Changeset 354 for trunk/src/civ.m


Ignore:
Timestamp:
Dec 30, 2011, 5:00:25 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:
 
File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/civ.m

    r353 r354  
    12101210                    nbslice_mask=str2double(Param.Civ1.Mask(1:end-4)); %
    12111211                    i1_mask=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1212                     Param.Civ1.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
     1212                    [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
     1213                    Param.Civ1.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
     1214                   % Param.Civ1.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
    12131215                end
    12141216            end
    … …  
    12191221                    if ~isnan(nbslice_grid)
    12201222                        i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1221                         Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(Param.Civ1.Grid,i1_grid,1,'.grid','_i')];
     1223                        Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',Param.Civ1.Grid,'.grid','_1',i1_grid)];
     1224%                         Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(Param.Civ1.Grid,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    12221225                        if ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
    12231226                            msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for civ1')
    … …  
    12971300                            if ~isnan(nbslice_grid)
    12981301                                i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1299                                 patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
     1302                                patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
     1303%                                 patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    13001304                                if ~exist(patch1.gridPatch,'file')
    13011305                                    msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch1')
    … …  
    13461350                    nbslice_mask=str2double(Param.Civ2.Mask(1:end-4)); %
    13471351                    i1_mask=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1348                     Param.Civ2.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
     1352                    [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
     1353                    Param.Civ2.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
     1354%                     Param.Civ2.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
    13491355                end
    13501356            end
    … …  
    13551361                    if ~isnan(nbslice_grid)
    13561362                        i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1357                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
     1363                        Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
     1364%                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    13581365                    end
    13591366                end
    … …  
    14311438                            if ~isnan(nbslice_grid)
    14321439                                i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1433                                 patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
     1440                                patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
     1441%                                 patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    14341442                                if ~exist(patch2.gridPatch,'file')
    14351443                                    msgbox_uvmat('ERROR','grid file absent for patch2')
    … …  
    16541662                fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p} '\n']);
    16551663            else
    1656                 fprintf(fid,['@call "' regexprep(filename_bat,'\\','\\\\') '"' '\n']);
     1664                fprintf(fid,['@call "' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') '"' '\n']);
    16571665            end
    16581666        end
    … …  
    18091817    filebase_nc=filebase_B;
    18101818end
    1811     [RootPath_ima1,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_ima1);
    1812     [RootPath_ima2,RootFile_ima2]=fileparts(filebase_ima2);
    1813     [RootPath_nc,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_nc);
     1819[RootPath_ima1,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_ima1);
     1820[RootPath_ima2,RootFile_ima2]=fileparts(filebase_ima2);
     1821[RootPath_nc,RootFile_nc]=fileparts(filebase_nc);
     1822[RootPath_A,RootFile_A]=fileparts(filebase_A);
     1823[RootPath_AB,RootFile_AB]=fileparts(filebase_AB);
    18141824   
    18151825%determine reference files for fix:
    … …  
    19551965        for ifile=1:nbfield
    19561966            for j=1:nbslice
    1957                 [RootPath,RootFile]=fileparts(ref.filebase_nc);
    1958                 filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1_new);
     1967                [RootPath,RootFile]=fileparts(filebase_nc);
     1968                filename=fullfile_uvmat(RootPath_nc,subdir_civ1_new,RootFile_nc,'.nc',nom_type_nc,num1_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_a_civ1(j),num_b_civ1(j));
     1969               % filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1_new);
    19591970                detect=exist(filename,'file')==2;
