Changeset 599


Ignore:
Timestamp:
Apr 3, 2013, 10:21:53 AM (8 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bug corrections. Steps further for civ_series (still development needed)

Location:
trunk/src
Files:
13 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/civ.m

    r596 r599  
    433433% detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    434434% the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    435 [RootPath,SubDirImages,RootFile,i1_series,tild,j1_series,tild,NomTypeIma,FileType,MovieObject]=find_file_series(FilePath,[FileName ImaExt]);
     435[RootPath,SubDirImages,RootFile,i1_series,tild,j1_series,tild,NomTypeIma,FileType,FileInfo,MovieObject]=find_file_series(FilePath,[FileName ImaExt]);
    436436switch FileType
    437437    case {'image','multimage','video','mmreader'}
     
    25622562            % detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    25632563            % the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    2564             [RootPath,SubDir,RootFile_1,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,nom_type_1,FileType,Object,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName Ext]);
     2564            [RootPath,SubDir,RootFile_1,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,nom_type_1,FileType,FileInfo,Object,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName Ext]);
    25652565           
    25662566            %check image nom type
  • trunk/src/find_file_series.m

    r562 r599  
    3737%AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
    3838
    39 function [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,MovieObject,i1_input,i2_input,j1_input,j2_input]=find_file_series(FilePath,fileinput)
     39function [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,FileInfo,MovieObject,i1_input,i2_input,j1_input,j2_input]=find_file_series(FilePath,fileinput)
    4040%------------------------------------------------------------------------
    4141
     
    230230        %% update the file type if the input file does not exist (pb of 0001)
    231231        if isempty(FileType)
    232             [FileType,tild,MovieObject]=get_file_type(fullfile(FilePath,dirpair(ifile_min).name));
     232            [FileType,FileInfo,MovieObject]=get_file_type(fullfile(FilePath,dirpair(ifile_min).name));
    233233        end
    234234    end
  • trunk/src/get_file_series.m

    r591 r599  
    5757        FilePath=fullfile(InputTable{iview,1},InputTable{iview,2});
    5858        fileinput=[InputTable{iview,3} InputTable{iview,4} InputTable{iview,5}];
    59         [tild,tild,tild,i1_series{iview},i2_series{iview},j1_series{iview},j2_series{iview},NomType,FileType,MovieObject,i1_input,i2_input,j1_input,j2_input]=find_file_series(FilePath,fileinput);
     59        [tild,tild,tild,i1_series{iview},i2_series{iview},j1_series{iview},j2_series{iview},NomType,FileType,FileInfo,MovieObject,i1_input,i2_input,j1_input,j2_input]=find_file_series(FilePath,fileinput);
    6060        i1_series{iview}=squeeze(i1_series{iview}(1,:,:)); %first  pair index
    6161        check_select=i1_series{iview}>=first_i & i1_series{iview}<=last_i;
  • trunk/src/msgbox_uvmat.m

    r581 r599  
    196196function varargout = msgbox_uvmat_OutputFcn(hObject, eventdata, handles)
    197197%------------------------------------------------------------------------
    198 
     198varargout{1}='Cancel';%deg
    199199% Get default command line output from handles structure
    200200if isfield(handles,'output')
     
    214214    end
    215215    % The figure can be deleted now
    216 end
    217  delete(handles.figure1);
     216    delete(handles.figure1);
     217end
     218%  delete(handles.figure1);
    218219
    219220%------------------------------------------------------------------------
  • trunk/src/series.m

    r598 r599  
    282282     oldfile=fullfile(RootPathCell{1},SubDirCell{1},RootFileCell{1});
    283283 end
    284 [FileName, PathName, filterindex] = uigetfile( ...
     284[FileName, PathName] = uigetfile( ...
    285285       {'*.xml;*.xls;*.png;*.tif;*.avi;*.AVI;*.nc', ' (*.xml,*.xls, *.png,*.tif, *.avi,*.nc)';
    286286       '*.xml',  '.xml files '; ...
     
    304304            set_object(Param.ProjObject)
    305305        end
    306         set(handles.REFRESH,'UserData',[1:size(Param.InputTable,1)])
     306        set(handles.REFRESH,'UserData',1:size(Param.InputTable,1))
    307307        REFRESH_Callback([],[], handles)
    308308        return
     
    456456        RootPath=fileparts(RootPath); %will try the upped forldr
    457457    else
    458         [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,tild,FileType,MovieObject]=...
     458        [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,tild,FileType,FileInfo,MovieObject]=...
    459459            find_file_series(fullfile(InputTable{iview,1},InputTable{iview,2}),[InputTable{iview,3} InputTable{iview,4} InputTable{iview,5}]);
    460460    end
     
    475475        display_file_name(handles,fileinput,iview)
    476476    else
    477         update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,MovieObject,iview)
     477        update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,FileInfo,MovieObject,iview)
    478478    end
    479479end
     
    514514% detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    515515% the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    516 [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,MovieObject,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName FileExt]);
     516[RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,FileInfo,MovieObject,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName FileExt]);
    517517if isempty(RootFile)&&isempty(i1_series)
    518518    errormsg='no input file in the series';
     
    581581
    582582%% initiate input file series and refresh the current field view:     
    583 update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,MovieObject,iview);
     583update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,FileInfo,MovieObject,iview);
    584584
    585585%------------------------------------------------------------------------
    586586% --- Update information about a new field series (indices to scan, timing,
    587587%     calibration from an xml file
    588 function update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,VideoObject,iview)
     588function update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,FileInfo,VideoObject,iview)
    589589%------------------------------------------------------------------------
    590590%% update the output dir
     
    708708NbSlice_calib={};
    709709XmlFileName=find_imadoc(InputTable{iview,1},InputTable{iview,2},InputTable{iview,3},InputTable{iview,5});
     710TimeUnit='';
    710711if ~isempty(XmlFileName)
    711712        [XmlData,warntext]=imadoc2struct(XmlFileName);
     
    769770%% number of slices
    770771NbSlice=1;%default
    771 if isfield(XmlData,'GeometryCalib') && isfield(XmlData.GeometryCalib,'SliceCoord')
     772heck_calib=0;
     773if isfield(XmlData,'GeometryCalib')
     774    check_calib=1;
     775    if isfield(XmlData.GeometryCalib,'SliceCoord')
    772776    siz=size(XmlData.GeometryCalib.SliceCoord);
    773777    if siz(1)>1
    774778        NbSlice=siz(1);
     779    end
    775780    end
    776781end
     
    793798SeriesData.j2_series{iview}=j2_series;
    794799SeriesData.FileType{iview}=FileType;
     800SeriesData.FileInfo{iview}=FileInfo;
    795801SeriesData.Time{iview}=time;
     802if ~isempty(TimeUnit)
     803    SeriesData.TimeUnit=TimeUnit;
     804end
     805if check_calib
     806SeriesData.GeometryCalib{iview}=XmlData.GeometryCalib;
     807end
    796808set(handles.series,'UserData',SeriesData)
    797809
     
    13131325[Series,OutputDir,errormsg]=prepare_jobs(handles);% get parameters form the GUI series
    13141326if ~isempty(errormsg)
     1327    if ~strcmp(errormsg,'Cancel')
    13151328    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
     1329    end
     1330    STOP_Callback([],[], handles)
    13161331    return
    13171332end
     
    16811696    while detect
    16821697        answer=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['use existing ouput directory: ' fullfile(Series.InputTable{1,1},SubDirOutNew) ', possibly delete previous data']);
    1683         if isequal(answer,'Yes')
     1698        if strcmp(answer,'Cancel')
     1699            errormsg='Cancel';
     1700            return
     1701        elseif strcmp(answer,'Yes')
    16841702            detect=0;
    16851703            check_create=0;
     
    18491867[Series,tild,errormsg]=prepare_jobs(handles);% read the parameters from the GUI series
    18501868if ~isempty(errormsg)
     1869    if ~strcmp(errormsg,'Cancel')
    18511870    msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
     1871    end
    18521872    return
    18531873end
     
    23862406    Param=read_GUI(handles.series);
    23872407    RootPath=Param.InputTable{1,1};
     2408    if ~isfield(Param,'OutputSubDir')   
     2409        msgbox_uvmat('ERROR','no directory defined for output files')
     2410        return
     2411    end
    23882412    OutputSubDir=[Param.OutputSubDir Param.OutputDirExt];% subdirectory for output files
    23892413    OutputDir=fullfile(RootPath,OutputSubDir);
  • trunk/src/series/civ_input.m

    r598 r599  
    5757guidata(hObject, handles); % Update handles structure
    5858set(hObject,'WindowButtonDownFcn',{'mouse_down'}) % allows mouse action with right button (zoom for uicontrol display)
    59 
    60 %% set visibility options
     59SeriesData.ParentHandle=gcbf;
     60SeriesData=get(gcbf,'UserData');
     61% relevant data in gcbf:.FileType,.FileInfo,.Time,.TimeUnit,.GeometryCalib{1};
     62
     63%% set visibility options: case civ_matlab
     64if strcmp(Param.Action.ActionName,'civ_series')
    6165        set(handles.num_MaxDiff,'Visible','on')
    6266        set(handles.num_MaxVel,'Visible','on')
     
    7377        set(handles.CheckDeformation,'Value',0)% desactivate (work in progress)
    7478        set(handles.CheckDecimal,'Value',0)% desactivate (work in progress)
     79end
     80
     81%% input file info
     82RootPath=Param.InputTable{1,1};
     83RootFile=Param.InputTable{1,3};
     84SubDir=Param.InputTable{1,2};
     85NomTypeInput=Param.InputTable{1,4};
     86FileExt=Param.InputTable{1,5};
     87FileType=SeriesData.FileType{1};
     88FileInfo=SeriesData.FileInfo{1};
     89
     90%% case of netcdf file as input, get the processing stage and look for corresponding images
     91% imageinput=fileinput;%default
     92% TODO: insert image input in the GUI series
     93ind_opening=0;%default
     94NomTypeNc='';
     95switch FileType
     96    case 'civdata'
     97        NomTypeNc=NomTypeInput;
     98        ind_opening=FileInfo.CivStage;
     99        if isempty(regexp(NomTypeInput,'[ab|AB|-]', 'once'))
     100            set(handles.ListCompareMode,'Value',2) %mode displacement advised if the nomencalture does not involve index pairs
     101            set(handles.RootFile_1,'Visible','On');
     102        else
     103            set(handles.ListCompareMode,'Value',1)
     104            set(handles.RootFile_1,'Visible','Off');
     105        end
     106        imageinput='';
     107        set(handles.Program,'Value',1) %select civ/Matlab by default
     108        %         if  ~isempty(Data.Civ2_ImageB)%get the corresponding input image in the netcdf file
     109        %             imageinput=Data.Civ2_ImageB;
     110        %             [tild,ImaName,ImaExt]=fileparts(Data.Civ2_ImageA);
     111        %             set(handles.RootFile_1,'String',[ImaName ImaExt])
     112        %         elseif ~isempty(Data.Civ1_ImageB)
     113        %             imageinput=Data.Civ1_ImageB;
     114        %             [tild,ImaName,ImaExt]=fileparts(Data.Civ1_ImageA);
     115        %             set(handles.RootFile_1,'String',[ImaName ImaExt])
     116        %         end
     117        % settings for civx data,       
     118        % look for the corresponding input images
     119        check_letter=~isempty(regexp(NomTypeInput,'[ab|AB]$','once'));%detect pair label by letter
     120        NomTypeIma=NomTypeInput;
     121        if check_letter
     122            NomTypeIma=NomTypeInput(1:end-1);
     123        else
     124            r=regexp(NomTypeIma,'.-(?<num2>\d+)$','names');
     125            if ~isempty(r)
     126                NomTypeIma=regexprep(NomTypeIma,['-' r.num2],'');
     127            end
     128            r=regexp(NomTypeIma,'.-(?<num2>\d+)','names');
     129            if ~isempty(r)
     130                NomTypeIma=regexprep(NomTypeIma,['-' r.num2],'');
     131            end
     132        end
     133        if ~exist(imageinput,'file')
     134            imageinput=fullfile_uvmat(RootPath,regexprep(SubDir,'.civ(_?)(\d*)$',''),RootFile,'.png',NomTypeIma,i1,[],j1);
     135        end
     136    case 'civxdata'% case of  civx data,
     137        NomTypeNc=NomTypeInput;
     138        ind_opening=FileInfo.CivStage;
     139        set(handles.Program,'Value',3) %select Cix by default
     140        msgbox_uvmat('ERROR','old civX convention, use the GUI civ')
     141        return
     142     case {'image','multimage','video','mmreader'}
     143          NomTypeIma=NomTypeInput;     
     144end
     145
     146%% TODO: get corresponding image in nc case
     147
     148%% reinitialise menus
     149set(handles.ListPairMode,'Value',1)
     150set(handles.ListPairMode,'String',{''})
     151set(handles.ListPairCiv1,'Value',1)
     152set(handles.ListPairCiv1,'String',{''})
     153set(handles.ListPairCiv2,'Value',1)
     154set(handles.ListPairCiv2,'String',{''})
     155fill_GUI(Param,hObject);%fill the GUI with the parameters retrieved from the input Param
     156
    75157       
    76158%% prepare the GUI with input parameters
    77 % from the GUI series
    78 
    79 %from the input file
    80 filecell=get_file_series(Param);
    81 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    82 errormsg=display_file_name(handles,filecell{1});
    83 if ~isempty(errormsg)
    84     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    85 end
    86 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    87 if isfield(Param,'ActionInput')&&isfield(Param.ActionInput,'Program')&& strcmp(Param.ActionInput.Program,'civ_series')
    88     fill_GUI(Param.ActionInput,handles.civ_input)
    89 end
     159set(handles.ListCompareMode,'Visible','on')
     160
     161%display the parameters stored on the GUI series
     162set(handles.first_i,'String',num2str(Param.IndexRange.first_i))
     163set(handles.incr_i,'String',num2str(Param.IndexRange.incr_i))
     164set(handles.last_i,'String',num2str(Param.IndexRange.last_i))
     165set(handles.ref_i,'String',num2str(Param.IndexRange.first_i))
     166if isfield(Param.IndexRange,'first_j')
     167    set(handles.first_j,'String',num2str(Param.IndexRange.first_j))
     168    set(handles.incr_j,'String',num2str(Param.IndexRange.incr_j))
     169    set(handles.last_j,'String',num2str(Param.IndexRange.last_j))
     170    set(handles.ref_i,'String',num2str(Param.IndexRange.first_j))
     171end
     172
     173%% set the civ_input options depending on the input file content when a nc file has been opened
     174ListOptions={'CheckCiv1', 'CheckFix1' 'CheckPatch1', 'CheckCiv2', 'CheckFix2', 'CheckPatch2'};
     175checkbox=zeros(size(ListOptions));%default
     176if ind_opening==0%case of image opening, start with Civ1
     177    for index=1:numel(ListOptions)
     178        checkbox(index)=get(handles.(ListOptions{index}),'Value');
     179    end
     180    index_max=find(checkbox, 1, 'last' );
     181    if isempty(index_max),index_max=1;end
     182    for index=1:index_max
     183        set(handles.(ListOptions{index}),'Value',1)% select all operations starting from CIV1
     184    end
     185else
     186    for index = 1:min(ind_opening,5)
     187        set(handles.(ListOptions{index}),'value',0)
     188    end
     189    set(handles.(ListOptions{min(ind_opening+1,6)}),'value',1)
     190    for index = ind_opening+2:6
     191        set(handles.(ListOptions{index}),'value',0)
     192    end
     193end
     194%list_operation={'CheckCiv1','CheckFix1','CheckPatch1','CheckCiv2','CheckFix2','CheckPatch2'};
     195
     196%set(handles.(ListOptions{min(ind_opening+1,6)}),'value',1)
     197update_CivOptions(handles,ind_opening)
     198
     199%%  set the menus of image pairs and default selection for civ_input   %%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     200%check_letter=~isempty(regexp(NomTypeIma,'[ab|AB]$'));%detect pair label by letter
     201%if  isequal(NomTypeNc,'_1-2')||isempty(MaxIndex_j)|| (MaxIndex_j==1)
     202MaxIndex_i=Param.IndexRange.MaxIndex{1};
     203MaxIndex_j=Param.IndexRange.MaxIndex{1,2};
     204MinIndex_i=Param.IndexRange.MinIndex{1};
     205MinIndex_j=Param.IndexRange.MinIndex{1,2};
     206if ~isfield(Param.IndexRange,'first_j')
     207    set(handles.ListPairMode,'Value',1)
     208    set(handles.ListPairMode,'String',{'series(Di)'})
     209elseif  MaxIndex_i==1 && MaxIndex_j>1% simple series in j
     210    set(handles.ListPairMode,'String',{'pair j1-j2';'series(Dj)'})
     211    if  MaxIndex_j <= 10
     212        set(handles.ListPairMode,'Value',1)% advice 'pair j1-j2' except in MaxIndex_j is large
     213    end
     214elseif ~(strcmp(FileType,'video') || strcmp(FileType,'mmreader'))
     215    set(handles.ListPairMode,'String',{'pair j1-j2';'series(Dj)';'series(Di)'})%multiple choice
     216    if strcmp(NomTypeNc,'_1-2_1')
     217        set(handles.ListPairMode,'Value',3)% advise 'series(Di)'
     218    elseif  MaxIndex_j <= 10
     219        set(handles.ListPairMode,'Value',1)% advice 'pair j1-j2' except in MaxIndex_j is large
     220    end
     221end
     222
     223%%  transfer the time from the GUI series, or use file index by default
     224time=[];
     225TimeUnit='frame'; %default
     226CoordUnit='';%default
     227pxcm_search=1;
     228if isfield(SeriesData,'Time') && ~isempty(SeriesData.Time{1})
     229    time=SeriesData.Time{1};
     230    %transform .Time to a column vector if it is a line vector thenomenclature uses a single index: correct possible bug in xml
     231    if isequal(MaxIndex_i,1) && ~isequal(MaxIndex_j,1)% .Time is a line vector
     232        if numel(nom_type_read)>=2 && isempty(regexp(nom_type_read(2:end),'\D','once'))
     233            time=time';
     234            MaxIndex_i=MaxIndex_j;
     235            MaxIndex_j=1;
     236        end
     237    end
     238end
     239if isfield(SeriesData,'TimeUnit')
     240    TimeUnit=SeriesData.TimeUnit;
     241end
     242if isfield(SeriesData,'GeometryCalib')
     243    tsai=SeriesData.GeometryCalib;
     244    if isfield(tsai,'fx_fy')
     245        pxcm_search=max(tsai.fx_fy(1),tsai.fx_fy(2));%pixels:cm estimated for the search range
     246    end
     247    if isfield(tsai,'CoordUnit')
     248        CoordUnit=tsai.CoordUnit;
     249    end
     250end
     251% timing set by video input
     252if isempty(time) && (strcmp(FileType,'video') || strcmp(FileType,'mmreader'))
     253    set(handles.ListPairMode,'Value',1);
     254    dt=1/get(MovieObject,'FrameRate');%time interval between successive frames
     255    if strcmp(NomTypeIma,'*')
     256        set(handles.ListPairMode,'String',{'series(Di)'})
     257        time=(dt*(0:MaxIndex_i-1))';%list of image times
     258    else
     259        set(handles.ListPairMode,'String',[{'series(Dj)'};{'series(Di)'}])
     260        time=ones(MaxIndex_i,1)*(dt*(0:MaxIndex_j-1));%list of image times
     261        enable_j(handles,'on')
     262    end
     263    TimeUnit='s';
     264    set(handles.ImaDoc,'BackgroundColor',[1 1 1])% set display box back to whiter
     265end
     266
     267%% timing display
     268%show the reference image edit box if relevant (not needed for movies or in the absence of time information
     269if numel(time)>=2 % if there are at least two time values to define dt
     270    if size(time,1)<MaxIndex_i;
     271        msgbox_uvmat('WARNING','maximum i index restricted by the timing of the xml file');
     272    elseif size(time,2)<MaxIndex_j
     273        msgbox_uvmat('WARNING','maximum j index restricted by the timing of the xml file');
     274    end
     275    MaxIndex_i=min(size(time,1),MaxIndex_i);%possibly adjust the max index according to time data
     276    MaxIndex_j=min(size(time,2),MaxIndex_j);
     277else
     278    set(handles.ImaDoc,'String',''); %xml file not used for timing
     279    %    time=(i1_series(:,1)+0:size(i1_series,3)-1);% time=index i
     280    %    time=time'*ones(1,size(i1_series,2),1); %makes a time matrix with the same time for all j indices
     281    TimeUnit='frame';
     282    time=ones(MaxIndex_j-MinIndex_j+1,1)*(MinIndex_i:MaxIndex_i);
     283    time=time+0.001*(MinIndex_j:MaxIndex_j)'*ones(1,MaxIndex_i-MinIndex_i+1);
     284end
     285time=[zeros(size(time,1),1) time]; %insert a vertical line of zeros (to deal with zero file indices)
     286time=[zeros(1,size(time,2)); time]; %insert a horizontal line of zeros
     287CivInputData.Time=time;
     288set(handles.civ_input,'UserData',CivInputData)
     289%set(handles.ImaDoc,'UserData',time); %store the matrix of times
     290set(handles.NomType,'String',NomTypeIma)
     291set(handles.dt_unit,'String',['dt in m' TimeUnit]);%display dt in unit 10-3 of the time (e.g ms)
     292set(handles.TimeUnit,'String',TimeUnit);
     293set(handles.nb_field,'String',num2str(MaxIndex_i));
     294set(handles.nb_field2,'String',num2str(MaxIndex_j));
     295set(handles.CoordUnit,'String',CoordUnit)
     296set(handles.SearchRange,'UserData', pxcm_search);
     297
     298% set(handles.ImaExt,'String',ImaExt)
     299% set(handles.NomType,'String',NomTypeIma)
     300
     301%% set the reference indices from the input file indices
     302num_ref_i=str2num(get(handles.ref_i,'String'));
     303num_ref_j=str2num(get(handles.ref_j,'String'));
     304
     305
     306%% list the possible index pairs, depending on the option set in ListPairMode
     307ListPairMode_Callback([], [], handles)
     308
     309% for movies don't modify except if the current ref is outside index bounds
     310%if strcmp(ExtInput,'.nc')|| ~(strcmp(FileType,'mmreader')||strcmp(FileType,'VideoReader') && num_ref_i<=MaxIndex_i && num_ref_j<=MaxIndex_j)
     311% if ~isempty(i1)% if i1 has been selected by the input
     312%     num_ref_i=i1;%default ref index
     313%     if ~isempty(i2)
     314%         num_ref_i=floor((num_ref_i+i2)/2);
     315%     end
     316%     if ~isempty(j1)
     317%         num_ref_j=j1;
     318%         if ~isempty(j2)
     319%             num_ref_j=floor((num_ref_j+j2)/2);
     320%         end
     321%     end
     322% end
     323% if num_ref_i>MaxIndex_i||num_ref_i<MinIndex_i
     324%     num_ref_i=round((MinIndex_i+MaxIndex_i)/2);
     325% end
     326% if ~isempty(num_ref_j)&&~isempty(MaxIndex_j)&& ~isempty(MinIndex_j)
     327%     if (num_ref_j>MaxIndex_j||num_ref_j<MinIndex_j)
     328%         num_ref_j=round((MinIndex_j+MaxIndex_j)/2);
     329%     end
     330% end
     331% if isempty(num_ref_j)
     332%     num_ref_j=1;
     333% end
     334%
     335%% set the GUI to modal: wait for OK to close
    90336set(handles.civ_input,'WindowStyle','modal')% Make the GUI modal
    91337drawnow
    92338uiwait(handles.civ_input);
     339
     340
    93341
    94342%Program_Callback([],[], handles)
     
