Changeset 397


Ignore:
Timestamp:
Apr 26, 2012, 8:59:09 AM (9 years ago)
Author:
sommeria
Message:

civ_matlab and patch improved, changes in the management of interpolation (still in progress).
adapatation to movies (use of VideoReader?)

Location:
trunk/src
Files:
15 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/calc_field.m

    r389 r397  
    2323% file, depending on the scalar
    2424
    25 function [DataOut,errormsg]=calc_field(FieldName,DataIn,VelType,XI,YI)
     25function [DataOut,errormsg]=calc_field(FieldName,DataIn,Coord_interp)
    2626
    2727%list of defined scalars to display in menus (in addition to 'ima_cor').
     
    6666   
    6767    %% interpolation with new civ data
    68     if isfield(DataIn,'SubRange') &&(strcmp(VelType,'filter1')||strcmp(VelType,'filter2'))
     68    if isfield(DataIn,'SubRange') && isfield(DataIn,'Coord_tps')&& exist('Coord_interp','var')
     69        DataOut.ListGlobalAttribute=DataIn.ListGlobalAttribute; %reproduce global attribute
     70        for ilist=1:numel(DataOut.ListGlobalAttribute)
     71            DataOut.(DataOut.ListGlobalAttribute{ilist})=DataIn.(DataIn.ListGlobalAttribute{ilist});
     72        end
     73        DataOut.ListVarName={'coord_y','coord_x','FF'};
     74        DataOut.VarDimName{1}='coord_y';
     75        DataOut.VarDimName{2}='coord_x';
    6976        XMax=max(max(DataIn.SubRange(1,:,:)));% extrema of the coordinates
    7077        YMax=max(max(DataIn.SubRange(2,:,:)));
    7178        XMin=min(min(DataIn.SubRange(1,:,:)));
    7279        YMin=min(min(DataIn.SubRange(2,:,:)));
    73         if ~(exist('XI','var')&&exist('YI','var'))
    74             Mesh=sqrt((YMax-YMin)*(XMax-XMin)/numel(DataIn.Coord_tps(:,1,:)));%2D
    75             xI=XMin:Mesh:XMax;
    76             yI=YMin:Mesh:YMax;
    77             [XI,YI]=meshgrid(xI,yI);% interpolation grid
    78             XI=reshape(XI,[],1);
    79             YI=reshape(YI,[],1);
    80         end
    81         DataOut.ListGlobalAttribute=DataIn.ListGlobalAttribute; %reproduce global attribute
    82         for ilist=1:numel(DataOut.ListGlobalAttribute)
    83             DataOut.(DataOut.ListGlobalAttribute{ilist})=DataIn.(DataIn.ListGlobalAttribute{ilist});
    84         end
    85         DataOut.ListVarName={'coord_y','coord_x','FF'};
    86         DataOut.VarDimName{1}='coord_y';
    87         DataOut.VarDimName{2}='coord_x';
    88         DataOut.coord_y=[yI(1) yI(end)];
    89         DataOut.coord_x=[xI(1) xI(end)];
    90         switch FieldName{1}
    91             case {'velocity','u','v'}
    92                 DataOut.U=zeros(size(XI));
    93                 DataOut.V=zeros(size(XI));
    94             case 'vort'
    95                 DataOut.vort=zeros(size(XI));
    96             case 'div'
    97                 DataOut.div=zeros(size(XI));
    98             case 'strain'
    99                 DataOut.strain=zeros(size(XI));
    100         end
    101         nbval=zeros(size(XI));
     80        %         if ~exist('Coord_interp','var')
     81        %             Mesh=sqrt((YMax-YMin)*(XMax-XMin)/numel(DataIn.Coord_tps(:,1,:)));%2D
     82        %             xI=XMin:Mesh:XMax;
     83        %             yI=YMin:Mesh:YMax;
     84        %             [XI,YI]=meshgrid(xI,yI);% interpolation grid
     85        %             Coord_interp(:,1)=reshape(XI,[],1);
     86        %             Coord_interp(:,2)=reshape(YI,[],1);
     87        %             DataOut.coord_y=[yI(1) yI(end)];
     88        %             DataOut.coord_x=[xI(1) xI(end)];
     89        %      end
     90        check_der=0;
     91        check_val=0;
     92        for ilist=1:length(FieldName)
     93            switch FieldName{ilist}
     94                case 'velocity'
     95                    check_val=1;
     96                    DataOut.U=zeros(size(Coord_interp,1));
     97                    DataOut.V=zeros(size(Coord_interp,1));
     98                case{'vort','div','strain'}% case of spatial derivatives
     99                    check_der=1;
     100                    DataOut.(FieldName{ilist})=zeros(size(Coord_interp,1));
     101                otherwise % case of a scalar
     102                    check_val=1;
     103                    DataOut.(FieldName{ilist})=zeros(size(Coord_interp,1));
     104            end
     105        end
     106        nbval=zeros(size(Coord_interp,1));
    102107        NbSubDomain=size(DataIn.SubRange,3);
    103108        for isub=1:NbSubDomain
     
