Changeset 290


Ignore:
Timestamp:
Nov 21, 2011, 10:05:59 AM (9 years ago)
Author:
gostiaux
Message:

civ2 added with new name conventions

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r289 r290  
    16011601            test_command='qstat';
    16021602        case 'oar'
    1603             test_command='oartat';
     1603            test_command='oarstat';
    16041604    end   
    16051605    [s,w]=system(test_command);
     
    18421842        end
    18431843        if Param.CheckCiv2==1
    1844             param.civ2.filename_ima_a=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
    1845             param.civ2.filename_ima_b=filecell.ima2.civ2{ifile,j};
    1846             param.civ2.Dt=num2str(time(num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j))-time(num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j)));
    1847             param.civ2.T0=num2str((time(num2_civ1(ifile),num_b_civ2(j))+time(num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j)))/2);
    1848             param.civ2.term_a=num2stra(num_a_civ2(j),nom_type_nc);
    1849             param.civ2.term_b=num2stra(num_b_civ2(j),nom_type_nc);
    1850             param.civ2.filename_nc1=filecell.nc.civ1{ifile,j};
    1851             param.civ2.filename_nc1(end-2:end)=[]; % remove '.nc'
     1844            Param.Civ2.filename_ima_a=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
     1845            Param.Civ2.filename_ima_b=filecell.ima2.civ2{ifile,j};
     1846            Param.Civ2.Dt=num2str(time(num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j))-time(num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j)));
     1847            Param.Civ2.T0=num2str((time(num2_civ1(ifile),num_b_civ2(j))+time(num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j)))/2);
     1848            Param.Civ2.term_a=num2stra(num_a_civ2(j),nom_type_nc);
     1849            Param.Civ2.term_b=num2stra(num_b_civ2(j),nom_type_nc);
     1850            Param.Civ2.filename_nc1=filecell.nc.civ1{ifile,j};
     1851            Param.Civ2.filename_nc1(end-2:end)=[]; % remove '.nc'
     1852            Param.Civ2.pxcmx=1; %velocities are expressed in pixel dispalcement
     1853            Param.Civ2.pxcmy=1;
    18521854            if Param.Civ2.CheckMask
    18531855                maskdispl=get(handles.txt_Mask,'String');
    18541856                if exist(maskdispl,'file')
    1855                     param.civ2.maskname=maskdispl;
    1856                     param.civ2.maskflag='y';
     1857                    Param.Civ2.MaskName=maskdispl;
     1858                    Param.Civ2.MaskFlag='y';
    18571859                else
    18581860                    maskbase=[filecell.filebase '_' maskdispl]; %
    18591861                    nbslice_mask=str2double(maskdispl(1:end-4)); %
    18601862                    num1_mask=mod(num1_civ2(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1861                     param.civ2.maskname=name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
    1862                     if exist(param.civ2.maskname,'file')
    1863                         param.civ2.maskflag='y';
     1863                    Param.Civ2.MaskName=name_generator(maskbase,num1_mask,1,'.png','_i');
     1864                    if exist(Param.Civ2.MaskName,'file')
     1865                        Param.Civ2.MaskFlag='y';
    18641866                    else
    1865                         param.civ2.maskname='noFile use default';
    1866                         param.civ2.maskflag='n';
     1867                        Param.Civ2.MaskName='noFile use default';
     1868                        Param.Civ2.MaskFlag='n';
    18671869                    end
    18681870                end
    18691871            else
    1870                 param.civ2.maskname='noFile use default';
    1871                 param.civ2.maskflag='n';
     1872                Param.Civ2.MaskName='noFile use default';
     1873                Param.Civ2.MaskFlag='n';
    18721874            end
    18731875            gridname=get(handles.txt_GridName,'String');
     