    111359    delete(handles.civ_input);
    112360end
    113 %------------------------------------------------------------------------
    114 % --- Function activated by the Open/Browse... option in the upper menu bar.
    115 function MenuBrowse_Callback(hObject, eventdata, handles)
    116 %------------------------------------------------------------------------
    117 %% get the current input root file name to initiate the browser
    118 filebase=get(handles.RootPath,'String');
    119 oldfile=''; %default
    120 if isempty(filebase)|| isequal(filebase,'')%loads the previously stored root file name
    121     dir_perso=prefdir;
    122     profil_perso=fullfile(dir_perso,'uvmat_perso.mat');
    123     if exist(profil_perso,'file')
    124         h=load (profil_perso);
    125         if isfield(h,'filebase')&& ischar(h.filebase)
    126             oldfile=h.filebase;
    127         end
    128         if isfield(h,'RootPath') && ischar(h.RootPath)
    129             oldfile=h.RootPath;
    130         end
    131     end
    132 else
    133     oldfile=filebase;
    134 end
    135 
    136 %% get the new input file with the browser
    137 menu={'*.xml;*.civ;*.png;*.jpg;*.tif;*.avi;*.AVI;*.nc;', ' (*.xml,*.civ,*.png,*.jpg ,.tif, *.avi,*.nc)';
    138     '*.xml',  '.xml files '; ...
    139     '*.civ',  '.civ files '; ...
    140     '*.png','.png image files'; ...
    141     '*.jpg',' jpeg image files'; ...
    142     '*.tif','.tif image files'; ...
    143     '*.avi;*.AVI','.avi movie files'; ...
    144     '*.nc','.netcdf files'; ...
    145     '*.*',  'All Files (*.*)'};
    146 [FileName, PathName, filtindex] = uigetfile( menu, 'Pick a file',oldfile);
    147 fileinput=[PathName FileName];%complete file name
    148 sizf=size(fileinput);
    149 if (~ischar(fileinput)||~isequal(sizf(1),1)),return;end %stop if fileinput not a character string
    150 
    151 %% case of the xml file opened as input (TODO: check and see whether it is useful)
    152 [path,name,ext]=fileparts(fileinput);
    153 testeditxml=0;
    154 % if isequal(ext,'.xml')
    155 %     testeditxml=1;
    156 %     t_browse=xmltree(fileinput);
    157 %     head_element=get(t_browse,1);
    158 %     if isfield(head_element,'name')&& isequal(head_element.name,'ImaDoc')
    159 %         testeditxml=0;
    160 %     end
    161 % end
    162 % if testeditxml==1 || isequal(ext,'.xls')
    163 %     heditxml=editxml({fileinput});
    164 %     set(heditxml,'Tag','browser')
    165 %     waitfor(heditxml,'Tag','idle')
    166 %     if ~ishandle(heditxml)
    167 %         return
    168 %     end
    169 %     attr=findobj(get(heditxml,'children'),'Tag','CurrentAttributes');
    170 %     set(handles.browse,'UserData',fileinput)% store for future opening with browser
    171 %     fileinput=get(attr,'UserData');
    172 %     if ~exist(fileinput,'file')
    173 %         return
    174 %     end
    175 % end
    176 [tild,tild,tild,i1,i2,j1,j2,FileExt,NomType]=fileparts_uvmat(fileinput);
    177 
    178 %% prepare the GUI with parameters from the input file
    179 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    180 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    181 if ~isempty(errormsg)
    182     msgbox_uvmat('ERROR',erromsg)
    183 end
    184 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    185 
    186 %------------------------------------------------------------------------
    187 % --- Open again the file whose name has been recorded in MenuFile_1
    188 function MenuFile_1_Callback(hObject, eventdata, handles)
    189 %------------------------------------------------------------------------
    190 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    191 fileinput=get(handles.MenuFile_1,'Label');
    192 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    193 if ~isempty(errormsg)
    194     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    195 end
    196 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    197 
    198 % -----------------------------------------------------------------------
    199 % --- Open again the file whose name has been recorded in MenuFile_2
    200 function MenuFile_2_Callback(hObject, eventdata, handles)
    201 %------------------------------------------------------------------------
    202 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    203 fileinput=get(handles.MenuFile_2,'Label');
    204 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    205 if ~isempty(errormsg)
    206     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    207 end
    208 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    209 
    210 % -----------------------------------------------------------------------
    211 % --- Open again the file whose name has been recorded in MenuFile_3
    212 function MenuFile_3_Callback(hObject, eventdata, handles)
    213 %------------------------------------------------------------------------
    214 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    215 fileinput=get(handles.MenuFile_3,'Label');
    216 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    217 if ~isempty(errormsg)
    218     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    219 end
    220 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    221 
    222 % -----------------------------------------------------------------------
    223 % --- Open again the file whose name has been recorded in MenuFile_4
    224 function MenuFile_4_Callback(hObject, eventdata, handles)
    225 %------------------------------------------------------------------------
    226 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    227 fileinput=get(handles.MenuFile_4,'Label');
    228 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    229 if ~isempty(errormsg)
    230     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    231 end
    232 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    233 
    234 % -----------------------------------------------------------------------
    235 % --- Open again the file whose name has been recorded in MenuFile_5
    236 function MenuFile_5_Callback(hObject, eventdata, handles)
    237 %------------------------------------------------------------------------
    238 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    239 fileinput=get(handles.MenuFile_5,'Label');
    240 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    241 if ~isempty(errormsg)
    242     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    243 end
    244 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
     361
     362
    245363
    246364% -----------------------------------------------------------------------
     
    258376end
    259377
    260 %------------------------------------------------------------------------
    261 % --- Function activated when a new filebase (image series) is introduced
    262 function RootPath_Callback(hObject, eventdata, handles)
    263 %------------------------------------------------------------------------
    264 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 0])%paint RootName edit box in yellow to indicate that the file input is proceeding
    265 RootPath=get(handles.RootPath,'String');
    266 SubDirImages=get(handles.SubDirImages,'String');
    267 RootFile=get(handles.RootFile,'String');
    268 ref_i=str2num(get(handles.ref_i,'String'));
    269 ref_j=str2num(get(handles.ref_j,'String'));
    270 NomType=get(handles.NomType,'String');
    271 ImaExt=get(handles.ImaExt,'String');
    272 fileinput=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile,ImaExt,NomType,ref_i,[],ref_j);
    273 errormsg=display_file_name(handles,fileinput);
    274 if ~isempty(errormsg)
    275     msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    276 end
    277 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])%paint RootName back to white to indicate that the file input is finished
    278378
    279379%------------------------------------------------------------------------
     
    281381function errormsg=display_file_name(handles,fileinput)
    282382%------------------------------------------------------------------------
    283 set(handles.ListCompareMode,'Visible','on')
    284 errormsg='';%default empty error message
    285 drawnow
     383
    286384
    287385%% enable OK, BATCH button and 'status' display
     
    294392
    295393%% determine nomenclature types and extension of the input files
    296 [RootPath,SubDir,RootFile,i1,i2,j1,j2,ExtInput,NomTypeInput]=fileparts_uvmat(fileinput);
    297 NomTypeNc='';%default
    298 
    299 %% case of xml file as input, read the civ_input parameters
    300 ind_opening=0;%default
    301 if strcmp(ExtInput,'.xml')
    302     %reinitialise menus
    303         set(handles.ListPairMode,'Value',1)
    304     set(handles.ListPairMode,'String',{''})
    305     set(handles.ListPairCiv1,'Value',1)
    306     set(handles.ListPairCiv1,'String',{''})
    307         set(handles.ListPairCiv2,'Value',1)
    308     set(handles.ListPairCiv2,'String',{''})
    309     Param=xml2struct(fileinput);  %read parameters from the xml input file
    310     fill_GUI(Param,handles);%fill the GUI with the parameters retrieved from the xml file
    311     return
    312 end
    313 
    314 %% case of netcdf file as input, get the civ_input processing stage and look for a coresponding image
    315 imageinput=fileinput;%default
    316 if strcmp(ExtInput,'.nc')
    317     NomTypeNc=NomTypeInput;
    318     if isempty(regexp(NomTypeInput,'[ab|AB|-]', 'once'))
    319         set(handles.ListCompareMode,'Value',2) %mode displacement advised if the nomencalture does not involve index pairs
    320         set(handles.RootFile_1,'Visible','On');
    321     else
    322         set(handles.ListCompareMode,'Value',1)
    323         set(handles.RootFile_1,'Visible','Off');
    324     end
    325     imageinput='';
    326     Data=nc2struct(fileinput,'ListGlobalAttribute','Conventions','absolut_time_T0','CivStage','Civ2_ImageA','Civ1_ImageA','Civ2_ImageB','Civ1_ImageB','fix','patch','civ2','fix2');
    327     if isfield(Data,'Txt')
    328         errormsg=Data.Txt;
    329         return
    330     end
    331     % settings for  new civ_input data,
    332     if strcmp(Data.Conventions,'uvmat/civdata')% case of new civ data,
    333         set(handles.Program,'Value',1) %select civ/Matlab by default
    334         Program_Callback([],[], handles)
    335         if ~isempty(Data.CivStage)%test for civ files
    336             ind_opening=Data.CivStage;
    337         end
    338         if  ~isempty(Data.Civ2_ImageB)%get the corresponding input image in the netcdf file
    339             imageinput=Data.Civ2_ImageB;
    340             [tild,ImaName,ImaExt]=fileparts(Data.Civ2_ImageA);
    341             set(handles.RootFile_1,'String',[ImaName ImaExt])
    342         elseif ~isempty(Data.Civ1_ImageB)
    343             imageinput=Data.Civ1_ImageB;
    344             [tild,ImaName,ImaExt]=fileparts(Data.Civ1_ImageA);
    345             set(handles.RootFile_1,'String',[ImaName ImaExt])
    346         end
    347         % settings for civx data,
    348     elseif ~isempty(Data.absolut_time_T0')% case of  civx data,
    349         set(handles.Program,'Value',3) %select Cix by default
    350         Program_Callback([],[], handles)
    351         if ~isempty(Data.fix2)
    352             ind_opening=5;
    353         elseif ~isempty(Data.civ2)
    354             ind_opening=4;
    355         elseif ~isempty(Data.patch)
    356             ind_opening=3;
    357         elseif ~isempty(Data.fix)
    358             ind_opening=2;
    359         end
    360     else
    361         errormsg='the input netcdf file is not civ data';
    362         return
    363     end
    364     % look for the corresponding input images
    365     check_letter=~isempty(regexp(NomTypeInput,'[ab|AB]$','once'));%detect pair label by letter
    366     NomTypeIma=NomTypeInput;
    367     if check_letter
    368         NomTypeIma=NomTypeInput(1:end-1);
    369     else
    370         r=regexp(NomTypeIma,'.-(?<num2>\d+)$','names');
    371         if ~isempty(r)
    372             NomTypeIma=regexprep(NomTypeIma,['-' r.num2],'');
    373         end
    374         r=regexp(NomTypeIma,'.-(?<num2>\d+)','names');
    375         if ~isempty(r)
    376             NomTypeIma=regexprep(NomTypeIma,['-' r.num2],'');
    377         end
    378     end
    379     if ~exist(imageinput,'file')
    380     imageinput=fullfile_uvmat(RootPath,regexprep(SubDir,'.civ(_?)(\d*)$',''),RootFile,'.png',NomTypeIma,i1,[],j1);
    381     end
    382 end
    383 
    384 %% no corresponding image found, select manually with the browser
    385 ImaExt=ExtInput;
    386 if ~isempty(NomTypeNc)
    387     %no corresponding image found, select manually with the browser
    388     if ~exist(imageinput,'file')
    389         menu={'*.png;*.jpg;*.tif;*.avi;*.AVI', '(*.png,*.jpg ,*.tif, *.avi,*.AVI)';
    390             '*.png','.png image files'; ...
    391             '*.jpg',' jpeg image files'; ...
    392             '*.tif','.tif image files'; ...
    393             '*.avi;*.AVI','.avi movie files'; ...
    394             '*.*',  'All Files (*.*)'};
    395         [FileName, PathName] = uigetfile( menu, 'Pick an input image file',fileparts(fileparts(fileinput)));
    396         imageinput=[PathName FileName];%complete file name
    397         if ~exist(imageinput,'file')
    398             return %abandon of the browser is cancelled
    399         end
    400     end   
    401     %fileinput=imageinput;
    402 end
    403 
    404 %% scan the image file series
     394% [RootPath,SubDir,RootFile,i1,i2,j1,j2,ExtInput,NomTypeInput]=fileparts_uvmat(fileinput);
     395% NomTypeNc='';%default
     396
     397
     398
     399%% scan the image file series
    405400[FilePath,FileName,ImaExt]=fileparts(imageinput);
    406401% detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    407402% the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    408 [RootPath,SubDirImages,RootFile,i1_series,tild,j1_series,tild,NomTypeIma,FileType,MovieObject]=find_file_series(FilePath,[FileName ImaExt]);
    409 switch FileType
     403%[RootPath,SubDirImages,RootFile,i1_series,tild,j1_series,tild,NomTypeIma,FileType,MovieObject]=find_file_series(FilePath,[FileName ImaExt]);
     404switch Param.FileType{1}
    410405    case {'image','multimage','video','mmreader'}
    411406    otherwise
     
    445440set(handles.ImaDoc,'String',ext_imadoc)% display the extension name for the image documentation file used
    446441
    447 %%  read the time in the image documentation file 
    448 time=[];
    449 TimeUnit=''; %default
    450 CoordUnit='';%default
    451 pxcm_search=1;
    452 if ~isempty(XmlFileName)
    453     set(handles.ImaDoc,'BackgroundColor',[1 1 0]) % set edit box to yellow cloro to indicate that the file reading is beginning
    454     drawnow
    455     [XmlData,warntext]=imadoc2struct(XmlFileName);
    456     nom_type_read=[];
    457     if isfield(XmlData,'Time') && ~isempty(XmlData.Time)
    458         time=XmlData.Time;
    459         %transform .Time to a column vector if it is a line vector thenomenclature uses a single index: correct possible bug in xml
    460         if isequal(MaxIndex_i,1) && ~isequal(MaxIndex_j,1)% .Time is a line vector
    461             if numel(nom_type_read)>=2 && isempty(regexp(nom_type_read(2:end),'\D','once'))
    462                 time=time';
    463                 MaxIndex_i=MaxIndex_j;
    464                 MaxIndex_j=1;
    465             end
    466         end
    467     end
    468     if isfield(XmlData,'Camera') && isfield(XmlData.Camera,'TimeUnit')
    469         TimeUnit=XmlData.Camera.TimeUnit;
    470     end
    471     if isfield(XmlData,'GeometryCalib')
    472         tsai=XmlData.GeometryCalib;
    473         if isfield(tsai,'fx_fy')
    474             pxcm_search=max(tsai.fx_fy(1),tsai.fx_fy(2));%pixels:cm estimated for the search range
    475         end
    476         if isfield(tsai,'CoordUnit')
    477             CoordUnit=tsai.CoordUnit;
    478         end
    479     end
    480 end
    481 if isempty(time) && (strcmp(FileType,'video') || strcmp(FileType,'mmreader'))
    482     set(handles.ListPairMode,'Value',1);
    483     dt=1/get(MovieObject,'FrameRate');%time interval between successive frames
    484     if strcmp(NomTypeIma,'*')
    485         set(handles.ListPairMode,'String',{'series(Di)'})
    486         MaxIndex_i=get(MovieObject,'NumberOfFrames');
    487         time=(dt*(0:MaxIndex_i-1))';%list of image times
    488     else
    489         set(handles.ListPairMode,'String',[{'series(Dj)'};{'series(Di)'}])
    490         MaxIndex_i=max(i1_series(i1_series>0));
    491         MaxIndex_j=get(MovieObject,'NumberOfFrames');
    492         time=ones(MaxIndex_i,1)*(dt*(0:MaxIndex_j-1));%list of image times
    493         enable_j(handles,'on')
    494     end
    495     TimeUnit='s';
    496     set(handles.ImaDoc,'BackgroundColor',[1 1 1])% set display box back to whiter
    497 end
    498 
    499 %% timing display
    500 %show the reference image edit box if relevant (not needed for movies or in the absence of time information
    501 if numel(time)>=2 % if there are at least two time values to define dt
    502     if size(time,1)<MaxIndex_i;
    503         msgbox_uvmat('WARNING','maximum i index restricted by the timing of the xml file');
    504     elseif size(time,2)<MaxIndex_j
    505         msgbox_uvmat('WARNING','maximum j index restricted by the timing of the xml file');
    506     end
    507     MaxIndex_i=min(size(time,1),MaxIndex_i);%possibly adjust the max index according to time data
    508     MaxIndex_j=min(size(time,2),MaxIndex_j);
    509     time=[zeros(size(time,1),1) time]; %insert a vertical line of zeros (to deal with zero file indices)
    510     time=[zeros(1,size(time,2)); time]; %insert a horizontal line of zeros
    511 else
    512     set(handles.ImaDoc,'String',''); %xml file not used for timing
    513     time=(i1_series(:,1)+0:size(i1_series,3)-1);% time=index i
    514     time=time'*ones(1,size(i1_series,2),1); %makes a time matrix with the same time for all j indices
    515     TimeUnit='frame';
    516 end
    517 set(handles.ImaDoc,'UserData',time); %store the matrix of times
    518 set(handles.dt_unit,'String',['dt in m' TimeUnit]);%display dt in unit 10-3 of the time (e.g ms)
    519 set(handles.TimeUnit,'String',TimeUnit);
    520 set(handles.nb_field,'String',num2str(MaxIndex_i));
    521 set(handles.nb_field2,'String',num2str(MaxIndex_j));
    522 set(handles.CoordUnit,'String',CoordUnit)
    523 set(handles.SearchRange,'UserData', pxcm_search);
    524 set(handles.ImaExt,'String',ImaExt)
    525 set(handles.NomType,'String',NomTypeIma)
    526 
    527 %% set the reference indices from the input file indices
    528 num_ref_i=str2num(get(handles.ref_i,'String'));
    529 num_ref_j=str2num(get(handles.ref_j,'String'));
    530 % for movies don't modify except if the current ref is outside index bounds
    531 %if strcmp(ExtInput,'.nc')|| ~(strcmp(FileType,'mmreader')||strcmp(FileType,'VideoReader') && num_ref_i<=MaxIndex_i && num_ref_j<=MaxIndex_j)
    532 if ~isempty(i1)% if i1 has been selected by the input
    533     num_ref_i=i1;%default ref index
    534     if ~isempty(i2)
    535         num_ref_i=floor((num_ref_i+i2)/2);
    536     end
    537     if ~isempty(j1)
    538     num_ref_j=j1;
    539     if ~isempty(j2)
    540         num_ref_j=floor((num_ref_j+j2)/2);
    541     end
    542     end
    543 end
    544 if num_ref_i>MaxIndex_i||num_ref_i<MinIndex_i
    545     num_ref_i=round((MinIndex_i+MaxIndex_i)/2);
    546 end
    547 if ~isempty(num_ref_j)&&~isempty(MaxIndex_j)&& ~isempty(MinIndex_j)
    548     if (num_ref_j>MaxIndex_j||num_ref_j<MinIndex_j)
    549         num_ref_j=round((MinIndex_j+MaxIndex_j)/2);
    550     end
    551 end
    552 if isempty(num_ref_j)
    553     num_ref_j=1;
    554 end
    555 
    556 %% update i and j index range if a nc file has been opened or pb withmin max image indices:
     442
     443
     444%% update i and j index range if a nc file has been opened or pb withmin max image indices:
    557445% then set first and last to the inputfile index by default
    558446first_i=str2num(get(handles.first_i,'String'));
    559447last_i=str2num(get(handles.last_i,'String'));
    560448if isempty(first_i) || isempty(last_i)||isempty(MinIndex_i)||isempty(MaxIndex_i)||ind_opening~=0 || isempty(first_i) || isempty(last_i)|| first_i<MinIndex_i || last_i>MaxIndex_i
    561    first_i=num_ref_i;
    562    last_i=num_ref_i;
     449    first_i=num_ref_i;
     450    last_i=num_ref_i;
    563451    set(handles.first_i,'String',num2str(first_i));
    564452    set(handles.last_i,'String',num2str(last_i));%
    565453end
    566454
    567 %j index range 
     455%j index range
    568456first_j=str2num(get(handles.first_j,'String'));
    569457last_j=str2num(get(handles.last_j,'String'));
    570458if isempty(first_j) || isempty(last_j)||isempty(MinIndex_j)||isempty(MaxIndex_j)||ind_opening~=0 || first_j<MinIndex_j || last_j>MaxIndex_j
    571        first_j=num_ref_j;
    572    last_j=num_ref_j;
     459    first_j=num_ref_j;
     460    last_j=num_ref_j;
    573461    set(handles.first_j,'String',num2str(first_j));
    574462    set(handles.last_j,'String',num2str(last_j));%
    575463end
    576 if num_ref_i>last_i || num_ref_i<first_i 
     464if num_ref_i>last_i || num_ref_i<first_i
    577465    num_ref_i=round((first_i+last_i)/2);
    578466end
     