    107112                nbvec_sub=numel(find(DataIn.Indices_tps(:,isub)));
    108113            end
    109             ind_sel=find(XI>=DataIn.SubRange(1,1,isub) & XI<=DataIn.SubRange(1,2,isub) & YI>=DataIn.SubRange(2,1,isub) & YI<=DataIn.SubRange(2,2,isub));
     114            ind_sel=find(Coord_interp>=DataIn.SubRange(:,1,isub) & Coord_interp<=DataIn.SubRange(:,2,isub));
    110115            %rho smoothing parameter
    111             epoints = [XI(ind_sel) YI(ind_sel)];% coordinates of interpolation sites
    112             ctrs=DataIn.Coord_tps(1:nbvec_sub,:,isub);%(=initial points) ctrs
     116            %                 epoints = Coord_interp(ind_sel) ;% coordinates of interpolation sites
     117            %                 ctrs=DataIn.Coord_tps(1:nbvec_sub,:,isub);%(=initial points) ctrs
    113118            nbval(ind_sel)=nbval(ind_sel)+1;% records the number of values for eacn interpolation point (in case of subdomain overlap)
     119            if check_val
     120                EM = tps_eval(Coord_interp(ind_sel),DataIn.Coord_tps(1:nbvec_sub,:,isub));%kernels for calculating the velocity from tps 'sources'
     121            end
     122            if check_der
     123                [EMDX,EMDY] = tps_eval_dxy(Coord_interp(ind_sel),DataIn.Coord_tps(1:nbvec_sub,:,isub));%kernels for calculating the spatial derivatives from tps 'sources'
     124            end
     125            for ilist=1:length(FieldName)
     126                switch FieldName{ilist}
     127                    case 'velocity'
     128                        ListFields={'U', 'V'};
     129                        VarAttributes{1}.Role='vector_x';
     130                        VarAttributes{2}.Role='vector_y';
     131                        DataOut.U(ind_sel)=DataOut.U(ind_sel)+EM *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     132                        DataOut.V(ind_sel)=DataOut.V(ind_sel)+EM *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     133                    case 'u'
     134                        ListFields={'U'};
     135                        VarAttributes{1}.Role='scalar';
     136                        DataOut.U(ind_sel)=DataOut.U(ind_sel)+EM *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     137                    case 'v'
     138                        ListFields={'V'};
     139                        VarAttributes{1}.Role='scalar';
     140                        DataOut.V(ind_sel)=DataOut.V(ind_sel)+EM *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     141                    case 'vort'
     142                        ListFields={'vort'};
     143                        VarAttributes{1}.Role='scalar';
     144                        DataOut.vort(ind_sel)=DataOut.vort(ind_sel)+EMDY *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)-EMDX *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     145                    case 'div'
     146                        ListFields={'div'};
     147                        VarAttributes{1}.Role='scalar';
     148                        DataOut.div(ind_sel)=DataOut.div(ind_sel)+EMDX*DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)+EMDY *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     149                    case 'strain'
     150                        ListFields={'strain'};
     151                        VarAttributes{1}.Role='scalar';
     152                        DataOut.strain(ind_sel)=DataOut.strain(ind_sel)+EMDY*DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)+EMDX *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     153                end
     154            end
     155            DataOut.FF=nbval==0; %put errorflag to 1 for points outside the interpolation rang
     156            DataOut.FF=reshape(DataOut.FF,numel(yI),numel(xI));
     157            nbval(nbval==0)=1;
    114158            switch FieldName{1}
    115159                case {'velocity','u','v'}
    116                     EM = tps_eval(epoints,ctrs);%kernels for calculating the velocity from tps 'sources'
    117                 case{'vort','div','strain'}
    118                     [EMDX,EMDY] = tps_eval_dxy(epoints,ctrs);%kernels for calculating the spatial derivatives from tps 'sources'
    119             end
    120             switch FieldName{1}
    121                 case 'velocity'
    122                     ListFields={'U', 'V'};
    123                     VarAttributes{1}.Role='vector_x';
    124                     VarAttributes{2}.Role='vector_y';
    125                     DataOut.U(ind_sel)=DataOut.U(ind_sel)+EM *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
    126                     DataOut.V(ind_sel)=DataOut.V(ind_sel)+EM *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
    127                 case 'u'
    128                     ListFields={'U'};
    129                     VarAttributes{1}.Role='scalar';
    130                     DataOut.U(ind_sel)=DataOut.U(ind_sel)+EM *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
    131                 case 'v'
    132                     ListFields={'V'};
    133                     VarAttributes{1}.Role='scalar';
    134                     DataOut.V(ind_sel)=DataOut.V(ind_sel)+EM *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     160                    DataOut.U=reshape(DataOut.U./nbval,numel(yI),numel(xI));
     161                    DataOut.V=reshape(DataOut.V./nbval,numel(yI),numel(xI));
    135162                case 'vort'
    136                     ListFields={'vort'};
    137                     VarAttributes{1}.Role='scalar';
    138                     DataOut.vort(ind_sel)=DataOut.vort(ind_sel)+EMDY *DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)-EMDX *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     163                    DataOut.vort=reshape(DataOut.vort,numel(yI),numel(xI));
    139164                case 'div'
    140                     ListFields={'div'};
    141                     VarAttributes{1}.Role='scalar';
    142                     DataOut.div(ind_sel)=DataOut.div(ind_sel)+EMDX*DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)+EMDY *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
     165                    DataOut.div=reshape(DataOut.div,numel(yI),numel(xI));
    143166                case 'strain'
    144                     ListFields={'strain'};
    145                     VarAttributes{1}.Role='scalar';
    146                     DataOut.strain(ind_sel)=DataOut.strain(ind_sel)+EMDY*DataIn.U_tps(1:nbvec_sub+3,isub)+EMDX *DataIn.V_tps(1:nbvec_sub+3,isub);
    147             end
    148         end
    149         DataOut.FF=nbval==0; %put errorflag to 1 for points outside the interpolation rang     
    150         DataOut.FF=reshape(DataOut.FF,numel(yI),numel(xI));
    151         nbval(nbval==0)=1;
    152         switch FieldName{1}
    153               case {'velocity','u','v'}
    154         DataOut.U=reshape(DataOut.U./nbval,numel(yI),numel(xI));
    155         DataOut.V=reshape(DataOut.V./nbval,numel(yI),numel(xI));
    156             case 'vort'
    157         DataOut.vort=reshape(DataOut.vort,numel(yI),numel(xI));
    158             case 'div'
    159         DataOut.div=reshape(DataOut.div,numel(yI),numel(xI));
    160             case 'strain'
    161            DataOut.strain=reshape(DataOut.strain,numel(yI),numel(xI));
    162         end
    163         DataOut.ListVarName=[DataOut.ListVarName ListFields];
    164         for ilist=3:numel(DataOut.ListVarName)
    165             DataOut.VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
    166         end
    167         DataOut.VarAttribute={[],[]};
    168         DataOut.VarAttribute{3}.Role='errorflag';
    169         DataOut.VarAttribute=[DataOut.VarAttribute VarAttributes];
     167                    DataOut.strain=reshape(DataOut.strain,numel(yI),numel(xI));
     168            end
     169            DataOut.ListVarName=[DataOut.ListVarName ListFields];
     170            for ilist=3:numel(DataOut.ListVarName)
     171                DataOut.VarDimName{ilist}={'coord_y','coord_x'};
     172            end
     173            DataOut.VarAttribute={[],[]};
     174            DataOut.VarAttribute{3}.Role='errorflag';
     175            DataOut.VarAttribute=[DataOut.VarAttribute VarAttributes];
     176        end
    170177    else
    171178       
     