    19601971                if detect% if a netcdf file already exists
    … …  
    19992010            for ifile=1:nbfield
    20002011                for j=1:nbslice
    2001                     filename=name_generator(filebase_A,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1_new);%
     2012                     filename=fullfile_uvmat(RootPath_A,subdir_civ1_new,RootFile_A,'.nc',nom_type_nc,num1_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_a_civ1(j),num_b_civ1(j));
     2013                   % filename=name_generator(filebase_A,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1_new);%
    20022014                    detect=exist(filename,'file')==2;
    20032015                    if detect% if a netcdf file already exists
    … …  
    20452057    for ifile=1:nbfield
    20462058        for j=1:nbslice
    2047             filename=name_generator(filebase_ima1, num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima1);
     2059             filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,'',RootFile_ima1,ext_ima,nom_type_ima1,num1_civ1(ifile),[],num_a_civ1(j));
     2060           % filename=name_generator(filebase_ima1, num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima1);
    20482061            idetect(j)=exist(filename,'file')==2;
    20492062            filecell.ima1.civ1(ifile,j)={filename}; %first image
    2050             filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima2);
     2063            filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,'',RootFile_ima2,ext_ima,nom_type_ima2,num2_civ1(ifile),[],num_b_civ1(j));
     2064          %  filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima2);
    20512065            idetect_1(j)=exist(filename,'file')==2;
    20522066            filecell.ima2.civ1(ifile,j)={filename};%second image
    … …  
    20702084        for ifile=1:nbfield
    20712085            for j=1:nbslice
    2072                 filename=name_generator(filebase_A, num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima1);
     2086                filename=fullfile_uvmat(RootPath_A,'',RootFile_A,ext_ima,nom_type_ima1,num1_civ1(ifile),[],num_a_civ1(j));
     2087               % filename=name_generator(filebase_A, num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima1);
    20732088                idetect(j)=exist(filename,'file')==2;
    20742089                filecell.imaA1.civ1(ifile,j)={filename} ;%first image
    2075                 filename=name_generator(filebase_A, num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima2);
     2090                filename=fullfile_uvmat(RootPath_A,'',RootFile_A,ext_ima,nom_type_ima2,num2_civ1(ifile),[],num_b_civ1(j));
     2091               % filename=name_generator(filebase_A, num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),ext_ima,nom_type_ima2);
    20762092                idetect_1(j)=exist(filename,'file')==2;
    20772093                filecell.imaA2.civ1(ifile,j)={filename};%second image
    … …  
    20982114    for ifile=1:nbfield
    20992115        for j=1:nbslice
    2100             filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',...
    2101                 nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1);%
     2116            filename=fullfile_uvmat(RootPath_nc,subdir_civ1,RootFile_nc,'.nc',nom_type_nc,num1_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_a_civ1(j),num_b_civ1(j));
     2117           % filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',...
     2118           %     nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1);%
    21022119            detect=exist(filename,'file')==2;
    21032120            if detect==0
    … …  
    21132130        for ifile=1:nbfield
    21142131            for j=1:nbslice
    2115                 filename=name_generator(filebase_A,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1);%
     2132                filename=fullfile_uvmat(RootPath_A,subdir_civ1,RootFile_A,'.nc',nom_type_nc,num1_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_a_civ1(j),num_b_civ1(j));
     2133              %  filename=name_generator(filebase_A,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ1);%
    21162134                filecell.ncA.civ1(ifile,j)={filename};
    21172135                if ~exist(filename,'file')
    … …  
    21392157        for ifile=1:nbfield
    21402158            for j=1:nbslice
    2141                 filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j),subdir_civ2_new);%
     2159                filename=fullfile_uvmat(RootPath_nc,subdir_civ2_new,RootFile_nc,'.nc',nom_type_nc,num1_civ2(ifile),num2_civ2(ifile),num_a_civ2(j),num_b_civ2(j));
     2160               % filename=name_generator(filebase_nc,num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),'.nc',nom_type_nc,1,num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j),subdir_civ2_new);%
    21422161                detect=exist(filename,'file')==2;
    21432162                if detect% if a netcdf file already exists
    … …  
    21722191            for ifile=1:nbfield
    21732192                for j=1:nbslice
    2174                     filename=name_generator(filebase_A,num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),'.nc',...
    2175                         nom_type_nc,1,num2_civ2(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ2_new);%
     2193                    filename=fullfile_uvmat(RootPath_A,subdir_civ2_new,RootFile_A,'.nc',nom_type_nc,num1_civ2(ifile),num2_civ2(ifile),num_a_civ2(j),num_b_civ2(j));
     2194                %   filename=name_generator(filebase_A,num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),'.nc',...
