Ignore:
Timestamp:
Apr 2, 2013, 9:13:42 AM (8 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bugs repaired . civ_series further developed

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/series/civ_input.m

    r597 r598  
    2525
    2626
    27 % Last Modified by GUIDE v2.5 30-Mar-2013 09:15:21
     27% Last Modified by GUIDE v2.5 01-Apr-2013 10:00:57
    2828% Begin initialization code - DO NOT EDIT
    2929gui_Singleton = 1;
     
    3535    'gui_Callback',   []);
    3636
    37 if nargin
    38     if ischar(varargin{1}) && ~isempty(regexp(varargin{1},'_Callback$','once'))
     37if nargin && ischar(varargin{1}) && ~isempty(regexp(varargin{1},'_Callback$','once'))
    3938        gui_State.gui_Callback = str2func(varargin{1});
    40     elseif isstruct(varargin{1}) && isequal(varargin{1}.Action.RUN,0)
    41         % set the input elements needed on the GUI series when the action is selected in the menu ActionName
    42         ParamOut.AllowInputSort='off';...% allow alphabetic sorting of the list of input file SubDir (options 'off'/'on', 'off' by default)
    43             ParamOut.WholeIndexRange='off';...% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
    44             ParamOut.NbSlice='off'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    45             ParamOut.VelType='two';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
    46             ParamOut.FieldName='two';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    47             ParamOut.FieldTransform = 'off';...%can use a transform function
    48             ParamOut.ProjObject='off';...%can use projection object(option 'off'/'on',
    49             ParamOut.Mask='off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
    50             ParamOut.OutputDirExt='.civ';%set the output dir extension
    51     end
    5239end
    5340
     
    7158set(hObject,'WindowButtonDownFcn',{'mouse_down'}) % allows mouse action with right button (zoom for uicontrol display)
    7259
    73 %% Adjust the GUI according to the binaries available in PARAM.xml
    74 path_civ=fileparts(which('civ_series')); %path to civ
    75 addpath (path_civ) ; %add the path to civ, (useful in case of change of working directory after civ has been s opened in the working directory)
    76 errormsg=[];%default error message
    77 xmlfile=fullfile(path_civ,'PARAM.xml');
    78 test_batch=0;%default: ,no batch mode available
    79 sparam=[];
    80 if ~exist(xmlfile,'file')
    81     [success,message]=copyfile(fullfile(path_civ,'PARAM.xml.default'),xmlfile);
    82 end
    83 if exist(xmlfile,'file')
    84     try
    85         t=xmltree(xmlfile);
    86         sparam=convert(t);
    87     catch ME
    88         errormsg={' Unable to read the file PARAM.xml defining the civx binaries:';ME.message};
    89          msgbox_uvmat('WARNING',errormsg);
    90     end
    91 else
    92     [s,w]=system('oarstat');
    93     if ~isequal(s,0)
    94         [s,w]=system('qstat');
    95     end
    96     if isequal(s,0)
    97         test_batch=1;
    98     end           
    99 end
    100 if isfield(sparam,'BatchParam') && isfield(sparam.BatchParam,'BatchMode')
    101     batch_mode=sparam.BatchParam.BatchMode;
    102     test_command='';
    103     switch batch_mode
    104         case 'sge'
    105             test_command='qstat';
    106         case 'oar'
    107             test_command='oarstat';
    108     end
    109     if ~isempty(test_command)
    110         [s,w]=system(test_command);
    111         if isequal(s,0)
    112             test_batch=1;
    113         end
    114     end
    115 end
    116 RUNVal=get(handles.RunMode,'Value');
    117 if test_batch==0
    118    if RUNVal>2
    119        set(handles.RunMode,'Value',1)
    120    end
    121    set(handles.RunMode,'String',{'local';'background'})
    122 else
    123     set(handles.RunMode,'String',{'local';'background';'cluster'})
    124 end
    125 
    126 %% load the list of previously browsed files in the upper bar menu Open/
    127 dir_perso=prefdir; % path to the directory .matlab for personal data
    128 profil_perso=fullfile(dir_perso,'uvmat_perso.mat');% personal data file uvmauvmat_perso.mat' in .matlab
    129 if exist(profil_perso,'file')
    130     h=load (profil_perso);
    131     if isfield(h,'MenuFile')
    132         for ifile=1:min(length(h.MenuFile),5)
    133             eval(['set(handles.MenuFile_' num2str(ifile) ',''Label'',h.MenuFile{ifile});'])
    134         end
    135     end
    136 end
    137 
    138 %% prepare the GUI with parameters from the input file if opened from uvmat
     60%% set visibility options
     61        set(handles.num_MaxDiff,'Visible','on')
     62        set(handles.num_MaxVel,'Visible','on')
     63        set(handles.title_MaxVel,'Visible','on')
     64        set(handles.title_MaxDiff,'Visible','on')
     65        set(handles.num_Nx,'Visible','off')
     66        set(handles.num_Ny,'Visible','off')
     67        set(handles.title_Nx,'Visible','off')
     68        set(handles.title_Ny,'Visible','off')
     69        set(handles.num_CorrSmooth,'Style','popupmenu')
     70        set(handles.num_CorrSmooth,'Value',1)
     71        set(handles.num_CorrSmooth,'String',{'1';'2'})
     72        set(handles.CheckThreshold,'Visible','on')
     73        set(handles.CheckDeformation,'Value',0)% desactivate (work in progress)
     74        set(handles.CheckDecimal,'Value',0)% desactivate (work in progress)
     75       
     76%% prepare the GUI with input parameters
     77% from the GUI series
     78
     79%from the input file
    13980filecell=get_file_series(Param);
    140     set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    141     errormsg=display_file_name(handles,filecell{1});
    142     if ~isempty(errormsg)
    143         msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    144     end
    145     set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    146    
    147     set(handles.civ_series,'WindowStyle','modal')% Make the GUI modal
     81set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
     82errormsg=display_file_name(handles,filecell{1});
     83if ~isempty(errormsg)
     84    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
     85end
     86set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
     87if isfield(Param,'ActionInput')&&isfield(Param.ActionInput,'Program')&& strcmp(Param.ActionInput.Program,'civ_series')
     88    fill_GUI(Param.ActionInput,handles.civ_input)
     89end
     90set(handles.civ_input,'WindowStyle','modal')% Make the GUI modal
    14891drawnow
    149 uiwait(handles.civ_series);
     92uiwait(handles.civ_input);
    15093
    15194%Program_Callback([],[], handles)
     
    157100% Get default command line output from handles structure
    158101varargout{1} = handles.output;
    159 delete(handles.civ_series)
     102delete(handles.civ_input)
    160103
    161104% --- Executes when user attempts to close get_field.
    162 function civ_series_CloseRequestFcn(hObject, eventdata, handles)
     105function civ_input_CloseRequestFcn(hObject, eventdata, handles)
    163106if isequal(get(handles.get_field, 'waitstatus'), 'waiting')
    164107    % The GUI is still in UIWAIT, us UIRESUME
    165     uiresume(handles.civ_series);
     108    uiresume(handles.civ_input);
    166109else
    167110    % The GUI is no longer waiting, just close it
    168     delete(handles.civ_series);
     111    delete(handles.civ_input);
    169112end
    170113%------------------------------------------------------------------------
     
    343286
    344287%% enable OK, BATCH button and 'status' display
    345 set(handles.OK, 'Enable','On')
    346 set(handles.OK,'BackgroundColor',[1 0 0])%set RUN button to red color
    347 if isfield(handles,'status')
    348     set(handles.status,'Value',0);       %suppress the 'status' display
    349     status_Callback([], [], handles)
    350 end
     288% set(handles.OK, 'Enable','On')
     289% set(handles.OK,'BackgroundColor',[1 0 0])%set RUN button to red color
     290% if isfield(handles,'status')
     291%     set(handles.status,'Value',0);       %suppress the 'status' display
     292%     status_Callback([], [], handles)
     293% end
    351294
    352295%% determine nomenclature types and extension of the input files
     
    861804%------------------------------------------------------------------------
    862805
    863 handles.output.ActionInput=read_GUI(handles.civ_series);
     806handles.output.ActionInput=read_GUI(handles.civ_input);
    864807guidata(hObject, handles);% Update handles structure
    865 uiresume(handles.civ_series);
     808uiresume(handles.civ_input);
    866809drawnow
    867810
     
    886829end
    887830
    888 %-------------------------------------------------------------------
    889 % --- Executes on button press in status.
    890 function status_Callback(hObject, eventdata, handles)
    891 %-------------------------------------------------------------------
    892 val=get(handles.status,'Value');
    893 if val==0
    894     set(handles.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
    895     hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
    896     if ~isempty(hfig)
    897         delete(hfig)
    898     end
    899     return
    900 end
    901 set(handles.status,'BackgroundColor',[1 1 0])
    902 drawnow
    903 listtype={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
    904 Param.CheckCiv1=get(handles.CheckCiv1,'Value');
    905 Param.CheckFix1=get(handles.CheckFix1,'Value');
    906 Param.CheckPatch1=get(handles.CheckPatch1,'Value');
    907 Param.CheckCiv2=get(handles.CheckCiv2,'Value');
    908 Param.CheckFix2=get(handles.CheckFix2,'Value');
    909 Param.CheckPatch2=get(handles.CheckPatch2,'Value');
    910 box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
    911 
    912 option_civ=find(box_test,1,'last');%last selected option (non-zero index of box_test)
    913 filecell=get(handles.civ_series,'UserData');%retrieve the list of output files expected for PIV
    914 test_new=0;
    915 if ~isfield(filecell,'nc')
    916     test_new=1;
    917     [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
    918     if ~isempty(errormsg)
    919         msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    920         return
    921     end
    922     filecell=set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);%determine the output file expected from the GUI status
    923 end
    924 if ~isequal(box_test(4:6),[0 0 0])
    925     civ_files=filecell.nc.civ2;%case of civ2 operations
    926 else
    927     civ_files=filecell.nc.civ1;
    928 end
    929 [root,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
    930 [rootroot,SubDir,extdir]=fileparts(root);
    931 hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
    932 if isempty(hfig)
    933     hfig=figure('DeleteFcn',@stop_status);
    934     set(hfig,'MenuBar','none')% suppress the menu bar
    935     set(hfig,'NumberTitle','off')%suppress the fig number in the title
    936     set(hfig,'name','civ_status')
    937     set(hfig,'tag','civ_status')
    938     set(hfig,'UserData',civ_files)
    939     hlist= uicontrol('Style','listbox','Units','normalized', 'Position',[0.05 0.09 0.9 0.71], 'Callback', {'open_uvmat'},'tag','list');
    940     uicontrol('Style','edit','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.87 0.9 0.1],'tag','msgbox','Max',2,'String','checking files...');
    941     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.81 0.9 0.05]);
    942     %uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@close_GUI);
    943     uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@stop_status);
    944     hrefresh=uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.1 0.01 0.2 0.07],'String','Refresh','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@refresh_GUI);
    945     BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
    946     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position',BarPosition ,'BackgroundColor',[1 0 0],'tag','waitbar');
    947     drawnow
    948 end
    949 StatusData.time_ref=get(handles.OK,'UserData');% get the time of launch
    950 StatusData.option_civ=option_civ;
    951 set(hrefresh,'UserData',StatusData)
    952 filepath=fileparts(civ_files{1});
    953 set(hlist,'UserData',fileparts(filepath))
    954 refresh_GUI(hrefresh,[])
    955 
    956 %------------------------------------------------------------------------   
    957 % launched by refreshing the status figure
    958 function refresh_GUI(hObject, eventdata)
    959 %------------------------------------------------------------------------
    960 Tabchar={};
    961 BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
    962 hfig=get(hObject,'parent');
    963 StatusData=get(hObject,'UserData');
    964 civ_files=get(hfig,'UserData');
    965 [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
    966 [tild,SubDir,extdir]=fileparts(filepath);
    967 SubDir=[SubDir extdir];
    968 option_civ=StatusData.option_civ;
    969 nbfiles=numel(civ_files);
    970 testrecent=0;
    971 count=0;
    972 datnum=zeros(1,nbfiles);
    973 filefound=cell(1,nbfiles);
    974 for ifile=1:nbfiles
    975     detect=exist(civ_files{ifile},'file'); % check the existence of the file
    976     option=0;
    977     if detect==0
    978         option_str='not created';
    979     else
    980         datfile=dir(civ_files{ifile});
    981         if isfield(datfile,'datenum')
    982             datnum(ifile)=datfile.datenum;%only available in recent matlab versions
    983             testrecent=1;
    984         end
    985         filefound(ifile)={datfile.name};
    986        
    987         % check the content  netcdf file
    988         Data=nc2struct(civ_files{ifile},'ListGlobalAttribute','CivStage','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
    989         option_list={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
    990         if ~isempty(Data.CivStage)
    991             option=Data.CivStage;%case of Matlab civ
    992         else
    993             if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
    994                 option=6;
    995             elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
    996                 option=5;
    997             elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
    998                 option=4;
    999             elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
    1000                 option=3;
    1001             elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
    1002                 option=2;
    1003             else
    1004                 option=1;
    1005             end
    1006         end
    1007         option_str=option_list{option};
    1008         if datnum(ifile)<StatusData.time_ref
    1009             option_str=[option_str '  --OLD--'];
    1010         end
    1011     end
    1012     if option >= option_civ
    1013         count=count+1;
    1014     end
    1015     [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{ifile});
    1016     Tabchar{ifile,1}=[fullfile(SubDir,filename) ext  '...' option_str];
    1017 end
    1018 datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
    1019 if isempty(datnum)
    1020     if testrecent
    1021         message='no civ result created yet';
    1022     else
    1023         message='';
    1024     end
    1025 else
    1026     datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
    1027     [first,ind]=min(datnum);
    1028     [last,indlast]=max(datnum);
    1029     message={[num2str(count) ' file(s) done over ' num2str(nbfiles)] ;['oldest modification:  ' cell2mat(filefound(ind)) ' : ' datestr(first)];...
