source: trunk/src/proj_field.m @ 136

Last change on this file since 136 was 109, checked in by sommeria, 14 years ago

merge_proj.m, proj_field.m: bugs repaired merging of images
plot_field.m: minor cleaning
imadoc2struct: introduce the possibility of readying the calibration point coordinates
sub_field.m:bugs repaired
geometry_calib, create_grid: introduction of new calibration methods, improvement of detect_grid

File size: 95.5 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
15%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
16%
17%INPUT
18% ObjectData: structure characterizing the projection object
19%    .Style : style of projection object
20%    .ProjMode=type of projection ;
21%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
22%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
23%    .ProjAngle=angle of projection;
24%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
25%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
26
27%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
28%    .Txt: error message, transmitted to the projection
29%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
30%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
31%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
32% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
33%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
34%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
35%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
36%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
37%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
38% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
39% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
40%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
41%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
42%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
43%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
44%                        unstructured coordinate x, y  or z
45%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
46%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
47%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
48%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
49%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
50%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
51%
52% Default role of variables (by name)
53%  vector field:
54%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
55%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
56%    .C, .CName: scalar associated to the vector
57%    .F : equivalent to 'warnflag'
58%    .FF: equivalent to 'errorflag'
59%  scalar field or image:
60%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
61%    .A: scalar, projected on the object
62%    .AX, .AY: positions for the scalar
63%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
64%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
65%
66%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
67%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
68%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
69%     This file is part of the toolbox UVMAT.
70%
71%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
72%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
73%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
74%     (at your option) any later version.
75%
76%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
77%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
78%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
79%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
80%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
81
82function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
83
84if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
85    ProjData=[];
86    return
87end
88%introduce default field properties (reading old standards)
89if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
90    ProjData=FieldData;
91    return
92end
93
94% OBSOLETE
95if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
96    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
97end
98if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
99    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
100end
101if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
102    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
103end
104if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
105    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
106end
107if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
108    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
109end
110if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
111    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
112end
113%%%%%%%%%%
114
115% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
116% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
117%     FieldData.VarAttribute={};
118% end
119switch ObjectData.Style
120    case 'points'
121    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
122    case {'line','polyline'}
123     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
124    case {'polygon','rectangle','ellipse'}
125        if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
126            [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
127        else
128            [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
129        end
130     %A FAIRE : GERER MASK
131    case 'plane'
132%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
133%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
134%         else
135            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
136%         end
137    case 'volume'
138        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
139end
140if exist('IndexObj','var')
141    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
142end
143
144%-----------------------------------------------------------------
145%project on a set of points
146function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
147%-------------------------------------------------------------------
148
149siz=size(ObjectData.Coord);
150width=0;
151if isfield(ObjectData,'Range')
152    width=ObjectData.Range(1,2);
153end
154if isfield(ObjectData,'RangeX')&&~isempty(ObjectData.RangeX)
155    width=max(ObjectData.RangeX);
156end
157if isfield(ObjectData,'RangeY')&&~isempty(ObjectData.RangeY)
158    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
159end
160if isfield(ObjectData,'RangeZ')&&~isempty(ObjectData.RangeZ)
161    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
162end
163if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
164    if width==0
165        errormsg='projection range around points needed';
166        return
167    end
168elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
169    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
170        return
171end
172ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
173ProjData.NbDim=0;
174%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
175%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
176
177
178% idimvar=0;
179[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
180if ~isempty(errormsg)
181    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
182    return
183end
184%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
185% CellVarIndex=cells of variable index arrays
186% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
187% icoord=0;
188for icell=1:length(CellVarIndex)
189    if NbDim(icell)==1
190        continue
191    end
192    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
193    VarType=VarTypeCell{icell};
194    ivar_X=VarType.coord_x;
195    ivar_Y=VarType.coord_y;
196    ivar_Z=VarType.coord_z;
197%     ivar_U=VarType.vector_x;
198%     ivar_V=VarType.vector_y;
199%     ivar_W=VarType.vector_z;
200%     ivar_C=VarType.scalar ;
201    ivar_Anc=VarType.ancillary;
202%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
203    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
204    ivar_F=VarType.warnflag;
205    ivar_FF=VarType.errorflag;
206    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
207    if isempty(ivar_X)
208        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
209     
210    else
211        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
212                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
213                    return
214        end
215        if length(ivar_Y)~=1
216                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
217                return
218        end
219        test_grid=0;
220    end
221    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
222    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
223    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
224    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
225    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
226    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
227    for ivar=VarIndex       
228        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
229        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
230        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
231        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
232    end
233    if ~test_grid
234        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
235        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
236        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
237        if length(ivar_Z)==1
238            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
239            test3D=1;
240        end
241        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
242                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
243                    return
244        end     
245        for ipoint=1:siz(1)
246           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
247           distX=coord_x-Xpoint(1);
248           distY=coord_y-Xpoint(2);         
249           dist=distX.*distX+distY.*distY;
250           indsel=find(dist<width*width);
251           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
252           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
253           if isequal(length(ivar_FF),1)
254               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
255               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
256               ind_indsel=find(~FF);
257               indsel=indsel(ind_indsel);
258           end
259           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
260            for ivar=VarIndex
261               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
262               if isempty(indsel)
263                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
264               else
265                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
266                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
267                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
268                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
269                    end
270               end
271            end
272        end
273    else
274        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
275        %case of structured coordinates
276        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
277            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
278            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
279            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
280            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
281            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
282            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
283            npxy=size(A);
284
285% %             nbcolor=1; %default
286%             for idim=1:length(ListDimName)
287%                 DimName=ListDimName{idim};
288%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
289%                    nbcolor=npxy(idim);
290%                    DimIndices(idim)=[];
291%                    npxy(idim)=[];
