source: trunk/src/proj_field.m @ 55

Last change on this file since 55 was 55, checked in by sommeria, 11 years ago

-use of a single parameter file PARAM.xml (instead of PARAM_WIN and PARAM_LINUX).
-correction of a bug for opening an existing projection object
-manual editing of vectors made available with the builtin netcdf tool.
-bug fix for reading netcdf files with the builtin netcdf tool.

File size: 73.3 KB
Line 
1%'proj_field': projects the field on a projection object
2%--------------------------------------------------------------------------
3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
4%
5% OUTPUT:
6% ProjData structure containing the fields of the input field FieldData,
7% transmitted or projected on the object, plus the additional fields
8%    .UMax, .UMin, .VMax, .VMin: min and max of velocity components in a domain
9%    .UMean,VMean: mean of the velocity components in a domain
10%    .AMin, AMax: min and max of a scalar
11%    .AMean: mean of a scalar in a domain 
12%  .NbPix;
13%  .DimName=  names of the matrix dimensions (matlab cell)
14%  .DimValue= values of the matricx dimensions (matlab vector, same length as .DimName);
15%  .VarName= names of the variables [ProjData.VarName {'A','AMean','AMin','AMax'}];
16%  .VarDimNameIndex= dimensions of the variables, indicated by indices in the list .DimName;
17%
18%INPUT
19% ObjectData: structure characterizing the projection object
20%    .Style : style of projection object
21%    .ProjMode=type of projection ;
22%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates defining the object position
23%    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
24%    .ProjAngle=angle of projection;
25%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
26%    .Coord(nbpoints,3): set of coordinates defining the object position;
27
28%FieldData: data of the field to be projected on the projection object, with optional fields
29%    .Txt: error message, transmitted to the projection
30%    .CoordType: 'px' or 'phys' type of coordinates of the field, must be the same as for the projection object, transmitted
31%    .Mesh: typical distance between data points (used for mouse action or display), transmitted
32%    .CoordUnit, .TimeUnit, .dt: transmitted
33% standardised description of fields, nc-formated Matlab structure with fields:
34%         .ListGlobalAttribute: cell listing the names of the global attributes
35%        .Att_1,Att_2... : values of the global attributes
36%            .ListDimName: cell listing the names of the array dimensions
37%               .DimValue: array dimension values (Matlab vector with the same length as .ListDimName
38%            .ListVarName: cell listing the names of the variables
39%            .VarDimIndex: cell containing the set of dimension indices (in list .ListDimName) for each variable of .ListVarName
40%           .VarAttribute: cell of structures s containing names and values of variable attributes (s.name=value) for each variable of .ListVarName
41%        .Var1, .Var2....: variables (Matlab arrays) with names listed in .ListVarName
42% The variables are grouped in 'fields', made of a set of variables with common dimensions (using the function find_field_indices)
43% The variable attribute 'Role' is used to define the role for plotting:
44%       Role = 'scalar':  (default) represents a scalar field
45%            = 'coord':  represents a set of unstructured coordinates, whose
46%                     space dimension is given by the last array dimension (called 'nb_dim').
47%            = 'coord_x', 'coord_y',  'coord_z': represents a separate set of
48%                        unstructured coordinate x, y  or z
49%            = 'vector': represents a vector field whose number of components
50%                is given by the last dimension (called 'nb_dim')
51%            = 'vector_x', 'vector_y', 'vector_z'  :represents the x, y or z  component of a vector 
52%            = 'warnflag' : provides a warning flag about the quality of data in a 'Field', default=0, no warning
53%            = 'errorflag': provides an error flag marking false data,
54%                   default=0, no error. Different non zero values can represent different criteria of elimination.
55%
56% Default role of variables (by name)
57%  vector field:
58%    .X,.Y: position of the velocity vectors, projected on the object
59%    .U, .V, .W: velocity components, projected on the object
60%    .C, .CName: scalar associated to the vector
61%    .F : equivalent to 'warnflag'
62%    .FF: equivalent to 'errorflag'
63%  scalar field or image:
64%    .AName: name of a scalar (to be calculated from velocity fields after projection), transmitted
65%    .A: scalar, projected on the object
66%    .AX, .AY: positions for the scalar
67%     case of a structured grid: A is a dim 2 matrix and .AX=[first last] (length 2 vector) represents the first and last abscissa of the grid
68%     case of an unstructured scalar: A is a vector, AX and AY the corresponding coordinates
69%
70%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
71%  Copyright Joel Sommeria, 2008, LEGI / CNRS-UJF-INPG, sommeria@coriolis-legi.org.
72%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
73%     This file is part of the toolbox UVMAT.
74%
75%     UVMAT is free software; you can redistribute it and/or modify
76%     it under the terms of the GNU General Public License as published by
77%     the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
78%     (at your option) any later version.
79%
80%     UVMAT is distributed in the hope that it will be useful,
81%     but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
82%     MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
83%     GNU General Public License (file UVMAT/COPYING.txt) for more details.
84%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
85
86function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,IndexObj)
87
88if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
89    ProjData=[];
90    return
91end
92%introduce default field properties (reading old standards)
93if ~isfield(ObjectData,'Style')||~isfield(ObjectData,'Coord')||~isfield(ObjectData,'ProjMode')
94    ProjData=FieldData;
95    return
96end
97
98% OBSOLETE
99if isfield(ObjectData,'XMax') && ~isempty(ObjectData.XMax)
100    ObjectData.RangeX(1)=ObjectData.XMax;
101end
102if isfield(ObjectData,'XMin') && ~isempty(ObjectData.XMin)
103    ObjectData.RangeX(2)=ObjectData.XMin;
104end
105if isfield(ObjectData,'YMax') && ~isempty(ObjectData.YMax)
106    ObjectData.RangeY(1)=ObjectData.YMax;
107end
108if isfield(ObjectData,'YMin') && ~isempty(ObjectData.YMin)
109    ObjectData.RangeY(2)=ObjectData.YMin;
110end
111if isfield(ObjectData,'ZMax') && ~isempty(ObjectData.ZMax)
112    ObjectData.RangeZ(1)=ObjectData.ZMax;
113end
114if isfield(ObjectData,'ZMin') && ~isempty(ObjectData.ZMin)
115    ObjectData.RangeZ(2)=ObjectData.ZMin;
116end
117%%%%%%%%%%
118
119% FieldData=document_field(FieldData);%transform FieldData to the standard format
120% if ~isfield(FieldData,'VarAttribute')
121%     FieldData.VarAttribute={};
122% end
123
124if isequal(ObjectData.Style,'points')
125    [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData);
126elseif isequal(ObjectData.Style,'line')|isequal(ObjectData.Style,'polyline')
127     [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
128elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')|isequal(ObjectData.Style,'rectangle')|isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
129    if isequal(ObjectData.ProjMode,'inside')|isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
130        [ProjData,errormsg] = proj_patch(FieldData,ObjectData);
131    else
132        [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData,ObjectData);
133    end
134     %A FAIRE : GERER MASK
135elseif isequal(ObjectData.Style,'plane')
136%         if isfield(FieldData,'NbDim') & isequal(FieldData.NbDim,3)
137%             ProjData= proj_plane3D(FieldData,ObjectData);%
138%         else
139            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
140%         end
141end
142if exist('IndexObj','var')
143    ProjData.IndexObj=IndexObj;%transfer object index
144end
145
146%-----------------------------------------------------------------
147%project on a set of points
148function  [ProjData,errormsg]=proj_points(FieldData,ObjectData)%%
149%-------------------------------------------------------------------
150
151siz=size(ObjectData.Coord);
152width=0;
153if isfield(ObjectData,'Range')
154    width=ObjectData.Range(1,2);
155end
156if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
157    width=max(ObjectData.RangeX);
158end
159if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
160    width=max(width,max(ObjectData.RangeY));
161end
162if isfield(ObjectData,'RangeZ')&~isempty(ObjectData.RangeZ)
163    width=max(width,max(ObjectData.RangeZ));
164end
165if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
166    if width==0
167        errormsg='projection range around points needed';
168        return
169    end
170elseif  ~isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
171    errormsg=(['ProjMode option ' ObjectData.ProjMode ' not available in proj_field']);
172        return
173end
174ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
175ProjData.NbDim=0;
176%ProjData.ListDimName= {'nb_points'};
177%ProjData.DimValue=siz(1);  %nbre of projection points 
178
179
180% idimvar=0;
181[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
182if ~isempty(errormsg)
183    errormsg=['error in proj_field/proj_points:' errormsg];
184    return
185end
186%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
187% CellVarIndex=cells of variable index arrays
188% ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
189% icoord=0;
190for icell=1:length(CellVarIndex)
191    if NbDim(icell)==1
192        continue
193    end
194    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
195    VarType=VarTypeCell{icell};
196    ivar_X=VarType.coord_x;
197    ivar_Y=VarType.coord_y;
198    ivar_Z=VarType.coord_z;
199%     ivar_U=VarType.vector_x;
200%     ivar_V=VarType.vector_y;
201%     ivar_W=VarType.vector_z;
202%     ivar_C=VarType.scalar ;
203    ivar_Anc=VarType.ancillary;
204%     test_anc=zeros(size(VarIndex));
205    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
206    ivar_F=VarType.warnflag;
207    ivar_FF=VarType.errorflag;
208    VarIndex([ivar_X ivar_Y ivar_Z ivar_Anc ivar_F ivar_FF])=[];% not projected variables removed frlom list
209    if isempty(ivar_X)
210        test_grid=1;%test for input data on regular grid (e.g. image)coordinates
211     
212    else
213        if length(ivar_X)>1 | length(ivar_Y)>1 | length(ivar_Z)>1
214                 errormsg='multiple coordinate input in proj_field.m';
215                    return
216        end
217        if length(ivar_Y)~=1
218                errormsg='y coordinate not defined in proj_field.m';
219                return
220        end
221        test_grid=0;
222    end
223    ProjData.ListVarName={'Y','X','NbVal'};
224    ProjData.VarDimName={'nb_points','nb_points','nb_points'};
225    %ProjData.VarDimIndex={[1],[1],[1]};
226    ProjData.VarAttribute{1}.Role='ancillary';
