Changeset 1104 for trunk


Ignore:
Timestamp:
Jul 14, 2021, 1:27:31 PM (12 months ago)
Author:
sommeria
Message:

replicate repaired

Location:
trunk/src
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/export_fct/quiver_col_eletta.m

    r1102 r1104  
    1 %'quiver_col_eletta': plot vector fields and save figures for project Coriolis/2019/TUBE
     1%'export_mat': plot vector fields and save figures for project Coriolis/2019/TUBE
    22%------------------------------------------------------------------------
    33
     
    66
    77
    8 function quiver_col_eletta(handles)
     8function export_mat(handles)
    99%------------------------------------------------------------------------
    1010
  • trunk/src/series.m

    r1100 r1104  
    16331633        for iexp=1:numel(ListExp)
    16341634            if ~isempty(regexp(ListExp{iexp},'^\+/'))% if it is a folder
    1635                 if strcmp(get(BrowseData.DataSeries,'enable'),'off') %case of a multiple input line for series
    1636                     NbExp=NbExp+1;
    1637                     ExpIndex{NbExp}=iexp;
    1638                     for idevice=1:numel(ListDevices)
    1639                         lpath= fullfile(SourceDir,regexprep(ListExp{iexp},'^\+/',''),...
    1640                             regexprep(ListDevices{idevice},'^\+/',''));
    1641                         lpathout=fullfile(OutputPath,regexprep(ListExp{iexp},'^\+/',''),...
    1642                             regexprep(ListDevices{idevice},'^\+/',''));
    1643                         ldir=regexprep(ListDataSeries{idevice},'^\+/','');
    1644                         ListPath{idevice,NbExp}=lpath;
    1645                         ListPathOut{idevice,NbExp}=lpathout;
    1646                         ListSubdir{idevice,NbExp}=ldir;
    1647                     end
    1648                 else
     1635               %if strcmp(get(BrowseData.DataSeries,'enable'),'off') %case of a multiple input line for series
     1636%                     NbExp=NbExp+1;
     1637%                     ExpIndex{NbExp}=iexp;
     1638%                     for idevice=1:numel(ListDevices)
     1639%                         lpath= fullfile(SourceDir,regexprep(ListExp{iexp},'^\+/',''),...
     1640%                             regexprep(ListDevices{idevice},'^\+/',''));
     1641%                         lpathout=fullfile(OutputPath,regexprep(ListExp{iexp},'^\+/',''),...
     1642%                             regexprep(ListDevices{idevice},'^\+/',''));
     1643%                         ldir=regexprep(ListDataSeries{idevice},'^\+/','');
     1644%                         ListPath{idevice,NbExp}=lpath;
     1645%                         ListPathOut{idevice,NbExp}=lpathout;
     1646%                         ListSubdir{idevice,NbExp}=ldir;
     1647%                     end
     1648                %else
    16491649                    for idevice=1:numel(ListDevices)
    16501650                        if ~isempty(regexp(ListDevices{idevice},'^\+/'))% if it is a folder
     
    16581658                                    if exist(fullfile(lpath,ldir),'dir')
    16591659                                        NbExp=NbExp+1;
    1660                                         ExpIndex{NbExp}=iexp;
     1660                                        ExpIndex(NbExp)=ExpIndices(iexp);
     1661                                        DeviceIndex(NbExp)=DeviceIndices(idevice);
    16611662                                        ListPath{NbExp}=lpath;
    16621663                                        ListPathOut{NbExp}=lpathout;
     1664                                        ListDeviceOut{NbExp}=regexprep(ListDevices{idevice},'^\+/','');
     1665                                        ListExpOut{NbExp}=regexprep(ListExp{iexp},'^\+/','');
    16631666                                        ListSubdir{NbExp}=ldir;
    16641667                                    end
     
    16671670                        end
    16681671                    end
    1669                 end
     1672%                 end
    16701673            end
    16711674        end
     
    16851688            return
    16861689        end
    1687         set(BrowseData.ListExperiments,'Value',ExpIndex{iexp})
     1690        set(BrowseData.ListExperiments,'Value',ExpIndex(iexp))
     1691        set(BrowseData.ListDevices,'Value',DeviceIndex(iexp))
    16881692        Param.InputTable(:,1)=ListPath(:,iexp);
    16891693        Param.InputTable(:,2)=ListSubdir(:,iexp);
     
