Ignore:
Timestamp:
Apr 6, 2012, 4:37:12 PM (12 years ago)
Author:
sommeria
Message:

several bugs corrected
file indexing, color images...

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/src/find_file_series.m

    r386 r388  
    5454[FileType,FileInfo,Object]=get_file_type(fullfileinput);
    5555if strcmp( FileType,'multimage')||strcmp( FileType,'video')
    56         NomType='*';
    57         i1_series=(1:FileInfo.NbFrame)';
     56    NomType='*';
     57    i1_series=(1:FileInfo.NbFrame)';
    5858end
    5959
    … …  
    6161    if exist(fullfileinput,'file')
    6262        [tild,RootFile]=fileparts(fileinput);% case of constant name (no indexing)
    63     else     
     63    else
    6464        RootFile='';
    6565    end
    66 else
    67     %% possibly include the first index in the root name, if there exists a   corresponding xml file   
     66else
     67    %% possibly include the first index in the root name, if there exists a   corresponding xml file
     68    %   RootFileNew=RootFile;
     69    %     if ~isempty(regexp(NomType,['^_']))
     70    %         NomTypePref='_';
     71    %         RootFileNew=[RootFileNew '_'];
     72    %     end       RootPath='';
    6873    NomTypePref='';
    69     RootFileNew=RootFile;
    70 %     if ~isempty(regexp(NomType,['^_']))
    71 %         NomTypePref='_';
    72 %         RootFileNew=[RootFileNew '_'];
    73 %     end       RootPath='';
    7474    r=regexp(NomType,'^(?<tiretnum>_?\d+)','names');%look for a number or _1 at the beginning of NomType
    75 %     r=regexp(NomType,['^' NomTypePref '(?<num1>\d+)'],'names');%look for a number at the beginning of NomTypeSt
     75    %     r=regexp(NomType,['^' NomTypePref '(?<num1>\d+)'],'names');%look for a number at the beginning of NomTypeSt
    7676    if ~isempty(r)
    77         NomTypePref=r.tiretnum;
    78         fileinput_end=regexprep(fileinput,['^' RootFileNew],'');
    79         r=regexp(fileinput_end,'^(?<num1>\d+)','names');
    80         if ~isempty(r)           
    81             RootFileNew=[RootFileNew r.num1];
    82         end
    83         if exist(fullfile(RootPath,[RootFileNew '.xml']),'file')
    84             RootFile=RootFileNew;
    85             NomType=regexprep(NomType,['^' NomTypePref],'');
    86             i2_input=j2_input;
    87             j1_input=[];
    88             j2_input=[];
    89         else
    90             NomTypePref='';
     77        fileinput_end=regexprep(fileinput,['^' RootFile],'');%remove RootFile at the beginning of fileinput
     78        if isempty(regexp(r.tiretnum,'^_'))% if a separator '_' is not  detected
     79            rr=regexp(fileinput_end,'^(?<i1>\d+)','names');
     80        else% if a separator '_' is  detected
     81            rr=regexp(fileinput_end,'^(?<i1>_\d+)','names');
     82        end
     83        if ~isempty(rr)
     84            RootFileNew=[RootFile rr.i1];
     85            if exist(fullfile(RootPath,[RootFileNew '.xml']),'file')
     86                RootFile=RootFileNew;
     87                NomType=regexprep(NomType,['^'  NomTypePref],'');
     88                NomTypePref=r.tiretnum;
     89                i2_input=j2_input;
     90                j1_input=[];
     91                j2_input=[];
     92            end
    9193        end
    9294    end
    9395    %% analyse the list of existing files when relevant
    9496    sep1='';
    95     i1_str='(?<i1>)';
     97    i1_str='(?<i1>)';%will set i1=[];
    9698    i1_star='';
    97     sep2='';
    98     i2_str='(?<i2>)';
     99    %     r.sep2='';
     100    i2_str='(?<i2>)';%will set i2=[];
    99101    i2_star='';
    100     sep3='';
    101     j1_str='(?<j1>)';
     102    %     sep3='';
     103    j1_str='(?<j1>)';%will set j1=[];
    102104    j1_star='';
    103     sep4='';
    104     j2_str='(?<j2>)';
     105    %     sep4='';
     106    j2_str='(?<j2>)';%will set j2=[];