292%                 end
293%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
294%                     DimIndices(idim)=[];
295%                     npxy(idim)=[];
296%                 end
297%             end 
298            ind_1=find(npxy==1);
299            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
300%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
301            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
302            nb_dim=numel(VarType.coord);
303            Coord_z=[];
304            Coord_y=[];
305            Coord_x=[];   
306            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
307                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
308                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
309                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
310                ivar=VarType.coord(idim);
311%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
312                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
313                    if numel(Coord{idim})==2
314                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
315                    else
316                        DCoord=diff(Coord{idim});
317                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
318                        DCoord_max=max(DCoord);
319                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
320                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
321                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
322                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
323                                    return
324                        end               
325                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
326                        test_coord(idim)=1;
327                    end
328%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
329%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
330%                     DCoord_min(idim)=1;%default
331%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
332%                     test_direct(idim)=1;
333%                 end
334            end
335            DX=DCoord_min(2);
336            DY=DCoord_min(1);
337            for ipoint=1:siz(1)
338                xwidth=width/(abs(DX));
339                ywidth=width/(abs(DY));
340                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
341                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
342                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
343                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
344                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
345                j_min=max(1,j_min);
346                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
347                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
348                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
349                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
350                i_int=[i_min:i_plus];
351                j_int=[j_min:j_plus];
352                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
353                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
354                   for ivar=VarIndex   
355                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
356                   end
357                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
358                else
359                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
360                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
361                    for ivar=VarIndex   
362                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
363                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
364                    end
365                end
366            end
367        end
368   end
369end
370
371%-----------------------------------------------------------------
372%project in a patch
373function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
374%-------------------------------------------------------------------
375ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
376
377objectfield=fieldnames(ObjectData);
378widthx=0;
379widthy=0;
380if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
381    widthx=max(ObjectData.RangeX);
382end
383if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
384    widthy=max(ObjectData.RangeY);
385end
386
387%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
388ProjData.NbDim=1;
389%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
390%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
391ProjData.ListVarName={};
392%ProjData.VarDimIndex={};
393ProjData.VarDimName={};
394if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
395    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
396    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
397        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
398        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
399    end;
400end
401
402%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
403testfalse=0;
404ListIndex={};
405% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
406idimvar=0;
407[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
408if ~isempty(errormsg)
409    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
410    return
411end
412
413%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
414dimcounter=0;
415for icell=1:length(CellVarIndex)
416    testX=0;
417    testY=0;
418    test_Amat=0;
419    testfalse=0;
420    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
421    VarType=VarTypeCell{icell};
422  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
423    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
424        continue
425    end
426    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
427    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
428    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
429    testproj(VarType.scalar)=1;
430    testproj(VarType.vector_x)=1;
431    testproj(VarType.vector_y)=1;
432    testproj(VarType.vector_z)=1;
433    testproj(VarType.image)=1;
434    testproj(VarType.color)=1;
435    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
436    if testX %case of unstructured coordinates
437         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
438         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
439               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
440            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
441         end
442         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
443         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
444         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
445         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
446    end
447    if testfalse
448        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
449        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
450    end
451    % image or 2D matrix
452    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
453        test_Amat=1;%image or 2D matrix
454        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
455        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
456        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
457        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
458        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
459        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
460        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
461%                     errormsg='multicomponent field not projected';
462
463        for idim=1:length(DimValue)       
464            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
465            DCoord_min(idim)=1;%default
466            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
467            test_direct(idim)=1;
468        end
469        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
470        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
471        if length(DimValue)==3
472            testcolor=1;
473            npxy(3)=3;
474        else
475            testcolor=0;
476            npxy(3)=1;
477        end
478        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
479        npxy(1)=length(AY);
480        npxy(2)=length(AX);
481        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
482        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
483        for ivar=1:length(VarIndex)
484            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
485            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
486        end
487    end
488%select the indices in the range of action
489    testin=[];%default
490    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
491%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
492%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
493%                 return
494%            end
495       if testX
496            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
497            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
498            testin=distX<widthx & distY<widthy;
499       elseif test_Amat
500           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
501           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
502           testin=distX<widthx & distY<widthy;
503       end
504    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
505        if testX
506            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
507        elseif test_Amat
508           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
509       else%calculate the scalar
510           testin=[]; %A REVOIR
511       end
512    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
513       X2Max=widthx*widthx;
514       Y2Max=(widthy)*(widthy);
515       if testX
516            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
517            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
518            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
519       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
520           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
521           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
522           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
523       end
524    end
525    %selected indices
526    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
527            testin=~testin;
528    end
529    if testfalse
530        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
531    end
532    indsel=find(testin);
533    for ivar=VarIndex
534        if testproj(ivar)
535            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
536            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
537            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
538            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
539            if test_Amat && testcolor
540                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
541            else
542               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
543            end
544        end
545    end
546%     if test_Amat & testcolor
547%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
548%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
549%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
550%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
551%        ProjData.VarDimName
552%     end
553end
554
555
556
557%-----------------------------------------------------------------
558%project on a line
559% AJOUTER flux,circul,error
560function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
561%-----------------------------------------------------------------
562ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
563ProjData.NbDim=1;
564
565%initialisation of the input parameters and defaultoutput
566ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