    1030         ['latest modification:  ' cell2mat(filefound(indlast)) ' : ' datestr(last)]};
    1031 end
    1032 hlist=findobj(hfig,'tag','list');
    1033 hmsgbox=findobj(hfig,'tag','msgbox');
    1034 hwaitbar=findobj(hfig,'tag','waitbar');
    1035 set(hlist,'String',Tabchar)
    1036 set(hmsgbox,'String', message)
    1037 if count>0 %&& ~test_new
    1038     BarPosition(3)=0.9*count/nbfiles;
    1039     set(hwaitbar,'Position',BarPosition)
    1040 end
    1041 
    1042 
    1043 %------------------------------------------------------------------------   
    1044 % launched by deleting the status figure
    1045 function stop_status(hObject, eventdata)
    1046 %------------------------------------------------------------------------
    1047 hciv=findobj(allchild(0),'tag','civ');
    1048 hhciv=guidata(hciv);
    1049 set(hhciv.status,'value',0) %reset the status uicontrol in the GUI civ
    1050 set(hhciv.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
     831% %-------------------------------------------------------------------
     832% % --- Executes on button press in status.
     833% function status_Callback(hObject, eventdata, handles)
     834% %-------------------------------------------------------------------
     835% val=get(handles.status,'Value');
     836% if val==0
     837%     set(handles.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
     838%     hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
     839%     if ~isempty(hfig)
     840%         delete(hfig)
     841%     end
     842%     return
     843% end
     844% set(handles.status,'BackgroundColor',[1 1 0])
     845% drawnow
     846% listtype={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
     847% Param.CheckCiv1=get(handles.CheckCiv1,'Value');
     848% Param.CheckFix1=get(handles.CheckFix1,'Value');
     849% Param.CheckPatch1=get(handles.CheckPatch1,'Value');
     850% Param.CheckCiv2=get(handles.CheckCiv2,'Value');
     851% Param.CheckFix2=get(handles.CheckFix2,'Value');
     852% Param.CheckPatch2=get(handles.CheckPatch2,'Value');
     853% box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
     854%
     855% option_civ=find(box_test,1,'last');%last selected option (non-zero index of box_test)
     856% filecell=get(handles.civ_input,'UserData');%retrieve the list of output files expected for PIV
     857% test_new=0;
     858% if ~isfield(filecell,'nc')
     859%     test_new=1;
     860%     [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
     861%     if ~isempty(errormsg)
     862%         msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
     863%         return
     864%     end
     865%     filecell=set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);%determine the output file expected from the GUI status
     866% end
     867% if ~isequal(box_test(4:6),[0 0 0])
     868%     civ_files=filecell.nc.civ2;%case of civ2 operations
     869% else
     870%     civ_files=filecell.nc.civ1;
     871% end
     872% [root,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
     873% [rootroot,SubDir,extdir]=fileparts(root);
     874% hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
     875% if isempty(hfig)
     876%     hfig=figure('DeleteFcn',@stop_status);
     877%     set(hfig,'MenuBar','none')% suppress the menu bar
     878%     set(hfig,'NumberTitle','off')%suppress the fig number in the title
     879%     set(hfig,'name','civ_status')
     880%     set(hfig,'tag','civ_status')
     881%     set(hfig,'UserData',civ_files)
     882%     hlist= uicontrol('Style','listbox','Units','normalized', 'Position',[0.05 0.09 0.9 0.71], 'Callback', {'open_uvmat'},'tag','list');
     883%     uicontrol('Style','edit','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.87 0.9 0.1],'tag','msgbox','Max',2,'String','checking files...');
     884%     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.81 0.9 0.05]);
     885%     %uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@close_GUI);
     886%     uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@stop_status);
     887%     hrefresh=uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.1 0.01 0.2 0.07],'String','Refresh','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@refresh_GUI);
     888%     BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
     889%     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position',BarPosition ,'BackgroundColor',[1 0 0],'tag','waitbar');
     890%     drawnow
     891% end
     892% StatusData.time_ref=get(handles.OK,'UserData');% get the time of launch
     893% StatusData.option_civ=option_civ;
     894% set(hrefresh,'UserData',StatusData)
     895% filepath=fileparts(civ_files{1});
     896% set(hlist,'UserData',fileparts(filepath))
     897% refresh_GUI(hrefresh,[])
    1051898
    1052899% %------------------------------------------------------------------------   
    1053 % % launched by pressing OK on the status figure
    1054 % function close_GUI(hObject, eventdata)
     900% % launched by refreshing the status figure
     901% function refresh_GUI(hObject, eventdata)
    1055902% %------------------------------------------------------------------------
    1056 %     delete(gcbf)
    1057 
    1058 
    1059 %------------------------------------------------------------------------
    1060 % --- Main lauch command, called by OK and BATCH
    1061 function errormsg=launch_jobs(hObject, eventdata, handles)
    1062 %------------------------------------------------------------------------
    1063 errormsg='';%default
    1064 
    1065 %% read the input parameters from the  GUI civ_input
    1066 Param=read_GUI(handles.civ_series);
    1067 
    1068 %% check the selected list of operations:
    1069 operations={'Civ1','Fix1','Patch1','Civ2','Fix2','Patch2'};
    1070 box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
    1071 index_first=find(box_test==1,1);
    1072 if isempty(index_first)
    1073     errormsg='no selected operation';
    1074     return
    1075 end
    1076 index_last=find(box_test==1,1,'last');
    1077 box_used=box_test(index_first : index_last);
    1078 [box_missing,ind_missing]=min(box_used);
    1079 if isequal(box_missing,0); %there is a missing step in the sequence of operations
    1080     errormsg=['missing' cell2mat(operations(ind_missing))];
    1081     return
    1082 end
    1083 
    1084 %% check mask if selecetd
    1085 %could be included in get_mask callback ?
    1086 if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1087     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1088     if ~exist(maskname,'file')
    1089         get_mask_civ1_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1090     end
    1091 end
    1092 if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1093     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1094     if ~exist(maskname,'file')
    1095         get_mask_fix1_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1096     end
    1097 end
    1098 if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1099     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1100     if ~exist(maskname,'file')
    1101         get_mask_civ2_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1102     end
    1103 end
    1104 if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1105     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1106     if ~exist(maskname,'file')
    1107         get_mask_fix2_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1108     end
    1109 end
    1110 
    1111 %% reinitialise status callback
    1112 if isfield(handles,'status')
    1113     set(handles.status,'Value',0);%suppress status display
    1114     status_Callback([], [], handles)
    1115 end
    1116 
    1117 %% read the PARAM.xml file to get the binaries (and batch_mode if batch)
    1118 path_civ=fileparts(which('civ')); %path to the source directory of uvmat
    1119 xmlfile=fullfile(path_civ,'PARAM.xml');
    1120 s=[];
    1121 if exist(xmlfile,'file')% search parameter xml file in the whole matlab path
    1122     t=xmltree(xmlfile);
    1123     s=convert(t);
    1124 end% default configuration
    1125 if ~isfield(s,'RunParam')
    1126     Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1127     Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1128     Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1129     Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1130 end
    1131 if strcmp(Param.RunMode,'cluster') %computation dispatched on a cluster
    1132     if isfield(s,'BatchParam')
    1133         Param.xml=s.BatchParam;
    1134         if isfield(Param.xml,'BatchMode')
    1135             batch_mode=Param.xml.BatchMode;
    1136             if ~ismember(batch_mode,{'sge','oar'})
    1137                 errormsg=['batch mode ' batch_mode ' not supported by UVMAT'];
    1138                 return
    1139             end
    1140         end
    1141     else
    1142         %default configuration
    1143         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1144         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1145         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1146         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1147    %     Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
    1148         Param.xml.BatchMode='oar';% TODO : allow choice for sge
    1149     end
    1150 else % run
    1151     if isfield(s,'RunParam')
    1152         Param.xml=s.RunParam;
    1153     else %default configuration
    1154         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1155         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1156         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1157         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1158     end
    1159 end
    1160 %Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
    1161 
    1162 %% check if the binaries exist : to move in civ_opening
    1163 binary_list={};
    1164 switch Param.Program
    1165     case 'CivX'
    1166         binary_list={'Civ1Bin','Civ2Bin','PatchBin','FixBin'};
    1167     case 'CivAll'% desactivated option
    1168         binary_list={'Civ'};
    1169 %     case 'civ_matlab.sh'% compiled version of civ_matlab
    1170 %         binary_list={'CivmBin'};         
    1171 end
    1172 for bin_name=binary_list %loop on the list of binaries
    1173     if isfield(Param.xml,bin_name{1})% bin_name{1} =current name in the list
    1174         if ~isunix
    1175         Param.xml.(bin_name{1})=[regexprep(Param.xml.(bin_name{1}),'/','\') '.exe'];
    1176         end
    1177         if exist(Param.xml.(bin_name{1}),'file')
    1178             [path,name,ext]=fileparts(Param.xml.(bin_name{1}));
    1179             currentdir=pwd;
    1180             if isempty(path)
    1181                 path=fileparts(which('civ.m'));
    1182             end
    1183             if exist(path,'dir')
    1184                 cd(path);
    1185                 binpath=pwd;%path of the binary
    1186                 Param.xml.(bin_name{1})=fullfile(binpath,[name ext]);
    1187                 cd(currentdir);
    1188             else
    1189                 errormsg=['path ' path ' for binaries specified in PARAM.xml does not exist'];
    1190                 return
    1191             end         
    1192         else  %look for the full path if the file name has been defined with a relative path in PARAM.xm
    1193             fullname=fullfile(path_civ,Param.xml.(bin_name{1}));
    1194             if exist(fullname,'file')
    1195                 Param.xml.(bin_name{1})=fullname;
    1196             else
    1197                 errormsg=['Binary ' Param.xml.(bin_name{1}) ' specified in PARAM.xml does not exist'];
    1198                 return
    1199             end
    1200         end
    1201     end
    1202 end
    1203 if strcmp(Param.Program,'civ_matlab.sh')
    1204     if ~exist(fullfile(path_civ,'civ_matlab.sh'),'file')
    1205         errormsg=[{'no file civ_matlab.sh found'}; {'run compile_functions.m to create it by compiling civ_matlab.m'}];
    1206             return
    1207     end
    1208 end
    1209 
    1210 %% set the list of files and check them
    1211 display('checking the files...')
    1212 [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
    1213 if ~isempty(errormsg)
    1214     return
    1215 end
    1216 [filecell,i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2,nom_type_nc,tild,tild,compare,errormsg]=...
    1217     set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);
    1218 if ~isempty(errormsg)
    1219     return
    1220 end
    1221 set(handles.civ_series,'UserData',filecell);%store for futur use of status callback
    1222 display('files OK, processing...')
    1223 
    1224 %% create subfolders for log, cmx, nml, xml, bat
    1225 RootBat=fileparts(filecell.nc.civ1{1,1});
    1226 switch(Param.Program)
    1227     case {'CivX','CivAll'}
    1228 dir_list={'0_BAT','0_CMX','0_LOG'};
    1229     case {'civ_matlab','civ_matlab.sh'}
    1230         dir_list={'0_BAT','0_XML'};
    1231 end
    1232 for k=1:length(dir_list)
    1233     if ~exist(fullfile(RootBat,dir_list{k}),'dir')
    1234         mkdir(fullfile(RootBat,dir_list{k}));
    1235     end
    1236 end
    1237 
    1238 %% get information on input images or movies
    1239 nbfield=numel(i1_civ1);
    1240 nbslice=numel(j1_civ1);
    1241 % if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
    1242     if Param.CheckCiv1
    1243         [Param.Civ1.FileTypeA,ImageInfoA_civ1,Param.Civ1.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ1{1});
    1244         [Param.Civ1.FileTypeB,ImageInfoB_civ1,Param.Civ1.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ1{1});
    1245     end
    1246     if Param.CheckCiv2
    1247         [Param.Civ2.FileTypeA,ImageInfoA_civ2,Param.Civ2.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ2{1});
    1248         [Param.Civ2.FileTypeB,ImageInfoB_civ2,Param.Civ2.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ2{1});
    1249     end
     903% Tabchar={};
     904% BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
     905% hfig=get(hObject,'parent');
     906% StatusData=get(hObject,'UserData');
     907% civ_files=get(hfig,'UserData');
     908% [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
     909% [tild,SubDir,extdir]=fileparts(filepath);
     910% SubDir=[SubDir extdir];
     911% option_civ=StatusData.option_civ;
     912% nbfiles=numel(civ_files);
     913% testrecent=0;
     914% count=0;
     915% datnum=zeros(1,nbfiles);
     916% filefound=cell(1,nbfiles);
     917% for ifile=1:nbfiles
     918%     detect=exist(civ_files{ifile},'file'); % check the existence of the file
     919%     option=0;
     920%     if detect==0
     921%         option_str='not created';
     922%     else
     923%         datfile=dir(civ_files{ifile});
     924%         if isfield(datfile,'datenum')
     925%             datnum(ifile)=datfile.datenum;%only available in recent matlab versions
     926%             testrecent=1;
     927%         end
     928%         filefound(ifile)={datfile.name};
     929%         
     930%         % check the content  netcdf file
     931%         Data=nc2struct(civ_files{ifile},'ListGlobalAttribute','CivStage','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
     932%         option_list={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
     933%         if ~isempty(Data.CivStage)
     934%             option=Data.CivStage;%case of Matlab civ
     935%         else
     936%             if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
     937%                 option=6;
     938%             elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
     939%                 option=5;
     940%             elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
     941%                 option=4;
     942%             elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
     943%                 option=3;
     944%             elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
     945%                 option=2;
     946%             else
     947%                 option=1;
     948%             end
     949%         end
     950%         option_str=option_list{option};
     951%         if datnum(ifile)<StatusData.time_ref
     952%             option_str=[option_str '  --OLD--'];
     953%         end
     954%     end
     955%     if option >= option_civ
     956%         count=count+1;
     957%     end
     958%     [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{ifile});
     959%     Tabchar{ifile,1}=[fullfile(SubDir,filename) ext  '...' option_str];
    1250960% end
    1251 
    1252 %% MAIN LOOP
    1253 time=get(handles.ImaDoc,'UserData'); %get the set of times
    1254 TimeUnit=get(handles.TimeUnit,'String');
    1255 checkframe=strcmp(TimeUnit,'frame');
    1256 batch_file_list=[];%should be renamed file_list, can be used for xml or bash files
    1257 NomTypeIma=get(handles.NomType,'String');
    1258 for ifile=1:nbfield
    1259     for j=1:nbslice
    1260            
    1261         % define output file name
    1262         if Param.CheckCiv2==1 || Param.CheckFix2==1 || Param.CheckPatch2==1
    1263             Param.OutputFile=filecell.nc.civ2{ifile,j};
    1264         else
    1265             Param.OutputFile=filecell.nc.civ1{ifile,j};
    1266         end
    1267         Param.OutputFile=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    1268 
    1269         if Param.CheckCiv1
    1270             % read image-dependent parameters         
    1271             if ~checkframe% && size(time,1)>=i2_civ1(ifile) && size(time,2)>=j2_civ1(j)
    1272                 Param.Civ1.Dt=(time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)-time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1));
    1273             else
    1274                 Param.Civ1.Dt=1;
    1275             end
    1276             Param.Civ1.Time=((time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)+time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1))/2);
    1277             if strcmp(Param.Program,'CivX')
