Changeset 44


Ignore:
Timestamp:
Mar 15, 2010, 5:38:02 PM (11 years ago)
Author:
gostiaux
Message:

improve use of movies

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/series/time_series.m

    r41 r44  
    9191%     nbview=2;
    9292end
     93
     94%determine image type
    9395hhh=which('mmreader');
    9496for iview=1:nbview
    95     test_movie(iview)=0;
    96     if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()
    97         if isequal(lower(FileExt{iview}),'.avi')
     97    if isequal(FileExt{iview},'.nc')||isequal(FileExt{iview},'.cdf')
     98        FileType{iview}='netcdf';
     99    elseif isequal(lower(FileExt{iview}),'.avi')
     100        if ~isequal(hhh,'')&& mmreader.isPlatformSupported()
    98101            MovieObject{iview}=mmreader(fullfile(RootPath{iview},[RootFile{iview} FileExt{iview}]));
    99             test_movie(iview)=1;
    100         end
    101     end
     102            FileType{iview}='movie';
     103        else
     104            FileType{iview}='avi';
     105        end
     106    elseif isequal(lower(FileExt{iview}),'.vol')
     107        FileType{iview}='vol';
     108    else
     109       form=imformats(FileExt{iview}(2:end));
     110       if ~isempty(form)% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
     111           if isequal(NomType{iview},'*');
     112               FileType{iview}='multimage';
     113           else
     114               FileType{iview}='image';
     115           end
     116       end
     117    end
    102118end
    103119filebase{1}=fullfile(RootPath{1},RootFile{1});
     
    142158
    143159%detect whether the two files are 'images' or 'netcdf'
    144 testima=0;
    145 testvol=0;
     160% testima=0;
     161% testvol=0;
    146162testcivx=0;
    147 testnc=0;
     163% testnc=0;
    148164FileExt=get(hseries.FileExt,'String');
    149 for iview=1:nbview
    150      ext=FileExt{iview};
    151      form=imformats(ext([2:end]));
    152      if isequal(lower(ext),'.vol')
    153          testvol=testvol+1;
    154      elseif ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
    155          testima=testima+1;
    156      elseif isequal(ext,'.nc')
    157          testnc=testnc+1;
    158      end
    159 end
    160 if testvol
    161     msgbox_uvmat('ERROR','volume images not implemented yet')
    162     return
    163 end
    164 if testnc~=nbview && testima~=nbview && testvol~=nbview
    165     msgbox_uvmat('need a set of images or a set of netcdf files with the same fields as input','ERROR')
    166     return
    167 end
     165% for iview=1:nbview
     166%      ext=FileExt{iview};
     167%      form=imformats(ext([2:end]));
     168%      if isequal(lower(ext),'.vol')
     169%          testvol=testvol+1;
     170%      elseif ~isempty(form)||isequal(lower(ext),'.avi')% if the extension corresponds to an image format recognized by Matlab
     171%          testima=testima+1;
     172%      elseif isequal(ext,'.nc')
     173%          testnc=testnc+1;
     174%      end
     175% end
     176% if testvol
     177%     msgbox_uvmat('ERROR','volume images not implemented yet')
     178%     return
     179% end
     180% if testnc~=nbview && testima~=nbview && testvol~=nbview
     181%     msgbox_uvmat('need a set of images or a set of netcdf files with the same fields as input','ERROR')
     182%     return
     183% end
    168184if ~isequal(FieldName,{'get_field...'})
    169     testcivx=testnc;
     185    testcivx=isequal(FileType{1},'netcdf');
    170186end
    171187
     
    319335                idetect(iview)=exist(filename,'file');
    320336                Data{iview}=[]; %default     
    321                 if testima                 
     337                if ~isequal(FileType{iview},'netcdf')               
    322338                    Data{iview}.ListVarName={'A'};
    323339                    Data{iview}.AName='image';
    324                     if test_movie(iview)
    325                         A=read(MovieObject{iview},num_i1{iview}(ifile));
    326                     else
    327                         A=double(read_image(filename,NomType{iview},num_i1{iview}(ifile)));% read the image, num2 is the counter for avi files
    328                     end
     340                    switch FileType{iview}
     341                        case 'movie'
     342                            A=read(MovieObject{iview},num_i1{iview}(ifile));
     343                        case 'avi'
     344                            mov=aviread(filename,num_i1{iview}(ifile));
     345                            A=frame2im(mov(1));
     346                        case 'vol'
     347                            A=imread(filename);
     348                        case 'multimage'
     349                            A=imread(filename,num_i1{iview}(ifile));
     350                        case 'image'
     351                            A=imread(filename);
     352                    end
    329353                    Data{iview}.ListVarName={'coord_y','coord_x','A'}; %
    330354                    npy=size(A,1);
     
    338362                    Data{iview}.coord_y=[npy-0.5 0.5];
    339363                    Data{iview}.coord_x=[0.5 npx-0.5];
    340                     Data{iview}.A=A;
     364                    Data{iview}.A=double(A);
    341365                    Data{iview}.CoordType='px';
    342366                elseif testcivx
     