    17061710        PathOut=get(handles.OutputPath,'String');
    17071711        if ~exist(PathOut,'dir') % test if  the dir  already exist
    1708         PathOut=uigetdir(PathOut,'pick the output root path')
    1709         set(handles.OutputPath,'String',PathOut);
    1710         end
    1711         PathExpOut=fullfile(PathOut,get(handles.Experiment,'String'));
     1712            PathOut=uigetdir(PathOut,'pick the output root path');
     1713            set(handles.OutputPath,'String',PathOut);
     1714        end
     1715        %PathExpOut=fullfile(PathOut,get(handles.Experiment,'String'));
     1716        PathExpOut=fileparts(ListPath{iexp});
    17121717        if ~exist(PathExpOut,'dir')
    17131718            [tild,msg1]=mkdir(PathExpOut);
     
    17171722            end
    17181723        end
    1719         PathExpDeviceOut=fullfile(PathExpOut,get(handles.Device,'String'));
     1724        %PathExpDeviceOut=fullfile(PathExpOut,get(handles.Device,'String'));
     1725        PathExpDeviceOut=ListPath{iexp};
    17201726        if ~exist(PathExpDeviceOut,'dir')
    17211727            [tild,msg1]=mkdir(PathExpDeviceOut);
     
    17801786    if get(handles.Replicate,'Value')
    17811787        set(handles.InputTable,'Data',Param.InputTable)
    1782         set(handles.OutputPath,'String',Pathout)
    1783         set(handles.Experiment,'String',ListExp{iexp})
    1784         set(handles.Device,'String',ListDevices{iexp})
     1788        set(handles.OutputPath,'String',OutputPath)
     1789         set(handles.Experiment,'String',ListExpOut{iexp})
     1790        set(handles.Device,'String',ListDeviceOut{iexp})
     1791        Param.Experiment=ListExpOut{iexp};
     1792        Param.Device=ListDeviceOut{iexp};
    17851793        check_input_file_series(handles)     
    17861794    end
     
    18501858        end
    18511859    end
    1852 %     CPUTime=1; % job time estimated at 1 min per iteration (on index i and j) by default
    1853 %     if isfield(Param.Action, 'CPUTime') && ~isempty(Param.Action.CPUTime)
    1854 %         CPUTime=Param.Action.CPUTime; % Note: CpUTime for one iteration ref_i has to be multiplied by the number of j indices nbfield_j
    1855 %     end
    18561860    nbfield_j=numel(ref_j); % number of j indices
    18571861    BlockLength=numel(ref_i); % by default, job involves the full set of i field indices
     
    18601864        case 'cluster'
    18611865            if (isfield(Param.Action, 'CPUTime') && ~isempty(Param.Action.CPUTime))
    1862         CPUTime=Param.Action.CPUTime; % Note: CpUTime for one iteration ref_i has to be multiplied by the number of j indices nbfield_j
     1866                CPUTime=Param.Action.CPUTime; % Note: CpUTime for one iteration ref_i has to be multiplied by the number of j indices nbfield_j
    18631867            else
    1864                answer=msgbox_uvmat('INPUT_TXT','estimate the CPU time(in minutes) for each value of index i:' ,'');
    1865                CPUTime=str2num(answer);
    1866                set(handles.num_CPUTime,'String',answer)
     1868                answer=msgbox_uvmat('INPUT_TXT','estimate the CPU time(in minutes) for each value of index i:' ,'');
     1869                CPUTime=str2num(answer);
     1870                set(handles.num_CPUTime,'String',answer)
     1871                Param.Action.CPUTime=CPUTime;
    18671872            end
    18681873            JobNumberMax=SeriesData.SeriesParam.ClusterParam.JobNumberMax;
  • trunk/src/series/sliding_average.m

    r1097 r1104  
    204204        t0=3.4;     %dt=0.2 -> i0=18 image index of starting motion, % torus at its max x at the beginning of motion
    205205end
    206 NbPeriod=2; %number of periods for the sliding average
     206%NbPeriod=2; %number of periods for the sliding average
     207NbPeriod=4; %number of periods for the sliding average
    207208omega=2*2*pi/T;%harmonic
    208209Lscale=15;%diameter of the torus, length scale for normalisation
  • trunk/src/transform_field/ima_find_particles.m

    r1093 r1104  
    9090    set(hmovies,'NextPlot','replace')
    9191end
    92 
     920.03187
    9393       
    9494        %------------------------------------------------------------------------
  • trunk/src/transform_field/phys_polar.m

    r1094 r1104  
    117117angle_offset=0; %reference angle used as new origin of the polar angle (= axis Ox by default)
    118118angle_scale=180/pi;
     119check_reverse=false;
    119120check_degree=1;%angle expressed in degrees by default
    120121if isfield(XmlData,'TransformInput')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.