    1278                 Param.Civ1.term_a=num2stra(j1_civ1(j),nom_type_nc);%UTILITE?
    1279                 Param.Civ1.term_b=num2stra(j2_civ1(j),nom_type_nc);%
    1280             end
    1281             Param.Civ1.ImageA=filecell.ima1.civ1{ifile,j};
    1282             Param.Civ1.ImageB=filecell.ima2.civ1{ifile,j};
    1283             Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ1.BitDepth;
    1284             Param.Civ1.ImageWidth=ImageInfoA_civ1.Width;
    1285             Param.Civ1.ImageHeight=ImageInfoA_civ1.Height;
    1286             if strcmp(NomTypeIma,'*')
    1287                 Param.Civ1.FrameIndexA=i1_civ1(ifile);
    1288                 Param.Civ1.FrameIndexB=i2_civ1(ifile);
    1289             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
    1290                 Param.Civ1.FrameIndexA=j1_civ1(j);
    1291                 Param.Civ1.FrameIndexB=j2_civ1(j);
    1292             end
    1293             % read mask )parameters
    1294             if Param.Civ1.CheckMask % the lines below should be changed with the new gui
    1295                 if ~exist(Param.Civ1.Mask,'file')
    1296                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ1.Mask]; %
    1297                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ1.Mask(1:end-4)); %
    1298                     i1_mask=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1299                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
    1300                     Param.Civ1.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
    1301                 end
    1302             end
    1303             % read grid parameters
    1304             if Param.Civ1.CheckGrid
    1305                 if numel(Param.Civ1.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ1.Grid(end-3:end),'grid')
    1306                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ1.Grid(1:end-4)); %
    1307                     if ~isnan(nbslice_grid)
    1308                         i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1309                         Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',Param.Civ1.Grid,'.grid','_1',i1_grid)];
    1310                         if ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
    1311                             errormsg='grid file absent for civ1';
    1312                             return
    1313                         end
    1314                     elseif ~exist(Param.Civ1.Grid,'file')
    1315                         errormsg='grid file absent for civ1';
    1316                         return
    1317                     end
    1318                 end
    1319             end
    1320            
    1321         end
    1322        
    1323         if Param.CheckCiv2==1
    1324             Param.Civ2.ImageA=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
    1325             Param.Civ2.ImageB=filecell.ima2.civ2{ifile,j};         
    1326             if ~checkframe %&& size(time,1)>=i2_civ2(ifile) && size(time,2)>=j2_civ2(j)
    1327                 Param.Civ2.Dt=time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)-time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1);
    1328             else
    1329                 Param.Civ2.Dt=1;
    1330             end
    1331             Param.Civ2.Time=(time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)+time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1))/2;
    1332             if strcmp(Param.Program,'CivX')
    1333                 Param.Civ2.term_a=num2stra(j1_civ2(j),nom_type_nc);
    1334                 Param.Civ2.term_b=num2stra(j2_civ2(j),nom_type_nc);
    1335             end
    1336             Param.Civ2.filename_nc1=filecell.nc.civ1{ifile,j};
    1337             Param.Civ2.filename_nc1(end-2:end)=[]; % remove '.nc'
    1338            
    1339             % mask
    1340             if Param.Civ2.CheckMask
    1341                 if ~exist(Param.Civ2.Mask,'file')
    1342                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ2.Mask]; %
    1343                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ2.Mask(1:end-4)); %
    1344                     i1_mask=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1345                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
    1346                     Param.Civ2.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
    1347                     %                     Param.Civ2.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
    1348                 end
    1349             end
    1350             %grid
    1351             if Param.Civ2.CheckGrid
    1352                 if numel(Param.Civ2.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ2.Grid(end-3:end),'grid')
    1353                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ2.Grid(1:end-4)); %
    1354                     if ~isnan(nbslice_grid)
    1355                         i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1356                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
    1357                         %                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    1358                     end
    1359                 end
    1360             end
    1361 
    1362             Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ2.BitDepth;
    1363             Param.Civ2.ImageWidth=ImageInfoA_civ2.Width;
    1364             Param.Civ2.ImageHeight=ImageInfoA_civ2.Height;
    1365             if strcmp(NomTypeIma,'*')
    1366                 Param.Civ2.FrameIndexA=i1_civ2(ifile);
    1367                 Param.Civ2.FrameIndexB=i2_civ2(ifile);
    1368             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
    1369                 Param.Civ2.FrameIndexA=j1_civ2(j);
    1370                 Param.Civ2.FrameIndexB=j2_civ2(j);
    1371             end
    1372         end
    1373        
    1374         % write the command and eventually the cmx, xml or nml files
    1375         cmd=write_cmd(Param);
    1376         write_param(Param);
    1377              
    1378         % create the command file name .m, .bat or .sh depending on the ok option
    1379         switch Param.Program
    1380             case {'civ_matlab'}
    1381                 filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.m');           
    1382                 [BatRoot,BatFile]=fileparts(filename_bat);
    1383                  BatFile=regexprep(BatFile,'-','__');%transform name to suppress'-' (not valid for .m files)
    1384                  filename_bat=[fullfile(BatRoot,BatFile) '.m'];
    1385             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
    1386                 switch computer
    1387                     case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1388                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.bat');
    1389                     case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1390                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
    1391                 end
    1392         end
    1393        
    1394         % print the command in the bat file
    1395         [fid,message]=fopen(filename_bat,'w');
    1396         if isequal(fid,-1)
    1397             errormsg=['creation of .bat file: ' message];
    1398             return
    1399         end
    1400         fprintf(fid,cmd);
    1401         fclose(fid);
    1402        
    1403         % special case for civ_matlab on cluster
    1404         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab') && strcmp(Param.RunMode,'cluster')
    1405             filename_bat2=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
    1406             [fid,message]=fopen(filename_bat2,'w');
    1407             if isequal(fid,-1)
    1408                 errormsg=['creation of .bat file: ' message];
    1409                 return
    1410             end
    1411             fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
    1412                 '/etc/sysprofile \n'...
    1413                 'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm <<END_MATLAB \n'...
    1414                 'addpath(''' path_civ ''');\n']);
    1415 %             for p=1:length(batch_file_list)
    1416                 fprintf(fid,['run ' filename_bat '\n']);
     961% datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
     962% if isempty(datnum)
     963%     if testrecent
     964%         message='no civ result created yet';
     965%     else
     966%         message='';
     967%     end
     968% else
     969%     datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
     970%     [first,ind]=min(datnum);
     971%     [last,indlast]=max(datnum);
     972%     message={[num2str(count) ' file(s) done over ' num2str(nbfiles)] ;['oldest modification:  ' cell2mat(filefound(ind)) ' : ' datestr(first)];...
     973%         ['latest modification:  ' cell2mat(filefound(indlast)) ' : ' datestr(last)]};
     974% end
     975% hlist=findobj(hfig,'tag','list');
     976% hmsgbox=findobj(hfig,'tag','msgbox');
     977% hwaitbar=findobj(hfig,'tag','waitbar');
     978% set(hlist,'String',Tabchar)
     979% set(hmsgbox,'String', message)
     980% if count>0 %&& ~test_new
     981%     BarPosition(3)=0.9*count/nbfiles;
     982%     set(hwaitbar,'Position',BarPosition)
     983% end
     984%
     985%
     986% %------------------------------------------------------------------------   
     987% % launched by deleting the status figure
     988% function stop_status(hObject, eventdata)
     989% %------------------------------------------------------------------------
     990% hciv=findobj(allchild(0),'tag','civ');
     991% hhciv=guidata(hciv);
     992% set(hhciv.status,'value',0) %reset the status uicontrol in the GUI civ
     993% set(hhciv.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
     994%
     995% % %------------------------------------------------------------------------   
     996% % % launched by pressing OK on the status figure
     997% % function close_GUI(hObject, eventdata)
     998% % %------------------------------------------------------------------------
     999% %     delete(gcbf)
     1000%
     1001
     1002% %------------------------------------------------------------------------
     1003% % --- Main lauch command, called by OK and BATCH
     1004% function errormsg=launch_jobs(hObject, eventdata, handles)
     1005% %------------------------------------------------------------------------
     1006% errormsg='';%default
     1007%
     1008% %% read the input parameters from the  GUI civ_input
     1009% Param=read_GUI(handles.civ_input);
     1010%
     1011% %% check the selected list of operations:
     1012% operations={'Civ1','Fix1','Patch1','Civ2','Fix2','Patch2'};
     1013% box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
     1014% index_first=find(box_test==1,1);
     1015% if isempty(index_first)
     1016%     errormsg='no selected operation';
     1017%     return
     1018% end
     1019% index_last=find(box_test==1,1,'last');
     1020% box_used=box_test(index_first : index_last);
     1021% [box_missing,ind_missing]=min(box_used);
     1022% if isequal(box_missing,0); %there is a missing step in the sequence of operations
     1023%     errormsg=['missing' cell2mat(operations(ind_missing))];
     1024%     return
     1025% end
     1026%
     1027% %% check mask if selecetd
     1028% %could be included in get_mask callback ?
     1029% if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
     1030%     maskname=get(handles.Mask,'String');
     1031%     if ~exist(maskname,'file')
     1032%         get_mask_civ1_Callback(hObject, eventdata, handles);
     1033%     end
     1034% end
     1035% if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
     1036%     maskname=get(handles.Mask,'String');
     1037%     if ~exist(maskname,'file')
     1038%         get_mask_fix1_Callback(hObject, eventdata, handles);
     1039%     end
     1040% end
     1041% if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
     1042%     maskname=get(handles.Mask,'String');
     1043%     if ~exist(maskname,'file')
     1044%         get_mask_civ2_Callback(hObject, eventdata, handles);
     1045%     end
     1046% end
     1047% if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
     1048%     maskname=get(handles.Mask,'String');
     1049%     if ~exist(maskname,'file')
     1050%         get_mask_fix2_Callback(hObject, eventdata, handles);
     1051%     end
     1052% end
     1053%
     1054% %% reinitialise status callback
     1055% if isfield(handles,'status')
     1056%     set(handles.status,'Value',0);%suppress status display
     1057%     status_Callback([], [], handles)
     1058% end
     1059%
     1060% %% read the PARAM.xml file to get the binaries (and batch_mode if batch)
     1061% % path_civ=fileparts(which('civ')); %path to the source directory of uvmat
     1062% % xmlfile=fullfile(path_civ,'PARAM.xml');
     1063% % s=[];
     1064% % if exist(xmlfile,'file')% search parameter xml file in the whole matlab path
     1065% %     t=xmltree(xmlfile);
     1066% %     s=convert(t);
     1067% % end% default configuration
     1068% % if ~isfield(s,'RunParam')
     1069% %     Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
     1070% %     Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
     1071% %     Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
     1072% %     Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
     1073% % end
     1074% % if strcmp(Param.RunMode,'cluster') %computation dispatched on a cluster
     1075% %     if isfield(s,'BatchParam')
     1076% %         Param.xml=s.BatchParam;
     1077% %         if isfield(Param.xml,'BatchMode')
     1078% %             batch_mode=Param.xml.BatchMode;
     1079% %             if ~ismember(batch_mode,{'sge','oar'})
     1080% %                 errormsg=['batch mode ' batch_mode ' not supported by UVMAT'];
     1081% %                 return
     1082% %             end
     1083% %         end
     1084% %     else
     1085% %         %default configuration
     1086% %         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
     1087% %         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
     1088% %         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
     1089% %         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
     1090% %    %     Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
     1091% %         Param.xml.BatchMode='oar';% TODO : allow choice for sge
     1092% %     end
     1093% % else % run
     1094% %     if isfield(s,'RunParam')
     1095% %         Param.xml=s.RunParam;
     1096% %     else %default configuration
     1097% %         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
     1098% %         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
     1099% %         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
     1100% %         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
     1101% %     end
     1102% % end
     1103% % %Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
     1104% %
     1105% % %% check if the binaries exist : to move in civ_opening
     1106% % binary_list={};
     1107% % switch Param.Program
     1108% %     case 'CivX'
     1109% %         binary_list={'Civ1Bin','Civ2Bin','PatchBin','FixBin'};
     1110% %     case 'CivAll'% desactivated option
     1111% %         binary_list={'Civ'};
     1112% % %     case 'civ_matlab.sh'% compiled version of civ_matlab
     1113% % %         binary_list={'CivmBin'};         
     1114% % end
     1115% % for bin_name=binary_list %loop on the list of binaries
     1116% %     if isfield(Param.xml,bin_name{1})% bin_name{1} =current name in the list
     1117% %         if ~isunix
     1118% %         Param.xml.(bin_name{1})=[regexprep(Param.xml.(bin_name{1}),'/','\') '.exe'];
     1119% %         end
     1120% %         if exist(Param.xml.(bin_name{1}),'file')
     1121% %             [path,name,ext]=fileparts(Param.xml.(bin_name{1}));
     1122% %             currentdir=pwd;
     1123% %             if isempty(path)
     1124% %                 path=fileparts(which('civ.m'));
     1125% %             end
     1126% %             if exist(path,'dir')
     1127% %                 cd(path);
     1128% %                 binpath=pwd;%path of the binary
     1129% %                 Param.xml.(bin_name{1})=fullfile(binpath,[name ext]);
     1130% %                 cd(currentdir);
     1131% %             else
     1132% %                 errormsg=['path ' path ' for binaries specified in PARAM.xml does not exist'];
     1133% %                 return
     1134% %             end         
     1135% %         else  %look for the full path if the file name has been defined with a relative path in PARAM.xm
     1136% %             fullname=fullfile(path_civ,Param.xml.(bin_name{1}));
     1137% %             if exist(fullname,'file')
     1138% %                 Param.xml.(bin_name{1})=fullname;
     1139% %             else
     1140% %                 errormsg=['Binary ' Param.xml.(bin_name{1}) ' specified in PARAM.xml does not exist'];
     1141% %                 return
     1142% %             end
     1143% %         end
     1144% %     end
     1145% % end
     1146% % if strcmp(Param.Program,'civ_matlab.sh')
     1147% %     if ~exist(fullfile(path_civ,'civ_matlab.sh'),'file')
     1148% %         errormsg=[{'no file civ_matlab.sh found'}; {'run compile_functions.m to create it by compiling civ_matlab.m'}];
     1149% %             return
     1150% %     end
     1151% % end
     1152% %
     1153% % %% set the list of files and check them
     1154% % display('checking the files...')
