source: trunk/src/proj_field.m @ 46

Last change on this file since 46 was 46, checked in by gostiaux, 11 years ago

various bug fixes

File size: 73.3 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .DimValue= values of the matricx dimensions (matlab vector, same length as .DimName);
15%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
16%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
17%
18%INPUT
19% ObjectData: structure characterizing the projection object
20%    .Style : style of projection object
21%    .ProjMode=type of projection ;
22%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
23%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
24%    .ProjAngle=angle of projection;
25%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
26%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
27
28%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
29%    .Txt: error message, transmitted to the projection
30%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
31%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
32%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
33% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
34%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
35%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
36%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
37%               .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
38%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
39%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
40%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
41%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
42% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
43% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
44%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
45%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
46%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
47%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
48%                        unstructured coordinate x, y  or z
49%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
50%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
51%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
52%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
53%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
54%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
55%
56% Default role of variables (by name)
57%  vector field:
58%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
59%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
60%    .C, .CName: scalar associated to the vector
61%    .F : equivalent to 'warnflag'
62%    .FF: equivalent to 'errorflag'
63%  scalar field or image:
64%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
65%    .A: scalar, projected on the object
66%    .AX, .AY: positions for the scalar
67%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
68%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
69%
70%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
71%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
72%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
77%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
78%     (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
84%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
87
88if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
89    ProjData=[];
90    return
91end
92FieldData
93%introduce default field properties (reading old standards)
94if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
95    ProjData=FieldData;
96    return
97end
98
99% OBSOLETE
100if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
101    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
102end
103if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
104    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
105end
106if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
107    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
108end
109if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
110    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
111end
112if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
113    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
114end
115if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
116    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
117end
118%%%%%%%%%%
119
120% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
121% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
122%     FieldData.VarAttribute={};
123% end
124
125if isequal(ObjectData.Style,'points')
126    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
127elseif isequal(ObjectData.Style,'line')|isequal(ObjectData.Style,'polyline')
128     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
129elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')|isequal(ObjectData.Style,'rectangle')|isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
130    if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')|isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
131        [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
132    else
133        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
134    end
135     %A FAIRE : GERER MASK
136elseif isequal(ObjectData.Style,'plane')
137%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
138%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
139%         else
140            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
141%         end
142end
143if exist('IndexObj','var')
144    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
145end
146
147%-----------------------------------------------------------------
148%project on a set of points
149function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
150%-------------------------------------------------------------------
151
152siz=size(ObjectData.Coord);
153width=0;
154if isfield(ObjectData,'Range')
155    width=ObjectData.Range(1,2);
156end
157if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
158    width=max(ObjectData.RangeX);
159end
160if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
161    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
162end
163if isfield(ObjectData,'RangeZ')&~isempty(ObjectData.RangeZ)
164    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
165end
166if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
167    if width==0
168        errormsg='projection range around points needed';
169        return
170    end
171elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
172    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
173        return
174end
175ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
176ProjData.NbDim=0;
177%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
178%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
179
180
181% idimvar=0;
182[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
183if ~isempty(errormsg)
184    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
185    return
186end
187%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
188% CellVarIndex=cells of variable index arrays
189% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
190% icoord=0;
191for icell=1:length(CellVarIndex)
192    if NbDim(icell)==1
193        continue
194    end
195    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
196    VarType=VarTypeCell{icell};
197    ivar_X=VarType.coord_x;
198    ivar_Y=VarType.coord_y;
199    ivar_Z=VarType.coord_z;
200%     ivar_U=VarType.vector_x;
201%     ivar_V=VarType.vector_y;
202%     ivar_W=VarType.vector_z;
203%     ivar_C=VarType.scalar ;
204    ivar_Anc=VarType.ancillary;
205%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
206    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
207    ivar_F=VarType.warnflag;
208    ivar_FF=VarType.errorflag;
209    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
210    if isempty(ivar_X)
211        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
212     
213    else
214        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
215                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
216                    return
217        end
218        if length(ivar_Y)~=1
219                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
220                return
221        end
222        test_grid=0;
223    end
224    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
225    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
226    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
227    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
228    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
229    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
230    for ivar=VarIndex       
231        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
232        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
233        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
234        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
235    end
236    if ~test_grid
237        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
238        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
239        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
240        if length(ivar_Z)==1
241            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
242            test3D=1;
243        end
244        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
245                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
246                    return
247        end     
248        for ipoint=1:siz(1)
249           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
250           distX=coord_x-Xpoint(1);
251           distY=coord_y-Xpoint(2);         
252           dist=distX.*distX+distY.*distY;
253           indsel=find(dist<width*width);
254           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
255           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
256           if isequal(length(ivar_FF),1)
257               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