227    ProjData.VarAttribute{2}.Role='ancillary';
228    ProjData.VarAttribute{3}.Role='ancillary';
229    for ivar=VarIndex       
230        VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
231        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
232        %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1]}];
233        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {'nb_points'}];
234    end
235    if ~test_grid
236        eval(['coord_x=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_X} ';'])
237        eval(['coord_y=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Y} ';'])
238        test3D=0;% TEST 3D CASE : NOT COMPLETED ,  3D CASE : NOT COMPLETED
239        if length(ivar_Z)==1
240            eval(['coord_z=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar_Z} ';'])
241            test3D=1;
242        end
243        if length(ivar_F)>1 | length(ivar_FF)>1
244                 msgbox_uvmat('ERROR','multiple flag input in proj_field.m')
245                    return
246        end     
247        for ipoint=1:siz(1)
248           Xpoint=ObjectData.Coord(ipoint,:);
249           distX=coord_x-Xpoint(1);
250           distY=coord_y-Xpoint(2);         
251           dist=distX.*distX+distY.*distY;
252           indsel=find(dist<width*width);
253           ProjData.X(ipoint,1)=Xpoint(1);
254           ProjData.Y(ipoint,1)=Xpoint(2);
255           if isequal(length(ivar_FF),1)
256               FFName=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
257               eval(['FF=FieldData.' FFName '(indsel);'])
258               ind_indsel=find(~FF);
259               indsel=indsel(ind_indsel);
260           end
261           ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(indsel);
262            for ivar=VarIndex
263               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
264               if isempty(indsel)
265                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=NaN;'])
266               else
267                    eval(['Var=FieldData.' VarName '(indsel);'])
268                    eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=mean(Var);'])
269                    if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')
270                         eval(['ProjData.' VarName '(ipoint,1)=griddata_uvmat(coord_x(indsel),coord_y(indsel),Var,Xpoint(1),Xpoint(2)))';])
271                    end
272               end
273            end
274        end
275    else
276        %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
277        %case of structured coordinates
278        if  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
279            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
280            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
281            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
282            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
283            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
284            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
285            npxy=size(A);
286
287% %             nbcolor=1; %default
288%             for idim=1:length(ListDimName)
289%                 DimName=ListDimName{idim};
290%                 if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
291%                    nbcolor=npxy(idim);
292%                    DimIndices(idim)=[];
293%                    npxy(idim)=[];
294%                 end
295%                 if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
296%                     DimIndices(idim)=[];
297%                     npxy(idim)=[];
298%                 end
299%             end 
300            ind_1=find(npxy==1);
301            %DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
302%             indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
303            %nb_dim=length(DimIndices)%number of space dimensions
304            nb_dim=numel(VarType.coord);
305            Coord_z=[];
306            Coord_y=[];
307            Coord_x=[];   
308            for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
309                test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
310                test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
311                %ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
312                ivar=VarType.coord(idim);
313%                 if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
314                    eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
315                    if numel(Coord{idim})==2
316                       DCoord_min(idim)= (Coord{idim}(2)-Coord{idim}(1))/(npxy(idim)-1);
317                    else
318                        DCoord=diff(Coord{idim});
319                        DCoord_min(idim)=min(DCoord);
320                        DCoord_max=max(DCoord);
321                        test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
322                        test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
323                        if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
324                            errormsg=['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'];
325                                    return
326                        end               
327                        test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
328                        test_coord(idim)=1;
329                    end
330%                 else  % no variable associated with the first dimension, look fo variable  attributes Coord_1, _2 or _3
331%                     Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
332%                     DCoord_min(idim)=1;%default
333%                     Coord{idim}=[0.5 npxy(idim)];
334%                     test_direct(idim)=1;
335%                 end
336            end
337            DX=DCoord_min(2);
338            DY=DCoord_min(1);
339            for ipoint=1:siz(1)
340                xwidth=width/(abs(DX));
341                ywidth=width/(abs(DY));
342                i_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5-xwidth); %minimum index of the selected region
343                i_min=max(1,i_min);%restrict to field limit
344                i_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,1)-Coord{2}(1))/DX+0.5+xwidth);
345                i_plus=min(npxy(2),i_plus); %restrict to field limit
346                j_min=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY-ywidth+0.5);
347                j_min=max(1,j_min);
348                j_plus=round((ObjectData.Coord(ipoint,2)-Coord{1}(1))/DY+ywidth+0.5);
349                j_plus=min(npxy(1),j_plus);
350                ProjData.X(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,1);
351                ProjData.Y(ipoint,1)=ObjectData.Coord(ipoint,2);
352                i_int=[i_min:i_plus];
353                j_int=[j_min:j_plus];
354                ProjData.NbVal(ipoint,1)=length(j_int)*length(i_int);
355                if isempty(i_int) | isempty(j_int)
356                   for ivar=VarIndex   
357                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=NaN;']);
358                   end
359                   errormsg=['no data points in the selected projection range ' num2str(width) ];
360                else
361                    %TODO: introduce circle in the selected subregion
362                    %[I,J]=meshgrid([1:j_int],[1:i_int]);
363                    for ivar=VarIndex   
364                        eval(['Avalue=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(j_int,i_int,:);']);
365                        eval(['ProjData.' FieldData.ListVarName{ivar} '(ipoint,:)=mean(mean(Avalue));']);
366                    end
367                end
368            end
369        end
370   end
371end
372
373%-----------------------------------------------------------------
374%project in a patch
375function  [ProjData,errormsg]=proj_patch(FieldData,ObjectData)%%
376%-------------------------------------------------------------------
377ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
378
379objectfield=fieldnames(ObjectData);
380widthx=0;
381widthy=0;
382if isfield(ObjectData,'RangeX')&~isempty(ObjectData.RangeX)
383    widthx=max(ObjectData.RangeX);
384end
385if isfield(ObjectData,'RangeY')&~isempty(ObjectData.RangeY)
386    widthy=max(ObjectData.RangeY);
387end
388
389%A REVOIR, GENERALISER: UTILISER proj_line
390ProjData.NbDim=1;
391ProjData.ListDimName={};%name of dimension
392ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
393ProjData.ListVarName={};
394%ProjData.VarDimIndex={};
395ProjData.VarDimName={};
396if isfield (FieldData,'ListVarAttribute')
397    ProjData.ListVarAttribute=FieldData.ListVarAttribute;%list of variable attribute names
398    for iattr=1:length(ProjData.ListVarAttribute)%initialization of variable attribute values
399        AttrName=ProjData.ListVarAttribute{iattr};
400        eval(['ProjData.' AttrName '={};'])
401    end;
402end
403
404%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
405testfalse=0;
406ListIndex={};
407% DimVarIndex=0;%initilise list of indices for dimension variables
408idimvar=0;
409[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
410if ~isempty(errormsg)
411    errormsg=['error in proj_field/proj_patch:' errormsg];
412    return
413end
414
415%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
416dimcounter=0;
417for icell=1:length(CellVarIndex)
418    testX=0;
419    testY=0;
420    test_Amat=0;
421    testfalse=0;
422    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
423    VarType=VarTypeCell{icell};
424  %  DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
425    if NbDim(icell)~=2% proj_patch acts only on fields of space dimension 2
426        continue
427    end
428    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);
429    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);
430    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));%default
431    testproj(VarType.scalar)=1;
432    testproj(VarType.vector_x)=1;
433    testproj(VarType.vector_y)=1;
434    testproj(VarType.vector_z)=1;
435    testproj(VarType.image)=1;
436    testproj(VarType.color)=1;
437    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
438    if testX %case of unstructured coordinates
439         eval(['nbpoint=numel(FieldData.' FieldData.ListVarName{VarIndex(1)} ');'])
440         for ivar=[VarIndex VarType.coord_x VarType.coord_y VarType.errorflag]
441               VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
442            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',nbpoint,1);'])
443         end
444         XName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
445         YName=FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
446         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
447         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
448    end
449    if testfalse
450        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
451        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
452    end
453    % image or 2D matrix
454    if numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