     1155% % [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
     1156% % if ~isempty(errormsg)
     1157% %     return
     1158% % end
     1159% % [filecell,i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2,nom_type_nc,tild,tild,compare,errormsg]=...
     1160% %     set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);
     1161% % if ~isempty(errormsg)
     1162% %     return
     1163% % end
     1164% % set(handles.civ_input,'UserData',filecell);%store for futur use of status callback
     1165% % display('files OK, processing...')
     1166% %
     1167% % %% create subfolders for log, cmx, nml, xml, bat
     1168% % RootBat=fileparts(filecell.nc.civ1{1,1});
     1169% % switch(Param.Program)
     1170% %     case {'CivX','CivAll'}
     1171% % dir_list={'0_BAT','0_CMX','0_LOG'};
     1172% %     case {'civ_matlab','civ_matlab.sh'}
     1173% %         dir_list={'0_BAT','0_XML'};
     1174% % end
     1175% % for k=1:length(dir_list)
     1176% %     if ~exist(fullfile(RootBat,dir_list{k}),'dir')
     1177% %         mkdir(fullfile(RootBat,dir_list{k}));
     1178% %     end
     1179% % end
     1180%
     1181% %% get information on input images or movies
     1182% nbfield=numel(i1_civ1);
     1183% nbslice=numel(j1_civ1);
     1184% % if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
     1185%     if Param.CheckCiv1
     1186%         [Param.Civ1.FileTypeA,ImageInfoA_civ1,Param.Civ1.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ1{1});
     1187%         [Param.Civ1.FileTypeB,ImageInfoB_civ1,Param.Civ1.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ1{1});
     1188%     end
     1189%     if Param.CheckCiv2
     1190%         [Param.Civ2.FileTypeA,ImageInfoA_civ2,Param.Civ2.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ2{1});
     1191%         [Param.Civ2.FileTypeB,ImageInfoB_civ2,Param.Civ2.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ2{1});
     1192%     end
     1193% % end
     1194%
     1195% %% MAIN LOOP
     1196% time=get(handles.ImaDoc,'UserData'); %get the set of times
     1197% TimeUnit=get(handles.TimeUnit,'String');
     1198% checkframe=strcmp(TimeUnit,'frame');
     1199% batch_file_list=[];%should be renamed file_list, can be used for xml or bash files
     1200% NomTypeIma=get(handles.NomType,'String');
     1201% for ifile=1:nbfield
     1202%     for j=1:nbslice
     1203%             
     1204%         % define output file name
     1205%         if Param.CheckCiv2==1 || Param.CheckFix2==1 || Param.CheckPatch2==1
     1206%             Param.OutputFile=filecell.nc.civ2{ifile,j};
     1207%         else
     1208%             Param.OutputFile=filecell.nc.civ1{ifile,j};
     1209%         end
     1210%         Param.OutputFile=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
     1211%
     1212%         if Param.CheckCiv1
     1213%             % read image-dependent parameters         
     1214%             if ~checkframe% && size(time,1)>=i2_civ1(ifile) && size(time,2)>=j2_civ1(j)
     1215%                 Param.Civ1.Dt=(time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)-time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1));
     1216%             else
     1217%                 Param.Civ1.Dt=1;
    14171218%             end
    1418             fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
    1419             fclose(fid);
    1420             filename_bat=filename_bat2;
    1421         end
    1422        
    1423         switch computer
    1424             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1425                 system(['chmod +x ' filename_bat]);
    1426         end
    1427         batch_file_list{length(batch_file_list)+1}=filename_bat;
    1428     end
    1429 end
    1430 
    1431 %% start calculation
    1432 %computation on cluster
    1433 %if batch ==3
    1434 switch Param.RunMode,
    1435     case 'cluster'
    1436         switch batch_mode
    1437             case 'sge' %at the moment only psmn ENS Lyon uses it
    1438                 for p=1:length(batch_file_list)
    1439                     %cmd=['!qsub -p ' pvalue ' -q civ_input.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' batch_file_list{p}];
    1440                     cmd=['!qsub -q piv1,piv2,piv3 '...
    1441                         '-e ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -o ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
    1442                         ' -v ' 'LD_LIBRARY_PATH=/home/sjoubaud/matlab_sylvain/civx/lib ' batch_file_list{p}];
    1443                     display(cmd);eval(cmd);
    1444                 end
    1445             case 'oar_old' % to remove
    1446                 for p=1:length(batch_file_list)
    1447                     oar_command=['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
    1448                         '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
    1449                         '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' batch_file_list{p}];
    1450                     display(oar_command);eval(oar_command);
    1451                 end
    1452             case 'oar'
    1453                 max_walltime=3600*12; % 12h max
    1454                 oar_modes={'oar-parexec','oar-dispatch','mpilauncher'};
    1455                 text={'Batch processing on servcalcul3 LEGI';...
    1456                     'Please choose one of the followint modes';...
    1457                     '* oar-parexec : default and best choice';...
    1458                     '* oar-dispatch : jobs in a container of several cores';...
    1459                     '* mpilauncher : one single parallel mpi job using several cores';...
    1460                     '**********************************'...
    1461                     };
    1462                 [S,v]=listdlg('PromptString',text,'ListString',oar_modes,...
    1463                     'SelectionMode','single','ListSize',[400 100],'Name','LEGI job mode');
    1464                 switch oar_modes{S}
    1465                     case 'oar-parexec' %oar-dispatch.pl
    1466                         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
    1467                             ncores=1;
    1468                             msgbox_uvmat('WARNING','Number of cores =1: select the compiled version civ_matlab.sh for multi-core processing');
    1469                         else
    1470                         answer=inputdlg({'Number of cores (max 36)','extra oar options'},'oarsub parameter',1,{'12',''});
    1471                         ncores=str2double(answer{1});
    1472                         end
    1473 
    1474                         extra_oar=answer{2};
    1475                         walltime_onejob=600;%seconds
    1476                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1477                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1478                         for p=1:length(batch_file_list)
    1479                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
    1480                         end
    1481                         fclose(fid);
    1482                         oar_command=['oarsub -n CIVX '...
    1483                             '-t idempotent --checkpoint ' num2str(walltime_onejob+60) ' '...
    1484                             '-l /core=' num2str(ncores) ','...
    1485                             'walltime=' datestr(min(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,max_walltime/86400),13) ' '...
    1486                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
    1487                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
    1488                             extra_oar ' '...
    1489                             '"oar-parexec -s -f ' filename_joblist ' '...
    1490                             '-l ' filename_joblist '.log"\n'];
    1491                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1492                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
    1493                         fprintf(fid,oar_command);
    1494                         fclose(fid);
    1495                         fprintf(oar_command);% display in command line
    1496                         system(oar_command);
    1497 %                         eval(['! . ' filename
    1498 %                             _oarcommand])
    1499                     case 'oar-dispatch' %oar-dispatch.pl
    1500                         ncores=str2double(...
    1501                             inputdlg('Number of cores (max 36)','oarsub parameter',1,{'6'})...
    1502                             );
    1503                         walltime_onejob=600;%seconds
    1504                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1505                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1506                         for p=1:length(batch_file_list)
    1507                             oar_command=['oarsub -n CIVX '...
    1508                                 '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stderr') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stdout ')...
    1509                                 '-l "/core=1,walltime=' datestr(walltime_onejob/86400,13) '"   ' batch_file_list{p}];
    1510                             fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    1511                         end
    1512                         fclose(fid);
    1513                         oar_command=['oarsub -t container -n civx-container '...
    1514                             '-l /core=' num2str(ncores)...
    1515                             ',walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
    1516                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
    1517                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
    1518                             '"oar-dispatch -f ' filename_joblist '"'];
    1519                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1520                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
    1521                         fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    1522                         fclose(fid);
    1523                         display(oar_command);
    1524                         eval(['! . ' filename_oarcommand])
    1525                     case 'mpilauncher'
    1526                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1527                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1528                        
    1529                         for p=1:length(batch_file_list)
    1530                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
    1531                         end
    1532                         fclose(fid)
    1533                         text_oarscript=[...
    1534                             '#!/bin/bash \n'...
    1535                             '#OAR -n Mylauncher \n'...
    1536                             '#OAR -l node=4/core=5,walltime=0:15:00 \n'...
    1537                             '#OAR -E ' fullfile(RootBat,'stderrfile.log') ' \n'...
    1538                             '#OAR -O ' fullfile(RootBat,'stdoutfile.log') ' \n'...
    1539                             '# ========================================================= \n'...
    1540                             '# This simple program launch a multinode parallel OpenMPI mpilauncher \n'...
    1541                             '# application for coriolis PIV post-processing. \n'...
    1542                             '# OAR uses oarshmost wrapper to propagate the user environement. \n'...
    1543                             '# This wrapper assert that the user has the same environment on all the \n'...
    1544                             '# allocated nodes (basic behavior needed by most MPI applications).  \n'...
    1545                             '# \n'...
    1546                             '# REQUIREMENT: \n'...
    1547                             '# the oarshmost wrapper should be installed in $HOME/bin directory. \n'...
    1548                             '# If a different location is used, change the line following the comment "Bidouille" \n'...
    1549                             '# ========================================================= \n'...
    1550                             '#   USER should only modify these 2 lines  \n'...
    1551                             'WORKDIR=' pwd ' \n'...
    1552                             'COMMANDE="mpilauncher  -f ' filename_joblist '" \n'...
    1553                             '# ========================================================= \n'...
    1554                             '# DO NOT MODIFY the FOLOWING LINES. (or be carefull) \n'...
    1555                             'echo "job starting on: "`hostname` \n'...
    1556                             'MPINODES="-host `tr [\\\\\\n] [,] <$OAR_NODEFILE |sed -e "s/,$/ /"`" \n'...
    1557                             'NCPUS=`cat $OAR_NODEFILE |wc -l` \n'...
    1558                             '#========== Bidouille ============== \n'...
    1559                             'export OMPI_MCA_plm_rsh_agent=oar-envsh \n'...%                     'cd $WORKDIR \n'...
    1560                             'CMD="mpirun -np $NCPUS -wdir $WORKDIR $MPINODES $COMMANDE" \n'...
    1561                             'echo "I run: $CMD"  \n'...
    1562                             '$CMD \n'...
    1563                             'echo "job ending" \n'...
    1564                             ];
    1565                         %                 oarsub -S ./oar.sub
    1566                         filename_oarscript=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1567                         fid=fopen(filename_oarscript,'w');
    1568                         fprintf(fid,[text_oarscript]);
    1569                         fclose(fid);
    1570                         eval(['!chmod +x  ' filename_oarscript]);
    1571                         eval(['!oarsub -S ' filename_oarscript]);
    1572                 end
    1573         end
    1574     case {'background','local'}
    1575         switch Param.Program
    1576             case {'civ_matlab'}
    1577                 switch Param.RunMode
    1578                     case 'background'
    1579                         switch computer
    1580                             case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1581                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1582                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1583                                 if fid==-1
    1584                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1585                                     return
    1586                                 end
    1587                                  fprintf(fid,['matlab -automation '...
    1588                                      '-r "addpath(''' regexprep(path_civ,'\\','\\\\') ''');']);
    1589                                 for p=1:length(batch_file_list)
    1590                                     fprintf(fid,['run ' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') ';']);
    1591                                 end
    1592                                  fprintf(fid, 'exit"');
    1593                                 fclose(fid);
    1594                                 dos([filename_superbat ' &']);
    1595                             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1596                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.sh');
    1597                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1598                                 if fid==-1
    1599                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1600                                     return
    1601                                 end
    1602                                 fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
    1603                                     '/etc/sysprofile \n'...
    1604                                     'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm -logfile  <<END_MATLAB \n'...
    1605                                     'addpath(''' path_civ ''');\n']);
    1606                                 for p=1:length(batch_file_list)
    1607                                     fprintf(fid,['run ' batch_file_list{p} '\n']);
    1608                                 end
    1609                                 fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
    1610                                 fclose(fid);
    1611                                 system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1612                                 system([filename_superbat ' &']);
    1613                         end
    1614                     case 'local'
    1615                         for p=1:length(batch_file_list)
    1616                             fid=fopen(batch_file_list{p});
    1617                             eval(fscanf(fid,'%s'));
    1618                             fclose(fid);
    1619                         end
    1620                 end
    1621             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
    1622                     switch computer
    1623                         case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1624                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1625                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1626                             if fid==-1
    1627                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1628                                 return
    1629                             end
    1630                             for p=1:length(batch_file_list)
    1631                                 fprintf(fid,['@call "' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') '"' '\n']);
    1632                             end
    1633                             fclose(fid);
    1634                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1635                         case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1636                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1637                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1638                             if fid==-1
    1639                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1640                                 return
    1641                             end
    1642                             for p=1:length(batch_file_list)
    1643                                 fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p} '\n']);
    1644                             end
    1645                             fclose(fid);
    1646                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1647                     end
    1648                 switch Param.RunMode
    1649                     case 'background'
    1650                         system([filename_superbat ' &']);% execute main commmand see what it does in dos ?
