Ignore:
Timestamp:
Oct 10, 2014, 10:11:30 AM (9 years ago)
Author:
sommeria
Message:

various

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/src/series/civ_series.m

    r819 r822  
    7878if ischar(Param)
    7979    Param=xml2struct(Param);% read Param as input file (batch case)
    80     Param.InputTable{1}
    81     Param.InputTable{2}
    82      Param.InputTable{3}
    8380    checkrun=0;
    8481end
     
    153150                    [i1_series_Civ2,i2_series_Civ2,j1_series_Civ2,j2_series_Civ2,check_bounds,NomTypeNc]=...
    154151                        find_pair_indices(PairCiv2,i1_series{2},j1_series{2},MinIndex_i(2),MaxIndex_i(2),MinIndex_j(2),MaxIndex_j(2));
    155 %                     check_bounds=check_bounds | check_bounds_Civ2;
    156152                end
    157153            end
     
    204200            FrameIndex_A_Civ2=i1_series_Civ2;
    205201            FrameIndex_B_Civ2=i2_series_Civ2;
     202            j1_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
     203            j2_series_Civ2=ones(size(i1_series_Civ2));
    206204        else
    207205            FrameIndex_A_Civ2=j1_series_Civ2;
     
    253251            return
    254252        end
    255         [FileType_A,FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     253        [FileInfo_A,VideoObject_A]=get_file_info(ImageName_A);
     254        FileType_A=FileInfo_A.FileType;
    256255        [par_civ1.ImageA,VideoObject_A] = read_image(ImageName_A,FileInfo_A.FileType,VideoObject_A,FrameIndex_A_Civ2(1));
    257256        ImageName_B=fullfile_uvmat(RootPath_B,SubDir_B,RootFile_B,FileExt_B,NomType_B,i2_series_Civ2(1),[],j2_series_Civ2(1));
     
    264263        [par_civ1.ImageB,VideoObject_B] = read_image(ImageName_B,FileType_B,VideoObject_B,FrameIndex_B_Civ2(1));
    265264        NbField=numel(i1_series_Civ2);
     265    else
     266        NbField=numel(i1_series_Civ1);% no image used (only fix or patch) TO CHECK
    266267    end
    267268catch ME
     
    280281Data.Program='civ_series';
    281282Data.CivStage=0;%default
    282 % ListVarCiv1={'Civ1_X','Civ1_Y','Civ1_U','Civ1_V','Civ1_C','Civ1_F'}; %variables to read
    283 % ListVarFix1={'Civ1_X','Civ1_Y','Civ1_U','Civ1_V','Civ1_C','Civ1_F','Civ1_FF'};
    284 % mask='';
    285283maskname='';%default
    286284check_civx=0;%default
    287 % check_civ1=0;%default
    288 % check_patch1=0;%default
    289285
    290286%% get timing from the ImaDoc file or input video
     287if iview_A~=0
    291288XmlFileName=find_imadoc(RootPath_A,SubDir_A,RootFile_A,FileExt_A);
    292289time=[];
     
    316313end
    317314if isempty(time)% time = index i +0.001 index j by default
    318     time=(MinIndex_i:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j-MinIndex_j+1);
    319     time=time+0.001*ones(MaxIndex_i-MinIndex_i+1,1)*(MinIndex_j:MaxIndex_j);
    320     time=[zeros(1,MaxIndex_j-MinIndex_j+1);time];% insert a first line of zeros
    321     time=[zeros(MaxIndex_i-MinIndex_i+2,1) time];% insert a first column of zeros
     315    %MinIndex_i=min(i1_series_Civ1);
     316    MaxIndex_i=max(i2_series_Civ1);
     317    %MinIndex_j=min(j1_series_Civ1);
     318    MaxIndex_j=max(j2_series_Civ1);
     319    time=(1:MaxIndex_i)'*ones(1,MaxIndex_j);
     320    time=time+0.001*ones(MaxIndex_i,1)*(1:MaxIndex_j);
     321    time=[zeros(1,MaxIndex_j);time];% insert a first line of zeros
     322    time=[zeros(MaxIndex_i+1,1) time];% insert a first column of zeros
    322323end
    323324   
     