    200207            DataOut.VarAttribute{nbcoord+ivar}.Role=RoleList{ivar};
    201208            DataOut.VarAttribute{nbcoord+ivar}.units=units_cell{ivar};
    202             eval(['DataOut.' ListVarName{ivar} '=ValueList{ivar};'])
     209            DataOut.(ListVarName{ivar})=ValueList{ivar};
    203210        end
    204211    end
  • trunk/src/civ.m

    r389 r397  
    520520            dt=0.04;%default
    521521            if exist([RootName ext_imadoc],'file')==2
    522                 info=aviinfo([RootName ext_imadoc]);%read infos on the avi movie
    523                 dt=1/info.FramesPerSecond;%time interval between successive frames
    524                 MaxIndex_i=info.NumFrames;%number of frames
    525             end
    526             time=(dt*(0:MaxIndex_i-1))';%list of image times
    527             TimeUnit='s';
    528     end
    529     set(handles.ImaDoc,'BackgroundColor',[1 1 1])% set display box back to whiter
    530 end
    531 
     522                hhh=which('videoreader');
     523                if isempty(hhh)%use old video function of matlab
     524                    imainfo=aviinfo([RootName ext_imadoc]);%read infos on the avi movie
     525                    dt=1/imainfo.FramesPerSecond;%time interval between successive frames
     526                    MaxIndex_i=imainfo.NumFrames;%number of frames
     527                    %         XmlData.Time=(0:1/imainfo.FramesPerSecond:(imainfo.NumFrames-1)/imainfo.FramesPerSecond)';
     528                    %         nbfield=imainfo.NumFrames;
     529                    %         set(handles.Dt_txt,'String',['Dt=' num2str(1000/imainfo.FramesPerSecond) 'ms']);%display the elementary time interval in millisec
     530                    %         ColorType=imainfo.ImageType;%='truecolor' for color images
     531                else %use video function videoreader of matlab
     532                    imainfo=get(videoreader([RootName ext_imadoc]));%read infos on the avi movie
     533                    dt=1/imainfo.FrameRate;%time interval between successive frames
     534                    MaxIndex_i=imainfo.NumberOfFrames;%number of frames
     535                    %         XmlData.Time=(0:1/imainfo.FrameRate:(imainfo.NumberOfFrames-1)/imainfo.FrameRate)';
     536                    %         nbfield=imainfo.NumberOfFrames;
     537                    %         set(handles.Dt_txt,'String',['Dt=' num2str(1000/imainfo.FrameRate) 'ms']);%display the elementary time interval in millisec
     538                    %         ColorType='truecolor';
     539                end
     540               
     541                time=(dt*(0:MaxIndex_i-1))';%list of image times
     542                TimeUnit='s';
     543            end
     544            set(handles.ImaDoc,'BackgroundColor',[1 1 1])% set display box back to whiter
     545    end
     546end
    532547%% timing display
    533548%show the reference image edit box if relevant (not needed for movies or in the absence of time information
     
    12231238            Param.Civ1.Time=((time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)+time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1))/2);
    12241239            Param.Civ1.term_a=num2stra(j1_civ1(j),nom_type_nc);%UTILITE?
    1225             Param.Civ1.term_b=num2stra(j2_civ1(j),nom_type_nc);%   
    1226             ImageInfo=imfinfo(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
     1240            Param.Civ1.term_b=num2stra(j2_civ1(j),nom_type_nc);%
     1241            form=imformats(regexprep(get(handles.ImaExt,'String'),'^.',''));%look for image formats
     1242            if isempty(form)
     1243                ImageInfo=get(VideoReader(filecell.ima1.civ1{1,1}));
     1244                Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfo.BitsPerPixel/3;
     1245            else
     1246                ImageInfo=imfinfo(filecell.ima1.civ1{1,1});%read the first image to get the size
     1247                Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfo.BitDepth;
     1248            end
    12271249            Param.Civ1.ImageWidth=ImageInfo.Width;
    12281250            Param.Civ1.ImageHeight=ImageInfo.Height;
    1229             Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfo.BitDepth;
    12301251            Param.Civ1.i1=i1_civ1;
    12311252            Param.Civ1.i2=i2_civ1;
     
    13941415                end
    13951416            end
    1396             ImageInfo=imfinfo(filecell.ima1.civ2{1,1});%read the first image to get the size
     1417            form=imformats(regexprep(get(handles.ImaExt,'String'),'^.',''));%look for image formats
     1418            if isempty(form)
     1419                ImageInfo=get(VideoReader(filecell.ima1.civ2{1,1}));
     1420                Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfo.BitsPerPixel/3;
     1421            else
     1422                ImageInfo=imfinfo(filecell.ima1.civ2{1,1});%read the first image to get the size
     1423                Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfo.BitDepth;
     1424            end
    13971425            Param.Civ2.ImageWidth=ImageInfo.Width;
    13981426            Param.Civ2.ImageHeight=ImageInfo.Height;
    1399             Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfo.BitDepth;
    14001427            Param.Civ2.i1=i1_civ2;
    14011428            Param.Civ2.i2=i2_civ2;
    1402             % TODO: case of movie   
    14031429            switch CivMode
    14041430                case 'CivX'
     
    39283954    par_civ1.ImageHeight=size(Data.A,1);
    39293955    par_civ1.Mask='all';% will provide only the grid set for PIV, no image correlation
    3930     par_civ1.i1=i1_civ1;
    3931     par_civ1.i2=i2_civ1;
     3956    par_civ1.i1=1;%i1_civ1;
     3957    par_civ1.i2=2;%i2_civ1;
    39323958    Param.Civ1=par_civ1;
    39333959    Grid=civ_matlab(Param);% get the grid of x, y positions set for PIV
  • trunk/src/civ_matlab.m

    r389 r397  
    7272        end
    7373    else
    74         if isfield(par_civ1,'ImageA') && ischar(par_civ1.ImageA) % case with no image: only the PIV grid is calculated
     74        if isfield(par_civ1,'ImageA')&&(ischar(par_civ1.ImageA)||strcmp(class(par_civ1.ImageA),'VideoReader')) % case with no image: only the PIV grid is calculated
    7575            [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(par_civ1.ImageA,par_civ1.FileTypeA,[],par_civ1.i1);
    7676            par_civ1.ImageA=Field.A;%imread(par_civ1.ImageA);%[Field,ParamOut,errormsg] = read_field(ObjectName,FileType,ParamIn,num)
    7777        end
    78         if isfield(par_civ1,'ImageB')&& ischar(par_civ1.ImageB)
     78        if isfield(par_civ1,'ImageB')&& (ischar(par_civ1.ImageB)||strcmp(class(par_civ1.ImageA),'VideoReader'))
    7979            [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(par_civ1.ImageB,par_civ1.FileTypeB,[],par_civ1.i2);
    8080            par_civ1.ImageB=Field.A;%=imread(par_civ1.ImageB);
     