567if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
568ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
569if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
570width=0;%default width of the projection band
571if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
572    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
573end
574if isfield(ObjectData,'RangeY')
575    width=max(ObjectData.RangeY);
576end
577
578% default output
579errormsg=[];%default
580Xline=[];
581flux=0;
582circul=0;
583liny=ObjectData.Coord(:,2);
584siz_line=size(ObjectData.Coord);
585if siz_line(1)<2
586    return% line needs at least 2 points to be defined
587end
588testfalse=0;
589ListIndex={};
590
591%angles of the polyline and boundaries of action
592dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
593dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
594theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
595theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
596% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
597if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
598    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
599    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
600    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
601    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
602    for ip=2:siz_line(1)
603        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
604        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
605        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607    end
608end
609
610%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
611[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
612if ~isempty(errormsg)
613    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
614    return
615end
616
617% loop on variable cells with the same space dimension
618ProjData.ListVarName={};
619ProjData.VarDimName={};
620for icell=1:length(CellVarIndex)
621    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
622    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
623    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
624        continue
625    end
626    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
627    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
628    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
629    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
630                                             %=0 for vector components, treated separately
631    testproj(VarType.scalar)=1;
632    testproj(VarType.image)=1;
633    testproj(VarType.color)=1;
634    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
635    if testU
636         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
637    end
638    %identify vector components   
639    if testU
640        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
641        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
642        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
643        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
644    end 
645    %identify error flag
646    if testfalse
647        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
648        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
649    end   
650    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
651    if testX
652        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
653            if width==0
654                errormsg='range of the projection object is missing';
655                return     
656            else
657                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
658            end
659        end
660        if ~isequal(ProjMode,'projection')
661            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
662                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
663            else
664                errormsg='DX missing';
665                return
666            end
667        end
668        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
669        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
670        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
671        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
672    end   
673    %initiate projection
674    for ivar=1:length(VarIndex)
675        ProjLine{ivar}=[];
676    end
677    XLine=[];
678    linelengthtot=0;
679
680%         circul=0;
681%         flux=0;
682  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
683   %case of unstructured coordinates
684    if testX   
685        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
686            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
687            %select the vector indices in the range of action
688            if testfalse
689                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
690            else
691                flagsel=ones(size(coord_x));
692            end
693            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
694                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
695                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
696                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
697                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
698            end
699            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
700            X_sel=coord_x(indsel);
701            Y_sel=coord_y(indsel);
702            nbvar=0;
703            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
704                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
705                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
706            end   
707            if testU
708                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
709                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
710            end
711            if isequal(ProjMode,'projection')
712                sintheta=sin(theta(ip));
713                costheta=cos(theta(ip));
714                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
715                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
716                for ivar=1:numel(ProjVar)
717                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
718                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
719                     end
720                end
721            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
722                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
723                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
724                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
725                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
726                for ivar=1:numel(ProjVar)
727                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
728                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
729                     end
730                end
731            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
732                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
733                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
734                siz=size(X_sel);
735                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
736                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
737                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
738                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
739                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
740                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
741                for ivar=1:numel(ProjVar)
742                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
743                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
744                     end
745                end             
746            end
747            %prolongate the total record
748            for ivar=1:numel(ProjVar)
749                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
750                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
751                  end
752            end
753            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
754            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
755            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
756            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
757        end
758        ProjData.X=XLine';
759        cur_index=1;
760        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
761        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
762        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
763        for iselect=1:numel(VarIndex)
764            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
765            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
766            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
767            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
768            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
769            if strcmp(ProjMode,'projection')
770                ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='discrete';
771            else
772                 ProjData.VarAttribute{iselect}.Role='continuous';
773            end
774        end
775   
776    %case of structured coordinates
777    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
778        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
779            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
780        else
781            test_Amat=1;%image or 2D matrix
782            test_interp2=0;%default
783%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
784            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
785            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
786            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
787            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
788            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
789            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
790            npxy=size(A);
791            npx=npxy(2);
792            npy=npxy(1);
793            if numel(AX)==2
794                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
795            else
796                DX_vec=diff(AX);
797                DX=max(DX_vec);
798                DX_min=min(DX_vec);
799                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
800                    test_interp2=1;
801                    DX=DX_min;
802                end   
803            end
804            if numel(AY)==2
805                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
806            else
807                DY_vec=diff(AY);
808                DY=max(DY_vec);
809                DY_min=min(DY_vec);
810                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
811                   test_interp2=1;
812                    DY=DY_min;
813                end     
814            end             
815            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
816            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
817            if isfield(ObjectData,'DX')
818                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
819            else
820                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
821            end
822            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
823            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
824            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
825            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
826            if isfield(FieldData,'RangeX')
827                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
828            else
829                XMin=0;
830            end
831            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
832            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