    1651                     case 'local'
    1652                         system(filename_superbat);
    1653                 end
    1654         end
    1655 end
    1656 
    1657 
    1658 %% save interface state
    1659 if isfield(filecell,'nc')
    1660     if isfield(filecell.nc,'civ2')
    1661         fileresu=filecell.nc.civ2{1,1};
    1662     else
    1663         fileresu=filecell.nc.civ1{1,1};
    1664     end
    1665 end
    1666 [RootPath,SubDir,RootFile]=fileparts_uvmat(fileresu);
    1667 namedoc=fullfile(RootPath,SubDir,RootFile);
    1668 detect=1;
    1669 while detect==1
    1670     namefigfull=[namedoc '.fig'];
    1671     hh=dir(namefigfull);
    1672     if ~isempty(hh)
    1673         detect=1;
    1674         namedoc=[namedoc '.0'];
    1675     else
    1676         detect=0;
    1677     end
    1678 end
    1679 Param=rmfield(Param,'status');
    1680 Param=rmfield(Param,'xml');
    1681 t=struct2xml(Param);
    1682 t=set(t,1,'name','Civ');% set the head label
    1683 save(t,[namedoc '.civ.xml']); %save GUI  parameters as xml file
    1684 % saveas(gcbf,namefigfull);%save the interface with name namefigfull (A CHANGER EN FICHIER  .xml)
    1685 
    1686 %Save info in personal profile (initiate browser next time) TODO
    1687 MenuFile={};
    1688 dir_perso=prefdir;
    1689 profil_perso=fullfile(dir_perso,'uvmat_perso.mat');
    1690 if exist(profil_perso,'file')
    1691     hh=load (profil_perso);
    1692       if isfield(hh,'MenuFile')
    1693           MenuFile=hh.MenuFile;
    1694       end
    1695       if isfield(filecell.nc,'civ2')
    1696           MenuFile=[filecell.nc.civ2{1,1}; MenuFile];
    1697       else
    1698            MenuFile=[filecell.nc.civ1{1,1}; MenuFile];
    1699       end
    1700       save (profil_perso,'MenuFile','-append'); %store the file names for future opening of uvmat
    1701 else
    1702     MenuFile=filecell.ima1.civ1(1,1);
    1703     save (profil_perso,'MenuFile')
    1704 end
    1705 
    1706 %------------------------------------------------------------------------
    1707 % --- determine the list of reference indices of processing file
    1708 function [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles)
    1709 %------------------------------------------------------------------------
    1710 errormsg=''; %default error message
    1711 first_i=str2double(get(handles.first_i,'String'));%first index i
    1712 last_i=str2double(get(handles.last_i,'String'));%last index i
    1713 incr_i=str2double(get(handles.incr_i,'String'));% increment
    1714 if isequal(get(handles.first_j,'Visible'),'on')
    1715     first_j=str2double(get(handles.first_j,'String'));%first index j
    1716     last_j=str2double(get(handles.last_j,'String'));%last index j
    1717     incr_j=str2double(get(handles.incr_j,'String'));% increment
    1718 else
    1719     first_j=1;
    1720     last_j=1;
    1721     incr_j=1;
    1722 end
    1723 ref_i=first_i:incr_i:last_i;% list of i indices (reference values for each pair)
    1724 ref_j=first_j:incr_j:last_j;% list of j indices (reference values for each pair)
    1725 if isnan(first_i)||isnan(first_j)
    1726     errormsg='first field number not defined';
    1727 elseif isnan(last_i)||isnan(last_j)
    1728     errormsg='last field number not defined';
    1729 elseif isnan(incr_i)||isnan(incr_j)
    1730     errormsg='increment in field number not defined';
    1731 elseif last_i < first_i || last_j < first_j
    1732     errormsg='last field number must be larger than the first one';
    1733 end
     1219%             Param.Civ1.Time=((time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)+time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1))/2);
     1220%             if strcmp(Param.Program,'CivX')
     1221%                 Param.Civ1.term_a=num2stra(j1_civ1(j),nom_type_nc);%UTILITE?
     1222%                 Param.Civ1.term_b=num2stra(j2_civ1(j),nom_type_nc);%
     1223%             end
     1224%             Param.Civ1.ImageA=filecell.ima1.civ1{ifile,j};
     1225%             Param.Civ1.ImageB=filecell.ima2.civ1{ifile,j};
     1226%             Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ1.BitDepth;
     1227%             Param.Civ1.ImageWidth=ImageInfoA_civ1.Width;
     1228%             Param.Civ1.ImageHeight=ImageInfoA_civ1.Height;
     1229%             if strcmp(NomTypeIma,'*')
     1230%                 Param.Civ1.FrameIndexA=i1_civ1(ifile);
     1231%                 Param.Civ1.FrameIndexB=i2_civ1(ifile);
     1232%             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
     1233%                 Param.Civ1.FrameIndexA=j1_civ1(j);
     1234%                 Param.Civ1.FrameIndexB=j2_civ1(j);
     1235%             end
     1236%             % read mask )parameters
     1237%             if Param.Civ1.CheckMask % the lines below should be changed with the new gui
     1238%                 if ~exist(Param.Civ1.Mask,'file')
     1239%                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ1.Mask]; %
     1240%                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ1.Mask(1:end-4)); %
     1241%                     i1_mask=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
     1242%                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
     1243%                     Param.Civ1.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
     1244%                 end
     1245%             end
     1246%             % read grid parameters
     1247%             if Param.Civ1.CheckGrid
     1248%                 if numel(Param.Civ1.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ1.Grid(end-3:end),'grid')
     1249%                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ1.Grid(1:end-4)); %
     1250%                     if ~isnan(nbslice_grid)
     1251%                         i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
     1252%                         Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',Param.Civ1.Grid,'.grid','_1',i1_grid)];
     1253%                         if ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
     1254%                             errormsg='grid file absent for civ1';
     1255%                             return
     1256%                         end
     1257%                     elseif ~exist(Param.Civ1.Grid,'file')
     1258%                         errormsg='grid file absent for civ1';
     1259%                         return
     1260%                     end
     1261%                 end
     1262%             end
     1263%             
     1264%         end
     1265%         
     1266%         if Param.CheckCiv2==1
     1267%             Param.Civ2.ImageA=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
     1268%             Param.Civ2.ImageB=filecell.ima2.civ2{ifile,j};         
     1269%             if ~checkframe %&& size(time,1)>=i2_civ2(ifile) && size(time,2)>=j2_civ2(j)
     1270%                 Param.Civ2.Dt=time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)-time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1);
     1271%             else
     1272%                 Param.Civ2.Dt=1;
     1273%             end
     1274%             Param.Civ2.Time=(time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)+time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1))/2;
     1275%             if strcmp(Param.Program,'CivX')
     1276%                 Param.Civ2.term_a=num2stra(j1_civ2(j),nom_type_nc);
     1277%                 Param.Civ2.term_b=num2stra(j2_civ2(j),nom_type_nc);
     1278%             end
     1279%             Param.Civ2.filename_nc1=filecell.nc.civ1{ifile,j};
     1280%             Param.Civ2.filename_nc1(end-2:end)=[]; % remove '.nc'
     1281%             
     1282%             % mask
     1283%             if Param.Civ2.CheckMask
     1284%                 if ~exist(Param.Civ2.Mask,'file')
     1285%                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ2.Mask]; %
     1286%                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ2.Mask(1:end-4)); %
     1287%                     i1_mask=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
     1288%                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
     1289%                     Param.Civ2.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
     1290%                     %                     Param.Civ2.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
     1291%                 end
     1292%             end
     1293%             %grid
     1294%             if Param.Civ2.CheckGrid
     1295%                 if numel(Param.Civ2.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ2.Grid(end-3:end),'grid')
     1296%                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ2.Grid(1:end-4)); %
     1297%                     if ~isnan(nbslice_grid)
     1298%                         i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
     1299%                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
     1300%                         %                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
     1301%                     end
     1302%                 end
     1303%             end
     1304%
     1305%             Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ2.BitDepth;
     1306%             Param.Civ2.ImageWidth=ImageInfoA_civ2.Width;
     1307%             Param.Civ2.ImageHeight=ImageInfoA_civ2.Height;
     1308%             if strcmp(NomTypeIma,'*')
     1309%                 Param.Civ2.FrameIndexA=i1_civ2(ifile);
     1310%                 Param.Civ2.FrameIndexB=i2_civ2(ifile);
     1311%             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
     1312%                 Param.Civ2.FrameIndexA=j1_civ2(j);
     1313%                 Param.Civ2.FrameIndexB=j2_civ2(j);
     1314%             end
     1315%         end
     1316%       
     1317%         % write the command and eventually the cmx, xml or nml files
     1318%         cmd=write_cmd(Param);
     1319%         write_param(Param);
     1320%               
     1321%         % create the command file name .m, .bat or .sh depending on the ok option
     1322%         switch Param.Program
     1323%             case {'civ_matlab'}
     1324%                 filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.m');           
     1325%                 [BatRoot,BatFile]=fileparts(filename_bat);
     1326%                  BatFile=regexprep(BatFile,'-','__');%transform name to suppress'-' (not valid for .m files)
     1327%                  filename_bat=[fullfile(BatRoot,BatFile) '.m'];
     1328%             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
     1329%                 switch computer
     1330%                     case {'PCWIN','PCWIN64'}
     1331%                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.bat');
     1332%                     case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
     1333%                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
     1334%                 end
     1335%         end
     1336%         
     1337%         % print the command in the bat file
     1338%         [fid,message]=fopen(filename_bat,'w');
     1339%         if isequal(fid,-1)
     1340%             errormsg=['creation of .bat file: ' message];
     1341%             return
     1342%         end
     1343%         fprintf(fid,cmd);
     1344%         fclose(fid);
     1345%         
     1346%         % special case for civ_matlab on cluster
     1347%         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab') && strcmp(Param.RunMode,'cluster')
     1348%             filename_bat2=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
     1349%             [fid,message]=fopen(filename_bat2,'w');
     1350%             if isequal(fid,-1)
     1351%                 errormsg=['creation of .bat file: ' message];
     1352%                 return
     1353%             end
     1354%             fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
     1355%                 '/etc/sysprofile \n'...
     1356%                 'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm <<END_MATLAB \n'...
     1357%                 'addpath(''' path_civ ''');\n']);
     1358% %             for p=1:length(batch_file_list)
     1359%                 fprintf(fid,['run ' filename_bat '\n']);
     1360% %             end
     1361%             fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
     1362%             fclose(fid);
     1363%             filename_bat=filename_bat2;
     1364%         end
     1365%         
     1366%         switch computer
     1367%             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
     1368%                 system(['chmod +x ' filename_bat]);
     1369%         end
     1370%         batch_file_list{length(batch_file_list)+1}=filename_bat;
     1371%     end
     1372% end
     1373%
     1374% %% start calculation
     1375% %computation on cluster
     1376% %if batch ==3
     1377% switch Param.RunMode,
     1378%     case 'cluster'
     1379%         switch batch_mode
     1380%             case 'sge' %at the moment only psmn ENS Lyon uses it
     1381%                 for p=1:length(batch_file_list)
     1382%                     %cmd=['!qsub -p ' pvalue ' -q civ_input.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' batch_file_list{p}];
     1383%                     cmd=['!qsub -q piv1,piv2,piv3 '...
     1384%                         '-e ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -o ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
     1385%                         ' -v ' 'LD_LIBRARY_PATH=/home/sjoubaud/matlab_sylvain/civx/lib ' batch_file_list{p}];
     1386%                     display(cmd);eval(cmd);
     1387%                 end
     1388%             case 'oar_old' % to remove
     1389%                 for p=1:length(batch_file_list)
     1390%                     oar_command=['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
     1391%                         '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
     1392%                         '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' batch_file_list{p}];
     1393%                     display(oar_command);eval(oar_command);
     1394%                 end
     1395%             case 'oar'
     1396%                 max_walltime=3600*12; % 12h max
     1397%                 oar_modes={'oar-parexec','oar-dispatch','mpilauncher'};
     1398%                 text={'Batch processing on servcalcul3 LEGI';...
     1399%                     'Please choose one of the followint modes';...
     1400%                     '* oar-parexec : default and best choice';...
     1401%                     '* oar-dispatch : jobs in a container of several cores';...
     1402%                     '* mpilauncher : one single parallel mpi job using several cores';...
     1403%                     '**********************************'...
     1404%                     };
     1405%                 [S,v]=listdlg('PromptString',text,'ListString',oar_modes,...
     1406%                     'SelectionMode','single','ListSize',[400 100],'Name','LEGI job mode');
     1407%                 switch oar_modes{S}
     1408%                     case 'oar-parexec' %oar-dispatch.pl
     1409%                         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
     1410%                             ncores=1;
     1411%                             msgbox_uvmat('WARNING','Number of cores =1: select the compiled version civ_matlab.sh for multi-core processing');
     1412%                         else
     1413%                         answer=inputdlg({'Number of cores (max 36)','extra oar options'},'oarsub parameter',1,{'12',''});
     1414%                         ncores=str2double(answer{1});
     1415%                         end
     1416%
     1417%                         extra_oar=answer{2};
     1418%                         walltime_onejob=600;%seconds
     1419%                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
     1420%                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
     1421%                         for p=1:length(batch_file_list)
     1422%                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
     1423%                         end
     1424%                         fclose(fid);
     1425%                         oar_command=['oarsub -n CIVX '...
     1426%                             '-t idempotent --checkpoint ' num2str(walltime_onejob+60) ' '...
     1427%                             '-l /core=' num2str(ncores) ','...
     1428%                             'walltime=' datestr(min(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,max_walltime/86400),13) ' '...
     1429%                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
     1430%                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
     1431%                             extra_oar ' '...
     1432%                             '"oar-parexec -s -f ' filename_joblist ' '...
     1433%                             '-l ' filename_joblist '.log"\n'];
     1434%                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
     1435%                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
     1436%                         fprintf(fid,oar_command);
     1437%                         fclose(fid);
     1438%                         fprintf(oar_command);% display in command line
     1439%                         system(oar_command);
     1440% %                         eval(['! . ' filename
     1441% %                             _oarcommand])
     1442%                     case 'oar-dispatch' %oar-dispatch.pl
     1443%                         ncores=str2double(...
     1444%                             inputdlg('Number of cores (max 36)','oarsub parameter',1,{'6'})...
     1445%                             );
     1446%                         walltime_onejob=600;%seconds
     1447%                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
     1448%                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
     1449%                         for p=1:length(batch_file_list)
     1450%                             oar_command=['oarsub -n CIVX '...
     1451%                                 '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stderr') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stdout ')...
     1452%                                 '-l "/core=1,walltime=' datestr(walltime_onejob/86400,13) '"   ' batch_file_list{p}];
     1453%                             fprintf(fid,[oar_command '\n']);
     1454%                         end
     1455%                         fclose(fid);
     1456%                         oar_command=['oarsub -t container -n civx-container '...
     1457%                             '-l /core=' num2str(ncores)...