    18751877                nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
    18761878                if ~isnan(nbslice_grid)
    1877                     param.civ2.gridflag='y';
     1879                    Param.Civ2.GridFlag='y';
    18781880                    num1_grid=mod(num1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1879                     param.civ2.gridname=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
    1880                     if exist(param.civ2.gridname,'file')
    1881                         param.civ2.gridflag='y';
     1881                    Param.Civ2.GridName=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,num1_grid,1,'.grid','_i')];
     1882                    if exist(Param.Civ2.GridName,'file')
     1883                        Param.Civ2.GridFlag='y';
    18821884                    else
    1883                         param.civ2.gridname='noFile use default';
    1884                         param.civ2.gridflag='n';
     1885                        Param.Civ2.GridName='noFile use default';
     1886                        Param.Civ2.GridFlag='n';
    18851887                    end
    18861888                elseif exist(gridname,'file')
    1887                     param.civ2.gridflag='y';
     1889                    Param.Civ2.GridFlag='y';
    18881890                else
    1889                     param.civ2.gridname='noFile use default';
    1890                     param.civ2.gridflag='n';
     1891                    Param.Civ2.GridName='noFile use default';
     1892                    Param.Civ2.GridFlag='n';
    18911893                end
    1892             end
     1894            else
     1895                Param.Civ2.GridName='noFile use default';
     1896                Param.Civ2.GridFlag='n';
     1897            end
     1898            A=imread(filecell.ima1.civ2{1,1});%read the first image to get the size
     1899            sizim=size(A);
     1900            Param.Civ2.npx=(sizim(2));
     1901            Param.Civ2.npy=(sizim(1));
     1902                 
    18931903            switch CivMode
    18941904                case 'CivX'
    1895                     cmd_CIV2=CIV2_CMD(filecell.nc.civ2{ifile,j},param);%creates the cmx file [fullfile(Rootbat,Filebat) '.civ2.cmx]
    1896                     cmd=[cmd cmd_CIV2 '\n'];
     1905                     cmd=[cmd...
     1906                        cmd_civ2(filecell.nc.civ2{ifile,j},Param) '\n'];
    18971907                case 'CivAll'
    18981908                    CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ2 '];
    1899                     str=CIV2_CMD_Unified(filecell.nc.civ2{ifile,j},'',param.civ2);
     1909                    str=CIV2_CMD_Unified(filecell.nc.civ2{ifile,j},'',Param.Civ2);
    19001910                    fieldnames=fields(str);
    19011911                    [CivAllxml,uid_civ2]=add(CivAllxml,1,'element','civ2');
     
    20892099                end
    20902100                if Param.CheckCiv2==1
    2091                     Param.Civ2=param.civ2;
     2101                    Param.Civ2=Param.Civ2;
    20922102                end
    20932103                if Param.CheckFix2==1
     
    21522162                    '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' batch_file_list{p}];
    21532163                display(oar_command);eval(oar_command);
    2154                 end
    2155        
    2156            
    2157        case 'oar_perl'
     2164                end         
     2165       case 'oar' %oar-dispatch.pl
    21582166                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
    21592167                fid=fopen(filename_joblist,'w');
     
    21642172                    fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    21652173                end
    2166                 fclose(fid)
    2167                 oar_command=['oarsub -t container -n civx-container -l /core=24,walltime=00:35:00 "/fsnet/data/legi/calcul9/home/gostiaux/Documents/MATLAB/uvmat_dev/oar-dispatch -f '...
     2174                fclose(fid);
     2175                walltime=datestr(length(batch_file_list)*10/24/60,13);
     2176                oar_command=['oarsub -t container -n civx-container -l /core=24,walltime=' walltime ' "/fsnet/data/legi/calcul9/home/gostiaux/Documents/MATLAB/uvmat_dev/oar-dispatch -f '...
    21682177                    filename_joblist '"'];
    21692178                filename_oarcommand=fullfile(Rootbat,'oar_command');
     
    21712180                fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    21722181                fclose(fid);
    2173 %                 display(oar_command);
    2174                 eval(['! . ' filename_oarcommand]);
    2175 
    2176         case 'oar'%'oar_mpi'
     2182                display(oar_command);
     2183                eval(['! . ' filename_oarcommand])
     2184        case 'oar_mpi'
    21772185                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
    21782186                fid=fopen(filename_joblist,'w');
     
