Ignore:
Timestamp:
Nov 18, 2017, 5:55:26 PM (7 years ago)
Author:
sommeria
Message:

mode displacement repaired

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/series/civ_series.m

    r1010 r1020  
    6060    Data.AllowInputSort='off';% allow alphabetic sorting of the list of input file SubDir (options 'off'/'on', 'off' by default)
    6161    Data.WholeIndexRange='off';% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
    62     %     if isfield(Data,'ActionInput') && isfield(Data.ActionInput,'PairIndices')&& strcmp(Data.ActionInput.PairIndices.ListPairMode,'pair j1-j2')
    63     %         Data.Desable_j_index='on';% hide the j index in series (set by the pair choice in civ_input)
    64     %     end
    6562    Data.NbSlice='off'; %nbre of slices ('off' by default)
    6663    Data.VelType='off';% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
    … …  
    7370    Data.OutputFileMode='NbInput_i';% one output file expected per value of i index (used for waitbar)
    7471    Data.CheckOverwriteVisible='on'; % manage the overwrite of existing files (default=1)
    75     if isequal(Data.ActionInput.PairIndices.ListPairMode,'pair j1-j2')
     72    if isfield(Data.ActionInput,'PairIndices') && strcmp(Data.ActionInput.PairIndices.ListPairMode,'pair j1-j2')
    7673        if isfield(Data.ActionInput.PairIndices,'ListPairCiv2')
    7774            str_civ=Data.ActionInput.PairIndices.ListPairCiv2;
    … …  
    133130            iview_A=2;% the second line is used for the input images of Civ2
    134131        end
    135         if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'shift')
    136             iview_B=iview_A+1; % the second image series is on the next line of the input table
    137         end
     132%         if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'shift')
     133%             iview_B=iview_A+1; % the second image series is on the next line of the input table
     134%         end
    138135        if iview_A~=0
    139136            RootPath_A=Param.InputTable{iview_A,1};
    … …  
    180177            case 'displacement'
    181178                i1_series_Civ1=Param.ActionInput.OriginIndex*ones(size(i1_series{1}));
    182                 i2_series_Civ1=i1_series{1};i2_series_Civ2=i1_series{1};
    183                 j1_series_Civ1=ones(size(i1_series{1}));% first j index is 1
    184                 if isempty(j1_series_Civ1)
    185                     j2_series_Civ1=ones(size(i1_series{1}));
     179                i1_series_Civ2=i1_series_Civ1;
     180                i2_series_Civ1=i1_series{1};
     181                i2_series_Civ2=i1_series{1};
     182                j1_series_Civ1=[];% no j index variation for the ref image
     183                j1_series_Civ2=[];
     184                if isempty(j1_series{1})
     185                    j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
    186186                else
    187                     j2_series_Civ1=j1_series_Civ1;
    188                 end
    189                 i1_series_Civ2=i1_series_Civ1;
    190                 j1_series_Civ2=j1_series_Civ1;
     187                    j2_series_Civ1=j1_series{1};% if j index exist 
     188                end
    191189                j2_series_Civ2=j2_series_Civ1;
    192                 NomTypeNc=Param.InputTable{1,4};
     190                NomTypeNc='_1';
    193191            case 'PIV volume'
    194192                % TODO, TODO
    195193        end
    196         if isempty(j1_series_Civ1)
     194        %determine frame indices for input with movie or other multiframe input file
     195        if isempty(j1_series_Civ1)% simple movie with index i
    197196            FrameIndex_A_Civ1=i1_series_Civ1;
    198197            FrameIndex_B_Civ1=i2_series_Civ1;
    199198            j1_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
     199            if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    200200            j2_series_Civ1=ones(size(i1_series_Civ1));
    201         else
     201            end
     202        else % movie for each burst or volume (index j)
    202203            FrameIndex_A_Civ1=j1_series_Civ1;
    203204            FrameIndex_B_Civ1=j2_series_Civ1;
    … …  
    211212                FrameIndex_B_Civ2=i2_series_Civ2;
    212213                j1_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
     214                if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    213215                j2_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
     216                end
    214217            else
    215218                FrameIndex_A_Civ2=j1_series_Civ2;
