end
2049        else       % case with rotation and/or interpolation
2050            if NbDim==2 %2D case
2051                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
2052                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
2053                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
2054                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
2055                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
2056                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
2057                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
2058                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
2059                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
2060                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
2061                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
2062                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
2063                    test_filter=1;
2064                else
2065                    test_filter=0;
2066                end
2067                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
2068                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
2069                for ivar=VarIndex
2070                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2071                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
2072                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
2073                    end
2074                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
2075                    if test_filter 
2076                         Aclass=class(FieldData.A);
2077                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
2078                         if ~isequal(Aclass,'double')
2079                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
2080                         end
2081                    end
2082                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
2083                    %ind_in=find(flagin);
2084                    ind_out=find(~flagin);
2085                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
2086                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
2087                    vec_B(flagin,1:nbcolor)=vec_A(ICOMB,:);
2088                    for icolor=1:nbcolor
2089                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2090                    end
2091                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2092                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2093                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2094                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2095                    end     
2096                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2097                end
2098                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2099                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2100                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
2101                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2102            else %3D case
2103                if ~testangle     
2104                    % unstructured z coordinate
2105                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2106                    iz_sup=find(test_sup);
2107                    iz=iz_sup(1);
2108                    if iz>=1 & iz<=npz
2109                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2110                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2111                        for ivar=VarIndex
2112                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2113                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2114                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2115                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2116                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2117                            if test_interp(2) || test_interp(3)
2118                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2119                            end
2120                        end
2121                    end
2122                else
2123                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2124                    %TODO: use interp3
2125                    return
2126                end
2127            end
2128        end
2129    end
2130
2131    %% projection of  velocity components in the rotated coordinates
2132    if testangle
2133        if isempty(ivar_V)
2134            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2135            return
2136        end
2137        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2138        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2139        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2140        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2141        if ~isempty(ivar_W)
2142            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2143            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2144            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2145        end
2146        if ~isequal(Psi,0)
2147            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2148            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2149        end
2150    end
2151end
2152
2153%------------------------------------------------------------------------
2154%--- transfer the global attributes
2155function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2156%------------------------------------------------------------------------
2157ProjData=[];%default
2158errormsg='';%default
2159
2160%% transfer error
2161if isfield(FieldData,'Txt')
2162    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2163    return;
2164end
2165
2166%% transfer global attributes
2167if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2168    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2169else
2170    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2171end
2172for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2173    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2174    if isfield(FieldData,AttrName)
2175        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2176    end
2177end
2178
2179%% transfer coordinate unit
2180if isfield(FieldData,'CoordUnit')
2181    if isfield(ObjectData,'CoordUnit')&~isequal(FieldData.CoordUnit,ObjectData.CoordUnit)
2182        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordUnit ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordUnit ];
2183        return
2184    else
2185         ProjData.CoordUnit=FieldData.CoordUnit;
2186    end
2187end
2188
2189%% store the properties of the projection object
2190ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2191for ilist=1:length(ListObject)
2192    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2193        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2194        if ~isempty(val)
2195            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2196            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2197        end
2198    end   
2199end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.