    105107    j2_star='';
    106     NomTypeStr=NomType;
    107     if ~isempty(regexp(NomTypeStr,'^_\d'))
    108         sep1='_';
    109         NomTypeStr(1)=[];%remove '_' from the beginning of NomTypeStr
    110     end
    111     r=regexp(NomTypeStr,'^(?<num1>\d+)','names');%look for a number at the beginning of NomTypeStr
     108    %   NomTypeStr=NomType;
     109    %Look for cases with letter indexing for the second index
     110    r=regexp(NomType,'^(?<sep1>_?)(?<i1>\d+)(?<j1>[a|A])(?<j2>[b|B]?)$','names');
    112111    if ~isempty(r)
    113         i1_str='(?<i1>\d+)';
    114         i1_star='*';
    115         NomTypeStr=regexprep(NomTypeStr,['^' r.num1],'');
    116         r=regexp(NomTypeStr,'^-(?<num2>\d+)','names');%look for a pair i1-i2
     112        sep1=r.sep1;
     113        if strcmp(lower(r.j1),r.j1)
     114            j1_str='(?<j1>[a-z])';
     115        else
     116           j1_str='(?<j1>[A-Z])';
     117        end
     118        j1_star='*';
     119        if ~isempty(r.j2)
     120           if strcmp(lower(r.j1),r.j1)
     121            j2_str='(?<j2>[a-z])';
     122            else
     123           j2_str='(?<j2>[A-Z])';
     124           end
     125            j2_star='*';
     126        end
     127    else %numerical indexing
     128        r=regexp(NomType,'^(?<sep1>_?)(?<i1>\d+)(?<i2>(-\d+)?)(?<j1>(_\d+)?)(?<j2>(-\d+)?)$','names');
    117129        if ~isempty(r)
    118             sep2='-';
    119             i2_str='(?<i2>\d+)';
    120             i2_star='*';
    121             NomTypeStr=regexprep(NomTypeStr,['^-' r.num2],'');
    122         end
    123         if ~isempty(regexp(NomTypeStr,'^_'));
    124             sep3='_';
    125             NomTypeStr(1)=[];%remove '_' from the beginning of NomTypeStr
    126         end
    127         if ~isempty(regexp(NomTypeStr,'^[a|A]'));
    128             j1_str='(?<j1>[a-z]|[A-Z])';
    129             j1_star='*';
    130             if ~isempty(regexp(NomTypeStr,'[b|B]$'));
    131                 j2_str='(?<j2>[a-z]|[A-Z])';
    132                 j2_star='*';
    133             end
    134         else
    135             r=regexp(NomTypeStr,'^(?<num3>\d+)','names');
    136             if ~isempty(r)
    137                 j1_str='(?<j1>\d+)';
    138                  j1_star='*';
    139                 NomTypeStr=regexprep(NomTypeStr,['^' r.num3],'');
    140             end
    141             r=regexp(NomTypeStr,'-(?<num4>\d+)','names');
    142             if ~isempty(r)
    143                 sep4='-';
    144                 j2_str='(?<j2>\d+)';
    145                  j2_star='*';
    146             end
    147         end
    148     end
    149     detect_string=['^' RootFile sep1 i1_str sep2 i2_str sep3 j1_str sep4 j2_str FileExt '$'];%string used in regexp to detect file indices
     130            sep1=r.sep1;
     131            i1_str='(?<i1>\d+)';
     132            i1_star='*';
     133            if ~isempty(r.i2)
     134                i2_str='(?<i2>-\d+)';
     135                i2_star='-*';
     136            end
     137            if ~isempty(r.j1)
     138                j1_str='(?<j1>_\d+)';
     139                j1_star='_*';
     140            end
     141            if ~isempty(r.j2)
     142                j2_str='(?<j2>-\d+)';
     143                j2_star='-*';
     144            end
     145        end
     146    end
     147    detect_string=['^' RootFile sep1 i1_str i2_str j1_str j2_str FileExt '$'];%string used in regexp to detect file indices
    150148    %find the string used to extract the relevant files with the command dir
    151     star_string=[RootFile sep1 i1_star sep2 i2_star sep3 j1_star sep4 j2_star '*'];
     149    star_string=[RootFile sep1 i1_star i2_star  j1_star j2_star FileExt];
    152150    wd=pwd;%current working directory
    153151    cd (RootPath)% move to the local dir to save time in the operation dir.