    567591
    568592%---------------------------------------------------------------------
    569 % --- Executes on selection change in ProjObject.
    570 function ProjObject_Callback(hObject, eventdata, handles)
    571 
    572 list_object=get(handles.ProjObject,'String');
    573 index=get(handles.ProjObject,'Value');
    574 hseries=get(handles.ProjObject,'Parent');
    575 SeriesData=get(hseries,'UserData');
    576 Obj=SeriesData.ProjObject{index};
    577 [SeriesData.hset_object,SeriesData.sethandles]=set_object(SeriesData.ProjObject{index});
    578 set(hseries,'UserData',SeriesData);
    579 
    580 %-------------------------------------------------------------
    581 %generates a series of file names with reference numbers between range1 and
    582 %range2 with increment incr. The reference number num_ref is the image number at the middle of the
    583 %image pair. The set of first numbers num1 of the image pairs is also
    584 %given as output
    585 %------------------------------------------------------
    586 function [num_i1,num_i2,num_j1,num_j2,nbmissing]=netseries_generator(filebase,subdir,mode,first_i,incr_i,last_i,first_j,incr_j,last_j)
    587 [Path,Name]=fileparts(filebase);
    588 filebasesub=fullfile(Path,subdir,Name);
    589 filecell={};%default
    590 num_i1=[];
    591 num_i2=[];
    592 num_j1=[];
    593 num_j2=[];
    594 ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    595 nbcolumn=length(ind0_i);
    596 ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    597 nbline=length(ind0_j);
    598 if isequal(mode,'#_ab')
    599     dirpair=dir([filebasesub '*_*.nc']);
    600 elseif isequal(mode,'bursts')|isequal(mode,'series(Dj)') 
    601     dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    602 elseif isequal(mode,'series(Di)')
    603     dirpair=dir([filebasesub '_*-*_*.nc']);
    604 else
    605     errordlg('option *|* not yet implemented')
    606     return
    607 end
    608 if isempty(dirpair)
    609         errordlg('no pair detected in the selected range')
    610         return
    611 end
    612     %ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    613     %nbcolumn=length(ind0_i);
    614     %dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    615 if isequal(mode,'bursts')|isequal(mode,'#_ab')
    616     icount=0;
    617     for ifile=1:length(dirpair)
    618         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    619        
    620 %         if isempty(str2num(str_1))
    621 %             dirpair(ifile).name
    622 %         end
    623         num1_r=str2num(str_1);
    624         if isequal(RootFile,Name) & ~isempty(num1_r)   
    625             num_i1(ifile)=num1_r;
    626             num_a(ifile)=stra2num(str_a);
    627             num_b(ifile)=stra2num(str_b);
    628 %             icount=icount+1;
    629         end     
    630     end
    631     length(dirpair)
    632 %     num_j=floor((num_a+num_b)/2); %list of reference indices of the detected files
    633     test_range= (num_i1 >=first_i)&(num_i1<= last_i);% =1 when both numbers are in the range
    634     ind_i=((num_i1-first_i)/incr_i)+1;%indices i in the list of prescribed file indices
    635     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i));%selected indices of num_i1 in the file directory
    636     ind_i=ind_i(select);%set of selected indices ind_i
    637     [ind_i,indsort]=sort(ind_i);%sorted list of ind_i
    638     select=select(indsort);
    639     num_i1=num_i1(select);
    640     num_a=num_a(select);
    641     num_b=num_b(select);
    642     dirpair=dirpair(select);
    643     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_i,nbcolumn);
    644     ind_i(ind_remove)=[];
    645     num_a(ind_remove)=[];
    646     num_b(ind_remove)=[];
    647     num_j1=zeros(1,nbcolumn);%default
    648     num_j2=num_j1;
    649     num_j1(ind_i)=num_a;
    650     num_j2(ind_i)=num_b;
    651     num_i1=first_i:incr_i:last_i;
    652     num_i2=num_i1;
    653     nbmissing=nbcolumn-length(ind_i);
    654 
    655 elseif isequal(mode,'series(Di)')
    656     %ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    657     %nbcolumn=length(ind0_i);
    658     %ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    659     %nbline=length(ind0_j);
    660     %dirpair=dir([filebasesub '_*-*_*.nc']);
    661     for ifile=1:length(dirpair)
    662         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    663         num_i1_r(ifile)=str2num(str_1);
    664         num_i2_r(ifile)=str2num(str_2);