    177177    Data.Patch1_Threshold=Param.Patch1.MaxDiff;
    178178    Data.Patch1_SubDomain=Param.Patch1.SubdomainSize;
     179    nbvar=length(Data.ListVarName);
    179180    Data.ListVarName=[Data.ListVarName {'Civ1_U_smooth','Civ1_V_smooth','Civ1_SubRange','Civ1_NbSites','Civ1_Coord_tps','Civ1_U_tps','Civ1_V_tps'}];
    180181    Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'NbVec1','NbVec1',{'NbCoord','Two','NbSubDomain1'},{'NbSubDomain1'},...
    181182             {'NbVec1Sub','NbCoord','NbSubDomain1'},{'Nbtps1','NbSubDomain1'},{'Nbtps1','NbSubDomain1'}}];
    182     nbvar=length(Data.ListVarName);
    183     Data.VarAttribute{nbvar-1}.Role='vector_x';
    184     Data.VarAttribute{nbvar}.Role='vector_y';
     183    Data.VarAttribute{nbvar+1}.Role='vector_x';
     184    Data.VarAttribute{nbvar+2}.Role='vector_y';
     185    Data.VarAttribute{nbvar+5}.Role='coord_tps';
     186    Data.VarAttribute{nbvar+6}.Role='vector_x_tps';
     187    Data.VarAttribute{nbvar+7}.Role='vector_y_tps';
    185188    Data.Civ1_U_smooth=zeros(size(Data.Civ1_X));
    186189    Data.Civ1_V_smooth=zeros(size(Data.Civ1_X));
     
    204207    par_civ2=Param.Civ2;
    205208    if ~isfield (Param,'Civ1') || ~strcmp(Param.Civ1.ImageA,par_civ2.ImageA)
    206         par_civ2.ImageA=imread(Param.Civ2.ImageA);%read first image if not already done for civ1
     209        %read first image if not already done for civ1
     210        [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(par_civ2.ImageA,par_civ2.FileTypeA,[],par_civ2.i1);
     211        par_civ2.ImageA=Field.A;
     212        %      par_civ2.ImageA=imread(Param.Civ2.ImageA);
    207213    else
    208214        par_civ2.ImageA=par_civ1.ImageA;
    209215    end
    210216    if ~isfield (Param,'Civ1') || ~strcmp(Param.Civ1.ImageB,par_civ2.ImageB)
    211         par_civ2.ImageB=imread(Param.Civ2.ImageB);%read second image if not already done for civ1
    212          else
     217        %read first image if not already done for civ1
     218        [Field,ParamOut,errormsg] = read_field(par_civ2.ImageB,par_civ2.FileTypeB,[],par_civ2.i2);
     219        par_civ2.ImageB=Field.A;
     220        %      par_civ2.ImageB=imread(Param.Civ2.ImageB);
     221    else
    213222        par_civ2.ImageB=par_civ1.ImageB;
    214223    end
     
    330339    else
    331340        Data.ListVarName=[Data.ListVarName {'Civ2_FF'}];
    332         Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'nbvec2'}];
     341        Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'NbVec2'}];
    333342        nbvar=length(Data.ListVarName);
    334343        Data.VarAttribute{nbvar}.Role='errorflag';   
     
    345354    Data.Patch2_Threshold=Param.Patch2.MaxDiff;
    346355    Data.Patch2_SubDomain=Param.Patch2.SubdomainSize;
    347     Data.ListVarName=[Data.ListVarName {'Civ2_U_Diff','Civ2_V_Diff','Civ2_SubRange','Civ2_NbSites','Civ2_Coord_tps','Civ2_U_tps','Civ2_V_tps'}];
     356    nbvar=length(Data.ListVarName);
     357    Data.ListVarName=[Data.ListVarName {'Civ2_U_smooth','Civ2_V_smooth','Civ2_SubRange','Civ2_NbSites','Civ2_Coord_tps','Civ2_U_tps','Civ2_V_tps'}];
    348358    Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'NbVec2','NbVec2',{'NbCoord','Two','NbSubDomain2'},{'NbSubDomain2'},...
    349359             {'NbVec2Sub','NbCoord','NbSubDomain2'},{'Nbtps2','NbSubDomain2'},{'Nbtps2','NbSubDomain2'}}];
     
    351361%     Data.VarDimName=[Data.VarDimName {'NbVec2','NbVec2',{'NbSubDomain2','Two'},{'NbSubDomain2','Two'},...
    352362%              {'NbVec2Sub','NbSubDomain2'},{'NbVec2Sub','NbSubDomain2'},{'Nbtps2','NbSubDomain2'},{'Nbtps2','NbSubDomain2'},{'NbVec2Sub','NbSubDomain2'}}];
    353     nbvar=length(Data.ListVarName);
    354     Data.VarAttribute{nbvar-1}.Role='vector_x';
    355     Data.VarAttribute{nbvar}.Role='vector_y';
    356     Data.Civ2_U_Diff=zeros(size(Data.Civ2_X));
    357     Data.Civ2_V_Diff=zeros(size(Data.Civ2_X));
     363
     364        Data.VarAttribute{nbvar+1}.Role='vector_x';
     365    Data.VarAttribute{nbvar+2}.Role='vector_y';
     366    Data.VarAttribute{nbvar+5}.Role='coord_tps';
     367    Data.VarAttribute{nbvar+6}.Role='vector_x_tps';
     368    Data.VarAttribute{nbvar+7}.Role='vector_y_tps';
     369    Data.Civ2_U_smooth=zeros(size(Data.Civ2_X));
     370    Data.Civ2_V_smooth=zeros(size(Data.Civ2_X));
    358371    if isfield(Data,'Civ2_FF')
    359372        ind_good=find(Data.Civ2_FF==0);
     