455        test_Amat=1;%image or 2D matrix
456        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
457        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
458        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])% x coordinate
459        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])% y coordinate
460        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
461        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
462        testcolor=find(numel(DimValue)==3);
463%                     errormsg='multicomponent field not projected';
464
465        for idim=1:length(DimValue)       
466            Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
467            DCoord_min(idim)=1;%default
468            Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)];
469            test_direct(idim)=1;
470        end
471        AX=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(2),DimValue(2));
472        AY=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(2),DimValue(1));  %TODO : 3D case
473        if length(DimValue)==3
474            testcolor=1;
475            npxy(3)=3;
476        else
477            testcolor=0;
478            npxy(3)=1;
479        end
480        [Xi,Yi]=meshgrid(AX,AY);
481        npxy(1)=length(AY);
482        npxy(2)=length(AX);
483        Xi=reshape(Xi,npxy(1)*npxy(2),1);
484        Yi=reshape(Yi,npxy(1)*npxy(2),1);
485        for ivar=1:length(VarIndex)
486            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(ivar)};
487            eval(['FieldData.' VarName '=reshape(FieldData.' VarName ',npxy(1)*npxy(2),npxy(3));']); % keep only non false vectors
488        end
489    end
490%select the indices in the range of action
491    testin=[];%default
492    if isequal(ObjectData.Style,'rectangle')
493%            if ~isfield(ObjectData,'RangeX')|~isfield(ObjectData,'RangeY')
494%                 errormsg='rectangle half sides RangeX and RangeY needed'
495%                 return
496%            end
497       if testX
498            distX=abs(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
499            distY=abs(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
500            testin=distX<widthx & distY<widthy;
501       elseif test_Amat
502           distX=abs(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
503           distY=abs(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
504           testin=distX<widthx & distY<widthy;
505       end
506    elseif isequal(ObjectData.Style,'polygon')
507        if testX
508            testin=inpolygon(coord_x,coord_y,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
509        elseif test_Amat
510           testin=inpolygon(Xi,Yi,ObjectData.Coord(:,1),ObjectData.Coord(:,2));
511       else%calculate the scalar
512           testin=[]; %A REVOIR
513       end
514    elseif isequal(ObjectData.Style,'ellipse')
515       X2Max=widthx*widthx;
516       Y2Max=(widthy)*(widthy);
517       if testX
518            distX=(coord_x-ObjectData.Coord(1,1));
519            distY=(coord_y-ObjectData.Coord(1,2));
520            testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
521       elseif test_Amat %case of usual 2x2 matrix
522           distX=(Xi-ObjectData.Coord(1,1));
523           distY=(Yi-ObjectData.Coord(1,2));
524           testin=(distX.*distX/X2Max+distY.*distY/Y2Max)<1;
525       end
526    end
527    %selected indices
528    if isequal(ObjectData.ProjMode,'outside')
529            testin=~testin;
530    end
531    if testfalse
532        testin=testin & (errorflag==0); % keep only non false vectors         
533    end
534    indsel=find(testin);
535    for ivar=VarIndex
536        if testproj(ivar)
537            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
538            eval(['ProjData.' VarName 'Mean=mean(mean(double(FieldData.' VarName '(indsel,:))));']); % keep only non false vectors
539            eval(['[ProjData.' VarName 'Histo,ProjData.' VarName ']=hist(double(FieldData.' VarName '(indsel,:)),100);']); % keep only non false vectors
540            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName} {[VarName 'Histo']} {[VarName 'Mean']}];
541            if test_Amat && testcolor
542                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName  {VarName} {{VarName,'rgb'}} {'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
543            else
544               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName} {'nbpoint'}];
545            end
546        end
547    end
548%     if test_Amat & testcolor
549%        %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {'rgb'}];
550%       % ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue 3];
551%       % ProjData.VarDimIndex={[1 2]};
552%        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {VarName} {VarName,'rgb'}];%{{'nb_point','rgb'}};
553%        ProjData.VarDimName
554%     end
555end
556
557
558
559%-----------------------------------------------------------------
560%project on a line
561% AJOUTER flux,circul,error
562function  [ProjData,errormsg] = proj_line(FieldData, ObjectData)
563%-----------------------------------------------------------------
564ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);%transfer global attributes
565ProjData.NbDim=1;
566
567%initialisation of the input parameters and defaultoutput
568ProjMode='projection';%direct projection on the line by default
569if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
570ProjAngle=90; %90 degrees projection by default
571if isfield(FieldData,'ProjAngle'),ProjAngle=ObjectData.ProjAngle; end;
572width=0;%default width of the projection band
573if isfield(ObjectData,'Range')&size(ObjectData.Range,2)>=2
574    width=abs(ObjectData.Range(1,2));
575end
576if isfield(ObjectData,'RangeY')
577    width=max(ObjectData.RangeY);
578end
579
580% default output
581errormsg=[];%default
582Xline=[];
583flux=0;
584circul=0;
585liny=ObjectData.Coord(:,2);
586siz_line=size(ObjectData.Coord);
587if siz_line(1)<2
588    return% line needs at least 2 points to be defined
589end
590testfalse=0;
591ListIndex={};
592
593%angles of the polyline and boundaries of action
594dlinx=diff(ObjectData.Coord(:,1));
595dliny=diff(ObjectData.Coord(:,2));
596theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of each segment
597theta(siz_line(1))=theta(siz_line(1)-1);
598% determine a rectangles at +-width from the line (only used for the ProjMode='projection or 'filter')
599if isequal(ProjMode,'projection') || isequal(ProjMode,'filter')
600    xsup(1)=ObjectData.Coord(1,1)-width*sin(theta(1));
601    xinf(1)=ObjectData.Coord(1,1)+width*sin(theta(1));
602    ysup(1)=ObjectData.Coord(1,2)+width*cos(theta(1));
603    yinf(1)=ObjectData.Coord(1,2)-width*cos(theta(1));
604    for ip=2:siz_line(1)
605        xsup(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)-width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
606        xinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,1)+width*sin((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
607        ysup(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)+width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
608        yinf(ip)=ObjectData.Coord(ip,2)-width*cos((theta(ip)+theta(ip-1))/2)/cos((theta(ip-1)-theta(ip))/2);
609    end
610end
611
612%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
613[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
614if ~isempty(errormsg)
615    errormsg=['error in proj_field/proj_line:' errormsg];
616    return
617end
618
619% loop on variable cells with the same space dimension
620ProjData.ListVarName={};
621ProjData.VarDimName={};
622for icell=1:length(CellVarIndex)
623    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
624    VarType=VarTypeCell{icell}; %types of variables
625    if NbDim(icell)~=2% proj_line acts only on fields of space dimension 2, TODO: check 3D case
626        continue
627    end
628    testX=~isempty(VarType.coord_x) && ~isempty(VarType.coord_y);% test for unstructured coordinates
629    testU=~isempty(VarType.vector_x) && ~isempty(VarType.vector_y);% test for vectors
630    testfalse=~isempty(VarType.errorflag);% test for error flag
631    testproj(VarIndex)=zeros(size(VarIndex));% test =1 for simply projected variables, default =0
632                                             %=0 for vector components, treated separately
633    testproj(VarType.scalar)=1;
634    testproj(VarType.image)=1;
635    testproj(VarType.color)=1;
636    VarIndex=VarIndex(find(testproj(VarIndex)));%select only the projected variables
637    if testU
638         VarIndex=[VarIndex VarType.vector_x VarType.vector_y];%append u and v at the end of the list of variables
639    end
640    %identify vector components   
641    if testU
642        UName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_x};
643        VName=FieldData.ListVarName{VarType.vector_y};
644        eval(['vector_x=FieldData.' UName ';'])
645        eval(['vector_y=FieldData.' VName ';'])
646    end 
647    %identify error flag
648    if testfalse
649        FFName=FieldData.ListVarName{VarType.errorflag};
650        eval(['errorflag=FieldData.' FFName ';'])
651    end   
652    % check needed object properties for unstructured positions (position given by the variables with role coord_x, coord_y
653    if testX
654        if  ~isequal(ProjMode,'interp')
655            if width==0
656                errormsg='range of the projection object is missing';
657                return     
658            else
659                lambda=2/(width*width); %smoothing factor used for filter: weight exp(-2) at distance width from the line
660            end
661        end
662        if ~isequal(ProjMode,'projection')
663            if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
664                DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points along the line
665            else
666                errormsg='DX missing';
667                return
668            end
669        end
670        XName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_x};
671        YName= FieldData.ListVarName{VarType.coord_y};
672        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])   
673        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
674    end   
675    %initiate projection
676    for ivar=1:length(VarIndex)
677        ProjLine{ivar}=[];
678    end
679    XLine=[];
680    linelengthtot=0;
681
682%         circul=0;
683%         flux=0;
684  %%%%%%%  % A FAIRE CALCULER MEAN DES QUANTITES    %%%%%%
685   %case of unstructured coordinates
686    if testX   
687        for ip=1:siz_line(1)-1     %Loop on the segments of the polyline
688            linelength=sqrt(dlinx(ip)*dlinx(ip)+dliny(ip)*dliny(ip)); 
689            %select the vector indices in the range of action
690            if testfalse
691                flagsel=(errorflag==0); % keep only non false vectors
692            else
693                flagsel=ones(size(coord_x));
694            end
695            if isequal(ProjMode,'projection') | isequal(ProjMode,'filter')
696                flagsel=flagsel & ((coord_y -yinf(ip))*(xinf(ip+1)-xinf(ip))>(coord_x-xinf(ip))*(yinf(ip+1)-yinf(ip))) ...