    … …  
    227230            NbField=numel(i1_series_Civ1);
    228231        elseif Param.ActionInput.CheckCiv2 % Civ2 is performed without Civ1
    229 
    230232            NbField=numel(i1_series_Civ2);
    231233        else
    … …  
    233235        end
    234236
    235    
    236    
    237237    %% Output directory
    238238    OutputDir='';
    … …  
    257257        if isfield(XmlData,'Time')
    258258            Time=XmlData.Time;
    259             TimeSource='xml';
    260259        end
    261260        if isfield(XmlData,'Camera')
    … …  
    271270        end
    272271    end
    273    
    274 
    275272end
    276273
    … …  
    342339            disp('civ1 started')
    343340        end
    344         par_civ1=Param.ActionInput.Civ1;
     341        par_civ1=Param.ActionInput.Civ1;% parameters for civ1
    345342        if CheckInputFile % read input images (except in mode Test where it is introduced directly in Param.ActionInput.Civ1.ImageNameA and B)
    346343            try
     344                if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     345                    ImageName_A=Param.ActionInput.RefFile;
     346                else
    347347                ImageName_A=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_series_Civ1(ifield),[],j1_series_Civ1(ifield));
     348                end
    348349                if strcmp(FileExt_A,'.nc')% case of input images in format netcdf
    349350                    FieldName_A=Param.InputFields.FieldName;
    … …  
    351352                    par_civ1.ImageA=DataIn.(FieldName_A);
    352353                else % usual image formats for image A
    353                     if isempty(FileType_A)
     354                    if isempty(FileType_A)% open the image object if not already done in case of movie input
    354355                        [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
    355356                        FileType_A=FileInfo_A.FileType;
    … …  
    357358                            Time=zeros(FileInfo_A.NumberOfFrames+1,2);
    358359                            Time(:,2)=(0:1/FileInfo_A.FrameRate:(FileInfo_A.NumberOfFrames)/FileInfo_A.FrameRate)';
    359                             TimeSource='video';
    360                             ColorType='truecolor';
    361360                        end
    362361                        if ~isempty(FileType_A) && isempty(Time)% Time = index i +0.001 index j by default
    … …  
    596595            par_civ2.ImageA=[];
    597596            par_civ2.ImageB=[];
    598             %             i1_civ2=i1_series_Civ2(ifield);
    599             %             i2_civ2=i1_civ2;
    600             %             if ~isempty(i2_series_Civ2)
    601             %                 i2_civ2=i2_series_Civ2(ifield);
    602             %             end
    603             %             j1_civ2=1;
    604             %             if ~isempty(j1_series_Civ2)
    605             %                 j1_civ2=j1_series_Civ2(ifield);
    606             %             end
    607             %             j2_civ2=i1_civ2;
    608             %             if ~isempty(j2_series_Civ2)
    609             %                 j2_civ2=j2_series_Civ2(ifield);
    610             %             end
     597            if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'displacement')
     598                    ImageName_A_Civ2=Param.ActionInput.RefFile;
     599                else
    611600            ImageName_A_Civ2=fullfile_uvmat(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A,NomType_A,i1_civ2,[],j1_civ2);
    612            
     601            end
    613602            if strcmp(ImageName_A_Civ2,ImageName_A) && isequal(FrameIndex_A_Civ1(ifield),FrameIndex_A_Civ2(ifield))
    614603                par_civ2.ImageA=par_civ1.ImageA;
    … …  
    622611                [par_civ2.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B_Civ2,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(ifield));
    623612            end
    624             %             if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    625             %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1,i2,j1,j2);
    626             %             else % displacement
    627             %                 ncfile_out=fullfile_uvmat(RootPath_A,OutputDir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2,[],j2);
    628             %             end
    629613            par_civ2.ImageWidth=FileInfo_A.Width;
    630614            par_civ2.ImageHeight=FileInfo_A.Height;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.