833            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
834            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
835            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
836            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
837            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
838            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
839            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
840            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
841            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
842            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
843            ind_in=find(flagin);
844            ind_out=find(~flagin);
845            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
846            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
847            nbcolor=1; %color images
848            if numel(npxy)==2
849                nbcolor=1;
850            elseif length(npxy)==3
851                nbcolor=npxy(3);
852            else
853                errormsg='multicomponent field not projected';
854                display(errormsg)
855                return
856            end
857            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
858            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
859            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
860            for ivar=VarIndex
861                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
862                if test_interp2% interpolate on new grid
863                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
864                end
865                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
866                if nbcolor==1
867                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
868                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
869                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
870                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
871                elseif nbcolor==3
872                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
873                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
874                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
875                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
876                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
877                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
878                end 
879                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
880                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
881                ProjData.VarAttribute{ivar}.Role='continuous';% for plot with continuous line
882            end
883            if testU
884                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
885                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
886                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
887                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
888            end
889            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
890            if nbcolor==3
891                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
892            end
893        end     
894    end
895end
896
897% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
898% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
899% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
900% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
901% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
902% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
903% %     else
904% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
905% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
906% %     end
907%
908% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
909
910
911%-----------------------------------------------------------------
912%project on a plane
913% AJOUTER flux,circul,error
914 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
915%-----------------------------------------------------------------
916
917%initialisation of the input parameters of the projection plane
918%-----------------------------------------------------------------
919ProjMode='projection';%direct projection by default
920if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
921
922%axis origin
923if isempty(ObjectData.Coord)
924    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
925    ObjectData.Coord(1,2)=0;
926    ObjectData.Coord(1,3)=0;
927end
928
929%rotation angles
930Phi=0;%default
931Theta=0;
932Psi=0;
933if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
934    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
935end
936if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
937    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
938end
939if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
940    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
941end
942
943%components of the unity vector normal to the projection plane
944NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
945NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
946NormVec_Z=cos(Theta);
947
948% test for 3D fields
949test3D=0;
950if isfield(FieldData,'nb_dim')
951    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
952end
953test3C=test3D; %default 3 vel components
954
955%mesh sizes DX and DY
956DX=0;
957DY=0; %default
958if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
959     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
960end
961if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
962     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
963end
964if  ~strcmp(ProjMode,'projection') && (DX==0||DY==0)
965        errormsg='DX or DY missing';
966        display(errormsg)
967        return
968end
969
970%extrema along each axis
971testXMin=0;
972testXMax=0;
973testYMin=0;
974testYMax=0;
975if isfield(ObjectData,'RangeX')
976        XMin=min(ObjectData.RangeX);
977        XMax=max(ObjectData.RangeX);
978        testXMin=XMax>XMin;
979        testXMax=1;
980end
981if isfield(ObjectData,'RangeY')
982        YMin=min(ObjectData.RangeY);
983        YMax=max(ObjectData.RangeY);
984        testYMin=YMax>YMin;
985        testYMax=1;
986end
987width=0;%default width of the projection band
988if isfield(ObjectData,'RangeZ')
989        width=max(ObjectData.RangeZ);
990end
991
992% initiate Matlab  structure for physical field
993ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
994ProjData.NbDim=2;
995ProjData.ListVarName={};
996ProjData.VarDimName={};
997
998error=0;%default
999flux=0;
1000testfalse=0;
1001ListIndex={};
1002
1003%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1004%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1005%-----------------------------------------------------------------
1006idimvar=0;
1007[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1008if ~isempty(errormsg)
1009    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1010    return
1011end
1012%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1013% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1014ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1015icoord=0;
1016nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1017for icell=1:length(CellVarIndex)
1018    if NbDim(icell)<2
1019        continue
1020    end
1021    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1022    VarType=VarTypeCell{icell};
1023    ivar_X=VarType.coord_x;
1024    ivar_Y=VarType.coord_y;
1025    ivar_Z=VarType.coord_z;
1026    ivar_U=VarType.vector_x;
1027    ivar_V=VarType.vector_y;
1028    ivar_W=VarType.vector_z;
1029    ivar_C=VarType.scalar ;
1030    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1031    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1032    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1033    ivar_F=VarType.warnflag;
1034    ivar_FF=VarType.errorflag;
1035    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1036    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1037    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1038    if ischar(DimCell)
1039        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1040    end
1041
1042%case of input fields with unstructured coordinates
1043    if testX
1044        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1045        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1046        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1047        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1048        if length(ivar_Z)==1
1049            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1050            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1051        end
1052
1053        % translate  initial coordinates
1054        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1055        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1056        if ~isempty(ivar_Z)
1057            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1058        end
1059       
1060        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1061        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1062            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1063            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1064            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1065            for ivar=VarIndex
1066                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1067%                 eval(['size(FieldData.' VarName ')'])
1068                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1069%                 end     
1070                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1071            end
1072            coord_x=coord_x(indcut);
1073            coord_y=coord_y(indcut);
1074            coord_z=coord_z(indcut);
1075        end
1076
1077       %rotate coordinates if needed
1078        if isequal(Phi,0)
1079            coord_X=coord_x;
1080            coord_Y=coord_y;
1081            if ~isequal(Theta,0)
1082                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1083            end
1084        else
1085            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1086            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1087        end
1088        if ~isempty(ivar_Z)
1089            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1090        end
1091        if ~isequal(Psi,0)
1092                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1093                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1094        end
1095       
1096        %restriction to the range of x and y if imposed
1097        testin=ones(size(coord_X)); %default
1098        testbound=0;
1099        if testXMin
1100            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1101            testbound=1;
1102        end
1103        if testXMax
1104            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1105            testbound=1;
1106        end
1107        if testYMin
1108            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1109            testbound=1;
1110        end
1111        if testYMin
1112            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1113            testbound=1;
1114        end
1115        if testbound
1116            indcut=find(testin);
1117            for ivar=VarIndex
1118                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1119                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1120            end
1121            coord_X=coord_X(indcut);
1122            coord_Y=coord_Y(indcut);
1123            if length(ivar_Z)==1
1124                coord_Z=coord_Z(indcut);
1125            end
1126        end
1127        % different cases of projection
1128        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1129            %the list of dimension
1130            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1131            %ProjData.DimValue=[ProjData.