697                & ((coord_y -ysup(ip))*(xsup(ip+1)-xsup(ip))<(coord_x-xsup(ip))*(ysup(ip+1)-ysup(ip))) ...
698                & ((coord_y -yinf(ip+1))*(xsup(ip+1)-xinf(ip+1))>(coord_x-xinf(ip+1))*(ysup(ip+1)-yinf(ip+1))) ...
699                & ((coord_y -yinf(ip))*(xsup(ip)-xinf(ip))<(coord_x-xinf(ip))*(ysup(ip)-yinf(ip)));
700            end
701            indsel=find(flagsel);%indsel =indices of good vectors
702            X_sel=coord_x(indsel);
703            Y_sel=coord_y(indsel);
704            nbvar=0;
705            for iselect=1:numel(VarIndex)-2*testU
706                VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
707                eval(['ProjVar{iselect}=FieldData.' VarName '(indsel);']);%scalar value
708            end   
709            if testU
710                ProjVar{numel(VarIndex)-1}=cos(theta(ip))*vector_x(indsel)+sin(theta(ip))*vector_y(indsel);% longitudinal component
711                ProjVar{numel(VarIndex)}=-sin(theta(ip))*vector_x(indsel)+cos(theta(ip))*vector_y(indsel);%transverse component         
712            end
713            if isequal(ProjMode,'projection')
714                sintheta=sin(theta(ip));
715                costheta=cos(theta(ip));
716                Xproj=(X_sel-ObjectData.Coord(ip,1))*costheta + (Y_sel-ObjectData.Coord(ip,2))*sintheta; %projection on the line
717                [Xproj,indsort]=sort(Xproj);
718                for ivar=1:numel(ProjVar)
719                    if ~isempty(ProjVar{ivar})
720                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}(indsort);
721                     end
722                end
723            elseif isequal(ProjMode,'interp') %linear interpolation:
724                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
725                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
726                xreg=cos(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,1);
727                yreg=sin(theta(ip))*Xproj+ObjectData.Coord(ip,2);
728                for ivar=1:numel(ProjVar)
729                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
730                        ProjVar{ivar}=griddata_uvmat(X_sel,Y_sel,ProjVar{ivar},xreg,yreg);
731                     end
732                end
733            elseif isequal(ProjMode,'filter') %filtering
734                npoint=floor(linelength/DX)+1;% nbre of points in the profile (interval DX)
735                Xproj=[linelength/(2*npoint):linelength/npoint:linelength-linelength/(2*npoint)];
736                siz=size(X_sel);
737                xregij=cos(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,1);
738                yregij=sin(theta(ip))*Xproj'*ones(1,siz(2))+ObjectData.Coord(ip,2);
739                xij=ones(npoint,1)*X_sel;
740                yij=ones(npoint,1)*Y_sel;
741                Aij=exp(-lambda*((xij-xregij).*(xij-xregij)+(yij-yregij).*(yij-yregij)));
742                norm=ones(1,siz(2))*Aij';
743                for ivar=1:numel(ProjVar)
744                     if ~isempty(ProjVar{ivar})
745                        ProjVar{ivar}=ProjVar{ivar}*Aij'./norm;
746                     end
747                end             
748            end
749            %prolongate the total record
750            for ivar=1:numel(ProjVar)
751                  if ~isempty(ProjVar{ivar})
752                     ProjLine{ivar}=[ProjLine{ivar}; ProjVar{ivar}];
753                  end
754            end
755            XLine=[XLine ;(Xproj+linelengthtot)];%along line abscissa
756            linelengthtot=linelengthtot+linelength;
757            %     circul=circul+(sum(U_sel))*linelength/npoint;
758            %     flux=flux+(sum(V_sel))*linelength/npoint;
759        end
760        ProjData.X=XLine';
761        cur_index=1;
762        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {XName}];
763        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
764        ProjData.VarAttribute{1}.long_name='abscissa along line';
765        for iselect=1:numel(VarIndex)
766            VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(iselect)};
767            eval(['ProjData.' VarName '=ProjLine{iselect};'])
768            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
769            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {XName}];
770            ProjData.VarAttribute{iselect}=FieldData.VarAttribute{VarIndex(iselect)};
771        end
772   
773    %case of structured coordinates
774    elseif  numel(VarType.coord)>=2 & VarType.coord(1:2) > 0;
775        if ~isequal(ObjectData.Style,'line')% exclude polyline
776            errormsg=['no  projection available on ' ObjectData.Style 'for structured coordinates']; %
777        else
778            test_Amat=1;%image or 2D matrix
779            test_interp2=0;%default
780%             if ~isempty(VarType.coord_y) 
781            AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
782            AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
783            eval(['AX=FieldData.' AXName ';']);% set of x positions
784            eval(['AY=FieldData.' AYName ';']);% set of y positions 
785            AName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
786            eval(['A=FieldData.' AName ';']);% scalar
787            npxy=size(A);
788            npx=npxy(2);
789            npy=npxy(1);
790            if numel(AX)==2
791                DX=(AX(2)-AX(1))/(npx-1);
792            else
793                DX_vec=diff(AX);
794                DX=max(DX_vec);
795                DX_min=min(DX_vec);
796                if (DX-DX_min)>0.0001*abs(DX)
797                    test_interp2=1;
798                    DX=DX_min;
799                end   
800            end
801            if numel(AY)==2
802                DY=(AY(2)-AY(1))/(npy-1);
803            else
804                DY_vec=diff(AY);
805                DY=max(DY_vec);
806                DY_min=min(DY_vec);
807                if (DY-DY_min)>0.0001*abs(DY)
808                   test_interp2=1;
809                    DY=DY_min;
810                end     
811            end             
812            AXI=linspace(AX(1),AX(end), npx);%set of  x  positions for the interpolated input data
813            AYI=linspace(AY(1),AY(end), npy);%set of  x  positions for the interpolated input data
814            if isfield(ObjectData,'DX')
815                DXY_line=ObjectData.DX;%mesh on the projection line
816            else
817                DXY_line=sqrt(abs(DX*DY));% mesh on the projection line
818            end
819            dlinx=ObjectData.Coord(2,1)-ObjectData.Coord(1,1);
820            dliny=ObjectData.Coord(2,2)-ObjectData.Coord(1,2);
821            linelength=sqrt(dlinx*dlinx+dliny*dliny);
822            theta=angle(dlinx+i*dliny);%angle of the line   
823            if isfield(FieldData,'RangeX')
824                XMin=min(FieldData.RangeX);%shift of the origin on the line
825            else
826                XMin=0;
827            end
828            eval(['ProjData.' AXName '=linspace(XMin,XMin+linelength,linelength/DXY_line+1);'])%abscissa of the new pixels along the line
829            y=linspace(-width,width,2*width/DXY_line+1);%ordintes of the new pixels (coordinate across the line)
830            eval(['npX=length(ProjData.' AXName ');'])
831            npY=length(y); %TODO: utiliser proj_grid
832            eval(['[X,Y]=meshgrid(ProjData.' AXName ',y);'])%grid in the line coordinates
833            XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X-XMin)*cos(theta)-Y*sin(theta);
834            YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X-XMin)*sin(theta)+Y*cos(theta);
835            XIMA=(XIMA-AX(1))/DX+1;%  index of the original image along x
836            YIMA=(YIMA-AY(1))/DY+1;% index of the original image along y
837            XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
838            YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
839            flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
840            ind_in=find(flagin);
841            ind_out=find(~flagin);
842            ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
843            ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
844            nbcolor=1; %color images
845            if numel(npxy)==2
846                nbcolor=1;
847            elseif length(npxy)==3
848                nbcolor=npxy(3);
849            else
850                errormsg='multicomponent field not projected';
851                display(errormsg)
852                return
853            end
854            nbvar=length(ProjData.ListVarName);% number of var from previous cells
855            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {AXName}];
856            ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];
857            for ivar=VarIndex
858                VarName{ivar}=FieldData.ListVarName{ivar};
859                if test_interp2% interpolate on new grid
860                    eval(['FieldData.' VarName{ivar} '=interp2(FieldData.' AXName ',FieldData.' AYName ',FieldData.' VarName{ivar} ',AXI,AYI'');']) %TO TEST
861                end
