Ignore:
Timestamp:
Aug 27, 2013, 11:25:21 PM (8 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various bugs corrected

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/imadoc2struct.m

    r611 r675  
    4747%% reading timing
    4848if isfield(s,'Camera')
     49    if isfield(s.Camera,'TimeUnit')
     50        s.TimeUnit=s.Camera.TimeUnit;
     51    end
    4952    Timing=s.Camera.BurstTiming;
    5053    if ~iscell(Timing)
     
    105108end
    106109
    107 % try
    108 %     t=xmltree(ImaDoc);
    109 % catch ME
    110 %     errormsg={['error reading ' ImaDoc ': ']; ME.message};
    111 %     display(errormsg);
    112 %     return
    113 % end
    114 % uid_root=find(t,'/ImaDoc');
    115 % if isempty(uid_root), return; end;%not an ImaDoc .xml file
    116 
    117 % %% Heading
    118 % uid_Heading=find(t,'/ImaDoc/Heading');
    119 % if ~isempty(uid_Heading),
    120 %     uid_Campaign=find(t,'/ImaDoc/Heading/Campaign');
    121 %     uid_Exp=find(t,'/ImaDoc/Heading/Experiment');
    122 %     uid_Device=find(t,'/ImaDoc/Heading/Device');
    123 %     uid_Record=find(t,'/ImaDoc/Heading/Record');
    124 %     uid_FirstImage=find(t,'/ImaDoc/Heading/ImageName');
    125 %     s.Heading.Campaign=get(t,children(t,uid_Campaign),'value');
    126 %     s.Heading.Experiment=get(t,children(t,uid_Exp),'value');
    127 %     s.Heading.Device=get(t,children(t,uid_Device),'value');
    128 %     if ~isempty(uid_Record)
    129 %         s.Heading.Record=get(t,children(t,uid_Record),'value');
    130 %     end
    131 %     s.Heading.ImageName=get(t,children(t,uid_FirstImage),'value');
    132 % end
    133 
    134 %% Camera  and timing
    135 % if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'Camera')
    136 %     uid_Camera=find(t,'/ImaDoc/Camera');
    137 %     if ~isempty(uid_Camera)
    138 %         uid_ImageSize=find(t,'/ImaDoc/Camera/ImageSize');
    139 %         if ~isempty(uid_ImageSize);
    140 %             ImageSize=get(t,children(t,uid_ImageSize),'value');
    141 %             xindex=findstr(ImageSize,'x');
    142 %             if length(xindex)>=2
    143 %                 s.Npx=str2double(ImageSize(1:xindex(1)-1));
    144 %                 s.Npy=str2double(ImageSize(xindex(1)+1:xindex(2)-1));
    145 %             end
    146 %         end
    147 %         uid_TimeUnit=find(t,'/ImaDoc/Camera/TimeUnit');
    148 %         if ~isempty(uid_TimeUnit)
    149 %             s.TimeUnit=get(t,children(t,uid_TimeUnit),'value');
    150 %         end
    151 %         uid_BurstTiming=find(t,'/ImaDoc/Camera/BurstTiming');
    152 %         if ~isempty(uid_BurstTiming)
    153 %             for k=1:length(uid_BurstTiming)
    154 %                 subt=branch(t,uid_BurstTiming(k));%subtree under BurstTiming
    155 %                 % reading Dtk
    156 %                 Frequency=get_value(subt,'/BurstTiming/FrameFrequency',1);
    157 %                 Dtj=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtj',[]);
    158 %                 Dtj=Dtj/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    159 %                 NbDtj=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtj',1);
    160 %                 Dti=get_value(subt,'/BurstTiming/Dti',[]);
    161 %                 Dti=Dti/Frequency;%Dtj converted from frame unit to TimeUnit (e.g. 's')
    162 %                 NbDti=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDti',1);
    163 %                 Time_val=get_value(subt,'/BurstTiming/Time',0);%time in TimeUnit
    164 %                 if ~isempty(Dti)
    165 %                     Dti=reshape(Dti'*ones(1,NbDti),NbDti*numel(Dti),1); %concatene Dti vector NbDti times
    166 %                     Time_val=[Time_val;Time_val(end)+cumsum(Dti)];%append the times defined by the intervals  Dti
    167 %                 end
    168 %                 if ~isempty(Dtj)