    583471set(handles.ref_j,'String',num2str(num_ref_j))
    584472
    585 %% set the civ_input options depending on the input file content when a nc file has been opened
    586 ListOptions={'CheckCiv1', 'CheckFix1' 'CheckPatch1', 'CheckCiv2', 'CheckFix2', 'CheckPatch2'};
    587 checkbox=zeros(size(ListOptions));%default
    588 if ind_opening==0%case of image opening, start with Civ1
    589     for index=1:numel(ListOptions)
    590         checkbox(index)=get(handles.(ListOptions{index}),'Value');
    591     end
    592     index_max=find(checkbox, 1, 'last' );
    593     if isempty(index_max),index_max=1;end       
    594     for index=1:index_max
    595         set(handles.(ListOptions{index}),'Value',1)% select all operations starting from CIV1
    596     end
    597 else
    598     for index = 1:min(ind_opening,5)
    599         set(handles.(ListOptions{index}),'value',0)
    600     end
    601     set(handles.(ListOptions{min(ind_opening+1,6)}),'value',1)
    602     for index = ind_opening+2:6
    603         set(handles.(ListOptions{index}),'value',0)
    604     end
    605 end
    606 %list_operation={'CheckCiv1','CheckFix1','CheckPatch1','CheckCiv2','CheckFix2','CheckPatch2'};
    607 
    608 %set(handles.(ListOptions{min(ind_opening+1,6)}),'value',1)
    609 update_CivOptions(handles,ind_opening)
    610 
    611 %%  set the menus of image pairs and default selection for civ_input   %%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    612 %check_letter=~isempty(regexp(NomTypeIma,'[ab|AB]$'));%detect pair label by letter
    613 if  isequal(NomTypeNc,'_1-2')||isempty(MaxIndex_j)|| (MaxIndex_j==1)
    614     set(handles.ListPairMode,'Value',1)
    615     set(handles.ListPairMode,'String',{'series(Di)'})   
    616 elseif  MaxIndex_i==1 && MaxIndex_j>1% simple series in j
    617     set(handles.ListPairMode,'String',{'pair j1-j2';'series(Dj)'})
    618     if  MaxIndex_j <= 10
    619         set(handles.ListPairMode,'Value',1)% advice 'pair j1-j2' except in MaxIndex_j is large
    620     end
    621 elseif ~(strcmp(FileType,'video') || strcmp(FileType,'mmreader'))
    622     set(handles.ListPairMode,'String',{'pair j1-j2';'series(Dj)';'series(Di)'})%multiple choice
    623     if strcmp(NomTypeNc,'_1-2_1')
    624         set(handles.ListPairMode,'Value',3)% advise 'series(Di)'
    625     elseif  MaxIndex_j <= 10
    626         set(handles.ListPairMode,'Value',1)% advice 'pair j1-j2' except in MaxIndex_j is large
    627     end
    628 end
     473
    629474
    630475%% scan files to update the subdirectory list display
     
    644489
    645490%% store info
    646 set(handles.RootPath,'UserData',browse)% store the nomenclature type
     491%set(handles.RootPath,'UserData',browse)% store the nomenclature type
    647492
    648493%% list the possible index pairs, depending on the option set in ListPairMode
    649494ListPairMode_Callback([], [], handles)
    650 
    651 %% store the root input filename for future opening
    652 profil_perso=fullfile(prefdir,'uvmat_perso.mat');
    653 if exist(profil_perso,'file')
    654     save (profil_perso,'RootPath','-append'); %store the root name for future opening of uvmat
    655 else
    656     txt=ver('MATLAB');
    657     Release=txt.Release;
    658     relnumb=str2double(Release(3:4));
    659     if relnumb >= 14
    660         save (profil_perso,'RootPath','-V6'); %store the root name for future opening of uvmat
    661     else
    662         save (profil_perso,'RootPath'); %store the root name for future opening of uvmat
    663     end
    664 end
    665 set(handles.RootPath,'BackgroundColor',[1 1 1])
    666495
    667496%------------------------------------------------------------------------
     
    757586checkbox(6)=get(handles.CheckPatch2,'Value');
    758587ind_selected=find(checkbox,1);
    759 if ~isempty(ind_selected)
    760     RootPath=get(handles.RootPath,'String');
    761     if isempty(RootPath)
    762         msgbox_uvmat('ERROR','Please open an image or PIV .nc file with the upper bar menu Open/Browse...')
    763         return
    764     end
    765 end
     588% if ~isempty(ind_selected)
     589%     RootPath=get(handles.RootPath,'String');
     590%     if isempty(RootPath)
     591%         msgbox_uvmat('ERROR','Please open an image or PIV .nc file with the upper bar menu Open/Browse...')
     592%         return
     593%     end
     594% end
    766595set(handles.PairIndices,'Visible','on')
    767596set(handles.SubdirCiv1,'Visible','on')
     
