Ignore:
Timestamp:
Dec 14, 2011, 1:33:18 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

bugs corrected in fileparts_uvmat and find_file_series
name2dispaly replaced by fileparts_uvmat in uvmat, but not in other functions
bug corrected in plot_field, introduction of FileType? in read_field

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/fileparts_uvmat.m

    r333 r334  
    44%
    55%OUTPUT:
     6%RootPath: path to the base file
     7%SubDir: name of the SubDirectory for netcdf files (NomTypes with index pairs 1-2 or ab )
    68%RootFile: FileName without appendix
    79%i1: first number i
    … …  
    911%j1: first number j
    1012%j2: second number j (only for .nc files)
    11 %Ext: file Extension
     13%FileExt: file Extension
    1214%NomType: char chain characterizing the file nomenclature: with values
    13 %   NomType='': constant name [filebase Ext] (default output if 'NomType' is undefined)
     15%   NomType='': constant name [filebase FileExt] (default output if 'NomType' is undefined)
    1416%   NomType='*':constant name for a file representing a series (e.g. avi movie)
    1517%   NomType='1','01',or '001'...': series of files with a single index i without separator(e.g. 'aa045.png').
    … …  
    1719%   NomType='1_1','01_1',...: matrix of files with two indices i and j separated by '_'(e.g. 'aa45_2.png')
    1820%   NomType='1-1': from pairs from a single index (e.g. 'aa_45-47.nc')
    19 %   NomType='1_1-1': pairs of j indices (e.g. 'aa_45_2-3.nc')
    20 %   NomType='1-1_1': pairs of i indices (e.g. 'aa_45-46_2.nc')
    21 %   NomType='1_ab','01_ab','01_a-b'..., from pairs of '#' images (e.g.'aa045bc.nc'), Ext='.nc'
     21%   NomType='1_1-2': pairs of j indices (e.g. 'aa_45_2-3.nc')
     22%   NomType='1-2_1': pairs of i indices (e.g. 'aa_45-46_2.nc')
     23%   NomType='1_ab','01_ab','01ab'..., from pairs of '#' images (e.g.'aa045bc.nc'), FileExt='.nc'
    2224%SubDir: name of the SubDirectory for netcdf files
    23 
    24 %   OLD TYPES, not supported anymore
    25 %   NomType='_1','_01','_001'...':  series of files with a single index i with separator '_'(e.g. 'aa_045.png').
    26 %   NomType='_1a','_1A','_01a','_01A',...: idem, with a separator '_' before the index
    27 %   NomType='_1_1','_01_1',...: matrix of files with two indices i and j separated by '_'(e.g. 'aa_45_2.png')
    28 %   NomType='_i1-i2': from pairs from a single index (e.g. 'aa_45-47.nc')
    29 %   NomType='_i_j1-j2': pairs of j indices (e.g. 'aa_45_2-3.nc')
    30 %   NomType='_i1-i2_j': pairs of i indices (e.g. 'aa_45-46_2.nc')
    31 %   NomType='_1_ab','1_ab','01_ab'..., from pairs of '#' images (e.g.'aa045bc.nc'), Ext='.nc'
    32 
    3325%
    3426%INPUT:
    3527%FileInput: complete name of the file, including path
    3628
    37 function [RootPath,SubDir,RootFile,i1,i2,j1,j2,Ext,NomType]=fileparts_uvmat(FileInput)
    38 
     29function [RootPath,SubDir,RootFile,i1,i2,j1,j2,FileExt,NomType]=fileparts_uvmat(FileInput)
     30RootPath='';
     31SubDir='';
     32RootFile='';
    3933i1=[];
    4034i2=[];
    4135j1=[];
    4236j2=[];
     37FileExt='';
    4338NomType='';
    44 SubDir='';
    45 RootFile='';
    46 
     39
     40
     41
     42%% display help and test function in the absence of input arument
    4743if ~exist('FileInput','var')
    4844    help fileparts_uvmat;
    … …  
    5147end
    5248
    53 
    54 [RootPath,FileName,Ext]=fileparts(FileInput);
    55 
    56 switch Ext
    57     case '.avi'
    58         NomType='*';
    59         return
    60     case {'.tif','.tiff'}
    61         if exist(FileInput,'file')
    62             info=iminfo(FileInput);
    63             if length(info)>1
    64                 NomType='*';
    65                 return
    66             end
    67         end
    68 end
     49[RootPath,FileName,FileExt]=fileparts(FileInput);
     50RootFile=FileName;%default
     51% switch FileExt
     52%     case '.avi'
     53%         NomType='*';
     54%         return
     55%     case {'.tif','.tiff'}
     56%         if exist(FileInput,'file')
     57%             info=iminfo(FileInput);
     58%             if length(info)>1
     59%                 NomType='*';
     60%                 return
     61%             end
     62%         end
     63% end
    6964
    7065% \D not a digit
    … …  
    7267
    7368
    74 %% recursive test on FileName stqrting from the end
    75 
     69%% recursive test on FileName starting from the end