    169 %                     Dtj=reshape(Dtj'*ones(1,NbDtj),1,NbDtj*numel(Dtj)); %concatene Dtj vector NbDtj times
    170 %                     Dtj=[0 Dtj];
    171 %                     Time_val=Time_val*ones(1,numel(Dtj))+ones(numel(Time_val),1)*cumsum(Dtj);% produce a time matrix with Dtj
    172 %                 end
    173 %                 % reading Dtk
    174 %                 Dtk=get_value(subt,'/BurstTiming/Dtk',[]);
    175 %                 NbDtk=get_value(subt,'/BurstTiming/NbDtk',1);
    176 %                 if isempty(Dtk)
    177 %                     s.Time=[s.Time;Time_val];
    178 %                 else
    179 %                     for kblock=1:NbDtk+1
    180 %                         Time_val_k=Time_val+(kblock-1)*Dtk;
    181 %                         s.Time=[s.Time;Time_val_k];
    182 %                     end
    183 %                 end
    184 %             end
    185 %         end
    186 %     end
    187 % end
    188 
    189 %% motor
    190 % if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
    191 %     uid_subtree=find(t,'/ImaDoc/TranslationMotor');
    192 %     if length(uid_subtree)==1
    193 %         subt=branch(t,uid_subtree);%subtree under GeometryCalib
    194 %        [s.TranslationMotor,errormsg]=read_subtree(subt,{'Nbslice','ZStart','ZEnd'},[1 1 1],[1 1 1]);
    195 %     end
    196 % end
    197 %%  geometric calibration
    198 % if strcmp(option,'*') || strcmp(option,'GeometryCalib')
    199 %     uid_GeometryCalib=find(t,'/ImaDoc/GeometryCalib');
    200 %     if ~isempty(uid_GeometryCalib)
    201 %         if length(uid_GeometryCalib)>1
    202 %             errormsg=['More than one GeometryCalib in ' filecivxml];
    203 %             return
    204 %         end
    205 %         subt=branch(t,uid_GeometryCalib);%subtree under GeometryCalib
    206 %         cont=get(subt,1,'contents');
    207 %         if ~isempty(cont)
    208 %             uid_CalibrationType=find(subt,'/GeometryCalib/CalibrationType');
    209 %             if isequal(length(uid_CalibrationType),1)
    210 %                 tsai.CalibrationType=get(subt,children(subt,uid_CalibrationType),'value');
    211 %             end
    212 %             uid_CoordUnit=find(subt,'/GeometryCalib/CoordUnit');
    213 %             if isequal(length(uid_CoordUnit),1)
    214 %                 tsai.CoordUnit=get(subt,children(subt,uid_CoordUnit),'value');
    215 %             end
    216 %             uid_fx_fy=find(subt,'/GeometryCalib/fx_fy');
    217 %             focal=[];%default fro old convention (Reg Wilson)
    218 %             if isequal(length(uid_fx_fy),1)
    219 %                 tsai.fx_fy=str2num(get(subt,children(subt,uid_fx_fy),'value'));
    220 %             else %old convention (Reg Wilson)
    221 %                 uid_focal=find(subt,'/GeometryCalib/focal');
    222 %                 uid_dpx_dpy=find(subt,'/GeometryCalib/dpx_dpy');
    223 %                 uid_sx=find(subt,'/GeometryCalib/sx');
    224 %                 if ~isempty(uid_focal) && ~isempty(uid_dpx_dpy) && ~isempty(uid_sx)
    225 %                     dpx_dpy=str2num(get(subt,children(subt,uid_dpx_dpy),'value'));
    226 %                     sx=str2num(get(subt,children(subt,uid_sx),'value'));
    227 %                     focal=str2num(get(subt,children(subt,uid_focal),'value'));
    228 %                     tsai.fx_fy(1)=sx*focal/dpx_dpy(1);
    229 %                     tsai.fx_fy(2)=focal/dpx_dpy(2);
    230 %                 end
    231 %             end
    232 %             uid_Cx_Cy=find(subt,'/GeometryCalib/Cx_Cy');
    233 %             if ~isempty(uid_Cx_Cy)
    234 %                 tsai.Cx_Cy=str2num(get(subt,children(subt,uid_Cx_Cy),'value'));
    235 %             end
    236 %             uid_kc=find(subt,'/GeometryCalib/kc');
    237 %             if ~isempty(uid_kc)
    238 %                 tsai.kc=str2double(get(subt,children(subt,uid_kc),'value'));