258               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
259               ind_indsel=find(~FF);
260               indsel=indsel(ind_indsel);
261           end
262           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
263            for ivar=VarIndex
264               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
265               if isempty(indsel)
266                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
267               else
268                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
269                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
270                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
271                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
272                    end
273               end
274            end
275        end
276    else
277        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
278        %case of structured coordinates
279        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
280            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
281            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
282            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
283            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
284            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
285            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
286            npxy=size(A);
287
288% %             nbcolor=1; %default
289%             for idim=1:length(ListDimName)
290%                 DimName=ListDimName{idim};
291%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
292%                    nbcolor=npxy(idim);
293%                    DimIndices(idim)=[];
294%                    npxy(idim)=[];
295%                 end
296%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
297%                     DimIndices(idim)=[];
298%                     npxy(idim)=[];
299%                 end
300%             end 
301            ind_1=find(npxy==1);
302            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
303%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
304            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
305            nb_dim=numel(VarType.coord);
306            Coord_z=[];
307            Coord_y=[];
308            Coord_x=[];   
309            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
310                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
311                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
312                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
313                ivar=VarType.coord(idim);
314%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
315                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
316                    if numel(Coord{idim})==2
317                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
318                    else
319                        DCoord=diff(Coord{idim});
320                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
321                        DCoord_max=max(DCoord);
322                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
323                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
324                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
325                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
326                                    return
327                        end               
328                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
329                        test_coord(idim)=1;
330                    end
331%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
332%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
333%                     DCoord_min(idim)=1;%default
334%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
335%                     test_direct(idim)=1;
336%                 end
337            end
338            DX=DCoord_min(2);
339            DY=DCoord_min(1);
340            for ipoint=1:siz(1)
341                xwidth=width/(abs(DX));
342                ywidth=width/(abs(DY));
343                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
344                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
345                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
346                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
347                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
348                j_min=max(1,j_min);
349                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
350                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
351                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
352                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
353                i_int=[i_min:i_plus];
354                j_int=[j_min:j_plus];
355                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
356                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
357                   for ivar=VarIndex   
358                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
359                   end
360                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
361                else
362                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
363                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
364                    for ivar=VarIndex   
365                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
366                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
367                    end
368                end
369            end
370        end
371   end
372end
373
374%-----------------------------------------------------------------
375%project in a patch
376function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
377%-------------------------------------------------------------------
378ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
379
380objectfield=fieldnames(ObjectData);
381widthx=0;
382widthy=0;
383if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
384    widthx=max(ObjectData.RangeX);
385end
386if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
387    widthy=max(ObjectData.RangeY);
388end
389
390%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
391ProjData.NbDim=1;
392ProjData.ListDimName={};%name of dimension
393ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
394ProjData.ListVarName={};
395%ProjData.VarDimIndex={};
396ProjData.VarDimName={};
397if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
398    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
399    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
400        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
401        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
402    end;
403end
404
405%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
406testfalse=0;
407ListIndex={};
408% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
409idimvar=0;
410[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
411if ~isempty(errormsg)
412    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
413    return
414end
415
416%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
417dimcounter=0;
418for icell=1:length(CellVarIndex)
419    testX=0;
420    testY=0;
421    test_Amat=0;
422    testfalse=0;
423    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
424    VarType=VarTypeCell{icell};
425  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
426    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
427        continue
428    end
429    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
430    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
431    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
432    testproj(VarType.scalar)=1;
433    testproj(VarType.vector_x)=1;
434    testproj(VarType.vector_y)=1;
435    testproj(VarType.vector_z)=1;
436    testproj(VarType.image)=1;
437    testproj(VarType.color)=1;
438    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
439    if testX %case of unstructured coordinates
440         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
441         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
442               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
443            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
444         end
445         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
446         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
447         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
448         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
449    end
450    if testfalse
451        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
452        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
453    end
454    % image or 2D matrix
455    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
456        test_Amat=1;%image or 2D matrix
457        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
458        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
459        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
460        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
461        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
462        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
463        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
464%                     errormsg='multicomponent field not projected';
465
466        for idim=1:length(DimValue)       
467            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
468            DCoord_min(idim)=1;%default
469            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
470            test_direct(idim)=1;
471        end
472        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
473        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
474        if length(DimValue)==3
475            testcolor=1;
476            npxy(3)=3;
477        else
478            testcolor=0;
479            npxy(3)=1;
480        end
