Changeset 220 for trunk/src/civ.m


Ignore:
Timestamp:
Mar 11, 2011, 12:03:39 PM (13 years ago)
Author:
sommeria
Message:

correction in civ to reactivate civall. Cleaning of figures civ.fig and view_field

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r219 r220  
    2222function varargout = civ(varargin)
    2323
    24 % Last Modified by GUIDE v2.5 05-Jan-2011 16:19:30
     24% Last Modified by GUIDE v2.5 11-Mar-2011 08:21:21
    2525% Begin initialization code - DO NOT EDIT
    2626gui_Singleton = 1;
     
    225225set(handles.ref_j_civ2,'String',num2str(num_ref_j));
    226226set(handles.browse_root,'UserData',browse);
    227 if exist('param','var')%varargin the interface is opened from uvmat
     227if exist('param','var') && isfield(param,'RootName') && ~isempty(param.RootName)%varargin the interface is opened from uvmat
    228228    RootName_Callback(hObject, eventdata, handles);
    229229end
     
    17111711    if isfield(sparam,'CivBin')
    17121712        if ~exist(sparam.CivBin,'file')
     1713            CivBin=sparam.CivBin;
    17131714            sparam.CivBin=fullfile(path_UVMAT,sparam.CivBin);
     1715            if ~exist(sparam.CivBin,'file')
     1716                 msgbox_uvmat('ERROR',['CIVx binary ' CivBin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1717                 return
     1718            end
    17141719        end
    17151720    end
    17161721    if isfield(sparam,'Civ1Bin')
    17171722        if ~exist(sparam.Civ1Bin,'file')
     1723            CivBin=sparam.Civ1Bin;
    17181724            sparam.Civ1Bin=fullfile(path_UVMAT,sparam.Civ1Bin);
     1725            if ~exist(sparam.CivBin,'file')
     1726                 msgbox_uvmat('ERROR',['civ1 binary ' CivBin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1727                 return
     1728            end
    17191729        end
    17201730    end
    17211731    if isfield(sparam,'Civ2Bin')
     1732        CivBin=sparam.Civ2Bin;
    17221733        if ~exist(sparam.Civ2Bin,'file')
    17231734            sparam.Civ2Bin=fullfile(path_UVMAT,sparam.Civ2Bin);
     1735            if ~exist(sparam.Civ2Bin,'file')
     1736                 msgbox_uvmat('ERROR',['civ2 binary ' CivBin ' defined in PARAM.xm does not exist'])
     1737                 return
     1738            end
    17241739        end
    17251740    end
     
    18421857%% MAIN LOOP
    18431858time=get(handles.RootName,'UserData'); %get the set of times
    1844 civAll=get(handles.Experimental,'Value'); % Boolean for new civ excution method
     1859civAll=get(handles.CivAll,'Value'); % Boolean for new civ excution method
    18451860super_cmd=[];
    18461861
     
    18531868            cmd=[cmd '#$ -cwd \n'];
    18541869            cmd=[cmd 'hostname && date \n'];
    1855             cmd=[cmd 'umask 002 \n'];%allow writting access for user group for created files
     1870            cmd=[cmd 'umask 002 \n'];%allow writting access to created files for user group
    18561871        end
    18571872        if civAll
     
    21112126            else
    21122127                civAllCmd=[civAllCmd ' civ2 '];
    2113                 str=CIV2_CMD_Unified(filename_cmx([1:end-4]),namelog,par_civ2);
     2128                str=CIV2_CMD_Unified(flname,'',par_civ2);
    21142129                fieldnames=fields(str);
    21152130                [civAllxml,uid_civ2]=add(civAllxml,1,'element','civ2');
     
    21752190            else
    21762191                patch2.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    2177                 patch2.nopt=subdomain_patch1;
    2178                 patch2.maxdiff=thresh_patch1;
    2179                 patch2.ro=rho_patch1;
     2192                patch2.nopt=subdomain_patch2;
     2193                patch2.maxdiff=thresh_patch2;
     2194                patch2.ro=rho_patch2;
    21802195                test_grid=get(handles.get_gridpatch2,'Value');
    21812196                if test_grid
     
    22162231        end
    22172232        if isequal(civAll,1)
    2218             save(civAllxml,[filename_cmx([1:end-4]) '.xml']);
    2219             cmd=[cmd CivBin ' -f ' filename_cmx(1:end-4) '.xml '  civAllCmd  '\n'];
     2233            save(civAllxml,[flname '.xml']);
     2234            'TEST'
     2235            cmd=[cmd sparam.CivBin ' -f ' flname '.xml '  civAllCmd ' >' flname '.log' '\n']
     2236            'fincmd'
    22202237        end
    22212238        % create the .bat file:
     
    41244141    civ1.mask=par.maskname;
    41254142end
    4126 civ1.dt=par.Dt;
     4143civ1.dt=1%par.Dt;
    41274144civ1.unit='pixel';
    41284145civ1.absolut_time_T0=par.T0;
     
    47334750%-------------------------------------------------------------------
    47344751     delete(gcbf)
     4752
     4753
     4754% --- Executes on button press in CivAll.
     4755function CivAll_Callback(hObject, eventdata, handles)
     4756% hObject    handle to CivAll (see GCBO)
     4757% eventdata  reserved - to be defined in a future version of MATLAB
     4758% handles    structure with handles and user data (see GUIDATA)
     4759
     4760% Hint: get(hObject,'Value') returns toggle state of CivAll
     4761
     4762
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.