    325326    nbfield=length(FileInfo_A);
    326327    nbfield_j=1;
     328end
    327329end
    328330
     
    334336        break
    335337    end
    336     if iview_A==1% if Civ1 is performed
    337         Civ1Dir=OutputDir;
     338    if iview_A==0
     339        ncfile=fullfile_uvmat(Param.InputTable{1,1},Param.InputTable{1,2},Param.InputTable{1,3},Param.InputTable{1,5},...
     340            NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    338341    else
    339         Civ1Dir=Param.InputTable{1,2};
    340     end
    341     if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
    342         ncfile=fullfile_uvmat(RootPath_A,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),...
    343             j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    344     else
    345         ncfile=fullfile_uvmat(RootPath_A,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_series_Civ1(ifield),[],...
    346             j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
    347     end
    348 
     342        if iview_A==1% if Civ1 is performed
     343            Civ1Dir=OutputDir;
     344        else
     345            Civ1Dir=Param.InputTable{1,2};
     346        end
     347        if strcmp(Param.ActionInput.ListCompareMode,'PIV')
     348            ncfile=fullfile_uvmat(RootPath_A,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i1_series_Civ1(ifield),i2_series_Civ1(ifield),...
     349                j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
     350        else
     351            ncfile=fullfile_uvmat(RootPath_A,Civ1Dir,RootFile_A,'.nc',NomTypeNc,i2_series_Civ1(ifield),[],...
     352                j1_series_Civ1(ifield),j2_series_Civ1(ifield));
     353        end
     354    end
    349355    %% Civ1
    350356    % if Civ1 computation is requested
     
    466472    %% Fix1
    467473    if isfield (Param.ActionInput,'Fix1')
     474        if ~isfield (Param.ActionInput,'Civ1')% if we use existing Civ1, remove previous data beyond Civ1
     475            Fix1_attr=find(strcmp('Fix1',Data.ListGlobalAttribute));
     476            Data.ListGlobalAttribute(Fix1_attr)=[];
     477            for ilist=1:numel(Fix1_attr)
     478                Data=rmfield(Data,Data.ListGlobalAttribute{Fix1_attr(ilist)});
     479            end
     480        end
    468481        ListFixParam=fieldnames(Param.ActionInput.Fix1);
    469482        for ilist=1:length(ListFixParam)
     
    615628        par_civ2.SearchBoxSize(1)=2*ibx2+9;% search ara +-4 pixels around the guess
    616629        par_civ2.SearchBoxSize(2)=2*iby2+9;
    617 %         i1=i1_series_Civ2(ifield);
    618 %         i2=i1;
    619 %         if ~isempty(i2_series_Civ2)
    620 %             i2=i2_series_Civ2(ifield);
    621 %         end
    622 %         j1=1;
    623 %         if ~isempty(j1_series_Civ2)
    624 %             j1=j1_series_Civ2(ifield);
    625 %         end
    626 %         j2=j1;
    627 %         if ~isempty(j2_series_Civ1)
    628 %             j2=j2_series_Civ2(ifield);
    629 %         end
    630630        Civ2_Dt=time(i2+1,j2+1)-time(i1+1,j1+1);
    631631        par_civ2.SearchBoxShift=(Civ2_Dt/Data.Civ1_Dt)*[Shiftx(nbval>=1)./nbval(nbval>=1) Shifty(nbval>=1)./nbval(nbval>=1)];
     
    693693            nbvar=length(Data.ListVarName);
    694694            Data.VarAttribute{nbvar}.Role='errorflag';
    695             Data.Civ2_FF=fix(Param.ActionInput.Fix2,Data.Civ2_F,Data.Civ2_C,Data.Civ2_U,Data.Civ2_V);
     695            Data.Civ2_FF=double(fix(Param.ActionInput.Fix2,Data.Civ2_F,Data.Civ2_C,Data.Civ2_U,Data.Civ2_V));
    696696            Data.CivStage=Data.CivStage+1;
    697697        end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.