481        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
482        npxy(1)=length(AY);
483        npxy(2)=length(AX);
484        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
485        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
486        for ivar=1:length(VarIndex)
487            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
488            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
489        end
490    end
491%select the indices in the range of action
492    testin=[];%default
493    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
494%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
495%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
496%                 return
497%            end
498       if testX
499            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
500            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
501            testin=distX<widthx & distY<widthy;
502       elseif test_Amat
503           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
504           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
505           testin=distX<widthx & distY<widthy;
506       end
507    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
508        if testX
509            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
510        elseif test_Amat
511           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
512       else%calculate the scalar
513           testin=[]; %A REVOIR
514       end
515    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
516       X2Max=widthx*widthx;
517       Y2Max=(widthy)*(widthy);
518       if testX
519            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
520            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
521            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
522       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
523           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
524           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
525           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
526       end
527    end
528    %selected indices
529    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
530            testin=~testin;
531    end
532    if testfalse
533        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
534    end
535    indsel=find(testin);
536    for ivar=VarIndex
537        if testproj(ivar)
538            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
539            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
540            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
541            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
542            if test_Amat && testcolor
543                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
544            else
545               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
546            end
547        end
548    end
549%     if test_Amat & testcolor
550%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
551%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
552%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
553%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
554%        ProjData.VarDimName
555%     end
556end
557
558
559
560%-----------------------------------------------------------------
561%project on a line
562% AJOUTER flux,circul,error
563function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
564%-----------------------------------------------------------------
565ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
566ProjData.NbDim=1;
567
568%initialisation of the input parameters and defaultoutput
569ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
570if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
571ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
572if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
573width=0;%default width of the projection band
574if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
575    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
576end
577if isfield(ObjectData,'RangeY')
578    width=max(ObjectData.RangeY);
579end
580
581% default output
582errormsg=[];%default
583Xline=[];
584flux=0;
585circul=0;
586liny=ObjectData.Coord(:,2);
587siz_line=size(ObjectData.Coord);
588if siz_line(1)<2
589    return% line needs at least 2 points to be defined
590end
591testfalse=0;
592ListIndex={};
593
594%angles of the polyline and boundaries of action
595dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
596dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
597theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
598theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
599% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
600if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
601    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
602    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
603    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
604    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
605    for ip=2:siz_line(1)
606        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
610    end
611end
612
613%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
614[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
615if ~isempty(errormsg)
616    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
617    return
618end
619
620% loop on variable cells with the same space dimension
621ProjData.ListVarName={};
622ProjData.VarDimName={};
623for icell=1:length(CellVarIndex)
624    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
625    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
626    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
627        continue
628    end
629    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
630    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
631    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
632    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
633                                             %=0 for vector components, treated separately
634    testproj(VarType.scalar)=1;
635    testproj(VarType.image)=1;
636    testproj(VarType.color)=1;
637    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
638    if testU
639         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
640    end
641    %identify vector components   
642    if testU
643        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
644        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
645        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
646        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
647    end 
648    %identify error flag
649    if testfalse
650        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
651        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
652    end   
653    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
654    if testX
655        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
656            if width==0
657                errormsg='range of the projection object is missing';
658                return     
659            else
660                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
661            end
662        end
663        if ~isequal(ProjMode,'projection')
664            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
665                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
666            else
667                errormsg='DX missing';
668                return
669            end
670        end
671        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
672        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
673        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
674        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
675    end   
676    %initiate projection
677    for ivar=1:length(VarIndex)
678        ProjLine{ivar}=[];
679    end
680    XLine=[];
681    linelengthtot=0;
682
683%         circul=0;
684%         flux=0;
685  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
686   %case of unstructured coordinates
687    if testX   
688        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
689            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
690            %select the vector indices in the range of action
691            if testfalse
692                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
693            else
694                flagsel=ones(size(coord_x));
695            end
696            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
697                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
698                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
700                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
701            end
702            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
703            X_sel=coord_x(indsel);
704            Y_sel=coord_y(indsel);
705            nbvar=0;
706            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
707                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
708                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
709            end   
710            if testU
711                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
712                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
713            end
714            if isequal(ProjMode,'projection')
715                sintheta=sin(theta(ip));
716                costheta=cos(theta(ip));
717                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
718                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
719                for ivar=1:numel(ProjVar)
720                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
721                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
722                     end
723                end
724            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
725                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