    363376    [Data.Civ2_SubRange,Data.Civ2_NbSites,Data.Civ2_Coord_tps,Data.Civ2_U_tps,Data.Civ2_V_tps,tild,Ures, Vres,tild,FFres]=...
    364377         filter_tps([Data.Civ2_X(ind_good) Data.Civ2_Y(ind_good)],Data.Civ2_U(ind_good),Data.Civ2_V(ind_good),[],Data.Patch2_SubDomain,Data.Patch2_Rho,Data.Patch2_Threshold);
    365       Data.Civ2_U_Diff(ind_good)=Data.Civ2_U(ind_good)-Ures;
    366       Data.Civ2_V_Diff(ind_good)=Data.Civ2_V(ind_good)-Vres;
    367       Data.Civ2_FF(ind_good)=FFres;
    368       Data.CivStage=Data.CivStage+1;                             
     378    Data.Civ2_U_smooth(ind_good)=Ures;
     379    Data.Civ2_V_smooth(ind_good)=Vres;
     380    Data.Civ2_FF(ind_good)=FFres;
     381    Data.CivStage=Data.CivStage+1;                             
    369382end 
    370383
  • trunk/src/find_field_indices.m

    r236 r397  
    102102% find the spatial dimensions and vector components
    103103ListRole={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','warnflag','errorflag',...
    104     'ancillary','image','color','discrete','scalar'};
     104    'ancillary','image','color','discrete','scalar','coord_tps'};
    105105for icell=1:length(CellVarIndex)
    106106    for ilist=1:numel(ListRole)
  • trunk/src/find_file_series.m

    r395 r397  
    5555if strcmp( FileType,'multimage')||strcmp( FileType,'video')
    5656    NomType='*';
    57     i1_series=(1:FileInfo.NbFrame)';
     57    i1_series=(1:FileInfo.NumberOfFrames)';
    5858end
    5959
    6060if strcmp(NomType,'')||strcmp(NomType,'*')||strcmp(option,'filetype')
    6161    if exist(fullfileinput,'file')
    62         RootFile=fileinput;% case of constant name (no indexing)
    63        % [tild,RootFile]=fileparts(fileinput);% case of constant name (no indexing)
     62      %  RootFile=fileinput;% case of constant name (no indexing)
     63        [tild,RootFile]=fileparts(fileinput);% case of constant name (no indexing)
    6464    else
    6565        RootFile='';
  • trunk/src/get_file_type.m

    r387 r397  
    1010% INPUT:
    1111% fileinput: name, including path, of the file to analyse
    12 function [FileType,FileInfo,Object]=get_file_type(fileinput)
     12function [FileType,FileInfo,VideoObject]=get_file_type(fileinput)
    1313FileType='';
    1414FileInfo=[];
    15 Object=[];
     15VideoObject=[];
    1616[tild,tild,FileExt]=fileparts(fileinput);
    1717
     
    7070            if error_nc
    7171                try
    72                     if exist('VideoReader','file')%recent version of Matlab
    73                         Object=VideoReader(fileinput);
    74                     else
    75                         Object=mmreader(fileinput);%older Matlab function for movies
    76                     end
    77                     FileType='video';
    78                     FileInfo.NbFrame=get(Object,'NumberOfFrames');
     72                    if exist('VideoReader.m','file')%recent version of Matlab
     73                        VideoObject=VideoReader(fileinput);
     74                        FileInfo.NumberOfFrames=get(VideoObject,'NumberOfFrames');
     75                        FileType='video';
     76                    end             
    7977                end
    8078            end
  • trunk/src/plot_field.m

    r389 r397  
    286286        if length(FieldData.VarAttribute)>=VarIndex(ivar)
    287287            VarAttribute=FieldData.VarAttribute{VarIndex(ivar)};
    288             if isfield(VarAttribute,'Role')&&strcmp(VarAttribute.Role,'ancillary')
     288            if isfield(VarAttribute,'Role')&&(strcmp(VarAttribute.Role,'ancillary')||strcmp(VarAttribute.Role,'coord_tps')...
     289                    ||strcmp(VarAttribute.Role,'vector_x_tps')||strcmp(VarAttribute.Role,'vector_y_tps'))
    289290                checkancillary=1;
    290291            end
     
    296297                VarValue=VarValue';
    297298            end
     299            if size(VarValue,1)==1
    298300            txt=[VarName '=' num2str(VarValue)];
    299301            txt_cell=[txt_cell;{txt}];
     302            end
    300303        end
    301304    end
  • trunk/src/plot_object.m

    r379 r397  
    168168        yline=[yline; ObjectData.Coord(1,2)];
    169169    elseif isequal(ObjectData.Type,'plane')|| isequal(ObjectData.Type,'volume')
    170         phi=ObjectData.Phi*pi/180;%angle in radians
     170        phi=ObjectData.Angle(3)*pi/180;%angle in radians
    171171        Xend_x=xline(1)+XMax*cos(phi);
    172172        Xend_y=yline(1)+XMax*sin(phi);
  • trunk/src/proj_field.m

    r388 r397  
    11%'proj_field': projects the field on a projection object
    22%--------------------------------------------------------------------------
    3 %  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData)
     3%  function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,FieldName)
    44%
    55% OUTPUT:
     
    2020%    .ProjMode=mode of projection ;
    2121%    .CoordUnit: 'px', 'cm' units for the coordinates defining the object
    22 %    .Phi  angle of rotation (=0 by default)
     22%    .Angle (  angles of rotation (=[0 0 0] by default)
    2323%    .ProjAngle=angle of projection;
    2424%    .DX,.DY,.DZ=increments along each coordinate
     
    8282function [ProjData,errormsg]=proj_field(FieldData,ObjectData,FieldName)
    8383errormsg='';%default
     84if ~exist('FieldName','var')
     85    FieldName='';
     86end
    8487%% case of no projection (object is used only as graph display)
    8588if isfield(ObjectData,'ProjMode') && (isequal(ObjectData.ProjMode,'none')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_inside')||isequal(ObjectData.ProjMode,'mask_outside'))
     89    if ~isempty(FieldName)
     90        [ProjData,errormsg]=calc_field(FieldName,FieldData);
     91    else
    8692    ProjData=[];
     93    end
    8794    return
    8895end
     
    123130%%%%%%%%%%
    124131
    125 %% apply projection depending on the object style
     132%% apply projection depending on the object type
    126133switch ObjectData.Type
    127134    case 'points'
     
    136143        end
    137144    case 'plane'
    138             [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData);
     145            [ProjData,errormsg] = proj_plane(FieldData,ObjectData,FieldName);
    139146    case 'volume'
    140147        [ProjData,errormsg] = proj_volume(FieldData,ObjectData);
     
    892899if isfield(ObjectData,'ProjMode'),ProjMode=ObjectData.ProjMode; end;
    893900
    894 %axis origin
     901%% axis origin
    895902if isempty(ObjectData.Coord)
    896903    ObjectData.Coord(1,1)=0;%origin of the plane set to [0 0] by default
     
    899906end
    900907
    901 %rotation angles
     908%% rotation angles
    902909PlaneAngle=[0 0 0];
    903910norm_plane=[0 0 1];
     