1132             %length(coord_X)];
1133            nbvar=0;
1134            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1135                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1136                if ivar==ivar_X %x coordinate
1137                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1138                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1139                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1140                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1141                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1142                end
1143                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1144                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1145                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1146                    nbvar=nbvar+1;
1147                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1148                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1149                    end
1150                end
1151            end 
1152        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1153            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1154            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1155            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1156            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1157            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1158            nbcoord=2; 
1159            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1160            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1161            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1162            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1163            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1164            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1165            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1166            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1167            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1168            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1169            if ~isequal(ivar_FF,0)
1170                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1171                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1172                coord_X=coord_X(indsel);
1173                coord_Y=coord_Y(indsel);
1174            end
1175            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1176            testFF=0;
1177            for ivar=VarIndex
1178                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1179                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1180                    ivar_new=ivar_new+1;
1181                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1182                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1183                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1184                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1185                    end
1186                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1187                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1188                    end
1189                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1190                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1191                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1192                    indnan=find(FFlag);
1193                    if~isempty(indnan)
1194                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1195                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1196                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1197                        testFF=1;
1198                    end
1199                    if ivar==ivar_U
1200                        ivar_U=ivar_new;
1201                    end
1202                    if ivar==ivar_V
1203                        ivar_V=ivar_new;
1204                    end
1205                    if ivar==ivar_W
1206                        ivar_W=ivar_new;
1207                    end
1208                end
1209            end
1210            if testFF
1211                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1212                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1213               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1214                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1215            end
1216        end
1217%case of input fields defined on a structured  grid
1218    else 
1219        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};%name of input x coordinate (name preserved on projection)
1220        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};%name of input y coordinate (name preserved on projection)
1221        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1222        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1223        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};%get the first variable of the cell to get the input matrix dimensions
1224        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])%input matrix dimensions
1225        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1226        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1227        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1228        nbcolor=1; %default
1229        for idim=1:length(ListDimName)
1230            DimName=ListDimName{idim};
1231            if strcmp(DimName,'rgb')||strcmp(DimName,'nb_coord')||strcmp(DimName,'nb_coord_i')
1232               nbcolor=DimValue(idim);
1233               DimValue(idim)=[];
1234            end
1235            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1236                DimValue(idim)=[];
1237            end
1238        end 
1239        ind_1=find(DimValue==1);
1240        Coord_z=[];
1241        Coord_y=[];
1242        Coord_x=[];   
1243        nb_dim=numel(size(DimValue));
1244        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1245            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1246            ivar=VarType.coord(idim);% index of the variable corresponding to the current dimension
1247            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the dimension #idim
1248                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% coord values for the input field
1249                if numel(Coord{idim})==2 %input array defined on a regular grid
1250                   DCoord_min(idim)=(Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/DimValue(idim);
1251                else
1252                    DCoord=diff(Coord{idim});%array of coordinate derivatives for the input field
1253                    DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1254                    DCoord_max=max(DCoord);
1255                %    test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1256                    if ~isequal(DCoord_max,DCoord_min(idim)>0)
1257                        msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1258                                return
1259                    end               
1260                    test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1261                end
1262                test_direct(idim)=(DCoord_min(idim)>0);
1263            else  % no variable associated with the  dimension #idim, the coordinate value is set equal to the matrix index by default
1264                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1265                DCoord_min(idim)=1;%default
1266                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1267                test_direct(idim)=1;
1268            end
1269        end
1270        if DY==0
1271            DY=abs(DCoord_min(nb_dim-1));
1272        end
1273        npY=1+round(abs(Coord{nb_dim-1}(end)-Coord{nb_dim-1}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1274        if DX==0
1275            DX=abs(DCoord_min(nb_dim));
1276        end
1277        npX=1+round(abs(Coord{nb_dim}(end)-Coord{nb_dim}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1278        for idim=[1:nb_dim]
1279            if test_interp(idim)
1280                DimValue(idim)=1+round(abs(Coord{idim}(end)-Coord{idim}(1))/abs(DCoord_min(idim)));%nbre of points after possible interpolation on a regular gri
1281            end
1282        end       
1283        Coord_y=linspace(Coord{nb_dim-1}(1),Coord{nb_dim-1}(end),npY);
1284        test_direct_y=test_direct(nb_dim-1);
1285        Coord_x=linspace(Coord{nb_dim}(1),Coord{nb_dim}(end),npX);
1286        test_direct_x=test_direct(nb_dim);
1287        DAX=DCoord_min(nb_dim);
1288        DAY=DCoord_min(nb_dim-1);
1289        if nb_dim==3
1290            DZ=abs(DCoord_min(1));
1291            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1292            test_direct_z=test_direct(1);
1293        end 
1294        minAX=min(Coord_x);
1295        maxAX=max(Coord_x);
1296        minAY=min(Coord_y);
1297        maxAY=max(Coord_y);
1298        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1299        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1300        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1301        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1302        if ~testXMax
1303            XMax=max(xcor_new);
1304        end
1305        if ~testXMin
1306            XMin=min(xcor_new);
1307        end
1308        if ~testYMax
1309            YMax=max(ycor_new);
1310        end
1311        if ~testYMin
1312            YMin=min(ycor_new);
1313        end
1314        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1315        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1316        if DX==0
1317            DX=DXinit;
1318        end
1319        if DY==0
1320            DY=DYinit;
1321        end
1322        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1323        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1324        if test_direct_y
1325            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1326        else
1327            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1328        end
1329        if test_direct_x
1330            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1331        else
1332            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1333        end
1334       
1335        % case with no rotation and interpolation
1336        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1337            if test_direct(1)
1338                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1339                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1340                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1341                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1342            else
1343                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1344                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1345                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1346                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1347            end             
1348            if test_direct(2)==1
1349                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1350                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1351                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1352                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1353            else