726                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
727                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
728                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
729                for ivar=1:numel(ProjVar)
730                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
731                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
732                     end
733                end
734            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
735                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
736                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
737                siz=size(X_sel);
738                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
739                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
740                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
741                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
742                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
743                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
744                for ivar=1:numel(ProjVar)
745                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
746                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
747                     end
748                end             
749            end
750            %prolongate the total record
751            for ivar=1:numel(ProjVar)
752                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
753                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
754                  end
755            end
756            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
757            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
758            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
759            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
760        end
761        ProjData.X=XLine';
762        cur_index=1;
763        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
764        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
765        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
766        for iselect=1:numel(VarIndex)
767            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
768            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
769            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
770            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
771            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
772        end
773   
774    %case of structured coordinates
775    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
776        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
777            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
778        else
779            test_Amat=1;%image or 2D matrix
780            test_interp2=0;%default
781%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
782            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
783            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
784            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
785            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
786            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
787            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
788            npxy=size(A);
789            npx=npxy(2);
790            npy=npxy(1);
791            if numel(AX)==2
792                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
793            else
794                DX_vec=diff(AX);
795                DX=max(DX_vec);
796                DX_min=min(DX_vec);
797                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
798                    test_interp2=1;
799                    DX=DX_min;
800                end   
801            end
802            if numel(AY)==2
803                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
804            else
805                DY_vec=diff(AY);
806                DY=max(DY_vec);
807                DY_min=min(DY_vec);
808                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
809                   test_interp2=1;
810                    DY=DY_min;
811                end     
812            end             
813            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
814            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
815            if isfield(ObjectData,'DX')
816                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
817            else
818                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
819            end
820            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
821            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
822            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
823            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
824            if isfield(FieldData,'RangeX')
825                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
826            else
827                XMin=0;
828            end
829            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
830            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
831            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
832            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
833            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
834            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
835            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
836            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
837            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
838            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
839            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
840            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
841            ind_in=find(flagin);
842            ind_out=find(~flagin);
843            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
844            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
845            nbcolor=1; %color images
846            if numel(npxy)==2
847                nbcolor=1;
848            elseif length(npxy)==3
849                nbcolor=npxy(3);
850            else
851                errormsg='multicomponent field not projected';
852                display(errormsg)
853                return
854            end
855            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
856            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
857            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
858            for ivar=VarIndex
859                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
860                if test_interp2% interpolate on new grid
861                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
862                end
863                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
864                if nbcolor==1
865                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
866                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
867                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
868                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
869                elseif nbcolor==3
870                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
871                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
872                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
873                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
874                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
875                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
876                end 
877                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
878                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
879            end
880            if testU
881                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
882                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
883                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
884                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
885            end
886            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
887            if nbcolor==3
888                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
889            end
890        end     
891    end
892end
893
894% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
895% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
896% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
897% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
898% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
899% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
900% %     else
901% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
902% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
903% %     end
904%
905% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
906
907
908%-----------------------------------------------------------------
909%project on a plane
910% AJOUTER flux,circul,error
911 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
912%-----------------------------------------------------------------
913
914%initialisation of the input parameters of the projection plane
915%-----------------------------------------------------------------
916ProjMode='projection';%direct projection by default
917if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
918
919%axis origin
920if isempty(ObjectData.Coord)
921    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
922    ObjectData.Coord(1,2)=0;
923    ObjectData.Coord(1,3)=0;
924end
925
926%rotation angles
927Phi=0;%default
928Theta=0;
929Psi=0;
930if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
931    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
932end