862                eval(['vec_A=reshape(squeeze(FieldData.' VarName{ivar} '),npx*npy,nbcolor);']) %put the original image in colum
863                if nbcolor==1
864                    vec_B(ind_in)=vec_A(ICOMB);
865                    vec_B(ind_out)=zeros(size(ind_out));
866                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX);
867                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=((sum(A_out,1)/npY))'';']);
868                elseif nbcolor==3
869                    vec_B(ind_in,[1:3])=vec_A(ICOMB,:);
870                    vec_B(ind_out,1)=zeros(size(ind_out));
871                    vec_B(ind_out,2)=zeros(size(ind_out));
872                    vec_B(ind_out,3)=zeros(size(ind_out));
873                    A_out=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);
874                    eval(['ProjData.' VarName{ivar} '=squeeze(sum(A_out,1)/npY);']);
875                end 
876                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName{ivar} ];
877                ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {AXName}];%to generalize with the initial name of the x coordinate
878            end
879            if testU
880                 eval(['vector_x =ProjData.' VarName{VarType.vector_x} ';'])
881                 eval(['vector_y =ProjData.' VarName{VarType.vector_y} ';'])
882                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_x} '=cos(theta)*vector_x+sin(theta)*vector_y;'])
883                 eval(['ProjData.' VarName{VarType.vector_y} '=-sin(theta)*vector_x+cos(theta)*vector_y;'])
884            end
885            ProjData.VarAttribute{nbvar+1}.long_name='abscissa along line';
886            if nbcolor==3
887                ProjData.VarDimName{end}={AXName,'rgb'};
888            end
889        end     
890    end
891end
892
893% %shotarter case for horizontal or vertical line (A FAIRE
894% %     Rangx=[0.5 npx-0.5];%image coordiantes of corners
895% %     Rangy=[npy-0.5 0.5];
896% %     if isfield(Calib,'Pxcmx')&isfield(Calib,'Pxcmy')%old calib
897% %         Rangx=Rangx/Calib.Pxcmx;
898% %         Rangy=Rangy/Calib.Pxcmy;
899% %     else
900% %         [Rangx]=phys_XYZ(Calib,Rangx,[0.5 0.5],[0 0]);%case of translations without rotation and quadratic deformation
901% %         [xx,Rangy]=phys_XYZ(Calib,[0.5 0.5],Rangy,[0 0]);
902% %     end
903%
904% %     test_scal=0;%default% 3- 'UserData':(get(handles.Tag,'UserData')
905
906
907%-----------------------------------------------------------------
908%project on a plane
909% AJOUTER flux,circul,error
910 function  [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData, ObjectData)
911%-----------------------------------------------------------------
912
913%initialisation of the input parameters of the projection plane
914%-----------------------------------------------------------------
915ProjMode='projection';%direct projection by default
916if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
917
918%axis origin
919if isempty(ObjectData.Coord)
920    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
921    ObjectData.Coord(1,2)=0;
922    ObjectData.Coord(1,3)=0;
923end
924
925%rotation angles
926Phi=0;%default
927Theta=0;
928Psi=0;
929if isfield(ObjectData,'Phi')&& ~isempty(ObjectData.Phi)
930    Phi=(pi/180)*ObjectData.Phi;%first Euler angle in radian
931end
932if isfield(ObjectData,'Theta')&& ~isempty(ObjectData.Theta)
933    Theta=(pi/180)*ObjectData.Theta;%second Euler angle in radian
934end
935if isfield(ObjectData,'Psi')&& ~isempty(ObjectData.Psi)
936    Psi=(pi/180)*ObjectData.Psi;%third Euler angle in radian
937end
938
939%components of the unity vector normal to the projection plane
940NormVec_X=-sin(Phi)*sin(Theta);
941NormVec_Y=cos(Phi)*sin(Theta);
942NormVec_Z=cos(Theta);
943
944% test for 3D fields
945test3D=0;
946if isfield(FieldData,'NbDim')
947    test3D=isequal(FieldData.NbDim,3);
948end
949test3C=test3D; %default 3 vel components
950
951%mesh sizes DX and DY
952DX=0;
953DY=0; %default
954if isfield(ObjectData,'DX')&~isempty(ObjectData.DX)
955     DX=abs(ObjectData.DX);%mesh of interpolation points
956end
957if isfield(ObjectData,'DY')&~isempty(ObjectData.DY)
958     DY=abs(ObjectData.DY);%mesh of interpolation points
959end
960if  ~isequal(ProjMode,'projection') & (DX==0|DY==0)
961        errormsg='DX or DY missing';
962        display(errormsg)
963        return
964end
965
966%extrema along each axis
967testXMin=0;
968testXMax=0;
969testYMin=0;
970testYMax=0;
971if isfield(ObjectData,'RangeX')
972        XMin=min(ObjectData.RangeX);
973        XMax=max(ObjectData.RangeX);
974        testXMin=XMax>XMin;
975        testXMax=1;
976end
977if isfield(ObjectData,'RangeY')
978        YMin=min(ObjectData.RangeY);
979        YMax=max(ObjectData.RangeY);
980        testYMin=YMax>YMin;
981        testYMax=1;
982end
983width=0;%default width of the projection band
984if isfield(ObjectData,'RangeZ')
985        width=max(ObjectData.RangeZ);
986end
987
988% initiate Matlab  structure for physical field
989ProjData=proj_heading(FieldData,ObjectData);
990ProjData.NbDim=2;
991ProjData.ListDimName={};%name of dimension
992ProjData.DimValue=[];%values of dimension (nbre of vectors)
993ProjData.ListVarName={};
994ProjData.VarDimName={};
995
996error=0;%default
997flux=0;
998testfalse=0;
999ListIndex={};
1000
1001%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
1002%group the variables (fields of 'FieldData') in cells of variables with the same dimensions
1003%-----------------------------------------------------------------
1004idimvar=0;
1005[CellVarIndex,NbDim,VarTypeCell,errormsg]=find_field_indices(FieldData);
1006if ~isempty(errormsg)
1007    errormsg=['error in proj_field/proj_plane:' errormsg];
1008    return
1009end
1010%LOOP ON GROUPS OF VARIABLES SHARING THE SAME DIMENSIONS
1011% CellVarIndex=cells of variable index arrays
1012ivar_new=0; % index of the current variable in the projected field
1013icoord=0;
1014nbcoord=0;%number of added coordinate variables brought by projection
1015for icell=1:length(CellVarIndex)
1016    if NbDim(icell)<2
1017        continue
1018    end
1019    VarIndex=CellVarIndex{icell};%  indices of the selected variables in the list FieldData.ListVarName
1020    VarType=VarTypeCell{icell};
1021    ivar_X=VarType.coord_x;
1022    ivar_Y=VarType.coord_y;
1023    ivar_Z=VarType.coord_z;
1024    ivar_U=VarType.vector_x;
1025    ivar_V=VarType.vector_y;
1026    ivar_W=VarType.vector_z;
1027    ivar_C=VarType.scalar ;
1028    ivar_Anc=VarType.ancillary;
1029    test_anc=zeros(size(VarIndex));
1030    test_anc(ivar_Anc)=ones(size(ivar_Anc));
1031    ivar_F=VarType.warnflag;
1032    ivar_FF=VarType.errorflag;
1033    testX=~isempty(ivar_X) && ~isempty(ivar_Y);
1034    %DimIndices=FieldData.VarDimIndex{VarIndex(1)};%indices of the dimensions of the first variable (common to all variables in the cell)
1035    DimCell=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1036    if ischar(DimCell)
1037        DimCell={DimCell};%name of dimensions
1038    end
1039   
1040%case of input fields with unstructured coordinates
1041    if testX
1042        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1043        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
1044        eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
1045        eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
1046        if length(ivar_Z)==1
1047            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
1048            eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
1049        end
1050
1051        % translate  initial coordinates
1052        coord_x=coord_x-ObjectData.Coord(1,1);
1053        coord_y=coord_y-ObjectData.Coord(1,2);
1054        if ~isempty(ivar_Z)
1055            coord_z=coord_z-ObjectData.Coord(1,3);
1056        end
1057       
1058        % selection of the vectors in the projection range (3D case)
1059        if length(ivar_Z)==1 &&  width > 0
1060            %components of the unitiy vector normal to the projection plane
1061            fieldZ=NormVec_X*coord_x + NormVec_Y*coord_y+ NormVec_Z*coord_z;% distance to the plane           
1062            indcut=find(abs(fieldZ) <= width);
1063            for ivar=VarIndex
1064                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1065                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])
1066%                 end     
1067                    % A VOIR : CAS DE VAR STRUCTUREE MAIS PAS GRILLE REGULIERE : INTERPOLER SUR GRILLE REGULIERE             
1068            end
1069            coord_x=coord_x(indcut);
1070            coord_y=coord_y(indcut);
1071            coord_z=coord_z(indcut);
1072        end
1073
1074       %rotate coordinates if needed
1075        if isequal(Phi,0)
1076            coord_X=coord_x;
1077            coord_Y=coord_y;
1078            if ~isequal(Theta,0)
1079                coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
1080            end
1081        else
1082            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
1083            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