1354                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1355                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1356                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1357                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1358            end
1359            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1360            min_ind2=max(min_ind2,1);
1361            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1362            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1363            for ivar=VarIndex
1364                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1365                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1366                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1367                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1368                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1369                end
1370                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1371            end         
1372        else       % case with rotation and/or interpolation
1373            if isempty(Coord_z) %2D case
1374                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1375                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1376                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1377                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1378                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1379                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1380                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1381                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1382                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1383                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1384                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1385                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1386                    test_filter=1;
1387                else
1388                    test_filter=0;
1389                end
1390                eval(['ProjData.' AYName '=[coord_y_proj(1) coord_y_proj(end)];']) %record the new (projected ) y coordinates
1391                eval(['ProjData.' AXName '=[coord_x_proj(1) coord_x_proj(end)];']) %record the new (projected ) x coordinates
1392                for ivar=VarIndex
1393                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1394                    if test_interp(1) || test_interp(2)%interpolate on a regular grid       
1395                          eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1396                    end
1397                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1398                    if test_filter 
1399                         Aclass=class(FieldData.A);
1400                         eval(['ProjData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1401                         if ~isequal(Aclass,'double')
1402                             eval(['ProjData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1403                         end
1404                    end
1405                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1406                    ind_in=find(flagin);
1407                    ind_out=find(~flagin);
1408                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1409                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1410                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1411                    for icolor=1:nbcolor
1412                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1413                    end
1414                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1415                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1416                    if isfield(FieldData,'VarAttribute')&&length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1417                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1418                    end     
1419                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1420                end
1421                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1422                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1423                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1424                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1425            else %3D case
1426                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1427                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1428                    iz_sup=find(test_sup);
1429                    iz=iz_sup(1);
1430                    if iz>=1 & iz<=npz
1431                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1432                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1433                        for ivar=VarIndex
1434                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1435                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1436                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
1437                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1438                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1439                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1440                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1441                            end
1442                        end
1443                    end
1444                else
1445                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1446                    %TODO: use interp3
1447                    return
1448                end
1449            end
1450        end
1451    end
1452    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1453    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1454        if isempty(ivar_V)
1455            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1456            return
1457        end
1458        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1459        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1460        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1461        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1462        if ~isempty(ivar_W)
1463            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1464            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1465            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1466        end
1467        if ~isequal(Psi,0)
1468            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1469            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1470        end
1471    end
1472end
1473
1474%-----------------------------------------------------------------
1475%project in a volume
1476% A FAIRE ....(copie de proj_plane)
1477 function  [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData, ObjectData)
1478%-----------------------------------------------------------------
1479
1480%initialisation of the input parameters of the projection plane
1481%-----------------------------------------------------------------
1482ProjMode='projection';%direct projection by default
1483if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
1484
1485%axis origin
1486if isempty(ObjectData.Coord)
1487    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the volume set to [0 0] by default
1488    ObjectData.Coord(1,2)=0;
1489    ObjectData.Coord(1,3)=0;
1490end
1491
1492%rotation angles
1493Phi=0;%default
1494Theta=0;
1495Psi=0;
1496if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
1497    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
1498end
1499if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
1500    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
1501end
1502if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
1503    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
1504end
1505
1506%components of the unity vector normal to the projection plane
1507NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
1508NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
1509NormVec_Z=cos(Theta);
1510
1511% test for 3D fields
1512test3D=0;
1513if isfield(FieldData,'nb_dim')
1514    test3D=isequal(FieldData.nb_dim,3);
1515end
1516test3C=test3D; %default 3 vel components
1517
1518%mesh sizes DX and DY
1519DX=0;
1520DY=0; %default
1521if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
1522     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
1523end
1524if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
1525     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
1526end
1527if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
1528        errormsg='DX or DY missing';
1529        display(errormsg)
1530        return
1531end
1532if isfield(ObjectData,'DZ')&~isempty(ObjectData.DZ)
1533     DZ=abs(ObjectData.DZ);%mesh of interpolation points
1534end
1535
1536%extrema along each axis
1537testXMin=0;
1538testXMax=0;
1539testYMin=0;
1540testYMax=0;
1541if isfield(ObjectData,'RangeX')
1542        XMin=min(ObjectData.RangeX);
1543        XMax=max(ObjectData.RangeX);
1544        testXMin=XMax>XMin;
1545        testXMax=1;
1546end
1547if isfield(ObjectData,'RangeY')
1548        YMin=min(ObjectData.RangeY);
1549        YMax=max(ObjectData.RangeY);
1550        testYMin=YMax>YMin;
1551        testYMax=1;
1552end
1553width=0;%default width of the projection band
1554if isfield(ObjectData,'RangeZ')
1555      ZMin=min(ObjectData.RangeZ);
1556        ZMax=max(ObjectData.RangeZ);
1557        testZMin=YMax>YMin;
1558        testZMax=1;
1559%         width=max(ObjectData.RangeZ);
1560end
1561
1562% initiate Matlab  structure for physical field
1563ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
1564ProjData.NbDim=3;
1565%ProjData.ListDimName={};%name of dimension
1566%ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
1567ProjData.ListVarName={};
1568ProjData.VarDimName={};
1569
1570error=0;%default
1571flux=0;
1572testfalse=0;
1573ListIndex={};
1574
1575%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1576%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1577%-----------------------------------------------------------------
1578idimvar=0;
1579[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1580if ~isempty(errormsg)
1581    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1582    return
1583end
1584%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1585% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1586ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1587icoord=0;
1588nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1589for icell=1:length(CellVarIndex)
1590    if NbDim(icell)<2
1591        continue
1592    end
1593    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1594    VarType=VarTypeCell{icell};
1595    ivar_X=VarType.coord_x;
1596    ivar_Y=VarType.coord_y;
1597    ivar_Z=VarType.coord_z;
1598    ivar_U=VarType.vector_x;
1599    ivar_V=VarType.vector_y;
1600    ivar_W=VarType.vector_z;
1601    ivar_C=VarType.scalar ;
1602    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1603    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1604    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1605    ivar_F=VarType.warnflag;
1606    ivar_FF=VarType.errorflag;
1607    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1608    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1609    if ischar(DimCell)
1610        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1611    end
1612   
1613%case of input fields with unstructured coordinates
1614    if testX
1615        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1616        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1617        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1618        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1619        if length(ivar_Z)==1