     70% case of pure number
     71if ~isnan(str2double(FileName))
     72    RootFile='';
     73    i1=str2double(FileName);
     74    return
     75end
    7676% test whether FileName ends with a number or not
    77 r=regexp(FileName,'.*\D(?<num1>\d+)\>','names');
     77r=regexp(FileName,'.*\D(?<num1>\d+)$','names');% \D = not a digit, \d =digit
    7878
    7979if ~isempty(r)% FileName end matches num1
    8080    num1=r.num1;
    81     r=regexp(FileName,['.*\D(?<num2>\d+)(?<delim1>[-_])' num1 '\>'],'names');
     81    r=regexp(FileName,['.*\D(?<num2>\d+)(?<delim1>[-_])' num1 '$'],'names');
    8282    if ~isempty(r)% FileName end matches num2+delim1+num1
    8383        delim1=r.delim1;
    8484        num2=r.num2;
    85         r=regexp(FileName,['.*\D(?<num3>\d+)(?<delim2>[-_])' num2 delim1 num1 '\>'],'names');
     85        r=regexp(FileName,['.*\D(?<num3>\d+)(?<delim2>[-_])' num2 delim1 num1 '$'],'names');
    8686        if ~isempty(r) % FileName end matches delim2 num2 delim1 num1
    8787            delim2=r.delim2;
    … …  
    117117            RootFile=regexprep(FileName,[num2 delim1 num1],'');
    118118        end
     119        NomType=regexprep(NomType,'-1','-2'); %set 1-2 instead of 1-1
    119120    else% only one number at the end
    120121        i1=str2double(num1);
    … …  
    123124    end
    124125else% FileName ends with a letter
    125     r=regexp(FileName,'.*[^a^b^A^B](?<end_string>ab|AB|[abAB])\>','names');
     126    %r=regexp(FileName,'.*[^a^b^A^B](?<end_string>ab|AB|[abAB])\>','names');
     127    NomType='';
     128    r=regexp(RootFile,'\D(?<num1>\d+)(?<end_string>[a-z]|[A-Z]|[a-z][a-z]|[A-Z][A-Z])$','names');
    126129    if ~isempty(r)
    127         end_string=r.end_string;
    128         r=regexp(FileName,['.+(?<delim1>[_-])' end_string '\>'],'names');
     130        NomType=get_type(r.end_string);
     131        RootFile=regexprep(RootFile,[r.num1 r.end_string '$'],'');
     132    else % case with separator '_'
     133        r=regexp(RootFile,'\D(?<num1>\d+)_(?<end_string>[a-z]|[A-Z]|[a-z][a-z]|[A-Z][A-Z])$','names');
    129134        if ~isempty(r)
    130             delim1=r.delim1;
    131             r=regexp(FileName,['.*\D(?<num1>\d+)' delim1 end_string '\>'],'names');
    132             if ~isempty(r)
    133                 num1=r.num1;
    134                 NomType=[get_type(num1) delim1 get_type(end_string)];
    135                 i1=str2double(num1);
    136                 [j1,j2]=get_value(end_string);
    137                 RootFile=regexprep(FileName,[num1 delim1 end_string],'');
    138                
    139             else
    140                 NomType=get_type(end_string);
    141                 [j1,j2]=get_value(end_string);
    142                 RootFile=regexprep(FileName,end_string,'');
    143 
    144             end
    145         else
    146             r=regexp(FileName,['.*\D(?<num1>\d+)' end_string '\>'],'names');
    147             if ~isempty(r)
    148                 num1=r.num1;
    149                 %                 r=regexp(FileName,['.+(?<delim1>[-_])' num1 end_string '\>'],'names');
    150                 %                 if ~isempty(r)
    151                 %                     delim1=r.delim1;
    152                 %                     i1=num1;
    153                 %                     str_a=end_string;
    154                 %                     NomType=[delim1 get_type(num1) get_type(end_string)];
    155                 %                     RootFile=regexprep(FileName,[delim1 num1 end_string],'');
    156                 %                 else
    157                 i1=str2double(num1);
    158                 [j1,j2]=get_value(end_string);
    159                 NomType=[get_type(num1) get_type(end_string)];
    160                 RootFile=regexprep(FileName,[num1 end_string],'');
    161                 %                 end
    162             else
    163             end
    164            
    165            
    166    
    167         end               
    168     else
    169     end
    170 end
    171 
    172 if ~isempty(regexp(NomType,'-|ab|AB'))
    173     r=regexp(RootPath,'\<(?<newrootpath>.+)(\\|/)(?<subdir>[^\\^/]+)(\\|/)*\>','names');
    174     if ~isempty(r)
    175     SubDir=r.subdir;
    176     RootPath=r.newrootpath;
    177     end
    178 end
     135            NomType=['_' get_type(r.end_string)];
     136            RootFile=regexprep(RootFile,[r.num1 '_' r.end_string '$'],'');