1084        end
1085        if ~isempty(ivar_Z)
1086            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
1087        end
1088        if ~isequal(Psi,0)
1089                coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
1090                coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
1091        end
1092       
1093        %restriction to the range of x and y if imposed
1094        testin=ones(size(coord_X)); %default
1095        testbound=0;
1096        if testXMin
1097            testin=testin & (coord_X >= XMin);
1098            testbound=1;
1099        end
1100        if testXMax
1101            testin=testin & (coord_X <= XMax);
1102            testbound=1;
1103        end
1104        if testYMin
1105            testin=testin & (coord_Y >= YMin);
1106            testbound=1;
1107        end
1108        if testYMin
1109            testin=testin & (coord_Y <= YMax);
1110            testbound=1;
1111        end
1112        if testbound
1113            indcut=find(testin);
1114            for ivar=VarIndex
1115                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1116                eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indcut);'])           
1117            end
1118            coord_X=coord_X(indcut);
1119            coord_Y=coord_Y(indcut);
1120            if length(ivar_Z)==1
1121                coord_Z=coord_Z(indcut);
1122            end
1123        end
1124        % different cases of projection
1125        if isequal(ObjectData.ProjMode,'projection')
1126            %ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName
1127            %FieldData.ListDimName(DimIndices(1))];%add the point index to
1128            %the list of dimension
1129            ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName FieldData.VarDimName(VarIndex(1))];%add the point index to the list of dimensions
1130            ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_X)];
1131            nbvar=0;
1132            for ivar=VarIndex %transfer variables to the projection plane
1133                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1134                if ivar==ivar_X %x coordinate
1135                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_X;'])
1136                elseif ivar==ivar_Y % y coordinate
1137                    eval(['ProjData.' VarName '=coord_Y;'])
1138                elseif isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z % other variables (except Z coordinate wyhich is not reproduced)
1139                    eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName ';'])
1140                end
1141                if isempty(ivar_Z) || ivar~=ivar_Z
1142                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1143                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName DimCell];
1144                    nbvar=nbvar+1;
1145                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') & length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1146                        ProjData.VarAttribute{nbvar}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1147                    end
1148                end
1149            end 
1150        elseif isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')%interpolate data on a regular grid
1151            coord_x_proj=[XMin:DX:XMax];
1152            coord_y_proj=[YMin:DY:YMax];
1153            DimCell={'coord_y','coord_x'};
1154            %ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1155            ProjData.ListVarName={'coord_y','coord_x'};
1156            ProjData.VarDimName={'coord_y','coord_x'};   
1157            nbcoord=2;
1158            %ProjData.VarDimIndex={};   
1159            ProjData.coord_y=[YMin YMax];
1160            ProjData.coord_x=[XMin XMax];
1161            if isempty(ivar_X), ivar_X=0; end;
1162            if isempty(ivar_Y), ivar_Y=0; end;
1163            if isempty(ivar_Z), ivar_Z=0; end;
1164            if isempty(ivar_U), ivar_U=0; end;
1165            if isempty(ivar_V), ivar_V=0; end;
1166            if isempty(ivar_W), ivar_W=0; end;
1167            if isempty(ivar_F), ivar_F=0; end;
1168            if isempty(ivar_FF), ivar_FF=0; end;
1169            if ~isequal(ivar_FF,0)
1170                VarName_FF=FieldData.ListVarName{ivar_FF};
1171                eval(['indsel=find(FieldData.' VarName_FF '==0);'])
1172                coord_X=coord_X(indsel);
1173                coord_Y=coord_Y(indsel);
1174            end
1175            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
1176            testFF=0;
1177            for ivar=VarIndex
1178                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1179                if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)                 
1180                    ivar_new=ivar_new+1;
1181                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
1182                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1183                    %ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1184                    if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
1185                        ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1186                    end
1187%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_2=[XMin XMax];
1188%                     ProjData.VarAttribute{ivar_new}.Coord_1=[YMin YMax];
1189                    if  ~isequal(ivar_FF,0)
1190                        eval(['FieldData.' VarName '=FieldData.' VarName '(indsel);'])
1191                    end
1192                    eval(['ProjData.' VarName '=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.' VarName '),coord_x_proj,coord_y_proj'');'])
1193                    eval(['varline=reshape(ProjData.' VarName ',1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));'])
1194                    FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
1195                    indnan=find(FFlag);
1196                    if~isempty(indnan)
1197                        varline(indnan)=zeros(size(indnan));
1198                        eval(['ProjData.' VarName '=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));'])
1199                        FF(indnan)=ones(size(indnan));
1200%                         eval(['ProjData.' VarName '(indnan)=zeros(size(indnan));'])%put NaN to 0
1201%                         FF=FF|FFlag;
1202                        testFF=1;
1203                    end
1204                    if ivar==ivar_U
1205                        ivar_U=ivar_new;
1206                    end
1207                    if ivar==ivar_V
1208                        ivar_V=ivar_new;
1209                    end
1210                    if ivar==ivar_W
1211                        ivar_W=ivar_new;
1212                    end
1213                end
1214            end
1215            if testFF
1216                ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
1217                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
1218              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex {[1 2]}];
1219               ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
1220                ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
1221            end
1222        end
1223%case of fields defined on a structured  grid
1224    else 
1225        AYName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(1)};
1226        AXName=FieldData.ListVarName{VarType.coord(2)};
1227        eval(['AX=FieldData.' AXName ';'])
1228        eval(['AY=FieldData.' AYName ';'])
1229        VarName=FieldData.ListVarName{VarIndex(1)};
1230        eval(['DimValue=size(FieldData.' VarName ');'])
1231       
1232        %ListDimName=FieldData.ListDimName(DimIndices);
1233        ListDimName=FieldData.VarDimName{VarIndex(1)};
1234        ProjData.ListVarName=[{AYName} {AXName} ProjData.ListVarName]; %TODO: check if it already exists in Projdata (several cells)
1235        ProjData.VarDimName=[{AYName} {AXName} ProjData.VarDimName];
1236        nbcolor=1; %default
1237        for idim=1:length(ListDimName)
1238            DimName=ListDimName{idim};
1239            if isequal(DimName,'rgb')|isequal(DimName,'nb_coord')|isequal(DimName,'nb_coord_i')
1240               nbcolor=DimValue(idim);
1241               DimIndices(idim)=[];
1242               DimValue(idim)=[];
1243            end
1244            if isequal(DimName,'nb_coord_j')% NOTE: CASE OF TENSOR NOT TREATED
1245                DimIndices(idim)=[];
1246                DimValue(idim)=[];
1247            end
1248        end 
1249        ind_1=find(DimValue==1);
1250        DimIndices(ind_1)=[]; %suppress singleton dimensions
1251%         indxy=find(DimVarIndex(DimIndices));%select dimension variables (DimIndices non zero)
1252        nb_dim=length(DimIndices);%number of space dimensions
1253        Coord_z=[];
1254        Coord_y=[];
1255        Coord_x=[];   
1256   
1257        for idim=1:nb_dim %loop on space dimensions
1258            test_interp(idim)=0;%test for coordiate interpolation (non regular grid), =0 by default