1620            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
1621            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1622        end
1623
1624        % translate  initial coordinates
1625        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1626        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1627        if ~isempty(ivar_Z)
1628            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1629        end
1630       
1631        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1632        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1633            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1634            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1635            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1636            for ivar=VarIndex
1637                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1638                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1639%                 end     
1640                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1641            end
1642            coord_x=coord_x(indcut);
1643            coord_y=coord_y(indcut);
1644            coord_z=coord_z(indcut);
1645        end
1646
1647       %rotate coordinates if needed
1648        if isequal(Phi,0)
1649            coord_X=coord_x;
1650            coord_Y=coord_y;
1651            if ~isequal(Theta,0)
1652                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1653            end
1654        else
1655            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1656            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1657        end
1658        if ~isempty(ivar_Z)
1659            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1660        end
1661        if ~isequal(Psi,0)
1662                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1663                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1664        end
1665        coord_Z=coord_z; %TO UPDATE
1666        %restriction to the range of x and y if imposed
1667        testin=ones(size(coord_X)); %default
1668        testbound=0;
1669        if testXMin
1670            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1671            testbound=1;
1672        end
1673        if testXMax
1674            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1675            testbound=1;
1676        end
1677        if testYMin
1678            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1679            testbound=1;
1680        end
1681        if testYMin
1682            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1683            testbound=1;
1684        end
1685        if testbound
1686            indcut=find(testin);
1687            for ivar=VarIndex
1688                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1689                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1690            end
1691            coord_X=coord_X(indcut);
1692            coord_Y=coord_Y(indcut);
1693            if length(ivar_Z)==1
1694                coord_Z=coord_Z(indcut);
1695            end
1696        end
1697        % different cases of projection
1698        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1699            %the list of dimension
1700            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1701            %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1702            nbvar=0;
1703            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1704                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1705                if ivar==ivar_X %x coordinate
1706                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1707                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1708                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1709                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1710                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1711                end
1712                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1713                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1714                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1715                    nbvar=nbvar+1;
1716                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1717                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1718                    end
1719                end
1720            end 
1721        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1722            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1723            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1724            coord_z_proj=[ZMin:DZ:ZMax];
1725            [XI,YI,ZI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj,coord_z_proj);
1726            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1727            ProjData.ListVarName={'coord_z','coord_y','coord_x'};
1728            ProjData.VarDimName={'coord_z','coord_y','coord_x'};   
1729            nbcoord=3; 
1730            ProjData.coord_z=[ZMin ZMax];
1731            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1732            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1733            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1734            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1735            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1736            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1737            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1738            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1739            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1740            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1741            if ~isequal(ivar_FF,0)
1742                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1743                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1744                coord_X=coord_X(indsel);
1745                coord_Y=coord_Y(indsel);
1746            end
1747            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1748            testFF=0;
1749            size(XI)
1750            size(YI)
1751            size(ZI)
1752            for ivar=VarIndex
1753                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1754                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1755                    ivar_new=ivar_new+1;
1756                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1757                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1758                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1759                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1760                    end
1761                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1762                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1763                    end
1764                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata3(double(coord_X),double(coord_Y),double(coord_Z),double(FieldData.' VarName '),XI,YI,ZI);'])
1765%                     eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1766%                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1767%                     indnan=find(FFlag);
1768%                     if~isempty(indnan)
1769%                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1770%                         eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1771%                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
1772%                         testFF=1;
1773%                     end
1774%                     if ivar==ivar_U
1775%                         ivar_U=ivar_new;
1776%                     end
1777%                     if ivar==ivar_V
1778%                         ivar_V=ivar_new;
1779%                     end
1780%                     if ivar==ivar_W
1781%                         ivar_W=ivar_new;
1782%                     end
1783                end
1784            end
1785            if testFF
1786                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1787                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1788               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1789                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1790            end
1791        end
1792%case of fields defined on a structured  grid
1793    else 
1794        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1795        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1796        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1797        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1798        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1799        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1800        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1801        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1802        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1803        nbcolor=1; %default
1804        for idim=1:length(ListDimName)
1805            DimName=ListDimName{idim};
1806            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1807               nbcolor=DimValue(idim);
1808               DimIndices(idim)=[];
1809               DimValue(idim)=[];
1810            end
1811            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1812                DimIndices(idim)=[];
1813                DimValue(idim)=[];
1814            end
1815        end 
1816        ind_1=find(DimValue==1);
1817        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1818%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1819        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1820        Coord_z=[];
1821        Coord_y=[];
1822        Coord_x=[];   
1823   
1824        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1825            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1826            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1827            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1828                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1829                DCoord=diff(Coord{idim});
1830                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1831                DCoord_max=max(DCoord);
1832                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1833                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1834                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1835                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1836                                return
1837                end               
1838                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1839            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1840                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1841                DCoord_min(idim)=1;%default
1842                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1843                test_direct(idim)=1;
1844            end
1845        end
1846        if nb_dim==2
1847            if DY==0
1848                DY=abs(DCoord_min(1));
1849            end
1850            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1851            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1852            if DX==0
1853                DX=abs(DCoord_min(2));
1854            end
1855            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1856            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1857            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1858            test_direct_y=test_direct(1);