    21902198
    21912199               
    2192             %             for p=0:floor(length(batch_file_list)/6);               
    2193 %                 filename_batch_group=fullfile(Rootbat,['job_list_' num2str(p) '.bat']);
    2194 %                 fid=fopen(filename_batch_group,'w');
    2195 %                 if fid==-1
    2196 %                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    2197 %                     return
    2198 %                 end
    2199 %                 if p==floor(length(batch_file_list)/6)
    2200 %                     kmax=mod(length(batch_file_list),6);
    2201 %                 else
    2202 %                     kmax=6;
    2203 %                 end
    2204 %                 for k=1:kmax
    2205 %                     fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p*6+k} '\n']);
    2206 %                 end
    2207 %                 fclose(fid);
    2208 %                 system(['chmod +x ' filename_batch_group]);
    2209 %                 eval(  ['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
    2210 %                     '-E '  flname '.errors -O ' flname '.log '...
    2211 %                     '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' filename_batch_group]);
    2212 %             end
    22132200        case 'oar_new' % to be develloped with Patrick Begou
    22142201                filename_joblist=fullfile(Rootbat,'job_list.txt');
     
    45444531% global civ2Bin sge%name of the executable for checkciv1 calculation
    45454532filename=regexprep(filename,'.nc','');
    4546 if isequal(param.civ2.Dt,'0')
    4547     param.civ2.Dt='1' ;%case of 'displacement' mode
    4548 end
    4549 param.civ2.filename_ima_a=regexprep(param.civ2.filename_ima_a,'.png','');
    4550 param.civ2.filename_ima_b=regexprep(param.civ2.filename_ima_b,'.png','');% bug : .png appears two times ?
     4533if isequal(Param.Civ2.Dt,'0')
     4534    Param.Civ2.Dt='1' ;%case of 'displacement' mode
     4535end
     4536Param.Civ2.filename_ima_a=regexprep(Param.Civ2.filename_ima_a,'.png','');
     4537Param.Civ2.filename_ima_b=regexprep(Param.Civ2.filename_ima_b,'.png','');% bug : .png appears two times ?
    45514538[fid,errormsg]=fopen([filename '.civ2.cmx'],'w');
    45524539if isequal(fid,-1)
     