     2195                 %       nom_type_nc,1,num2_civ2(ifile),num_b_civ1(j),subdir_civ2_new);%
    21762196                    detect=exist(filename,'file')==2;
    21772197                    if detect% if a netcdf file already exists
    … …  
    22892309        for ifile=1:nbfield
    22902310            for j=1:nbslice
    2291                 filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,ext_ima,nom_type_ima1,num1_civ2(ifile),num2_civ2(ifile),num_a_civ2(j),num_b_civ2(j));
     2311                filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,ext_ima,nom_type_ima1,num1_civ2(ifile),[],num_a_civ2(j));
    22922312                %filename=name_generator(filebase_ima1, num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),ext_ima,nom_type_ima1);
    22932313                idetect_2(j)=exist(filename,'file')==2;
    … …  
    23092329        for ifile=1:nbfield
    23102330            for j=1:nbslice
    2311                 filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,[],RootFile_ima2,ext_ima,nom_type_ima2,num1_civ2(ifile),num2_civ2(ifile),num_a_civ2(j),num_b_civ2(j));
     2331                filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,[],RootFile_ima2,ext_ima,nom_type_ima2,num2_civ2(ifile),[],num_b_civ2(j));
    23122332               % filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j),ext_ima,nom_type_ima2);
    23132333                idetect_3(j)=exist(filename,'file')==2;
    … …  
    24502470            waitbar(ifile/nbfield);
    24512471            for j=1:nbslice
    2452                  filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,'.png',nom_type_imanew1,num1_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_a_civ1(j),num_b_civ1(j));
     2472                 filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,'.png',nom_type_imanew1,num1_civ1(ifile),[],num_a_civ1(j));
    24532473%                 filename=name_generator(filebase_ima1,num1_civ1(ifile),num_a_civ1(j),'.png',nom_type_imanew1);
    24542474                if ~exist(filename,'file')
    … …  
    24572477                end
    24582478                filecell.ima1.civ1(ifile,j)={filename};
    2459                 filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,[],RootFile_ima2,'.png',nom_type_imanew2,num2_civ1(ifile),num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),num_b_civ1(j));
     2479                filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,[],RootFile_ima2,'.png',nom_type_imanew2,num2_civ1(ifile),[],num_b_civ1(j));
    24602480                %filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ1(ifile),num_b_civ1(j),'.png',nom_type_imanew2);
    24612481                if ~exist(filename,'file')
    … …  
    24732493            waitbar(ifile/nbfield);
    24742494            for j=1:nbslice
    2475                 filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,'.png',nom_type_imanew1,num1_civ2(ifile),[],num_a_civ1(j));
     2495                filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima1,[],RootFile_ima1,'.png',nom_type_imanew1,num1_civ2(ifile),[],num_a_civ2(j));
    24762496                %filename=name_generator(filebase_ima1,num1_civ2(ifile),num_a_civ2(j),'.png',nom_type_imanew1);
    24772497                if ~exist(filename,'file')
    … …  
    24802500                end
    24812501                filecell.ima1.civ2(ifile,j)={filename};
    2482                 filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j),'.png',nom_type_imanew2);
     2502                filename=fullfile_uvmat(RootPath_ima2,[],RootFile_ima2,'.png',nom_type_imanew2,num2_civ2(ifile),[],num_b_civ2(j));
     2503               % filename=name_generator(filebase_ima2, num2_civ2(ifile),num_b_civ2(j),'.png',nom_type_imanew2);
    24832504                if ~exist(filename,'file')
    24842505                    A=read_image(cell2mat(filecell.ima2.civ2(ifile,j)),type_ima2,num2_civ2(ifile));
    … …  
    30543075
    30553076%% case with no Civ1 operation, netcdf files need to exist for reading
     3077[RootPath,RootFile]=fileparts(filebase);
    30563078if ~get(handles.CheckCiv1,'Value') %
    30573079    if ~exist(fullfile(filepath,subdir_civ1,ext_dir),'dir')
    … …  
    30613083    end
    30623084    for ipair=1:nbpair
    3063         filename=name_generator(filebase,ref_i+displ_num(3,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),'.nc',nom_type_nc,1,...