    829658end
    830659
    831 % %-------------------------------------------------------------------
    832 % % --- Executes on button press in status.
    833 % function status_Callback(hObject, eventdata, handles)
    834 % %-------------------------------------------------------------------
    835 % val=get(handles.status,'Value');
    836 % if val==0
    837 %     set(handles.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
    838 %     hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
    839 %     if ~isempty(hfig)
    840 %         delete(hfig)
    841 %     end
    842 %     return
    843 % end
    844 % set(handles.status,'BackgroundColor',[1 1 0])
    845 % drawnow
    846 % listtype={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
    847 % Param.CheckCiv1=get(handles.CheckCiv1,'Value');
    848 % Param.CheckFix1=get(handles.CheckFix1,'Value');
    849 % Param.CheckPatch1=get(handles.CheckPatch1,'Value');
    850 % Param.CheckCiv2=get(handles.CheckCiv2,'Value');
    851 % Param.CheckFix2=get(handles.CheckFix2,'Value');
    852 % Param.CheckPatch2=get(handles.CheckPatch2,'Value');
    853 % box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
    854 %
    855 % option_civ=find(box_test,1,'last');%last selected option (non-zero index of box_test)
    856 % filecell=get(handles.civ_input,'UserData');%retrieve the list of output files expected for PIV
    857 % test_new=0;
    858 % if ~isfield(filecell,'nc')
    859 %     test_new=1;
    860 %     [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
    861 %     if ~isempty(errormsg)
    862 %         msgbox_uvmat('ERROR',errormsg)
    863 %         return
    864 %     end
    865 %     filecell=set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);%determine the output file expected from the GUI status
    866 % end
    867 % if ~isequal(box_test(4:6),[0 0 0])
    868 %     civ_files=filecell.nc.civ2;%case of civ2 operations
    869 % else
    870 %     civ_files=filecell.nc.civ1;
    871 % end
    872 % [root,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
    873 % [rootroot,SubDir,extdir]=fileparts(root);
    874 % hfig=findobj(allchild(0),'name','civ_status');
    875 % if isempty(hfig)
    876 %     hfig=figure('DeleteFcn',@stop_status);
    877 %     set(hfig,'MenuBar','none')% suppress the menu bar
    878 %     set(hfig,'NumberTitle','off')%suppress the fig number in the title
    879 %     set(hfig,'name','civ_status')
    880 %     set(hfig,'tag','civ_status')
    881 %     set(hfig,'UserData',civ_files)
    882 %     hlist= uicontrol('Style','listbox','Units','normalized', 'Position',[0.05 0.09 0.9 0.71], 'Callback', {'open_uvmat'},'tag','list');
    883 %     uicontrol('Style','edit','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.87 0.9 0.1],'tag','msgbox','Max',2,'String','checking files...');
    884 %     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position', [0.05 0.81 0.9 0.05]);
    885 %     %uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@close_GUI);
    886 %     uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.7 0.01 0.2 0.07],'String','Close','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@stop_status);
    887 %     hrefresh=uicontrol('Style','pushbutton','Units','normalized', 'Position', [0.1 0.01 0.2 0.07],'String','Refresh','FontWeight','bold','FontUnits','normalized','FontSize',0.9,'Callback',@refresh_GUI);
    888 %     BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
    889 %     uicontrol('Style','frame','Units','normalized', 'Position',BarPosition ,'BackgroundColor',[1 0 0],'tag','waitbar');
    890 %     drawnow
    891 % end
    892 % StatusData.time_ref=get(handles.OK,'UserData');% get the time of launch
    893 % StatusData.option_civ=option_civ;
    894 % set(hrefresh,'UserData',StatusData)
    895 % filepath=fileparts(civ_files{1});
    896 % set(hlist,'UserData',fileparts(filepath))
    897 % refresh_GUI(hrefresh,[])
    898 
    899 % %------------------------------------------------------------------------   
    900 % % launched by refreshing the status figure
    901 % function refresh_GUI(hObject, eventdata)
    902 % %------------------------------------------------------------------------
    903 % Tabchar={};
    904 % BarPosition=[0.05 0.81 0.01 0.05];
    905 % hfig=get(hObject,'parent');
    906 % StatusData=get(hObject,'UserData');
    907 % civ_files=get(hfig,'UserData');
    908 % [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{1});
    909 % [tild,SubDir,extdir]=fileparts(filepath);
    910 % SubDir=[SubDir extdir];
    911 % option_civ=StatusData.option_civ;
    912 % nbfiles=numel(civ_files);
    913 % testrecent=0;
    914 % count=0;
    915 % datnum=zeros(1,nbfiles);
    916 % filefound=cell(1,nbfiles);
    917 % for ifile=1:nbfiles
    918 %     detect=exist(civ_files{ifile},'file'); % check the existence of the file
    919 %     option=0;
    920 %     if detect==0
    921 %         option_str='not created';
    922 %     else
    923 %         datfile=dir(civ_files{ifile});
    924 %         if isfield(datfile,'datenum')
    925 %             datnum(ifile)=datfile.datenum;%only available in recent matlab versions
    926 %             testrecent=1;
    927 %         end
    928 %         filefound(ifile)={datfile.name};
    929 %         
    930 %         % check the content  netcdf file
    931 %         Data=nc2struct(civ_files{ifile},'ListGlobalAttribute','CivStage','patch2','fix2','civ2','patch','fix');
    932 %         option_list={'civ1','fix1','patch1','civ2','fix2','patch2'};
    933 %         if ~isempty(Data.CivStage)
    934 %             option=Data.CivStage;%case of Matlab civ
    935 %         else
    936 %             if ~isempty(Data.patch2) && isequal(Data.patch2,1)
    937 %                 option=6;
    938 %             elseif ~isempty(Data.fix2) && isequal(Data.fix2,1)
    939 %                 option=5;
    940 %             elseif ~isempty(Data.civ2) && isequal(Data.civ2,1);
    941 %                 option=4;
    942 %             elseif ~isempty(Data.patch) && isequal(Data.patch,1);
    943 %                 option=3;
    944 %             elseif ~isempty(Data.fix) && isequal(Data.fix,1);
    945 %                 option=2;
    946 %             else
    947 %                 option=1;
    948 %             end
    949 %         end
    950 %         option_str=option_list{option};
    951 %         if datnum(ifile)<StatusData.time_ref
    952 %             option_str=[option_str '  --OLD--'];
    953 %         end
    954 %     end
    955 %     if option >= option_civ
    956 %         count=count+1;
    957 %     end
    958 %     [filepath,filename,ext]=fileparts(civ_files{ifile});
    959 %     Tabchar{ifile,1}=[fullfile(SubDir,filename) ext  '...' option_str];
    960 % end
    961 % datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
    962 % if isempty(datnum)
    963 %     if testrecent
    964 %         message='no civ result created yet';
    965 %     else
    966 %         message='';
    967 %     end
    968 % else
    969 %     datnum=datnum(datnum~=0);%keep the non zero values corresponding to existing files
    970 %     [first,ind]=min(datnum);
    971 %     [last,indlast]=max(datnum);
    972 %     message={[num2str(count) ' file(s) done over ' num2str(nbfiles)] ;['oldest modification:  ' cell2mat(filefound(ind)) ' : ' datestr(first)];...
    973 %         ['latest modification:  ' cell2mat(filefound(indlast)) ' : ' datestr(last)]};
    974 % end
    975 % hlist=findobj(hfig,'tag','list');
    976 % hmsgbox=findobj(hfig,'tag','msgbox');
    977 % hwaitbar=findobj(hfig,'tag','waitbar');
    978 % set(hlist,'String',Tabchar)
    979 % set(hmsgbox,'String', message)
    980 % if count>0 %&& ~test_new
    981 %     BarPosition(3)=0.9*count/nbfiles;
    982 %     set(hwaitbar,'Position',BarPosition)
    983 % end
    984 %
    985 %
    986 % %------------------------------------------------------------------------   
    987 % % launched by deleting the status figure
    988 % function stop_status(hObject, eventdata)
    989 % %------------------------------------------------------------------------
    990 % hciv=findobj(allchild(0),'tag','civ');
    991 % hhciv=guidata(hciv);
    992 % set(hhciv.status,'value',0) %reset the status uicontrol in the GUI civ
    993 % set(hhciv.status,'BackgroundColor',[0 1 0])
    994 %
    995 % % %------------------------------------------------------------------------   
    996 % % % launched by pressing OK on the status figure
    997 % % function close_GUI(hObject, eventdata)
    998 % % %------------------------------------------------------------------------
    999 % %     delete(gcbf)
    1000 %
    1001 
    1002 % %------------------------------------------------------------------------
    1003 % % --- Main lauch command, called by OK and BATCH
    1004 % function errormsg=launch_jobs(hObject, eventdata, handles)
    1005 % %------------------------------------------------------------------------
    1006 % errormsg='';%default
    1007 %
    1008 % %% read the input parameters from the  GUI civ_input
    1009 % Param=read_GUI(handles.civ_input);
    1010 %
    1011 % %% check the selected list of operations:
    1012 % operations={'Civ1','Fix1','Patch1','Civ2','Fix2','Patch2'};
    1013 % box_test=[Param.CheckCiv1 Param.CheckFix1 Param.CheckPatch1 Param.CheckCiv2 Param.CheckFix2 Param.CheckPatch2];
    1014 % index_first=find(box_test==1,1);
    1015 % if isempty(index_first)
    1016 %     errormsg='no selected operation';
    1017 %     return
    1018 % end
    1019 % index_last=find(box_test==1,1,'last');
    1020 % box_used=box_test(index_first : index_last);
    1021 % [box_missing,ind_missing]=min(box_used);
    1022 % if isequal(box_missing,0); %there is a missing step in the sequence of operations
    1023 %     errormsg=['missing' cell2mat(operations(ind_missing))];
    1024 %     return
    1025 % end
    1026 %
    1027 % %% check mask if selecetd
    1028 % %could be included in get_mask callback ?
    1029 % if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1030 %     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1031 %     if ~exist(maskname,'file')
    1032 %         get_mask_civ1_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1033 %     end
    1034 % end
    1035 % if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1036 %     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1037 %     if ~exist(maskname,'file')
    1038 %         get_mask_fix1_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1039 %     end
    1040 % end
    1041 % if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1042 %     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1043 %     if ~exist(maskname,'file')
    1044 %         get_mask_civ2_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1045 %     end
    1046 % end
    1047 % if isequal(get(handles.CheckMask,'Value'),1)
    1048 %     maskname=get(handles.Mask,'String');
    1049 %     if ~exist(maskname,'file')
    1050 %         get_mask_fix2_Callback(hObject, eventdata, handles);
    1051 %     end
    1052 % end
    1053 %
    1054 % %% reinitialise status callback
    1055 % if isfield(handles,'status')
    1056 %     set(handles.status,'Value',0);%suppress status display
    1057 %     status_Callback([], [], handles)
    1058 % end
    1059 %
    1060 % %% read the PARAM.xml file to get the binaries (and batch_mode if batch)
    1061 % % path_civ=fileparts(which('civ')); %path to the source directory of uvmat
    1062 % % xmlfile=fullfile(path_civ,'PARAM.xml');
    1063 % % s=[];
    1064 % % if exist(xmlfile,'file')% search parameter xml file in the whole matlab path
    1065 % %     t=xmltree(xmlfile);
    1066 % %     s=convert(t);
    1067 % % end% default configuration
    1068 % % if ~isfield(s,'RunParam')
    1069 % %     Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1070 % %     Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1071 % %     Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1072 % %     Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1073 % % end
    1074 % % if strcmp(Param.RunMode,'cluster') %computation dispatched on a cluster
    1075 % %     if isfield(s,'BatchParam')
    1076 % %         Param.xml=s.BatchParam;
    1077 % %         if isfield(Param.xml,'BatchMode')
    1078 % %             batch_mode=Param.xml.BatchMode;
    1079 % %             if ~ismember(batch_mode,{'sge','oar'})
    1080 % %                 errormsg=['batch mode ' batch_mode ' not supported by UVMAT'];
    1081 % %                 return
    1082 % %             end
    1083 % %         end
    1084 % %     else
    1085 % %         %default configuration
    1086 % %         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1087 % %         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1088 % %         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1089 % %         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1090 % %    %     Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
    1091 % %         Param.xml.BatchMode='oar';% TODO : allow choice for sge
    1092 % %     end
    1093 % % else % run
    1094 % %     if isfield(s,'RunParam')
    1095 % %         Param.xml=s.RunParam;
    1096 % %     else %default configuration
    1097 % %         Param.xml.Civ1Bin=fullfile('bin','civ1');
    1098 % %         Param.xml.Civ2Bin=fullfile('bin','civ2');
    1099 % %         Param.xml.FixBin=fullfile('bin','fix_flag');
    1100 % %         Param.xml.PatchBin=fullfile('bin','patch_up');
    1101 % %     end
    1102 % % end
    1103 % % %Param.xml.CivmBin=fullfile('bin','civ_matlab');
    1104 % %
    1105 % % %% check if the binaries exist : to move in civ_opening
    1106 % % binary_list={};
    1107 % % switch Param.Program
    1108 % %     case 'CivX'
    1109 % %         binary_list={'Civ1Bin','Civ2Bin','PatchBin','FixBin'};
    1110 % %     case 'CivAll'% desactivated option
    1111 % %         binary_list={'Civ'};
    1112 % % %     case 'civ_matlab.sh'% compiled version of civ_matlab
    1113 % % %         binary_list={'CivmBin'};         
    1114 % % end
    1115 % % for bin_name=binary_list %loop on the list of binaries
    1116 % %     if isfield(Param.xml,bin_name{1})% bin_name{1} =current name in the list
    1117 % %         if ~isunix
    1118 % %         Param.xml.(bin_name{1})=[regexprep(Param.xml.(bin_name{1}),'/','\') '.exe'];
    1119 % %         end
    1120 % %         if exist(Param.xml.(bin_name{1}),'file')
    1121 % %             [path,name,ext]=fileparts(Param.xml.(bin_name{1}));
    1122 % %             currentdir=pwd;
    1123 % %             if isempty(path)
    1124 % %                 path=fileparts(which('civ.m'));
    1125 % %             end
    1126 % %             if exist(path,'dir')
    1127 % %                 cd(path);
    1128 % %                 binpath=pwd;%path of the binary
    1129 % %                 Param.xml.(bin_name{1})=fullfile(binpath,[name ext]);
    1130 % %                 cd(currentdir);
    1131 % %             else
    1132 % %                 errormsg=['path ' path ' for binaries specified in PARAM.xml does not exist'];
    1133 % %                 return
    1134 % %             end         
    1135 % %         else  %look for the full path if the file name has been defined with a relative path in PARAM.xm
    1136 % %             fullname=fullfile(path_civ,Param.xml.(bin_name{1}));
    1137 % %             if exist(fullname,'file')
    1138 % %                 Param.xml.(bin_name{1})=fullname;
    1139 % %             else
    1140 % %                 errormsg=['Binary ' Param.xml.(bin_name{1}) ' specified in PARAM.xml does not exist'];
    1141 % %                 return
    1142 % %             end
    1143 % %         end
    1144 % %     end
    1145 % % end
    1146 % % if strcmp(Param.Program,'civ_matlab.sh')
    1147 % %     if ~exist(fullfile(path_civ,'civ_matlab.sh'),'file')
    1148 % %         errormsg=[{'no file civ_matlab.sh found'}; {'run compile_functions.m to create it by compiling civ_matlab.m'}];
    1149 % %             return
    1150 % %     end
    1151 % % end
    1152 % %
    1153 % % %% set the list of files and check them
    1154 % % display('checking the files...')
    1155 % % [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles);
    1156 % % if ~isempty(errormsg)
    1157 % %     return
    1158 % % end
    1159 % % [filecell,i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2,nom_type_nc,tild,tild,compare,errormsg]=...
    1160 % %     set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,box_test);
    1161 % % if ~isempty(errormsg)
    1162 % %     return
    1163 % % end
    1164 % % set(handles.civ_input,'UserData',filecell);%store for futur use of status callback
    1165 % % display('files OK, processing...')
    1166 % %
    1167 % % %% create subfolders for log, cmx, nml, xml, bat
    1168 % % RootBat=fileparts(filecell.nc.civ1{1,1});
    1169 % % switch(Param.Program)
    1170 % %     case {'CivX','CivAll'}
    1171 % % dir_list={'0_BAT','0_CMX','0_LOG'};
    1172 % %     case {'civ_matlab','civ_matlab.sh'}
    1173 % %         dir_list={'0_BAT','0_XML'};
    1174 % % end
    1175 % % for k=1:length(dir_list)
    1176 % %     if ~exist(fullfile(RootBat,dir_list{k}),'dir')
    1177 % %         mkdir(fullfile(RootBat,dir_list{k}));
    1178 % %     end
    1179 % % end
    1180 %
    1181 % %% get information on input images or movies
    1182 % nbfield=numel(i1_civ1);
    1183 % nbslice=numel(j1_civ1);
    1184 % % if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
    1185 %     if Param.CheckCiv1
    1186 %         [Param.Civ1.FileTypeA,ImageInfoA_civ1,Param.Civ1.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ1{1});
    1187 %         [Param.Civ1.FileTypeB,ImageInfoB_civ1,Param.Civ1.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ1{1});
    1188 %     end
    1189 %     if Param.CheckCiv2
    1190 %         [Param.Civ2.FileTypeA,ImageInfoA_civ2,Param.Civ2.ImageA]=get_file_type(filecell.ima1.civ2{1});
    1191 %         [Param.Civ2.FileTypeB,ImageInfoB_civ2,Param.Civ2.ImageB]=get_file_type(filecell.ima2.civ2{1});
    1192 %     end
    1193 % % end
    1194 %
    1195 % %% MAIN LOOP
    1196 % time=get(handles.ImaDoc,'UserData'); %get the set of times
    1197 % TimeUnit=get(handles.TimeUnit,'String');
    1198 % checkframe=strcmp(TimeUnit,'frame');
    1199 % batch_file_list=[];%should be renamed file_list, can be used for xml or bash files
    1200 % NomTypeIma=get(handles.NomType,'String');
    1201 % for ifile=1:nbfield
    1202 %     for j=1:nbslice
    1203 %             
    1204 %         % define output file name
    1205 %         if Param.CheckCiv2==1 || Param.CheckFix2==1 || Param.CheckPatch2==1
    1206 %             Param.OutputFile=filecell.nc.civ2{ifile,j};
    1207 %         else
    1208 %             Param.OutputFile=filecell.nc.civ1{ifile,j};
    1209 %         end
    1210 %         Param.OutputFile=regexprep(Param.OutputFile,'.nc','');
    1211 %
    1212 %         if Param.CheckCiv1
    1213 %             % read image-dependent parameters         
    1214 %             if ~checkframe% && size(time,1)>=i2_civ1(ifile) && size(time,2)>=j2_civ1(j)
    1215 %                 Param.Civ1.Dt=(time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)-time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1));
    1216 %             else
    1217 %                 Param.Civ1.Dt=1;
    1218 %             end
    1219 %             Param.Civ1.Time=((time(i2_civ1(ifile)+1,j2_civ1(j)+1)+time(i1_civ1(ifile)+1,j1_civ1(j)+1))/2);
    1220 %             if strcmp(Param.Program,'CivX')
    1221 %                 Param.Civ1.term_a=num2stra(j1_civ1(j),nom_type_nc);%UTILITE?
    1222 %                 Param.Civ1.term_b=num2stra(j2_civ1(j),nom_type_nc);%
    1223 %             end
    1224 %             Param.Civ1.ImageA=filecell.ima1.civ1{ifile,j};
    1225 %             Param.Civ1.ImageB=filecell.ima2.civ1{ifile,j};
    1226 %             Param.Civ1.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ1.BitDepth;
    1227 %             Param.Civ1.ImageWidth=ImageInfoA_civ1.Width;
    1228 %             Param.Civ1.ImageHeight=ImageInfoA_civ1.Height;
    1229 %             if strcmp(NomTypeIma,'*')
    1230 %                 Param.Civ1.FrameIndexA=i1_civ1(ifile);
    1231 %                 Param.Civ1.FrameIndexB=i2_civ1(ifile);
    1232 %             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
    1233 %                 Param.Civ1.FrameIndexA=j1_civ1(j);
    1234 %                 Param.Civ1.FrameIndexB=j2_civ1(j);
    1235 %             end
    1236 %             % read mask )parameters
    1237 %             if Param.Civ1.CheckMask % the lines below should be changed with the new gui
    1238 %                 if ~exist(Param.Civ1.Mask,'file')
    1239 %                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ1.Mask]; %
    1240 %                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ1.Mask(1:end-4)); %
    1241 %                     i1_mask=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1242 %                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
    1243 %                     Param.Civ1.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
    1244 %                 end
    1245 %             end
    1246 %             % read grid parameters
    1247 %             if Param.Civ1.CheckGrid
    1248 %                 if numel(Param.Civ1.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ1.Grid(end-3:end),'grid')
    1249 %                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ1.Grid(1:end-4)); %
    1250 %                     if ~isnan(nbslice_grid)
    1251 %                         i1_grid=mod(i1_civ1(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1252 %                         Param.Civ1.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',Param.Civ1.Grid,'.grid','_1',i1_grid)];
    1253 %                         if ~exist(Param.Civ1.GridName,'file')
    1254 %                             errormsg='grid file absent for civ1';
    1255 %                             return
    1256 %                         end
    1257 %                     elseif ~exist(Param.Civ1.Grid,'file')
    1258 %                         errormsg='grid file absent for civ1';
    1259 %                         return
    1260 %                     end
    1261 %                 end
    1262 %             end
    1263 %             
    1264 %         end
    1265 %         
    1266 %         if Param.CheckCiv2==1
    1267 %             Param.Civ2.ImageA=filecell.ima1.civ2{ifile,j};
    1268 %             Param.Civ2.ImageB=filecell.ima2.civ2{ifile,j};         
    1269 %             if ~checkframe %&& size(time,1)>=i2_civ2(ifile) && size(time,2)>=j2_civ2(j)
    1270 %                 Param.Civ2.Dt=time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)-time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1);
    1271 %             else
    1272 %                 Param.Civ2.Dt=1;
    1273 %             end
    1274 %             Param.Civ2.Time=(time(i2_civ2(ifile)+1,j2_civ2(j)+1)+time(i1_civ2(ifile)+1,j1_civ2(j)+1))/2;
    1275 %             if strcmp(Param.Program,'CivX')
    1276 %                 Param.Civ2.term_a=num2stra(j1_civ2(j),nom_type_nc);
    1277 %                 Param.Civ2.term_b=num2stra(j2_civ2(j),nom_type_nc);
    1278 %             end
    1279 %             Param.Civ2.filename_nc1=filecell.nc.civ1{ifile,j};
    1280 %             Param.Civ2.filename_nc1(end-2:end)=[]; % remove '.nc'
    1281 %             
    1282 %             % mask
    1283 %             if Param.Civ2.CheckMask
    1284 %                 if ~exist(Param.Civ2.Mask,'file')
    1285 %                     maskbase=[filecell.filebase '_' Param.Civ2.Mask]; %
    1286 %                     nbslice_mask=str2double(Param.Civ2.Mask(1:end-4)); %
    1287 %                     i1_mask=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_mask)+1;
    1288 %                     [RootPathMask,RootFileMask]=fileparts(maskbase);
    1289 %                     Param.Civ2.Mask=fullfile_uvmat(RootPathMask,[],RootFileMask,'.png','_1',i1_mask);
    1290 %                     %                     Param.Civ2.Mask=name_generator(maskbase,i1_mask,1,'.png','_i');
    1291 %                 end
    1292 %             end
    1293 %             %grid
    1294 %             if Param.Civ2.CheckGrid
    1295 %                 if numel(Param.Civ2.Grid)>=4 && isequal(Param.Civ2.Grid(end-3:end),'grid')
    1296 %                     nbslice_grid=str2double(Param.Civ2.Grid(1:end-4)); %
    1297 %                     if ~isnan(nbslice_grid)
    1298 %                         i1_grid=mod(i1_civ2(ifile)-1,nbslice_grid)+1;
    1299 %                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' fullfile_uvmat('','',gridname,'.grid','_1',i1_grid)];
    1300 %                         %                         Param.Civ2.Grid=[filecell.filebase '_' name_generator(gridname,i1_grid,1,'.grid','_i')];
    1301 %                     end
    1302 %                 end
    1303 %             end
    1304 %
    1305 %             Param.Civ2.ImageBitDepth=ImageInfoA_civ2.BitDepth;
    1306 %             Param.Civ2.ImageWidth=ImageInfoA_civ2.Width;
    1307 %             Param.Civ2.ImageHeight=ImageInfoA_civ2.Height;
    1308 %             if strcmp(NomTypeIma,'*')
    1309 %                 Param.Civ2.FrameIndexA=i1_civ2(ifile);
    1310 %                 Param.Civ2.FrameIndexB=i2_civ2(ifile);
    1311 %             else% case of movies indexed with i, the frame index is then in j
    1312 %                 Param.Civ2.FrameIndexA=j1_civ2(j);
    1313 %                 Param.Civ2.FrameIndexB=j2_civ2(j);
    1314 %             end
    1315 %         end
    1316 %       
    1317 %         % write the command and eventually the cmx, xml or nml files
    1318 %         cmd=write_cmd(Param);
    1319 %         write_param(Param);
    1320 %               
    1321 %         % create the command file name .m, .bat or .sh depending on the ok option
    1322 %         switch Param.Program
    1323 %             case {'civ_matlab'}
    1324 %                 filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.m');           
    1325 %                 [BatRoot,BatFile]=fileparts(filename_bat);
    1326 %                  BatFile=regexprep(BatFile,'-','__');%transform name to suppress'-' (not valid for .m files)
    1327 %                  filename_bat=[fullfile(BatRoot,BatFile) '.m'];
    1328 %             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
    1329 %                 switch computer
    1330 %                     case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1331 %                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.bat');
    1332 %                     case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1333 %                         filename_bat=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
    1334 %                 end
    1335 %         end
    1336 %         
    1337 %         % print the command in the bat file
    1338 %         [fid,message]=fopen(filename_bat,'w');
    1339 %         if isequal(fid,-1)
    1340 %             errormsg=['creation of .bat file: ' message];
    1341 %             return
    1342 %         end
    1343 %         fprintf(fid,cmd);
    1344 %         fclose(fid);
    1345 %         
    1346 %         % special case for civ_matlab on cluster
    1347 %         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab') && strcmp(Param.RunMode,'cluster')
    1348 %             filename_bat2=regexprep(Param.OutputFile,'(.+)([/\\])(.+$)','$1$20_BAT$2$3.sh');
    1349 %             [fid,message]=fopen(filename_bat2,'w');
    1350 %             if isequal(fid,-1)
    1351 %                 errormsg=['creation of .bat file: ' message];
    1352 %                 return
    1353 %             end
    1354 %             fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
    1355 %                 '/etc/sysprofile \n'...
    1356 %                 'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm <<END_MATLAB \n'...
    1357 %                 'addpath(''' path_civ ''');\n']);
    1358 % %             for p=1:length(batch_file_list)
    1359 %                 fprintf(fid,['run ' filename_bat '\n']);
    1360 % %             end
    1361 %             fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
    1362 %             fclose(fid);
    1363 %             filename_bat=filename_bat2;
    1364 %         end
    1365 %         
    1366 %         switch computer
    1367 %             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1368 %                 system(['chmod +x ' filename_bat]);
    1369 %         end
    1370 %         batch_file_list{length(batch_file_list)+1}=filename_bat;
    1371 %     end
    1372 % end
    1373 %
    1374 % %% start calculation
    1375 % %computation on cluster
    1376 % %if batch ==3
    1377 % switch Param.RunMode,
    1378 %     case 'cluster'
    1379 %         switch batch_mode
    1380 %             case 'sge' %at the moment only psmn ENS Lyon uses it
    1381 %                 for p=1:length(batch_file_list)
    1382 %                     %cmd=['!qsub -p ' pvalue ' -q civ_input.q -e ' flname '.errors -o ' flname '.log' ' ' batch_file_list{p}];
    1383 %                     cmd=['!qsub -q piv1,piv2,piv3 '...
    1384 %                         '-e ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -o ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
    1385 %                         ' -v ' 'LD_LIBRARY_PATH=/home/sjoubaud/matlab_sylvain/civx/lib ' batch_file_list{p}];
    1386 %                     display(cmd);eval(cmd);
    1387 %                 end
    1388 %             case 'oar_old' % to remove
    1389 %                 for p=1:length(batch_file_list)
    1390 %                     oar_command=['!oarsub -n CIVX -q nicejob '...
    1391 %                         '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.errors') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'.bat','.log ')...
    1392 %                         '-l "/core=1+{type = ''smalljob''}/licence=1,walltime=00:60:00"   ' batch_file_list{p}];
    1393 %                     display(oar_command);eval(oar_command);
    1394 %                 end
    1395 %             case 'oar'
    1396 %                 max_walltime=3600*12; % 12h max
    1397 %                 oar_modes={'oar-parexec','oar-dispatch','mpilauncher'};
    1398 %                 text={'Batch processing on servcalcul3 LEGI';...
    1399 %                     'Please choose one of the followint modes';...
    1400 %                     '* oar-parexec : default and best choice';...
    1401 %                     '* oar-dispatch : jobs in a container of several cores';...
    1402 %                     '* mpilauncher : one single parallel mpi job using several cores';...
    1403 %                     '**********************************'...
    1404 %                     };
    1405 %                 [S,v]=listdlg('PromptString',text,'ListString',oar_modes,...
    1406 %                     'SelectionMode','single','ListSize',[400 100],'Name','LEGI job mode');
    1407 %                 switch oar_modes{S}
    1408 %                     case 'oar-parexec' %oar-dispatch.pl
    1409 %                         if strcmp(Param.Program,'civ_matlab')
    1410 %                             ncores=1;
    1411 %                             msgbox_uvmat('WARNING','Number of cores =1: select the compiled version civ_matlab.sh for multi-core processing');
    1412 %                         else
    1413 %                         answer=inputdlg({'Number of cores (max 36)','extra oar options'},'oarsub parameter',1,{'12',''});
    1414 %                         ncores=str2double(answer{1});
    1415 %                         end
    1416 %
    1417 %                         extra_oar=answer{2};
    1418 %                         walltime_onejob=600;%seconds
    1419 %                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1420 %                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1421 %                         for p=1:length(batch_file_list)
    1422 %                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
    1423 %                         end
    1424 %                         fclose(fid);
    1425 %                         oar_command=['oarsub -n CIVX '...
    1426 %                             '-t idempotent --checkpoint ' num2str(walltime_onejob+60) ' '...
    1427 %                             '-l /core=' num2str(ncores) ','...
    1428 %                             'walltime=' datestr(min(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,max_walltime/86400),13) ' '...
    1429 %                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
    1430 %                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
    1431 %                             extra_oar ' '...
    1432 %                             '"oar-parexec -s -f ' filename_joblist ' '...
    1433 %                             '-l ' filename_joblist '.log"\n'];
    1434 %                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1435 %                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
    1436 %                         fprintf(fid,oar_command);
    1437 %                         fclose(fid);
    1438 %                         fprintf(oar_command);% display in command line
    1439 %                         system(oar_command);
    1440 % %                         eval(['! . ' filename
    1441 % %                             _oarcommand])
    1442 %                     case 'oar-dispatch' %oar-dispatch.pl
    1443 %                         ncores=str2double(...
    1444 %                             inputdlg('Number of cores (max 36)','oarsub parameter',1,{'6'})...
    1445 %                             );
    1446 %                         walltime_onejob=600;%seconds
    1447 %                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1448 %                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1449 %                         for p=1:length(batch_file_list)
    1450 %                             oar_command=['oarsub -n CIVX '...
    1451 %                                 '-E ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stderr') ' -O ' regexprep(batch_file_list{p},'\.bat\>','.stdout ')...
    1452 %                                 '-l "/core=1,walltime=' datestr(walltime_onejob/86400,13) '"   ' batch_file_list{p}];
    1453 %                             fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    1454 %                         end
    1455 %                         fclose(fid);
    1456 %                         oar_command=['oarsub -t container -n civx-container '...
    1457 %                             '-l /core=' num2str(ncores)...
    1458 %                             ',walltime=' datestr(1.05*walltime_onejob/86400*max(length(batch_file_list),ncores)/ncores,13) ' '...
    1459 %                             '-E ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stderr') ' '...
    1460 %                             '-O ' regexprep(filename_joblist,'\.txt\>','.stdout') ' '...
    1461 %                             '"oar-dispatch -f ' filename_joblist '"'];
    1462 %                         filename_oarcommand=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1463 %                         fid=fopen(filename_oarcommand,'w');
    1464 %                         fprintf(fid,[oar_command '\n']);
    1465 %                         fclose(fid);
    1466 %                         display(oar_command);
    1467 %                         eval(['! . ' filename_oarcommand])
    1468 %                     case 'mpilauncher'
    1469 %                         filename_joblist=fullfile(RootBat,'job_list.txt');
    1470 %                         fid=fopen(filename_joblist,'w');
    1471 %                         
    1472 %                         for p=1:length(batch_file_list)
    1473 %                             fprintf(fid,[batch_file_list{p} '\n']);
    1474 %                         end
    1475 %                         fclose(fid)
    1476 %                         text_oarscript=[...
    1477 %                             '#!/bin/bash \n'...
    1478 %                             '#OAR -n Mylauncher \n'...
    1479 %                             '#OAR -l node=4/core=5,walltime=0:15:00 \n'...
    1480 %                             '#OAR -E ' fullfile(RootBat,'stderrfile.log') ' \n'...
    1481 %                             '#OAR -O ' fullfile(RootBat,'stdoutfile.log') ' \n'...
    1482 %                             '# ========================================================= \n'...
    1483 %                             '# This simple program launch a multinode parallel OpenMPI mpilauncher \n'...
    1484 %                             '# application for coriolis PIV post-processing. \n'...
    1485 %                             '# OAR uses oarshmost wrapper to propagate the user environement. \n'...
    1486 %                             '# This wrapper assert that the user has the same environment on all the \n'...
    1487 %                             '# allocated nodes (basic behavior needed by most MPI applications).  \n'...
    1488 %                             '# \n'...
    1489 %                             '# REQUIREMENT: \n'...
    1490 %                             '# the oarshmost wrapper should be installed in $HOME/bin directory. \n'...
    1491 %                             '# If a different location is used, change the line following the comment "Bidouille" \n'...
    1492 %                             '# ========================================================= \n'...
    1493 %                             '#   USER should only modify these 2 lines  \n'...
    1494 %                             'WORKDIR=' pwd ' \n'...
    1495 %                             'COMMANDE="mpilauncher  -f ' filename_joblist '" \n'...
    1496 %                             '# ========================================================= \n'...
    1497 %                             '# DO NOT MODIFY the FOLOWING LINES. (or be carefull) \n'...
    1498 %                             'echo "job starting on: "`hostname` \n'...
    1499 %                             'MPINODES="-host `tr [\\\\\\n] [,] <$OAR_NODEFILE |sed -e "s/,$/ /"`" \n'...
    1500 %                             'NCPUS=`cat $OAR_NODEFILE |wc -l` \n'...
    1501 %                             '#========== Bidouille ============== \n'...
    1502 %                             'export OMPI_MCA_plm_rsh_agent=oar-envsh \n'...%                     'cd $WORKDIR \n'...
    1503 %                             'CMD="mpirun -np $NCPUS -wdir $WORKDIR $MPINODES $COMMANDE" \n'...
    1504 %                             'echo "I run: $CMD"  \n'...
    1505 %                             '$CMD \n'...
    1506 %                             'echo "job ending" \n'...
    1507 %                             ];
    1508 %                         %                 oarsub -S ./oar.sub
    1509 %                         filename_oarscript=fullfile(RootBat,'oar_command');
    1510 %                         fid=fopen(filename_oarscript,'w');
    1511 %                         fprintf(fid,[text_oarscript]);
    1512 %                         fclose(fid);
    1513 %                         eval(['!chmod +x  ' filename_oarscript]);
    1514 %                         eval(['!oarsub -S ' filename_oarscript]);
    1515 %                 end
    1516 %         end
    1517 %     case {'background','local'}
    1518 %         switch Param.Program
    1519 %             case {'civ_matlab'}
    1520 %                 switch Param.RunMode
    1521 %                     case 'background'
    1522 %                         switch computer
    1523 %                             case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1524 %                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1525 %                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1526 %                                 if fid==-1
    1527 %                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1528 %                                     return
    1529 %                                 end
    1530 %                                  fprintf(fid,['matlab -automation '...
    1531 %                                      '-r "addpath(''' regexprep(path_civ,'\\','\\\\') ''');']);
    1532 %                                 for p=1:length(batch_file_list)
    1533 %                                     fprintf(fid,['run ' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') ';']);
    1534 %                                 end
    1535 %                                  fprintf(fid, 'exit"');
    1536 %                                 fclose(fid);
    1537 %                                 dos([filename_superbat ' &']);
    1538 %                             case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1539 %                                 filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.sh');
    1540 %                                 fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1541 %                                 if fid==-1
    1542 %                                     msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1543 %                                     return
    1544 %                                 end
    1545 %                                 fprintf(fid,['#!/bin/bash \n' ...
    1546 %                                     '/etc/sysprofile \n'...
    1547 %                                     'matlab -nodisplay -nosplash -nojvm -logfile  <<END_MATLAB \n'...
    1548 %                                     'addpath(''' path_civ ''');\n']);
    1549 %                                 for p=1:length(batch_file_list)
    1550 %                                     fprintf(fid,['run ' batch_file_list{p} '\n']);
    1551 %                                 end
    1552 %                                 fprintf(fid, 'exit\nEND_MATLAB\n');
    1553 %                                 fclose(fid);
    1554 %                                 system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1555 %                                 system([filename_superbat ' &']);
    1556 %                         end
    1557 %                     case 'local'
    1558 %                         for p=1:length(batch_file_list)
    1559 %                             fid=fopen(batch_file_list{p});
    1560 %                             eval(fscanf(fid,'%s'));
    1561 %                             fclose(fid);
    1562 %                         end
    1563 %                 end
    1564 %             case {'CivX','CivAll','civ_matlab.sh'}
    1565 %                     switch computer
    1566 %                         case {'PCWIN','PCWIN64'}
    1567 %                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1568 %                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1569 %                             if fid==-1
    1570 %                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1571 %                                 return
    1572 %                             end
    1573 %                             for p=1:length(batch_file_list)
