Changeset 122 for trunk/src/uvmat.m


Ignore:
Timestamp:
Nov 14, 2010, 9:58:15 PM (13 years ago)
Author:
sommeria
Message:
 
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/uvmat.m

    r121 r122  
    823823        set(handles.transform_fct,'Value',1); %  no transform by default
    824824    else
    825         if (isfield(GeometryCalib,'R')&& ~isequal(GeometryCalib.R(2,1),0) && ~isequal(GeometryCalib.R(1,2),0)) |...
     825        if (isfield(GeometryCalib,'R')&& ~isequal(GeometryCalib.R(2,1),0) && ~isequal(GeometryCalib.R(1,2),0)) ||...
    826826            (isfield(GeometryCalib,'kappa1')&& ~isequal(GeometryCalib.kappa1,0))
    827827            set(handles.pxcm,'String','var')
    828828            set(handles.pycm,'String','var')
    829829        elseif isfield(GeometryCalib,'fx_fy')
    830             pixcmx=GeometryCalib.fx_fy(1)%*GeometryCalib.R(1,1)*GeometryCalib.sx/(GeometryCalib.Tz*GeometryCalib.dpx);
    831             pixcmy=GeometryCalib.fx_fy(2)%*GeometryCalib.R(2,2)/(GeometryCalib.Tz*GeometryCalib.dpy);
     830            pixcmx=GeometryCalib.fx_fy(1);%*GeometryCalib.R(1,1)*GeometryCalib.sx/(GeometryCalib.Tz*GeometryCalib.dpx);
     831            pixcmy=GeometryCalib.fx_fy(2);%*GeometryCalib.R(2,2)/(GeometryCalib.Tz*GeometryCalib.dpy);
    832832            set(handles.pxcm,'String',num2str(pixcmx))
    833833            set(handles.pycm,'String',num2str(pixcmy))
     
    911911state_j='off'; %default
    912912scan_option='i';%default
    913 switch NomType
    914     case {'_i_j','_i_j1-j2','_i1-i2_j','#_ab','#A','%01dA','%02dA','%03dA','%04dA'},% two navigation indices
     913NomTypeRaw=regexprep(NomType(2:end), '-', '');
     914if numel(regexp(NomTypeRaw,'\D'))>=1
     915%     case {'_i_j','_i_j1-j2','_i1-i2_j','#_ab','#A','%01dA','%02dA','%03dA','%04dA'},% two navigation indices
    915916        state_j='on';
    916917        if isequal(nbfield,1)
    917             scan_option='j';                
     918            scan_option='j'; %scan j index by default if nbfield=1               
    918919        end
    919920end
    920921if ~isempty(NomType_1)
    921     switch NomType_1
    922         case {'_i_j','_i_j1-j2','_i1-i2_j','#_ab'},% two navigation indices
     922    NomTypeRaw=regexprep(NomType_1(2:end), '-', '');
     923    if numel(regexp(NomTypeRaw,'\D'))>=1
     924%     switch NomType_1
     925%         case {'_i_j','_i_j1-j2','_i1-i2_j','#_ab'},% two navigation indices
    923926            state_j='on';
    924927            if isequal(nbfield,1)
     
    14861489        ind_mask=findstr('mask',Name);
    14871490        i=ind_mask-1;
    1488         while val(i)==0 & i>0
     1491        while val(i)==0 && i>0
    14891492            i=i-1;
    14901493        end
     
    16681671UvData=get(handles.uvmat,'UserData');
    16691672
    1670 while get(handles.speed,'Value')~=0 & isequal(get(handles.Movie,'BusyAction'),'queue') % enable STOP command
     1673while get(handles.speed,'Value')~=0 && isequal(get(handles.Movie,'BusyAction'),'queue') % enable STOP command
    16711674        errormsg=runpm(hObject,eventdata,handles,increment);
    16721675        if ~isempty(errormsg)
     
    19021905    FileType='vol';
    19031906else
    1904    form=imformats(Ext([2:end]));
     1907   form=imformats(Ext(2:end));
    19051908   if ~isempty(form)% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    19061909       if isequal(NomType,'*');
     
    20592062        FieldName='image';
    20602063    else
    2061        form=imformats(Ext([2:end]));
     2064       form=imformats(Ext(2:end));
    20622065       if ~isempty(form)% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    20632066           if isequal(NomType,'*');
     
    21062109        FieldName_1='image';
    21072110    else
    2108        form=imformats(Ext_1([2:end]));
     2111       form=imformats(Ext_1(2:end));
    21092112       if ~isempty(form)% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    21102113           if isequal(NomType_1,'*');
     