1259            test_coord(idim)=0;%test for defined coordinates, =0 by default
1260            ivar=DimVarIndex(DimIndices(idim));% index of the variable corresponding to the current dimension
1261            if ~isequal(ivar,0)%  a variable corresponds to the current dimension
1262                eval(['Coord{idim}=FieldData.' FieldData.ListVarName{ivar} ';']) ;% position for the first index
1263                DCoord=diff(Coord{idim});
1264                DCoord_min(idim)=min(DCoord);
1265                DCoord_max=max(DCoord);
1266                test_direct(idim)=DCoord_max>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1267                test_direct_min=DCoord_min(idim)>0;% =1 for increasing values, 0 otherwise
1268                if ~isequal(test_direct(idim),test_direct_min)
1269                     msgbox_uvmat('ERROR',['non monotonic dimension variable # ' num2str(idim)  ' in proj_field.m'])
1270                                return
1271                end               
1272                test_interp(idim)=(DCoord_max-DCoord_min(idim))> 0.0001*abs(DCoord_max);% test grid regularity
1273                test_coord(idim)=1;
1274
1275            else  % no variable associated with the first dimension, look for variable  attributes Coord_1, _2 or _3
1276                Coord_i_str=['Coord_' num2str(idim)];
1277                DCoord_min(idim)=1;%default
1278                Coord{idim}=[0.5 DimValue(idim)-0.5];
1279                test_direct(idim)=1;
1280            end
1281        end
1282        if nb_dim==2
1283            if DY==0
1284                DY=abs(DCoord_min(1));
1285            end
1286            npY=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DY);%nbre of points after interpolation
1287            npy=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/abs(DCoord_min(1)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1288            if DX==0
1289                DX=abs(DCoord_min(2));
1290            end
1291            npX=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DX);%nbre of points after interpol 
1292            npx=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points after possible interpolation on a regular grid
1293            Coord_y=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npY);
1294            test_direct_y=test_direct(1);
1295            Coord_x=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npX);
1296            test_direct_x=test_direct(2);
1297            DAX=DCoord_min(2);
1298            DAY=DCoord_min(1);
1299        elseif nb_dim==3
1300            DZ=abs(DCoord_min(1));
1301            npz=1+round(abs(Coord{1}(end)-Coord{1}(1))/DZ);%nbre of points after interpolation
1302            if DY==0
1303                DY=abs(DCoord_min(2));
1304            end
1305            npY=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/DY);%nbre of points after interpol
1306            npy=1+round(abs(Coord{2}(end)-Coord{2}(1))/abs(DCoord_min(2)));%nbre of points before interpol
1307            if DX==0
1308                DX=abs(DCoord_min(3));
1309            end
1310            npX=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/DX);%nbre of points after interpol
1311            npx=1+round(abs(Coord{3}(end)-Coord{3}(1))/abs(DCoord_min(3)));%nbre of points before interpol
1312            Coord_z=linspace(Coord{1}(1),Coord{1}(end),npz);
1313            test_direct_z=test_direct(1);
1314            Coord_y=linspace(Coord{2}(1),Coord{2}(end),npY);
1315            test_direct_y=test_direct(2);
1316            Coord_x=linspace(Coord{3}(1),Coord{3}(end),npX);
1317            test_direct_x=test_direct(3);
1318        end 
1319        minAX=min(Coord_x);
1320        maxAX=max(Coord_x);
1321        minAY=min(Coord_y);
1322        maxAY=max(Coord_y);
1323        xcorner=[minAX maxAX minAX maxAX]-ObjectData.Coord(1,1);
1324        ycorner=[maxAY maxAY minAY minAY]-ObjectData.Coord(1,2);
1325        xcor_new=xcorner*cos(Phi)+ycorner*sin(Phi);%coord new frame
1326        ycor_new=-xcorner*sin(Phi)+ycorner*cos(Phi);
1327        if ~testXMax
1328            XMax=max(xcor_new);
1329        end
1330        if ~testXMin
1331            XMin=min(xcor_new);
1332        end
1333        if ~testYMax
1334            YMax=max(ycor_new);
1335        end
1336        if ~testYMin
1337            YMin=min(ycor_new);
1338        end
1339        DXinit=(maxAX-minAX)/(npx-1);
1340        DYinit=(maxAY-minAY)/(npy-1);
1341        if DX==0
1342            DX=DXinit;
1343        end
1344        if DY==0
1345            DY=DYinit;
1346        end
1347        npX=floor((XMax-XMin)/DX+1);
1348        npY=floor((YMax-YMin)/DY+1);   
1349        if test_direct_y
1350            coord_y_proj=linspace(YMin,YMax,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1351        else
1352            coord_y_proj=linspace(YMax,YMin,npY);%abscissa of the new pixels along the line
1353        end
1354        if test_direct_x
1355            coord_x_proj=linspace(XMin,XMax,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1356        else
1357            coord_x_proj=linspace(XMax,XMin,npX);%abscissa of the new pixels along the line
1358        end
1359       
1360        % case with no rotation and interpolation
1361        if isequal(ProjMode,'projection') && isequal(Phi,0) && isequal(Theta,0) && isequal(Psi,0)
1362            if test_direct(1)
1363                min_ind1=ceil((YMin-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1364                max_ind1=floor((YMax-Coord{1}(1))/DYinit)+1;
1365                Ybound(1)=Coord{1}(1)+DYinit*(min_ind1-1);
1366                Ybound(2)=Coord{1}(1)+DYinit*(max_ind1-1);
1367            else
1368                min_ind1=ceil((Coord{1}(1)-YMax)/DYinit)+1;
1369                max_ind1=floor((Coord{1}(1)-YMin)/DYinit)+1;
1370                Ybound(2)=Coord{1}(1)-DYinit*(max_ind1-1);
1371                Ybound(1)=Coord{1}(1)-DYinit*(min_ind1-1);
1372            end             
1373            if test_direct(2)==1
1374                min_ind2=ceil((XMin-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1375                max_ind2=floor((XMax-Coord{2}(1))/DXinit)+1;
1376                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1377                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1378            else
1379                min_ind2=ceil((Coord{2}(1)-XMax)/DXinit)+1;
1380                max_ind2=floor((Coord{2}(1)-XMin)/DXinit)+1;
1381                Xbound(2)=Coord{2}(1)+DXinit*(max_ind2-1);
1382                Xbound(1)=Coord{2}(1)+DXinit*(min_ind2-1);
1383            end
1384            min_ind1=max(min_ind1,1);% deals with margin (bound lower than the first index)
1385            min_ind2=max(min_ind2,1);
1386            max_ind1=min(max_ind1,npy);
1387            max_ind2=min(max_ind2,npx);
1388            for ivar=VarIndex
1389                VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1390%                 if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp')||isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1391%                     ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1392%                     ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1393%                 else
1394%                     icoord=icoord+1;
1395%                     ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1396%                     ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1397%                 end
1398                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1399                ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1400                if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1401                    ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1402                end
1403%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=Xbound;
1404%                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=Ybound;
1405                eval(['ProjData.' VarName '=FieldData.' VarName '(min_ind1:max_ind1,min_ind2:max_ind2) ;']);
1406            end         
1407        else
1408        % case with rotation and/or interpolation
1409            if isempty(Coord_z) %2D case
1410                [X,Y]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj);%grid in the new coordinates
1411                XIMA=ObjectData.Coord(1,1)+(X)*cos(Phi)-Y*sin(Phi);%corresponding coordinates in the original image
1412                YIMA=ObjectData.Coord(1,2)+(X)*sin(Phi)+Y*cos(Phi);
1413                XIMA=(XIMA-minAX)/DXinit+1;% image index along x
1414                YIMA=(-YIMA+maxAY)/DYinit+1;% image index along y
1415                XIMA=reshape(round(XIMA),1,npX*npY);%indices reorganized in 'line'
1416                YIMA=reshape(round(YIMA),1,npX*npY);
1417                flagin=XIMA>=1 & XIMA<=npx & YIMA >=1 & YIMA<=npy;%flagin=1 inside the original image
1418                if isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')
1419                    npx_filter=ceil(abs(DX/DAX));
1420                    npy_filter=ceil(abs(DY/DAY));