933if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
934    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
935end
936if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
937    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
938end
939
940%components of the unity vector normal to the projection plane
941NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
942NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
943NormVec_Z=cos(Theta);
944
945% test for 3D fields
946test3D=0;
947if isfield(FieldData,'NbDim')
948    test3D=isequal(FieldData.NbDim,3);
949end
950test3C=test3D; %default 3 vel components
951
952%mesh sizes DX and DY
953DX=0;
954DY=0; %default
955if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
956     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
957end
958if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
959     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
960end
961if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
962        errormsg='DX or DY missing';
963        display(errormsg)
964        return
965end
966
967%extrema along each axis
968testXMin=0;
969testXMax=0;
970testYMin=0;
971testYMax=0;
972if isfield(ObjectData,'RangeX')
973        XMin=min(ObjectData.RangeX);
974        XMax=max(ObjectData.RangeX);
975        testXMin=XMax>XMin;
976        testXMax=1;
977end
978if isfield(ObjectData,'RangeY')
979        YMin=min(ObjectData.RangeY);
980        YMax=max(ObjectData.RangeY);
981        testYMin=YMax>YMin;
982        testYMax=1;
983end
984width=0;%default width of the projection band
985if isfield(ObjectData,'RangeZ')
986        width=max(ObjectData.RangeZ);
987end
988
989% initiate Matlab  structure for physical field
990ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
991ProjData.NbDim=2;
992ProjData.ListDimName={};%name of dimension
993ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
994ProjData.ListVarName={};
995ProjData.VarDimName={};
996
997error=0;%default
998flux=0;
999testfalse=0;
1000ListIndex={};
1001
1002%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1003%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1004%-----------------------------------------------------------------
1005idimvar=0;
1006[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1007if ~isempty(errormsg)
1008    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1009    return
1010end
1011%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1012% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1013ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1014icoord=0;
1015nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1016for icell=1:length(CellVarIndex)
1017    if NbDim(icell)<2
1018        continue
1019    end
1020    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1021    VarType=VarTypeCell{icell};
1022    ivar_X=VarType.coord_x;
1023    ivar_Y=VarType.coord_y;
1024    ivar_Z=VarType.coord_z;
1025    ivar_U=VarType.vector_x;
1026    ivar_V=VarType.vector_y;
1027    ivar_W=VarType.vector_z;
1028    ivar_C=VarType.scalar ;
1029    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1030    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1031    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1032    ivar_F=VarType.warnflag;
1033    ivar_FF=VarType.errorflag;
1034    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1035    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1036    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1037    if ischar(DimCell)
1038        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1039    end
1040   
1041%case of input fields with unstructured coordinates
1042    if testX
1043        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1044        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1045        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1046        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1047        if length(ivar_Z)==1
1048            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1049            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1050        end
1051
1052        % translate  initial coordinates
1053        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1054        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1055        if ~isempty(ivar_Z)
1056            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1057        end
1058       
1059        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1060        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1061            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1062            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1063            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1064            for ivar=VarIndex
1065                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1066                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1067%                 end     
1068                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1069            end
1070            coord_x=coord_x(indcut);
1071            coord_y=coord_y(indcut);
1072            coord_z=coord_z(indcut);
1073        end
1074
1075       %rotate coordinates if needed
1076        if isequal(Phi,0)
1077            coord_X=coord_x;
1078            coord_Y=coord_y;
1079            if ~isequal(Theta,0)
1080                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1081            end
1082        else
1083            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1084            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1085        end
1086        if ~isempty(ivar_Z)
1087            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1088        end
1089        if ~isequal(Psi,0)
1090                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1091                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1092        end
1093       
1094        %restriction to the range of x and y if imposed
1095        testin=ones(size(coord_X)); %default
1096        testbound=0;
1097        if testXMin
1098            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1099            testbound=1;
1100        end
1101        if testXMax
1102            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1103            testbound=1;
1104        end
1105        if testYMin
1106            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1107            testbound=1;
1108        end
1109        if testYMin
1110            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1111            testbound=1;
1112        end
1113        if testbound
1114            indcut=find(testin);
1115            for ivar=VarIndex
1116                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1117                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1118            end
1119            coord_X=coord_X(indcut);
1120            coord_Y=coord_Y(indcut);
1121            if length(ivar_Z)==1
1122                coord_Z=coord_Z(indcut);
1123            end
1124        end
1125        % different cases of projection
1126        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1127            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName
1128            %FieldData.ListDimName(DimIndices(1))];%add the point index to
1129            %the list of dimension
1130            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1131            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1132            nbvar=0;
1133            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1134                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1135                if ivar==ivar_X %x coordinate
1136                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1137                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1138                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1139                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1140                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1141                end
1142                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1143                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1144                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1145                    nbvar=nbvar+1;
1146                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1147                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1148                    end
1149                end
1150            end 
1151        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1152            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1153            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1154            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1155            %ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1156            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1157            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1158            nbcoord=2;
1159            %ProjData.VarDimIndex={};   
1160            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1161            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1162            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1163            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1164            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1165            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1166            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1167            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1168            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1169            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1170            if ~isequal(ivar_FF,0)
1171                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1172                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1173                coord_X=coord_X(indsel);
1174                coord_Y=coord_Y(indsel);
1175            end