    3064             ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair),subdir_civ1);
     3085        filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile,'.nc',nom_type_nc,...
     3086            ref_i+displ_num(3,ipair),ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair));
     3087      %  filename=name_generator(filebase,ref_i+displ_num(3,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),'.nc',nom_type_nc,1,...
     3088       %     ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair),subdir_civ1);
    30653089        select(ipair)=exist(filename,'file')==2;% put flag to 0 if the file does not exist
    30663090    end   
    … …  
    30723096            num_j1=ref_j-floor(browse.incr_pair(2)/2);
    30733097            num_j2=ref_j+ceil(browse.incr_pair(2)/2);
    3074             filename=name_generator(filebase,num_i1,num_j1,'.nc',nom_type_nc,1,num_i2,num_j2,subdir_civ1);
     3098            filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile,'.nc',nom_type_nc,num_i1,num_i2,num_j1,num_j2);
     3099            %filename=name_generator(filebase,num_i1,num_j1,'.nc',nom_type_nc,1,num_i2,num_j2,subdir_civ1);
    30753100            select(1)=exist(filename,'file')==2;
    30763101            testpair=1;
    … …  
    32513276displ_pair={''}; %default
    32523277select=ones(size(1:nbpair));%default =1 for numbers of displayed pairs
     3278[RootPath,RootFile]=fileparts(filebase);
    32533279if ~get(handles.CheckCiv2,'Value') && ~get(handles.CheckCiv1,'Value') && ~get(handles.CheckFix1,'Value') && ~get(handles.CheckPatch1,'Value')
    32543280    if ~exist(fullfile(filepath,subdir_civ2,ext_dir),'dir')
    … …  
    32593285    end
    32603286    for ipair=1:nbpair
    3261         filename=name_generator(filebase,ref_i+displ_num(3,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),'.nc',nom_type_nc,1,...
    3262             ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair),subdir_civ1);
     3287        filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile,'.nc',nom_type_nc,...
     3288            ref_i+displ_num(3,ipair),ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair));
     3289       % filename=name_generator(filebase,ref_i+displ_num(3,ipair),ref_j+displ_num(1,ipair),'.nc',nom_type_nc,1,...
     3290        %    ref_i+displ_num(4,ipair),ref_j+displ_num(2,ipair),subdir_civ1);
    32633291        select(ipair)=exist(filename,'file')==2;
    32643292    end
    … …  
    32693297            num_j1=ref_j-floor(browse.incr_pair(2)/2);
    32703298            num_j2=ref_j+floor((browse.incr_pair(2)+1)/2);
    3271             filename=name_generator(filebase,num_i1,num_j1,'.nc',nom_type_nc,1,num_i2,num_j2,subdir_civ2);
     3299            filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2,RootFile,'.nc',nom_type_nc,num_i1,num_i2,num_j1,num_j2);
     3300            %filename=name_generator(filebase,num_i1,num_j1,'.nc',nom_type_nc,1,num_i2,num_j2,subdir_civ2);
    32723301            select(1)=exist(filename,'file')==2;
    32733302        else
    32743303            if  isequal(mode,'series(Dj)')% | isequal(mode,'st_series(Dj)')
    3275                 errordlg(['no civ2 file available for the selected reference index j=' num2str(ref_j) ' and subdirectory ' subdir_civ2])
     3304                msgbox_uvmat('ERROR',['no civ2 file available for the selected reference index j=' num2str(ref_j) ' and subdirectory ' subdir_civ2])
    32763305            else
    3277                 errordlg(['no civ2 file available for the selected reference index i=' num2str(ref_i) ' and subdirectory ' subdir_civ2])
     3306                msgbox_uvmat('ERROR',['no civ2 file available for the selected reference index i=' num2str(ref_i) ' and subdirectory ' subdir_civ2])
    32783307            end
    32793308            set(handles.ListPairCiv2,'Value',1);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.