    26232626        %use of mask
    26242627        if isfield(ObjectData,'NbDim')&isequal(ObjectData.NbDim,2)
    2625             if isfield(ObjectData,'Mask') & isfield(ObjectData,'A')
     2628            if isfield(ObjectData,'Mask') && isfield(ObjectData,'A')
    26262629                 flag_mask=double(ObjectData.Mask>200);%=0 for masked regions
    26272630                 AX=ObjectData.AX;
     
    26292632                 MaskX=ObjectData.MaskX;
    26302633                 MaskY=ObjectData.MaskY;
    2631                  if ~isequal(MaskX,AX)|~isequal(MaskY,AY)
     2634                 if ~isequal(MaskX,AX)||~isequal(MaskY,AY)
    26322635                     nxy=size(flag_mask);
    26332636                     sizpx=(ObjectData.MaskX(end)-ObjectData.MaskX(1))/(nxy(2)-1);%size of a mask pixel
    26342637                     sizpy=(ObjectData.MaskY(1)-ObjectData.MaskY(end))/(nxy(1)-1);
    2635                      x_mask=[ObjectData.MaskX(1):sizpx:ObjectData.MaskX(end)]; % pixel x coordinates for image display
    2636                      y_mask=[ObjectData.MaskY(1):-sizpy:ObjectData.MaskY(end)];% pixel x coordinates for image display
     2638                     x_mask=ObjectData.MaskX(1):sizpx:ObjectData.MaskX(end); % pixel x coordinates for image display
     2639                     y_mask=ObjectData.MaskY(1):-sizpy:ObjectData.MaskY(end);% pixel x coordinates for image display
    26372640                     %project on the positions of the scalar
    26382641                     npxy=size(ObjectData.A);
    26392642                     dxy(1)=(ObjectData.AY(end)-ObjectData.AY(1))/(npxy(1)-1);%grid mesh in y
    26402643                     dxy(2)=(ObjectData.AX(end)-ObjectData.AX(1))/(npxy(2)-1);%grid mesh in x
    2641                      xi=[ObjectData.AX(1):dxy(2):ObjectData.AX(end)];
    2642                      yi=[ObjectData.AY(1):dxy(1):ObjectData.AY(end)];     
     2644                     xi=ObjectData.AX(1):dxy(2):ObjectData.AX(end);
     2645                     yi=ObjectData.AY(1):dxy(1):ObjectData.AY(end);     
    26432646                     [XI,YI]=meshgrid(xi,yi);% creates the matrix of regular coordinates
    26442647                    flag_mask = interp2(x_mask,y_mask,flag_mask,XI,YI);
     
    26502653                 if isfield(ObjectData,'ListVarName')
    26512654                      for ilist=1:length(ObjectData.ListVarName)
    2652                            if isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'Mask')|isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'MaskX')|isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'MaskY')
     2655                           if isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'Mask')||isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'MaskX')||isequal(ObjectData.ListVarName{ilist},'MaskY')
    26532656                               ind_off=[ind_off ilist];
    26542657                           end
     
    28412844    Tabchar={''};%default
    28422845    Tabcell=[];
    2843     if isfield(Field{2},'ListGlobalAttribute')& ~isempty(Field{2}.ListGlobalAttribute)
     2846    if isfield(Field{2},'ListGlobalAttribute')&& ~isempty(Field{2}.ListGlobalAttribute)
    28442847        for iline=1:length(Field{2}.ListGlobalAttribute)
    28452848            Tabcell{iline,1}=Field{2}.ListGlobalAttribute{iline};
     
    38013804index_code=get(handles.col_vec,'Value');% selected string index
    38023805col_code= list_code{index_code(1)}; % selected field
    3803 if isequal(col_code,'black') | isequal(col_code,'white')
     3806if isequal(col_code,'black') || isequal(col_code,'white')
    38043807   set(handles.slider1,'Visible','off')
    38053808   set(handles.slider2,'Visible','off')
     
    44394442Data_uvmat=get(handles.uvmat,'UserData');
    44404443evalin('base','global Data_uvmat')%make CurData global in the workspace
    4441 display(['current field :'])
     4444display('current field :')
    44424445evalin('base','Data_uvmat') %display CurData in the workspace
    44434446commandwindow; %brings the Matlab command window to the front
     
    46704673        npx=size(UvData.Field.A,2);
    46714674        npy=size(UvData.Field.A,1);
    4672         xi=[0.5:npx-0.5];
    4673         yi=[0.5:npy-0.5];
     4675        xi=0.5:npx-0.5;
     4676        yi=0.5:npy-0.5;
    46744677        [Xi,Yi]=meshgrid(xi,yi);
    46754678        if isfield(UvData,'Object')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.