Ignore:
Timestamp:
Dec 19, 2010, 10:11:04 PM (14 years ago)
Author:
sommeria
Message:

many bug repairs and corrections for mouse action
create_grid: option for black marjkers for grid detection

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/imadoc2struct.m

    r116 r156  
    1616
    1717function [s,errormsg]=imadoc2struct(ImaDoc,option)
     18%% default input and output
    1819if ~exist('option','var')
    19     option='default';
     20    option='*';
    2021end
    2122errormsg=[];%default
    … …  
    2627tsai=[];%default
    2728
     29%% opening the xml file
    2830if exist(ImaDoc,'file')~=2, errormsg=[ ImaDoc ' does not exist']; return;end;%input file does not exist
    2931try
    … …  
    3436    return
    3537end
    36 
    3738uid_root=find(t,'/ImaDoc');
    3839if isempty(uid_root), errormsg=[ImaDoc ' is not an image documentation file ImaDoc']; return; end;%not an ImaDoc .xml file
    3940
    40 %Heading
     41
     42%% Heading
    4143uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
    4244if ~isempty(uid_Heading),
    … …  
    5557end
    5658
    57 %Camera   
    58 uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
    59 if ~isempty(uid_Camera)
    60     uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
    61     if ~isempty(uid_ImageSize);
    62         ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
    63         xindex=findstr(ImageSize,'x');
    64         if length(xindex)>=2
    65              s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
    66              s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
     59%% Camera  and timing
     60if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
     61    uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
     62    if ~isempty(uid_Camera)
     63        uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
     64        if ~isempty(uid_ImageSize);
     65            ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
     66            xindex=findstr(ImageSize,'x');
     67            if length(xindex)>=2
     68                s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
     69                s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
     70            end
     71        end
     72        uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
     73        if ~isempty(uid_TimeUnit)
     74            s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
     75        end
     76        uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
     77        if ~isempty(uid_BurstTiming)
     78            for k=1:length(uid_BurstTiming)
     79                subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
     80                % reading Dtk
     81                Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
     82                Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
     83                Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
     84                NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
     85                Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
     86                Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
     87                NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
     88                Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
     89                if ~isempty(Dti)
     90                    Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
     91                    Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
     92                end
     93                if ~isempty(Dtj)
     94                    Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
     95                    Dtj=[0 Dtj];
     96                    Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
     97                end
     98                % reading Dtk
     99                Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
     100                NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
     101                if isempty(Dtk)
     102                    s.Time=[s.Time;Time_val];
     103                else
     104                    for kblock=1:NbDtk+1
     105                        Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
     106                        s.Time=[s.Time;Time_val];
     107                    end
     108                end
     109            end
    67110        end
    68111    end
    69     uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
    70     if ~isempty(uid_TimeUnit)
    71         s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
     112end
     113
     114%%  geometric calibration
     115if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
     116    uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
     117    if ~isempty(uid_GeometryCalib)
     118        if length(uid_GeometryCalib)>1
     119            errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
     120            return
     121        end
     122        subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
     123        cont=get(subt,1,'contents');
     124        if ~isempty(cont)
     125            uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
     126            if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
     127                tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
     128            end
     129            uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
     130            if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
     131                tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
     132            end
     133            uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
     134            focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
     135            if isequal(length(uid_fx_fy),1)
     136                tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
     137            else %old convention (Reg Wilson)
     138                uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
     139                uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
     140                uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
     141                if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
     142                    dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
     143                    sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
     144                    focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
     145                    tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
     146                    tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
     147                end
     148            end
     149            uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
     150            if ~isempty(uid_Cx_Cy)
     151                tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
     152            end
     153            uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
     154            if ~isempty(uid_kc)
     155                tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
     156            else %old convention (Reg Wilson)
     157                uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
     158                if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
     159                    kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
     160                    tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
     161                end
     162            end
     163            uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
     164            if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
     165                tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
     166            end
     167            uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
     168            if ~isempty(uid_R)
     169                RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
     170                if length(RR)==3
     171                    tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
     172                end
     173            end
     174           
     175            %look for laser plane definitions
     176            uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
     177            uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
     178            if isempty(uid_Pos)
     179                uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
     180            end
     181            if ~isempty(uid_Angle)
     182                tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
     183            end
     184            if ~isempty(uid_Pos)
     185                for j=1:length(uid_Pos)
     186                    tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
     187                end
     188                uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