    154     dirpair=dir([star_string FileExt]);% look for relevant files in the file directory
     152    dirpair=dir(star_string);% look for relevant files in the file directory
    155153    cd(wd)
    156154    nbpair=numel(dirpair);
    … …  
    158156    ref_j_list=zeros(1,nbpair);
    159157    if nbpair==0% no detected file
    160 %         RootPath='';
     158        %         RootPath='';
    161159        RootFile='';
    162160    end
    … …  
    165163        rr=regexp(dirpair(ifile).name,detect_string,'names');
    166164        if ~isempty(rr)
    167         i1=str2num(rr.i1);
    168         i2=str2num(rr.i2);
    169         j1=stra2num(rr.j1);
    170         j2=stra2num(rr.j2);
    171         ref_i=i1;
    172         if isempty(i2_input)
    173             if ~isempty(i2)% invalid file name if i2 does not exist in the input file
    174                 break
    175             end
    176         else
    177             ref_i=floor((i1+i2)/2);
    178         end
    179         ref_j=1;
    180         if isempty(j1_input)
    181             if  ~isempty(j1)% invalid file name if j1 does not exist in the input file
    182                 break
    183             end
    184         else %j1_input is not empty
    185             if isempty(j1)% the detected name does not fit with the input
    186                 break
     165            i1=str2num(rr.i1);
     166            i2=str2num(regexprep(rr.i2,'^-',''));
     167            j1=stra2num(regexprep(rr.j1,'^_',''));
     168            j2=stra2num(regexprep(rr.j2,'^-',''));
     169            ref_i=i1;
     170            if isempty(i2_input)
     171                if ~isempty(i2)% invalid file name if i2 does not exist in the input file
     172                    break
     173                end
    187174            else
    188                 ref_j=j1;
    189                 if isempty(j2_input)
    190                     if  ~isempty(j2)% invalid file name if j2 does not exist in the input file
    191                         break
     175                ref_i=floor((i1+i2)/2);
     176            end
     177            ref_j=1;
     178            if isempty(j1_input)
     179                if  ~isempty(j1)% invalid file name if j1 does not exist in the input file
     180                    break
     181                end
     182            else %j1_input is not empty
     183                if isempty(j1)% the detected name does not fit with the input
     184                    break
     185                else
     186                    ref_j=j1;
     187                    if isempty(j2_input)
     188                        if  ~isempty(j2)% invalid file name if j2 does not exist in the input file
     189                            break
     190                        end
     191                    else
     192                        ref_j=floor((j1+j2)/2);
    192193                    end
    193                 else
    194                     ref_j=floor((j1+j2)/2);
    195                 end
    196             end
    197         end
    198         % update the detected index series
    199         ref_i_list(ifile)=ref_i;
    200         ref_j_list(ifile)=ref_j;
    201         nb_pairs=0;
    202         if ~isempty(i2_input)|| ~isempty(j2_input) %deals with  pairs
    203             if size(i1_series,1)>=ref_i+1 && size(i1_series,2)>=ref_j+1
    204                 nb_pairs=numel(find(i1_series(ref_i+1,ref_j+1,:)~=0));
    205             end
    206         end
    207         i1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=i1;
    208         if ~isempty(i2_input)
    209             i2_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=i2;
    210         end
    211         if ~isempty(j1_input)
    212             j1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j1;
    213         end
    214         if ~isempty(j2_input)
    215             j1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j1;
    216             j2_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j2;
    217         end
     194                end
     195            end
     196            % update the detected index series
     197            ref_i_list(ifile)=ref_i;
     198            ref_j_list(ifile)=ref_j;
     199            nb_pairs=0;
     200            if ~isempty(i2_input)|| ~isempty(j2_input) %deals with  pairs
     201                if size(i1_series,1)>=ref_i+1 && size(i1_series,2)>=ref_j+1
     202                    nb_pairs=numel(find(i1_series(ref_i+1,ref_j+1,:)~=0));
     203                end
     204            end
     205            i1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=i1;
     206            if ~isempty(i2_input)
     207                i2_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=i2;
     208            end
     209            if ~isempty(j1_input)
     210                j1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j1;
     211            end
     212            if ~isempty(j2_input)
     213                j1_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j1;
     214                j2_series(ref_i+1,ref_j+1,nb_pairs+1)=j2;
     215            end
    218216        end
    219217    end
    … …  
    227225    [tild,ifile_min]=min(ref_ij(ref_ij>0));
    228226    if isempty(ifile_min)
    229 %         RootPath='';
     227        %         RootPath='';
    230228        RootFile='';
    231229        NomType='';
    … …  
    239237    end
    240238end
    241 
    242 
    243239
    244240%% set to empty array the irrelevant index series
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.