    1574 %                                 fprintf(fid,['@call "' regexprep(batch_file_list{p},'\\','\\\\') '"' '\n']);
    1575 %                             end
    1576 %                             fclose(fid);
    1577 %                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1578 %                         case {'GLNX86','GLNXA64','MACI64'}
    1579 %                             filename_superbat=fullfile(RootBat,'job_list.bat');
    1580 %                             fid=fopen(filename_superbat,'w');
    1581 %                             if fid==-1
    1582 %                                 msgbox_uvmat('ERROR',['cannot create the command file ' filename_superbat])
    1583 %                                 return
    1584 %                             end
    1585 %                             for p=1:length(batch_file_list)
    1586 %                                 fprintf(fid,['sh ' batch_file_list{p} '\n']);
    1587 %                             end
    1588 %                             fclose(fid);
    1589 %                             system(['chmod +x ' filename_superbat]);
    1590 %                     end
    1591 %                 switch Param.RunMode
    1592 %                     case 'background'
    1593 %                         system([filename_superbat ' &']);% execute main commmand see what it does in dos ?
    1594 %                     case 'local'
    1595 %                         system(filename_superbat);
    1596 %                 end
    1597 %         end
    1598 % end
    1599 %
    1600 %
    1601 % %% save interface state
    1602 % if isfield(filecell,'nc')
    1603 %     if isfield(filecell.nc,'civ2')
    1604 %         fileresu=filecell.nc.civ2{1,1};
    1605 %     else
    1606 %         fileresu=filecell.nc.civ1{1,1};
    1607 %     end
    1608 % end
    1609 % [RootPath,SubDir,RootFile]=fileparts_uvmat(fileresu);
    1610 % namedoc=fullfile(RootPath,SubDir,RootFile);
    1611 % detect=1;
    1612 % while detect==1
    1613 %     namefigfull=[namedoc '.fig'];
    1614 %     hh=dir(namefigfull);
    1615 %     if ~isempty(hh)
    1616 %         detect=1;
    1617 %         namedoc=[namedoc '.0'];
    1618 %     else
    1619 %         detect=0;
    1620 %     end
    1621 % end
    1622 % Param=rmfield(Param,'status');
    1623 % Param=rmfield(Param,'xml');
    1624 % t=struct2xml(Param);
    1625 % t=set(t,1,'name','Civ');% set the head label
    1626 % save(t,[namedoc '.civ.xml']); %save GUI  parameters as xml file
    1627 % % saveas(gcbf,namefigfull);%save the interface with name namefigfull (A CHANGER EN FICHIER  .xml)
    1628 %
    1629 % %Save info in personal profile (initiate browser next time) TODO
    1630 % MenuFile={};
    1631 % dir_perso=prefdir;
    1632 % profil_perso=fullfile(dir_perso,'uvmat_perso.mat');
    1633 % if exist(profil_perso,'file')
    1634 %     hh=load (profil_perso);
    1635 %       if isfield(hh,'MenuFile')
    1636 %           MenuFile=hh.MenuFile;
    1637 %       end
    1638 %       if isfield(filecell.nc,'civ2')
    1639 %           MenuFile=[filecell.nc.civ2{1,1}; MenuFile];
    1640 %       else
    1641 %            MenuFile=[filecell.nc.civ1{1,1}; MenuFile];
    1642 %       end
    1643 %       save (profil_perso,'MenuFile','-append'); %store the file names for future opening of uvmat
    1644 % else
    1645 %     MenuFile=filecell.ima1.civ1(1,1);
    1646 %     save (profil_perso,'MenuFile')
    1647 % end
    1648 
    1649 % %------------------------------------------------------------------------
    1650 % % --- determine the list of reference indices of processing file
    1651 % function [ref_i,ref_j,errormsg]=find_ref_indices(handles)
    1652 % %------------------------------------------------------------------------
    1653 % errormsg=''; %default error message
    1654 % first_i=str2double(get(handles.first_i,'String'));%first index i
    1655 % last_i=str2double(get(handles.last_i,'String'));%last index i
    1656 % incr_i=str2double(get(handles.incr_i,'String'));% increment
    1657 % if isequal(get(handles.first_j,'Visible'),'on')
    1658 %     first_j=str2double(get(handles.first_j,'String'));%first index j
    1659 %     last_j=str2double(get(handles.last_j,'String'));%last index j
    1660 %     incr_j=str2double(get(handles.incr_j,'String'));% increment
    1661 % else
    1662 %     first_j=1;
    1663 %     last_j=1;
    1664 %     incr_j=1;
    1665 % end
    1666 % ref_i=first_i:incr_i:last_i;% list of i indices (reference values for each pair)
    1667 % ref_j=first_j:incr_j:last_j;% list of j indices (reference values for each pair)
    1668 % if isnan(first_i)||isnan(first_j)
    1669 %     errormsg='first field number not defined';
    1670 % elseif isnan(last_i)||isnan(last_j)
    1671 %     errormsg='last field number not defined';
    1672 % elseif isnan(incr_i)||isnan(incr_j)
    1673 %     errormsg='increment in field number not defined';
    1674 % elseif last_i < first_i || last_j < first_j
    1675 %     errormsg='last field number must be larger than the first one';
    1676 % end
    1677 
    1678 %------------------------------------------------------------------------
    1679 % --- determine the list of filenames and indices needed for launch_job
    1680 %------------------------------------------------------------------------
    1681 % OUTPUT:
    1682 % filecell: structure of cell arrays {ref_i,ref_j} containing all the filenames involved in the civ_input process
    1683 %    the indices ref_i and ref_j correspond to the list of reference indices
    1684 %       .filebase=fullfile(RootPath,RootFile) used to construct mask names, grid names, CivDoc xml file
    1685 %       .ima1.civ1,.ima1.civ2: first image for civ1 and civ2 respectively (possibly different)
    1686 %       .ima2.civ1,.ima2.civ2: second image for civ1 and civ2 respectively (possibly different)
    1687 %       .nc.civ1,.nc.civ2: netcdf files containing civ1 and civ2 data respectively (possibly different)
    1688 % i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2: arrays of files indices, needed for timing records
    1689 function [filecell,i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2,NomType_nc,file_ref_fix1,file_ref_fix2,compare,errormsg]=...
    1690     set_civ_filenames(handles,ref_i,ref_j,checkbox)
    1691 %------------------------------------------------------------------------
    1692 filecell=[];%default
    1693 errormsg='';
    1694 ListProgram=get(handles.Program,'String');
    1695 CivMode=ListProgram{get(handles.Program,'Value')};%Program to use , CivX or Matlab
    1696 
    1697 %% get the root name and check dir
    1698 RootPath=get(handles.RootPath,'String');
    1699 SubDirImages=get(handles.SubDirImages,'String');
    1700 RootFile=get(handles.RootFile,'String');
    1701 filecell.filebase=fullfile(RootPath,SubDirImages,RootFile);
    1702 if isempty(filecell.filebase)
    1703     errormsg='please open an image with the upper menu option Open/Browse...';
    1704     return
    1705 end
    1706 if ~exist(RootPath,'dir')
    1707     errormsg=['path to images ' RootPath ' not found'];
    1708     return
    1709 end
    1710 [tild,message]=fileattrib(RootPath);
    1711 if ~isempty(message) && ~isequal(message.UserWrite,1)
    1712     errormsg=['No writting access to ' RootPath];
    1713     return
    1714 end
    1715 %check result directory
    1716 subdir_civ1=regexprep(get(handles.SubdirCiv1,'String'),'^.','');%subdirectory subdir_civ1 for the netcdf output data
    1717 subdir_civ2=regexprep(get(handles.SubdirCiv2,'String'),'^.','');
    1718 if isequal(subdir_civ1,''),subdir_civ1='civ'; end% put default subdir
    1719 % subdir_civ1=[ '.' subdir_civ1];
    1720 % subdir_civ2=[ '.' subdir_civ2];
    1721 if isequal(subdir_civ2,''),subdir_civ2=subdir_civ1; end% put default subdir
    1722 subdir_civ1=[SubDirImages '.' subdir_civ1];
    1723 subdir_civ2=[SubDirImages '.' subdir_civ2];
    1724 
    1725 %% choose root names depending on ListCompareMode =displacement, shift, PIV or stereo PIV
    1726 ListCompareMode=get(handles.ListCompareMode,'String');
    1727 compare=ListCompareMode{get(handles.ListCompareMode,'Value')};
    1728 
    1729 % set the nomenclature type of the nc files depending on the pair mode
    1730 if strcmp(compare,'displacement')||strcmp(compare,'shift')
    1731     mode='displacement';
    1732 else
    1733     mode_list=get(handles.ListPairMode,'String');
    1734     mode_value=get(handles.ListPairMode,'Value');
    1735     mode=mode_list{mode_value};
    1736 end
    1737 NomType_ima2=get(handles.NomType,'String');
    1738 NomType_nc=nomtype2pair(NomType_ima2,mode);
    1739 
    1740 % set the rootfile and image indexing
    1741 RootFile_ima2=get(handles.RootFile,'String');%root file for the second image series
    1742 ext_ima=get(handles.ImaExt,'String'); % image extension (the same for all images)
    1743 switch compare
    1744     case {'PIV','PIV volume'}
    1745        RootFile_ima1=RootFile_ima2;% root name of the two image series is the same
    1746        NomType_ima1=NomType_ima2;% the index of the first image follows the index of the second one
    1747        RootFile_nc=RootFile_ima2;
    1748     case 'displacement'
    1749        RootFile_ima1=get(handles.RootFile_1,'String');% root name of the first image series set by handles.RootFile_1
    1750        NomType_ima1='';% no indexing of the first image, a fixed reference for the whole series
    1751        RootFile_nc=RootFile_ima2;
    1752     case 'shift'
    1753        RootFile_ima1=get(handles.RootFile_1,'String');% root name of the first image series set by handles.RootFile_1
    1754        NomType_ima1=NomType_ima2;% the index of the first image follows the index of the second one
    1755        RootFile_nc=[RootFile_ima1 '-' RootFile_ima2];
    1756 end
    1757 
    1758 %determine the list of file indices involved
    1759 [i1_civ1,i2_civ1,j1_civ1,j2_civ1,i1_civ2,i2_civ2,j1_civ2,j2_civ2]=...
    1760     find_pair_indices(handles,ref_i,ref_j,mode);
    1761 
    1762 %determine the new filebase for 'displacement' ListPairMode (comparison of two series)
    1763 %filebase_B=filebase;% root name of the second field series for stereo
    1764 % filebase_A=filebase;%default
    1765 % if strcmp(compare,'PIV')
    1766 %     filebase_AB=filebase;
    1767 % else
    1768 %     [Path2,Name2]=fileparts(filebase_B);
    1769 %     Name1=RootFile_ima1;
    1770 %     filebase_AB=fullfile(Path2,[Name2 '-' Name1]);   
    1771 % end
    1772 % [RootPath_AB,RootFile_AB]=fileparts(filebase_AB);
    1773 % % [RootPath_ima1,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_B);
    1774 % [RootPath_ima2,RootFile_ima2]=fileparts(filebase_B);
    1775 % [RootPath_nc,RootFile_nc]=fileparts(filebase_B);%default
    1776 % if strcmp(compare,'displacement')
    1777 % %     [RootPath_ima1,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_B);
    1778 % %     [RootPath_ima2,RootFile_ima2]=fileparts(filebase_B);
    1779 %     [RootPath_nc,RootFile_nc]=fileparts(filebase_B);
    1780 % elseif strcmp(compare,'shift')
    1781 %     RootPath_nc=RootPath_AB;
    1782 %     RootFile_nc=RootFile_AB;
    1783 % end
    1784 % else
    1785 %     filebase_ima1=filebase_B;
    1786 %     filebase_ima2=filebase_B;
    1787 %     filebase_nc=filebase_B;
    1788 % [RootPath_ima1,RootFile_ima1]=fileparts(filebase_ima1);
    1789 % [RootPath_ima2,RootFile_ima2]=fileparts(filebase_ima2);
    1790 % [RootPath_nc,RootFile_nc]=fileparts(filebase_nc);
    1791 % [RootPath_A,RootFile_A]=fileparts(filebase_A);
    1792 
    1793    
    1794 %% determine reference files for fix:
    1795 file_ref_fix1={};%default
    1796 file_ref_fix2={};
    1797 nbfield=length(i1_civ1);
    1798 nbslice=length(j1_civ1);
    1799 if checkbox(2)==1% fix1 performed
    1800     ref=get(handles.ref_fix1,'UserData');%read data on the ref file stored by get_ref_fix1_Callback
    1801     if ~isempty(ref)
    1802         first_i=str2double(get(handles.first_i,'String'));
    1803         last_i=str2double(get(handles.last_i,'String'));
    1804         incr_i=str2double(get(handles.incr_i,'String'));
    1805         first_j=str2double(get(handles.first_j,'String'));
    1806         last_j=str2double(get(handles.last_j,'String'));
    1807         incr_j=str2double(get(handles.incr_j,'String'));
    1808         num_i_ref=first_i:incr_i:last_i;
    1809         num_j_ref=first_j:incr_j:last_j;
    1810         if isequal(mode,'displacement')
    1811             num_i1=num_i_ref;
    1812             num_i2=num_i_ref;
    1813             num_j1=num_j_ref;
    1814             num_j2=num_j_ref;
    1815         elseif isequal(mode,'pair j1-j2')% isequal(mode,'st_pair j1-j2')
    1816             num_i1=num_i_ref;
    1817             num_i2=num_i1;
    1818             num_j1=ref.num_a*ones(size(num_i_ref));
    1819             num_j2=ref.num_b*ones(size(num_i_ref));
    1820         elseif isequal(mode,'series(Di)') % isequal(mode,'st_series(Di)')
    1821             delta1=floor((ref.num2-ref.num1)/2);
    1822             delta2=ceil((ref.num2-ref.num1)/2);
    1823             num_i1=num_i_ref-delta1*ones(size(num_i_ref));
    1824             num_i2=num_i_ref+delta2*ones(size(num_i_ref));
    1825             if isempty(ref.num_a)
    1826                 ref.num_a=1;
    1827             end
    1828             num_j1=ref.num_a*ones(size(num_i1));
    1829             num_j2=num_j1;
    1830         elseif isequal(mode,'series(Dj)')%| isequal(mode,'st_series(Dj)')
    1831             delta1=floor((ref.num_b-ref.num_a)/2);
    1832             delta2=ceil((ref.num_b-ref.num_a)/2);
    1833             num_i1=ref.num1*ones(size(num_i_ref));
    1834             num_i2=num_i1;
    1835             num_j1=num_j_ref-delta1*ones(size(num_j_ref));
    1836             num_j2=num_j_ref+delta2*ones(size(num_j_ref));
    1837         end
    1838         for ifile=1:nbfield
    1839             for j=1:nbslice
    1840                 [RootPathRef,RootFile]=fileparts(ref.filebase);
    1841                 file_ref=fullfile_uvmat(RootPathRef,ref.subdir,RootFile,'.nc',ref.NomType,num_i1(ifile),num_i2(ifile),num_j1(j),num_j2(j));
    1842                 file_ref_fix1(ifile,j)={file_ref};
    1843                 if ~exist(file_ref,'file')
    1844                     errormsg=['reference file ' file_ref ' not found for fix1'];
    1845                     return
    1846                 end
    1847             end
    1848         end
    1849     end
    1850 end
    1851 
    1852 %% determine reference files for fix2:
    1853 if checkbox(5)==1% fix2 performed
    1854     ref=get(handles.ref_fix2,'UserData');
    1855     if ~isempty(ref)
    1856         first_i=str2double(get(handles.first_i,'String'));
    1857         last_i=str2double(get(handles.last_i,'String'));
    1858         incr_i=str2double(get(handles.incr_i,'String'));
    1859         first_j=str2double(get(handles.first_j,'String'));
    1860         last_j=str2double(get(handles.last_j,'String'));
    1861         incr_j=str2double(get(handles.incr_j,'String'));
    1862         num_i_ref=first_i:incr_i:last_i;
    1863         num_j_ref=first_j:incr_j:last_j;
    1864         if isequal(mode,'displacement')
    1865             num_i1=num_i_ref;
    1866             num_i2=num_i_ref;
    1867             num_j1=num_j_ref;
    1868             num_j2=num_j_ref;
    1869         elseif isequal(mode,'pair j1-j2')
    1870             num_i1=num_i_ref;
    1871             num_i2=num_i1;
    1872             num_j1=ref.num_a;
    1873             num_j2=ref.num_b;
    1874         elseif isequal(mode,'series(Di)')
    1875             delta1=floor((ref.num2-ref.num1)/2);
    1876             delta2=ceil((ref.num2-ref.num1)/2);
    1877             num_i1=num_i_ref-delta1*ones(size(num_i_ref));
    1878             num_i2=num_i_ref+delta2*ones(size(num_i_ref));
    1879             num_j1=ref.num_a*ones(size(num_i1));
    1880             num_j2=num_j1;
    1881         elseif isequal(mode,'series(Dj)')
    1882             delta1=floor((ref.num_b-ref.num_a)/2);
    1883             delta2=ceil((ref.num_b-ref.num_a)/2);
    1884             num_i1=ref.num1*ones(size(num_i_ref));
    1885             num_i2=num_i1;
    1886             num_j1=num_j_ref-delta1*ones(size(num_j_ref));
    1887             num_j2=num_j_ref+delta2*ones(size(num_j_ref));
    1888         end
    1889         for ifile=1:nbfield
    1890             for j=1:nbslice
    1891                 [RootPathRef,RootFile]=fileparts(ref.filebase);
    1892                 file_ref=fullfile_uvmat(RootPathRef,ref.subdir,RootFile,'.nc',ref.NomType,num_i1(ifile),num_i2(ifile),num_j1(j),num_j2(j));
    1893                 file_ref_fix2(ifile,j)={file_ref};
    1894                 if ~exist(file_ref,'file')
    1895                     errormsg=['reference file ' file_ref ' not found for fix2'];
    1896                     return
    1897                 end
    1898             end
    1899         end
    1900     end
    1901 end
    1902 
    1903 %% check the existence of the netcdf and image files involved
    1904 % %%%%%%%%%%%%  case CheckCiv1 activated   %%%%%%%%%%%%%
    1905 if checkbox(1)==1;
    1906     detect=1;
    1907     vers=0;
    1908     subdir_civ1_new=subdir_civ1;
    1909     answer='No';
    1910     while detect==1 %create a new subdir if the netcdf files already exist
    1911         for ifile=1:nbfield
    1912             for j=1:nbslice
    1913                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1_new,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));
    1914                 detect=exist(filename,'file')==2;
    1915                 if detect% if a netcdf file already exists
    1916                     if strcmp(answer,'No')
    1917                         answer=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['overwrite existing civ files in ' subdir_civ1_new]);
    1918                     end
    1919                     if strcmp(answer,'Yes')
    1920                         detect=0;
    1921                         filecell.nc.civ1(ifile,j)={filename};
    1922                     else
    1923                         r=regexp(subdir_civ1_new,'(?<root>.*\D)(?<num1>\d+)$','names');%detect whether name ends by a number
    1924                         if isempty(r)
    1925                             r(1).root=[subdir_civ1_new '_'];
    1926                             r(1).num1='0';
    1927                         end
    1928                         subdir_civ1_new=[r(1).root num2str(str2num(r(1).num1)+1)];%increment the index by 1 or put 1
    1929                         subdir_civ2=subdir_civ1_new;
    1930                     end
    1931                     break
    1932                 end
    1933                 filecell.nc.civ1(ifile,j)={filename};
    1934             end
    1935             if detect% if a netcdf file already exists
    1936                 break
    1937             end
    1938         end
    1939  
    1940         %create the new SubdirCiv1
    1941         if ~exist(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new),'dir')     
    1942             [xx,msg1]=mkdir(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new));
    1943             if ~strcmp(msg1,'')
    1944                 errormsg=['cannot create ' subdir_civ1_new ': ' msg1];%error message for directory creation
    1945                 return
    1946             elseif isunix         
    1947                 [xx,msg2] = fileattrib(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new),'+w','g'); %yield writing access (+w) to user group (g)
    1948                 if ~strcmp(msg2,'')
    1949                     errormsg=['pb of permission for  ' fullfile(RootPath,subdir_civ1_new) ': ' msg2];%error message for directory creation
    1950                     return
    1951                 end
    1952             end
    1953         end
    1954         if strcmp(compare,'stereo PIV')&&(strcmp(mode,'pair j1-j2')||strcmp(mode,'series(Dj)')||strcmp(mode,'series(Di)'))%check second nc series
    1955             for ifile=1:nbfield
    1956                 for j=1:nbslice
    1957                      filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1_new,RootFile_A,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));
    1958                     detect=exist(filename,'file')==2;
    1959                     if detect% if a netcdf file already exists
    1960                        indstr=regexp(subdir_civ1_new,'\D');
    1961                        if indstr(end)<length(subdir_civ1_new) %subdir_civ1 ends by a number
    1962                            vers=str2double(subdir_civ1_new(indstr(end)+1:end))+1;
    1963                            subdir_civ1_new=[subdir_civ1_new(1:indstr(end)) num2str(vers)];
    1964                        else
    1965                            vers=vers+1;
    1966                            subdir_civ1_new=[subdir_civ1_new '_' num2str(vers)];
    1967                        end
    1968                        subdir_civ2=subdir_civ1;
    1969                        break
    1970                     end
    1971                     filecell.ncA.civ1(ifile,j)={filename};
    1972                 end
    1973                 if detect% if a netcdf file already exists
    1974                     break
    1975                 end
    1976             end
    1977             %create the new SubdirCiv1
    1978             if ~exist(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new),'dir')       
    1979                 [xx,msg1]=mkdir(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new));
    1980                 if ~strcmp(msg1,'')
    1981                     errormsg=['cannot create ' subdir_civ1_new ': ' msg1];
    1982                     return
    1983                 else
    1984                     [xx,msg2] = fileattrib(fullfile(RootPath,subdir_civ1_new),'+w','g'); %yield writing access (+w) to user group (g)
    1985                     if ~strcmp(msg2,'')
    1986                         errormsg=['pb of permission for ' subdir_civ1_new ': ' msg2];%error message for directory creation
    1987                         return
    1988                     end
    1989                 end
    1990             end
    1991         end
    1992     end
    1993     subdir_civ1=subdir_civ1_new;
    1994     % get image names
    1995     for ifile=1:nbfield
    1996         for j=1:nbslice
    1997              filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima1,ext_ima,NomType_ima1,i1_civ1(ifile),[],j1_civ1(j));
    1998             idetect(j)=exist(filename,'file')==2;
    1999             filecell.ima1.civ1(ifile,j)={filename}; %first image
    2000             filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima2,ext_ima,NomType_ima2,i2_civ1(ifile),[],j2_civ1(j));
    2001             idetect_1(j)=exist(filename,'file')==2;
    2002             filecell.ima2.civ1(ifile,j)={filename};%second image
    2003         end
    2004         [idetectmin,indexj]=min(idetect);
    2005         if idetectmin==0,
    2006             errormsg=[filecell.ima1.civ1{ifile,indexj} ' not found'];
    2007             return
    2008         end
    2009         [idetectmin,indexj]=min(idetect_1);
    2010         if idetectmin==0,
    2011             errormsg=[filecell.ima2.civ1{ifile,indexj} ' not found'];
    2012             return
    2013         end
    2014     end
    2015     if strcmp(compare,'stereo PIV') && (strcmp(mode,'pair j1-j2') || strcmp(mode,'series(Dj)') || strcmp(mode,'series(Di)'))
    2016         for ifile=1:nbfield
    2017             for j=1:nbslice
    2018                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,'',RootFile_A,ext_ima,NomType_ima1,i1_civ1(ifile),[],j1_civ1(j));
    2019                 idetect(j)=exist(filename,'file')==2;
    2020                 filecell.imaA1.civ1(ifile,j)={filename} ;%first image
    2021                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,'',RootFile_A,ext_ima,NomType_ima2,i2_civ1(ifile),[],j2_civ1(j));
    2022                 idetect_1(j)=exist(filename,'file')==2;
    2023                 filecell.imaA2.civ1(ifile,j)={filename};%second image
    2024             end
    2025             [idetectmin,indexj]=min(idetect);
    2026             if idetectmin==0,
    2027                 errormsg=[filecell.imaA1.civ1{ifile,indexj} ' not found'];
    2028                 return
    2029             end
    2030             [idetectmin,indexj]=min(idetect_1);
    2031             if idetectmin==0,
    2032                 errormsg=[filecell.imaA2.civ1{ifile,indexj} ' not found'];
    2033                 return
    2034             end
    2035         end
    2036     end
    2037    
    2038     %%%%%%%%%%%%%  checkfix1 or checkpatch1 activated but no checkciv1   %%%%%%%%%%%%%
    2039 elseif (checkbox(2)==1 || checkbox(3)==1);
    2040     for ifile=1:nbfield
    2041         for j=1:nbslice
    2042             filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));
    2043             detect=exist(filename,'file')==2;
    2044             if detect==0
    2045                 errormsg=[filename ' not found'];
    2046                 return
    2047             end
    2048             filecell.nc.civ1(ifile,j)={filename};
    2049         end
    2050     end
    2051     if strcmp(compare,'stereo PIV')
    2052         for ifile=1:nbfield
    2053             for j=1:nbslice
    2054                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile_A,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));
    2055                 filecell.ncA.civ1(ifile,j)={filename};
    2056                 if ~exist(filename,'file')
    2057                     errormsg=['input file ' filename ' not found'];
    2058                     return
    2059                 end
    2060             end
    2061         end
    2062     end
    2063 end
    2064 
    2065 %%%%%%%%%%%%%  if checkciv2 performed with pairs different than checkciv1  %%%%%%%%%%%%%
    2066 testdiff=0;
    2067 if (checkbox(4)==1)&&...
    2068         ((get(handles.ListPairCiv1,'Value')~=get(handles.ListPairCiv2,'Value'))||~strcmp(subdir_civ2,subdir_civ1))
    2069     testdiff=1;
    2070     detect=1;
    2071     vers=0;
    2072     subdir_civ2_new=subdir_civ2;
    2073     while detect==1 %create a new subdir if the netcdf files already exist
    2074         for ifile=1:nbfield
    2075             for j=1:nbslice
    2076                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2_new,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2077                 detect=exist(filename,'file')==2;
    2078                 if detect% if a netcdf file already exists
    2079                     indstr=regexp(subdir_civ2,'\D');
    2080                     if indstr(end)<length(subdir_civ2) %subdir_civ1 ends by a number
    2081                         vers=str2double(subdir_civ2(indstr(end)+1:end))+1;
    2082                         subdir_civ2_new=[subdir_civ2(1:indstr(end)) num2str(vers)];
    2083                     else
    2084                         vers=vers+1;
    2085                         subdir_civ2_new=[subdir_civ1 '_' num2str(vers)];
    2086                     end
    2087                     break
    2088                 end
    2089                 filecell.nc.civ2(ifile,j)={filename};
    2090             end
    2091             if detect% if a netcdf file already exists
    2092                 break
    2093             end
    2094         end
    2095         %create the new subdir_civ2_new
    2096         if ~exist(fullfile(RootPath,subdir_civ2_new),'dir')
    2097             [xx,m2]=mkdir(fullfile(RootPath,subdir_civ2_new));
    2098             [xx,msg2] = fileattrib(fullfile(RootPath,subdir_civ2_new),'+w','g'); %yield writing access (+w) to user group (g)
    2099             if ~isequal(m2,'')
    2100                 errormsg=['cannot create ' fullfile(RootPath,subdir_civ2_new) ': ' m2];
    2101                 return
    2102             end
    2103         end
    2104         if strcmp(compare,'stereo PIV')%check second nc series
    2105             for ifile=1:nbfield
    2106                 for j=1:nbslice
    2107                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2_new,RootFile_A,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2108                     detect=exist(filename,'file')==2;
    2109                     if detect% if a netcdf file already exists
    2110                         indstr=regexp(subdir_civ2,'\D');
    2111                         if indstr(end)<length(subdir_civ2) %subdir_civ1 ends by a number
    2112                            vers=str2double(subdir_civ2(indstr(end)+1:end))+1;
    2113                            subdir_civ2_new=[subdir_civ2(1:indstr(end)) num2str(vers)];
    2114                         else
    2115                            vers=vers+1;
    2116                            subdir_civ2_new=[subdir_civ1 '_' num2str(vers)];
    2117                         end
    2118                         break
    2119                     end
    2120                     filecell.ncA.civ2(ifile,j)={filename};
    2121                 end
    2122                 if detect% if a netcdf file already exists
    2123                     break
    2124                 end
    2125             end
    2126             subdir_civ2=subdir_civ2_new;
    2127             %create the new SubdirCiv1
    2128             if ~exist(fullfile(RootPath,subdir_civ2_new),'dir')
    2129                 [xx,m2]=mkdir(subdir_civ2_new);
    2130                  [xx,msg2] = fileattrib(fullfile(RootPath,subdir_civ2_new),'+w','g'); %yield writing access (+w) to user group (g)
    2131                 if ~isequal(m2,'')
    2132                     errormsg= ['cannot create ' fullfile(RootPath,subdir_civ2_new) ': ' m2];%error message for directory creation
    2133                     return
    2134                 end
    2135             end
    2136         end
    2137     end
    2138     subdir_civ2=subdir_civ2_new;
    2139 end
    2140 
    2141 %%%%%%%%%%%%%  if checkciv2 results are obtained or used  %%%%%%%%%%%%%
    2142 if checkbox(4)==1 || checkbox(5)==1 || checkbox(6)==1 %civ2
    2143     %check source netcdf file of checkciv1 estimates
    2144     if checkbox(1)==0; %no civ1 performed
    2145         for ifile=1:nbfield
    2146             for j=1:nbslice
    2147                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));%
    2148                 filecell.nc.civ1(ifile,j)={filename};% name of the civ1 file
    2149                 if ~exist(filename,'file')
    2150                     errormsg=['input file ' filename ' not found'];
    2151                     return
    2152                 end
    2153                 if ~testdiff % civ2 or patch2 are written in the same file as civ1
    2154                     if checkbox(4)==0 ; %check the existence of civ2 if it is not calculated
    2155                         Data=nc2struct(filename,'ListGlobalAttribute','CivStage','civ2');
    2156                         if isfield(Data,'Txt')
    2157                             errormsg=Data.Txt;
    2158                             return
    2159                         elseif ~isempty(Data.CivStage)% case of new civ files
    2160                             if Data.CivStage<4 %test for civ files
    2161                             errormsg=['no civ2 data in ' filename];
    2162                             return
    2163                             end
    2164                         elseif isempty(Data.civ2)||isequal(Data.civ2,0)
    2165                             errormsg=['no civ2 data in ' filename];
    2166                             return
    2167                         end
    2168                     elseif checkbox(3)==0; %check the existence of patch if it is not calculated
    2169                         Data=nc2struct(filename,'ListGlobalAttribute','CivStage','patch');
    2170                         if isfield(Data,'Txt')
    2171                             errormsg=Data.Txt;
    2172                             return
    2173                         elseif ~isempty(Data.CivStage)
    2174                             if Data.CivStage<3 %test for civ files
    2175                                 errormsg=['no patch data in ' filename];
    2176                                 return
    2177                             end
    2178                         elseif isempty(Data.patch)||isequal(Data.patch,0)
    2179                             errormsg=['no patch data in ' filename];
    2180                             return
    2181                         end
    2182                     end
    2183                 end
    2184             end
    2185         end
    2186         if strcmp(compare,'stereo PIV')
    2187             for ifile=1:nbfield
    2188                 for j=1:nbslice
    2189                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2,RootFile_A,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2190                     filecell.ncA.civ2(ifile,j)={filename};
    2191                     if ~exist(filename,'file')
    2192                         errormsg=['input file ' filename ' not found'];
    2193                         return
    2194                     end
    2195                 end
    2196             end
    2197         end
    2198     end
    2199    
    2200     detect=1;
    2201     %     while detect==1%creates a new subdir if the netcdf files already contain checkciv2 data
    2202     for ifile=1:nbfield
    2203         for j=1:nbslice
    2204             filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2205             detect=exist(filename,'file')==2;
    2206             filecell.nc.civ2(ifile,j)={filename};
    2207         end
    2208     end
    2209     %get first image names for checkciv2
    2210     if checkbox(1)==1 && isequal(i1_civ1,i1_civ2) && isequal(j1_civ1,j1_civ2)
    2211         filecell.ima1.civ2=filecell.ima1.civ1;
    2212     elseif checkbox(4)==1
    2213         for ifile=1:nbfield
    2214             for j=1:nbslice
    2215                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima1,ext_ima,NomType_ima1,i1_civ2(ifile),[],j1_civ2(j));
    2216                 idetect_2(j)=exist(filename,'file')==2;
    2217                 filecell.ima1.civ2(ifile,j)={filename};%first image
    2218             end
    2219             [idetectmin,indexj]=min(idetect_2);
    2220             if idetectmin==0,
    2221                errormsg=['input image ' filecell.ima1.civ2{ifile,indexj} ' not found'];
    2222                 return
    2223             end
    2224         end
    2225     end
    2226    
    2227     %get second image names for checkciv2
    2228     if checkbox(1)==1 && isequal(i2_civ1,i2_civ2) && isequal(j2_civ1,j2_civ2)
    2229         filecell.ima2.civ2=filecell.ima2.civ1;
    2230     elseif checkbox(4)==1
    2231         for ifile=1:nbfield
    2232             for j=1:nbslice
    2233                 filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima2,ext_ima,NomType_ima2,i2_civ2(ifile),[],j2_civ2(j));
    2234                 idetect_3(j)=exist(filename,'file')==2;
    2235                 filecell.ima2.civ2(ifile,j)={filename};%first image
    2236             end
    2237             [idetectmin,indexj]=min(idetect_3);
    2238             if idetectmin==0,
    2239                 errormsg=['input image ' filecell.ima2.civ2{ifile,indexj} ' not found'];
    2240                 return
    2241             end
    2242         end
    2243     end
    2244 end
    2245 if (checkbox(5) || checkbox(6)) && ~checkbox(4)  % need to read an existing netcdf civ2 file
    2246     if ~testdiff
    2247         filecell.nc.civ2=filecell.nc.civ1;% file already checked
    2248     else     % check the civ2 files
    2249         for ifile=1:nbfield
    2250             for j=1:nbslice
    2251                  filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2,RootFile_nc,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2252                 filecell.nc.civ2(ifile,j)={filename};
    2253                 if ~exist(filename,'file')
    2254                     errormsg=['input file ' filename ' not found'];
    2255                     return
    2256                 else
    2257                     Data=nc2struct(filename,'ListGlobalAttribute','CivStage','civ2');
    2258                     if ~isempty(Data.CivStage) && Data.CivStage<4 %test for civ files
    2259                             errormsg=['no civ2 data in ' filename];
    2260                             return
    2261                     elseif isempty(Data.civ2)||isequal(Data.civ2,0)
    2262                         errormsg=['no civ2 data in ' filename];
    2263                         return
    2264                     end
    2265                 end
    2266             end
    2267         end
    2268     end
    2269 end
    2270 
    2271 %%%%%%%%%%%%%  if stereo fields are calculated by PATCH %%%%%%%%%%%%%
    2272 if strcmp(compare,'stereo PIV')
    2273     if  checkbox(3) && isequal(get(handles.test_stereo1,'Value'),1)
    2274         for ifile=1:nbfield
    2275             for j=1:nbslice
    2276                  filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ1,RootFile_AB,'.nc',NomType_nc,i1_civ1(ifile),i2_civ1(ifile),j1_civ1(j),j2_civ1(j));
    2277                 filecell.st(ifile,j)={filename};
    2278             end
    2279         end
    2280     end
    2281     if  checkbox(6) && isequal(get(handles.CheckStereo,'Value'),1)
    2282         for ifile=1:nbfield
    2283             for j=1:nbslice
    2284                  filename=fullfile_uvmat(RootPath,subdir_civ2,RootFile_AB,'.nc',NomType_nc,i1_civ2(ifile),i2_civ2(ifile),j1_civ2(j),j2_civ2(j));
    2285                 filecell.st(ifile,j)={filename};
    2286             end
    2287         end
    2288     end
    2289 end
    2290 set(handles.SubdirCiv1,'String',regexprep(subdir_civ1,['^' SubDirImages],''));%suppress the root  SuddirImages;);%update the edit box
    2291 set(handles.SubdirCiv2,'String',regexprep(subdir_civ2,['^' SubDirImages],''));%update the edit box
    2292 
    2293 % For CivX COPY IMAGES TO THE FORMAT .png IF NEEDED
    2294 if strcmp(CivMode,'CivX')
    2295     NomType_imanew1=NomType_ima1;
    2296     NomType_imanew2=NomType_ima2;
    2297     if ~isequal(ext_ima,'.png')
    2298         if checkbox(1) %if civ1 is performed
    2299              [FileType,FileInfo,MovieObject]=get_file_type(filecell.ima1.civ1{1});
    2300             check_j=0;
    2301             if strcmp(FileType,'mmreader')||strcmp(FileType,'VideoReader')||strcmp(FileType,'multimage')
    2302                 if max(j1_civ1)>1
    2303                     check_j=1;
    2304                     NomType_imanew1='_1_1';
    2305                 else
    2306                     NomType_imanew1='_1';
    2307                 end
    2308             end
    2309             h = waitbar(0,'copy images to the .png format for civ1');% display a wait bar
    2310             for ifile=1:nbfield
    2311                 waitbar(ifile/nbfield);
    2312                 for j=1:nbslice
    2313                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima1,'.png',NomType_imanew1,i1_civ1(ifile),[],j1_civ1(j));
    2314                     if ~exist(filename,'file')
    2315                         if check_j
    2316                         A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,j1_civ1(j));
    2317                         else
    2318                             A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,i1_civ1(ifile));
    2319                         end
    2320                         imwrite(uint16(sum(A,3)),filename,'BitDepth',16);
    2321                     end
    2322                     filecell.ima1.civ1(ifile,j)={filename};
    2323                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima2,'.png',NomType_imanew1,i2_civ1(ifile),[],j2_civ1(j));
    2324                     if ~exist(filename,'file')
    2325                          if check_j
    2326                             A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,j2_civ1(j));
    2327                         else
    2328                             A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,i2_civ1(ifile));
    2329                          end
    2330                         imwrite(uint16(sum(A,3)),filename,'BitDepth',16);
    2331                     end
    2332                     filecell.ima2.civ1(ifile,j)={filename};
    2333                 end
    2334             end
    2335             close(h)
    2336         end
    2337         if checkbox(4) %if civ2 is performed
    2338              [FileType,FileInfo,MovieObject]=get_file_type(filecell.ima1.civ2{1});
    2339             check_j=0;
    2340             if strcmp(FileType,'mmreader')||strcmp(FileType,'VideoReader')||strcmp(FileType,'multimage')
    2341                 if max(j1_civ2)>1
    2342                     check_j=1;
    2343                     NomType_imanew1='_1_1';
    2344                 else
    2345                     NomType_imanew1='_1';
    2346                 end
    2347             end
    2348             h = waitbar(0,'copy images to the .png format for civ2');% display a wait bar
    2349             for ifile=1:nbfield
    2350                 waitbar(ifile/nbfield);
    2351                 for j=1:nbslice
    2352                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima1,'.png',NomType_imanew1,i1_civ2(ifile),[],j1_civ2(j));
    2353                     if ~exist(filename,'file')
    2354                         if check_j
    2355                         A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,j1_civ2(j));
    2356                         else
    2357                             A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,i1_civ2(ifile));
    2358                         end
    2359                         imwrite(uint16(sum(A,3)),filename,'BitDepth',16);
    2360                     end
    2361                     filecell.ima1.civ2(ifile,j)={filename};
    2362                     filename=fullfile_uvmat(RootPath,SubDirImages,RootFile_ima2,'.png',NomType_imanew2,i2_civ2(ifile),[],j2_civ2(j));
    2363                     if ~exist(filename,'file')
    2364                         if check_j
    2365                         A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,j1_civ2(j));
    2366                         else
    2367                             A=read_image(filecell.ima1.civ1{ifile,j},FileType,MovieObject,i1_civ2(ifile));
    2368                         end
    2369                         imwrite(uint16(sum(A,3)),filename,'BitDepth',16);
    2370                     end
    2371                     filecell.ima2.civ2(ifile,j)={filename};
    2372                 end
    2373             end
    2374             close(h);
    2375         end
    2376     end
    2377 end
     660
    2378661
    2379662%------------------------------------------------------------------------
     