1859            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1860            test_direct_x=test_direct(2);
1861            DAX=DCoord_min(2);
1862            DAY=DCoord_min(1);
1863        elseif nb_dim==3
1864            DZ=abs(DCoord_min(1));
1865            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1866            if DY==0
1867                DY=abs(DCoord_min(2));
1868            end
1869            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1870            DimValue(1)=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1871            if DX==0
1872                DX=abs(DCoord_min(3));
1873            end
1874            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1875            DimValue(2)=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1876            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1877            test_direct_z=test_direct(1);
1878            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1879            test_direct_y=test_direct(2);
1880            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1881            test_direct_x=test_direct(3);
1882        end 
1883        minAX=min(Coord_x);
1884        maxAX=max(Coord_x);
1885        minAY=min(Coord_y);
1886        maxAY=max(Coord_y);
1887        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1888        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1889        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1890        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1891        if ~testXMax
1892            XMax=max(xcor_new);
1893        end
1894        if ~testXMin
1895            XMin=min(xcor_new);
1896        end
1897        if ~testYMax
1898            YMax=max(ycor_new);
1899        end
1900        if ~testYMin
1901            YMin=min(ycor_new);
1902        end
1903        DXinit=(maxAX-minAX)/(DimValue(2)-1);
1904        DYinit=(maxAY-minAY)/(DimValue(1)-1);
1905        if DX==0
1906            DX=DXinit;
1907        end
1908        if DY==0
1909            DY=DYinit;
1910        end
1911        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1912        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1913        if test_direct_y
1914            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1915        else
1916            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1917        end
1918        if test_direct_x
1919            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1920        else
1921            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1922        end
1923       
1924        % case with no rotation and interpolation
1925        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1926            if test_direct(1)
1927                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1928                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1929                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1930                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1931            else
1932                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1933                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1934                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1935                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1936            end             
1937            if test_direct(2)==1
1938                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1939                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1940                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1941                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1942            else
1943                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1944                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1945                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1946                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1947            end
1948            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1949            min_ind2=max(min_ind2,1);
1950            max_ind1=min(max_ind1,DimValue(1));
1951            max_ind2=min(max_ind2,DimValue(2));
1952            for ivar=VarIndex
1953                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1954                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1955                %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1956                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1957                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1958                end
1959                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1960            end         
1961        else
1962        % case with rotation and/or interpolation
1963            if isempty(Coord_z) %2D case
1964                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1965                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1966                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1967                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1968                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1969                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1970                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1971                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=DimValue(2) & YIMA >=1 & YIMA<=DimValue(1);%flagin=1 inside the original image
1972                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1973                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1974                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1975                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1976                    test_filter=1;
1977                else
1978                    test_filter=0;
1979                end
1980                for ivar=VarIndex
1981                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1982                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1983                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1984                    end
1985                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1986                    if test_filter 
1987                         Aclass=class(FieldData.A);
1988                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1989                         if ~isequal(Aclass,'double')
1990                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1991                         end
1992                    end
1993                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',[],nbcolor);'])%put the original image in line             
1994                    ind_in=find(flagin);
1995                    ind_out=find(~flagin);
1996                    ICOMB=(XIMA-1)*DimValue(1)+YIMA;
1997                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1998                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1999                    for icolor=1:nbcolor
2000                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
2001                    end
2002                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
2003                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
2004                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
2005                    end     
2006                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
2007                end
2008                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
2009                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
2010                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
2011            else %3D case
2012                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
2013                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
2014                    iz_sup=find(test_sup);
2015                    iz=iz_sup(1);
2016                    if iz>=1 & iz<=npz
2017                        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
2018                        %ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
2019                        for ivar=VarIndex
2020                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
2021                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
2022                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes 
2023                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
2024                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
2025                            if test_interp(2) | test_interp(3)
2026                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
2027                            end
2028                        end
2029                    end
2030                else
2031                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
2032                    %TODO: use interp3
2033                    return
2034                end
2035            end
2036        end
2037    end
2038    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
2039    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
2040        if isempty(ivar_V)
2041            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
2042            return
2043        end
2044        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
2045        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
2046        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
2047        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
2048        if ~isempty(ivar_W)
2049            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
2050            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
2051            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
2052        end
2053        if ~isequal(Psi,0)
2054            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2055            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
2056        end
2057    end
2058end
2059
2060%-----------------------------------------------------------------
2061%transmit the global attributes
2062function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
2063%-----------------------------------------------------------------
2064% ProjData=FieldData;
2065ProjData=[];%default
2066if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
2067    ProjData.ListGlobalAttribute={};
2068else
2069    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
2070end
2071if isfield(FieldData,'Txt')
2072    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
2073    return;
2074end
2075for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
2076    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
2077    if isfield(FieldData,AttrName)
2078        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
2079    end
2080end
2081if isfield(FieldData,'CoordType')
2082    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
2083        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
2084        return
2085    else
2086         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
2087    end
2088end
2089
2090ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
2091for ilist=1:length(ListObject)
2092    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
2093        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
2094        if ~isempty(val)
2095            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
2096            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
2097        end
2098    end   
2099end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.