     1458%                             ',walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
     1459%                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
     1460%                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
     1461%                             '"oar-dispatch -f ' filename_joblist '"'];
     1462%                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
     1463%                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
     1464%                         fprintf(fid,[oar_command '\n']);
     1465%                         fclose(fid);
     1466%                         display(oar_command);
     1467%                         eval(['! . ' filename_oarcommand])
     1468%                     case 'mpilauncher'
     1469%                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
     1470%                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
     1471%                         
     1472%                         for p=1:length(batch_file_list)
     1473%                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
     1474%                         end
     1475%                         fclose(fid)
     1476%                         text_oarscript=[...
     1477%                             '#!/bin/bash \n'...
     1478%                             '#OAR -n Mylauncher \n'...
     1479%                             '#OAR -l node=4/core=5,walltime=0:15:00 \n'...
     1480%                             '#OAR -E ' fullfile(RootBat,'stderrfile.log') ' \n'...
     1481%                             '#OAR -O ' fullfile(RootBat,'stdoutfile.log') ' \n'...
     1482%                             '# ========================================================= \n'...
     1483%                             '# This simple program launch a multinode parallel OpenMPI mpilauncher \n'...
     1484%                             '# application for coriolis PIV post-processing. \n'...
     1485%                             '# OAR uses oarshmost wrapper to propagate the user environement. \n'...
     1486%                             '# This wrapper assert that the user has the same environment on all the \n'...
     1487%                             '# allocated nodes (basic behavior needed by most MPI applications).  \n'...
     1488%                             '# \n'...
     1489%                             '# REQUIREMENT: \n'...
     1490%                             '# the oarshmost wrapper should be installed in $HOME/bin directory. \n'...
     1491%                             '# If a different location is used, change the line following the comment "Bidouille" \n'...
     1492%                             '# ========================================================= \n'...
     1493%                             '#   USER should only modify these 2 lines  \n'...
     1494%                             'WORKDIR=' pwd ' \n'...
     1495%                             'COMMANDE="mpilauncher  -f ' filename_joblist '" \n'...
     1496%                             '# ========================================================= \n'...
     1497%                             '# DO NOT MODIFY the FOLOWING LINES. (or be carefull) \n'...
     1498%                             'echo "job starting on: "`hostname` \n'...
     1499%                             'MPINODES="-host `tr [\\\\\\n] [,] <$OAR_NODEFILE |sed -e "s/,$/ /"`" \n'...
     1500%                             'NCPUS=`cat $OAR_NODEFILE |wc -l` \n'...
     1501%                             '#========== Bidouille ============== \n'...
     1502%                             'export OMPI_MCA_plm_rsh_agent=oar-envsh \n'...%                     'cd $WORKDIR \n'...
     1503%                             'CMD="mpirun -np $NCPUS -wdir $WORKDIR $MPINODES $COMMANDE" \n'...
     1504%                             'echo "I run: $CMD"  \n'...
     1505%                             '$CMD \n'...
     1506%                             'echo "job ending" \n'...
     1507%                             ];
     1508%                         %                 oarsub -S ./oar.sub
     1509%                         filename_oarscript=fullfile(RootBat,'oar_command');
     1510%                         fid=fopen(filename_oarscript,'w');
     1511%                         fprintf(fid,[text_oarscript]);
     1512%                         fclose(fid);
     1513%                         eval(['!chmod +x  ' filename_oarscript]);
     1514%                         eval(['!oarsub -S ' filename_oarscript]);
     1515%                 end
     1516%         end
     1517%     case {'background','local'}
     1518%         switch Param.Program
     1519%             case {'civ_matlab'}
     1520%                 switch Param.RunMode
     1521%                     case 'background'
     1522%                         switch computer
     1523%                             case {'PCWIN','PCWIN64'}
     1524%                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
     1525%                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
     1526%                                 if fid==-1
     1527%                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     1528%                                     return
     1529%                                 end
     1530%                                  fprintf(fid,['matlab -automation '...
     1531%                                      '-r "addpath(''' regexprep(path_civ,'\\','\\\\') ''');']);
     1532%                                 for p=1:length(batch_file_list)
     1533%                                     fprintf(fid,['run ' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') ';']);
     1534%                                 end
     1535%                                  fprintf(fid, 'exit"');
     1536%                                 fclose(fid);
     1537%                                 dos([filename_superbat ' &']);
     1538%                             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
     1539%                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.sh');
     1540%                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
     1541%                                 if fid==-1
     1542%                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     1543%                                     return
     1544%                                 end
     1545%                                 fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
     1546%                                     '/etc/sysprofile \n'...
     1547%                                     'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm -logfile  <<END_MATLAB \n'...
     1548%                                     'addpath(''' path_civ ''');\n']);
     1549%                                 for p=1:length(batch_file_list)
     1550%                                     fprintf(fid,['run ' batch_file_list{p} '\n']);
     1551%                                 end
     1552%                                 fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
     1553%                                 fclose(fid);
     1554%                                 system(['chmod +x ' filename_superbat]);
     1555%                                 system([filename_superbat ' &']);
     1556%                         end
     1557%                     case 'local'
     1558%                         for p=1:length(batch_file_list)
     1559%                             fid=fopen(batch_file_list{p});
     1560%                             eval(fscanf(fid,'%s'));
     1561%                             fclose(fid);
     1562%                         end
     1563%                 end
     1564%             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
     1565%                     switch computer
     1566%                         case {'PCWIN','PCWIN64'}
     1567%                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
     1568%                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
     1569%                             if fid==-1
     1570%                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     1571%                                 return
     1572%                             end
     1573%                             for p=1:length(batch_file_list)
     1574%                                 fprintf(fid,['@call "' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') '"' '\n']);
     1575%                             end
     1576%                             fclose(fid);
     1577%                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
     1578%                         case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
     1579%                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
     1580%                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
     1581%                             if fid==-1
     1582%                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
     1583%                                 return
     1584%                             end
     1585%                             for p=1:length(batch_file_list)
     1586%                                 fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p} '\n']);
     1587%                             end
     1588%                             fclose(fid);
     1589%                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
     1590%                     end
     1591%                 switch Param.RunMode
     1592%                     case 'background'
     1593%                         system([filename_superbat ' &']);% execute main commmand see what it does in dos ?
     1594%                     case 'local'
     1595%                         system(filename_superbat);
     1596%                 end
     1597%         end
     1598% end
     1599%
     1600%
     1601% %% save interface state
     1602% if isfield(filecell,'nc')
     1603%     if isfield(filecell.nc,'civ2')
     1604%         fileresu=filecell.nc.civ2{1,1};
     1605%     else
     1606%         fileresu=filecell.nc.civ1{1,1};
     1607%     end
     1608% end
     1609% [RootPath,SubDir,RootFile]=fileparts_uvmat(fileresu);
     1610% namedoc=fullfile(RootPath,SubDir,RootFile);
     1611% detect=1;
     1612% while detect==1
     1613%     namefigfull=[namedoc '.fig'];
     1614%     hh=dir(namefigfull);
     1615%     if ~isempty(hh)
     1616%         detect=1;
     1617%         namedoc=[namedoc '.0'];
     1618%     else
     1619%         detect=0;
     1620%     end
     1621% end
     1622% Param=rmfield(Param,'status');
     1623% Param=rmfield(Param,'xml');
     1624% t=struct2xml(Param);
     1625% t=set(t,1,'name','Civ');% set the head label
     1626% save(t,[namedoc '.civ.xml']); %save GUI  parameters as xml file
     1627% % saveas(gcbf,namefigfull);%save the interface with name namefigfull (A CHANGER EN FICHIER  .xml)
     1628%
     1629% %Save info in personal profile (initiate browser next time) TODO
     1630% MenuFile={};
     1631% dir_perso=prefdir;
     1632% profil_perso=fullfile(dir_perso,'uvmat_perso.mat');
     1633% if exist(profil_perso,'file')
     1634%     hh=load (profil_perso);
     1635%       if isfield(hh,'MenuFile')
     1636%           MenuFile=hh.MenuFile;
     1637%       end
     1638%       if isfield(filecell.nc,'civ2')
     1639%           MenuFile=[filecell.nc.civ2{1,1}; MenuFile];
     1640%       else
     1641%            MenuFile=[filecell.nc.civ1{1,1}; MenuFile];
     1642%       end
     1643%       save (profil_perso,'MenuFile','-append'); %store the file names for future opening of uvmat
     1644% else
     1645%     MenuFile=filecell.ima1.civ1(1,1);
     1646%     save (profil_perso,'MenuFile')
     1647% end
     1648
     1649% %------------------------------------------------------------------------
     1650% % --- determine the list of reference indices of processing file
     1651% function [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles)
     1652% %------------------------------------------------------------------------
     1653% errormsg=''; %default error message
     1654% first_i=str2double(get(handles.first_i,'String'));%first index i
     1655% last_i=str2double(get(handles.last_i,'String'));%last index i
     1656% incr_i=str2double(get(handles.incr_i,'String'));% increment
     1657% if isequal(get(handles.first_j,'Visible'),'on')
     1658%     first_j=str2double(get(handles.first_j,'String'));%first index j
     1659%     last_j=str2double(get(handles.last_j,'String'));%last index j
     1660%     incr_j=str2double(get(handles.incr_j,'String'));% increment
     1661% else
     1662%     first_j=1;
     1663%     last_j=1;
     1664%     incr_j=1;
     1665% end
     1666% ref_i=first_i:incr_i:last_i;% list of i indices (reference values for each pair)
     1667% ref_j=first_j:incr_j:last_j;% list of j indices (reference values for each pair)
     1668% if isnan(first_i)||isnan(first_j)
     1669%     errormsg='first field number not defined';
     1670% elseif isnan(last_i)||isnan(last_j)
     1671%     errormsg='last field number not defined';
     1672% elseif isnan(incr_i)||isnan(incr_j)
     1673%     errormsg='increment in field number not defined';
     1674% elseif last_i < first_i || last_j < first_j
     1675%     errormsg='last field number must be larger than the first one';
     1676% end
    17341677
    17351678%------------------------------------------------------------------------
     
    38213764    set(hview_field,'CurrentAxes',hhview_field.PlotAxes)
    38223765    ViewData=get(hview_field,'UserData');
    3823     ViewData.CivHandle=handles.civ_series;% indicate the handle of the civ GUI in view_field
     3766    ViewData.CivHandle=handles.civ_input;% indicate the handle of the civ GUI in view_field
    38243767    ViewData.PlotAxes.B=imread(filecell.ima2.civ1{1});%store the second image in the UserData of the GUI view_field
    38253768    ViewData.PlotAxes.X=Grid.Civ1_X; %keep the set of points in memeory
     
    40093952% --- Executes on button press in TestCiv2.
    40103953function TestCiv2_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4011 
    4012 function RootFile_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4013 
    4014 function SubDirImages_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4015 
    4016 
    4017 
    4018 function errormsg=write_param(Param)
    4019 %------------------------------------------------------------------------
    4020 %pixels per cm and matrix of the image times, read from the .civ_input file by uvmat
    4021 %changes : filename_cmx -> filename ( no extension )
    4022 errormsg='';
    4023 switch Param.Program
    4024     case 'CivX'
    4025         if Param.CheckCiv1
    4026             filename=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_CMX$2$3.civ1.cmx');
    4027             if isequal(Param.Civ1.Dt,0)
    4028                 Param.Civ1.Dt=1 ;%case of 'displacement' mode
    4029             end
    4030             Param.Civ1.ImageA=regexprep(Param.Civ1.ImageA,'.png','');
    4031             Param.Civ1.ImageB=regexprep(Param.Civ1.ImageB,'.png','');
    4032             [fid,errormsg]=fopen(filename,'w');
    4033             if isequal(fid,-1)
    4034                 errormsg=['cmd file ' filename ' cannot be created: ' errormsg];
    4035                 return
    4036             end
    4037             fprintf(fid,['##############   CMX file' '\n' ]);
    4038             fprintf(fid,   ['FirstImage ' regexprep(Param.Civ1.ImageA,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4039             fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(Param.Civ1.ImageB,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4040             fprintf(fid,  ['XX' '\n' ]);
    4041             if isfield(Param.Civ1,'Mask')
    4042                 fprintf(fid,  ['Mask ' 'y' '\n' ]);
    4043                 fprintf(fid,  ['MaskName ' regexprep(Param.Civ1.Mask,'\\','\\\\') '\n' ]);
    4044             else
    4045                 fprintf(fid,  ['Mask ' 'n' '\n' ]);
    4046                 fprintf(fid,  ['MaskName ' 'noFile use default' '\n' ]);
    4047             end
    4048             fprintf(fid,   ['ImageSize ' num2str(Param.Civ1.ImageWidth) ' ' num2str(Param.Civ1.ImageHeight) '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
    4049             fprintf(fid,   ['CorrelationBoxesSize ' num2str(Param.Civ1.CorrBoxSize(1)) ' ' num2str(Param.Civ1.CorrBoxSize(2)) '\n' ]);
    4050             fprintf(fid,   ['SearchBoxeSize ' num2str(Param.Civ1.SearchBoxSize(1)) ' ' num2str(Param.Civ1.SearchBoxSize(2)) '\n' ]);
    4051             fprintf(fid,   ['RO ' num2str(Param.Civ1.CorrSmooth) '\n' ]);
    4052             if isfield(Param.Civ1,'Grid')
    4053                 fprintf(fid,   ['GridSpacing ' '25' ' ' '25' '\n' ]);
    4054             else
    4055                 fprintf(fid,   ['GridSpacing ' num2str(Param.Civ1.Dx) ' ' num2str(Param.Civ1.Dy) '\n' ]);
    4056             end
    4057             fprintf(fid,   ['XX 1.0' '\n' ]);
    4058             fprintf(fid,   ['Dt_TO ' num2str(Param.Civ1.Dt) ' ' num2str(Param.Civ1.Time) '\n' ]);
    4059             fprintf(fid,  ['PixCmXY ' '1' ' ' '1' '\n' ]);
    4060             fprintf(fid,  ['XX 1' '\n' ]);
    4061             fprintf(fid,   ['ShiftXY ' num2str(Param.Civ1.SearchBoxShift(1)) ' '  num2str(Param.Civ1.SearchBoxShift(2)) '\n' ]);
    4062             if isfield(Param.Civ1,'Grid')
    4063                 fprintf(fid,  ['Grid ' 'y' '\n' ]);
    4064                 fprintf(fid,   ['GridName ' regexprep(Param.Civ1.Grid,'\\','\\\\') '\n' ]);
    4065             else
    4066                 fprintf(fid,  ['Grid ' 'n' '\n' ]);
    4067                 fprintf(fid,   ['GridName ' 'noFile use default' '\n' ]);
    4068             end
    4069             fprintf(fid,   ['XX 85' '\n' ]);
    4070             fprintf(fid,   ['XX 1.0' '\n' ]);
    4071             fprintf(fid,   ['XX 1.0' '\n' ]);
    4072             fprintf(fid,   ['Hart 1' '\n' ]);
    4073             fprintf(fid,  [ 'DecimalShift 0' '\n' ]);
    4074             fprintf(fid,   ['Deformation 0' '\n' ]);
    4075             fprintf(fid,  ['CorrelationMin 0' '\n' ]);
    4076             fprintf(fid,   ['IntensityMin 0' '\n' ]);
    4077             if ~isfield(Param.Civ1,'MinIma')% Image threshold not activated
    4078                 fprintf(fid,  ['SeuilImage n' '\n' ]);
    4079                 fprintf(fid,   ['SeuilImageValues 0 4096' '\n' ]);%not used in principle
    4080             else% Image threshold  activated
    4081                 if isempty(Param.Civ1.MaxIma)||isnan(Param.Civ1.MaxIma)
    4082                     Param.Civ1.MaxIma=2^Param.Civ1.ImageBitDepth;%take the max image value as upper bound by default
    4083                 end
    4084                 fprintf(fid,  ['SeuilImage y' '\n' ]);
    4085                 fprintf(fid,   ['SeuilImageValues ' num2str(Param.Civ1.MinIma) ' ' num2str(Param.Civ1.MaxIma) '\n' ]);
    4086             end
    4087             fprintf(fid,   ['ImageToUse ' Param.Civ1.term_a ' ' Param.Civ1.term_b '\n' ]); % VERIFIER ?