    45564543end
    45574544fprintf(fid,['##############   CMX file' '\n' ]);
    4558 fprintf(fid,   ['FirstImage ' regexprep(param.civ2.filename_ima_a,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4559 fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(param.civ2.filename_ima_b,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     4545fprintf(fid,   ['FirstImage ' regexprep(Param.Civ2.filename_ima_a,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     4546fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(Param.Civ2.filename_ima_b,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    45604547fprintf(fid,  ['XX' '\n' ]);
    4561 fprintf(fid, ['Mask ' param.civ2.maskflag '\n' ]);
    4562 fprintf(fid, ['MaskName ' regexprep(param.civ2.maskname,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4563 fprintf(fid, ['ImageSize ' param.civ2.npx ' ' param.civ2.npy '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
    4564 fprintf(fid, ['CorrelationBoxesSize ' param.civ2.ibx ' ' param.civ2.iby '\n' ]);
    4565 fprintf(fid, ['SearchBoxeSize ' param.civ2.ibx ' ' param.civ2.iby '\n']);
    4566 fprintf(fid, ['RO ' param.civ2.rho '\n']);
    4567 fprintf(fid, ['GridSpacing ' param.civ2.dx ' ' param.civ2.dy '\n']);
     4548fprintf(fid, ['Mask ' Param.Civ2.MaskFlag '\n' ]);
     4549fprintf(fid, ['MaskName ' regexprep(Param.Civ2.MaskName,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     4550fprintf(fid, ['ImageSize ' Param.Civ2.npx ' ' Param.Civ2.npy '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
     4551fprintf(fid, ['CorrelationBoxesSize ' Param.Civ2.ibx ' ' Param.Civ2.iby '\n' ]);
     4552fprintf(fid, ['SearchBoxeSize ' Param.Civ2.ibx ' ' Param.Civ2.iby '\n']);
     4553fprintf(fid, ['RO ' Param.Civ2.rho '\n']);
     4554fprintf(fid, ['GridSpacing ' Param.Civ2.dx ' ' Param.Civ2.dy '\n']);
    45684555fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    4569 fprintf(fid, ['Dt_TO ' param.civ2.Dt ' ' param.civ2.T0 '\n' ]);
    4570 fprintf(fid, ['PixCmXY ' param.civ2.pxcmx ' ' param.civ2.pxcmy '\n' ]);
     4556fprintf(fid, ['Dt_TO ' Param.Civ2.Dt ' ' Param.Civ2.T0 '\n' ]);
     4557fprintf(fid, ['PixCmXY ' Param.Civ2.pxcmx ' ' Param.Civ2.pxcmy '\n' ]);
    45714558fprintf(fid, ['XX 1' '\n' ]);
    45724559fprintf(fid, 'ShiftXY 0 0\n');
    4573 fprintf(fid, ['Grid ' param.civ2.gridflag '\n' ]);
    4574 fprintf(fid, ['GridName ' regexprep(param.civ2.gridname,'\\','\\\\') '\n']);
     4560fprintf(fid, ['Grid ' Param.Civ2.GridFlag '\n' ]);
     4561fprintf(fid, ['GridName ' regexprep(Param.Civ2.GridName,'\\','\\\\') '\n']);
    45754562fprintf(fid, ['XX 85' '\n' ]);
    45764563fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    45774564fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    45784565fprintf(fid, ['Hart 1' '\n' ]);
    4579 fprintf(fid, ['DecimalShift ' param.civ2.decimal '\n']);
    4580 fprintf(fid, ['Deformation ' param.civ2.deformation '\n']);
     4566fprintf(fid, ['DecimalShift ' Param.Civ2.decimal '\n']);
     4567fprintf(fid, ['Deformation ' Param.Civ2.deformation '\n']);
    45814568fprintf(fid,  ['CorrelationMin 0' '\n' ]);
    45824569fprintf(fid,   ['IntensityMin 0' '\n' ]);
    45834570fprintf(fid,  ['SeuilImage n' '\n' ]);
    45844571fprintf(fid,   ['SeuilImageValues 0 4096' '\n' ]);
    4585 fprintf(fid,   ['ImageToUse ' param.civ2.term_a ' ' param.civ2.term_b '\n' ]); % VERIFIER ?
    4586 fprintf(fid, ['ImageUsedBefore ' regexprep(param.civ2.filename_nc1,'\\','\\\\') '\n']);
     4572fprintf(fid,   ['ImageToUse ' Param.Civ2.term_a ' ' Param.Civ2.term_b '\n' ]); % VERIFIER ?
     4573fprintf(fid, ['ImageUsedBefore ' regexprep(Param.Civ2.filename_nc1,'\\','\\\\') '\n']);
    45874574fclose(fid);
    45884575
     
    53365323%     namelog=regexprep(namelog,'\\','\\\\');
    53375324%     cmd=[cmd '\n ' 'copy /Y "' filename '.log' '" "' filename '.civ1.log"']; %preserve the log file as .civ1.log
    5338     cmd=[cmd 'del "' filename '.cmx'];
     5325    cmd=[cmd 'del "' filename '.cmx"'];
    53395326end
    53405327
     