    239 %             else %old convention (Reg Wilson)
    240 %                 uid_kappa1=find(subt,'/GeometryCalib/kappa1');
    241 %                 if ~isempty(uid_kappa1)&& ~isempty(focal)
    242 %                     kappa1=str2double(get(subt,children(subt,uid_kappa1),'value'));
    243 %                     tsai.kc=-kappa1*focal*focal;
    244 %                 end
    245 %             end
    246 %             uid_Tx_Ty_Tz=find(subt,'/GeometryCalib/Tx_Ty_Tz');
    247 %             if ~isempty(uid_Tx_Ty_Tz)
    248 %                 tsai.Tx_Ty_Tz=str2num(get(subt,children(subt,uid_Tx_Ty_Tz),'value'));
    249 %             end
    250 %             uid_R=find(subt,'/GeometryCalib/R');
    251 %             if ~isempty(uid_R)
    252 %                 RR=get(subt,children(subt,uid_R),'value');
    253 %                 if length(RR)==3
    254 %                     tsai.R=[str2num(RR{1});str2num(RR{2});str2num(RR{3})];
    255 %                 end
    256 %             end
    257 %             
    258 %             %look for laser plane definitions
    259 %             uid_Angle=find(subt,'/GeometryCalib/PlaneAngle');
    260 %             uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/SliceCoord');
    261 %             if isempty(uid_Pos)
    262 %                 uid_Pos=find(subt,'/GeometryCalib/PlanePos');%old convention
    263 %             end
    264 %             if ~isempty(uid_Angle)
    265 %                 tsai.PlaneAngle=str2num(get(subt,children(subt,uid_Angle),'value'));
    266 %             end
    267 %             if ~isempty(uid_Pos)
    268 %                 for j=1:length(uid_Pos)
    269 %                     tsai.SliceCoord(j,:)=str2num(get(subt,children(subt,uid_Pos(j)),'value'));
    270 %                 end
    271 %                 uid_DZ=find(subt,'/GeometryCalib/SliceDZ');
    272 %                 uid_NbSlice=find(subt,'/GeometryCalib/NbSlice');
    273 %                 if ~isempty(uid_DZ) && ~isempty(uid_NbSlice)
    274 %                     DZ=str2double(get(subt,children(subt,uid_DZ),'value'));
    275 %                     NbSlice=get(subt,children(subt,uid_NbSlice),'value');
    276 %                     if isequal(NbSlice,'volume')
    277 %                         tsai.NbSlice='volume';
    278 %                         NbSlice=NbDtj+1;
    279 %                     else
    280 %                         tsai.NbSlice=str2double(NbSlice);
    281 %                     end
    282 %                     tsai.SliceCoord=ones(NbSlice,1)*tsai.SliceCoord+DZ*(0:NbSlice-1)'*[0 0 1];
    283 %                 end
    284 %             end   
    285 %             tsai.SliceAngle=get_value(subt,'/GeometryCalib/SliceAngle',[0 0 0]);
    286 %             tsai.VolumeScan=get_value(subt,'/GeometryCalib/VolumeScan','n');
    287 %             tsai.InterfaceCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/InterfaceCoord',[0 0 0]);
    288 %             tsai.RefractionIndex=get_value(subt,'/GeometryCalib/RefractionIndex',1);
    289 %             
    290 %             if strcmp(option,'GeometryCalib')
    291 %                 tsai.PointCoord=get_value(subt,'/GeometryCalib/SourceCalib/PointCoord',[0 0 0 0 0]);
    292 %             end
    293 %             s.GeometryCalib=tsai;
    294 %         end
    295 %     end
    296 % end
    297 
    298 %--------------------------------------------------
    299 %  read a subtree
    300 % INPUT:
    301 % t: xltree
    302 % head_element: head elelemnt of the subtree
    303 % Data, structure containing
    304 %    .Key: element name
    305 %    .Type: type of element ('charg', 'float'....)
    306 %    .NbOccur: nbre of occurrence, NaN for un specified number
    307110function [s,errormsg]=read_subtree(subt,Data,NbOccur,NumTest)
    308111%--------------------------------------------------
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.