    4088             fprintf(fid,   ['ImageUsedBefore null null' '\n' ]);
    4089             fclose(fid);
    4090         end
    4091        
    4092         if Param.CheckCiv2
    4093             filename=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_CMX$2$3.civ2.cmx');
    4094 
    4095             if isequal(Param.Civ2.Dt,'0')
    4096                 Param.Civ2.Dt='1' ;%case of 'displacement' mode
    4097             end
    4098             Param.Civ2.ImageA=regexprep(Param.Civ2.ImageA,'.png','');
    4099             Param.Civ2.ImageB=regexprep(Param.Civ2.ImageB,'.png','');% bug : .png appears two times ?
    4100             [fid,errormsg]=fopen(filename,'w');
    4101             if isequal(fid,-1)
    4102                 return
    4103             end
    4104             fprintf(fid,['##############   CMX file' '\n' ]);
    4105             fprintf(fid,   ['FirstImage ' regexprep(Param.Civ2.ImageA,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4106             fprintf(fid,   ['LastImage  ' regexprep(Param.Civ2.ImageB,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4107             fprintf(fid,  ['XX' '\n' ]);
    4108             if isfield(Param.Civ2,'Mask')
    4109                 fprintf(fid,  ['Mask ' 'y' '\n' ]);
    4110                 fprintf(fid,  ['MaskName ' regexprep(Param.Civ2.Mask,'\\','\\\\') '\n' ]);
    4111             else
    4112                 fprintf(fid,  ['Mask ' 'n' '\n' ]);
    4113                 fprintf(fid,  ['MaskName ' 'noFile use default' '\n' ]);
    4114             end
    4115             % fprintf(fid, ['Mask ' Param.Civ2.MaskFlag '\n' ]);
    4116             % fprintf(fid, ['MaskName ' regexprep(Param.Civ2.MaskName,'\\','\\\\') '\n' ]);% for windows compatibility
    4117             fprintf(fid,   ['ImageSize ' num2str(Param.Civ2.ImageWidth) ' ' num2str(Param.Civ2.ImageHeight) '\n' ]);
    4118             % fprintf(fid, ['ImageSize ' num2str(Param.Civ2.npx) ' ' num2str(Param.Civ2.npy) '\n' ]);   %VERIFIER CAS GENERAL ?
    4119             fprintf(fid, ['CorrelationBoxesSize ' num2str(Param.Civ2.CorrBoxSize(1)) ' ' num2str(Param.Civ2.CorrBoxSize(2)) '\n' ]);
    4120             fprintf(fid, ['SearchBoxeSize ' num2str(Param.Civ2.CorrBoxSize(1)) ' ' num2str(Param.Civ2.CorrBoxSize(2)) '\n']);
    4121             fprintf(fid, ['RO ' num2str(Param.Civ2.CorrSmooth) '\n']);
    4122             if isfield(Param.Civ2,'Grid')
    4123                 fprintf(fid,   ['GridSpacing ' '25' ' ' '25' '\n' ]);
    4124             else
    4125                 fprintf(fid,   ['GridSpacing ' num2str(Param.Civ2.Dx) ' ' num2str(Param.Civ2.Dy) '\n' ]);
    4126             end
    4127             % fprintf(fid, ['GridSpacing ' num2str(Param.Civ2.Dx) ' ' num2str(Param.Civ2.Dy) '\n']);
    4128             fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    4129             fprintf(fid, ['Dt_TO ' num2str(Param.Civ2.Dt) ' ' num2str(Param.Civ2.Time) '\n' ]);
    4130             fprintf(fid, ['PixCmXY ' '1' ' ' '1' '\n' ]);
    4131             fprintf(fid, ['XX 1' '\n' ]);
    4132             fprintf(fid, 'ShiftXY 0 0\n');
    4133             if isfield(Param.Civ2,'Grid')
    4134                 fprintf(fid,  ['Grid ' 'y' '\n' ]);
    4135                 fprintf(fid,   ['GridName ' regexprep(Param.Civ2.Grid,'\\','\\\\') '\n' ]);
    4136             else
    4137                 fprintf(fid,  ['Grid ' 'n' '\n' ]);
    4138                 fprintf(fid,   ['GridName ' 'noFile use default' '\n' ]);
    4139             end
    4140             % fprintf(fid, ['Grid ' Param.Civ2.GridFlag '\n' ]);
    4141             % fprintf(fid, ['GridName ' regexprep(Param.Civ2.GridName,'\\','\\\\') '\n']);
    4142             fprintf(fid, ['XX 85' '\n' ]);
    4143             fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    4144             fprintf(fid, ['XX 1.0' '\n' ]);
    4145             fprintf(fid, ['Hart 1' '\n' ]);
    4146             fprintf(fid, ['DecimalShift ' num2str(Param.Civ2.CheckDecimal) '\n']);
    4147             fprintf(fid, ['Deformation ' num2str(Param.Civ2.CheckDeformation) '\n']);
    4148             fprintf(fid,  ['CorrelationMin 0' '\n' ]);
    4149             fprintf(fid,   ['IntensityMin 0' '\n' ]);
    4150            
    4151             if ~isfield(Param.Civ2,'MinIma')% Image threshold not activated
    4152                 fprintf(fid,  ['SeuilImage n' '\n' ]);
    4153                 fprintf(fid,   ['SeuilImageValues 0 4096' '\n' ]);%not used in principle
    4154             else% Image threshold  activated
    4155                 if isempty(Param.Civ2.MaxIma)||isnan(Param.Civ2.MaxIma)
    4156                     Param.Civ2.MaxIma=2^Param.Civ2.ImageBitDepth;%take the max image value as upper bound by default
    4157                 end
    4158                 fprintf(fid,  ['SeuilImage y' '\n' ]);
    4159                 fprintf(fid,   ['SeuilImageValues ' num2str(Param.Civ2.MinIma) ' ' num2str(Param.Civ2.MaxIma) '\n' ]);
    4160             end
    4161             fprintf(fid,   ['ImageToUse ' Param.Civ2.term_a ' ' Param.Civ2.term_b '\n' ]); % VERIFIER ?
    4162             fprintf(fid, ['ImageUsedBefore ' regexprep(Param.Civ2.filename_nc1,'\\','\\\\') '\n']);
    4163             fclose(fid);
    4164         end
    4165     case {'civ_matlab','civ_matlab.sh'}
    4166         filename=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_XML$2$3.xml');
    4167         fileattrib(fileparts(filename),'+w +x','o g');% set writting access
    4168         save(struct2xml(Param),filename);
    4169 end
    4170 
    4171 
    4172 function cmd=write_cmd(Param)
    4173 
    4174 % initiate system command
    4175 cmd=[];
    4176 
    4177 switch Param.Program
    4178     case 'CivX'
    4179         if isunix % check: necessaire aussi en RUN?
    4180             cmd=[cmd '#!/bin/bash \n'...
    4181                 '#$ -cwd \n'...
    4182                 'hostname && date \n'...
    4183                 'umask 002 \n'];%allow writting access to created files for user group
    4184         end
    4185     case 'CivAll'
    4186         if isunix % check: necessaire aussi en RUN?
    4187             cmd=[cmd '#!/bin/bash \n'...
    4188                 '#$ -cwd \n'...
    4189                 'hostname && date \n'...
    4190                 'umask 002 \n'];%allow writting access to created files for user group
    4191         end
    4192 end
    4193 
    4194 filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    4195 
    4196 if Param.CheckCiv1
    4197     switch Param.Program
    4198         case 'CivX'
    4199             if(isunix) %unix (or Mac) system
    4200                 cmd=[cmd 'cp -f ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_CMX/$2.civ1.cmx ') regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx \n')...% the cmx file gives the name to the nc file
    4201                     Param.xml.Civ1Bin ' -f ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx >') regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_LOG/$2.civ1.log \n')... % redirect standard output to the log file, the result file is named [filename '.nc'] by CIVx
    4202                     'rm ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx \n')];
    4203             else %Windows system
    4204                 filename=regexprep(filename,'\\','\\\\');
    4205                 cmd=['copy /Y ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\0_CMX\\\\$2.civ1.cmx" ') regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" \n')...
    4206                     '"' regexprep(Param.xml.Civ1Bin,'\\','\\\\') '" -f ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" > ')...
    4207                     regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\0_LOG\\\\$2.civ1.log" \n')... % redirect standard output to the log file
    4208                     'del ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" \n')];
    4209             end
    4210         case 'CivAll'
    4211             CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ1 '];
    4212             str=CIV1_CMD_Unified(filecell.nc.civ1{ifile,j},'',Param.Civ1);
    4213             fieldnames=fields(str);
    4214             [CivAllxml,uid_civ1]=add(CivAllxml,1,'element','civ1');
    4215             for ilist=1:length(fieldnames)
    4216                 val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
    4217                 if ischar(val)
    4218                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ1,'element',fieldnames{ilist});
    4219                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4220                 end
    4221             end
    4222     end
    4223 end
    4224 
    4225 if Param.CheckFix1
    4226     switch Param.Program
    4227         case 'CivX'
    4228             cmd=[cmd...
    4229                 cmd_fix(Param,'Fix1') '\n'];
    4230         case 'CivAll'%to abandon
    4231             fix1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    4232             fix1.fi1=num2str(param.fix1.flagindex1(1));
    4233             fix1.fi2=num2str(param.fix1.flagindex1(2));
    4234             fix1.fi3=num2str(param.fix1.flagindex1(3));
    4235             fix1.threshC=num2str(param.fix1.thresh_vecC1);
    4236             fix1.threshV=num2str(param.fix1.thresh_vel1);
    4237             fieldnames=fields(fix1);
    4238             [CivAllxml,uid_fix1]=add(CivAllxml,1,'element','fix1');
    4239             for ilist=1:length(fieldnames)
    4240                 val=eval(['fix1.' fieldnames{ilist}]);
    4241                 if ischar(val)
    4242                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix1,'element',fieldnames{ilist});
    4243                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4244                 end
    4245             end
    4246             CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix1 '];
    4247     end
    4248 end
    4249 
    4250 
    4251 %CheckPatch1
    4252 if Param.CheckPatch1
    4253     switch Param.Program
    4254         case 'CivX'
    4255             cmd=[cmd...
    4256                 cmd_patch(Param,'Patch1') '\n'];
    4257         case 'CivAll'
    4258             patch1.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    4259             patch1.nopt=subdomain_patch1;
    4260             patch1.maxdiff=thresh_patch1;
    4261             patch1.ro=rho_patch1;
    4262             test_grid=get(handles.get_gridpatch1,'Value');
    4263             if test_grid
    4264                 patch1.gridflag='y';
    4265                 gridname=get(handles.grid_patch1,'String');
    4266                 if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    4267                     nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
    4268                     if ~isnan(nbslice_grid)
    4269                         i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    4270                         patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
    4271                         %                                 patch1.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    4272                         if ~exist(patch1.gridPatch,'file')
    4273                             errormsg='grid file absent for patch1';
    4274                             return
    4275                         end
    4276                     elseif exist(gridname,'file')
    4277                         patch1.gridPatch=gridname;
    4278                     else
    4279                         errormsg='grid file absent for patch1';
    4280                         return
    4281                     end
    4282                 end
    4283             else
    4284                 patch1.gridPatch='none';
    4285                 patch1.gridflag='n';
    4286                 patch1.m=nx_patch1;
    4287                 patch1.n=ny_patch1;
    4288             end
    4289             patch1.convectFlow='n';
    4290             fieldnames=fields(patch1);
    4291             [CivAllxml,uid_patch1]=add(CivAllxml,1,'element','patch1');
    4292             for ilist=1:length(fieldnames)
    4293                 val=eval(['patch1.' fieldnames{ilist}]);
    4294                 if ischar(val)
    4295                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch1,'element',fieldnames{ilist});
    4296                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4297                 end
    4298             end
    4299             CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch1 '];
    4300     end
    4301 end
    4302 
    4303 if Param.CheckCiv2
    4304     switch Param.Program
    4305         case 'CivX'
    4306             if(isunix)
    4307                 cmd=[cmd 'cp -f '  regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_CMX/$2.civ2.cmx ') regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx \n')...
    4308                     Param.xml.Civ2Bin ' -f ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx >') regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_LOG/$2.civ2.log \n')...% redirect standard output to the log file, the result file is named [filename '.nc'] by CIVx
    4309                     'rm ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/$2.cmx \n')];%rename .cmx as .checkciv2.cmx, the result file is named [filename '.nc'] by CIVx
    4310             else
    4311                 filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    4312                 filename=regexprep(filename,'\\','\\\\');
    4313                 cmd=[cmd 'copy /Y ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\0_CMX\\\\$2.civ2.cmx" ') regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" \n')...