1176            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1177            testFF=0;
1178            for ivar=VarIndex
1179                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1180                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1181                    ivar_new=ivar_new+1;
1182                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1183                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1184                    %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1185                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1186                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1187                    end
1188%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_2=[XMin XMax];
1189%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_1=[YMin YMax];
1190                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1191                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1192                    end
1193                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1194                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1195                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1196                    indnan=find(FFlag);
1197                    if~isempty(indnan)
1198                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1199                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1200                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1201%                         eval(['ProjData.' VarName '(indnan)=zeros(size(indnan));'])%put NaN to 0
1202%                         FF=FF|FFlag;
1203                        testFF=1;
1204                    end
1205                    if ivar==ivar_U
1206                        ivar_U=ivar_new;
1207                    end
1208                    if ivar==ivar_V
1209                        ivar_V=ivar_new;
1210                    end
1211                    if ivar==ivar_W
1212                        ivar_W=ivar_new;
1213                    end
1214                end
1215            end
1216            if testFF
1217                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1218                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1219              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1220               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1221                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1222            end
1223        end
1224%case of fields defined on a structured  grid
1225    else 
1226        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1227        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1228        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1229        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1230        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1231        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1232       
1233        %ListDimName=FieldData.ListDimName(DimIndices);
1234        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1235        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1236        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1237        nbcolor=1; %default
1238        for idim=1:length(ListDimName)
1239            DimName=ListDimName{idim};
1240            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1241               nbcolor=DimValue(idim);
1242               DimIndices(idim)=[];
1243               DimValue(idim)=[];
1244            end
1245            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1246                DimIndices(idim)=[];
1247                DimValue(idim)=[];
1248            end
1249        end 
1250        ind_1=find(DimValue==1);
1251        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1252%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1253        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1254        Coord_z=[];
1255        Coord_y=[];
1256        Coord_x=[];   
1257   
1258        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1259            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1260            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1261            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1262            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1263                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1264                DCoord=diff(Coord{idim});
1265                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1266                DCoord_max=max(DCoord);
1267                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1268                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1269                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1270                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1271                                return
1272                end               
1273                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1274                test_coord(idim)=1;
1275
1276            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1277                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1278                DCoord_min(idim)=1;%default
1279                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1280                test_direct(idim)=1;
1281            end
1282        end
1283        if nb_dim==2
1284            if DY==0
1285                DY=abs(DCoord_min(1));
1286            end
1287            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1288            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1289            if DX==0
1290                DX=abs(DCoord_min(2));
1291            end
1292            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1293            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1294            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1295            test_direct_y=test_direct(1);
1296            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1297            test_direct_x=test_direct(2);
1298            DAX=DCoord_min(2);
1299            DAY=DCoord_min(1);
1300        elseif nb_dim==3
1301            DZ=abs(DCoord_min(1));
1302            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1303            if DY==0
1304                DY=abs(DCoord_min(2));
1305            end
1306            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1307            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1308            if DX==0
1309                DX=abs(DCoord_min(3));
1310            end
1311            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1312            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1313            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1314            test_direct_z=test_direct(1);
1315            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1316            test_direct_y=test_direct(2);
1317            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1318            test_direct_x=test_direct(3);
1319        end 
1320        minAX=min(Coord_x);
1321        maxAX=max(Coord_x);
1322        minAY=min(Coord_y);
1323        maxAY=max(Coord_y);
1324        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1325        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1326        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1327        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1328        if ~testXMax
1329            XMax=max(xcor_new);
1330        end
1331        if ~testXMin
1332            XMin=min(xcor_new);
1333        end
1334        if ~testYMax
1335            YMax=max(ycor_new);
1336        end
1337        if ~testYMin
1338            YMin=min(ycor_new);
1339        end
1340        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1341        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1342        if DX==0
1343            DX=DXinit;
1344        end
1345        if DY==0
1346            DY=DYinit;
1347        end
1348        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1349        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1350        if test_direct_y
1351            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1352        else
1353            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1354        end
1355        if test_direct_x
1356            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1357        else
1358            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1359        end
1360       
1361        % case with no rotation and interpolation
1362        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1363            if test_direct(1)
1364                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1365                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1366                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1367                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1368            else
1369                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1370                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1371                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1372                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1373            end             
1374            if test_direct(2)==1
1375                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1376                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1377                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1378                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1379            else
1380                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1381                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1382                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1383                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1384            end