    2407690    i2_civ2=ref_i+ceil(index_civ2/2)*ones(size(ref_i));
    2408691    j1_civ2=ref_j;
    2409     j2_civ2=ref_j;   
     692    j2_civ2=ref_j;
    2410693   
    2411694    % adjust the first and last field number
     
    2545828            % detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    2546829            % the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    2547             [RootPath,SubDir,RootFile_1,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,nom_type_1,FileType,Object,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName Ext]);
     830            [RootPath,SubDir,RootFile_1,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,nom_type_1,FileType,FileInfo,Object,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName Ext]);
    2548831           
    2549832            %check image nom type
     
    2587870ref_i=str2double(get(handles.ref_i,'String'));
    2588871% last_i=str2num(get(handles.last_i,'String'));
    2589 time=get(handles.ImaDoc,'UserData'); %get the set of times
     872CivInputData=get(handles.civ_input,'UserData');
    2590873TimeUnit=get(handles.TimeUnit,'String');
    2591874checkframe=strcmp(TimeUnit,'frame');
    2592 siztime=size(time);
    2593 nbfield=siztime(1)-1;
    2594 nbfield2=siztime(2)-1;
     875time=CivInputData.Time;
     876siztime=size(CivInputData.Time);
     877nbfield=siztime(2)-1;
     878nbfield2=siztime(1)-1;
    2595879indchosen=1;  %%first pair selected by default
    2596880%displ_num used to define the indices of the civ_input pairs
     
    2612896            numlist_b(index)=numod_b;
    2613897            if size(time,2)>1 && ~checkframe
    2614                 dt(numod_a,numod_b)=time(ref_i+1,numod_b+1)-time(ref_i+1,numod_a+1);%first time interval dt
     898                dt(numod_a,numod_b)=CivInputData.Time(ref_i+1,numod_b+1)-CivInputData.Time(ref_i+1,numod_a+1);%first time interval dt
    2615899                displ_dt(index)=dt(numod_a,numod_b);
    2616900            else
     