    4314                     '"' regexprep(Param.xml.Civ2Bin,'\\','\\\\') '" -f ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" > ')...
    4315                      regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\0_LOG\\\\$2.civ2.log" \n')... % redirect standard output to the log file
    4316                     'del ' regexprep(filename,'(.+)\\\\(.+$)','"$1\\\\$2.cmx" \n')];                       
    4317             end
    4318                  
    4319         case 'CivAll'
    4320             CivAllCmd=[CivAllCmd ' civ2 '];
    4321             str=CIV2_CMD_Unified(filecell.nc.civ2{ifile,j},'',Param.Civ2);
    4322             fieldnames=fields(str);
    4323             [CivAllxml,uid_civ2]=add(CivAllxml,1,'element','civ2');
    4324             for ilist=1:length(fieldnames)
    4325                 val=eval(['str.' fieldnames{ilist}]);
    4326                 if ischar(val)
    4327                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_civ2,'element',fieldnames{ilist});
    4328                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4329                 end
    4330             end
    4331     end
    4332 end
    4333 
    4334 % CheckFix2
    4335 if Param.CheckFix2==1
    4336     switch Param.Program
    4337         case 'CivX'
    4338             cmd=[cmd...
    4339                 cmd_fix(Param,'Fix2') '\n'];
    4340         case 'CivAll'
    4341             fix2.inputFileName=filecell.nc.civ2{ifile,j} ;
    4342             fix2.fi1=num2str(flagindex2(1));
    4343             fix2.fi2=num2str(flagindex2(2));
    4344             fix2.fi3=num2str(flagindex2(3));
    4345             fix2.threshC=num2str(thresh_vec2C);
    4346             fix2.threshV=num2str(thresh_vel2);
    4347             fieldnames=fields(fix2);
    4348             [CivAllxml,uid_fix2]=add(CivAllxml,1,'element','fix2');
    4349             for ilist=1:length(fieldnames)
    4350                 val=eval(['fix2.' fieldnames{ilist}]);
    4351                 if ischar(val)
    4352                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_fix2,'element',fieldnames{ilist});
    4353                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4354                 end
    4355             end
    4356             CivAllCmd=[CivAllCmd ' fix2 '];
    4357     end
    4358 end
    4359 
    4360 %CheckPatch2
    4361 if Param.CheckPatch2==1
    4362    
    4363     switch Param.Program
    4364        
    4365         case 'CivX'
    4366             cmd=[cmd...
    4367                 cmd_patch(Param,'Patch2') '\n'];
    4368         case 'CivAll'
    4369             patch2.inputFileName=filecell.nc.civ1{ifile,j} ;
    4370             patch2.nopt=subdomain_patch2;
    4371             patch2.maxdiff=thresh_patch2;
    4372             patch2.ro=rho_patch2;
    4373             test_grid=get(handles.get_gridpatch2,'Value');
    4374             if test_grid
    4375                 patch2.gridflag='y';
    4376                 gridname=get(handles.grid_patch2,'String');
    4377                 if isequal(gridname(end-3:end),'grid')
    4378                     nbslice_grid=str2double(gridname(1:end-4)); %
    4379                     if ~isnan(nbslice_grid)
    4380                         i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    4381                         patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
    4382                         %                                 patch2.gridPatch=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    4383                         if ~exist(patch2.gridPatch,'file')
    4384                             errormsg='grid file absent for patch2';
    4385                             return
    4386                         end
    4387                     elseif exist(gridname,'file')
    4388                         patch2.gridPatch=gridname;
    4389                     else
    4390                         errormsg='grid file absent for patch2';
    4391                         return
    4392                     end
    4393                 end
    4394             else
    4395                 patch2.gridPatch='none';
    4396                 patch2.gridflag='n';
    4397                 patch2.m=nx_patch2;
    4398                 patch2.n=ny_patch2;
    4399             end
    4400             patch2.convectFlow='n';
    4401             fieldnames=fields(patch2);
    4402             [CivAllxml,uid_patch2]=add(CivAllxml,1,'element','patch2');
    4403             for ilist=1:length(fieldnames)
    4404                 val=eval(['patch2.' fieldnames{ilist}]);
    4405                 if ischar(val)
    4406                     [CivAllxml,uid_t]=add(CivAllxml,uid_patch2,'element',fieldnames{ilist});
    4407                     [CivAllxml,uid_t2]=add(CivAllxml,uid_t,'chardata',val);
    4408                 end
    4409             end
    4410             CivAllCmd=[CivAllCmd ' patch2 '];
    4411     end
    4412 end
    4413 
    4414 switch Param.Program
    4415     case 'CivAll'
    4416         save(CivAllxml,[Param.OutputFile '.xml']);
    4417         cmd=[cmd sparam.CivBin ' -f ' Param.OutputFile '.xml '  CivAllCmd ' >' Param.OutputFile '.log' '\n'];
    4418     case 'civ_matlab'
    4419                     switch computer
    4420                         case {'PCWIN','PCWIN64'}                     
    4421                             filename=regexprep(filename,'\\','\\\\');% add '\' so that '\' are left as characters
    4422                                     cmd=['civ_matlab(''' regexprep(filename,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_XML\\$2$3.xml') ''','''...
    4423             filename '.nc'');'];
    4424                         case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    4425                                     cmd=['civ_matlab(''' regexprep(filename,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_XML$2$3.xml') ''','''...
    4426             filename '.nc'');'];
    4427                     end
    4428 
    4429        
    4430     case 'civ_matlab.sh'
    4431         CivmBin=fullfile(fileparts(which('civ')),'civ_matlab.sh'); %path to the source directory of uvmat
    4432         switch computer
    4433             case {'PCWIN','PCWIN64'}
    4434                 filename=regexprep(filename,'\\','\\\\');% add '\' so that '\' are left as characters
    4435                 % TODO launch command in DOS
    4436             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    4437                 cmd=['#!/bin/bash \n '...
    4438                     '#$ -cwd \n '...
    4439                     'hostname && date \n '...
    4440                     'umask 002 \n'...
    4441                     CivmBin ' ' Param.xml.RunTime ' ' regexprep(filename,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_XML$2$3.xml') ' ' Param.OutputFile '.nc'];%allow writting access to created files for user group
    4442         end
    4443 end   
    4444    
    4445 
    4446 function cmd=cmd_fix(Param,fixname)
    4447 %%
    4448 switch fixname
    4449     case 'Fix1'
    4450         fi2_value=num2str(Param.(fixname).CheckF2);
    4451         filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    4452     case 'Fix2'
    4453         fi2_value=num2str(Param.(fixname).CheckF4);%need to understand why...
    4454         filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');       
    4455 end
    4456 
    4457 % filename=regexprep(Param.(fixname).OutFileName,'.nc','');
    4458 MaskName_string='';%default
    4459 MaxVel_string='';%default
    4460 if ~isempty(Param.(fixname).MinVel)
    4461     MaxVel_string=[' -threshV ' num2str(Param.(fixname).MinVel)];
    4462 end
    4463 if isunix
    4464     cmd=[Param.xml.FixBin ' -f ' filename '.nc -fi1 ' num2str(Param.(fixname).CheckFmin2) ...
    4465         ' -fi2 ' fi2_value ' -fi3 ' num2str(Param.(fixname).CheckF3) ...
    4466         ' -threshC ' num2str(Param.(fixname).MinCorr) MaxVel_string MaskName_string...
    4467         ' >' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_LOG/$2.')  lower(fixname) '.log 2>&1'];
    4468 else
    4469     cmd=['"' Param.xml.FixBin '" -f "' filename '.nc" -fi1 ' num2str(Param.(fixname).CheckFmin2)...
    4470         ' -fi2 ' fi2_value ' -fi3 ' num2str(Param.(fixname).CheckF3) ...
    4471         ' -threshC ' num2str(Param.(fixname).MinCorr) MaxVel_string MaskName_string...
    4472         ' > "' regexprep(filename,'(\w+)\\(\w+$)','$1\\0_LOG\\$2.') lower(fixname) '.log"'];
    4473     cmd=regexprep(cmd,'\\','\\\\');
    4474 end
    4475 
    4476 
    4477 function cmd=cmd_patch(Param,patchname)
    4478 %% ------------------------------------------------------------------------
    4479 switch patchname
    4480     case 'Patch1'
    4481         filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    4482     case 'Patch2'
    4483         filename=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');       
    4484 end
    4485 % filename=regexprep(Param.(patchname).OutFileName,'.nc','');
    4486 if isunix
    4487     cmd=[Param.xml.PatchBin...
    4488         ' -f ' filename '.nc -m ' num2str(Param.(patchname).Nx)...
    4489         ' -n ' num2str(Param.(patchname).Ny) ' -ro ' num2str(Param.(patchname).FieldSmooth)...
    4490         ' -nopt ' num2str(Param.(patchname).SubDomainSize) ...
    4491         '  > ' regexprep(filename,'(.+)/(.+$)','$1/0_LOG/$2.')  lower(patchname) '.log 2>&1']; % redirect standard output to the log file
    4492 else
    4493     cmd=['"' Param.xml.PatchBin...
    4494         '" -f "' filename '.nc" -m ' num2str(Param.(patchname).Nx)...
    4495         ' -n ' num2str(Param.(patchname).Ny) ' -ro ' num2str(Param.(patchname).FieldSmooth)...
    4496         ' -nopt ' num2str(Param.(patchname).SubDomainSize)...
    4497         '  > "' filename '.' lower(patchname) '.log" 2>&1']; % redirect standard output to the log file
    4498     cmd=regexprep(cmd,'\\','\\\\');
    4499 end
    4500 
    4501 
    4502 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    4503 % USELESS FUNCTIONS BELOW HERE,  TO CLEAN
    4504 %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    4505 
    4506 %------------------------------------------------------------------------
    4507 % --- CheckCiv1  Unified: TO ABADON
    4508 function xml_civ1_parameters=CIV1_CMD_Unified(filename,namelog,par)
    4509 %------------------------------------------------------------------------
    4510 %pixels per cm and matrix of the image times, read from the .civ_input file by uvmat
    4511 %global CivBin%name of the executable for checkciv1 calculation
    4512 
    4513 civ1.image1=par.ImageA;
    4514 civ1.image2=par.ImageB;
    4515 civ1.imageSize_X=par.npx;
    4516 civ1.imageSize_Y=par.npy;
    4517 civ1.outputFileName=[filename '.nc'];
    4518 civ1.correlationBoxesSize_X=par.ibx;
    4519 civ1.correlationBoxesSize_Y=par.iby;
    4520 civ1.searchBoxesSize_X=par.isx;
    4521 civ1.searchBoxesSize_Y=par.isy;
    4522 civ1.globalShift_X=par.shiftx;
    4523 civ1.globalShift_Y=par.shifty;
    4524 civ1.ro=par.rho;
    4525 civ1.hart='y';
    4526 if isequal(par.gridflag,'y')
    4527     civ1.grid=par.gridname;
    4528 else
    4529     civ1.grid='n';
    4530     civ1.gridSpacing_X=par.dx;
    4531     civ1.gridSpacing_Y=par.dy;
    4532 end
    4533 if isequal(par.maskflag,'y')
    4534     civ1.mask=par.maskname;
    4535 end
    4536 civ1.dt=par.Dt;
    4537 civ1.unit='pixel';
    4538 civ1.absolut_time_T0=par.Time;
    4539 civ1.pixcmx='1';
    4540 civ1.pixcmy='1';
    4541 civ1.convectFlow='n';
    4542 
    4543 xml_civ1_parameters=civ1;
    4544 
    4545 %------------------------------------------------------------------------
    4546 % --- CheckCiv2  Unified: TO ABADON
    4547 function civ2=CIV2_CMD_Unified(filename,namelog,par)
    4548 %------------------------------------------------------------------------
    4549 %pixels per cm and matrix of the image times, read from the .civ_input file by uvmat
    4550 %global CivBin%name of the executable for checkciv1 calculation
    4551 
    4552 filename=regexprep(filename,'.nc','');
    4553 
    4554 civ2.image1=par.ImageA;
    4555 civ2.image2=par.ImageB;
    4556 civ2.imageSize_X=par.npx;
    4557 civ2.imageSize_Y=par.npy;
    4558 civ2.inputFileName=[par.filename_nc1 '.nc'];
    4559 civ2.outputFileName=[filename '.nc'];
    4560 civ2.correlationBoxesSize_X=par.ibx;
    4561 civ2.correlationBoxesSize_Y=par.iby;
    4562 civ2.ro=par.rho;
    4563 %checkciv2.decimalShift=par.CheckDecimal;
    4564 %checkciv2.CheckDeformation=par.CheckDeformation;
    4565 if isequal(par.decimal,'1')
    4566     civ2.decimalShift='y';
    4567 else
    4568     civ2.decimalShift='n';
    4569 end
    4570 if isequal(par.deformation,'1')
    4571     civ2.deformation='y';
    4572 else
    4573     civ2.deformation='n';
    4574 end
    4575 if isequal(par.gridflag,'y')
    4576     civ2.grid=par.gridname;
    4577 else
    4578     civ2.grid='n';
    4579     civ2.gridSpacing_X=par.dx;
    4580     civ2.gridSpacing_Y=par.dy;
    4581 end
    4582 civ2.gridSpacing_X='10';
    4583 civ2.gridSpacing_Y='10';%NOTE: faut mettre gridSpacing pourque ca tourne, meme si c'est la grille qui est utilisee
    4584 if isequal(par.maskflag,'y')
    4585     civ2.mask=par.maskname;
    4586 else
    4587     civ2.mask='n';
    4588 end
    4589 civ2.dt=par.Dt;
    4590 civ2.unit='pixel';
    4591 civ2.absolut_time_T0=par.Time;
    4592 civ2.pixcmx='1';
    4593 civ2.pixcmy='1';
    4594 civ2.convectFlow='n';
    4595 
    4596 
    4597 % --- Executes on selection change in RunMode.
    4598 function RunMode_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4599 
    4600 
    4601 function nb_field2_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4602 
    4603 
    4604 function last_j_Callback(hObject, eventdata, handles)
    4605 
    4606 
    4607 function last_i_Callback(hObject, eventdata, handles)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.