    921928testangle=~isequal(PlaneAngle,[0 0 0]);% && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
    922929
    923 %mesh sizes DX and DY
     930%% mesh sizes DX and DY
    924931DX=0;
    925932DY=0; %default
     
    936943end
    937944
    938 %extrema along each axis
     945%% extrema along each axis
    939946testXMin=0;
    940947testXMax=0;
     
    958965end
    959966
    960 % initiate Matlab  structure for physical field
     967%% initiate Matlab  structure for physical field
    961968[ProjData,errormsg]=proj_heading(FieldData,ObjectData);
    962969ProjData.NbDim=2;
     
    968975    ProjData.Mesh=FieldData.Mesh;
    969976end
    970 
    971977error=0;%default
    972978flux=0;
     
    10171023   
    10181024    %% case of input fields with unstructured coordinates
     1025    coord_z=0;%default
    10191026    if testX
    10201027        XName=FieldData.ListVarName{ivar_X};
    10211028        YName=FieldData.ListVarName{ivar_Y};
    1022         eval(['coord_x=FieldData.' XName ';'])
    1023         eval(['coord_y=FieldData.' YName ';'])
     1029        coord_x=FieldData.(XName);
     1030        coord_y=FieldData.(YName);
    10241031        if length(ivar_Z)==1
    10251032            ZName=FieldData.ListVarName{ivar_Z};
    1026             eval(['coord_z=FieldData.' ZName ';'])
     1033            coord_z=FieldData.(ZName);
    10271034        end
    10281035       
     
    10511058       
    10521059        %rotate coordinates if needed:
     1060        Psi=PlaneAngle(1);
     1061        Theta=PlaneAngle(2);
     1062        Phi=PlaneAngle(3);
    10531063        if testangle && ~test90y && ~test90x;%=1 for slanted plane
    1054             %             coord_X=coord_x;
    1055             %             coord_Y=coord_y;
    1056             %             if ~isequal(Theta,0)
    1057             %                 coord_Y=coord_Y *cos(Theta);
    1058             %             end
    1059             %         else
    10601064            coord_X=(coord_x *cos(Phi) + coord_y* sin(Phi));
    10611065            coord_Y=(-coord_x *sin(Phi) + coord_y *cos(Phi))*cos(Theta);
    1062             %         end
    1063             %         if ~isempty(ivar_Z)
    10641066            coord_Y=coord_Y+coord_z *sin(Theta);
    1065             %         end
    1066             %         if testangle
    10671067            coord_X=(coord_X *cos(Psi) - coord_Y* sin(Psi));%A VERIFIER
     1068
    10681069            coord_Y=(coord_X *sin(Psi) + coord_Y* cos(Psi));
    10691070        else
     
    11631164            FF=zeros(1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
    11641165            testFF=0;
     1166            FieldName
    11651167            if ~isempty(FieldName)
    1166                 FieldData=calc_field(FieldName,FieldData,XI,YI);
    1167             end
    1168             for ivar=VarIndex
    1169                 VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
    1170                 if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
    1171                     ivar_new=ivar_new+1;
    1172                     ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
     1168                ProjData=calc_field(FieldName,FieldData,[XI YI]);
     1169            else
     1170                for ivar=VarIndex
     1171                    VarName=FieldData.ListVarName{ivar};
     1172                    if ~( ivar==ivar_X || ivar==ivar_Y || ivar==ivar_Z || ivar==ivar_F || ivar==ivar_FF || test_anc(ivar)==1)
     1173                        ivar_new=ivar_new+1;
     1174                        ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {VarName}];
     1175                        ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
     1176                        if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
     1177                            ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
     1178                        end
     1179                        if  ~isequal(ivar_FF,0)
     1180                            FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
     1181                        end
     1182                        %                     if isfield(FieldData,[VarName '_tps'])
     1183                        %                         [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
     1184                        %                         XI=reshape(XI,[],1);
     1185                        %                         YI=reshape(YI,[],1);
     1186                        %
     1187                        ProjData.(VarName)=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.(VarName)),coord_x_proj,coord_y_proj',rho);
     1188                        varline=reshape(ProjData.(VarName),1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
     1189                        FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
     1190                        indnan=find(FFlag);
     1191                        if~isempty(indnan)
     1192                            varline(indnan)=zeros(size(indnan));
     1193                            ProjData.(VarName)=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
     1194                            FF(indnan)=ones(size(indnan));
     1195                            testFF=1;
     1196                        end
     1197                        if ivar==ivar_U
     1198                            ivar_U=ivar_new;
     1199                        end
     1200                        if ivar==ivar_V
     1201                            ivar_V=ivar_new;
     1202                        end
     1203                        if ivar==ivar_W
     1204                            ivar_W=ivar_new;
     1205                        end
     1206                    end
     1207                end
     1208                if testFF
     1209                    ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
     1210                    ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
    11731211                    ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
    1174                     if isfield(FieldData,'VarAttribute') && length(FieldData.VarAttribute) >=ivar
    1175                         ProjData.VarAttribute{ivar_new+nbcoord}=FieldData.VarAttribute{ivar};
    1176                     end
    1177                     if  ~isequal(ivar_FF,0)
    1178                         FieldData.(VarName)=FieldData.(VarName)(indsel);
    1179                     end
    1180 %                     if isfield(FieldData,[VarName '_tps'])
    1181 %                         [XI,YI]=meshgrid(coord_x_proj,coord_y_proj');
    1182 %                         XI=reshape(XI,[],1);
    1183 %                         YI=reshape(YI,[],1);
    1184 %                         
    1185                    if ~isempty(FieldName)
    1186                         ProjData.(VarName)=griddata_uvmat(double(coord_X),double(coord_Y),double(FieldData.(VarName)),coord_x_proj,coord_y_proj',rho);
    1187                     end
    1188                     varline=reshape(ProjData.(VarName),1,length(coord_y_proj)*length(coord_x_proj));
    1189                     FFlag= isnan(varline); %detect undefined values NaN
    1190                     indnan=find(FFlag);
    1191                     if~isempty(indnan)
    1192                         varline(indnan)=zeros(size(indnan));
    1193                         ProjData.(VarName)=reshape(varline,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
    1194                         FF(indnan)=ones(size(indnan));
    1195                         testFF=1;
    1196                     end
    1197                     if ivar==ivar_U
    1198                         ivar_U=ivar_new;
    1199                     end
    1200                     if ivar==ivar_V
    1201                         ivar_V=ivar_new;
    1202                     end
    1203                     if ivar==ivar_W
    1204                         ivar_W=ivar_new;
    1205                     end
    1206                 end
    1207             end
    1208             if testFF
    1209                 ProjData.FF=reshape(FF,length(coord_y_proj),length(coord_x_proj));
    1210                 ProjData.ListVarName=[ProjData.ListVarName {'FF'}];
    1211                 ProjData.VarDimName=[ProjData.VarDimName {DimCell}];
    1212                 ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
     1212                    ProjData.VarAttribute{ivar_new+1+nbcoord}.Role='errorflag';
     1213                end
    12131214            end
    12141215        end
  • trunk/src/read_civdata.m