    28101094%% initialisation
    28111095errormsg='';
    2812 browse=get(handles.RootPath,'UserData');
     1096%browse=get(handles.RootPath,'UserData');
    28131097compare_list=get(handles.ListCompareMode,'String');
    28141098val=get(handles.ListCompareMode,'Value');
  • trunk/src/series/civ_series.m

    r598 r599  
    5555        Data.Mask='off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
    5656        Data.OutputDirExt='.civ';%set the output dir extension
     57       
    5758    return
    5859end
  • trunk/src/series/relabel_i_j.m

    r563 r599  
    33% function ParamOut=relabel_i_j(Param)
    44%------------------------------------------------------------------------
    5 
     5%
    66%%%%%%%%%%% GENERAL TO ALL SERIES ACTION FCTS %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
    77%
    8 % This function is used in four modes by the GUI series:
    9 %           1) config GUI: with no input argument, the function determine the suitable GUI configuration
    10 %           2) interactive input: the function is used to interactively introduce input parameters, and then stops
    11 %           3) RUN: the function itself runs, when an appropriate input  structure Param has been introduced.
    12 %           4) BATCH: the function itself proceeds in BATCH mode, using an xml file 'Param' as input.
    13 %
    14 % This function is used in four modes by the GUI series:
    15 %           1) config GUI: with no input argument, the function determine the suitable GUI configuration
    16 %           2) interactive input: the function is used to interactively introduce input parameters, and then stops
    17 %           3) RUN: the function itself runs, when an appropriate input  structure Param has been introduced.
    18 %           4) BATCH: the function itself proceeds in BATCH mode, using an xml file 'Param' as input.
    19 %
    208%OUTPUT
    21 % GUI_input=list of options in the GUI series.fig needed for the function
     9% ParamOut: sets options in the GUI series.fig needed for the function
    2210%
    2311%INPUT:
    2412% In run mode, the input parameters are given as a Matlab structure Param copied from the GUI series.
    2513% In batch mode, Param is the name of the corresponding xml file containing the same information
    26 % In the absence of input (as activated when the current Action is selected
    27 % in series), the function ouput GUI_input set the activation of the needed GUI elements
     14% when Param.Action.RUN=0 (as activated when the current Action is selected
     15% in series), the function ouput paramOut set the activation of the needed GUI elements
    2816%
    29 % Param contains the elements:(use the menu bar command 'export/GUI config' in series to see the current structure Param)
     17% Param contains the elements:(use the menu bar command 'export/GUI config' in series to
     18% see the current structure Param)
    3019%    .InputTable: cell of input file names, (several lines for multiple input)
    3120%                      each line decomposed as {RootPath,SubDir,Rootfile,NomType,Extension}
    3221%    .OutputSubDir: name of the subdirectory for data outputs
    33 %    .OutputDir: directory for data outputs, including path
     22%    .OutputDirExt: directory extension for data outputs
    3423%    .Action: .ActionName: name of the current activated function
    3524%             .ActionPath:   path of the current activated function
     25%             .ActionExt: fct extension ('.m', Matlab fct, '.sh', compiled   Matlab fct
     26%             .RUN =0 for GUI input, =1 for function activation
     27%             .RunMode='local','background', 'cluster': type of function  use
     28%             
    3629%    .IndexRange: set the file or frame indices on which the action must be performed
    3730%    .FieldTransform: .TransformName: name of the selected transform function
    3831%                     .TransformPath:   path  of the selected transform function
    39 %                     .TransformHandle: corresponding function handle
    4032%    .InputFields: sub structure describing the input fields withfields
    41 %              .FieldName: name of the field
     33%              .FieldName: name(s) of the field
    4234%              .VelType: velocity type
    4335%              .FieldName_1: name of the second field in case of two input series
    4436%              .VelType_1: velocity type of the second field in case of two input series
     37%              .Coord_y: name of y coordinate variable
     38%              .Coord_x: name of x coordinate variable
    4539%    .ProjObject: %sub structure describing a projection object (read from ancillary GUI set_object)
    4640%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     
    4943
    5044%% set the input elements needed on the GUI series when the action is selected in the menu ActionName
    51 if ~exist('Param','var') % case with no input parameter
    52     ParamOut={'NbViewMax';1;...% max nbre of input file series (default='' , no limitation)
    53         'AllowInputSort';'off';...% allow alphabetic sorting of the list of input files (options 'off'/'on', 'off' by default)
    54         'WholeIndexRange';'on';...% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
    55         'NbSlice';'off'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    56         'VelType';'off';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
    57         'FieldName';'off';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    58         'FieldTransform'; 'off';...%can use a transform function
    59         'ProjObject';'off';...%can use projection object(option 'off'/'on',
    60         'Mask';'off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
    61         'OutputDirExt';'';...%set the output dir extension
    62                ''};
    63         return
    64 end
    65 
    66 %%%%%%%%%%%% STANDARD PART (DO NOT EDIT) %%%%%%%%%%%%
    67 %% select different modes,  RUN, parameter input, BATCH
    68 % BATCH  case: read the xml file for batch case
     45if isstruct(Param) && isequal(Param.Action.RUN,0)
     46    ParamOut.AllowInputSort='off';...% allow alphabetic sorting of the list of input file SubDir (options 'off'/'on', 'off' by default)
     47    ParamOut.WholeIndexRange='on';...% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
     48    ParamOut.NbSlice='one'; ...%nbre of slices, 'one' prevents splitting in several processes, ('off' by default)
     49    ParamOut.VelType='off';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
     50    ParamOut.FieldName='off';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
     51    ParamOut.FieldTransform = 'off';...%can use a transform function
     52    ParamOut.ProjObject='off';...%can use projection object(option 'off'/'on',
     53    ParamOut.Mask='off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
     54    ParamOut.OutputDirExt='';%set the output dir extension
     55    if size(Param.InputTable,1)>1
     56        msgbox_uvmat('WARNING', 'this function acts only on the first input file line')
     57    end
     58return
     59end
     60
     61ParamOut=[];
     62%%%%%%%%%%%% STANDARD PART  %%%%%%%%%%%%
     63%% read input parameters from an xml file if input is a file name (batch mode)
     64checkrun=1;
    6965if ischar(Param)
    70         Param=xml2struct(Param);
    71         checkrun=0;
    72 % RUN case: parameters introduced as the input structure Param
    73 else
    74     hseries=guidata(Param.hseries);%handles of the GUI series
    75     if isfield(Param,'Specific')&& strcmp(Param.Specific,'?')
    76         checkrun=1;% will only search interactive input parameters (preparation of BATCH mode)
    77     else
    78         checkrun=2; % indicate the RUN option is used
    79     end
    80 end
    81 ParamOut=Param; %default output
     66    Param=xml2struct(Param);% read Param as input file (batch case)
     67    checkrun=0;
     68end
    8269
    8370%% root input file(s) and type
     
    9481% numbers of slices and file indices
    9582
    96 NbSlice=1;%default
    97 if isfield(Param.IndexRange,'NbSlice')&&~isempty(Param.IndexRange.NbSlice)
    98     NbSlice=Param.IndexRange.NbSlice;
    99 end
    100 nbview=numel(i1_series);%number of input file series (lines in InputTable)
    10183nbfield_j=size(i1_series{1},1); %nb of fields for the j index (bursts or volume slices)
    10284nbfield_i=size(i1_series{1},2); %nb of fields for the i index
    10385nbfield=nbfield_j*nbfield_i; %total number of fields
    104 nbfield_i=floor(nbfield/NbSlice);%total number of  indexes in a slice (adjusted to an integer number of slices)
    105 nbfield=nbfield_i*NbSlice; %total number of fields after adjustement
    10686
    10787%determine the file type on each line from the first input file
    10888ImageTypeOptions={'image','multimage','mmreader','video'};
    109 NcTypeOptions={'netcdf','civx','civdata'};
    110 for iview=1:nbview
    111     if ~exist(filecell{iview,1}','file')
    112         msgbox_uvmat('ERROR',['the first input file ' filecell{iview,1} ' does not exist'])
    113         return
    114     end
    115     [FileType{iview},FileInfo{iview},MovieObject{iview}]=get_file_type(filecell{iview,1});
    116     CheckImage{iview}=~isempty(find(strcmp(FileType{iview},ImageTypeOptions)));% =1 for images
    117     CheckNc{iview}=~isempty(find(strcmp(FileType{iview},NcTypeOptions)));% =1 for netcdf files
    118     if ~isempty(j1_series{iview})
    119         frame_index{iview}=j1_series{iview};
    120     else
    121         frame_index{iview}=i1_series{iview};
    122     end
    123 end
     89
     90if ~exist(filecell{1,1}','file')
     91    msgbox_uvmat('ERROR',['the first input file ' filecell{1,1} ' does not exist'])
     92    return
     93end
     94[FileType{1},FileInfo{1},MovieObject{1}]=get_file_type(filecell{1,1});
     95CheckImage=~isempty(find(strcmp(FileType{1},ImageTypeOptions)));% =1 for images
     96
    12497
    12598%% calibration data and timing: read the ImaDoc files
     
    128101itime=0;
    129102NbSlice_calib={};
    130 XmlData=cell(1,nbview);%initiate the structures containing the data from the xml file (calibration and timing)
    131 for iview=1:nbview%Loop on views
    132     SubDirBase=regexprep(SubDir{iview},'\..*','');%take the root part of SubDir, before the first dot '.'
    133     filexml=[fullfile(RootPath{iview},SubDirBase) '.xml'];%new convention: xml at the level of the image folder
     103
     104SubDirBase=regexprep(SubDir{1},'\..*','');%take the root part of SubDir, before the first dot '.'
     105filexml=[fullfile(RootPath{1},SubDirBase) '.xml'];%new convention: xml at the level of the image folder
     106if ~exist(filexml,'file')
     107    filexml=[fullfile(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1}) '.xml']; % old convention: xml inside the image folder
    134108    if ~exist(filexml,'file')
    135         filexml=[fullfile(RootPath{iview},SubDir{iview},RootFile{iview}) '.xml']; % old convention: xml inside the image folder
     109        filexml=[fullfile(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1}) '.civ']; % very old convention: .civ file
    136110        if ~exist(filexml,'file')
    137             filexml=[fullfile(RootPath{iview},SubDir{iview},RootFile{iview}) '.civ']; % very old convention: .civ file
    138             if ~exist(filexml,'file')
    139                 filexml='';
    140             end
    141         end
    142     end
    143     if ~isempty(filexml)
    144         [XmlData{iview},error]=imadoc2struct_special(filexml);
    145     end
    146     if isfield(XmlData{iview},'Time')
    147         itime=itime+1;
    148         timecell{itime}=XmlData{iview}.Time;
    149     end
    150     if isfield(XmlData{iview},'GeometryCalib') && isfield(XmlData{iview}.GeometryCalib,'SliceCoord')
    151         NbSlice_calib{iview}=size(XmlData{iview}.GeometryCalib.SliceCoord,1);%nbre of slices for Zindex in phys transform
    152         if ~isequal(NbSlice_calib{iview},NbSlice_calib{1})
    153             msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
    154         end
     111            filexml='';
     112        end
     113    end
     114end
     115if ~isempty(filexml)
     116    [XmlData,error]=imadoc2struct_special(filexml);
     117end
     118if isfield(XmlData,'Time')
     119    itime=itime+1;
     120    timecell{itime}=XmlData.Time;
     121end
     122if isfield(XmlData,'GeometryCalib') && isfield(XmlData.GeometryCalib,'SliceCoord')
     123    NbSlice_calib{1}=size(XmlData.GeometryCalib.SliceCoord,1);%nbre of slices for Zindex in phys transform
     124    if ~isequal(NbSlice_calib{1},NbSlice_calib{1})
     125        msgbox_uvmat('WARNING','inconsistent number of Z indices for the two field series');
    155126    end
    156127end
     
    164135 % EDIT FROM HERE
    165136
    166 %% check the validity of  input file types
    167 if CheckImage{1}
    168     FileExtOut='.png'; % write result as .png images for image inputs
    169 elseif CheckNc{1}
    170     FileExtOut='.nc';% write result as .nc files for netcdf inputs
    171 else
    172     msgbox_uvmat('ERROR',['invalid file type input ' FileType{1}])
    173     return
    174 end
    175 if nbview==2 && ~isequal(CheckImage{1},CheckImage{2})
    176         msgbox_uvmat('ERROR','input must be two image series or two netcdf file series')
    177     return
    178 end
    179 % NomTypeOut='_1-2_1';% output file index will indicate the first and last ref index in the series
    180 % if NbSlice~=nbfield_j
    181 %     answer=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N',['will not average slice by slice: for so cancel and set NbSlice= ' num2str(nbfield_j)]);
    182 %     if ~strcmp(answer,'Yes')
    183 %         return
    184 %     end
    185 % end
    186137
    187138%% Set field names and velocity types
     
    194145display('RDvision system')
    195146first_label=0; %image numbers start from 0
    196 if ~strcmp(NomType{1},'_000001')
     147if ~CheckImage || ~strcmp(NomType{1},'_000001')
    197148    msgbox_uvmat('WARNING','the input is not a file from RDvision: this function relabel_i_j has no action');%error message for directory creation
    198149    return
     
    206157%% copy and adapt the xml file
    207158NomTypeNew='_1_1';
    208 if ~isempty(XmlData{1})
     159if ~isempty(XmlData)
    209160        t=xmltree(filexml);
    210161       
     
    233184       
    234185        %%%% correction RDvision %%%%
    235         if isfield(XmlData{1},'NbDtj')
     186        if isfield(XmlData,'NbDtj')
    236187            uid_NbDtj=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/NbDtj');
    237188            uid_value=children(t,uid_NbDtj);
    238189            if ~isempty(uid_value)
    239                 t=set(t,uid_value(1),'value',num2str(XmlData{1}.NbDtj));
    240             end
    241         end
    242         if isfield(XmlData{1},'NbDtk')
     190                t=set(t,uid_value(1),'value',num2str(XmlData.NbDtj));
     191            end
     192        end
     193        if isfield(XmlData,'NbDtk')
    243194            uid_NbDtk=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/NbDtk');
    244195            uid_value=children(t,uid_NbDtk);
    245196            if ~isempty(uid_value)
    246                 t=set(t,uid_value(1),'value',num2str(XmlData{1}.NbDtk));
    247             end
    248         end
    249         if isempty(j1_series{1}) && isfield(XmlData{1},'NbDti')
     197                t=set(t,uid_value(1),'value',num2str(XmlData.NbDtk));
     198            end
     199        end
     200        if isempty(j1_series{1}) && isfield(XmlData,'NbDti')
    250201            uid_Dti=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/Dti');
    251             t=add(t,uid_Dti,'chardata',num2str(XmlData{1}.Dti));
     202            t=add(t,uid_Dti,'chardata',num2str(XmlData.Dti));
    252203            uid_NbDti=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/NbDti');
    253             t=add(t,uid_NbDti,'chardata',num2str(XmlData{1}.NbDti));
     204            t=add(t,uid_NbDti,'chardata',num2str(XmlData.NbDti));
    254205            uid_NbDtj=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/NbDtj');
    255206            uid_NbDtk=find(t,'ImaDoc/Camera/BurstTiming/NbDtk');
     
    264215            SubDirBase=regexprep(SubDir{1},'\..*','');%take the root part of SubDir, before the first dot '.'
    265216    filexml_new=[fullfile(RootPath{1},SubDirBase) '.xml'];
    266         save(t,filexml_new)
     217       % save(t,filexml_new)
    267218end
    268219
    269220%% main loop on images
    270221%j1=[];%default
    271 nbfield2=size(XmlData{1}.Time,2);
     222nbfield2=size(XmlData.Time,2)
    272223for ifile=1:nbfield
    273224    if checkrun
    274         update_waitbar(hseries.Waitbar,ifile/nbfield)
    275         drawnow
    276         stopstate=get(hseries.RUN,'BusyAction');
     225        stopstate=get(Param.RUNHandle,'BusyAction');
     226        update_waitbar(Param.WaitbarHandle,ifile/nbfield)
    277227    else
    278228        stopstate='queue';
    279229    end
    280     if isequal(stopstate,'queue') % enable STOP command
    281         filename=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1},FileExt{1},NomType{1},i1_series{1}(ifile));
    282         j1=mod(ifile-1+first_label,nbfield2)+1;
    283         i1=floor((ifile-1+first_label)/nbfield2)+1;
    284         filename_new=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1},FileExt{1},NomTypeNew,i1,[],j1);
    285         try
    286             movefile(filename,filename_new);
    287             [s,errormsg] = fileattrib(filename_new,'-w','a'); %set images to read only '-w' for all users ('a')
    288             if ~s
    289                 msgbox_uvmat('ERROR',errormsg);
    290                 return
    291             end
    292         catch ME
    293             msgbox_uvmat('ERROR',ME.message);
     230    if ~isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
     231        break
     232    end
     233    filename=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1},FileExt{1},NomType{1},i1_series{1}(ifile));
     234    j1=mod(ifile-1+first_label,nbfield2)+1;
     235    i1=floor((ifile-1+first_label)/nbfield2)+1;
     236    filename_new=fullfile_uvmat(RootPath{1},SubDir{1},RootFile{1},FileExt{1},NomTypeNew,i1,[],j1);
     237    try
     238        movefile(filename,filename_new);
     239        [s,errormsg] = fileattrib(filename_new,'-w','a'); %set images to read only '-w' for all users ('a')
     240        if ~s
     241            msgbox_uvmat('ERROR',errormsg);
    294242            return
    295243        end
    296     end
     244    catch ME
     245        msgbox_uvmat('ERROR',ME.message);
     246        return
     247    end
     248   
    297249end
    298250
  • trunk/src/series/sub_background.m

    r596 r599  
    171171        nbaver_ima=nbaver*step;
    172172    end
    173     ParamOut.InputGUI.CheckVolume=strcmp(answer{1},'Yes');
    174     ParamOut.InputGUI.SlidingSequenceLength=nbaver_ima;
    175     ParamOut.InputGUI.BrightnessRankThreshold=str2num(answer{3});
     173    ParamOut.ActionInput.CheckVolume=strcmp(answer{1},'Yes');
     174    ParamOut.ActionInput.SlidingSequenceLength=nbaver_ima;
     175    ParamOut.ActionInput.BrightnessRankThreshold=str2num(answer{3});
    176176   
    177177    % apply the image rescaling function 'level' (avoid the blinking effects of bright particles)
    178178    answer=msgbox_uvmat('INPUT_Y-N','apply image rescaling function levels.m after sub_background');
    179     ParamOut.InputGUI.CheckLevelTransform=strcmp(answer,'Yes');
     179    ParamOut.ActionInput.CheckLevelTransform=strcmp(answer,'Yes');
    180180    return
    181181end
     
    190190
    191191%% Input preparation
    192 nbaver_ima=Param.InputGUI.SlidingSequenceLength;
     192nbaver_ima=Param.ActionInput.SlidingSequenceLength;
    193193NbSlice=Param.IndexRange.NbSlice;
    194194if ~isequal(NbSlice,1)
     
    225225OutputDir=[Param.OutputSubDir Param.OutputDirExt];
    226226
    227 if isequal(Param.InputGUI.CheckVolume,1)
     227if isequal(Param.ActionInput.CheckVolume,1)
    228228    step=1;
    229229else
    230230    step=nbfield_j;%case of bursts: the sliding background is shifted by the length of one burst
    231231end
    232 nbaver_ima=Param.InputGUI.SlidingSequenceLength;%number of images for the sliding background
     232nbaver_ima=Param.ActionInput.SlidingSequenceLength;%number of images for the sliding background
    233233nbaver=ceil(nbaver_ima/step);%number of bursts for the sliding background
    234234if isequal(floor(nbaver/2),nbaver)
     
    242242
    243243% calculate absolute brightness rank
    244 rank=floor(Param.InputGUI.BrightnessRankThreshold*nbaver_ima);
     244rank=floor(Param.ActionInput.BrightnessRankThreshold*nbaver_ima);
    245245if rank==0
    246246    rank=1;%rank selected in the sorted image series
     
    346346       
    347347        %write result file
    348         if Param.InputGUI.CheckLevelTransform
     348        if Param.ActionInput.CheckLevelTransform
    349349            C=levels(Acor);
    350350            imwrite(C,newname,'BitDepth',8); % save the new image
     
    395395                    newname=fullfile_uvmat(RootPath{1},OutputDir,RootFile{1},FileExtOut,NomTypeOut,i1_series{1}(ifile),[],j1);
    396396                    %write result file
    397                     if Param.InputGUI.CheckLevelTransform
     397                    if Param.ActionInput.CheckLevelTransform
    398398                        C=levels(Acor);
    399399                        imwrite(C,newname,'BitDepth',8); % save the new image
     
    430430       
    431431        %write result file
    432         if Param.InputGUI.CheckLevelTransform
     432        if Param.ActionInput.CheckLevelTransform
    433433            C=levels(Acor);
    434434            imwrite(C,newname,'BitDepth',8); % save the new image
  • trunk/src/series/time_series.m

    r596 r599  
    4545if isstruct(Param) && isequal(Param.Action.RUN,0)
    4646    ParamOut.AllowInputSort='off';...% allow alphabetic sorting of the list of input file SubDir (options 'off'/'on', 'off' by default)
    47     ParamOut.WholeIndexRange='off';...% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
    48     ParamOut.NbSlice='on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
    49     ParamOut.VelType='two';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
    50     ParamOut.FieldName='two';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
    51     ParamOut.FieldTransform = 'on';...%can use a transform function
    52     ParamOut.ProjObject='on';...%can use projection object(option 'off'/'on',
    53     ParamOut.Mask='off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
    54     ParamOut.OutputDirExt='.tseries';%set the output dir extension
    55 return
     47        ParamOut.WholeIndexRange='off';...% prescribes the file index ranges from min to max (options 'off'/'on', 'off' by default)
     48        ParamOut.NbSlice='on'; ...%nbre of slices ('off' by default)
     49        ParamOut.VelType='two';...% menu for selecting the velocity type (options 'off'/'one'/'two',  'off' by default)
     50        ParamOut.FieldName='two';...% menu for selecting the field (s) in the input file(options 'off'/'one'/'two', 'off' by default)
     51        ParamOut.FieldTransform = 'on';...%can use a transform function
     52        ParamOut.ProjObject='on';...%can use projection object(option 'off'/'on',
     53        ParamOut.Mask='off';...%can use mask option   (option 'off'/'on', 'off' by default)
     54        ParamOut.OutputDirExt='.tseries';%set the output dir extension
     55    return
    5656end
    5757
     
    7878% filecell{iview,fileindex}:
    7979%        iview: line in the table corresponding to a given file series
    80 %        fileindex: file index within  the file series, 
    81 % i1_series(iview,ref_j,ref_i)... are the corresponding arrays of indices i1,i2,j1,j2, depending on the input line iview and the two reference indices ref_i,ref_j 
     80%        fileindex: file index within  the file series,
     81% i1_series(iview,ref_j,ref_i)... are the corresponding arrays of indices i1,i2,j1,j2, depending on the input line iview and the two reference indices ref_i,ref_j
    8282% i1_series(iview,fileindex) expresses the same indices as a 1D array in file indices
    8383%%%%%%%%%%%%
     
    9090nbfield_i=size(i1_series{1},2); %nb of fields for the i index
    9191nbfield=nbfield_j*nbfield_i; %total number of fields
    92 nbfield_i=floor(nbfield/NbSlice);%total number of  indexes in a slice (adjusted to an integer number of slices) 
     92nbfield_i=floor(nbfield/NbSlice);%total number of  indexes in a slice (adjusted to an integer number of slices)
    9393nbfield=nbfield_i*NbSlice; %total number of fields after adjustement
    9494
    95 %determine the file type on each line from the first input file 
     95%determine the file type on each line from the first input file
    9696ImageTypeOptions={'image','multimage','mmreader','video'};
    9797NcTypeOptions={'netcdf','civx','civdata'};
     
    117117    if diff_time>0
    118118        displ_uvmat('WARNING',['times of series differ by (max) ' num2str(diff_time)],checkrun)
    119     end   
     119    end
    120120    time=time(1,:);% choose the time data from the first sequence
    121121end
     