    53875374%         ' -max ' thresh_value ' -nopt ' subdomain_patch  '  > ' namelog ' 2>&1']; % redirect standard output to the log file
    53885375% end
     5376
     5377
     5378%------------------------------------------------------------------------
     5379% --- CheckCiv2  CheckCiv2  CheckCiv2 CheckCiv2
     5380function cmd=cmd_civ2(filename,Param)
     5381%------------------------------------------------------------------------
     5382%pixels per cm and matrix of the image times, read from the .civ file by uvmat
     5383% global civ2Bin sge%name of the executable for checkciv1 calculation
     5384filename=regexprep(filename,'.nc','');
     5385if isequal(Param.Civ2.Dt,'0')
     5386    Param.Civ2.Dt='1' ;%case of 'displacement' mode
     5387end
     5388Param.Civ2.filename_ima_a=regexprep(Param.Civ2.filename_ima_a,'.png','');
     5389Param.Civ2.filename_ima_b=regexprep(Param.Civ2.filename_ima_b,'.png','');% bug : .png appears two times ?
     5390[fid,errormsg]=fopen([filename '.civ2.cmx'],'w');
     5391if isequal(fid,-1)
     5392    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
     5393    cmd='';
     5394    return
     5395end
     5396fprintf(fid,['##############   CMX file' '\n' ]);
     5397fprintf(fid,   ['FirstImage ' regexprep(Param.Civ2.filename_ima_a,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     5398fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(Param.Civ2.filename_ima_b,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     5399fprintf(fid,  ['XX' '\n' ]);
     5400fprintf(fid, ['Mask ' Param.Civ2.MaskFlag '\n' ]);
     5401fprintf(fid, ['MaskName ' regexprep(Param.Civ2.MaskName,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
     5402fprintf(fid, ['ImageSize ' num2str(Param.Civ2.npx) ' ' num2str(Param.Civ2.npy) '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
     5403fprintf(fid, ['CorrelationBoxesSize ' num2str(Param.Civ2.Bx) ' ' num2str(Param.Civ2.By) '\n' ]);
     5404fprintf(fid, ['SearchBoxeSize ' num2str(Param.Civ2.Bx) ' ' num2str(Param.Civ2.By) '\n']);
     5405fprintf(fid, ['RO ' num2str(Param.Civ2.Rho) '\n']);
     5406fprintf(fid, ['GridSpacing ' num2str(Param.Civ2.Dx) ' ' num2str(Param.Civ2.Dy) '\n']);
     5407fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
     5408fprintf(fid, ['Dt_TO ' num2str(Param.Civ2.Dt) ' ' num2str(Param.Civ2.T0) '\n' ]);
     5409fprintf(fid, ['PixCmXY ' num2str(Param.Civ2.pxcmx) ' ' num2str(Param.Civ2.pxcmy) '\n' ]);
     5410fprintf(fid, ['XX 1' '\n' ]);
     5411fprintf(fid, 'ShiftXY 0 0\n');
     5412fprintf(fid, ['Grid ' Param.Civ2.GridFlag '\n' ]);
     5413fprintf(fid, ['GridName ' regexprep(Param.Civ2.GridName,'\\','\\\\') '\n']);
     5414fprintf(fid, ['XX 85' '\n' ]);
     5415fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
     5416fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
     5417fprintf(fid, ['Hart 1' '\n' ]);
     5418fprintf(fid, ['DecimalShift ' num2str(Param.Civ2.CheckDecimal) '\n']);
     5419fprintf(fid, ['Deformation ' num2str(Param.Civ2.CheckDeformation) '\n']);
     5420fprintf(fid,  ['CorrelationMin 0' '\n' ]);
     5421fprintf(fid,   ['IntensityMin 0' '\n' ]);
     5422fprintf(fid,  ['SeuilImage n' '\n' ]);
     5423fprintf(fid,   ['SeuilImageValues 0 4096' '\n' ]);
     5424fprintf(fid,   ['ImageToUse ' Param.Civ2.term_a ' ' Param.Civ2.term_b '\n' ]); % VERIFIER ?
     5425fprintf(fid, ['ImageUsedBefore ' regexprep(Param.Civ2.filename_nc1,'\\','\\\\') '\n']);
     5426fclose(fid);
     5427
     5428if(isunix)
     5429    cmd=['cp -f ' filename '.civ2.cmx ' filename '.cmx\n'...
     5430        Param.xml.Civ2Bin ' -f ' filename  '.cmx >' filename '.civ2.log \n '... % redirect standard output to the log file, the result file is named [filename '.nc'] by CIVx
     5431        'rm ' filename '.cmx \n'];%rename .cmx as .checkciv2.cmx, the result file is named [filename '.nc'] by CIVx
     5432else
     5433    filename=regexprep(filename,'\\','\\\\');
     5434    cmd=['copy /Y "' filename '.civ2.cmx" "' filename '.cmx" \n'...
     5435        '"' regexprep(Param.xml.Civ2Bin,'\\','\\\\') '" -f "' filename  '.cmx" >"' filename '.civ2.log" \n'...
     5436        'del "' filename '.cmx" \n'];
     5437end
     5438
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.