    r389 r397  
    153153            'Civ1_X','Civ1_Y','Civ1_Z','Civ1_U','Civ1_V','Civ1_W','Civ1_C','Civ1_F','Civ1_FF',...
    154154            'Civ1_Coord_tps','Civ1_U_tps','Civ1_V_tps','Civ1_W_tps','Civ1_SubRange','Civ1_NbSites'};
    155         role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','ancillary','ancillary',...
    156             'ancillary','ancillary','ancillary','ancillary'};
     155        role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','coord_tps','vector_x_tps',...
     156            'vector_y_tps','vector_z_tps','ancillary','ancillary'};
    157157        units={'pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','','','','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel',''};
    158158    case 'filter1'
     
    160160            'Civ1_X','Civ1_Y','Civ1_Z','Civ1_U_smooth','Civ1_V_smooth','Civ1_W','Civ1_C','Civ1_F','Civ1_FF',...
    161161            'Civ1_Coord_tps','Civ1_U_tps','Civ1_V_tps','Civ1_W_tps','Civ1_SubRange','Civ1_NbSites'};
    162         role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','ancillary','ancillary',...
    163             'ancillary','ancillary','ancillary','ancillary'};
     162        role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','coord_tps','vector_x_tps',...
     163            'vector_y_tps','vector_z_tps','ancillary','ancillary'};
    164164        units={'pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','','','','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel',''};
    165165    case 'civ2'
     
    167167            'Civ2_X','Civ2_Y','Civ2_Z','Civ2_U','Civ2_V','Civ2_W','Civ2_C','Civ2_F','Civ2_FF',...
    168168            'Civ2_Coord_tps','Civ2_U_tps','Civ2_V_tps','','Civ2_SubRange','Civ2_NbSites'};
    169         role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','','','','','','','',''};
     169        role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','coord_tps','vector_x_tps',...
     170            'vector_y_tps','vector_z_tps','ancillary','ancillary'};
    170171        units={'pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','','','','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel',''};
    171172    case 'filter2'
     
    173174            'Civ2_X','Civ2_Y','Civ2_Z','Civ2_U_smooth','Civ2_V_smooth','Civ2_W','Civ2_C','Civ2_F','Civ2_FF',...
    174175            'Civ2_Coord_tps','Civ2_U_tps','Civ2_V_tps','','Civ2_SubRange','Civ2_NbSites'};
    175         role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','','','','','','','',''};
     176        role={'coord_x','coord_y','coord_z','vector_x','vector_y','vector_z','ancillary','warnflag','errorflag','coord_tps','vector_x_tps',...
     177            'vector_y_tps','vector_z_tps','ancillary','ancillary'};
    176178        units={'pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel','','','','pixel','pixel','pixel','pixel','pixel',''};
    177179end
  • trunk/src/read_field.m

    r380 r397  
    155155        end
    156156        FieldName='image';
    157 %     case 'avi'
    158 %         try
    159 %             mov=aviread(ObjectName,num);
    160 %         catch ME
    161 %             errormsg=ME.message;
    162 %             return
    163 %         end
    164 %         A=frame2im(mov(1));
    165 %         FieldName='image';
    166157    case 'vol'
    167158        A=imread(ObjectName);
     
    183174    Npz=1;%default
    184175    npxy=size(A);
    185     Rangx=[0.5 npxy(2)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
    186     Rangy=[npxy(1)-0.5 0.5]; %
     176%     Rangx=[0.5 npxy(2)-0.5]; % coordinates of the first and last pixel centers
     177%     Rangy=[npxy(1)-0.5 0.5]; %
    187178    Field.NbDim=2;%default
    188179    Field.AName='image';
  • trunk/src/set_object.m

    r388 r397  
    397397ObjectData=read_GUI(handles.set_object);%read the parameters defining the object in the GUI set_object
    398398ObjectName=ObjectData.Name;%name of the current object defined in set_object
     399if iscell(ObjectData.Coord)%check for empty line
     400    ObjectData.Coord=[0 0 0];
     401    hhset_object=guidata(handles.set_object);
     402    set(hhset_object.Coord,'Data',ObjectData.Coord)
     403end
    399404checknan=isnan(sum(ObjectData.Coord,2));%check for NaN lines
    400405if ~isempty(checknan)
     
    403408if isempty(ObjectName)
    404409    if get(hhuvmat.edit_object,'Value')% edit mode
     410        if isempty(ListObject)
     411            ObjectName='Plane';
     412        else
    405413        ObjectName=ListObject{IndexObj(end)};%take the name of the last (second) selected item
     414        end
    406415    else %new object
    407416        StyleList=get(handles.Type,'String');
  • trunk/src/update_imadoc.m

    r200 r397  
    4747    % in case of movie (avi file), copy timing info in the new xml file
    4848    [pp,outputroot]=fileparts(outputfile);
    49     info=[];
     49    imainfo=[];
    5050    if exist(fullfile(pp,[outputroot '.avi']),'file')
    51         info=aviinfo(fullfile(pp,[outputroot '.avi']));
    52     elseif exist(fullfile(pp,[outputroot '.AVI']),'file')
    53         info=fullfile(pp,[outputroot '.AVI']);
    54     end
    55     if ~isempty(info)
    56         [t,uid_camera]=add(t,1,'element','Camera');
    57         Camera.TimeUnit='s';
    58         Camera.BurstTiming.Time=0;
    59         Camera.BurstTiming.Dti=1/info.FramesPerSecond;
    60         Camera.BurstTiming.NbDti=info.NumFrames-1;
    61         t=struct2xml(Camera,t,uid_camera);
     51        FileName=fullfile(pp,[outputroot '.avi']);
     52        hhh=which('videoreader');
     53        if isempty(hhh)%use old video function of matlab
     54            imainfo=aviinfo(FileName);
     55            imainfo.FrameRate=imainfo.FramesPerSecond;
     56            imainfo.NumberOfFrames=imainfo.NumFrames;
     57        else %use video function videoreader of matlab
     58            imainfo=get(videoreader(FileName));
     59        end
     60        if ~isempty(imainfo)
     61            [t,uid_camera]=add(t,1,'element','Camera');
     62            Camera.TimeUnit='s';
     63            Camera.BurstTiming.Time=0;
     64            Camera.BurstTiming.Dti=1/imainfo.FrameRate;
     65            Camera.BurstTiming.NbDti=imainfo.NumberOfFrames-1;
     66            t=struct2xml(Camera,t,uid_camera);
     67        end
     68        [t,uid_calib]=add(t,1,'element','GeometryCalib');
    6269    end
    63    [t,uid_calib]=add(t,1,'element','GeometryCalib');
    6470end
    6571t=struct2xml(GeometryCalib,t,uid_calib);
  • trunk/src/uvmat.m