    130130
    131131%%%%%%%%%%%% END STANDARD PART  %%%%%%%%%%%%
    132  % EDIT FROM HERE
     132% EDIT FROM HERE
    133133
    134134%% check the validity of  ctinput file types
     
    137137elseif CheckNc{1}
    138138    FileExtOut='.nc';% write result as .nc files for netcdf inputs
    139 else 
     139else
    140140    displ_uvmat('ERROR',['invalid file type input ' FileType{1}],checkrun)
    141141    return
    142142end
    143143if nbview==2 && ~isequal(CheckImage{1},CheckImage{2})
    144         displ_uvmat('ERROR','input must be two image series or two netcdf file series',checkrun)
     144    displ_uvmat('ERROR','input must be two image series or two netcdf file series',checkrun)
    145145    return
    146146end
     
    196196end
    197197
    198 %% LOOP ON SLICES
    199198nbmissing=0; %number of undetected files
    200 for i_slice=1:NbSlice
    201     index_slice=i_slice:NbSlice:nbfield;% select file indices of the slice
    202     nbfile=0;
    203     nbmissing=0;
    204    
    205     %%%%%%%%%%%%%%%% loop on field indices %%%%%%%%%%%%%%%%
    206     for index=index_slice 
    207         if checkrun
    208             stopstate=get(Param.RUNHandle,'BusyAction');
    209             update_waitbar(Param.WaitbarHandle,index/nbfield)
    210         else
    211             stopstate='queue';
    212         end
    213         if isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
    214             Data=cell(1,nbview);%initiate the set Data;
    215             nbtime=0;
    216             dt=[];
    217             %%%%%%%%%%%%%%%% loop on views (input lines) %%%%%%%%%%%%%%%%
    218             for iview=1:nbview
    219                 % reading input file(s)
    220                 [Data{iview},tild,errormsg] = read_field(filecell{iview,index},FileType{iview},InputFields{iview},frame_index{iview}(index));
    221                 if ~isempty(errormsg)
    222                     errormsg=['time_series / read_field / ' errormsg];
    223                     display(errormsg)
    224                     break
     199% for i_slice=1:NbSlice
     200%index_slice=i_slice:NbSlice:nbfield;% select file indices of the slice
     201nbfile=0;
     202nbmissing=0;
     203
     204%%%%%%%%%%%%%%%% loop on field indices %%%%%%%%%%%%%%%%
     205for index=1:nbfield
     206    if checkrun
     207        stopstate=get(Param.RUNHandle,'BusyAction');
     208        update_waitbar(Param.WaitbarHandle,index/nbfield)
     209    else
     210        stopstate='queue';
     211    end
     212    if ~isequal(stopstate,'queue')% enable STOP command
     213        break
     214    end
     215    Data=cell(1,nbview);%initiate the set Data;
     216    nbtime=0;
     217    dt=[];
     218    %%%%%%%%%%%%%%%% loop on views (input lines) %%%%%%%%%%%%%%%%
     219    for iview=1:nbview
     220        % reading input file(s)
     221        [Data{iview},tild,errormsg] = read_field(filecell{iview,index},FileType{iview},InputFields{iview},frame_index{iview}(index));
     222        if ~isempty(errormsg)
     223            errormsg=['time_series / read_field / ' errormsg];
     224            display(errormsg)
     225            break
     226        end
     227        if ~isempty(NbSlice_calib)
     228            Data{iview}.ZIndex=mod(i1_series{iview}(index)-1,NbSlice_calib{iview})+1;%Zindex for phys transform
     229        end
     230    end
     231    if isempty(errormsg)
     232        Field=Data{1}; % default input field structure
     233        % coordinate transform (or other user defined transform)
     234        if ~isempty(transform_fct)
     235            switch nargin(transform_fct)
     236                case 4
     237                    if length(Data)==2
     238                        Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1},Data{2},XmlData{2});
     239                    else
     240                        Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
     241                    end
     242                case 3
     243                    if length(Data)==2
     244                        Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1},Data{2});
     245                    else
     246                        Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
     247                    end
     248                case 2
     249                    Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
     250                case 1
     251                    Field=transform_fct(Data{1});
     252            end
     253        end
     254       
     255        % calculate tps coefficients if needed
     256        if isfield(Param.ProjObject,'ProjMode')&& strcmp(Param.ProjObject.ProjMode,'interp_tps')
     257            Field=tps_coeff_field(Field,check_proj_tps);
     258        end
     259       
     260        %field projection on an object
     261        if Param.CheckObject
     262            [Field,errormsg]=proj_field(Field,Param.ProjObject);
     263            if ~isempty(errormsg)
     264                msgbox_uvmat('ERROR',['time_series / proj_field / ' errormsg])
     265                return
     266            end
     267        end
     268        nbfile=nbfile+1;
     269       
     270        % initiate the time series at the first iteration
     271        if nbfile==1
     272            % stop program if the first field reading is in error
     273            if ~isempty(errormsg)
     274                displ_uvmat('ERROR',['time_series / sub_field / ' errormsg],checkrun)
     275                return
     276            end
     277            DataOut=Field;%default
     278            DataOut.NbDim=Field.NbDim+1; %add the time dimension for plots
     279            nbvar=length(Field.ListVarName);
     280            if nbvar==0
     281                displ_uvmat('ERROR','no input variable selected',checkrun)
     282                return
     283            end
     284            testsum=2*ones(1,nbvar);%initiate flag for action on each variable
     285            if isfield(Field,'VarAttribute') % look for coordinate and flag variables
     286                for ivar=1:nbvar
     287                    if length(Field.VarAttribute)>=ivar && isfield(Field.VarAttribute{ivar},'Role')
     288                        var_role=Field.VarAttribute{ivar}.Role;%'role' of the variable
     289                        if isequal(var_role,'errorflag')
     290                            displ_uvmat('ERROR','do not handle error flags in time series',checkrun)
     291                            return
     292                        end
     293                        if isequal(var_role,'warnflag')
     294                            testsum(ivar)=0;  % not recorded variable
     295                            eval(['DataOut=rmfield(DataOut,''' Field.ListVarName{ivar} ''');']);%remove variable
     296                        end
     297                        if isequal(var_role,'coord_x')| isequal(var_role,'coord_y')|...
     298                                isequal(var_role,'coord_z')|isequal(var_role,'coord')
     299                            testsum(ivar)=1; %constant coordinates, record without time evolution
     300                        end
     301                    end
     302                    % check whether the variable ivar is a dimension variable
     303                    DimCell=Field.VarDimName{ivar};
     304                    if ischar(DimCell)
     305                        DimCell={DimCell};
     306                    end
     307                    if numel(DimCell)==1 && isequal(Field.ListVarName{ivar},DimCell{1})%detect dimension variables
     308                        testsum(ivar)=1;
     309                    end
    225310                end
    226                 if ~isempty(NbSlice_calib)
    227                     Data{iview}.ZIndex=mod(i1_series{iview}(index)-1,NbSlice_calib{iview})+1;%Zindex for phys transform
     311            end
     312            for ivar=1:nbvar
     313                if testsum(ivar)==2
     314                    eval(['DataOut.' Field.ListVarName{ivar} '=[];'])
    228315                end
    229316            end
    230             if isempty(errormsg)
    231             Field=Data{1}; % default input field structure
    232             % coordinate transform (or other user defined transform)
    233             if ~isempty(transform_fct)
    234                 switch nargin(transform_fct)
    235                     case 4
    236                         if length(Data)==2
    237                             Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1},Data{2},XmlData{2});
    238                         else
    239                             Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
     317            DataOut.ListVarName=[{'Time'} DataOut.ListVarName];
     318        end
     319       
     320        % add data to the current field
     321        for ivar=1:length(Field.ListVarName)
     322            VarName=Field.ListVarName{ivar};
     323            VarVal=Field.(VarName);
     324            if testsum(ivar)==2% test for recorded variable
     325                if isempty(errormsg)
     326                    if isequal(Param.ProjObject.ProjMode,'inside')% take the average in the domain for 'inside' mode
     327                        if isempty(VarVal)
     328                            displ_uvmat('ERROR',['empty result at frame index ' num2str(i1_series{iview}(index))],checkrun)
     329                            return
    240330                        end
    241                     case 3
    242                         if length(Data)==2
    243                             Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1},Data{2});
    244                         else
    245                             Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
    246                         end
    247                     case 2
    248                         Field=transform_fct(Data{1},XmlData{1});
    249                     case 1
    250                         Field=transform_fct(Data{1});
     331                        VarVal=mean(VarVal,1);
     332                    end
     333                    VarVal=shiftdim(VarVal,-1); %shift dimension
     334                    DataOut.(VarName)=cat(1,DataOut.(VarName),VarVal);%concanete the current field to the time series
     335                else
     336                    DataOut.(VarName)=cat(1,DataOut.(VarName),0);% put each variable to 0 in case of input reading error
    251337                end
    252             end
    253            
    254             % calculate tps coefficients if needed
    255             if isfield(Param.ProjObject,'ProjMode')&& strcmp(Param.ProjObject.ProjMode,'interp_tps')
    256                 Field=tps_coeff_field(Field,check_proj_tps);
    257             end
    258            
    259             %field projection on an object
    260             if Param.CheckObject
    261                 [Field,errormsg]=proj_field(Field,Param.ProjObject);
    262                 if ~isempty(errormsg)
    263                     msgbox_uvmat('ERROR',['time_series / proj_field / ' errormsg])
     338            elseif testsum(ivar)==1% variable representing fixed coordinates
     339                VarInit=DataOut.(VarName);
     340                if isempty(errormsg) && ~isequal(VarVal,VarInit)
     341                    displ_uvmat('ERROR',['time series requires constant coordinates ' VarName],checkrun)
    264342                    return
    265343                end
    266344            end
    267             nbfile=nbfile+1;
    268            
    269             % initiate the time series at the first iteration
    270             if nbfile==1
    271                 % stop program if the first field reading is in error
    272                 if ~isempty(errormsg)
    273                     displ_uvmat('ERROR',['time_series / sub_field / ' errormsg],checkrun)
    274                     return
    275                 end
    276                 DataOut=Field;%default
    277                 DataOut.NbDim=Field.NbDim+1; %add the time dimension for plots
    278                 nbvar=length(Field.ListVarName);
    279                 if nbvar==0
    280                     displ_uvmat('ERROR','no input variable selected',checkrun)
    281                     return
    282                 end
    283                 testsum=2*ones(1,nbvar);%initiate flag for action on each variable
    284                 if isfield(Field,'VarAttribute') % look for coordinate and flag variables
    285                     for ivar=1:nbvar
    286                         if length(Field.VarAttribute)>=ivar && isfield(Field.VarAttribute{ivar},'Role')
    287                             var_role=Field.VarAttribute{ivar}.Role;%'role' of the variable
    288                             if isequal(var_role,'errorflag')
    289                                 displ_uvmat('ERROR','do not handle error flags in time series',checkrun)
    290                                 return
    291                             end
    292                             if isequal(var_role,'warnflag')
    293                                 testsum(ivar)=0;  % not recorded variable
    294                                 eval(['DataOut=rmfield(DataOut,''' Field.ListVarName{ivar} ''');']);%remove variable
    295                             end
    296                             if isequal(var_role,'coord_x')| isequal(var_role,'coord_y')|...
    297                                     isequal(var_role,'coord_z')|isequal(var_role,'coord')
    298                                 testsum(ivar)=1; %constant coordinates, record without time evolution
    299                             end
    300                         end
    301                         % check whether the variable ivar is a dimension variable
    302                         DimCell=Field.VarDimName{ivar};
    303                         if ischar(DimCell)
    304                             DimCell={DimCell};
    305                         end
    306                         if numel(DimCell)==1 && isequal(Field.ListVarName{ivar},DimCell{1})%detect dimension variables
    307                             testsum(ivar)=1;
    308                         end
    309                     end
    310                 end
    311                 for ivar=1:nbvar
    312                     if testsum(ivar)==2
    313                         eval(['DataOut.' Field.ListVarName{ivar} '=[];'])
    314                     end
    315                 end
    316                 DataOut.ListVarName=[{'Time'} DataOut.ListVarName];
    317             end
    318            
    319             % add data to the current field
    320             for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    321                 VarName=Field.ListVarName{ivar};
    322                 VarVal=Field.(VarName);
    323                 if testsum(ivar)==2% test for recorded variable
    324                     if isempty(errormsg)
    325                         if isequal(Param.ProjObject.ProjMode,'inside')% take the average in the domain for 'inside' mode
    326                             if isempty(VarVal)
    327                                 displ_uvmat('ERROR',['empty result at frame index ' num2str(i1_series{iview}(index))],checkrun)
    328                                 return
    329                             end
    330                             VarVal=mean(VarVal,1);
    331                         end
    332                         VarVal=shiftdim(VarVal,-1); %shift dimension
    333                         DataOut.(VarName)=cat(1,DataOut.(VarName),VarVal);%concanete the current field to the time series
    334                     else
    335                         DataOut.(VarName)=cat(1,DataOut.(VarName),0);% put each variable to 0 in case of input reading error
    336                     end
    337                 elseif testsum(ivar)==1% variable representing fixed coordinates
    338                     VarInit=DataOut.(VarName);
    339                     if isempty(errormsg) && ~isequal(VarVal,VarInit)
    340                         displ_uvmat('ERROR',['time series requires constant coordinates ' VarName],checkrun)
    341                         return
    342                     end
    343                 end
    344             end
    345            
    346             % record the time:
    347             if isempty(time)% time not set by xml filer(s)
    348                 if isfield(Data{1},'Time')
    349                     DataOut.Time(nbfile,1)=Field.Time;
    350                 else
    351                     DataOut.Time(nbfile,1)=index;%default
    352                 end
    353             else % time from ImaDoc prevails  TODO: correct
    354                 DataOut.Time(nbfile,1)=time(index);%
    355             end
    356            
    357             % record the number of missing input fields
    358             if ~isempty(errormsg)
    359                 nbmissing=nbmissing+1;
    360                 display(['index=' num2str(index) ':' errormsg])
    361             end
    362             end
    363         end
    364     end
    365     %%%%%%% END OF LOOP WITHIN A SLICE
     345        end
     346       
     347        % record the time:
     348        if isempty(time)% time not set by xml filer(s)
     349            if isfield(Data{1},'Time')
     350                DataOut.Time(nbfile,1)=Field.Time;
     351            else
     352                DataOut.Time(nbfile,1)=index;%default
     353            end
     354        else % time from ImaDoc prevails  TODO: correct
     355            DataOut.Time(nbfile,1)=time(index);%
     356        end
     357       
     358        % record the number of missing input fields
     359        if ~isempty(errormsg)
     360            nbmissing=nbmissing+1;
     361            display(['index=' num2str(index) ':' errormsg])
     362        end
     363    end
    366364   
    367     %remove time for global attributes if exists
    368     Time_index=find(strcmp('Time',DataOut.ListGlobalAttribute));
    369     if ~isempty(Time_index)
    370         DataOut.ListGlobalAttribute(Time_index)=[];
    371     end
    372     DataOut.Conventions='uvmat';
    373     for ivar=1:numel(DataOut.ListVarName)
    374         VarName=DataOut.ListVarName{ivar};
    375         eval(['DataOut.' VarName '=squeeze(DataOut.' VarName ');']) %remove singletons
    376     end
    377    
    378     % add time dimension
    379     for ivar=1:length(Field.ListVarName)
    380         DimCell=Field.VarDimName(ivar);
    381         if testsum(ivar)==2%variable used as time series
    382             DataOut.VarDimName{ivar}=[{'Time'} DimCell];
    383         elseif testsum(ivar)==1
    384             DataOut.VarDimName{ivar}=DimCell;
    385         end
    386     end
    387     indexremove=find(~testsum);
    388     if ~isempty(indexremove)
    389         DataOut.ListVarName(1+indexremove)=[];
    390         DataOut.VarDimName(indexremove)=[];
    391         if isfield(DataOut,'Role') && ~isempty(DataOut.Role{1})%generaliser aus autres attributs
    392             DataOut.Role(1+indexremove)=[];
    393         end
    394     end
    395    
    396     %shift variable attributes
    397     if isfield(DataOut,'VarAttribute')
    398         DataOut.VarAttribute=[{[]} DataOut.VarAttribute];
    399     end
    400     DataOut.VarDimName=[{'Time'} DataOut.VarDimName];
    401     DataOut.Action=Param.Action;%name of the processing programme
    402     test_time=diff(DataOut.Time)>0;% test that the readed time is increasing (not constant)
    403     if ~test_time
    404         DataOut.Time=1:filecounter;
    405     end
    406    
    407     % display nbmissing
    408     if ~isequal(nbmissing,0)
    409         displ_uvmat('WARNING',[num2str(nbmissing) ' files skipped: missing files or bad input, see command window display'],checkrun)
    410     end
    411    
    412     %name of result file
    413     OutputFile=fullfile_uvmat(RootPath{1},OutputDir,RootFile{1},FileExtOut,NomTypeOut,i1_series{1}(1),i1_series{1}(end),i_slice,[]);
    414     errormsg=struct2nc(OutputFile,DataOut); %save result file
    415     if isempty(errormsg)
    416         display([OutputFile ' written'])
    417     else
    418         displ_uvmat('ERROR',['error in Series/struct2nc: ' errormsg],checkrun)
    419     end
    420 end
     365end
     366%%%%%%% END OF LOOP WITHIN A SLICE
     367
     368%remove time for global attributes if exists
     369Time_index=find(strcmp('Time',DataOut.ListGlobalAttribute));
     370if ~isempty(Time_index)
     371    DataOut.ListGlobalAttribute(Time_index)=[];
     372end
     373DataOut.Conventions='uvmat';
     374for ivar=1:numel(DataOut.ListVarName)
     375    VarName=DataOut.ListVarName{ivar};
     376    eval(['DataOut.' VarName '=squeeze(DataOut.' VarName ');']) %remove singletons
     377end
     378
     379% add time dimension
     380for ivar=1:length(Field.ListVarName)
     381    DimCell=Field.VarDimName(ivar);
     382    if testsum(ivar)==2%variable used as time series
     383        DataOut.VarDimName{ivar}=[{'Time'} DimCell];
     384    elseif testsum(ivar)==1
     385        DataOut.VarDimName{ivar}=DimCell;
     386    end
     387end
     388indexremove=find(~testsum);
     389if ~isempty(indexremove)
     390    DataOut.ListVarName(1+indexremove)=[];
     391    DataOut.VarDimName(indexremove)=[];
     392    if isfield(DataOut,'Role') && ~isempty(DataOut.Role{1})%generaliser aus autres attributs
     393        DataOut.Role(1+indexremove)=[];
     394    end
     395end
     396
     397%shift variable attributes
     398if isfield(DataOut,'VarAttribute')
     399    DataOut.VarAttribute=[{[]} DataOut.VarAttribute];
     400end
     401DataOut.VarDimName=[{'Time'} DataOut.VarDimName];
     402DataOut.Action=Param.Action;%name of the processing programme
     403test_time=diff(DataOut.Time)>0;% test that the readed time is increasing (not constant)
     404if ~test_time
     405    DataOut.Time=1:filecounter;
     406end
     407
     408% display nbmissing
     409if ~isequal(nbmissing,0)
     410    displ_uvmat('WARNING',[num2str(nbmissing) ' files skipped: missing files or bad input, see command window display'],checkrun)
     411end
     412
     413%name of result file
     414OutputFile=fullfile_uvmat(RootPath{1},OutputDir,RootFile{1},FileExtOut,NomTypeOut,i1_series{1}(1),i1_series{1}(end),i_slice,[]);
     415errormsg=struct2nc(OutputFile,DataOut); %save result file
     416if isempty(errormsg)
     417    display([OutputFile ' written'])
     418else
     419    displ_uvmat('ERROR',['error in Series/struct2nc: ' errormsg],checkrun)
     420end
     421
    421422
    422423%% plot the time series (the last one in case of multislices)
     
    425426    haxes=axes;
    426427    plot_field(DataOut,haxes)
    427        
     428   
    428429    %% display the result file using the GUI get_field
    429430    hget_field=findobj(allchild(0),'name','get_field');
  • trunk/src/uvmat.m

    r598 r599  
    542542end
    543543% detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    544 [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,tild,FileType,MovieObject]=find_file_series(fullfile(RootPath,SubDir),[RootFile FileIndices FileExt]);
     544[RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,tild,FileType,FileInfo,MovieObject]=find_file_series(fullfile(RootPath,SubDir),[RootFile FileIndices FileExt]);
    545545% initiate the input file series and refresh the current field view:
    546 update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,MovieObject,1);
     546update_rootinfo(handles,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,FileType,FileInfo,MovieObject,1);
    547547
    548548%-----------------------------------------------------------------------
     
    672672% detect the file type, get the movie object if relevant, and look for the corresponding file series:
    673673% the root name and indices may be corrected by including the first index i1 if a corresponding xml file exists
    674 [RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,MovieObject,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName FileExt]);
     674[RootPath,SubDir,RootFile,i1_series,i2_series,j1_series,j2_series,NomType,FileType,FileInfo,MovieObject,i1,i2,j1,j2]=find_file_series(FilePath,[FileName FileExt]);
    675675
    676676%% open the file or fill the GUI uvmat according to the detected file type
     
    26632663            plot_handles{2}=guidata(view_field_handle);
    26642664            haxes(2)=plot_handles{2}.PlotAxes;
    2665             PlotParam{2}=read_GUI(handles.uvmat);%read plotting parameters on the uvmat interface
     2665            PlotParam{2}=read_GUI(view_field_handle);
     2666           % PlotParam{2}=read_GUI(handles.uvmat);%read plotting parameters on the uvmat interface
    26662667            PosColorbar{2}='*'; %TODO: deal with colorbar position on view_field
    26672668        end
  • trunk/src/view_field.m

    r591 r599  
    8282    if isfield(PlotParamOut,'Vectors')
    8383        set(handles.Vectors,'Visible','on')
     84    else
     85        set(handles.Vectors,'Visible','off')
     86    end
     87    if isfield(PlotParamOut,'Scalar')
     88        set(handles.Scalar,'Visible','on')
     89    else
     90        set(handles.Scalar,'Visible','off')
    8491    end
    8592    errormsg=fill_GUI(PlotParamOut,hObject);
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.