     189                uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
     190                if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
     191                    DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
     192                    NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
     193                    if isequal(NbSlice,'volume')
     194                        tsai.NbSlice='volume';
     195                        NbSlice=NbDtj+1;
     196                    else
     197                        tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
     198                    end
     199                    tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
     200                end
     201            end
     202            if strcmp(option,'GeometryCalib')
     203                tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
     204            end
     205            s.GeometryCalib=tsai;
     206        end
    72207    end
    73     uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
    74     if ~isempty(uid_BurstTiming)
    75         for k=1:length(uid_BurstTiming)
    76             subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
    77              % reading Dtk
    78             Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
    79             Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
    80             Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    81             NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
    82             Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
    83             Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    84             NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
    85             Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
    86             if ~isempty(Dti)
    87                 Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
    88                 Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
    89             end
    90             if ~isempty(Dtj)
    91                 Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dti vector NbDti times
    92                 Dtj=[0 Dtj];
    93                 Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
    94             end
    95             % reading Dtk
    96             Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
    97             NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
    98             if isempty(Dtk)
    99                 s.Time=[s.Time;Time_val];
    100             else
    101                 for kblock=1:NbDtk+1
    102                     Time_val=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
    103                     s.Time=[s.Time;Time_val];
    104                 end
    105             end
    106         end
    107     end
    108 end
    109 
    110 %read calibration
    111 uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
    112 if ~isempty(uid_GeometryCalib)
    113     if length(uid_GeometryCalib)>1
    114         errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
    115         return
    116     end
    117     subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
    118     cont=get(subt,1,'contents');
    119     if ~isempty(cont)
    120 %         uid_pixcmx=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmx');
    121 %         uid_pixcmy=find(subt,'/GeometryCalib/Pxcmy');
    122 %         if ~isempty(uid_pixcmx) && ~isempty(uid_pixcmy)%NON UTILISE
    123 %            pixcmx=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmx),'value'));
    124 %             if isempty(pixcmx),pixcmx=1;end; %default
    125 %             pixcmy=str2num(get(subt,children(subt,uid_pixcmy),'value'));
    126 %             if isempty(pixcmy),pixcmy=1;end; %default
    127 %             tsai.Pxcmx=pixcmx;
    128 %             tsai.Pxcmy=pixcmy;
    129 %         end
    130         %default values:
    131         %tsai.dpx_dpy=1;
    132         %tsai.dpy=1;
    133         %tsai.sx=1;
    134 %         tsai.Cx_Cy=[0 0];
    135        % tsai.Cy=0;
    136 %         tsai.Tx_Ty_Tz=[0 0 1];
    137 %         tsai.Tx=0;
    138 %         tsai.Ty=0;
    139 %         tsai.R=[1 0 0; 0 1 0; 0 0 0];
    140         uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
    141         if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
    142             tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
    143         end
    144         uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
    145         if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
    146             tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
    147         end
    148         uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
    149         focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
    150         if isequal(length(uid_fx_fy),1)
    151             tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
    152         else %old convention (Reg Wilson)
    153             uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
    154             uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
    155             uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
    156             if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
    157                 dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
    158                 sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
    159                 focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
    160                 tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
    161                 tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
    162             end
    163         end
    164         uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
    165         if ~isempty(uid_Cx_Cy)
    166             tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
    167         end
    168         uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
    169         if ~isempty(uid_kc)
    170             tsai.kc=str2num(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
    171         else %old convention (Reg Wilson)
    172             uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
    173             if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
    174                 kappa1=str2num(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
    175                 tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
    176             end
    177         end
    178         uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
    179         if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
    180             tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
    181         end
    182         uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
    183         if ~isempty(uid_R)
    184             RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
    185             if length(RR)==3
    186                 tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
    187             end
    188         end
    189        
    190         %look for laser plane definitions   
    191         uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
    192         uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
    193         if isempty(uid_Pos)
    194             uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
    195         end
    196         if ~isempty(uid_Angle)
    197             tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
    198         end
    199         if ~isempty(uid_Pos)     
    200             for j=1:length(uid_Pos)
    201                 tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
    202             end
    203             uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
    204             uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
    205             if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
    206                 DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
    207                 NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
    208                 if isequal(NbSlice,'volume')
    209                     tsai.NbSlice='volume';
    210                     NbSlice=NbDtj+1;
    211                 else
    212                     tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
    213                 end
    214                 tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
    215             end         
    216         end
    217         if strcmp(option,'GeometryCalib')
    218             tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);%time in TimeUnit
    219             size(tsai.PointCoord)
    220         end
    221         s.GeometryCalib=tsai;
    222     end
    223 end   
     208end
    224209
    225210%--------------------------------------------------
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.