1421                    Mfilter=ones(npy_filter,npx_filter)/(npx_filter*npy_filter);
1422                    test_filter=1;
1423                else
1424                    test_filter=0;
1425                end
1426                for ivar=VarIndex
1427                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar} ;
1428                    if test_interp(1) | test_interp(2)%interpolate on a regular grid         
1429                          eval(['FieldData.' VarName '=interp2(Coord{2},Coord{1},FieldData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');']) %TO TEST
1430                    end
1431                    %filter the field (image) if option 'filter' is used
1432                    if test_filter 
1433                         Aclass=class(FieldData.A);
1434                         eval(['FieldData.' VarName '=filter2(Mfilter,FieldData.' VarName ',''valid'');'])
1435                         if ~isequal(Aclass,'double')
1436                             eval(['FieldData.' VarName '=' Aclass '(FieldData.' VarName ');'])%revert to integer values
1437                         end
1438                    end
1439                    eval(['vec_A=reshape(FieldData.' VarName ',npx*npy,nbcolor);'])%put the original image in line             
1440                    ind_in=find(flagin);
1441                    ind_out=find(~flagin);
1442                    ICOMB=(XIMA-1)*npy+YIMA;
1443                    ICOMB=ICOMB(flagin);%index corresponding to XIMA and YIMA in the aligned original image vec_A
1444                    vec_B(ind_in,[1:nbcolor])=vec_A(ICOMB,:);
1445                    for icolor=1:nbcolor
1446                        vec_B(ind_out,icolor)=zeros(size(ind_out));
1447                    end
1448                    % TODO: A REVOIR:
1449%                     if isequal(ObjectData.ProjMode,'interp') || isequal(ObjectData.ProjMode,'filter')% coordinates common to all fields
1450%                         ProjData.ListDimName={'coord_y','coord_x'};
1451%                         ProjData.DimValue=[length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1452%                     else
1453%                         icoord=icoord+1;
1454%                         ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName {['coord_y_' num2str(icoord)],['coord_x_' num2str(icoord)]}];
1455%                         ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue length(coord_y_proj) length(coord_x_proj)];
1456%                     end
1457                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];                 
1458                   % ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1459                    if length(FieldData.VarAttribute)>=ivar
1460                        ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
1461                    end
1462                    % A REVOIR:
1463%                     if test_direct(2)==1
1464%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1465%                     else
1466%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1467%                     end
1468%                     if test_direct(1)==1
1469%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1470%                     else
1471%                         ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1472%                     end     
1473                    eval(['ProjData.' VarName '=reshape(vec_B,npY,npX,nbcolor);']);
1474                end
1475                ProjData.FF=reshape(~flagin,npY,npX);%false flag A FAIRE: tenir compte d'un flga antérieur 
1476                ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName 'FF'];
1477              %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-1 nb_dim]];
1478                ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Role='errorflag';
1479            else %3D case
1480                if isequal(Theta,0) & isequal(Phi,0)       
1481                    test_sup=(Coord{1}>=ObjectData.Coord(1,3));
1482                    iz_sup=find(test_sup);
1483                    iz=iz_sup(1);
1484                    if iz>=1 & iz<=npz
1485                        ProjData.ListDimName=[ProjData.ListDimName ListDimName(2:end)];
1486                        ProjData.DimValue=[ProjData.DimValue npY npX];
1487                        for ivar=VarIndex
1488                            VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
1489                            ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName VarName];
1490                          %  ProjData.VarDimIndex=[ProjData.VarDimIndex [nb_dim-2 nb_dim-1]];
1491                            ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}=FieldData.VarAttribute{ivar}; %reproduce the variable attributes
1492                            % A REVOIR
1493%                             if test_direct_x==1
1494%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMin XMax];
1495%                             else
1496%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_2=[XMax XMin];
1497%                             end
1498%                             if test_direct_y==1
1499%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMin YMax];
1500%                             else
1501%                                 ProjData.VarAttribute{length(ProjData.ListVarName)}.Coord_1=[YMax YMin];
1502%                             end     
1503                            eval(['ProjData.' VarName '=squeeze(FieldData.' VarName '(iz,:,:));'])% select the z index iz
1504                            %TODO : do a vertical average for a thick plane
1505                            if test_interp(2) | test_interp(3)
1506                                eval(['ProjData.' VarName '=interp2(Coord{3},Coord{2},ProjData.' VarName ',Coord_x,Coord_y'');'])
1507                            end
1508                        end
1509                    end
1510                else
1511                    errormsg='projection of structured coordinates on oblique plane not yet implemented';
1512                    %TODO: use interp3
1513                    return
1514                end
1515            end
1516        end
1517    end
1518    %projection of  velocity components in the rotated coordinates
1519    if ~isequal(Phi,0) && length(ivar_U)==1
1520        if isempty(ivar_V)
1521            msgbox_uvmat('ERROR','v velocity component missing in proj_field.m')
1522            return
1523        end
1524        UName=FieldData.ListVarName{ivar_U};
1525        VName=FieldData.ListVarName{ivar_V};   
1526        eval(['ProjData.' UName  '=cos(Phi)*ProjData.' UName '+ sin(Phi)*ProjData.' VName ';'])
1527        eval(['ProjData.' VName  '=cos(Theta)*(-sin(Phi)*ProjData.' UName '+ cos(Phi)*ProjData.' VName ');'])
1528        if ~isempty(ivar_W)
1529            WName=FieldData.ListVarName{ivar_W};
1530            eval(['ProjData.' VName '=ProjData.' VName '+ ProjData.' WName '*sin(Theta);'])%
1531            eval(['ProjData.' WName '=NormVec_X*ProjData.' UName '+ NormVec_Y*ProjData.' VName '+ NormVec_Z* ProjData.' WName ';']);
1532        end
1533        if ~isequal(Psi,0)
1534            eval(['ProjData.' UName '=cos(Psi)* ProjData.' UName '- sin(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1535            eval(['ProjData.' VName '=sin(Psi)* ProjData.' UName '+ cos(Psi)*ProjData.' VName ';']);
1536        end
1537    end
1538end
1539
1540%-----------------------------------------------------------------
1541%transmit the global attributes
1542function [ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData)
1543%-----------------------------------------------------------------
1544% ProjData=FieldData;
1545ProjData=[];%default
1546if ~isfield(FieldData,'ListGlobalAttribute')
1547    ProjData.ListGlobalAttribute={};
1548else
1549    ProjData.ListGlobalAttribute=FieldData.ListGlobalAttribute;
1550end
1551if isfield(FieldData,'Txt')
1552    errormsg=FieldData.Txt; %transmit erreur message
1553    return;
1554end
1555for iattr=1:length(ProjData.ListGlobalAttribute)
1556    AttrName=ProjData.ListGlobalAttribute{iattr};
1557    if isfield(FieldData,AttrName)
1558        eval(['ProjData.' AttrName '=FieldData.' AttrName ';']);
1559    end
1560end
1561if isfield(FieldData,'CoordType')
1562    if isfield(ObjectData,'CoordType')&~isequal(FieldData.CoordType,ObjectData.CoordType)
1563        errormsg=[ObjectData.Style ' in ' ObjectData.CoordType ' coordinates, while field in ' FieldData.CoordType ' coordinates'];
1564        return
1565    else
1566         ProjData.CoordType=FieldData.CoordType;
1567    end
1568end
1569
1570ListObject={'Style','ProjMode','RangeX','RangeY','RangeZ','Phi','Theta','Psi','Coord'};
1571for ilist=1:length(ListObject)
1572    if isfield(ObjectData,ListObject{ilist})
1573        eval(['val=ObjectData.' ListObject{ilist} ';'])
1574        if ~isempty(val)
1575            eval(['ProjData.Object' ListObject{ilist} '=val;']);
1576            ProjData.ListGlobalAttribute=[ProjData.ListGlobalAttribute {['Object' ListObject{ilist}]}];
1577        end
1578    end   
1579end
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.