    665         num_j(ifile)=str2num(str_a);
    666     end
    667     num_i=floor((num_i1_r+num_i2_r)/2); %list of reference indices of the detected files
    668     test_range= (num_i >=first_i)&(num_i<= last_i)&(num_j >=first_j)&(num_j<= last_j);% =1 when both numbers are in the range
    669     ind_i=((num_i-first_i)/incr_i)+1;%indices i and j in the list of prescribed file indices
    670     ind_j=((num_j-first_j)/incr_j)+1;
    671     ind_ij=ind_j+nbline*(ind_i-1);%indices in the reshhaped series of prescribed file indices
    672     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i)&(floor(ind_j)==ind_j));%selected indices in the file directory
    673     ind_ij=ind_ij(select);%set of selected indices ind_ij
    674     [ind_ij,indsort]=sort(ind_ij);%sorted list of ind_ij
    675     select=select(indsort);
    676     num_i1_r=num_i1_r(select);
    677     num_i2_r=num_i2_r(select);
    678 %     num_j=num_j(select);
    679     dirpair=dirpair(select);
    680     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_ij,nbcolumn*nbline) ;
    681     ind_ij(ind_remove)=[];
    682     num_i1_r(ind_remove)=[];
    683     num_i2_r(ind_remove)=[];
    684     num_i1=zeros(1,nbline*nbcolumn);%default
    685     num_i2=num_i1;
    686     num_i1(ind_ij)=num_i1_r;
    687     num_j2(ind_ij)=num_i2_r;
    688     num_i1=reshape(num_i1,nbline,nbcolumn);
    689     num_i2=reshape(num_i2,nbline,nbcolumn);
    690     num_j1=meshgrid(ind0_i,ind0_j);
    691     num_j2=num_j1;
    692     nbmissing=nbline*nbcolumn-length(ind_ij);
    693 elseif isequal(mode,'series(Dj)')
    694  %   ind0_i=first_i:incr_i:last_i;
    695  %   nbcolumn=length(ind0_i);
    696  %   ind0_j=first_j:incr_j:last_j;
    697   %  nbline=length(ind0_j);
    698   %  dirpair=dir([filebasesub '_*_*-*.nc']);
    699     for ifile=1:length(dirpair)
    700         [RootPath,RootFile,str_1,str_2,str_a,str_b,ext,nom_type]=name2display(dirpair(ifile).name);
    701         num_i(ifile)=str2num(str_1);
    702         num_a(ifile)=str2num(str_a);
    703         num_b(ifile)=str2num(str_b);
    704     end
    705     num_j=floor((num_a+num_b)/2); %list of reference indices of the detected files
    706     test_range= (num_i >=first_i)&(num_i<= last_i)&(num_j >=first_j)&(num_j<= last_j);% =1 when both numbers are in the range
    707     ind_i=((num_i-first_i)/incr_i)+1;%indices i and j in the list of prescribed file indices
    708     ind_j=((num_j-first_j)/incr_j)+1;
    709     ind_ij=ind_j+nbline*(ind_i-1);%indices in the reshhaped series of prescribed file indices
    710     select=find(test_range &(floor(ind_i)==ind_i)&(floor(ind_j)==ind_j));%selected indices in the file directory
    711     ind_ij=ind_ij(select);%set of selected indices ind_ij
    712     [ind_ij,indsort]=sort(ind_ij);%sorted list of ind_ij
    713     select=select(indsort);
    714     num_i=num_i(select);
    715     num_a=num_a(select);
    716     num_b=num_b(select);
    717     dirpair=dirpair(select);
    718     [ind_remove]=find_pairs(dirpair,ind_ij,nbcolumn*nbline) ;
    719     ind_ij(ind_remove)=[];
    720     num_a(ind_remove)=[];
    721     num_b(ind_remove)=[];
    722     num_j1=zeros(1,nbline*nbcolumn);%default
    723     num_j2=num_j1;
    724     num_j1(ind_ij)=num_a;
    725     num_j2(ind_ij)=num_b;
    726     num_j1=reshape(num_j1,nbline,nbcolumn);
    727     num_j2=reshape(num_j2,nbline,nbcolumn);
    728     num_i1=meshgrid(ind0_i,ind0_j);
    729     num_i2=num_i1;
    730     nbmissing=nbline*nbcolumn-length(ind_ij);
    731 %     for i=1:length(indsel);%A SUPPRIMER ULTERIEUREMENT
    732 %         if indsel(i)==0
    733 %             filecell{i}='';
    734 %         else
    735 %             Name=dirpair(indsel(i)).name;
    736 %             filecell{i}=fullfile(Path,subdir,Name);
    737 %         end
    738 %     end
    739 %else
    740 %    errordlg('option *|* not yet implemented')
    741 %    return
    742 end
     593% % --- Executes on selection change in ProjObject.
     594% function ProjObject_Callback(hObject, eventdata, handles)
     595%
     596% list_object=get(handles.ProjObject,'String');
     597% index=get(handles.ProjObject,'Value');
     598% hseries=get(handles.ProjObject,'Parent');
     599% SeriesData=get(hseries,'UserData');
     600% Obj=SeriesData.ProjObject{index};
     601% [SeriesData.hset_object,SeriesData.sethandles]=set_object(SeriesData.ProjObject{index});
     602% set(hseries,'UserData',SeriesData);
     603
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.