1385            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1386            min_ind2=max(min_ind2,1);
1387            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1388            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1389            for ivar=VarIndex
1390                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1391%                 if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1392%                     ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1393%                     ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1394%                 else
1395%                     icoord=icoord+1;
1396%                     ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1397%                     ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1398%                 end
1399                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1400                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1401                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1402                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1403                end
1404%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=Xbound;
1405%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=Ybound;
1406                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1407            end         
1408        else
1409        % case with rotation and/or interpolation
1410            if isempty(Coord_z) %2D case
1411                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1412                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1413                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1414                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1415                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1416                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1417                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1418                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1419                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1420                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1421                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1422                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1423                    test_filter=1;
1424                else
1425                    test_filter=0;
1426                end
1427                for ivar=VarIndex
1428                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1429                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1430                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1431                    end
1432                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1433                    if test_filter 
1434                         Aclass=class(FieldData.A);
1435                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1436                         if ~isequal(Aclass,'double')
1437                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1438                         end
1439                    end
1440                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
1441                    ind_in=find(flagin);
1442                    ind_out=find(~flagin);
1443                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
1444                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1445                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1446                    for icolor=1:nbcolor
1447                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1448                    end
1449                    % TODO: A REVOIR:
1450%                     if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp') || isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1451%                         ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1452%                         ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1453%                     else
1454%                         icoord=icoord+1;
1455%                         ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1456%                         ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1457%                     end
1458                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
1459                   % ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1460                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1461                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1462                    end
1463                    % A REVOIR:
1464%                     if test_direct(2)==1
1465%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1466%                     else
1467%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1468%                     end
1469%                     if test_direct(1)==1
1470%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1471%                     else
1472%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1473%                     end     
1474                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1475                end
1476                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1477                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1478              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1479                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1480            else %3D case
1481                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1482                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1483                    iz_sup=find(test_sup);
1484                    iz=iz_sup(1);
1485                    if iz>=1 & iz<=npz
1486                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1487                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1488                        for ivar=VarIndex
1489                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1490                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1491                          %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-2 nb_dim-1]];
1492                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1493                            % A REVOIR
1494%                             if test_direct_x==1
1495%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1496%                             else
1497%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1498%                             end
1499%                             if test_direct_y==1
1500%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1501%                             else
1502%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1503%                             end     
1504                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1505                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1506                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1507                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1508                            end
1509                        end
1510                    end
1511                else
1512                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1513                    %TODO: use interp3
1514                    return
1515                end
1516            end
1517        end
1518    end
1519    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1520    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1521        if isempty(ivar_V)
1522            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1523            return
1524        end
1525        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1526        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1527        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1528        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1529        if ~isempty(ivar_W)
1530            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1531            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1532            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1533        end
1534        if ~isequal(Psi,0)
1535            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1536            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1537        end
1538    end
1539end
1540
1541%-----------------------------------------------------------------
1542%transmit the global attributes
1543function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
1544%-----------------------------------------------------------------
1545% ProjData=FieldData;
1546ProjData=[];%default
1547if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
1548    ProjData.ListGlobalAttribute={};
1549else
1550    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
1551end
1552if isfield(FieldData,'Txt')
1553    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
1554    return;
1555end
1556for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
1557    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
1558    if isfield(FieldData,AttrName)
1559        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
1560    end
1561end
1562if isfield(FieldData,'CoordType')
1563    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
1564        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
1565        return
1566    else
1567         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
1568    end
1569end
1570
1571ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
1572for ilist=1:length(ListObject)
1573    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
1574        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
1575        if ~isempty(val)
1576            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
1577            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
1578        end
1579    end   
1580end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.