    r389 r397  
    641641% --- Update information about a new field series (indices to scan, timing,
    642642%     calibration from an xml file, then refresh current plots
    643 function update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,MovieObject,index)
     643function update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,VideoObject,index)
    644644%------------------------------------------------------------------------
    645645%% define the relevant handles depending on the index (1=first file series, 2= second file series)
     
    689689imainfo=[];
    690690ColorType='falsecolor'; %default
    691 hhh='';
    692 if isequal(lower(FileExt),'.avi') %.avi file
     691hhh=[];
     692UvData.MovieObject{index}=VideoObject;
     693if ~isempty(VideoObject)
     694    imainfo=get(VideoObject);
    693695    testima=1;
    694     imainfo=aviinfo([FileName]);
    695     nbfield=imainfo.NumFrames;
    696696    nbfield_j=1;
    697     set(handles.Dt_txt,'String',['Dt=' num2str(1000/imainfo.FramesPerSecond) 'ms']);%display the elementary time interval in millisec
    698     XmlData.Time=(0:1/imainfo.FramesPerSecond:(imainfo.NumFrames-1)/imainfo.FramesPerSecond)';
    699697    TimeUnit='s';
    700     hhh=which('mmreader');
    701     ColorType=imainfo.ImageType;%='truecolor' for color images
     698    XmlData.Time=(0:1/imainfo.FrameRate:(imainfo.NumberOfFrames-1)/imainfo.FrameRate)';
     699    % %         nbfield=imainfo.NumberOfFrames;
     700    set(handles.Dt_txt,'String',['Dt=' num2str(1000/imainfo.FrameRate) 'ms']);%display the elementary time interval in millisec
     701    ColorType='truecolor';
    702702elseif ~isempty(FileExt(2:end))&&(~isempty(imformats(FileExt(2:end))) || isequal(FileExt,'.vol'))%&& isequal(NomType,'*')% multi-frame image
    703703    testima=1;
    704704    if ~isequal(SubDir,'')
    705        RootFile=get(handles.RootFile,'String');
     705        RootFile=get(handles.RootFile,'String');
    706706        imainfo=imfinfo([fullfile(RootPath,SubDir,RootFile) FileIndices FileExt]);
    707707    else
     
    712712        nbfield=length(imainfo);
    713713        nbfield_j=1;
    714     end
    715 end
    716 if ~strcmp(hhh,'')% if the function mmreader is found (recent version of matlab)
    717     UvData.MovieObject{index}=mmreader([FileBase FileIndices FileExt]);
    718 else
    719     UvData.MovieObject{index}=[];
     714    end
    720715end
    721716if isfield(imainfo,'Width') && isfield(imainfo,'Height')
     
    19231918% num_i1,num_i2,num_j1,num_j2; frame indices
    19241919% Field: structure describing an optional input field (then replace the input file)
     1920
    19251921function errormsg=refresh_field(handles,filename,filename_1,num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,Field)
    19261922%------------------------------------------------------------------------
     
    22242220
    22252221%% calculate scalar
    2226 if (strcmp(FileType,'civdata')||strcmp(FileType,'civx'))&&~strcmp(ParamOut.FieldName,'velocity')&& ~strcmp(ParamOut.FieldName,'get_field...');% ~isequal(ParamOut.CivStage,0)%&&~isempty(FieldName)%
    2227     Field{1}=calc_field([{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}],Field{1},ParamOut.VelType);
    2228 end
    2229 if numel(Field)==2 && ~test_keepdata_1 && (strcmp(FileType,'civdata')||strcmp(FileType,'civx'))  &&~strcmp(ParamOut.FieldName,'velocity') && ~strcmp(ParamOut_1.FieldName,'get_field...')
    2230      Field{2}=calc_field([{ParamOut_1.FieldName} {ParamOut_1.ColorVar}],Field{2},ParamOut_1.VelType);
    2231 end
     2222% if (strcmp(FileType,'civdata')||strcmp(FileType,'civx'))&&~strcmp(ParamOut.FieldName,'velocity')&& ~strcmp(ParamOut.FieldName,'get_field...');% ~isequal(ParamOut.CivStage,0)%&&~isempty(FieldName)%
     2223%     Field{1}=calc_field([{ParamOut.FieldName} {ParamOut.ColorVar}],Field{1});
     2224% end
     2225% if numel(Field)==2 && ~test_keepdata_1 && (strcmp(FileType,'civdata')||strcmp(FileType,'civx'))  &&~strcmp(ParamOut.FieldName,'velocity') && ~strcmp(ParamOut_1.FieldName,'get_field...')
     2226%      Field{2}=calc_field([{ParamOut_1.FieldName} {ParamOut_1.ColorVar}],Field{2});
     2227% end
    22322228
    22332229%% combine the two input fields (e.g. substract velocity fields)
     
    24502446for imap=1:numel(IndexObj)
    24512447    iobj=IndexObj(imap);
    2452     [ObjectData,errormsg]=proj_field(UvData.Field,UvData.Object{iobj});% project field on the object
     2448    [ObjectData,errormsg]=proj_field(UvData.Field,UvData.Object{iobj})% project field on the object
    24532449
    24542450    if ~isempty(errormsg)
     
    45894585    delete(hset_object)% delete existing version of set_object
    45904586end
     4587if ~isfield(ObjectData,'Type')% default plane
     4588    ObjectData.Type='plane';
     4589end
    45914590hset_object=set_object(ObjectData,[],ZBounds);
     4591if get(handles.edit_object,'Value')% edit mode
     4592    hhset_object=guidata(hset_object);
     4593    set(hhset_object.PLOT,'Enable','on')
     4594end
    45924595
    45934596
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.