     137        end
     138    end
     139    if ~isempty(NomType)
     140        [j1,j2]=get_value(r.end_string);
     141        i1=str2double(r.num1);
     142        NomType=[get_type(r.num1) NomType];
     143        r=regexp(RootPath,'\<(?<newrootpath>.+)(\\|/)(?<subdir>[^\\^/]+)(\\|/)*\>','names');
     144        if ~isempty(r)
     145            SubDir=r.subdir;
     146            RootPath=r.newrootpath;
     147        end
     148    end
     149end
     150
     151%% suppress '_' at the end of RootFile, put it on NomType
     152if strcmp(RootFile(end),'_')
     153    RootFile(end)=[];
     154    NomType=['_' NomType];
     155end
     156
     157% if ~isempty(regexp(NomType,'-|ab|AB'))
     158%     r=regexp(RootPath,'\<(?<newrootpath>.+)(\\|/)(?<subdir>[^\\^/]+)(\\|/)*\>','names');
     159%     if ~isempty(r)
     160%     SubDir=r.subdir;
     161%     RootPath=r.newrootpath;
     162%     end
     163% end
    179164
    180165
    … …  
    184169% returns the type of a label string:
    185170%   for numbers, whether filled with 0 or not.
    186 %   for letters, either a, A or ab, AB.
    187 
    188 switch s
    189     case {'a','b'}
    190         type='a';
    191     case {'A','B'}
    192         type='A';
    193     case 'ab'
    194         type='ab';
    195     case 'AB'
    196         type='AB';
    197     otherwise       
    198         if ~isempty(regexp(s,'\<\d+\>','ONCE'))
    199 %             switch s(1)
    200 %                 case '0'
    201                     type=num2str(1,['%0' num2str(length(s)) 'd']);
    202 %                 otherwise
    203 %                     type='1';
    204 %             end
    205         else
    206             type='';
    207             return
    208         end
    209 end
     171type='';%default
     172
     173if ~isempty(regexp(s,'\<\d+\>','ONCE'))
     174    type=num2str(1,['%0' num2str(length(s)) 'd']);
     175else
     176    code=double(s); % ascii code of the input string
     177    if code >= 65 & code <= 90 % test on ascii code for capital letters
     178        if length(s)==1
     179            type='A';
     180        elseif length(s)==2
     181            type='AB';
     182        end
     183    elseif  code >= 97 & code <= 122 % test on ascii code for small letters
     184        if length(s)==1
     185            type='a';
     186        elseif length(s)==2
     187            type='ab';
     188        end
     189    end
     190end
     191
    210192
    211193
    212194function [j1,j2]=get_value(s)
    213 % returns the type of a label string:
     195% returns the value of a label string:
    214196%   for numbers, whether filled with 0 or not.
    215197%   for letters, either a, A or ab, AB.
    216198j1=[];
    217199j2=[];
    218 
    219 switch lower(s)
    220     case {'a'}
    221         j1=1;
    222     case {'b','B'}
    223         j1=2;
    224     case 'ab'
    225         j1=1;j2=2;
    226     otherwise       
    227             return
    228 end
    229 
     200code=double(s); % ascii code of the input string
     201if code >= 65 & code <= 90 % test on ascii code for capital letters
     202    index=double(s)-64; %change capital letters to corresponding number in the alphabet
     203elseif code >= 97 & code <= 122 % test on ascii code for small letters
     204    index=double(s)-96; %change small letters to corresponding number in the alphabet
     205else
     206    index=str2num(s);
     207end
     208if ~isempty(index)
     209    j1=index(1);
     210    if length(index)==2
     211        j2=index(2);
     212    end
     213end
    230214
    231215
    … …  
    256240        'Image_5_3-4.jpg'...
    257241        'Image_3_ab.jpg'...
    258         'Image005AB.jpg'...
    259         'Image_3_ab.jpg'...
     242        'Image005AD.jpg'...
     243        'Image_3_ac.jpg'...
    260244        'Image_3a-b.jpg'...
    261245        'Image3_a.jpg'...
    … …  
    265249
    266250for FileName=FileName_list
    267 %     [RootPath,RootFile,i1,i2,str_a,str_b,Ext,NomType,SubDir]=name2display(FileName{1});
    268     [~,RootFile,i1,i2,j1,j2,~,NomType,SubDir]=...
     251%     [RootPath,RootFile,i1,i2,str_a,str_b,FileExt,NomType,SubDir]=name2display(FileName{1});
     252    [~,SubDir,RootFile,i1,i2,j1,j2,~,NomType]=...
    269253        fileparts_uvmat(FileName{1});
    270254    fprintf([...
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.